Phân lập, định danh và xác định tỷ lệ, độ nhạy cảm kháng sinh của vi khuẩn kị khí trên các mẫu bệnh phẩm

B GIÁO D C VÀ ÀO T O VI N IH CM HÀ N I - LU N V N TH C S Chuyên ngành : Công ngh sinh h c Mã ngành PHÂN L P, : 60420201 NH DANH VÀ XÁC NH T L , NH Y C M KHÁNG SINH C A VI KHU N K KHÍ TRÊN CÁC M U B NH PH M H C VIÊN TH C HI N : NGUY N TH TH Y HƯ NG D N KHOA H C : TS TR NH TH THU H NG Hà N i, 10/2016 L I C M ƠN Trong su t trình h c t p hồn thành lu n v n này, tơi ã nh n h ng d n, giúp quý báu c a th y cô, anh ch , em b n V i lịng kính tr ng bi t ơn sâu s c xin Ban Lãnh cs o, Phòng sau c bày t l i c m ơn chân thành t i: i h c, B môn - Công ngh sinh h c - Vi n h c M Hà N i, khoa Vi Sinh - B nh vi n Vi t TS Tr nh Th Thu H ng - Vi n c, B nh vi n a Khoa i c Giang i h c M Hà N i, cô ã tr c ti p h ng d n, dìu d t tơi hồn thành lu n v n PGS.TS Tr ơng Qu c Phong - Tr ng phịng Thí nghi m Proteomics - Trung tâm nghiên c u phát tri n CNSH, Vi n Công Ngh sinh h c, Tr Bách Khoa Hà N i, th y ã d y b o, giúp tơi r t nhi!u ng iH c tơi có th hoàn thành lu n v n Tr vi n Vi t ng khoa Ths Nguy"n Th Vân toàn th anh ch em khoa Vi Sinh B nh c B nh vi n c Giang Các anh ch t o i!u ki n t t nh t cho tơi q trình làm vi c, h c t p thu th p s li u có th hồn thành lu n v n Tơi xin trân tr ng c m ơn GS, PGS, TS h i #ng ch m lu n v n ã cho nhi!u ý ki n xác q báu tơi hồn thành lu n v n Cu i cho g$i l i c m ơn t i gia ình, ng tơi, giúp i thân b n bè ng viên q trình th c hi n hồn thành lu n v n Hà N i, ngày … tháng… n m 2016 Nguy n Th Th y c nh L I CAM OAN Tôi xin cam oan ây ! tài nghiên c u c a tôi, t t c s li u k t qu lu n v n trung th c ch a t%ng c công b ! tài khác Hà N i, ngày 28 tháng 10 n m 2016 Tác gi Nguy n Th Th y M CL C L I C M ƠN L I CAM OAN DANH M C CH VI T T T DANH M C B NG BI U DANH M C HÌNH !T V"N # CHƯƠNG T$NG QUAN 1.1 L ch s$ phát tri n c a ngành vi khu&n h c k khí 1.2 'c i m chung c a vi khu&n k khí 1.2.1 Khái ni m v! vi khu&n k khí 1.2.2 Phân lo i vi khu&n k khí theo m c nh y c m v i oxy 1.2.3 V trí t#n t i c a vi khu&n k khí 1.2.4 M t s 'c i m c a vi khu&n k khí gây b nh 1.3 Tình hình nhi"m khu&n vi khu&n k khí ng 1.4 M t s b nh c nh vi khu&n k khí gây nên ng i i ng i 10 1.5 Tình hình nghiên c u v! vi khu&n k khí th gi i Vi t Nam 15 1.5.1 Trên th gi i 15 1.5.2 T i Vi t Nam 16 CHƯƠNG V T LI U VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN C%U 20 2.1 it ng nghiên c u 20 2.2 V t li u 20 2.2.1 Môi tr ng 20 2.2.2 Hóa ch t 20 2.2.3 Thi t b 20 2.3 Ph ơng pháp nghiên c u 21 2.3.1 Ph ơng pháp l y l u tr( m u 21 2.3.2 Ph ơng pháp nuôi c y phân l p vi khu&n k khí 22 2.3.3 Ph ơng pháp 2.3.4 nh danh vi khu&n k khí b ng kít nh danh ID 32A 22 nh danh b ng ph ơng pháp gi i trình t gen 16S rARN 24 2.3.5 Ph ơng pháp th$ nghi m kháng sinh # v i vi khu&n k khí 27 CHƯƠNG K T QU VÀ TH O LU N 32 3.1 K t qu phân l p vi khu&n k khí 32 3.1.1 T) l VKKK m u b nh ph&m lâm sàng 32 3.1.2 T) l phân l p vi khu&n k khí theo lo i b nh ph&m 33 3.2 K t qu nh danh ch ng vi khu&n k khí phân l p 3.2.1 K t qu c 34 nh danh b ng ki u hình 34 3.2.2 K t qu ph ơng pháp nh danh ki u gen 35 3.3 K t qu nh y c m kháng sinh c a ch ng VKKK phân l p c 43 3.3.1 M c nh y c m v i kháng sinh c a ch ng VKKK gram âm 43 3.3.3 M c nh y c m v i kháng sinh c a ch ng VKKK gram d ơng 46 K T LU N 49 KI N NGH 50 TÀI LI U THAM KH O 51 DANH M C CH VI T T T ADN Acid deoxyribonucleic CLSI Clinical & Laboratory Standards Institute Vi n chu&n th c Hoa K* v! lâm sàng xét nghi m MALDI-TOF MS Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry MIC The minimum inhibitory concentration N#ng rARN c ch t i thi u Ribosomal Acid ribonucleic ARN Riboxom PCR Polymerase Chain Reaction Ph n ng chu+i polymerase VKKK Vi khu&n k, khí TZP Piperacillin tazobactam CHL Cloramphenicol DOX Doxycyclin IPM Imipenem MTR Metronidazole bfr Bacteroides fragilis gm+ Gram positive bacteria cpe Clostridium perfringens pro Propionibacterium acnes pin Prevotella intermedia gmo Gemella morbillorum bur Bacteroides ureolyticus pmg Finegoldia magna pol Prevotella oralis ame Actinomyces meyeri clo Clostridium sp mib Microbacterium sp DANH M C B NG BI U B ng 1.1: S l ng, t- l v trí t#n t i c a vi khu&n k khí B ng 1.2: T- l hình thái nhi"m trùng phân l p c vi khu&n k khí [15] B ng 2.1: Các c'p m#i s$ d.ng cho ph n ng PCR 26 B ng 2.2: Tiêu chu&n di"n gi i k t qu ng kính vùng c ch i v i 29 B fragilis ch ng vi khu&n k khí m c ch m [12] 29 B ng 2.3: Tiêu chu&n di"n gi i k t qu ng kính vùng c ch i v i 29 B ng 2.4: Tiêu chu&n di"n gi i k t qu ng kính vùng c ch i v i ch ng vi khu&n k khí m c nhanh [12] 30 B ng 2.5: Tiêu chu&n di"n gi i k t qu MIC c a ch ng vi khu&n k khí [12] 30 B ng 3.1: T) l phân l p VKKK lo i b nh ph&m 32 B ng 3.2: Phân l p VKKK theo lo i b nh ph&m 33 DANH M C HÌNH nh kh n ng nh y c m kháng sinh b ng ph ơng pháp khoanh gi y Hình 2.1 Xác kháng sinh 27 Hình 2.2 Xác nh kh n ng nh y c m kháng sinh b ng ph ơng pháp etest 28 Hình 3.1 K t qu nh danh b ng ki u hình vi khu&n k khí 34 Hình 3.2 K t qu tách ADN t/ng s c a ch ng VKKK 36 Hình 3.3 K t qu i n di s n ph&m PCR 36 Hình 3.4 M c nh y c m v i kháng sinh c a ch ng VKKK gram âm 43 Hình 3.5 M c nh y c m v i m t s kháng sinh c a Bacteroides fragilis 44 Hình 3.6 M c nh y c m v i m t s kháng sinh c a Prevotella intermedia 45 Hình 3.7 M c nh y c m v i kháng sinh c a ch ng VKKK gram d ơng 46 Hình 3.8 M c nh y c m v i m t s kháng sinh c a Clostridium perfringens 47 !T V"N # Vi khu&n k khí nguyên nhân quan tr ng gây nhi!u lo i nhi"m khu&n ng i nh(ng n m g n ây Chúng gây nhi"m trùng ng i nh : nhi"m trùng huy t, nhi"m trùng liên quan quan th n ung th , áp xe não, gan, ph/i, lách, th n, quan sinh d.c, nhi"m trùng da, cơ, mô m!m Các hình th c nhi"m khu&n i ơn ng c mà th ng nhi"m khu&n h+n h p gi(a vi khu&n hi u khí vi khu&n k khí Nhi"m trùng vi khu&n c 't xem xét t t c hình thái nhi"m khu&n k khí m t câu h i ng i Vi t Nam c1ng nh c y, phân l p, n c ang phát tri n nói chung, vi c ni nh danh th$ m c nh y c m v i kháng sinh c a vi khu&n k khí phịng xét nghi m vi sinh lâm sàng hi n g'p nhi!u khó kh n, ch a tr thành th n c1ng ch a có ch a c ni c y th ng quy, th ng b b sót Vi khu&n k khí v y cho c v trí x ng ch ơng trình gi ng d y ng quy t i phòng xét nghi m vi sinh Nguyên nhân c a tình tr ng thi u hi u bi t v! vi khu&n k khí, i!u ki n k2 thu t c a phòng xét nghi m cịn nhi!u thi u th n Trong ó xét nghi m tìm vi khu&n k khí nói chung ph c t p, t n kém, òi h i nhi!u th i gian kinh nghi m Vi c th$ nghi m kháng sinh v i vi khu&n k khí gây nhi"m trùng m t vi c làm c n thi t sau nh danh vi khu&n k khí gây b nh có c vi khu&n k khí gây b nh Tuy nhiên, v i c k t qu kháng sinh # c1ng c n th i gian t% n ngày sau có k t qu nh danh M c gia t ng ! kháng kháng sinh ngày nghiêm tr ng, n m g n ây khơng có kháng sinh m i c FDA (C.c an toàn th c ph&m D a c ph&m Hoa K*) ch p nh n, mà t c kháng kháng sinh t ng hàng ngày Xu t phát t% nh(ng th c ti"n trên, ã ti n hành nghiên c u ! tài : “Phân l p, nh danh xác nh t l , nh y c m kháng sinh c a vi khu n k khí m u b nh ph m” v i m.c tiêu là: 1 Phân l p, xác nh t l phân l p vi khu n k khí m u b nh ph m lâm sàng nh danh ch ng vi khu n k khí phân l p Xác l p nh m c c nh y c m kháng sinh c a lo i vi khu n k khí phân c m u b nh ph m lâm sàng TTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGGCTTGACATATAGTTGAGTTATT GAGAAATTGATAAGTCCCTCGGGACAACTATACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAG CTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTCAG TTGCCAGCACGTA > 4205 Bact TGCAGTCGAGGGGCATCAGGAAGAAAGCTTGCTTTCTTTGCTGGCGACCGGCGCAC GGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCCTTTACTCGGGGATAGCCTTTCGAAAGAA AGATTAATACCCGATGGCATAATGATTCCGCATGGTTTCATTATTAAAGGATTCCG GTAAAGGATGGGGATGCGTTCCATTAGGTTGTTGGTGAGGTAACGGCCCACCAAG CCTTCGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACAC GGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGGTAGC CTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGAAGGCTCTATGGGTCGTAAACTTCTTTT ATATAAGAATAAAGTGCAGTATGTATACTGTTTTGTATGTATTATATGAATAAGGA TCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGG ATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGTGGACTGGTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTG CGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGTCAGTCTTGAGTACAGTAGAGGTGG GCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGC GAAGGCAGCTCACTGGACTGCAACTGACACTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAA ACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGC GATATACAGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGC CGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACA TGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTGCAGTGGA ATGATGTGGAAACATGTCAGTGAGCAATCACCGCTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGT CGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTAT CTTCAGTTACTAACAGGTCATGCTGAGGACTCTGGAGAGACTGCCGTCGTAAGATG TGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACAC ACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCAGCTAGCGGGTGACCGTATGCTAATCC CAAAATCCTCTCTCAGTTCGGATCGAAGTCTGCAACCCGACTTCGTGAAGCTGGAT TCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTAC ACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGCCGGGGGTACCTGAAGTACGTAACCGCAAGG ATCGTCCTAGG Trình t o n gen 16S rDNA c a ch ng phân tích 40 c s$ d.ng Blast lên ngân hàng d( li u NCBI nh n di n lồi có k t qu nh sau: > 4111 Micro- Định tên: Eggerthella lenta (Peptostreptococcus micros or Micromonas micros) >4183 Pre - định tên: Prevotella intermedia 41 >4111 Clos - + nh tên: Clostridium perfringens >4134 Acti - định tên: Parvimonas micra (Actinobacteria) 42 > 4205 Bact- + nh tên: Bacteroides fragilis K t qu cho th y ch ng 4111 Micro, 4183 Prev, 4111 Clos, 4134 Actino 4205 Bacte ã c nh danh b ng kít ID32 t ơng ng có s t ơng #ng nh danh b ng ki u gen Eggerthella lenta (Peptostreptococcus micros or Micromonas micros), Prevotella intermedia, Clostridium perfringens, Parvimonas micra (Actinobacteria), Bacteroides fragilis i!u cho th y ph ơng pháp danh b ng ki u hình nh kit nh danh ID32 nh y c m kháng sinh t% ó bác s2 có xác nh h ti n hành xác nh nh ng dùng thu c h p lý cho b nh nhân 3.3 K4t qu nh2y c m kháng sinh c a ch ng VKKK phân l7p +-.c 3.3.1 M c nh y c m v i kháng sinh c a ch ng VKKK gram âm Hình 3.4 M>c + nh2y c m v@i kháng sinh c a ch ng VKKK gram âm 43 Vi khu&n k khí Gram âm nh y c m cao v i Imipenem 87,44%, ng th hai Piperacillin-tazobactam 85,44%, Chloramphenicol 80,88%, Doxycyclin có nh y t ơng t 79,71%, ! kháng cao nh t g'p nhóm kháng sinh Metronidazole 34,95% T) l nh y c m c a ch ng VKKK gram âm v i metronidazole th p so v i nghiên c u c a tác gi Bao Zy c ng s Theo tác gi Bao Zy: “Các ch ng vi khu&n k, khí gram âm hay g'p Porphyromonas Prevotella Các ch ng k khí ch a cho k t qu kháng v i kháng sinh Metronidazole, Cefoxitin, Amoxicillin”.[8] T% k t qu nghiên c u trên, l a ch n ch ng vi khu&n k khí gram âm hay g'p Bacteroides fragilis Prevotella intermedia ti n hành nghiên c u m c nh y c m kháng sinh v i kháng sinh TZP (Piperacillin tazobactam), CHL (Chloramphenicol), DOX (Doxycyclin), IPM (Imipenem) MTR (Metronidazole) k t qu c th hi n hình 3.5 3.6 Hình 3.5 M>c + nh2y c m v@i m t s, kháng sinh c a Bacteroides fragilis Qua hình 3.5 nh n th y Bacteroides fragilis nh y c m cao v i Imipenem 79,31%, Piperacillin-tazobactam 79,31%, Chloramphenicol 44 72,41%, Doxycyclin có nh y t ơng t 72,41%, ! kháng cao nh t g'p nhóm kháng sinh Metronidazole 17,24% So sánh v i nghiên c u c a Handal c ng s k khí phân l p v i 197 ch ng vi khu&n c t- l Bacteroides spp kháng v i kháng sinh penicillin n 99,2%, kháng clindamycin 18,55 % Các ch ng nh y c m t t v i Meropenem Metronidazole[17] So sánh v i k t qu c a chúng tơi nhóm Bacteroides mà chúng tơi phân l p c c1ng nh y c m v i kháng sinh nhóm Carbapenem nh ng kháng cao v i Metronidazol i!u có th gi i thích nhóm Bacteroides ti p xúc th i gian dài v i m t lo i kháng sinh ó kh n ng kháng kháng sinh ó r t cao Mà b nh vi n Vi t c b nh vi n n cu i nên vi c s$ d.ng kháng sinh metronidazole r t nhi!u nên t) l kháng l i kháng sinh cao Ti p t.c nghiên c u âm Prevotella intermedia k t qu nh y c m kháng sinh c a ch ng VKKK gram c th hi n hình 3.6 Hình 3.6 M>c + nh2y c m v@i m t s, kháng sinh c a Prevotella intermedia Prevotella intermedia nh y c m 100% v i Piperacillin-tazobactam, Chloramphenil Imipenem.T) l nh y c m v i kháng sinh Doxycyclin 96,77%, nh y th p nh t g'p nhóm kháng sinh metronidazole 64,52% 45 3.3.3 M c nh y c m v i kháng sinh c a ch ng VKKK gram d ng Hình 3.7 M>c + nh2y c m v@i kháng sinh c a ch ng VKKK gram d-ơng Vi khu&n k khí Gram d ơng nh y c m cao nh t v i Imipenem 92.96%, ng th hai Piperacillin-tazobactam 89,74%, Doxycyclin có 87,91% Chloramphenicol 75,36%, ! kháng cao nh t g'p nh y nhóm kháng sinh Metronidazole 16,6% Các VKKK gram d ơng có 80% s ch ng cho k t qu nh y c m v i kháng sinh cefoxitin k t qu t ơng t v i nghiên c u t i Trung Qu c c a tác gi Bao Zy c ng s Theo nghiên c u ch ng VKKK gram d ơng ph/ bi n Peptostreptococcus, Bifidobacterium Pemphigus Propionibacterium ch ng cho k t qu nh y c m v i kháng sinh Cefoxitin, Amoxicillin Chúng ti p t.c l a ch n ch ng vi khu&n k khí gram d ơng hay g'p Clostridium perfringens Propionibacterium acnes nh y c m kháng sinh c a chúng, k t qu thu 46 xác c hình 3.8 3.9 nh Hình 3.8 M>c + nh2y c m v@i m t s, kháng sinh c a Clostridium perfringens Nhìn hình 3.8 chúng tơi nh n th y Clostridium perfringens c1ng nh y c m cao v i Imipenem 91,67%, Piperacillin-tazobactam 86,49%, Chloramphenicol 59,46%, Doxycyclin có kháng cao nh t g'p nh y t ơng t 40,54%, ! nhóm kháng sinh Metronidazole 10,81% K t qu cho g i ý h n ch s$ d.ng kháng sinh metronidazole cho nhi"m khu&n Clostridium perfringens, v i nhi"m khu&n Piperacillintazobactam Imipenem nên C perfringens phân l p c c s$ d.ng Theo tác gi Fan YC c ng s !u nh y c m v i kháng sinh amoxicillin, bacitracin enrofloxacin nh ng kháng v i Chlortetracycline, Erythromycin, and Lincomycin [47] Hình 3.9 M>c + nh2y c m v@i m t s, kháng sinh c a Propionibacterium acnes 47 Qua hình 3.9 chúng tơi nh n th y Propionibacterium acnes nh y c m t i v i Piperacillin-tazobactam 100%, nh y c m cao v i Imipenem 96,97%, Doxycyclin 96,97%, Chloramphenicol 93,55%, ! kháng cao nh t g'p nhóm kháng sinh Metronidazole 6,06% Theo Wilson JR c ng s cho r ng nguyên nhân Propionibacterium acnes gây nhi"m khu&n huy t 0% vi khu&n t#n t i da gây b nh ch y u da, 'c bi t tr ng cá Tuy nhiên, nhi"m trùng / b.ng vi khu&n k khí v n th ng g'p c1ng có vai trò c a Propionibacterium spp[43] T% k t qu nói bác s2 lâm sàng có th xác sau ã xác nh a h ng i!u tr c vi sinh v t k khí m u b nh ph&m 48 K T LU N T% 1795 m u b nh ph&m c a b nh nhân n m i!u tr t i B nh vi n Vi t b nh vi n a khoa c Giang ã xác nh c c 372 m u cho k t qu nuôi c y d ơng tính v i VKKK chi m 20,72% Trong 372 m u d ơng tính phân l p c 486 ch ng vi khu&n k khí T) l m c vi khu&n k khí cao nh t b nh ph&m m chi m 36,83%, d ch / b.ng 28,19%, th ba d ch m t 14,61% ã nh danh c 486 ch ng vi khu&n b ng kít Merieux T) l vi khu&n k khí phân l p c cao nh t Bacteroides fragilis 17,9%, tr c khu&n gram d ơng ch a xác 17,9%, sau ó nh danh ID 32 A c a hãng Bio nh tên xác c1ng có t) l n Clostridium perfringens 7,61%, Propionibacterium acnes 6,79%, Prevotella intermedia 6,38% ã ti n hành nh danh b ng ph ơng pháp gi i trình t gen mã hóa 16S-rARN ch ng vi khu&n k khí 4111 Micro, 4183 Prev, 4111 Clos, 4134 Actino 4205 c k t qu t ơng #ng 100% t ơng ng ch ng Eggerthella Bacte thu (Peptostreptococcus lenta micros or Micromonas micros), Prevotella intermedia, Clostridium perfringens, Parvimonas micra (Actinobacteria), Bacteroides fragilis ã xác nh nh y c m kháng sinh c a ch ng VKKK gram âm gram d ơng K t qu VKKK Gram âm nh y c m cao v i Imipenem 87,44%, ng th hai piperacillin-tazobactam 85,44%, chloramphenicol 80,88%, doxycyclin có nh y t ơng t 79,71%, ! kháng cao nh t g'p nhóm kháng sinh metronidazole 34,95% Các VKKK gram d ơng nh y c m cao nh t v i Imipenem 92.96%, có ng th hai piperacillin-tazobactam 89,74%, doxycyclin nh y 87,91% chloramphenicol 75,36%, ! kháng cao nh t g'p kháng sinh metronidazole 16,6% 49 nhóm KI N NGH Ti p t.c phân l p n ch n ch ng VKKK v i quy mô l n C n nghiên c u sâu v! kh n ng gây b nh c1ng nh kh n ng kháng thu c c a vi khu&n k khí bác s2 có h ng i úng n gi i pháp i!u tr b nh vi khu&n k khí gây nên a quy trình xác nh vi khu&n k khí vào quy trình th ng quy c a b nh vi n u t thêm trang thi t b hi n 50 i xác nh vi khu&n k khí TÀI LI U THAM KH O Lê Ti4n H i (2001) Nghiên c u tình tr ng nhi m khu n nhân s i ng m t ' b nh ng m t Lu n án ti n s3 y h c, Hà N i Lê Thi?u Hoa (1988) Ph ng pháp nuôi c y phân lo i vi khu n k khí cho m t phịng xét nghi m không chuyên Lu n án ti n s3, Tr ng i h c Huboldt Berlin Lê Thi?u Hoa (1990) “K t qu 101 tr khoa vi sinh b nh vi n H(u Ngh Vi t ng h p ni c y vi khu&n k khí t i c” Ngo i khoa 2/1990, tr.1-7 Lê Thi?u Hoa (1996) “ K t qu nuôi c y phân l p 632 b nh ph&m tìm vi khu&n k khí, t i khoa Vi sinh b nh vi n H(u Ngh Vi t c t% 30/12/1992 n 5/10/1995” T p chí Y h(c th"c hành, 11, tr.17-19 Lê Th Thi?u Hoa, Nguy n Th Mai, C Kim Sơn c ng s; (2000) “Nghiên c u k t qu nuôi c y vi khu&n n c m t, kháng sinh # tình hình s$ d.ng kháng sinh i!u tr c a 100 b nh nhân m/ s i m t t i khoa ph u thu t gan m t b nh vi n Vi t c th i gian 8/1999 n 1/2000 Ngo i khoa 5/2000, tr 41-48 Tr9n Th Lan Ph-ơng (2003), “Nghiên c u v vi khu n d ch m t c a b nh nhân s i ng m t m c nh y c m v i kháng sinh c a chúng” Lu n v n bác s3 chuyên khoa c p II, i h c Y Hà N i Bae KS1, Baumgartner JC( 1998 )“Developmenan anaerobic bacterial leakage model” J Endod Apr;24(4):233-5 Bao ZY, Lin Q, Meng YH, He C, Su JZ, Peng X (2016), “Application of anaerobic bacteria detection in oral and maxillofacial infection” Journal of Peking University, 48(1):76-9 Biomérieux (1994) “Anaerobier- Diagnostik”, Biomérieux Deutschland GmbH 10 Burhard F (1992) “Mikrobiologische dianostik”, Geoge Thieme Verlag Stuttgart New York 51 11 Choi TK, Wong J (1990) “Current management of intrahepatic stones”; Wold Surg 14, p487-491 12 CLSI(2015) Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing; Twenty-first Informational 13 Connie R.Mahon, Donald C.Lehman, George Manuselis Textbook of Diagnostic Microbiology fifth edition, chapter 41 “anaerobic bacteriology” section 13, tr: 458-482 14 Ceylon Med J 2003 “Microbiology of cerebral abscess at the neurosurgical unit of the National Hospital of Sri Lanka” Mar;48(1):14-6 15 Hahn H., D.Falke, S.H.E Kaufmann, U Ulmann (1999) “Mediznische Mikrobiologie und Infektiologie”; Springer - Verlag Berlin Heideberg 16 Hammond JM, Potgieter PD, Hanslo D, Scott H, Roditi D (1995) “The etiology and antimicrobial susceptibility patterns of microorganisms in acute community-acquired lung abscess” Chest 108(4): 937-41 17 Handal N, Bakken Jørgensen S, Smith Tunsjø H, Johnsen BO, Leegaard TM (2015) “Anaerobic blood culture isolates in a Norwegian university hospital: identification by MALDI-TOF MS vs 16S rRNA sequencing and antimicrobial susceptibility profiles” Acta Pathologica, Microbiologica et Immunologica Scandinavica 123(9):749-58 18 Holdeman L.V., Kelley R.W., Moore W.E.C (1984) “Anaerobic Gram Negative straight, curved and helical rods”; Section 6, Bergey’s Manual of Systematic Baltimo 19 Jacquenlyin G Black, “Mirobiology” principles exphorations “ eighth edition, tr 514-533 20 Jawetz, melnick and Adelbery’s, “Medical microbiology ” 26 edition, chapter 21, Section III “Infection caused by anaerobic”, tr 296-303 21 Kenneth J., Ryan C., George Ray, “Sherris Medical microbiology” (sixth edition), tr: 326-349 22 Lafaix C (1981) “Infections par les baterises anaerobies non sporulées”>? I’ Atelier 606 Paris 52 23 Lynne S Garcia, Clinical microbiology procedures handbook Second edition, volum 1, Section 4, Tr: 4.0.1- 4.12.6 24 M, DoDan, et al (2013), “A Case Report of Cerebellar Abscess Caused by Bacteroidesfragilis.”, American Journal of Clinical Medicine Research 1.4: 48-50 25 Mandell, Douglas and Rennett’t (2015), “Principles and practice of infections deseases”, tr2736-2781 26 Miranda KR, Neves FP, Santos-Filho Jd, de Paula GR, Lobo LA, Oelemann WM, Domingues RM (2013), “Application of DNA sequence analysis based on five different conserved genes (16S rDNA, rpoB, gdh, est and pgm) for intra-species discrimination of Bacteroides fragilis.” Anaerobe 19:58-61 27 Murray, Rosenthal, Pfaller, “Medical microbiology”, tr 327-350 28 Paster BJ, Dewhirst FE, Olsen I, Fraser GJ.(1994) “Phylogeny of Bacteroides, Prevotella, and Porphyromonas spp and related bacteria” Bacteriol 176(3):725-32 29 Pasteur L (1861) “Animalcules infusoires vivant sans oxygène libre et déterminant des fermentations”; C.R Acad Sci.[D] (Paris) 56: 1189 - 1894 30 Rosenblatt J.E (1976), “Isolation and identification of anaerobic bacteria”, Hum Pathol 7: 177-186 31 .Seneviratne Rde S, Navasivayam P, Perera S, Wickremasinghe RS, (2003), “Microbiology of cerebral abscess at the neurosurgical unit of the National Hospital of Sri Lanka” Ceylon Med J 48(1):14-6 32 Silver S (1980), “Anaerobic bacteriology for the clinical laboratory”, The C.V.Mosby company st Louis Toronto London, Washington D.C 33 Smith L.D.S (1967) “Anaerobes an oxygen” In Fredelle V editor: “The anaerobic bacteria”, Montreal, Institut of Microbiology an Hygiene of Monteal Universit 34 Somer H.R.J., Summanen P.H, Finegold S M (1995), “Bacteroides, porphyromonas, prevotella, fusobacterium, and other anaerobic”; Manual of clinical microbiology, ed.6 ASM press; Washington D C chap 49 p603-620 53 35 Sudhaharan S, Chavali P, Vemu L, (2016), “Anaerobic brain abscess” Iran J Microbiol 8(2):120-4 36 Sutter V.L., Citron D.M , Finegold S.M (1980), “Wadsworth anaerobic bacteriology manual”; Ed 3, St Louis Toronto London 1980 37 Veillon A (1893) “Sur un microcoque anaerobie trouvé dans des suppurations fétides” C.R.Soc.Biol (Paris) 45: 807 - 809 38 Veillon A , Zuber A (1897) “Sur quelques microbes strictment anaérobies et leur role dans la pathologie humanine”; C.R.SOC Biol (Paris) 49: 253 - 255 39 Veillon A , Zuber A (1898) “Sur quelques microbes strictment anaérobies”; Arch Med Exp Anatopathol 10: 517 - 545 40 Wagner C (1999) “III Anaerobe wachsenden Bakterien”; Resistezen UK Benjamin Franklin 1999 alle Materialien; Institut fur Infektionsmedizin, Abteilung Medizinnische Mikrobiologie des UKBF/FU Berlin P41 41 Werner H.(1985) “Anaerobier-Infektionen-pathogenese, Klinik, Therapie, Diagnostik”; 2.Auflage, Georg Thieme Verlag Stuttgart New York 42 Werner H (1992) “Medizinische Mikrobiologie mit Repetiorium” Walter de Gruyter Berlin New York 1992 43 Wilson JR1, Limaye AP, (2004), “Risk factors for mortality in patients with anaerobic bacteremia” Eur J Clin Microbiol Infect Dis, 23(4):310-6 44 Yang NW, Kim JM, Choi GJ, Jang SJ, (2010), “Development and evaluation of the quick anaero-system-a new disposable anaerobic culture system” Korean J Lab Med, 30(2):133-7 45 Yang Y, Gong S, Liu Y (2001) The clinical investigation of bacteriology of chronic suppurative otitis media Journal of clinical otorhinolaryngology 15(12): 550-2 46 Yi-Weitang, Max sussman, Dongyou Liu, Ian Poxton and Joseph Schwart zman “Medical microbiology” tr 875-968 47 Fan YC, Wang CL, Wang C, Chen TC, Chou CH, Tsai HJ1(2016)” Incidence and Antimicrobial Susceptibility to Clostridium perfringens in Premarket Broilers in Taiwan” Avian Dis 2016 Jun;60(2):444-9 doi: 10.1637/11315-110915-Reg 54 ... m.c tiêu là: 1 Phân l p, xác nh t l phân l p vi khu n k khí m u b nh ph m lâm sàng nh danh ch ng vi khu n k khí phân l p Xác l p nh m c c nh y c m kháng sinh c a lo i vi khu n k khí phân c m u b... hình th vi khu&n ng k khí mà khơng m c mơi tr ng khí xác nh ó vi khu&n k khí, n u vi khu&n ó m c c hai mơi tr nh ó vi khu&n hi u k khí tùy ti n ng xác 2.3.3 Ph ng pháp nh danh vi khu n k khí b... MS xác nm c c xác nh b i Etests H nh m t cách xác 94,9% s vi khu&n y m khí chi, 86,8% v i m c loài Theo nghiên c u k t qu kháng kháng 15 sinh c a ch ng vi khu&n k, khí cho th y 73,3% s m u phân