Môi trường nước bị ô nhiễm do nhiều nguyên nhân khác nhau gồm nguyên nhân khác quan ( do tự nhiên) nguyên nhân chủ quan ( do con người). Tuy nhiên ta có thể liệt kê một số nguyên nhân cơ bản gây ô nhiễm nguồn nước như sau:[6]
2.2.5.1 Ô nhiễm do rác thải sinh hoạt của người dân
Ở Việt Nam mỗi năm phát sinh đến hơn 15 triệu tấn chất thải rắn, trong
đó chất thải sinh hoạt từ các hộ gia đình, từ các nhà hàng, các khu chợ và kinh doanh chiếm 80% tổng lượng chất thải trong cả nước. Lượng còn lại phát sinh từ các cơ sở công nghiệp và các chất thải y tế.[10]
2.2.5.2. Ô nhiễm do hoạt động nông nghiệp
Nhằm để đạt được hiệu quả cao trong sản xuất nông nghiệp lên trong quá trình sản xuất người dân đã và đang sử dụng các loại phân bón, thuốc bảo vệ thực vật, thuốc kích thích sinh trưởng,... một cách lạm dụng và không hợp lý từ đó dẫn đến môi trường bị ô nhiễm ngày càng nặng nề hơn.
Các hóa chất sử dụng trong nông nghiệp như: phân bón hoa học, thuốc bảo vệ thực vật,... được dùng phổ biến ở các vùng sản xuất nông nghiệp. Trong quá trình sử dụng các loại hóa chất này chưa hợp lý làm cho một lượng lớn thuốc và phân bón không được hấp thụ lên từ đó các hóa chất này thấm vào đất, nước gây ô nhiễm đất và ô nhiễm nguồn nước xung quanh.[12]
2.2.5.3. Ô nhiễm do hoạt động công nghiệp
Trong sự nghiệp công nghiệp hóa hiện dại hóa đất nước thì tốc độ đô thị hóa, công nghiệp hóa ngày càng phát triển kéo theo các khu công nghiệp ngày càng nhiều cùng với đó là chưa xử lý triệt để các nguồn gây ô nhiễm từ
các khu công nghiệp này dẫn tới chất lượng môi trường ngày một xấu đi. Các khu công nghiệp ở khu vực Hà Nội mỗi ngày có khoảng 260.000 m3 rác thải công nghiệp và chỉ có 10% được sử lý còn lại đều được đổ trực tiếp ra các con song vùng châu thổ Sông Hồng. Ngoài ra tại các khu công
nghiệp Hải Phòng, Việt Trì thải ra lượng rác thải lớn gây ô nhiễm nguồn nước nặng nề.[1]