Nghiên cứu quần xã vi khuẩn trong đất trồng sâm ngọc linh panax vietnamensis ha et grushv và tuyển chọn một số chủng có tiềm năng ứng dụng

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN - Trần Bảo Trâm NGHIÊN CỨU QUẦN XÃ VI KHUẨN TRONG ĐẤT TRỒNG SÂM NGỌC LINH (Panax vietnamensis Ha et Grushv.) VÀ TUYỂN CHỌN MỘT SỐ CHỦNG CÓ TIỀM NĂNG ỨNG DỤNG LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Hà Nội - 2020 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN - Trần Bảo Trâm NGHIÊN CỨU QUẦN XÃ VI KHUẨN TRONG ĐẤT TRỒNG SÂM NGỌC LINH (Panax vietnamensis Ha et Grushv.) VÀ TUYỂN CHỌN MỘT SỐ CHỦNG CÓ TIỀM NĂNG ỨNG DỤNG Chuyên ngành: Vi sinh vật học Mã số: 9420101.07 LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: TS Phạm Hương Sơn PGS.TS Phạm Thế Hải LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu riêng Các số liệu luận án trung thực chưa công bố cơng trình khác Hà Nội, ngày 07 tháng năm 2020 Tác giả Trần Bảo Trâm iii LỜI CẢM ƠN Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới tập thể hướng dẫn: TS Phạm Hương Sơn PGS TS Phạm Thế Hải tận tình bảo, hướng dẫn tơi thực luận án Trong thời gian làm NCS, trưởng thành nhiều lĩnh vực nghiên cứu khoa học Tôi xin trân trọng cảm ơn tập thể giảng viên, cán Bộ môn Vi sinh vật học – Khoa Sinh học, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên (Đại học Quốc gia Hà Nội) lãnh đạo, đồng nghiệp Trung tâm Sinh học Thực nghiệm – Viện Ứng dụng Công nghệ tạo điều kiện thuận lợi để thực luận án Cuối gửi lời cảm ơn tới gia đình, bạn bè ln ủng hộ, động viên tạo điều kiện mặt để tơi hồn thành nghiên cứu MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN .i LỜI CẢM ƠN ii DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT viii DANH MỤC BẢNG ix DANH MỤC HÌNH x MỞ ĐẦU1 CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 SÂM NGỌC LINH VÀ VÙNG PHÂN BỐ 1.1.1 Giới thiệu sâm Ngọc Linh 1.1.1.1 Phân loại .4 1.1.1.2 Đặc điểm sinh học 1.1.1.3 Thành phần hoá học tác dụng dược lý SNL 1.1.2 Điều kiện tự nhiên vùng phân bố sâm Ngọc Linh 1.1.2.1 Phân bố .8 1.1.2.2 Điều kiện nhiệt độ 1.1.2.3 Độ ẩm, lượng mưa 1.1.2.4 Thổ nhưỡng 1.2 QUẦN XÃ VI SINH VẬT ĐẤT 10 1.2.1 Quần xã vi sinh vật đất 10 1.2.2 Quần xã vi sinh vật đất trồng Nhân sâm (Panax L.) 11 1.3 CÁC PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG VI KHUẨN 14 1.3.1 Các phương pháp dựa nuôi cấy 14 1.3.1.1 Phương pháp đếm khuẩn lạc (định lượng vi khuẩn) 14 1.3.1.2 Đánh giá khả sử dụng nguồn cacbon đơn (SCSU) 15 1.3.1.3 Phân tích acid béo phospholipid/acid béo methyl ester 15 1.3.1.4 Đánh giá hoạt tính sinh học 16 1.3.2 Các phương pháp sinh học phân tử 17 1.3.2.1 Các phương pháp sinh học phân tử 17 1.3.2.2 Kỹ thuật metagenomics 19 1.4 NGHIÊN CỨU PHÁT HIỆN LOÀI VI KHUẨN MỚI TRONG ĐẤT TRỒNG NHÂN SÂM 26 1.4.1 Môi trường nuôi cấy sử dụng phân lập .27 1.4.2 Định danh phương pháp truyền thống 27 1.4.2.1 Phân tích đặc điểm kiểu hình 27 1.4.2.2 Đánh giá đặc điểm sinh lý, sinh hóa (Phụ lục 1) 28 1.4.3 Định danh phương pháp sinh học phân tử 29 1.5 CÁC NHÓM VI KHUẨN CÓ TIỀM NĂNG ỨNG DỤNG PHÂN LẬP TỪ ĐẤT TRỒNG SÂM 30 1.5.1 Vi khuẩn phân giải phosphate (PSM) 31 1.5.2 Vi khuẩn sinh tổng hợp IAA 33 1.5.3 Vi khuẩn chuyển hóa ginsenoside 35 CHƯƠNG VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP 41 2.1 VẬT LIỆU 41 2.1.1 Mẫu đất 41 2.1.1.1 Địa điểm lấy mẫu 41 2.1.1.2 Thời gian lấy mẫu, số lượng mẫu .41 2.1.2 Hóa chất .41 2.1.2.1 Hóa chất sử dụng phân tích thành phần hóa lý đất 41 2.1.2.2 Hóa chất sử dụng phân tích metagenome 41 2.1.2.3 Hóa chất sử dụng phân lập định danh vi khuẩn 42 2.1.2.4 Hóa chất sử dụng phân tích ginsenoside 42 2.1.3 Thiết bị 43 2.2 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 43 2.2.1 Sơ đồ nghiên cứu 43 2.2.2 Phương pháp lấy mẫu đất (TCVN 7538-2:2005 - Phụ lục 2) 44 2.2.3 Phân tích thành phần hóa lý đất (Phụ lục 2) 44 2.2.4 Phân tích quần xã vi khuẩn kỹ thuật metagenomics 45 2.2.4.1 Sơ đồ quy trình phân tích metagenome .45 2.2.4.2 Các bước tiến hành 45 2.2.5 Phân tích vi khuẩn phương pháp ni cấy 46 2.2.5.1 Phân lập xác định thành phần/số lượng nhóm vi sinh vật phương pháp đếm khuẩn lạc .46 2.2.5.2 Tuyển chọn chủng vi khuẩn có hoạt tính ứng dụng 47 2.2.5.3 Định danh vi khuẩn 50 2.2.6 Phương pháp xác định loài 51 2.2.6.1 Phân tích đặc điểm hình thái khuẩn lạc, tế bào 52 2.2.6.2 Đánh giá đặc điểm nuôi cấy 52 2.2.6.3 Định danh 53 2.2.6.4 Đánh giá hoạt tính 53 2.2.6.5 Xác định thành phần G+C 55 2.2.6.6 Lai DNA-DNA 56 2.2.7 Phương pháp xử lí số liệu 56 2.2.7.1 Xử lí số liệu phân tích thổ nhưỡng, đếm số lượng tế bào (khuẩn lạc) 56 2.2.7.2 Xử lí số liệu phân tích đa dạng quần xã vi sinh vật 56 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 57 3.1 ĐẶC ĐIỂM THỔ NHƯỠNG VÙNG TRỒNG SÂM NGỌC LINH Ở QUẢNG NAM 57 3.2 NGHIÊN CỨU QUẦN XÃ VI KHUẨN TRONG ĐẤT TRỒNG SÂM NGỌC LINH Ở QUẢNG NAM BẰNG PHƯƠNG PHÁP METAGENOMICS .60 3.3 NGHIÊN CỨU QUẦN XÃ VI KHUẨN TRONG ĐẤT TRỒNG SÂM NGỌC LINH Ở QUẢNG NAM BẰNG PHƯƠNG PHÁP NI CẤY .64 3.3.1 Phân tích quần xã vi khuẩn theo nhóm phân loại 64 3.3.2 Phân lập xác định loài đất trồng SNL 65 3.3.2.1 Đặc điểm hình thái/ni cấy 66 3.3.2.2 Đặc điểm sinh hóa chủng B23 67 3.3.2.3 Định danh 69 3.3.2.4 Đánh giá đặc điểm sinh lý, sinh hóa chủng P panacisoli B23 với chủng tham chiếu P sphaerophysae HAMBI 3106T P caeni KCTC 22480T 70 3.3.2.5 Phân tích acid béo 73 3.3.2.6 Phân tích hàm lượng G+C 75 3.3.3 Phân tích quần xã vi khuẩn theo nhóm hoạt tính 75 3.4 TUYỂN CHỌN CÁC CHỦNG VI KHUẨN CÓ KHẢ NĂNG ỨNG DỤNG 77 3.4.1 Tuyển chọn chủng vi khuẩn phân giải phosphate 77 3.4.1.1 Phân lập .77 3.4.1.2 Định danh chủng tuyển chọn 79 3.4.1.3 Đánh giá khả phân giải phosphate chủng tuyển chọn .81 3.4.2 Tuyển chọn chủng vi khuẩn sinh tổng hợp IAA 83 3.4.2.1 Phân lập .83 3.4.2.2 Định danh chủng tuyển chọn 85 3.4.2.3 Đánh giá khả tăng trưởng thực vật chủng tuyển chọn .87 3.4.3 Tuyển chọn chủng vi khuẩn có hoạt tính chuyển hóa ginsenoside 89 3.4.3.1 Phân lập .89 3.4.3.2 Định danh chủng tuyển chọn E3 90 3.4.3.3 Con đường chuyển hóa ginsenoside Rb1 chủng tuyển chọn E3 92 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ .95 DANH MỤC CƠNG TRÌNH KHOA HỌC CỦA TÁC GIẢ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN 97 TÀI LIỆU THAM KHẢO .99 DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT STT Kí hiệu Nguyên nghĩa DGGE Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (Điện di biến tính) DNA Deoxyribonucleic acid FAME Acid béo methyl ester HPLC High Performance Liquid Chromatography (Sắc kí lỏng hiệu cao) IAA OTUs Operational Taxonomic Units (Đơn vị phân loài) PLFA Acid béo phospholipid PSM Phosphate Solubilizing Microorganisms (Vi sinh vật phân giải phosphate) RAPD Random amplified polymorphic DNA (Kỹ thuật đa hình DNA nhân ngẫu nhiên) 10 RNA Ribonucleic acid 11 SCSU Sole Carbon Source Utilization (Khả sử dụng nguồn cacbon đơn) 12 SNL Sâm Ngọc Linh 13 TLC Thin Layer Chromatography (Sắc kí lớp mỏng) 14 VSV Vi sinh vật Indole - - Axetic Acid (Chất tăng trưởng thực vật nhóm auxin) 65 Deltaproteobacteria 66 Myxococcales Polyangiaceae Minicystis 0.04313 Gammaproteobacteria Pseudomonadales Moraxellaceae Cavicella 0.04313 67 Betaproteobacteria Burkholderiales Oxalobacteraceae Glaciimonas 0.04313 68 Alphaproteobacteria Rhizobiales Beijerinckiaceae Methylocapsa 0.04313 69 Alphaproteobacteria Rhizobiales Bradyrhizobiaceae Rhodoplanes 0.04313 70 Alphaproteobacteria Rhizobiales Hyphomicrobiaceae Hyphomicrobium 0.03697 71 Gammaproteobacteria Xanthomonadales Solimonadaceae Nevskia 0.03697 72 Alphaproteobacteria Sphingomonadaceae Blastomonas 0.03081 73 Gammaproteobacteria Xanthomonadales Solimonadaceae Solimonas 0.03081 74 Betaproteobacteria Oxalobacteraceae Collimonas 0.02464 75 Gammaproteobacteria Xanthomonadales Xanthomonadaceae Stenotrophomonas 0.02464 76 Alphaproteobacteria Rhizobiales Labrys_f Labrys 0.02464 77 Betaproteobacteria Burkholderiales Oxalobacteraceae Duganella 0.01848 78 Betaproteobacteria Burkholderiales Ralstonia_f Ralstonia 0.01848 79 Betaproteobacteria Burkholderiales Sphaerotilus_f Leptothrix 0.01848 80 Alphaproteobacteria Rhodospirillales Rhodospirillaceae Elstera 0.01848 81 Alphaproteobacteria Rhodospirillales Acetobacteraceae Rhodopila 0.01232 Sphingomonadales Burkholderiales 82 Alphaproteobacteria 83 Rhodospirillales Rhodospirillaceae Telmatospirillum 0.01232 Gammaproteobacteria Xanthomonadales Xanthomonadaceae Dokdonella 0.01232 84 Betaproteobacteria Neisseriales Neisseriaceae Chitinimonas 0.01232 85 Deltaproteobacteria Myxococcales Anaeromyxobacteraceae Vulgatibacter 0.01232 86 Betaproteobacteria Sterolibacterium_o Sterolibacterium_f Georgfuchsia 0.01232 87 Gammaproteobacteria Legionellales Coxiellaceae Aquicella 0.01232 88 Betaproteobacteria Burkholderiales Comamonadaceae Ramlibacter 0.01232 89 Alphaproteobacteria Rhizobiales Rhizobiaceae Rhizobium 0.00616 90 Gammaproteobacteria Xanthomonadales Xanthomonadaceae Fulvimonas 0.00616 91 Alphaproteobacteria Rickettsiales Paracaedibacter_f Paracaedibacter 0.00616 92 Deltaproteobacteria Bdellovibrionales Bacteriovoracaceae Bacteriovorax 0.00616 93 Betaproteobacteria Burkholderiales Sphaerotilus_f Paucibacter 0.00616 94 Betaproteobacteria Burkholderiales Comamonadaceae Delftia 0.00616 95 Betaproteobacteria Burkholderiales Comamonadaceae Caenimonas 0.00616 96 Betaproteobacteria Burkholderiales Oxalobacteraceae Herbaspirillum 0.00616 97 Alphaproteobacteria Rhodospirillales Acetobacteraceae Acidocella 0.00616 98 Alphaproteobacteria Rhizobiales Beijerinckiaceae Methylocella 0.00616 99 Deltaproteobacteria Bdellovibrionales Bdellovibrionaceae Bdellovibrio 0.00616 100 Betaproteobacteria Burkholderiales Sphaerotilus_f Kinneretia 0.00616 101 Betaproteobacteria Burkholderiales Sphaerotilus_f Ideonella 0.00616 102 Betaproteobacteria Burkholderiales Sphaerotilus_f Rhizobacter 0.00616 103 Gammaproteobacteria Steroidobacter_o Steroidobacter_f Steroidobacter 0.00616 104 Deltaproteobacteria Myxococcales Polyangiaceae Chondromyces 0.00616 105 Alphaproteobacteria Rhizobiales Devosia_f Devosia 0.00616 106 Alphaproteobacteria Rhizobiales Methylopila_f Methylopila 0.00616 107 Gammaproteobacteria ;Enterobacteriales Enterobacteriaceae Serratia 0.00616 108 Gammaproteobacteria Legionellales Legionellaceae Legionella 0.00616 Verrucomicrobiae Pedosphaera Pedosphaera Pedosphaera 3.46867 563 Opitutae Opitutales Opitutaceae Opitutus 0.25876 42 111 Verrucomicrobiae Verrucomicrobiales Chthoniobacter_f Chthoniobacter 0.03081 112 Sphingobacteriia Sphingobacteriales Sphingobacteriaceae Mucilaginibacter 1.3924 226 Flavobacteria Flavobacteriales Flavobacteriaceae Flavobacterium 0.20948 34 Sphingobacteriia Sphingobacteriales Chitinophagaceae Parafilimonas 0.07393 12 Sphingobacteriia Sphingobacteriales Chitinophagaceae Dinghuibacter 0.06161 10 109 110 113 114 115 Verrucomicrobia Bacteroidetes 116 Sphingobacteriia Sphingobacteriales Chitinophagaceae Flavitalea 0.03697 117 Bacteroidia Bacteroidales Bacteroidaceae Bacteroides 0.01848 118 Sphingobacteriia Sphingobacteriales Chitinophagaceae Terrimonas 0.01232 119 Bacteroidia ;Bacteroidales Prevotellaceae Prevotella 0.00616 120 Sphingobacteriia Sphingobacteriales Chitinophagaceae Ferruginibacter 0.00616 121 Sphingobacteriia Sphingobacteriales Chitinophagaceae Taibaiella 0.00616 122 Cytophagia Cytophagales Leadbetterella_f Leadbetterella 0.00616 123 Cytophagia Cytophagales Cytophagaceae Cytophaga 0.00616 Nitrospira Nitrospirales Nitrospiraceae Nitrospira 0.18483 30 Chthonomonadetes Chthonomonadales Chthonomonadaceae Chthonomonas 0.19715 32 Fimbriimonadia Fimbriimonadales Fimbriimonadaceae Fimbriimonas 0.17251 28 Planctomycetacia Planctomycetales Planctomycetaceae Aquisphaera 0.04929 Planctomycetacia ;Planctomycetales Planctomycetaceae Gemmata 0.01232 129 Planctomycetacia ;Planctomycetales Planctomycetaceae Zavarzinella 0.01232 130 Planctomycetacia Planctomycetales Planctomycetaceae Schlesneria 0.00616 Bacilli Bacillales Bacillaceae Bacillus 0.03697 ;Bacilli Bacillales Paenibacillaceae Paenibacillus 0.03697 124 125 126 Nitrospiae Armatimonadetes 127 128 131 132 Planctomycetes Firmicutes 133 Clostridia ;Clostridiales Ruminococcaceae Acetivibrio 0.00616 134 Bacilli Bacillales Planococcaceae Lysinibacillus 0.00616 135 Bacilli Lactobacillales Streptococcaceae Lactococcus 0.02464 136 Clostridia Clostridiales Helcococcus_f Parvimonas 0.00616 137 Clostridia Clostridiales Clostridiaceae Oxobacter 0.00616 138 Bacilli Bacillales Staphylococcaceae Staphylococcus 0.00616 139 Clostridia Clostridiales Ruminococcaceae Oscillibacter 0.00616 140 Bacilli Lactobacillales Lactobacillaceae Lactobacillus 0.00616 141 Verrucomicrobia Verrucomicrobiae Verrucomicrobiales Chthoniobacter_f Chthoniobacter 0.03081 Phụ lục 3.2 Khả nhạy cảm kháng sinh chủng B23 (1-carbenicillin 100 µg; 2- cefazolin 30 µg; 3-ceftazidime 30 µg; 4erythromycin 15 µg; 5- neomycin 30 µg; 6- tetracycline 30 µg; 7- novobiocin 30 µg; 8- rifampicin µg; 9- vancomycin 30 µg) Phụ lục 3.3 Trình tự gen 16S rRNS chủng B23 Paracoccus panacisoli DCY94 (KJ653224) GATTCTGCTCAGAACGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGC AAGTCGAGCGAGATCTTCGGGTCTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACG CGTGGGAATATGCCTCTTGGTACGGAATAGCCTCGGGAAACTGGGAG TAATACCGTATGTGCCCTTTGGGGGAAAGATTTATCGCCAAGAGATT AGCCCGCGTTGGATTAGGTAGTTGGTGGGGTAATGGCCTACCAAGCC GACGATCCATAGCTGGTTTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTG AGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATCTTAG ACAATGGGGGCAACCCTGATCTAGCCATGCCGCGTGAGTGATGAAG GCCTTAGGGTTGTAAAGCTCTTTCAGCTGGGAAGATAATGACGGTAC CAGCAGAAGAAGCCCCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAAT ACGGAGGGGGCTAGCGTTGTTCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCAC GTAGGCGGACCAGAAAGTTGGGGGTGAAATCCCGGGGCTCAACCCC GGAACTGCCTTCAAAACTATTGGTCTGGAGTTCGAGAGAGGTGAGTG GAATTCCGAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTCGGAGGAACACC AGTGGCGAAGGCGGCTCCACTGGCTCGATACTGACGCTGAGGTGCGA AAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCG TAAACGATGAATGCCAGACGTCGGGCAGCATGCTGTTCGGTGTCACA CCTAACGGATTAAGCATTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAA AACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTG GTTTAATTCGAAGCAACGCGCAGAACCTTACCAACCCTTGACATCCT CGGACATCCCCAGAGATGGGGCTTTCACTTCGGTGACCGAGAGACAG GTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTCGGTTAAGT CCGGCAACGAGCGCAACCCACACTTTCAGTTGCCATCATTCAGTTGG GCACTCTGGAAGAACTGCCGGTGATAAGCCGGAGGAAGGTGTGGAT GACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTACGGGTTGGGCTACACACGTGCTA CAATGGTGGTGACAGTGGGTTAATCCCCAAAAGCCATCTCAGTTCGG ATTGTCGTCTGCAACTCGACGGCATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATC GCGTAACAGCATGACGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACAC CGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGGTCTACCCGACGGCCGTGCGCTA ACCCTTGCGGGAGGCAGCGGACCTTGGTAGGCTCAGCGACTGGGGTG AAGTCTA Phụ lục 3.4 Đặc điểm hình thái, sinh hóa chủng vi khuẩn phân lập từ đất trồng SNL có hoạt tính phân giải lân Kí hiệu chủng Đặc điểm Đường kính (mm) P1 P6 P19 P29 P31 P35 P36 2-3 - 1,5 1-3 1-2 1-2 0,8 - 0,5 - Tròn Tròn Dạng trịn méo, Đặc điểm Hình dạng Trịn bóng mép cưa, Tròn méo nhẵn Màu trắng, Màu trắng Màu Màu Màu trắng bề mặt trơn, đục, bề hồng, bề trắng, bề đục, bề mặt lồi, mặt nhẵn, mặt trơn, mặt trơn, lồi, Hình que Hình que bề mặt nhăn khuẩn lạc Màu sắc Màu vàng nhạt Màu trắng đục Dạng trịn Trịn, mép Hình trịn Hình que Hình que Hình que Kích thước (µm) 0,68 - 0,91 - 1,37 1,5 - 0,5 - 0,64 0,65 - 1,2 0,43 -0,91 0,68 - Nhuộm Gram - - - - - - - β-galactosidase - + + + + + + Arginine dihydrolase - - - - + - - Đặc điểm tế bào Đặc điểm Hình cầu, Hình dạng kết đơi sinh hóa Lysine decarboxylase - - + - - + + (Kit 20E) Ornithine decarboxylase - + + + + - + Citrate utilization + + + + + + + H2S production - - - - - - - Urease + - + - - + + Tryptophanedeaminase - - - - - - - Indole production - + - + - - - Voges Proskauer + + + + + + + Gelatinase - - + - - - + D-Glucose + + + + + + + D-Mannitol - + + + + + + Inositol - - + - - + + D-Sorbitol - - + - + + + L-Rhamnose - + - + + + - D-Sucrose - - - - + + + D-Melibiose + + + + + + + Amygdalin - + + + + + + L-Arabinose + Ghi chú: (+): Có; (-): Khơng có + + + + + + Phụ lục 3.5 Đặc điểm hình thái, sinh hóa chủng vi khuẩn phân lập từ đất trồng SNL có hoạt tính sinh IAA Kí hiệu chủng Đặc điểm Đường kính (mm) VGS17-B38 VGS6-B18 VGS1-B14 P6 P19 E7 B23 -2,8 -2 2-3 - 1,5 1-3 -3 -2 Tròn Tròn Tròn Màu kem Màu kem Dạng trịn Đặc điểm Hình dạng Tròn, lồi, mịn Tròn Tròn méo, mép cưa, bề mặt nhăn khuẩn lạc Màu sắc Đặc điểm tế bào Vàng Màu trắng Trắng, bề Màu trắng mặt bóng đục Màu trắng, bề mặt trơn, lồi, Hình dạng Que ngắn Hình que Hình que Hình que Hình que Hình que Hình que Kích thước (µm) 0,4 – 0,9 0,8-3 2-2,5 - 1,37 1,5 - 0,7 -1,2 0,57 – 1,35 + + + - - + - 28-30 30-35 30 - 32 28-30 28-30 30 -32 35 -37 Nhuộm Gram Nhiệt độ tăng trưởng tối ưu (oC) pH tăng trưởng tối ưu Khả lên men 6,8 - 7 6,5 - 6,5 – 6,8 6,8 - 7-8 Glucose + + + + + + + Saccharose + + + - - + - Maltose + - + + + + - Lactose - - + + + + - Phụ lục 3.6 Đặc điểm hình thái, sinh hóa chủng vi khuẩn phân lập từ đất trồng SNL có hoạt tính sinh β-glucosidase Kí hiệu chủng Đặc điểm E1 E2 E3 E4 E5 E6 E8 -7 – 1,5 -2 -5 -3 Hình trịn Hình trịn Hình trịn Hình dạng méo khơng Khuẩn lạc dạng sợi Đặc Đường kính (mm) lông, mọc điểm lan bề khuẩn mặt thạch lạc Hình dạng Dạng sợi lơng 1- Hình trịn Hình dạng khơng Màu sắc Trắng đục Màu kem Màu trắng Trắng đục Màu vàng Màu kem Màu kem Hình dạng Hình que Hình que Hình que Hình que Hình que Hình que Hình que 3-5 0,7 – 1,2 1-3 1,8 – 2,7 0,9 - 0,4 - 1,5 - tế bào Nhuộm Gram + + + + + + + Nhiệt độ tăng trưởng tối ưu (oC) 35 30 30 28 30 30 30 Đặc điểm Kích thước (µm) pH tăng trưởng tối ưu Khả lên men 6-7 - 10 7,5 7 Glucose + + + + - + + Saccharose + - + + + + + Maltose - + + + + + - Lactose - + + + - - - ... Bảo Trâm NGHIÊN CỨU QUẦN XÃ VI KHUẨN TRONG ĐẤT TRỒNG SÂM NGỌC LINH (Panax vietnamensis Ha et Grushv. ) VÀ TUYỂN CHỌN MỘT SỐ CHỦNG CÓ TIỀM NĂNG ỨNG DỤNG Chuyên ngành: Vi sinh vật học Mã số: 9420101.07... triển trồng chế biến, thương mại sản phẩm từ sâm lớn giới Chính vi? ??c thực ? ?Nghiên cứu quần xã vi khuẩn đất trồng sâm Ngọc Linh (Panax vietnamensis Ha et Grushv. ) tuyển chọn số chủng có tiềm ứng dụng? ??... độ vi khuẩn nuôi cấy đất trồng sâm Ngọc Linh; + Phát loài mới; + Phân tích nhóm vi khuẩn ni cấy đất trồng sâm Ngọc Linh theo hoạt tính sinh học (3) Tuyển chọn số chủng vi khuẩn có tiềm ứng dụng: