Với số lượng đơn vị quản lý trên 8000 DN nên việc kiểm tra thường xuyên tình hình hoạt động của các đơn vị là rất khó khăn. Lợi dụng kẽ hở đó nhiều tổ chức, cá nhân đã lợi dụng để thành lập DN nhằm mục đích mua hóa đơn, sử dụng hóa đơn trái phép mà không hề tiến hành hoạt động sản xuất
kinh doanh bỏ trốn khỏi địa điểm kinh doanh. Theo số liệu lấy từ Phòng Ấn chỉ - Chi cục thuế Thanh Xuân, trong vòng hai năm tính từ lúc Nghị định 51 được triển khai (1/1/2011) cho đến cuối tháng 12/2012, trong 6742 DN có thông báo phát hành hóa đơn, cơ quan thuế đã ra thông báo 105 DN bỏ địa chỉ kinh doanh mang theo hóa đơn, trong 105 DN đó thì có 8 đơn vị quay về xin hoạt động trở lại. Nhưng chỉ trong một năm 2013, với 8034 DN có thông báo phát hành hóa đơn thì đã có tới 313 DN bỏ địa chỉ kinh doanh, trong đó 23 đơn vị xin hoạt động trở lại. Trong thời gian có thông báo bỏ địa chỉ kinh doanh ngừng hoạt động trên giấy phép, nhưng thực tế nhiều DN vẫn sử dụng hóa đơn bất hợp pháp. Các số liệu trên càng phần nhiều cho thấy Nghị định 51 mặc dù đã tạo được không ít những kết quả tích cực nhưng chính cái quy định mới “cơ quan thuế không cấp bán hóa đơn cho đối tượng là DN” đã tạo sự “quá thông thoáng” trong việc quản lý sử dụng hóa đơn, tạo điều kiện phát sinh cho những vấn đề mới, những bất cập mới nên vẵn có nhiều hành vi gian lận hóa đơn, đặc biệt phải nói đến nạn “Doanh nghiệp ma” hoành hành, không những không giảm bớt mà còn tăng lên rất nhanh. Chính vì thế cơ quan thuế dù biết là khó khăn nhưng cũng cần tiếp tục cố gắng xem xét lại, sửa đổi, bổ sung các quy định về hóa đơn cho ngày càng hợp lý.