phân tích trình tự adnr 16s theo phương pháp của sanger

... phương pháp điện di gel polyacrylamid điều kiện biến tính để băng đoạn oligonucleotid có kích thước khác - Thu kết phương pháp tự ghi, chụp ảnh, làm phim phóng xạ tự ghi cho gel điện di đọc trình ... điện di khác Các băng ADN xác định nhờ việc gắn đồng vị phóng xạ vào mồi, ddNTP Dựa vào để đọc trình tự ADN Các bước tiến hành: - Cắt ADN enzyme cắt giới hạn, tách đoạn ADN cắt thành sợi đơn nhân ... tự ghi, chụp ảnh, làm phim phóng xạ tự ghi cho gel điện di đọc trình tự nucleotid điện di đồ mẫu từ cực âm gel lên cực dương theo nguyên tắc: Đoạn ADN ngắn dịch chuyển xa so với điểm xuất phát...

Ngày tải lên: 29/10/2012, 14:41

... tốn, q trình phân tích chứa đựng việc tổng hợp kết giải xong tốn sở tốn ban đầu giải Ngược lại có tốn mà q trình phân tích đơn giản việc tổng hợp kết lại khó khăn Trong phần tiếp sau ta trình ... thứ tự Q trình phân tích q trình chia đơi danh sách, q trình dẫn đến tốn xếp danh sách có độ d 1, tốn sở việc xếp danh sách “khơng làm cả” Việc tổng hợp kết “trộn danh sách để danh sách có thứ tự ... = 12 B = 34 X = 12 *102 + 34 Khi tích X Y là: XY = AC10n+(AD + BC)10n/2 + BD (III.1) Với số có n/2 chữ số, lại tiếp tục phân tích theo cách trên, q trình phân tích dẫn đến tốn sở nhân số nguyên...

Ngày tải lên: 24/07/2014, 14:21

... 2-18: Phân phối phân tử a[i] vào bin b[j] Ðể thực việc phân phối ta cần lệnh lặp: for i:=1 to n b[a[i].key] := a[i] Ðây lệnh chương trình xếp Lệnh lấy O(n) thời gian Các phần tử b[j] gọi bin phương ... bin kì hai lại với ta danh sách có thứ tự Kì Kì hai Bin Bin 10 1 10 16 2 25 3 34 81 34 25 36 36 16 7 8 9 99 81 99 Hình 2-21: Sắp xếp theo hai kỳ Theo phân tích giải thuật Bin Sort kì lấy O(n) thời ... b[j] mà j = a[i].key MOD n Kì 2: Phân phối phân tử danh sách kết kỳ vào bin Phần tử a[i] phân phối vào bin b[j] mà j = a[i].key DIV n Chú ý hai kỳ, ta xen phần tử phân phối vào cuối danh sách Nguyễn...

Ngày tải lên: 24/07/2014, 14:21

... ta 10 5 12 1 9 12 10 Hình 2-13: Hốn đổi a[1] cho a[9] đẩy a[1] xuống a[1 8] Tiếp tục q trình ta mảng có thứ tự giảm Nguyễn Văn Linh Trang 36 d o m o w c Chỉ số Heap C m Giải thuật o d o w w w w ... hiểu rõ hơn, ta trình bày ví dụ sử dụng mơ hình mảng Mảng 10 mẩu tin, có khố số nguyên cho là: Chỉ số Khoá ban đầu 10 12 10 9 10 Mặc dù không vẽ thành cây, ta tưởng tượng mảng nhị phân với nút gốc ... thúc Ta có bảng sau Nguyễn Văn Linh Trang 38 k to bu Thứ tự ghi từ trái sang phải, tức số bên trái giá trị khoá sau thực việc hoán đối trình PushDown lic d o m w o Sắp xếp c C m Giải thuật o d...

Ngày tải lên: 24/07/2014, 14:21

... việc phân hoạch bị lệch tức mảng bên phải gồm phần tử chốt, mảng bên trái gồm n-1 phần tử lại Khi ta thành lập phương trình đệ quy sau: T(n) = nêu n = T(n - 1) + T(1) + n nêu n > Giải phương trình ... + n nêu n > Giải phương trình đệ quy ta T(n) = O(nlogn) 2.5 HEAPSORT 2.5.1 Ðịnh nghĩa Heap Cây thứ tự phận hay gọi heap nhị phân mà giá trị nút (khác nút lá) không lớn giá trị của Ta có nhận xét ... 30 k to bu Ngược lại, mảng chốt có thứ tự Biến Pivot sử dụng để lưu giữ giá trị chốt biến k để lưu giữ giá trị điểm phân hoạch hàm Partition trả Sau khia phân hoạch xong ta gọi đệ quy QuickSort...

Ngày tải lên: 24/07/2014, 14:21

... Sort cải tiến để trở thành phương pháp chọn ứng dụng xếp thực tế khác 2.4.1 Ý tưởng Chúng ta xét mảng a mẩu tin a[1] a[n] Giả sử v giá trị khóa mà ta gọi chốt (pivot) Ta phân hoạch dãy a[1] a[n] ... mảng “bên phải” Việc xếp mảng “bên trái” “bên phải” tiến hành phương pháp nói Một mảng gồm phần tử gồm nhiều phần tử có khóa có thứ tự 2.4.2 Thiết kế giải thuật 2.4.2.1 Vấn đề chọn chốt Chọn khóa ... L > R (L=6 R=5) nên ta xác định điểm phân hoạch ứng với L = Tức mảng cho ban đầu phân thành hai mảng bên trái a[1] a[5] mảng bên phải a[6] a[10] Hình ảnh phân hoạch biểu diễn hình sau: Chỉ số...

Ngày tải lên: 24/07/2014, 14:21

... giải thuật nghiên cứu phần: giải thuật, ví dụ, chương trình phân tích đánh giá 2.3.1 Sắp xếp chọn (Selection Sort) 2.3.1.1 Giải thuật Ðây phương pháp xếp đơn giản tiến hành sau: • Ðầu tiên chọn phần ... nhỏ n-i+1 phần tử từ a[i] đến a[n] hốn vị với a[i] • Sau n-1 bước mảng xếp Phương pháp gọi phương pháp chọn lặp lại trình chọn phần tử nhỏ số phần tử chưa Ví dụ 2-1: Sắp xếp mảng gồm 10 mẩu tin ... sách có thứ tự a[1], a[2] cho a[1], a[2], a[3] danh sách có thứ tự • Tổng qt, bước i, xen phần tử a[i+1] vào danh sách có thứ tự a[1],a[2], a[i] cho a[1], a[2], a[i+1] danh sách có thứ tự • Phần...

Ngày tải lên: 24/07/2014, 14:21

... chương trình đệ quy trước hết phải thành lập phương trình đệ quy, sau giải phương trình đệ quy, nghiệm phương trình đệ quy độ phức tạp giải thuật 6.- Khi giải phương trình đệ quy khơng thuộc dạng phương ... trình đệ quy khơng thuộc dạng phương trình tổng qt sử dụng phương pháp truy hồi phương pháp đốn nghiệm 7.- Khi giải phương trình đệ quy thuộc dạng phương trình tổng quát, hàm tiến triển d(n) ... lấy nghiệm lớn hai nghiệm làm nghiệm phương trình Ví dụ 1-15: Giải phương trình đệ quy sau : T(1) = n T(n) = 2T( ) + nlogn Phương trình cho thuộc dạng phương trình tổng qt d(n) = nlogn khơng phải...

Ngày tải lên: 24/07/2014, 14:21

... Vậy ta có phương trình đệ quy sau: T(n) = C1 nêu n = n 2T( ) + C n nêu n > 1.6.2 Giải phương trình đệ quy Có ba phương pháp giải phương trình đệ quy: 1.- Phương pháp truy hồi 2.- Phương pháp đoán ... giải tổng quát cho lớp phương trình đệ quy Khi thiết kế giải thuật, người ta thường vận dụng phương pháp chia để trị mà ta bàn chi tiết chương Ở chi trình bày tóm tắt phương pháp sau: Ðể giải tốn ... pháp đoán nghiệm 3.- Lời giải tổng quát lớp phương trình đệ quy 1.6.2.1 Phương pháp truy hồi Dùng đệ quy để thay T(m) với m < n vào phía phải phương trình tất T(m) với m > thay biểu thức T(1)...

Ngày tải lên: 24/07/2014, 14:21

... trình đệ quy, trước hết ta cần thành lập phương trình đệ quy, sau giải phương trình đệ quy, nghiệm phương trình đệ quy thời gian thực chương trình đệ quy 1.6.1 Thành lập phương trình đệ quy Phương ... bu y c Với phương pháp tính độ phức tạp trình bày mục 1.5.4 khơng thể thực Bởi theo phương pháp thì, để tính thời gian thực hiên chương trình A, ta phải tính thời gian thực chương trình A vòng ... i =1 n(n − 1) = O(n2) 1.6 PHÂN TÍCH CÁC CHƯƠNG TRÌNH ÐỆ QUY Với chương trình có gọi chương trình đệ quy, ta khơng thể áp dụng cách tính vừa trình bày mục 1.5.4 chương trình đệ quy gọi thân Có...

Ngày tải lên: 24/07/2014, 14:21

... đánh giá giải thuật tốt? - Phương pháp đánh nào? (đánh giá chương trình khơng gọi chương trình con, đánh giá chương trình có gọi chương trình khơng đệ quy đánh giá chương trình đệ quy) 1.1.2 Kiến ... giải thuật • Tính thời gian thực chương trình • Phân tích chương trình đệ quy Nguyễn Văn Linh Trang to k d o m o o c u -tr a c k w lic w w w d o Kĩ thuật phân tích giải thuật m C lic k to Giải thuật ... web phân tích giải thuật: http://pauillac.inria.fr/algo/AofA/ 1.1.4 Nội dung cốt lõi Trong chương nghiên cứu vấn đề sau: • Sự cần thiết phải phân tích giải thuật • Thời gian thực chương trình...

Ngày tải lên: 24/07/2014, 14:21

... sinh axit phương pháp phân tích trình tự gene pheS Maths), gi¸ trị tơng đồng loi v phân loại đợc tạo dựa vo phơng pháp neighbourjoining v maximumparsimony (Saitou v cs., 1987) Trình tự chủng ny ... liệu trình tự thô đợc chuyển đến AutoAssemble software 1.40 (applied Biosystem) GeneBuilder (Applied Maths), trình tự liên tục gen PheS đợc xác định Trình tự liên tục ny đợc nhập vo chơng trình ... gặp khó khăn sử dụng phơng pháp truyền thống để xác định chúng møc chi (Schleifer vμ cs., 1995) V× vËy, viƯc øng dụng kỹ thuật sinh học phân tử dựa phân tích liệu trình tự gen pheS để xác định chñng...

Ngày tải lên: 19/03/2014, 13:20

... Nguyên tắc phương pháp giải trình tự theo Sanger Giải trình tự đoạn oligonucleotide theo phương pháp enzyme học Các phương pháp cải biên từ phương pháp Sanger  Xác định trình tự máy tự động: Trong ... Giải trình tự đoạn oligonucleotide theo phương pháp hóa học Phương pháp enzyme học Sanger thông qua việc sử dụng dideoxynucleotide Dựa vào tổng hợp nhờ enzyme DNA polymerase mạch bổ sung cho trình ... 2 Phương pháp hóa học (Maxam Gilbert) Dựa vào thủy giải đặc trưng phân tử DNA cần xác định trình tự phương pháp hóa học Trước hết DNA đánh dấu P32 đầu Sau đó, chúng chia thành năm phân đoạn, phân...

Ngày tải lên: 04/07/2014, 03:20

... định trình tự nucleotid Trong báo này, vị trí phân loại chủng Ps7-1 trình bày sở phân tích trình tự nucleotid gen 16S- ARN ribosom (16S- ARNr) I NGUYÊN LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP Vi sinh vật: Chủng phân ... coli DH5 sử dụng Các phương pháp phân loại: a Phương pháp phân loại theo kiểu hình: Phương pháp phân loại vi khuẩn chuẩn hoá API 20NE (BioMerieux Marcy, Pháp) sử dụng Theo nhà cung cấp, hệ thống ... 20NE phân tích trình tự gen 16S- ARNr cho kết phân loại khác đề cập báo cáo khoa học, ví dụ chủng QC14-3-8 xác định thuộc loài P aeruginosa (91,8%) theo hệ thống API 20NE, theo phương pháp phân tích...

Ngày tải lên: 26/07/2014, 14:21

... trị doanh nghiệp Trình tự phân tích tài Trình tự tiến hành phân tích tài tn theo nghiệp vụ phân tích thích ứng với giai đoạn dự đốn tài theo sơ đồ sau : Tuy nhiên, trình tự phân tích số tiểu tiết ... báo cáo tài báo cáo tài với Việc phân tích báo cáo tài thường tiến hành hai phương pháp: phương pháp phân tích ngang phương pháp phân tích dọc báo cáo tài Phân tích ngang báo cáo tài việc so sánh ... khác Phương pháp số chênh lệch Phương pháp số chênh lệch thực chất phương pháp rút gọn phương pháp thay liên hồn Do vậy, đòi hỏi điều kiện có ưu điểm, hạn chế thay liên hoàn Theo phương pháp...

Ngày tải lên: 25/09/2015, 08:50

... giữ đợc mầu sắc nh hơng vị Các phơng pháp tách nhớt thờng dùng [13]: - Phơng pháp sinh hoá - Phơng pháp hoá học - Phơng pháp học - Phơng pháp hoá học Phơng pháp sinh hoá: dùng tác động số loại ... trình công nghệ Cà phê nớc ta chủ yếu đợc chế biến hai phơng pháp: chế biến khô chế biến ớt Nh sơ đồ qui trình công nghệ Chế biến khô: Thờng áp dụng cho cà phê vối, phơng pháp đợc tiến hành theo ... chín đợc đa vào máy xát Bể xi phông không phân loại đợc xanh khỏi chín Vì để tăng suất cần có máy phân loại theo mầu sắc phải phân loại tay Ưu điểm phơng pháp dùng bể tách đợc xanh khỏi chín, tốn...

Ngày tải lên: 04/08/2013, 10:01

... cá c quy trình phân tích đồng phân Bảng 3.17a Kết khảo sá t tính phù hợ p hệ thống củ a quy trình 75 phân tích Bảng 3.17b Kết khảo sá t tính phù hợ p hệ thống củ a quy trình 75 phân tích Bảng ... tách đượ c cho tất cá c dạng đồng phân, có hạ n chế sử dụng Phương pháp CE: hiệ u tách đồng phân quang học Phương pháp gây độ c cho mô i trườ ng trình phân tích chủ yếu sử dụng dung dòch đệm ... tá c dụng 1.4.7.3 Các công trình phân tích đồng phân propranolol - Phân tích phương phá p HPLC với pha tónh cellulose Tris(3,5dimethylphenylcarbamat) [34] - Phương pháp CZE: sử dụng tá c nhâ...

Ngày tải lên: 04/12/2013, 13:53

Ngày tải lên: 09/03/2014, 16:12

... bào để tách chiết DNA plasmid tái tổ hợp Trình tự nucleotide gen xác định theo phương pháp Sanger máy ABI 3130 Phân tích trình tự nucleotide thực chương trình BioEdit Kết thảo luận 3.1 Tạo dòng ... tích trình tự gen lumbrokinase Gen mã hóa lumbrokinase plasmid tái tổ hợp phân tích trình tự máy ABI-3130 Trình tự nucleotide gen mã hóa lumbrokinase trình bày hình so sánh với số trình tự gen ... gel trình bày hình 3, cho thấy gen thu có kích thước khoảng 700 bp Để kết luận đoạn gen tách từ giun quế gen mã hóa lumbrokinase chúng tơi tiến hành phân tích trình tự nucleotide gen 3.2 Phân tích...

Ngày tải lên: 11/03/2014, 06:21