Tối ưu hóa quy trình sử dụng marker phân tử trong sàng lọc dòng dưa leo toàn hoa cái nghiên cứu khoa học

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU KHOA HỌC SINH VIÊN TỐI ƯU HÓA QUY TRÌNH SỬ DỤNG MARKER PHÂN TỬ TRONG SÀNG LỌC DỊNG DƯA LEO TỒN HOA CÁI MÃ SỐ: 38 Bình Dương, 04/2018 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU KHOA HỌC SINH VIÊN TỐI ƯU HĨA QUY TRÌNH SỬ DỤNG MARKER PHÂN TỬ TRONG SÀNG LỌC DỊNG DƯA LEO TỒN HOA CÁI MÃ SỐ: 38 Chủ nhiệm đề tài: Lương Hiếu Ngân Khoa: Công nghệ sinh học Các thành viên: Viên Ngọc Thạch Người hướng dẫn: TS Lê Thị Trúc Linh ThS Nguyễn Trần Đơng Phương Bình Dương, 04/2018 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc THÔNG TIN KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU CỦA ĐỀ TÀI Thông tin chung: - Tên đề tài: TỐI ƯU HĨA QUY TRÌNH SỬ DỤNG MARKER PHÂN TỬ TRONG SÀNG LỌC DỊNG DƯA LEO TỒN HOA CÁI - Sinh viên thực hiện: LƯƠNG HIẾU NGÂN - Lớp: YD51 Khoa: Công nghệ Sinh học Năm thứ: Số năm đào tạo: năm - Người hướng dẫn: TS Lê Thị Trúc Linh ThS Nguyễn Trần Đông Phương Mục tiêu đề tài: Đề tài thực với mục tiêu sau: -Xác định marker phân tử đặc hiệu giúp nhận diện dòng dưa leo mang tồn hoa -Tối ưu hóa quy trình tách chiết DNA từ dưa leo -Tối ưu hóa quy trình PCR sử dụng marker nhận diện dịng dưa leo mang tồn hoa - Ứng dụng qui trình bước đầu phát số dịng tồn hoa Tính sáng tạo: Sử dụng hóa chất tách chiết thương mại Plant DNAzol Reagent để rút ngắn thời gian tách chiết DNA so với tách chiết truyền thống Phát triển marker phân tử phát dịng thuần, dịng dưa leo tồn hoa Kết nghiên cứu: Đề tài có kết sau: -Đã tối ưu hóa qui trình tách chiết, giảm lượng hóa chất so với hướng dẫn nhà sản xuất -Đã tối ưu hóa qui trình PCR phát dịng dưa leo tồn hoa có độ đặc hiệu cao, xác định nhiệt độ tối ưu 54oC - Bước đầu ứng dụng qui trình để phát số dòng dưa leo hoa hoa đực cho kết có độ tin cậy cao Đóng góp mặt kinh tế - xã hội, giáo dục đào tạo, an ninh, quốc phòng khả áp dụng đề tài: - Đề tài bước đầu xác định marker phân tử sử dụng phát nhanh dịng dưa leo tồn hoa có độ tin cậy cao Tương lai, sử dụng qui trình để chuyển giao cho cơng ty CNSH sử dụng sàng lọc giống dưa leo cho suất cao Từ đó, giống F1 bán cho nơng dân có chất lượng cao, giúp tăng thu nhập người trồng Công bố khoa học sinh viên từ kết nghiên cứu đề tài (ghi rõ tên tạp chí có) nhận xét, đánh giá sở áp dụng kết nghiên cứu (nếu có): Ngày tháng năm Sinh viên chịu trách nhiệm thực đề tài (ký, họ tên) Nhận xét người hướng dẫn đóng góp khoa học sinh viên thực đề tài (phần người hướng dẫn ghi): Sinh viên bước đầu tiếp cận với qui trình sử dụng công cụ sinh học phân tử sàng lọc dưa leo toàn hoa Kết cho thấy kết từ đề tài có độ xác cao Đây sở để phát triển nhóm marker kết hợp để chọn giống dưa leo toàn hoa nhanh đề tài Xác nhận đơn vị (ký tên đóng dấu) Ngày 17 tháng năm 2018 Người hướng dẫn (ký, họ tên) Lê Thị Trúc Linh BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH CỘNG HỒ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc THÔNG TIN VỀ SINH VIÊN CHỊU TRÁCH NHIỆM CHÍNH THỰC HIỆN ĐỀ TÀI I SƠ LƯỢC VỀ SINH VIÊN: Ảnh 4x6 Họ tên: LƯƠNG HIẾU NGÂN Sinh ngày: 07 tháng 06 năm 1997 Nơi sinh: Thành phố Hồ Chí Minh Lớp: YD51 Khóa: 15 Khoa: Cơng nghệ Sinh học Địa liên hệ: 132/12 đường D1, phường 25, quận Bình Thạnh, Tp HCM Điện thoại: 0938095838 Email: 1553010119ngan@ou.edu.vn II QUÁ TRÌNH HỌC TẬP (kê khai thành tích sinh viên từ năm thứ đến năm học): * Năm thứ 1: Ngành học: Y dược Kết xếp loại học tập: 6.08 Sơ lược thành tích: * Năm thứ 2: Ngành học: Y dược Kết xếp loại học tập: 5.90 Sơ lược thành tích: * Năm thứ 3: Ngành học: Y dược Kết xếp loại học tập: 5.99 Sơ lược thành tích: Xác nhận đơn vị (ký tên đóng dấu) Khoa: Cơng nghệ Sinh học Khoa: Công nghệ Sinh học Khoa: Công nghệ Sinh học Ngày tháng năm Sinh viên chịu trách nhiệm thực đề tài (ký, họ tên) MỤC LỤC ĐẶT VẤN ĐỀ I II TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1 Giới thiệu 2.1.1 Tên gọi 2.1.3 Công dụng 2.1.4 Phân loại 2.1.5 Đặc điểm thực vật dưa leo 2.2 Các tính trạng quan tâm chọn tạo giống dưa leo 10 2.3 Marker phân tử 11 2.4 Các gene điều hòa biểu giới tính dưa leo 14 2.5 Tình hình nghiên cứu ngồi nước 19 III 2.5.1 Tình hình nước 19 2.5.2 Tình tình nghiên cứu giới 20 VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP 21 3.1 Vật liệu 21 3.1.1 Mẫu mồi 21 3.1.2 Hóa chất sử dụng 23 3.1.3 Thiết bị sử dụng 24 3.2 Các kỹ thuật sử dụng nghiên cứu 24 3.2.1 Phương pháp ly trích DNA gene dưa leo 24 3.2.2 Phương pháp PCR (Polymerase Chain Reaction) 25 3.2.3 Phương pháp điện di 28 4.1 Tối ưu hóa quy trình tách chiết DNA từ non 29 4.2 Tối ưu hóa phản ứng PCR sử dụng marker BCAT 15 dịng dưa leo 32 4.3 Giải trình tự đoạn gene BCAT 35 4.3.1 Tối ưu hóa phản ứng PCR để giải trình tự 35 4.3.2 Kết giải trình tự đoạn gene BCAT 37 4.4 Thử nghiệm qui trình số dịng 39 V KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 42 5.1 Kết luận 42 5.2 Đề nghị 43 TÀI LIỆU THAM KHẢO 44 Tiếng Việt 44 Tiếng Anh 44 Nguồn internet 49 I ĐẶT VẤN ĐỀ Dưa leo (Cucumis sativus L) rau ăn thuộc họ bầu bí (Cucurbitaceae) có vị ngọt, giịn, tính mát, chứa nhiều nước (chiếm đến 90%) với nhiều giá trị dinh dưỡng mà từ lâu trở thành thực phẩm quen thuộc bữa ăn nhiều gia đình Mỗi trái dưa leo chứa nhiều vitamin khoáng chất tự nhiên cần thiết cho thể, bao gồm: chất xơ, vitamin C, vitamin B1/B2/B5/B6, folic acid, canxi, sắt, magie Không lariciresinol, pinoresinol secoisolariciresinol dưa leo cịn có tác dụng phịng ngừa ung thư tốt, đặc biệt ung thư vú, buồng trứng, tử cung tuyến tiền liệt Chính giá trị mà dưa leo trồng phổ biến Việt Nam nhiều nơi giới với thời gian sinh trưởng ngắn cho suất cao Theo số liệu thống kê FAO năm 2016, tổng diện tích dưa leo giới 2,14 triệu với sản lượng 80 triệu Ngày nay, suất chất lượng hai yếu tố hàng đầu trình cải thiện giống dưa leo với tính trạng liên quan tính trạng giới tính đặc điểm quan tâm nhiều nhà chọn giống Dưa leo loại thuộc dịng monoecy điển hình (cây có hoa đực hoa cây) Sự biểu giới tính hoa dưa leo xác định gene xác định giới tính (sexdetermination genes): gene F trội quy định giới tính (Female) gene lặn khác Trong đó, gene F (Female) có vai trị quan trọng việc kiểm sốt tính trạng tồn hoa (gynoecy) Cây dưa leo tồn hoa (gynoecy) đóng vai trị quan trọng chương trình chọn tạo dòng dưa leo Việc sử dụng dòng dưa leo gynoecious công tác chọn giồng tạo số lợi ích sau: hạn chế tình trạng lẫn giống q trình tự thụ gây ra, khơng phải tốn cơng lao động việc khử đực bao cách ly hoa Ngồi ra, biểu giới tính tồn hoa góp phần làm tăng suất dưa leo.Vì thế, việc chọn lọc dịng dưa leo tồn hoa (gynoecious) q trình cần thiết cơng tác chọn tạo dịng dưa leo Với phương pháp chọn lọc truyền thống dịng dưa leo tồn hoa dựa quan sát biểu giới tính ngồi đồng có số hạn chế độ xác việc chọn lọc, hạn chế khả nhận diện sớm tính trạng hoa Chính thế, phương pháp chọn lọc phân tử (molecular selection) tính trạng toàn hoa (gynoecy) trở nên thiết yếu cho việc cải thiện hiệu thời gian độ xác cao (chỉ thị phân tử không bị ảnh hưởng yếu tố mơi trường) q trình tuyển chọn dịng dưa leo tồn hoa với chi phí thấp (có thể kiểm tra kết chọn giống giai đoạn con) so với phương pháp chọn tạo giống dưa leo truyền thống Vì lý nên thực đề tài nghiên cứu: “TỐI ƯU HĨA QUY TRÌNH SỬ DỤNG MARKER PHÂN TỬ TRONG SÀNG LỌC DỊNG DƯA LEO TỒN HOA CÁI.” II TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1 Giới thiệu 2.1.1 Tên gọi Tên khoa học: Cucumis sativus L Thuộc họ bầu bí (Cucurbitaceae) Giới (Regume): Plantae Ngành (divisio): Magnoliophyta Lớp (Class): Magnoliopsida Bộ (ordo): Cucurbitales Họ (Familia): Cucurbitaceae Juss Chi (Genus): Cucumis Lồi (Species): C.sativus Hình 2.1: Dưa leo (Nguồn: wikipedia) 2.1.2 Nguồn gốc phân bố Dưa leo rau ăn trồng trọt lâu đời biết đến cách khoảng 5000 năm [6] Tuy nguồn gốc lồi cịn ẩn số mặc cho nhiều ý kiến khác xung quanh tồn loại này, song, chưa phần giải đáp câu đố tổ tiên chúng Năm 1912 , De Candolle đưa quan điểm khởi nguyên Tây Bắc Ấn Độ dựa theo tồn loại họ hàng hoang dã với số lượng nhiễm sắc thể 2n=14, nay, giả thuyết nhiều nhà khoa học tin tưởng, xem trọng Loài hoang dại, Cucumis hardwickii dạng dưa leo nhỏ đắng có gai cứng tìm thấy mọc hoang dại chân núi Himalaya [8,16,30,34,40] Bên cạnh đó, nhiều ý kiến thống dưa leo có nguồn gốc vùng đất Nam Á , trồng từ lâu đời vào khoảng 3000 năm trước Từ nơi dưa leo đưa đến vùng Tây Á, nước Bắc Phi Nam Âu [7] Ở Trung Quốc , trước Công nguyên, dưa leo trồng trọt Các giống dưa leo địa phương Trung Quốc có nhiều tính trạng lặn dài, hình thành khơng cần qua thụ phấn (dạng parthenocarpy), không chứa chất gây đắng (cucurbitaxin), gai màu trắng Nhà thực vật học Vavilo Tatliogu , thông qua thám hiểm nghiên cứu thân cho Trung Quốc trung tâm khởi nguyên thứ hai dưa leo [26,39] Nhiều tài liệu cổ Trung Quốc cho dưa leo trồng từ khoảng 100 năm trước Công nguyên [48] Trong thời kỳ La Mã, dưa leo phát triển theo phương pháp trồng mái che, đến kỷ 13 dưa leo đưa đến nước Anh, Columbus chuyến du lịch đường biển lần thứ mình, gieo trồng dưa leo Haiti Từ kỷ 16, người Tây Ban Nha phát dưa leo thuộc địa bị họ thống trị [1,8,30] Việc phát dạng dưa leo dại, nhỏ, mọc tự nhiên vùng Đồng Bắc Bộ dạng to, gai trắng, mọc tự nhiên vùng núi cao phía Bắc Việt Nam, cho thấy khu vực miền núi phía Bắc Việt Nam giáp Lào coi nơi phát sinh dưa leo, tồn dạng hoang dại [5] Ở nước ta, dưa leo trồng nhiều vùng nước thích hợp chủ yếu đồng trung du, miền núi phía Bắc Một số tỉnh trồng nhiều dưa leo như: Hải Dương, Hải Phòng, Hưng Yên, Nam Định, Hà Nội, Phú Thọ,…[45] Theo thống kê tổ chức Lương thực Nông nghiệp Liên Hợp Quốc (FAO), diện tích trồng dưa leo giới tăng hàng năm (bảng 1.1) Những châu lục có diện tích gieo trồng suất dưa leo là: Châu Á ( diện tích: 1.488.023 ha, sản lượng 70.591.456 tấn); Châu Âu (187.440 ha, 6.392.501 tấn); 160bp  Hình 4.4: Chạy dịng nhiệt độ 54 oC Qua kết khảo sát, nhận thấy nhiệt độ rõ đẹp 54oC không thấy băng ký sinh vạch sản phẩm đẹp, rõ ràng Như vậy, nhiệt độ thích hợp cho phản ứng PCR với marker BCAT 54oC 4.3 Giải trình tự đoạn gene BCAT Tiếp theo, chúng tơi tiến hành giải trình tự vùng khoảng 1kb xung quanh gene BCAT với mục tiêu để khảo sát đặc điểm vùng gene Đầu tiên, mồi thiết kế bảng 4.5 bên bắt đặc hiệu lên vùng gene BCAT Thực tối ưu hóa điều kiện phản ứng PCR (bảng 4.4) để khuếch đại vùng gene BCAT Phản ứng PCR giải trình tự để xác định đặc điểm vùng gen Chi tiết cho bên 4.3.1 Tối ưu hóa phản ứng PCR để giải trình tự Bảng 4.4: Đặt chu trình nhiệt phản ứng PCR với mồi Cs-BCAT-S: Giai đoạn Nhiệt độ (oC) Thời gian (s) Chu kỳ Biến tính ban đầu mạch đơi DNA 98 30 Biến tính mạch đơi DNA 98 Mồi bắt cặp với mạch đơn DNA 47 Kéo dài mạch 72 Kéo dài mạch DNA lần cuối 72 60 Bảo quản ∞ - 30 Bảng 4.5: Nhiệt độ nóng chảy kích thước khuếch đại marker Cs-BCAT-S 35 Marker Trình tự mồi Nhiệt độ nóng chảy (oC) Cs-BCAT F: 5’-CTGGACACATTTTGCAGACA -3’ 53.4 R: 5’-TCTTCCTCAAATCCCTCGTTC -3’ 54.3 Hình 4.5: Dịng 1, 2, 3, 4, với dòng mẫu từ 1đến mồi sequence BCAT Đặt phản ứng PCR cho mồi sequence BCAT nhiệt độ 47oC số dòng dưa leo Kết cho thấy số dịng cho băng có kích thước khoảng 900bp Tuy nhiên, có nhiều sản phẩm ký sinh Một số dòng dưa leo chưa cho sản phẩm Vì vậy, tiến hành tăng nhiệt độ bắt cặp mồi phản ứng PCR Kết hình 4.6 36 Hình 4.6: Mẫu 9.2, 10.6, 11.1 nhiệt độ 54oC Khi tăng nhiệt độ bắt cặp mẫu để tăng tính đặc hiệu phản ứng PCR, chúng tơi thu sản phẩm có kích thước khoảng 900bp, khơng có sản phẩm ký sinh Như vậy, phản ứng PCR khuếch đại vùng trình tự mục tiêu tối ưu hóa Tiếp theo, chúng tơi sử dụng điều kiện phản ứng để PCR giải trình tự dịng dưa leo tồn hoa dịng dưa leo có hoa nhiều hoa đực Sản phẩm PCR dịng dưa leo sau gởi dịch vu giải trình tự Thơng tin mẫu sau: - Mẫu 4.6: hoa đực nhiều hoa (ff) Mẫu 14.6: hoa đực hoa trung bình (ff) Mẫu 9.6, 10.6, 11.6: tồn hoa (FF) 4.3.2 Kết giải trình tự đoạn gene BCAT Kết giải trình tự đoạn gene BCAT mục tiêu thể hình 4.7 Kết giải trình tự vùng có kích thước 900bp cho thấy mẫu thuộc kiểu hình giới tính Gynoecious (tồn hoa cái) có đột biến điểm, đột biến đoạn so sánh với mẫu có kiểu giới tính hoa đực Cụ thể số đột biến xuất gồm có: đột biến điểm (5 đột biến thay nucleotide C thành G, C thành A, T thành C, G thành C, G thành T, đột biến nucleotide T); đột biến đoạn 56bp Như vậy, kết giải trình tự lý giải kích thước phản ứng PCR với marker BCAT dòng dưa leo tồn hoa dưa leo có nhiều hoa đực 56bp Ngoài ra, kết cho thấy, số đột biến điểm dấu chứng tiềm chọn lọc dòng dưa leo tồn hoa 37 38 Hình 4.7: Kết giải trình tự dịng dưa leo tồn hoa dịng dưa leo có hoa đực nhiều hoa Các vùng gene có trình tự tương đồng dòng dưa leo đánh dấu *; Vùng gene bị đoạn tô màu vàng; Vùng gene có đột biến điểm khơng đánh dấu 4.4 Thử nghiệm qui trình số dịng Như vậy, khuôn khổ đề tài này, bước đầu xây dựng qui trình xác đinh dưa leo toàn hoa marker phân tử BCAT Tiếp theo chúng tơi sử dụng qui trình để xác định kiểu gene 15 dịng dưa leo từ cơng ty TNHH Hạt giống Tân Lộc Phát Một số kết thể hình 4.7 bên 39 Hình 4.8: Dòng (hoa đực nhiều hoa cái- 216bp); dịng 11(tồn hoa - 160bp); dịng 12 (hoa hoa đực trung bình- 160bp) Kết cho thấy có tương thích kết sử dụng marker BCAT kết kiểu hình dịng dưa leo Trong đó, dịng có hoa dực nhiều hoa cho sản phẩm 216bp, dòng hoa cho vạch 160bp Tuy nhiên, ngồi tương thích sử dụng marker kiểu trên, số dịng dưa leo, chưa có tương thích kiểu hình kết sàng lọc marker BCAT Vì vậy, chúng tơi thực thử nghiệm số marker khác để tìm marker có độ xác cao sàng lọc dịng dưa leo tồn hoa 40 41 V KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 5.1 - Kết luận Tối ưu hóa cơng đoạn tách chiết sử dụng Plant DNAzol Reagent để rút ngắn thời gian tách chiết so với tách chiết truyền thống - Tối ưu lượng hóa chất sử dụng so với quy trình mà nhà sản xuất đưa Dù giảm hóa chất chất lượng sản phẩm đo OD đủ để thực pharn ứng PCR - Khảo sát gradiet nhiệt độ cho cặp mồi BCAT với nhiệt độ 47oC50oC-52oC- 54oC Nhiệt độ thích hợp cho phản ứng PCR với cặp mồi 42 BCAT 54oC - Giải trình tự đoạn gene BCAT cho thấy dịng 9, dịng 10, dịng 11 thuộc dịng gynoecious (tồn hoa cái) bị đột biến đoạn 56bp số đột biển điểm khác - Thử nghiệm quy trình 15 dịng dưa leo biết trước kiểu hình giới tính, số dịng dưa leo cho kết tương thích cao 5.2 Đề nghị Nên tiến hành thêm phản ứng PCR sử dụng marker phân tử khác dòng biết trước để đánh giá độ tương thích marker phân tử với kiểu hình để đưa kết luận xác hiệu ứng dụng marker quy trình chọn tạo giống/dịng dưa leo tồn hoa 43 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tiếng Việt [1] Tạ Thu Cúc (2007), “Giáo trình rau”, NXB Nơng nghiệp, Hà Nội, 199 trang [2] Nguyễn Văn Hiển cộng (2000), “Giáo trình chọn giống trồng”, NXB Nông nghiệp, Hà Nội, 367 trang [3] Lã Đình Mỡ, Dương Đức Huyền, “Cây dưa chuột-Tài nguyên thực vật Đông Nam Á”, Nhà xuất nông nghiệp Hà Nội [4] Nguyễn Đức Thành (2015), “Các Kỹ Thuật Chỉ Thị DNA Trong Nghiên Cứu Đa Dạng Di Truyền Nguồn Gen Và Chọn Giống Thực Vật”, Nhà Xuất Bản Hà Nội [5] Trần Khắc Thi (1985), “Nghiên cứu đặc điểm số giống dưa chuột ứng dụng chúng công tác giống đồng sông Hồng”, Luận án tiến sĩ Khoa học Nông Nghiệp, Hà Nội, 165 trang Tiếng Anh [6] Tanurdzic, M And Banks, J.A (2004) “Sex-determining mechanisms in land plants” Plant cell 16:S61-S71 [7] Bose T.K., Som M.G (1986), “Vegetable Crops in India”, Naya Prokash, Calcutta- Six, India, p 91-164 [8] De Candole A (1984), “Origin of cultivated plans”, New York, USA, 510p [9] Destefano-Beltran, L.J.C., Van Caeneghem, W., Gielen, J., Richard, L., Van Montagu, M And Van Der Sraeten, D (1995) “Characteriziation of three members of the ACC synthase gene family in Solanum tuberosum L” 44 Mol Gen Genet 246: 496- 598 [10] Diro Terefe (2005), “Molecular Genetic and Physiological studies on the sex- determing M/m and A/a Genes in cucumber (Cucumis sativus L.)”, Dortor of Horticulture [11] Galun, E (1959) “The role of auxins in the sex expression of the cucumber” Physiol Plant 12: 48-61 [12] Galun, E (1961), “Study of the inheritance of sex expression in the cucumber, the interaction of major genes with modifying, genetic and nongenetic factors”, Genetica XXXII:1134-163 [13] Fazio G, Staub JE, Chung SM (2002), “Development and characterization of pcr markers in cucumber ” J Am Soc Hortic Sci 127(4):545-550 [14] Flor H.H (1956), “The complementary genetis sytem in flax and flaxtrust”, Advances in Genetics, Vol 8, pp.29-54 [15] Halima Benbouza, Jean Marie Jacqueminm Guy Mergeai (2006), “ Optimization of reliable, fast, cheap and sensitive silver staining method to detect SSR markers in polyacrylamide gels”, Biotechnol Agron Soc Environ 71-81 [16] IBPGR (1993), “Genetic Resources of Cucurbitaceae” IBPGR Secretariat, Rome, December, 11p [17] Joseph H., Kirkbride, JR.(1993), “Biosystematic Monograph of the genus cucumis (Cucurbitaceae)”, Parkwway Publishers Boone, North Carolina, p 30 45 [18] Kahana A,Silberstein Leah, Kessler N, Goldstein RS, Treves RP (1999), “Expression of ACC oxidase genes differs among sex genotypes and sex phases in cucumber”, Plant Molecular Biology 41:517-528-528 [19] Kangle Zheng, Ning Huang, John Bennet, and Gurder S.Khush (1995), PCR, Based marker – assisted selection in rice breeding, IRRI Discussion paper series no 12 [20] Khin Thanda Win, Chunying Zhang, Kihwan Song, Jeong Hwan Lee, Sanghyeob Lee (2015), “Development and characterization of a co-dominant molecular marker via sequence analysis of a genomic region containing the Female (F) locus in cucumber (Cucumis sativus L.)”, Mol Breeding 35:229 [21] Kinoshita T (1995), “Report of committee on gen symbolization, nomenclature and linkage group”, Rice Genet Newls 12:9-115 [22] Kumar P, Gupta VK, Misra AK, Modi DR Pandey BK (2009), “ Potential of molecular markers in Plant Biotechnology”, Plant Omics Journal 2: 141-162 [23] Mahalingam A, R Saraswathi and J Ramalingam (2013), “Simple sequence repeat (SSR) markers for assessing genetic diversity among the parental lines of hybrid rice (Oryza sativa L.)”, academic journal vol 12(33), pp 5105-5116 [24] Malepszy, S And Niermirowicz-Szczytt, K (1991) “Sex determination in cucumber (Cucumis sativus) as a model system for molecular biology”, Plant Sci 80: 39-47 [25] Mibus H, Tatlioglu T (2004), “Molecular characterization and isolation of 46 the F/f gene for femaless in cucumber (Cucumis sativus L.)”, Theor Appl Genet (2004) 109: 1669–1676 [26] Pierce, L.K and Wehner, T.C (1990),“Review of genes and linkage groups in cucumber”, HortScience 25: 605–615 [27] Protocol Guide Automated Gel Stainer “Automated Silver and Coomassie Staining of Polyacrylamide Gels”, Amersham Bioscience p 1-8 [28] Ram J Singh (2007), Cucurbit (Cucurbitaceae; Cucumis spp, Cucurbita spp; Citrullus spp), In: Genetic Resources, Chromosome Engieering, and Crop Improvement: Vegetable crops, Volume 3, CRC press, Taylor & Francis Group, Chapter 8, p 271-376 [29] Ren Y, Zhang Z, Liu J, Staub JE, Han Y, Cheng Z (2009), “An integrated genetic and cytogenetic map of the cucumber genome” PloS One 4(6):e5795.doi:10.1371/ journal.pone.0005795 [30] Robinson R.W., Decker-Walter D.S (1999), Cucubits, Cabinternational, USA, 226p [31] Ronit RK, Tova T (2006), “The Female-Specific Cs-ACS1G Gene of Cucumber A Case of Gene Duplication and Recombination between the NonSex-Specific 1- Aminocyclopropane-1-Carboxylate Synthase Gene and a Branched-Chain Amino Acid Transaminase Gene ”, Plant Cell Physiol 47(9): 1217–1228 [32] Seiji Yamasaki, Nobuhara Fujii, Hideyuki Takabashi (2003), “ Characterization of ethylene effects on sex determination in cucumber plants”, Sex Plant Reprod, 16:103- 111 47 [33] Shifriss, O (1961), “Sex control in cucumber”, J Hered, 52, p 5-121 [34] Siemonsma, J.S., Kasem Piluck (1994), “Plan Resources of South-East Asia” No Bogor Indonesia, p.157-160 [35] Tatlioglu T (1993), “Cucumber: Cucumis sativus L.”, In: Genetic improvement of vegetable crops (eds G Kaloo, B.O Bergh), Pergamon Pres, USA P 197-234 [36] Trebitsh, T., Riov, J And Rudich, J (1987) “Auxin, biosynthesis of ethylene and sx expreesion in cucumber (Cucumis sativus)” Plant Growth Regul 5:105-113 [37] Trebitsh, T., Staub, J.E and O’Neill, S.D (1997) “Identification of a 1aminocyclopropane-1-carboxylic acid synthase gene linked to the Female (F) locus that enhances female sex expreesion in cucumber” Plant Physio.113: 987-995 [38] Vavilov N.I (1926), “Studies on the Origin of Cultivated Plant”, Leningrad, p 248 [39] Vincent E Rubatzky, Mas Yamaguchi (1997), “Important vegetables of the Cucurbitaceae”, In World Vegetable, Principle, Production and Nutritive Values Chapman and Hall ITP international Thomson Publishing, p 585-592 [40] Wehner T.C (1999), “Heterosis in Vegetable Crops”, In: The Genetics and Exploitation of Heterosis In Crops Madison, Wisconsin, USA, p 378-397 [41] Yuhong Li, Changlong Wen, Yiqun Weng (2013), “Fine mapping of the pleiotropic locus B for black spine and orange mature fruit color in cucumber identifies a 50 kb region containing a R2R3-MYB transcription factor”, Theor Appl Genet, 126:2187–2196 48 [42] Zhang Z, Mao L, Chen H et al (2015), “Genome-wide mapping of structural variations reveals a copy number variant that determines reproductive morphology in cucumber”, Plant Cell doi:10.1105/tpc.114.135848 [43] Zheng L, Junsong P, Yuan G, Qianji T, Huanle H, Longting S, Run C (2008), “Development and fine mapping of three co-dominant SCAR markers linked to the M/m gene in the cucumber plant (Cucumis sativus L)”, Theor Appl Genet 117:12531260 Nguồn internet [44] http://123doc.org/document/2412952-nghien-cuu-thi-truong-rau-cua-vietnam.html [45] http://faostat.fao.org/site/399/defaul aspx FAOSTAT/@FAO statistics Division, 2010, 19 March 2010 [46] https://suckhoe9.com/6-tac-dung-cua-dua-chuot-doi-voi-suc-khoe.html [47] https://www.wattpad.com/466726-c%C3%A2y-d%C6%B0a-leo [48]http://www.biotechnologynotes.com/polymerase-chain-reaction/polymerase-chainreaction-pcr-biotechnology/545 [49]https://www.wattpad.com/2956231-c%C3%A2u-14-ph%C6%B0%C6%A1ngph%C3%A1p-lai-southern-blot [50] http://champadalat.vn/chi-tiet-san-pham/281/111/dua-leo-da-lat.html 49 ... TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU KHOA HỌC SINH VIÊN TỐI ƯU HÓA QUY TRÌNH SỬ DỤNG MARKER PHÂN TỬ TRONG SÀNG LỌC DỊNG DƯA LEO TỒN HOA CÁI MÃ SỐ: 38... nhận diện dịng dưa leo mang tồn hoa -Tối ưu hóa quy trình tách chiết DNA từ dưa leo -Tối ưu hóa quy trình PCR sử dụng marker nhận diện dịng dưa leo mang tồn hoa - Ứng dụng qui trình bước đầu... tơi thực đề tài nghiên cứu: “TỐI ƯU HÓA QUY TRÌNH SỬ DỤNG MARKER PHÂN TỬ TRONG SÀNG LỌC DỊNG DƯA LEO TOÀN HOA CÁI.” II TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1 Giới thiệu 2.1.1 Tên gọi Tên khoa học: Cucumis sativus