Có ba phương thức triển khai là thử nghiệm thành thạo (proficiency testing – PT), kiểm tra lại/phân tích lại (rechecking/retesting) và đánh giá tại chỗ (on-site evaluation). Trong đó thử nghiệm thành thạo là phương thức được sử dụng phổ biến cho mục tiêu đạt các tiêu chuẩn quốc gia, tiêu chuẩn quốc tế.
Thử nghiệm thành thạo (Proficiency testing -PT): là việc xác định hoạt động thử nghiệm của phòng thí nghiệm bằng so sánh liên phòng. Đơn vị tổ chức gửi các mẫu thử nghiệm giống nhau đến các phòng thí nghiệm tham gia.
Thử nghiệm thành thạo đánh giá việc thực hiện xét nghiệm của các phòng thí nghiệm thông qua so sánh liên phòng thí nghiệm, nghĩa là đánh giá các phòng thí nghiệm trên cùng một mẫu thử nghiệm hay những mẫu thử nghiệm tương tự được phân tích bởi hai hay nhiều phòng thí nghiệm theo các điều kiện đã xác định trước. Những đơn vị triển khai chương trình thử nghiệm thành thạo trong lĩnh vực xét nghiệm y khoa trên thế giới hiện nay thường sử dụng thuật ngữ ngoại kiểm chất lượng (External Quality assessment – EQA) tương tự như thuật ngữ thử nghiệm thành thạo. Thuật ngữ này được giới chuyên môn công nhận và sử dụng một cách phổ biến ở nhiều quốc gia trên thế giới [16, 20].
Kiểm tra lại (rechecking/retesting): Phòng thí nghiệm lựa chọn mẫu bệnh phẩm ngẫu nhiễn gửi đến phòng thí nghiệm tham chiếu hoặc đơn vị kiểm chuẩn để phân tích và đánh giá lại các kết quả xét nghiệm mà phòng thí nghiệm đã thực hiện.
Đánh giá tại chỗ (on-site evaluation): Đoàn đánh giá được lập bởi cơ quan có thẩm quyền hoặc các tổ chức được công nhận sẽ đến đánh giá phòng thí nghiệm định kỳ hoặc đột xuất. Việc đánh giá theo các tiêu chí đã được phê duyệt [20].