Khóa luận tốt nghiệp: Khảo sát tỉ lệ phân bố và tình trạng đề kháng kháng sinh của vi khuẩn Staphylococcus ở một số tỉnh thuộc khu vực phía nam

Khóa luận tốt nghiệp này được thực hiện với mục tiêu nhằm xác định tỉ lệ phân bố và tỉ lệ đề kháng kháng sinh của Staphylococcus aureus trong các mẫu nước, thực phẩm, bệnh phẩm ở khu vực phía nam từ tháng 12/2016 đến tháng 06/2017. Mời các bạn cùng tham khảo.

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ TP HỒ CHÍ MINH KHĨA LUẬN TỐT NGHIỆP KHẢO SÁT TỈ LỆ PHÂN BỐ VÀ TÌNH TRẠNG ĐỀ KHÁNG KHÁNG SINH CỦA VI KHUẨN STAPHYLOCOCCUS Ở MỘT SỐ TỈNH THUỘC KHU VỰC PHÍA NAM Ngành: CƠNG NGHỆ SINH HỌC-THỰC PHẨM -MÔI TRƢỜNG Chuyên ngành: VI SINH THỰC PHẨM Giảng viên hƣớng dẫn :TH.S DIỆP THẾ TÀI Sinh viên thực MSSV: 1311100988 :NGUYỄN THỊ NGỌC HƢƠNG Lớp: 13DSH01 TP Hồ Chí Minh, 2017 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC CƠNG NGHỆ TP HỒ CHÍ MINH KHĨA LUẬN TỐT NGHIỆP KHẢO SÁT TỈ LỆ PHÂN BỐ VÀ TÌNH TRẠNG ĐỀ KHÁNG KHÁNG SINH CỦA VI KHUẨN STAPHYLOCOCCUS Ở MỘT SỐ TỈNH THUỘC KHU VỰC PHÍA NAM Ngành: CÔNG NGHỆ SINH HỌC- THỰC PHẨM -MÔI TRƢỜNG Chuyên ngành: VI SINH THỰC PHẨM Giảng viên hƣớng dẫn :TH.S DIỆP THẾ TÀI Sinh viên thực MSSV: 1311100988 :NGUYỄN THỊ NGỌC HƢƠNG Lớp: 13DSH01 TP Hồ Chí Minh, 2017 Đồ án tốt nghiệp LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu riêng tơi đƣợc hƣớng dẫn khoa học Ths Diệp Thế Tài Các nội dung nghiên cứu, kết đề tài trung thực chƣa công bố dƣới hình thức trƣớc Những số liệu bảng biểu phục vụ cho việc phân tích, nhận xét, đánh giá đƣợc tác giả thu thập từ nguồn khác có ghi rõ phần tài liệu tham khảo TP Hồ Chí Minh, ngày 09 tháng 08 năm 2017 I Đồ án tốt nghiệp LỜI CẢM ƠN Đầu tiên, cho phép đƣợc gửi lời cảm ơn chân thành tới ThS Diệp Thế Tài ngƣời nhiệt tình hƣớng dẫn giúp đỡ tơi suốt q trình thực đề tài Tơi gửi lời cảm ơn tới tất nhân viên thuộc phòng Vi khuẩn – Vi khuẩn Đƣờng ruột, Khoa Vi sinh Miễn dịch, Viện Pasteur thành phố Hồ Chí Minh giúp đỡ tạo điều kiện cho tơi thực tốt cơng việc suốt thời gian qua Tôi xin gửi lời cảm ơn sâu sắc tới Ban Giám hiệu Trƣờng Đại học Công Nghệ TP.HCM tồn thể Thầy, Cơ khoa Cơng Nghệ Sinh Học truyền dạy kiến thức chuyên ngành để tơi có đủ khả hồn thành đề tài Đặc biệt, xin gửi lời cảm ơn sâu sắc tới gia đình tơi ln ln hậu phƣơng vững giúp đỡ động viên không từ bỏ việc học Xin cảm ơn tới tất bạn học lớp 13DSH01, ngƣời vƣợt qua thời gian học tập sinh sống thành phố Hồ Chí Minh Xin chân thành cảm ơn! Thành phố Hồ Chí Minh, ngày 09 tháng 08 năm 2017 Sinh viên thực Nguyễn Thị Ngọc Hƣơng II Đồ án tốt nghiệp MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN I LỜI CẢM ƠN II MỤC LỤC III DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT VI DANH MỤC CÁC BẢNG VII DANH MỤC BIỂU ĐỒ VIII DANH MỤC HÌNH ẢNH IX MỞ ĐẦU 1 Đặt vấn đề Tình hình nghiên cứu Câu hỏi nghiên cứu CHƢƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Tụ cầu khuẩn Staphylococcus aureus 1.1.1 Tình hình phân bố Staphylococcus aureus 1.1.1.1 Trên giới 1.1.1.2 Tại Việt Nam 1.2 Đặc điểm phân loại tụ cầu khuẩn (Staphylococcus aureus) 1.2.1 Giới thiệu 1.2.2 Phân loại tụ cầu vàng 1.2.3 Đặc điểm sinh học 1.2.3.1 Hình thể tính chất bắt màu Stphylococcus aureus .7 1.2.3.2 Nuôi cấy .9 1.2.4 Điều kiện tăng trƣởng phân bố 10 1.2.5 Đặc điểm sinh hóa 11 1.2.6 Khả đề kháng 11 1.2.7 Tình hình đề kháng kháng sinh vi khuẩn Staphylococcus giới Việt Nam 12 1.2.7.1 Tình hình đề kháng kháng sinh S.aureus giới .12 III Đồ án tốt nghiệp 1.2.7.2 Tình hình đề kháng kháng sinh S.aureus Việt Nam .13 1.2.8 Khả gây bệnh S.aureus 15 1.2.9 Các yếu tố độc lực Staphylococcus aureus 16 1.2.10 Phòng điều trị bệnh 17 1.2.10.1 Phòng bệnh .17 1.2.10.2 Điều trị 17 CHƢƠNG VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .18 2.1 Thời gian địa điểm nghiên cứu 18 2.2 Vật liệu thí nghiệm 18 2.2.1 Đối tƣợng nghiên cứu .18 2.2.2 Dụng cụ thiết bị 18 2.2.2.1 Dụng cụ 18 2.2.2.2 Thiết bị 18 2.2.3 Hóa chất mơi trƣờng 19 2.3 Phƣơng pháp tiến hành .19 2.3.1 Kỹ thuật nuôi cấy phân lập .19 2.3.1.1 Mẫu nƣớc 19 2.3.1.2 Mẫu thực phẩm 19 2.3.1.3 Mẫu phân .20 2.3.2 Quan sát hình thái 20 2.3.3 Kỹ thuật multiplex PCR 20 2.3.4 Kỹ thuật kháng sinh đồ theo phƣơng pháp Kirby-Bauer 23 CHƢƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 27 3.1 Kết nuôi cấy phân lập vi khuẩn S.aureus từ loại mẫu thực phẩm, mẫu nƣớc mẫu bệnh phẩm .27 3.1.1 Quan sát đặc điểm khuẩn lạc S.aureus 27 3.1.2 Kết nuôi cấy phân lập vi khuẩn S.aureus từ loại mẫu thực phẩm, môi trƣờng mẫu bệnh phẩm tỉnh An Giang, Sóc Trăng, Bến Tre, Bình Phƣớc, TP.Hồ Chí Minh 28 IV Đồ án tốt nghiệp 3.1.3 So sánh kết nuôi cấy, phân lập định danh S.aureus tỉnh thành theo loại mẫu 30 3.2 Kết định danh vi khuẩn S.aureus 30 3.3 Tỉ lệ đề kháng kháng sinh S.aureus từ loại mẫu thực phẩm, môi trƣờng mẫu bệnh phẩm tỉnh An Giang, Sóc Trăng, Bến Tre, Bình Phƣớc, TP.Hồ Chí Minh 31 3.4 Tỉ lệ S.aureus kháng Methicilline (MRSA) 35 CHƢƠNG KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 36 4.1 Kết luận .36 4.2 Kiến nghị 37 TÀI LIỆU THAM KHẢO 38 V Đồ án tốt nghiệp DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT BHI Brain Heart Infusion BP Baird Paker Agar MH Mueller Hinton Agar LB Luria-Bertani TBE Tris-borate-EDTA VRSA Vancomycin-resistant Staphylococcus aureus MRSA Methicillin-resistant Staphylococcus aureus S.aureus Staphylococcus Aureus PCR Polymerase Chain Reaction FOX Cefoxitin CN Gentamicin CIP Cipro VA Vancomycine NA Clindamycin AZM Azithromycin DO Doxycicline VI Đồ án tốt nghiệp DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 2.1 Trình tự cặp mồi đƣợc sử dụng cho phản ứng PCR 21 Bảng 2.2 Thành phần phản ứng PCR đa mồi sở phát vi khuẩn S.aureus 22 Bảng 2.3 Chu trình nhiệt sở mồi 22 Bảng 2.4 Bảng tiêu chuẩn đánh giá kết đƣờng kính vơ khuẩn Staphylococcus aureus theo CLSI năm 2017 .26 Bảng 3.1 Kết nuôi cấy, phân lập định danh S.aureus Thành phố Hồ Chí Minh 28 Bảng 3.2 Kết nuôi cấy, phân lập định danh S.aureus tỉnh An Giang 28 Bảng 3.3 Kết nuôi cấy, phân lập định danh S.aureus tỉnh Bến Tre 29 Bảng 3.4 Kết nuôi cấy, phân lập định danh S.aureus tỉnh Bình Phƣớc 29 Bảng 3.5 Kết nuôi cấy, phân lập định danh S.aureus tỉnh Sóc Trăng .29 Bảng 3.6 Kết nuôi cấy phân lập vi khuẩn S.aureus khu vực phía Nam theo loại mẫu 30 Bảng 3.7 Kết kháng sinh đồ S.aureus (n = 17) 32 VII Đồ án tốt nghiệp DANH MỤC SƠ ĐỒ BIỂU ĐỒ Sơ đồ 1.1 quy trình PCR 21 Sơ đồ 2.2 Quy trình thực kháng sinh đồ S.aureus 24 Biểu đồ 3.1 Tỉ lệ đề kháng đa kháng sinh S.aureus (n= 15) .32 Biểu đồ 3.2 Tỉ lệ đề kháng kháng sinh S.aureus mẫu bệnh phẩm (n= 6) 33 Biểu đồ 3.3 Tỉ lệ đề kháng kháng sinh S.aureus mẫu nƣớc .34 Biểu đồ 3.4 Tỉ lệ đề kháng kháng sinh S.aureus mẫu thực phẩm 34 VIII ... VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ TP HỒ CHÍ MINH KHĨA LUẬN TỐT NGHIỆP KHẢO SÁT TỈ LỆ PHÂN BỐ VÀ TÌNH TRẠNG ĐỀ KHÁNG KHÁNG SINH CỦA VI KHU? ??N STAPHYLOCOCCUS Ở MỘT SỐ TỈNH THUỘC KHU VỰC PHÍA NAM. .. cứu tỉ lệ phân bố vi khu? ??n Staphylococcus tình trạng đề kháng kháng sinh chúng số tỉnh thuộc khu vực phía nam Kết nghiên cứu nhằm góp phần cung cấp cho bác sĩ lâm sàng mức độ đề kháng kháng sinh. .. cứu Tỉ lệ phân bố S.aureus số tỉnh thuộc khu vực phía nam bao nhiêu? Tỉ lệ đề kháng kháng sinh S.aureus phân lập đƣợc khu vực phía nam ? Mục tiêu nghiên cứu Mục tiêu tổng quát: Xác định tỉ lệ phân