Nghiên cứu mối liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình đặc trưng trong bảo tồn chó phú quốc TT

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM - QUAN QUỐC ĐĂNG NGHIÊN CỨU MỐI LIÊN QUAN GIỮA KIỂU GEN VÀ KIỂU HÌNH ĐẶC TRƯNG TRONG BẢO TỒN CHĨ PHÚ QUỐC Chun ngành: Cơng nghệ Sinh học Mã số: 94 202 01 TÓM TẮT LUẬN ÁN TIẾN SĨ NƠNG NGHIỆP THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH – NĂM 2021 Cơng trình hồn thành tại: Thành phố Hồ Chí Minh Người hướng dẫn khoa học: TS Chung Anh Dũng PGS.TS Trần Hoàng Dũng Phản biện 1: Phản biện 2: Phản biện 3: Luận án bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp Viện họp Ngày tháng năm 2021 Có thể tìm hiểu luận án tại: Thư Viện Quốc gia Thư Viện Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam MỞ ĐẦU Tính cấp thiết nghiên cứu Chó Phú Quốc loại chó riêng đảo Phú Quốc Việt Nam Đặc điểm phân biệt với loại chó khác xốy lông sống lưng ba dịng chó có xốy lơng lưng giới, tất cá thể đàn có xốy lưng Về màu lơng, chó Phú Quốc có nhiều màu sắc khác như: đen, nâu, vàng, vện, xám màu khác Nhưng màu phổ biến đen vàng chiếm đến 60% Kiểu lông thẳng chiếm 98% Một đặc điểm khác đặc trưng cho chó Phú Quốc người lưu ý dãy lơng mọc ngược hay cịn gọi xoáy lưng Xoáy lưng đa dạng đối xứng theo đường giữa, dạng thường thấy hình kiếm, mũi tên, yên ngựa, đàn violon Tuy nhiên, chó có xốy lưng giới có hai giống Rhodesian Châu Phi chó xốy Thái Liên đồn Các hiệp hội ni chó giống quốc tế (FCI) cơng nhận, chó Phú Quốc đề cập chung với chó xốy Thái, xem có nguồn gốc từ chó xốy Thái Cho đến nay, khơng có khoa học kiểu hình kiểu gen nhằm làm sở cơng nhận cho giống chó Ngồi ra, đa phần người mua vào kiểu hình xốy lưng để định chọn giống chó Phú Quốc, khơng phải cá thể chó Phú Quốc có xốy lưng Vì vậy, q trình lai tạo nhằm đáp ứng nhu cầu mua bán dẫn đến thối hóa giống dịng chó Cơng tác nghiên cứu tồn đặc điểm cấu trúc hình thái giống chó Phú Quốc để xây dựng nên tiêu chuẩn hình thái nhằm nhận dạng nhanh giống chó Phú Quốc điều quan trọng cần thiết khơng cho người mua mà cịn cho người ni bảo tồn giống chó Phú Quốc Mục tiêu đề tài Xây dựng tiêu chuẩn nhận dạng chó Phú Quốc dựa số liệu chiều đo hình thái, đồng thời xác định liên quan kiểu gen kiểu hình xốy lưng đặc trưng nhằm làm sở chọn lọc, lai tạo bảo tồn giống chó Phú Quốc Ý nghĩa khoa học ý nghĩa thực tiễn đề tài Cung cấp liệu kích thước chó Phú Quốc, góp phần chuẩn hóa việc chọn lọc chó Phú Quốc qua đánh giá hình thái (so với đánh giá, chọn lọc cảm tính nay) Cung cấp số liệu khoa học xác định kiểu gen liên quan đến tính trạng xốy lưng đặc trưng chó Phú Quốc, góp phần vào cơng tác bảo tồn lồi q trình lai tạo Đối tượng phạm vi nghiên cứu Chó sinh đảo Phú Quốc chó trại nhân giống chó giống Phú Quốc vùng khác có nguồn gốc rõ ràng bố mẹ từ đảo Phú Quốc Nghiên cứu khảo sát số tiêu hình thái 175 cá thể chó Phú Quốc (96 cá thể đực, 79 cá thể cái) huyện đảo Phú Quốc Tp HCM vùng lân cận, nơi tập trung trại ni nhân giống chó Phú Quốc Trong số đó, 32 cá thể khơng có xốy lưng 143 cá thể có xốy lưng Phân tích vùng gen R quy định tính trạng xốy lưng 15 cá thể chó Phú Quốc có xốy khơng có xốy (bố mẹ có xốy) đảo Phú Quốc so sánh cá thể chó nhà chó cỏ TP Hồ Chí Minh Những đóng góp đề tài - Lần có tiêu chuẩn hình thái chó PQ, giúp nhận dạng nhanh xác giống - Cơng trình xác định liên quan kiểu gen kiểu xốy lưng giống chó Phú Quốc Bố cục luận án Luận án gồm 112 trang (không kể phần Phụ lục), bao gồm phần: Mở đầu (4 trang), Chương 1: Tổng quan tài liệu sở khoa học đề tài (39 trang), Chương 2: Vật liệu, nội dung phương pháp nghiên cứu (13 trang), Chương 3: Kết nghiên cứu thảo luận (46 trang), Kết luận đề nghị (1 trang), Tài liệu tham khảo (9 trang), sử dụng tài liệu Tiếng Việt 112 tài liệu Tiếng Anh Luận án có 25 bảng, 49 hình phụ lục, cơng trình cơng bố Chương - TỔNG QUAN TÀI LIỆU VÀ CƠ SỞ KHOA HỌC ĐỀ TÀI Luận án tham khảo tóm lược tài liệu Tiếng Việt Tiếng Anh, với nội dung liên quan bao gồm: Phân loại đặc điểm giống chó Phú Quốc Việt Nam, Nguồn gốc hình thái chó Phú Quốc, Tính trạng xốy lưng chó Phú Quốc, Một số nghiên cứu di truyền tài liệu cổ chó Phú Quốc, Sự cần thiết nghiên cứu hình thái kiểu gen tính trạng xốy lưng chó Phú Quốc Việt Nam 1.1 Phân loại đặc điểm giống chó Phú Quốc Việt Nam 1.1.1 Phân loại Trong hệ thống phân loại sinh giới, chó Phú Quốc có vị trí phân loại sau: Giới: Động vật (Animalia) Phân giới: Động vật đa bào (Metazoa) Ngành: Có dây sống (Chordata) Phân ngành: Động vật có xương sống (Vertebrata) Lớp: Động vật có vú (Mammalia) Bộ: Ăn thịt (Carnivora) Họ: Chó (Canidae) Phân họ: Chó (Caniae) Giống: Chó (Canis Linnaeus, 1758) Lồi: Chó (Canis lupus Linnaeus, 1758) 1.1.2 Đặc điểm Chó Phú Quốc loại chó riêng đảo Phú Quốc Việt Nam Đặc điểm phân biệt với loại chó khác đa số cá thể đàn có xốy lơng sống lưng, ba dịng chó có xốy lơng lưng giới Chó Phú Quốc vốn quý với nhiều đặc tính bậc mà giống chó khác khơng có như: thơng minh, nhanh nhẹn, có khả săn giữ nhà tốt Chó Phú Quốc có tầm vóc trung bình, dễ ni, thích hợp cho vùng nơng thơn, sơng nước Các đặc điểm chó Phú Quốc khác biệt với giống chó khác: Đầu chó nhỏ phù hợp với sọ dài, tai nhỏ đứng, mõm đen, mắt nâu Thân hình thon nhỏ ngực nở, bụng thon, đặc biệt chó đực Bốn chân chó khỏe, bắp thịt rõ, duỗi thẳng đứng bàn chân có màng phát triển Đi với lơng ngắn vót, thường xun tư cong vi cong t ẵ n ẳ vũng trũn 1.2 Nguồn gốc hình thái chó Phú Quốc Chó Phú Quốc dịng chó có xốy lưng giới Hai loại chó có xốy lưng cịn lại chó xốy Rhodesian châu Phi chó xốy Thái Tuy nhiên, chó có xốy lưng giới có hai giống Rhodesian Châu Phi chó xốy Thái Liên đồn Các hiệp hội ni chó giống quốc tế (FCI) cơng nhận, chó Phú Quốc đề cập chung với chó xốy Thái, xem có nguồn gốc từ chó xốy Thái 1.3 Tính trạng xốy lưng chó Phú Quốc Bản chất tính trạng xốy lưng đột biến ảnh hưởng đến phát triển da nang lông giai đoạn phôi thai chó, hai bắt nguồn từ ống thần kinh ngoại bì Tính trạng xốy lưng chó xốy Nam Phi chó xốy Thái gây đột biến nhiễm sắc thể 18, đoạn DNA dài 133.400 nucleotide nhân đôi Tính trạng xốy lưng bao gồm tập hợp gen gọi R (tính trạng có xốy) với kiểu hình bình thường r (khơng có xốy) Tính trạng xốy lưng hồn tồn trội so với khơng có xốy 1.4 Một số nghiên cứu di truyền tài liệu cổ chó Phú Quốc 1.4.1 Các nghiên cứu di truyền chó nhà phương pháp định lượng biến thể số lượng (copy number variants - CNV) Waldo cộng đề xuất phương pháp xác định kiểu gen đồng hợp dị hợp kiểu hình xốy lưng chó xoáy châu Phi dựa việc định lượng CNV vùng gen R phương pháp định lượng Ct thông qua phương pháp realtime-PCR Các kết cho thấy, qua phương pháp RT-PCR, xác định tỷ lệ vùng lập khu vực 133kb chứa nhóm gen quy định cho tính trạng lơng xốy chó xốy lưng châu Phi Thái Lan 1.4.2 Các tài liệu cổ kiểu hình chó Phú Quốc Với thông tin tài liệu cổ người Pháp để lại cho thấy mô tả tìm hiểu chó Phú Quốc giống Các điểm giống cho thấy chó Phú Quốc giống chó săn hoang dã có nhiều tính cách tuyệt vời gần giống với sói Đặc biệt dãy lông mọc ngược lưng di truyền cho hệ sau, đặc điểm mà khơng giống giống chó mà họ biết lúc Trong tài liệu cổ trước đây, số đo chủ yếu dựa số lượng cá thể thu nhận Do số đo đại diện cho quần thể phổ quát quần thể chó Phú Quốc Việt Nam trước Ngồi số đặc tính tính tình, thói quen, tập tính săn mồi, số kiểu hình điều cần thiết để chuẩn hóa nhằm có góc nhìn hồn thiện dịng chó nhà 1.4.3 Các nghiên cứu hình thái kiểu gen chó Phú Quốc Việt Nam gần Hiện Việt Nam, chó Phú Quốc quan tâm Năm 2000, Tiến sĩ Nguyễn Hữu Chiếm, Thạc sĩ Nguyễn Văn Biện cán khoa Nông nghiệp, Trường Đại học Cần Thơ Sở Khoa học Công nghệ tỉnh Kiên Giang thực đề tài “Điều tra, nghiên cứu bảo tồn gen động vật: Chó Phú Quốc, tỉnh Kiên Giang” Tuy đề tài nhóm tác giả Đại học Cần Thơ gần dùng lại mức điều tra bản, chưa thật sâu vào đánh giá nguồn gen để có hướng bảo tồn cụ thể Năm 2009, Hoàng Tuấn Thành cộng thuộc Viện Chăn Nuôi nghiên cứu khả sinh trưởng sinh sản chó Phú Quốc ni thành phố Hồ Chí Minh Từ năm 2012, Trần Hồng Dũng cộng Phịng Genomics & Bioinformatic, Trường Đại học Nguyễn Tất Thành tiến hành đề tài “Nghiên cứu giải trình tự genome ti thể chó Phú Quốc để đánh giá độ đa dạng di truyền chó Phú Quốc giống TP Hồ Chí Minh” cho nhiều kết bật Kết nghiên cứu cho thấy chó Phú Quốc xuất kiểu gen đơn bội (haplotype) dạng E thuộc dạng giới Năm 2016, Thái Kế Quân cộng nghiên cứu phân tích vùng sử dụng vùng D-loop để phân tích đặc tính di truyền chó lưng xoáy Phú Quốc sống đảo Phú Quốc cho thấy chó lưng xốy Phú Quốc đến chó lưng có xốy giới phát có mang halotype E1 với tần xuất cao 15%, 1.5 Sự cần thiết nghiên cứu hình thái kiểu gen tính trạng xốy lưng chó Phú Quốc Việt Nam Hiện nay, vấn đề cơng nhận giống chó Phú Quốc khó khăn chó xốy Phú Quốc chó xốy Thái Lan có ngoại hình tương tự nhau, lại sinh sống hai khu vực địa lý tương đối gần đồng thời Hiệp hội Chó giống Thái Lan đăng ký thành cơng tiêu chuẩn lồi chó xốy chủng Đơng Thái Lan với Liên đồn Hiệp hội Chó giống Quốc tế (FCI) vào năm 2003 Về tiêu chí kiểu hình chó Phú Quốc chủ yếu dựa tài liệu cổ từ E Oustalet Henri de Bylandt dựa số cá thể mang từ Việt Nam sang Pháp tiêu chí hồn tồn khơng đại diện cho quần thể chó Phú Quốc Việt Nam cỡ mẫu khơng đủ tính khoa học quy chuẩn để hình thành tiêu chí Trong q trình phát triển đàn chó Phú Quốc, giai đoạn năm 2007 chứng kiến sụt giảm tử vong gây bệnh u nang biểu bì liên quan mật thiết đến tính trạng xốy lưng, bộc phát thành dịch bệnh trình lai cận huyết nhằm tạo cá thể theo nhu cầu người mua, đồng thời xuất kiểu gen đồng hợp gia tăng phát tán biểu bệnh làm suy thối quần thể chó Phú Quốc Hiện nay, Việt Nam chưa có phương pháp đánh giá kiểm tra kiểu gen tính trạng xốy lưng chó xốy Phú Quốc giảm thiểu tỷ lệ phát tán kiểu hình xốy lưng có kiểu gen đồng hợp trội quần thể Đồng thời đánh giá vai trò alen R r q trình phát triển quần thể chó Phú Quốc nuôi nhốt Chương - VẬT LIỆU - NỘI DUNG - PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1 Vật liệu Nghiên cứu khảo sát 175 cá thể chó Phú Quốc gồm 96 cá thể đực, 79 cá thể có nguồn gốc huyện đảo Phú Quốc TP HCM vùng lân cận, nơi tập trung trại nuôi nhân giống Phú Quốc Trong 32 cá thể khơng có xốy lưng 143 cá thể có xốy lưng, 32 cá thể có xốy lưng thu nhận sở ni gây giống Phú Quốc 143 cá thể có xốy lưng khơng có xốy lưng khảo sát sở gây giống tự nhiên bán tự nhiên có nguồn gốc TP HCM vùng lân cận Cá thể khảo sát phải 18 tháng tuổi, độ tuổi trưởng thành sinh dục kích thước thể tương đối ổn định, có nguồn gốc đảo Phú Quốc theo bố lẫn mẹ, bố mẹ chó Phú Quốc Mẫu máu thu nhận từ tổng cộng 18 cá thể chó bao gồm 03 cá thể chó nhà đối chứng có nguồn gốc TP Hồ Chí Minh 15 cá thể chó Phú Quốc (xốy khơng xốy thu có nguồn gốc Phú Quốc TP Hồ Chí Minh) 2.2 Nội dung nghiên cứu Nội dung 1: Nghiên cứu đánh giá số thể đặc trưng chó Phú Quốc Nội dung 2: Nghiên cứu xây dựng tiêu chuẩn hình thái để chọn lọc chó Phú Quốc dựa số hình thái đặc trưng Nội dung 3: Nghiên cứu liên quan kiểu gen kiểu hình xốy lưng chó Phú Quốc Nội dung 4: Nghiên cứu cải thiện mơ hình bảo tồn (insitu-in vivo exsitu-in vivo) chó PQ dựa tiêu chuẩn hình thái 2.3 Phương pháp nghiên cứu Nội dung 01: Nghiên cứu đánh giá số thể đặc trưng chó Phú Quốc Kỹ thuật đo mẫu kích thước động vật lớn, áp dụng kỹ thuật đo nghiên cứu dịng chó nhà giới 10 Nội dung 03: Nghiên cứu liên quan kiểu gen kiểu hình xốy lưng chó PQ Phương pháp xác định kiểu gen đồng hợp dị hợp kiểu hình xốy lưng chó xốy châu Phi thông qua phương pháp real-time PCR Waldo cộng đề xuất thực chó xoáy Thái Lan châu Phi Tỷ lệ số biến thể (Relative Number Copy) tính theo cơng thức Livak có cải tiến Pfaffl: RCN = 2∆Ct(C/Tg-T/Tg)/2∆Ct(C/Ref-T/Ref) Bảng 2.1 Các cặp mồi sử dụng nhằm định lượng cho Ct gen quan tâm thông qua phương pháp RT-PCR Mồi xuôi Mồi ngược Set TGCCGCTCAGATGATCAAC TCTGCTTTTCTCTGCTCCC3 Set ATTGGCAGTGTCCGTGTGAG AAGCCCCGCAGACAATGAAC Set GCATCCACCTAAGCAATCTG CCCTATTCTCTTCCACCCATC Set GCTTCTGCTTTGATACCCTTC GTTCTGCAACAGCATCTCC β-actin CATGGATGCCGCAGGATT GTTCCGCTGCCCAGAGG Nội dung 04: Nghiên cứu cải thiện mơ hình bảo tồn (insitu-in vivo exsitu-in vivo) chó PQ dựa tiêu chuẩn hình thái Xây dựng quy ước thơng tin chó Phú Quốc, tư vấn mơ hình ni bán bảo tồn Chó Phú Quốc thu nhận vào trại dựa tiêu chuẩn kiểu hình tư vấn cho chủ trại Xây dựng hướng dẫn cách nhận diện kiểu gen đồng hợp dị hợp tính trạng xốy lưng thông qua quan hệ di truyền quần thể, lưu giữ cá thể có nguồn gen thích hợp nhằm bảo tồn nguồn gen giống chó PQ định hướng lai tạo để tăng tỷ lệ chó có xốy lưng đời sau Chó theo dõi thơng qua việc gắn chịp, vị trí gắn chip vào da cá thể chó theo dõi giữ giống nhằm lai tạo bảo tồn quần thể 11 Chương - KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 3.1 Nghiên cứu đánh giá số thể đặc trưng chó Phú Quốc Từ kết khảo sát số đo thể chó PQ, xác định thông số đặc trưng số hình thái sau: khối lượng thể 19,519,6kg; dài thân 50,2-50,6cm; cao vai 45,3-45,9cm; dài mõm (hay dài mũi) 10,2-10,3cm; vịng ngực 55,3-55,9cm; vịng hơng 45,1-45,6cm; dài tai 9,8cm; dài 28,1-28,9cm; Bảng 3.1 Các kiểu hình quan sát chó Phú Quốc (n=175, 𝑋̅ ± σ) STT Kiểu hình Giới tính Đực Cái Cân nặng (BW, kg) 19,6 ± 2,3 19,5 ± 2,2 Dài lưng (BL, cm) 50,6 ± 6,4 50,2 ± 6,5 Cao vai (BHW, cm) 45,9 ± 6,3 45,3 ± 6,2 Dài mõm (ML, cm) 10,3 ± 0,6 10,2 ± 0,5 Vòng ngực (ChC, cm) 55,9 ± 8,0 5,3 ± 7,9 Vịng hơng (WC, cm) 45,6 ± 6,9 45,1 ± 6,8 Dài tai (EL, cm) 9,8 ± 0,8 9,8 ± 0,8 Dài đuôi (TL, cm) 28,9 ± 3,0 28,1 ± 2,3 Dài sọ (CrL, cm) 20,4 ± 1,2 20,3 ± 1,0 10 Rộng sọ (CrW, cm) 20,3 ± 1,2 20,3 ± 1,0 Các đặc điểm thể: Đa số cá thể chó diện chó Phú Quốc  Màu lơng: màu lơng đen vàng, tỷ lệ màu lơng vện ít; Kiểu hình xốy lơng lưng chủ yếu hình kiếm đàn violon;  Mắt: màu đen nâu  Tai: nhọn dựng đứng  Lưỡi: có đốm đen chiếm khoảng 40% diện tích lưỡi  Chân: có 1-2 móng đeo chân trước chân sau có màng bơi  Đi: cong lên 2/4 đến 3/4 vịng trịn 12 Các số đo kích thước lượng hóa phần hình thái bên ngồi cá thể chó Phú Quốc khảo sát mang tính đại diện cho quần thể Tuy nhiên, cá thể có kích thước tổng thể khác để chuẩn hóa kích thước dựa vào số khơng xác mà phải dựa tỷ lệ trung bình số đo (dài thân, cao vai, vòng ngực, dài/ngang hộp sọ ) lồi phản ánh xác cấu trúc hình thể đặc trưng lồi 3.2 Nghiên cứu xây dựng tiêu chuẩn hình thái để chọn lọc chó Phú Quốc dựa số hình thái (Morphological Indexes) đặc trưng Trên giới, nhận dạng xác định giống chó ứng dụng từ lâu thú y lâm sàng, bao gồm thủ tục hành xác nhận giống thơng tin cần phải có từ người chủ ni giống chó chương trình chữa trị hay đánh giá sức khỏe, chứng nhận dịch bệnh chó nhà Q trình xác định giống chó Phú Quốc Việt Nam mơ hồ không rõ ràng dẫn đến xuất giống chó lai hỗn hợp từ nhiều nguồn khác Khó khăn q trình xác định giống khơng thể xác định cha mẹ cá thể lai, q trình xác định giống chủ yếu dựa biểu kiểu hình Các nghiên cứu di truyền tiến hóa cho thấy có liên quan nhỏ kiểu gen biết kiểu hình tập tính liên quan Do việc xác định nguồn gốc giống chó cho biết thơng tin giúp người nuôi suy nghĩ hướng lai tạo khác từ giống ban đầu 3.2.1 Xác định chuẩn hóa tỷ lệ hộp sọ với chiều dài mõm Kích thước quan sát thống kê ban đầu cho thấy chó Phú Quốc thuộc nhóm đầu trung bình với kích thước chiều dài ngang hộp sọ gần với tỷ lệ gần 1:1; tỷ lệ chiều dài mõm chiều dài hộp sọ có tỷ lệ gần 1:2 13 Các cá thể quần thể chó Phú Quốc khảo sát kích thước khác tỷ lệ kích thước thể ln ổn định Do đó, xác định tỷ lệ kích thước thu nhận từ nội dung phần quan trọng nhằm xây dựng chuẩn hóa tỷ lệ kích thước đặc trưng cho mẫu đại diện chó Phú Quốc quan sát Bảng 3.2 Tổng hợp tỷ lệ hình dáng chuẩn hóa đặc tính Kích thước, Màu sắc hình dạng Đặc tính ̅ ± σ , KTC 95%) (X Chiều dài mõm (ML, cm) 10,3±0,6 Chiều dài hộp sọ (CrL, cm) 20,4±1,1 Chiều rộng hộp sọ (CrW, cm) 20,3± 1, Tỷ lệ chiều dài/ngang hộp sọ 1:1 Tỷ lệ chiều dài mõm/chiều dài hộp sọ 1:2 Hàm tương quan chiều dài mõm/chiều ML=0,5CrL + 0,6, R2=0,875729 dài hộp sọ, hệ số R 9-11cm, tai thẳng đứng hướng Chiều dài tai trước 3.2.2 Xác định chuẩn hóa tỷ lệ thân hình, ngực, bụng, sâu ngực; tỷ lệ chiều dài thân chiều cao thể Tỷ lệ chiều cao vai (BHW) với chiều dài thể (BL) vịng ngực (ChC với vịng hơng (WC) số phổ biến thường dùng tính tốn xây dựng kích thước đặc trưng cho giống chó nhà Bảng 3.3 Tỷ lệ thân hình, ngực, bụng; tỷ lệ chiều dài thân chiều cao vai quần thể mẫu chó Phú Quốc quan sát (n=175, 𝑋̅ ± σ, KTC 95%) Đặc tính Kích thước Hàm tuyến tính Chiều dài thể (BL) 50,6 ± 6,4 BL = 0,9xBHW + 8,4 R2=0,80 Chiều cao vai (BHW) 45,9 ± 6,3 Kích thước vịng ngực (ChC) 55,9±8 Kích thước vịng hơng (WC) 45,5±6,9 ChC = 1,1xWC + 5,5 R2=0,88 14 3.2.3 Xác định số hình thái phổ biến chó Phú Quốc a) Chỉ số thể BI (Body Index) Kết phân tích cho thấy số thể trung bình chó Phú Quốc có giới tính đực 92,44±1,72 giới tính 92,06±1,91; kết phân tích thống kê so sánh t-test với phương sai khác cho thấy khác biệt số thể hai giới tính đực chó Phú Quốc b) Chỉ số cân đối (Proportionality Index) Kết phân tích cho thấy hệ số tỷ lệ thể trung bình chó Phú Quốc có giới tính đực 90,86±0,57 giới tính 90,59±0,61; kết phân tích thống kê so sánh t-test với phương sai khác cho thấy khơng có khác biệt hệ số thể hai giới tính đực chó Phú Quốc Bảng 3.4 Tổng hợp số thể (BI) số cân đối (PI) chó Phú Quốc (n=175) Trung bình Sai số chuẩn t ước tính t so sánh Giá trị P -0,15015 1,9743 0,88 -0,33021 1,9741 0,74 Chỉ số thể BI Đực 92,44 1,72 Cái 92,06 1,91 Chỉ số cân đối PI Đực 90,86 0,57 Cái 90,59 0,61 3.3 Đánh giá liên quan kiểu gen kiểu hình xốy lưng đặc trưng cho chó Phú Quốc 3.3.1 Đánh giá hiệu mồi từ set set mồi cho gen β - actin 18 cá thể chó bao gồm chó nhà Phú Quốc (xốy khơng xốy) đánh số từ đến cho cá thể chó nhà (ký hiệu: control dog - CD), đến 18 cho cá thể chó Phú Quốc (cả xốy khơng xốy) (ký hiệu: Phu Quoc dog - PQ ) Do tính trạng xốy lưng đột biến trội NST thường nên khơng phân biệt giới tính cá thể chó làm mẫu nghiên cứu đánh giá Mỗi bể chạy điện di bao gồm mẫu với thang đo giếng trống cuối Mỗi cá thể chạy 15 cặp mồi: bao gồm set mồi từ đến vào giếng theo thứ tự, cặp cuối cặp mồi β - actin Giếng 1: thang đo (100bp) Giếng - 16: cặp mồi từ set đến set mồi β actin cho ba cá thể chó nhà (1, 2, 3) Giếng 17: giếng trống (a) Kiểm tra trình tự đoạn mồi CD1, CD2, CD3 Giếng 1: thang đo (100bp) Giếng - 16: cặp mồi từ set đến set mồi β actin cho ba cá thể chó Phú Quốc (4, 11, 12) Giếng 17: giếng trống (b) Kiểm tra trình tự đoạn mồi PQ4, PQ11, PQ12 Giếng 1: thang đo (100bp) Giếng - 16: cặp mồi từ set đến set mồi β actin cho ba cá thể chó Phú Quốc (5, 6, 13) Giếng 17: giếng trống (c) Kiểm tra trình tự đoạn mồi PQ5, PQ6, PQ13 16 Giếng 1: thang đo (100bp) Giếng - 16: cặp mồi từ set đến set mồi β actin cho ba cá thể chó Phú Quốc (7, 8, 9) Giếng 17: giếng trống (d) Kiểm tra trình tự đoạn mồi PQ7, PQ8, PQ9 Giếng 1: thang đo (100bp) Giếng - 16: cặp mồi từ set đến set mồi β actin cho ba cá thể chó Phú Quốc (10, 17, 18) Giếng 17: giếng trống (e) Kiểm tra trình tự đoạn mồi PQ10, PQ17, PQ18 Giếng 1: thang đo (100bp) Giếng - 16: cặp mồi từ set đến set mồi β actin cho ba cá thể chó Phú Quốc (14, 15, 16) Giếng 17: giếng trống (f) Kiểm tra trình tự đoạn mồi PQ14, PQ15, PQ16 Hình 3.1 Kiểm tra trình tự đoạn mồi cá thể phân tích 17 3.3.2 Đánh giá tần suất gen R r mẫu quan sát phương pháp Livak cải tiến Pfaffl Tổng cộng có 18 mẫu DNA li trích từ mẫu máu chó thu nhận Trong có cá thể chó cỏ đối chứng, 13 cá thể chó Phú Quốc có xốy cá thể chó Phú Quốc khơng có xốy Bảng 3.3 Chu kỳ ngưỡng kiểu hình nhằm đánh giá ước lượng kiểu gen (n=15) STT Ký RCN Kiểu hình Kiểu hiệu Tần suất quan sát gen PQ4 1.422299 Chó cái, có xốy Rr RR 5/15 33% PQ5 1.331038 Chó cái, có xốy Rr Rr 7/15 47% PQ6 1.242135 Chó đực, có xốy Rr rr 2/15 13% PQ7 0.880758 Chó NA 1/15 7% đực, khơng rr xốy PQ8 (âm tính) Chó đực, có xốy NA Sai biệt quan sát PQ9 2.370577 Chó đực, có xốy RR RR Rr PQ10 2.440037 Chó đực, có xốy RR 33% 47% 13% PQ11 2.058692 Chó đực, có xốy RR 25% 50% 25% PQ12 2.012307 Chó cái, có xốy RR +7% -3% - rr 12% 10 PQ13 1.626127 Chó đực, có xốy Rr 11 PQ14 1.240628 Chó cái, có xốy Rr 12 PQ15 1.349758 Chó đực, có xốy Rr 13 PQ16 1.792784 Chó cái, có xốy RR 14 PQ17 1.503264 Chó đực, có xốy Rr 15 PQ18 0.892569 Chó xốy đực, khơng rr 18 Theo kết quan sát thực nghiệm từ quy trình Waldo cộng chó xốy châu Phi kết hợp kiểu hình cho thấy bước đầu xác định tần suất gen xốy chó xốy lưng Phú Quốc RCN 2,5 1,5 0,5 R/R R/r r/r Kiểu gen RCN 2,5 1,5 0,5 R/R R/r Kiểu gen r/r Hình 3.2 Số biến thể gen (RCN) cá thể quan sát (hình trên) số biến thể gen trung bình (hình dưới) kiểu gen đồng hợp trội (RR), dị hợp (Rr), đồng hợp lặn (rr) gen xốy lưng chó Phú Quốc (n=15) Đột biến xốy lưng chó xốy châu Phi Thái Lan nằm khu vực 133kb NST số 18, dựa phương pháp Waldo cộng sự, xác 19 định chó Phú Quốc, Việt Nam có đoạn tương tự hai dịng chó nghiên cứu Theo nghiên cứu trước trình trạng xốy lưng chó xốy châu Phi tái khẳng định chó Phú Quốc có kiểu gen tương đồng tính trạng Nghiên cứu mở hướng bảo tồn lai tạo chó Phú Quốc nhằm hạn chế phát tán bệnh DS phương pháp xác định nguồn gen đồng hợp dị hợp tính trạng xốy lưng cặp bố mẹ, đồng thời cần kết hợp kiểu hình nghiên cứu gen ti thể kiểu hình nhằm xác định thị sinh học đặc trưng dòng chó q 3.4 Nghiên cứu cải thiện mơ hình bảo tồn chó Phú Quốc dựa tiêu chuẩn hình thái Kết nghiên cứu chuẩn hóa kích thước kiểu hình tỷ lệ thể kiểu gen tính trạng xốy lưng cho thấy vai trò quan trọng chọn lọc cá thể chó đầu nguồn có vai trị quan trọng định phát triển bầy đàn trình ni, nhân giống bảo tồn Q trình chọn lọc cần tuân theo tiêu chuẩn tỷ lệ hình thái, đồng thời với kiểm tra alen đồng hợp dị hợp tính trạng xốy lưng 3.4.1 Xây dựng đồ phân bố đảo Phú Quốc Bảng 3.4 Số lượng chó Phú Quốc trại nuôi Số lượng Đực Cái Nuôi nhốt 17 Nuôi nhốt 11 22 Nuôi nhốt 10 12 32 Bán hoang dã 18 14 41 45 STT Số chó Vị trí 1-20 Cửa Dương 15 1-20 Gành Dầu 20-30 Dương Đông Hơn 30 Dương Tơ Tổng 86 Phương thức nuôi Trong môi trường bán hoang dã, chó thả tự khu vực bao gồm loài động thực vật tương ứng, chúng có xu sử dụng lồi 20 thực vật liệu pháp chữa bệnh đường ruột tiêu hóa, tập tính tự nhiên cần lưu giữ khơng thấy xuất cá thể chó ni nhốt 3.4.2 Thiết kế, xây dựng, bố trí trại ni, chuồng ni theo tập tính tự nhiên điều kiện sống tối ưu cho chó đảo Phú Quốc Chó Phú Quốc xác định gia phả tránh trình đồng huyết, đồng thời khu vực phối giống nơi để cá thể bắt cặp thụ thai Trong q trình này, chó cha chó mẹ cần kiểm tra di truyền đồng thời với bệnh lý khác Nguyên tắc phối giống hạn chế tính trạng đồng hợp trội cố gắn trì quần thể ổn định với cá thể dị hợp.Với kết nghiên cứu cho thấy việc xây dựng kịch lai tạo có sở nhằm kiểm sốt di truyền đồng thời đánh giá lại tác động mơi trường dinh dưỡng lên q trình ni Hình 3.3 Mơ hình trại ni bảo tồn chó xoáy lưng Phú Quốc Kết phép lai tuân theo định luật di truyền tính trạng trội hồn tồn khơng liên kết với giới tính Giả thiết có tổ hợp kết quả, tổ hợp cho kiểu hình 100% có xốy lưng; tổ hợp cho tỷ lệ kiểu hình có/khơng có xốy 21 lưng 3:1; tổ hợp cho tỷ lệ kiểu hình có/khơng có xốy lưng 1:1; tổ hợp cho tỷ lệ kiểu hình 100% khơng có xốy lưng Bảng 3.5 Mơ hình lai giả thiết Tính trạng Kiểu gen bố xoáy lưng R RR Rr Rr R100% RR 50% RR 100% Rr 50% Rr (100% có xốy) (100% có xốy) Kiểu gen mẹ (100% có xốy) r R50% RR 25% RR 50% Rr 50% Rr 50% Rr 50% rr (100% có xốy) 25% rr (50% có xốy (75% có xốy 50% khơng xốy) 25% khơng xốy) r100% Rr r (100% có xốy) 50% Rr 100% rr 50% rr (100% khơng xốy) (50% có xốy 50% khơng xốy) Thơng thường theo mơ hình lai cá thể có tính trạng trội đem lai chéo với cá thể đồng hợp lặn để kiểm tra kiểu gen, nhiên phương pháp có khuyết điểm thời gian dài mặt đạo đức sinh học động vật không cho phép Với kết từ phân tích theo phương pháp real-time PCR, chủ trại ni thu gửi mẫu phân tích cá thể sau lai mang tính trạng kiểu hình có xốy nhằm xác định kiểu gen đồng hợp trội dị hợp Các nghiên cứu trước cho thấy cần hạn chế kiểu hình đồng hợp trội bầy đàn liên quan đến bệnh DS gây tử vong nhiều bệnh liên quan đến sức khỏe cá thể Các nhà lai tạo giống chủ trại cần lai tạo giữ 22 lại cá thể dị hợp, có tính trạng kiểu hình xốy lưng đồng thời hạn chế tối đa phát tán lây lan bệnh DS, bệnh thể chất khác cá thể 3.4.3 Cấy gắn chip điện tử Chuẩn bị thuốc mê sẵn ống tiêm, gòn cồn sát trùng dụng cụ khác Thuốc mê phải chuẩn bị sẵn, liều thuốc mê dùng 3cc (Ketamin) Kiểm tra chíp điện tử: Mỗi chíp có mã số riêng Việc kiểm tra đảm bảo chíp đọc hoạt động tốt Trước tiến hành cấy chíp ngày, cần thơng báo cho chủ khơng cho chó ăn trước ngày gắn chíp để tránh trường hợp chó yếu sốc thuốc nơn ói thức ăn bao tử dồn ngược lên làm nghẹt đường hô hấp Trước sau gắn chíp ngày khơng cho chó uống tiếp xúc với nước để tránh phản ứng với thuốc Để tránh nhầm lẫn kiểm tra chéo số đọc chíp trước cấy sau cấy đồng thời để kiểm tra chắn chíp cấy vào vật, thiết phải cầm máy đọc kiểm tra lại số đọc bảng điện tử Sau cấy chíp xong cần theo dõi tức sức khoẻ chó lưng xốy Phú Quốc Những mạnh từ từ trở lại bình thường sau nửa tiếng Những chó có biểu thở khó cần có can thiệp bác sĩ thú y có xử lý tức 23 KẾT LUẬN – ĐỀ NGHỊ Kết luận Trên sở kết nghiên cứu thu nhận, đến kết luận sau: Xác định số thơng số kiểu hình đặc trưng chó Phú Quốc, bao gồm: khối lượng thể 19,5-19,6kg; dài thân 50,2-50,6cm; cao vai 45,3-45,9cm; dài mõm (hay dài mũi) 10,2-10,3cm; vòng ngực 55,3-55,9cm; vòng hông 45,1-45,6cm; dài tai 9,8cm; dài đuôi 28,1-28,9cm Xây dựng tiêu chuẩn hình thái nhận dạng nhanh xác chó Phú Quốc để phục vụ cơng tác chọn lọc bảo tồn giống, dựa chiều đo bao gồm: Chỉ số hộp sọ 1:1 (dài:ngang hộp sọ) 1:2 (dài mõm:dài hộp sọ); Chỉ số thể (dài thân/vòng ngực) 92,06-92,44 Hệ số tỷ lệ thể (cao vai/dài thân) 90,59-90,86 Khẳng định liên quan kiểu gen liên quan đến kiểu hình xốy lưng đặc trưng chó Phú Quốc tương tự dịng chó cơng nhận giới chó xốy Thái Lan chó xốy châu Phi Kiểu hình gen trội hoàn toàn nằm nhiễm sắc thể số 18 ký hiệu R (ridge), với R kiểu hình xốy r kiểu hình khơng xốy Nghiên cứu đề xuất phương thức sử dụng tiêu chí hình thái kết hợp phương pháp xác định kiểu gen tính trạng xốy lưng để chọn lọc chó giống Phú Quốc trước đưa vào trại bảo tồn nhân giống Đề nghị Tiếp tục tiến hành nghiên cứu liên quan kiểu gen R dinh dưỡng cung cấp q trình ni nhân giống; đánh giá tác động điều kiện mơi trường khác q trình phát triển sinh sản chó Phú Quốc 24 DANH MỤC CƠNG TRÌNH CƠNG BỐ Trong nước Quan Quốc Đăng, Trần Hồng Dũng, Chung Anh Dũng, Phạm Cơng Hoạt (2017) Xác định tần suất kiểu gen đồng hợp dị hợp kiểu hình xốy lưng chó xoáy Phú Quốc (Canis familiaris) Việt Nam kỹ thuật real-time PCR Tạp chí Khoa học Cơng nghệ Việt Nam, Số B, ISSN: 1859 – 4794, Số 22(11), trang: 32-37 Quốc tế Quoc-Dang Quan, Anh-Dung Chung, Hoang-Dung Tran (2016) Initially observed some important morphological characteristics on Phu Quoc Ridgeback dogs (Canis familiaris) in Vietnam International Journal of Science and Research (IJSR), ISSN (Online): 2319-7064, Volume Issue 7, 719 – 725 DOI: 10.21275/ART2016291 Quoc-Dang Quan, Hoang-Dung Tran and Anh-Dung Chung (2017) The relation of body score (body height/body length) and haplotype E on Phu Quoc Ridgeback dogs (Canis familiaris) Journal of Entomology and Zoology Studies , E-ISSN: 2320-7078, P-ISSN: 2349-6800, Vol 5(1), 388-394 Quan, Q.D., Nguyen, T.C., Tran, B.H., Chung, A.D and Tran, H.D.(2019) Based zoometric description of adult Phu Quoc Ridgeback dog (Canis familiaris) International Journal of Agricultural Technology 2019 Vol 15(5):753-768 Available online http://www.ijat-aatsea.com ISSN 2630-0192 (Online) Scopus Indexed ... giống chó Phú Quốc Việt Nam, Nguồn gốc hình thái chó Phú Quốc, Tính trạng xốy lưng chó Phú Quốc, Một số nghiên cứu di truyền tài liệu cổ chó Phú Quốc, Sự cần thiết nghiên cứu hình thái kiểu gen. .. Quốc dựa số hình thái đặc trưng Nội dung 3: Nghiên cứu liên quan kiểu gen kiểu hình xốy lưng chó Phú Quốc Nội dung 4: Nghiên cứu cải thiện mơ hình bảo tồn (insitu-in vivo exsitu-in vivo) chó PQ dựa... định kiểu gen liên quan đến tính trạng xốy lưng đặc trưng chó Phú Quốc, góp phần vào cơng tác bảo tồn lồi trình lai tạo Đối tượng phạm vi nghiên cứu Chó sinh đảo Phú Quốc chó trại nhân giống chó