LỜI CẢM ƠN
MỤC LỤC
BẢNG DANH MỤC CÁC CHỮ CÁI VIẾT TẮT
MỞ ĐẦU
2. Phƣơng pháp nghiên cứu
3. Bố cục của luận văn
Chương 1.Một số tính chất vật lý của phân tử ADN, Virus và bài toán phóng ADN ra khỏi virus
Chương 2. Các lý thuyết tĩnh điện cho dung dịch
Chương 3. Phương pháp mô phỏng Monte Carlo
Chương 4. Kết quả tính toán lý thuyết và mô phỏng hệ ADN
Kết luận
Tài liệu tham khảo Phụ lục
CHƢƠNG 1- MỘT SỐ TÍNH CHẤT VẬT LÝ CỦA PHÂN TỬ ADN, VIRUS VÀ BÀI TOÁN PHÓNG ADN RA KHỎI VIRUS
1.1. Tổng quan về ADN
1.1.1. Cấu trúc hóa học của phân tử ADN
1.1.2. Cấu trúc không gian của phân tử ADN
1.2. Tổng quan về virus 1.2.1.Cấu trúc cơ bản của virus
1.2.2. Chu kì sống của virus
1.3. Bài toán phóng ADN ra khỏi virus
CHƢƠNG 2-CÁC LÝ THUYẾT TĨNH ĐIỆN CHO DUNG DỊCH
2.1. Phƣơng trình trƣờng trung bình Poisson-Boltzmann và lý thuyết tĩnh điện Debye-Huckel.
2.1.1. Phƣơng trình Poisson-Boltzmann
2.1.2. Tuyến tính hóa phƣơng trình Poison – Boltzmann (PB) – Phƣơng trình Debye – Huckel (DH).
2.1.3. Áp dụng phƣơng trình Debyle-Huckel để tính thế năng quanh một hình trụ tích điện.
2.2. Lý thuyết tĩnh điện tƣơng quan mạnh và sự đảo dấu điện tích bởi các phản ion đa hóa trị
CHƢƠNG 3-PHƢƠNG PHÁP MÔ PHỎNG MONTE CARLO
3.1. Phƣơng pháp mô phỏng Monte Carlo và thuật toán Metropolis
3.1.1. Phƣơng pháp mô phỏng Monte Carlo
3.1.2. Điều kiện cân bằng chi tiết
3.1.3. Thuật toán Metropolis
3.2. Lý thuyết mô phỏng Monte Carlo hệ vĩ chính tắc
3.3. Cách tính áp suất và năng lƣợng tự do bằng phƣơng pháp tập hợp thống kê mở rộng
CHƢƠNG 4 - KẾT QUẢ TÍNH TOÁN LÝ THUYẾT VÀ MÔ PHỎNG HỆ ADN
4.1. Lý thuyết đảo dấu điện tích áp dụng cho bài toán phóng ADN ra khỏi virus
4.1.1. Lý thuyết tính toán số lƣợng ADN phóng ra khỏi virus
4.1.2. Kết quả việc khớp lý thuyết với số liệu thực nghiệm của việc phóng ADN ra khỏi virus
4.2. Mô phỏng hệ ADN
4.2.1 Mô hình hệ ADN
4.2.2 Kết quả mô phỏng
4.2.2.1. Sự đảo dấu điện tích ADN bởi các phản ion đa hóa trị
4.2.2.2. Tƣơng tác hiệu dụng giữa ADN và ADN khi có mặt phản ion ở dung dịch và năng lƣợng tự do của quá trình gói ADN vào trong virus.
KẾT LUẬN
TÀI LIỆU THAM KHẢO
PHỤ LỤC