Tài liệu Trả lời câu hỏi bài tập chương 3 pdf

Trả lời câu hỏi 1. Ngoài cấu hình L và D aminoacid còn có cấu hình cấu hình (+) và (-)? Chằng hạn L(-) Alanine, L(+)-Cysteine? 2. Pro có vai trò đặc biệt trong cấu trúc polypeptide, tại sao? 3. Vì sao có sách cho rằng không phải 20 aa mà có 21 aa, có sách 22 aa? Các dạng amino acid không thường gặp Dạng gốc Dạng bất thường 1 Proline 4- hydroxylproline 2 Lysine 5-hydroxylysine 3 6-N-Methyllysine 4 Desmosine (x 4 Lysine) 5 Glutamate α-carboxyglutamate 6 Cysteine Selenocystein (thế S bằng Se) Sec (U) aa thứ 21 có trong eukaryote 6 Pyrrolysine Selenocystein (thế S bằng Se) Pyl (O) aa thứ 22 có trong tự nhiên 7 - Ornithine 8 - Citruline Selenocysteine Sec (U) Pyrrolysine Pyl (O) 1 2 3 4 6 5 N6-​{[(2R,​3R)-​3-​methyl-​3,​4-​dihydro-​2H-​pyrrol-​2-​yl]​ carbonyl}-​L-​lysine​ 1 2 α Cách gọi tên một số dạng aa không thông thường Aminoacid gốc 3 chữ 1 chữ Asp hoặc Asn Asx B Glu hoặc Gln Glx Z Leu hoặc Ile Xle J Các aa đặc biệt khác Xaa X Cấu hình D hay L chưa nói lên tính chất quang học của chất L- Alanine D- Alanine Trang giấy Cấu hình S (-) và R(+) của Amino acid? • R​hay​S​là​cấu​hình​lập​thể​tuyết​đối​của​một​chất​có​đồng​phân​lập​thể • Tại​ α C​hay​là​C2,​các​nhóm​chức​mang​đặc​tính​phân​cực/không​phân​cực​ quay​và​sắp​xếp​dồn​về​phía​theo​chiều​kim​đồng​hồ​gọi​là​dạng​R=​hay​(+)​hay​ ngược​kim​đồng​hồ​-dạng​S​hay​(-) • Đặc​tính​vùng​phân​cực​quay​xung​quanh​ α C​có​liên​quan​đến​hoạt​tính​quang​ học • Hầu​hết​các​aa​là​dạng​S,​trừ​Cys​là​dang​R​còn​Gly​không​có​cấu​hình​đồng​ phân​lập​thể​​ Proline ? Là aminoacid dạng vòng- imino​acid Thiếu 1 Hydro tại –N so với các aa khác Đặc tính của protein 1. Cấu trúc (chủ yếu tạo bởi α hex và β sheet như sợi collagen, keratin, fibrin…) 2. Gắn kết (bind) với ligand có thể là – Ion kim loại (Mg2+, Cu2+, Fe3+…), – hợp chất (oxygen, glucose, ATP, biotin, phenolics,…) – protein (kháng nguyên/kháng thể, protein vận chuyển protein 3. Tương tác với ligand- Xúc tác phản ứng (enzym) Các dạng protein thường gặp 1. Protein cấu trúc: keratin lông mao lông vũ, collagen, elastin trong tế bào đàn hồi như da, 2. Protein vận động : bắp cơ, tiên mao (myosin) 3. Enzym 4. Protein vận chuyển: hemoglobin-oxygen, cytochomes vận chuyển điện tử trên màng, 5. Protein dự trữ: dự trữ aminoacid như albumin, casein 6. Hocmon điều hóa các quá trình chuyển hóá, ví dụ: insulin, oxytocin, somatotrophin 7. Kháng thể nhận biết bắt kháng nguyên để tế bào bạch cầu tiêu hủy [...]... chuỗi polypeptide có trong thành phần protein này? Có bao nhiêu mole DNP phản ứng với mole của protein Thuốc thử DNP: 5.5 mg, M=283g vậy số mmole = 5.5/2 83 Protein: 660mg, M= 132 00, vậy số mmole = 660/ 132 000 Ty lệ mole DNP sinh ra và số mol protein ban đầu = (5.5/2 83) /(660/ 132 000)=4:1 Vậy 1 mol protein hình thành nên 4 mol dẫn xuất, tương đương với 4 amino acid ở 4 chuỗi polypeptide được giải phóng Vì... phân quang học? Số đồng phân quang học của 1 phân tử là 2n với n: số tâm bất đối xứng Vậy phân tử isoleucine có 22=4 đồng phân quang học c- Hãy vẽ tất cả các đồng phân quang học của isoleucine 3 2 3 L, 3S 3 2 Bài- 4 Điểm đẳng điện của Histone Histone là các protein được tìm thấy trong nhân tế bào eukaryote, liên kết chặt chẽ với phân tử DNA mang nhiều nhóm phosphate Giá trị pI của histone rất cao, khoảng... lượng NaOH phản ứng hết với acid Bài- 2 Cho H+ Dạng acid Nhận H+ Dạng bazo Trung tính Chuẩn độ: thêm NaOH vào dunf dịch acid, pH của hỗn hợp tăng lên Bài- 2 Đo pH bằng pH kế pKabazo -1 0 pKaacid +1 1.Glycine tồn tại ở trạng thái ưu thế là +H3N-CH2COOH? NH2​ R​+​H+​​NH3+-R Như​vậy​tại​thời​điểm​(I),​khi​ chưa​có​sự​hiện​diện​của​ OH-,​trạng​thái​ưu​thế​của​ glycine​là​+H3N-CH2COOH 2 Điện tích trung bình... mole​cân​bằng​với​nhau​là​ +H3N-CH2-COOH​(chất​ cho​proton)​và​+H3N-CH2COO-​(trung​tính).​So​với​ lúc​ban​đầu​(I),​tổng​số​ phân​tử​tích​điện​+1​đã​ c Một nửa số nhóm amino đã bị ion hóa • Tại​điểm​cân​bằng​thứ​2​(K2),​tồn​tại​2​trạng​thái​của​các​phân​tử​glycine​là​+H3N-CH2-COOH​và​H2N-CH2-COOH​với​lượng​mol​ cân​bằng,​vì​vậy​tại​điểm​(III),​một​nửa​số​nhóm​amino​đã​bị​ion​hóa:​​​+H3N-CH2-COO-​+​OH-​ ​H2N-CH2-COOH... khi​toàn​bộ​các​phân​tử​glycine​tồn​tại​ở​trạng​thái​H2N-CH2-COO-​thì​độ​tích​điện​trung​bình​của​glycince​là​-1.​Điểm​V​là​điểm​ cần​tìm l- Glycine đang tồn tại ở dạng hỗn hợp 50:50 của 2 trạng thái +H3N-CH2-COOH và +H3N-CH2-COOm- Giá trị pH ở điểm đẳng điện n- Kết thúc chuẩn độ o- Những vùng pH không thích hợp cho vai trò làm dung dịch đệm 1 Bài- 3 2 a- Phân tử isoleucine có bao nhiêu tâm bất đối xứng? C​bất​đối​xứng​(chiral​center)​là​C​nối​với​4​nhóm​thế​khác​ nhau​(p.17).​Vậy​phân​tử​isoleucine​nảy​có​2​tâm​đối​... ảnh hưởng cửa sự tài gấp cuộn Khi nhiệt gia tăng các liên kết yếu khác bị phá vỡ còn lại là cầu disulfit, ngăn cản sự duỗi biến tính của protein trong điều kiện nhiệt độ cao Khi làm lạnh các phần tử trong protein lại tạo ra các tương tác yếu, gây tái gấp cuộn protein theo cầu hình mà các cầu disulfit còn giữ được, làm hoạt tính trở lại Bài- 6 Một mẫu oligomeric protein (660 mg) có Mr 132 ,000 được xử... ức chế trypsin tuyến tụy ở bò (BPTI) với 58 amino acid mỗi mạch đơn và có 3 liên kết disulfide Khi làm lạnh dung dịch BPTI đã đem biến tính thì thấy hoạt tính của nó được phục hồi lại Giải thích cơ sở phân tử của thuộc tính trên ở BPTI? Bài- 5 a- Hầu hết các protein có tương tác yếu là không cộng hóa trị, làm bền cấu trúc bậc 3 và 4 của phân tử protein Tuy nhiên, một số protein lại có thêm các cầu nối... COOH​được​chuyển​hoàn​toàn​thành​COO-​nhờ​vào​sự​thêm​dần​dần​OH-,​điểm​III​ i- Glycine hoàn toàn được trung hòa (điểm cân bằng thứ 2) • Điểm​trung​hòa​hoàn​toàn​glycine​là​điểm​mà​các​nhóm​NH3+​và​COOH​được​chuyển​hoàn​toàn​thành​NH2​và​COO-​bởi​sự​ thêm​vào​dần​dần​các​ion​OH-.​Vì​thế​là​điểm​V​ j- Trạng thái tồn tại chiếm ưu thế là +H3N-CH2-COO• Trạng​thái​này​chiếm​ưu​thế,​tức​là​tổng​các​điện​tích​của​glycine​bằng​0.​Điểm​III​là​điểm​cần​tìm k- Độ tích điện.. .Bài- 1dưa hấu như hình dưới là DHãy cho biết cấu trúc của citrulline được chiết từ amino acid hay L-amino acid? Giải thích L- citrulline Cấu hình L Đo pH bằng pH kế Bài- 2 100ml dung dịch glycine 0.1M ở pH 1.72 được chuẩn độ với dung dịch NaOH 2M Kết quả theo dõi pH được cho bởi đồ thị... bằng​với​pKa​của​nhóm​carboxyl​tại​điểm​(II e Giá trị pH cân bằng với pKa của nhóm amino đã được proton hóa • pH​=​pKa​khi​trạng​thái​chuẩn​độ​đạt​điểm​giữa​(mid​point),​tức​là​nổng​độ​mol​NH3+​và​NH2​cân​bằng​với​nhau • Do​đó​pH​cân​bằng​với​pKa​của​nhóm​amin​tại​điểm​(IV)-​điểm​cân​bằng​của​NH3+​và​NH2 f- Glycine đạt khả năng đệm tối đa • Khả​năng​đệm​phụ​thuộc​vào​khả​năng​chống​lại​thay​đổi​pH​dung​dịch​khi​thêm​vào​OH-​hay​H+.​Theo​lý​thuyết​tại​điểm​giữa​ . quang học c- Hãy vẽ tất cả các đồng phân quang học của isoleucine 1 2 3 3 3 2 2 L, 3S Bài- 4 Điểm đẳng điện của Histone. Histone là các protein được tìm thấy. - Citruline Selenocysteine Sec (U) Pyrrolysine Pyl (O) 1 2 3 4 6 5 N6-​{[(2R,​3R)- 3- ​methyl- 3, ​4-​dihydro-​2H-​pyrrol-​2-​yl]​ carbonyl}-​L-​lysine​ 1 2 α Cách