1. Trang chủ
  2. » Giáo Dục - Đào Tạo

Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam

168 17 0

Đang tải... (xem toàn văn)

Tài liệu hạn chế xem trước, để xem đầy đủ mời bạn chọn Tải xuống

THÔNG TIN TÀI LIỆU

Thông tin cơ bản

Tiêu đề Xác định các gen - alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa Việt Nam
Tác giả Phùng Thị Phương Nhung
Người hướng dẫn GS.TS. Đỗ Năng Vịnh, GS.TS. Pascal Gantet
Trường học Học viện Nông nghiệp Việt Nam
Chuyên ngành Di truyền và Chọn giống cây trồng
Thể loại luận án
Năm xuất bản 2019
Thành phố Hà Nội
Định dạng
Số trang 168
Dung lượng 5,7 MB

Nội dung

Ngày đăng: 15/07/2021, 08:45

Nguồn tham khảo

Tài liệu tham khảo Loại Chi tiết
17. Bian H., Y. Xie, F. Guo, N. Han, S. Ma, Z. Zeng, J. Wang, Y. Yang and M. Zhu (2012). Distinctive expression patterns and roles of the miRNA393/TIR1 homolog module in regulating flag leaf inclination and primary and crown root growth in rice (Oryza sativa). New Phytol 196. pp. 149-161 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Oryza sativa
Tác giả: Bian H., Y. Xie, F. Guo, N. Han, S. Ma, Z. Zeng, J. Wang, Y. Yang and M. Zhu
Năm: 2012
26. Breuninger H., E. Rikirsch, M. Hermann, M. Ueda and T. Laux (2008). Differential Expression of WOX Genes Mediates Apical-Basal Axis Formation in the Arabidopsis Embryo. Developmental Cell 14. pp. 867-876 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Arabidopsis
Tác giả: Breuninger H., E. Rikirsch, M. Hermann, M. Ueda and T. Laux
Năm: 2008
34. Cheng Y., X. Dai and Y. Zhao (2004). AtCAND1, A HEAT-Repeat Protein That Participates in Auxin Signaling in Arabidopsis. Plant Physiol 135. pp. 1020-1026 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Arabidopsis
Tác giả: Cheng Y., X. Dai and Y. Zhao
Năm: 2004
44. Cui D., C.-y. Xu, C.-f. Tang, C.-g. Yang, T.-q. Yu, X.-x. A, G.-l. Cao, F.-r. Xu, J.- g. Zhang and L.-z. Han (2013). Genetic structure and association mapping of cold tolerance in improved japonica rice germplasm at the booting stage. Euphytica 193. pp. 369-382 Sách, tạp chí
Tiêu đề: japonica
Tác giả: Cui D., C.-y. Xu, C.-f. Tang, C.-g. Yang, T.-q. Yu, X.-x. A, G.-l. Cao, F.-r. Xu, J.- g. Zhang and L.-z. Han
Năm: 2013
48. Dhanapal A.P., J.D. Ray, S.K. Singh, V. Hoyos-Villegas, J.R. Smith, L.C. Purcell, C. Andy King, P.B. Cregan, Q. Song and F.B. Fritschi (2015). Genome-wide association study (GWAS) of carbon isotope ratio (δ13C) in diverse soybean [Glycine max (L.) Merr.] genotypes. Theoretical and Applied Genetics 128. pp.73-91 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Glycine max
Tác giả: Dhanapal A.P., J.D. Ray, S.K. Singh, V. Hoyos-Villegas, J.R. Smith, L.C. Purcell, C. Andy King, P.B. Cregan, Q. Song and F.B. Fritschi
Năm: 2015
50. Ditengou F.A., W.D. Teale, P. Kochersperger, K.A. Flittner, I. Kneuper, E. van der Graaff, H. Nziengui, F. Pinosa, X. Li, R. Nitschke, T. Laux and K. Palme (2008). Mechanical induction of lateral root initiation in Arabidopsis thaliana.Proceedings of the National Academy of Sciences 105. pp. 18818-18823 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Arabidopsis thaliana
Tác giả: Ditengou F.A., W.D. Teale, P. Kochersperger, K.A. Flittner, I. Kneuper, E. van der Graaff, H. Nziengui, F. Pinosa, X. Li, R. Nitschke, T. Laux and K. Palme
Năm: 2008
60. Famoso A.N., K. Zhao, R.T. Clark, C.W. Tung, M.H. Wright, C. Bustamante, L.V. Kochian and S.R. McCouch (2011). Genetic architecture of aluminum tolerance in rice (Oryza sativa) determined through genome-wide association analysis and QTL mapping. PLoS Genet 7. pp. e1002221 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Oryza sativa
Tác giả: Famoso A.N., K. Zhao, R.T. Clark, C.W. Tung, M.H. Wright, C. Bustamante, L.V. Kochian and S.R. McCouch
Năm: 2011
67. Fukuoka S., N.V. Alpatyeva, K. Ebana, N.T. Luu and T. Nagamine (2003). Analysis of Vietnamese rice germplasm provides an insight into Japonica rice differentiation. Plant Breeding 122. pp. 497-502 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Japonica
Tác giả: Fukuoka S., N.V. Alpatyeva, K. Ebana, N.T. Luu and T. Nagamine
Năm: 2003
72. Gao S., J. Fang, F. Xu, W. Wang, X. Sun, J. Chu, B. Cai, Y. Feng and C. Chu (2014). A cytokinin oxidase/dehydrogenase gene OsCKX4 integrates cytokinin and auxin signaling to control rice crown root formation. Plant Physiol Sách, tạp chí
Tiêu đề: OsCKX4
Tác giả: Gao S., J. Fang, F. Xu, W. Wang, X. Sun, J. Chu, B. Cai, Y. Feng and C. Chu
Năm: 2014
88. Hu W. and H. Ma (2006). Characterization of a novel putative zinc finger gene MIF1: involvement in multiple hormonal regulation of Arabidopsis development.The Plant Journal 45. pp. 399-422 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Arabidopsis
Tác giả: Hu W. and H. Ma
Năm: 2006
106. Jaillais Y., I. Fobis-Loisy, C. Miège, C. Rollin and T. Gaude (2006). AtSNX1 defines an endosome for auxin-carrier trafficking in Arabidopsis. Nature 443. pp. 106 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Arabidopsis
Tác giả: Jaillais Y., I. Fobis-Loisy, C. Miège, C. Rollin and T. Gaude
Năm: 2006
108. Jeong J.S., Y.S. Kim, M.C. Redillas, G. Jang, H. Jung, S.W. Bang, Y.D. Choi, S.H. Ha, C. Reuzeau and J.K. Kim (2013). OsNAC5 overexpression enlarges root diameter in rice plants leading to enhanced drought tolerance and increased grain yield in the field. Plant Biotechnol J 11. pp. 101-114 Sách, tạp chí
Tiêu đề: OsNAC5
Tác giả: Jeong J.S., Y.S. Kim, M.C. Redillas, G. Jang, H. Jung, S.W. Bang, Y.D. Choi, S.H. Ha, C. Reuzeau and J.K. Kim
Năm: 2013
109. Jia L., Z. Wu, X. Hao, C. Carrie, L. Zheng, J. Whelan, Y. Wu, S. Wang, P. Wu and C. Mao (2011). Identification of a novel mitochondrial protein, short postembryonic roots 1 (SPR1), involved in root development and iron homeostasis in Oryza sativa. New Phytologist 189. pp. 843-855 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Oryza sativa
Tác giả: Jia L., Z. Wu, X. Hao, C. Carrie, L. Zheng, J. Whelan, Y. Wu, S. Wang, P. Wu and C. Mao
Năm: 2011
112. Jones M.A., M.J. Raymond and N. Smirnoff (2005). Analysis of the root-hair morphogenesis transcriptome reveals the molecular identity of six genes with roles in root-hair development in Arabidopsis. The Plant Journal 45. pp. 83-100 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Arabidopsis
Tác giả: Jones M.A., M.J. Raymond and N. Smirnoff
Năm: 2005
127. Kitomi Y., H. Ito, T. Hobo, K. Aya, H. Kitano and Y. Inukai (2011). The auxin responsive AP2/ERF transcription factor CROWN ROOTLESS5 is involved in crown root initiation in rice through the induction of OsRR1, a type-A response regulator of cytokinin signaling. Plant J 67. pp. 472-484 Sách, tạp chí
Tiêu đề: CROWN ROOTLESS5" is involved in crown root initiation in rice through the induction of "OsRR1
Tác giả: Kitomi Y., H. Ito, T. Hobo, K. Aya, H. Kitano and Y. Inukai
Năm: 2011
132. Lavenus J., T. Goh, I. Roberts, S. Guyomarc’h, M. Lucas, I. De Smet, H. Fukaki, T. Beeckman, M. Bennett and L. Laplaze (2013). Lateral root development in Arabidopsis: fifty shades of auxin. Trends Plant Sci 18. pp. 450-458 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Arabidopsis
Tác giả: Lavenus J., T. Goh, I. Roberts, S. Guyomarc’h, M. Lucas, I. De Smet, H. Fukaki, T. Beeckman, M. Bennett and L. Laplaze
Năm: 2013
134. Li Y., R. Cheng, K.A. Spokas, A.A. Palmer and J.O. Borevitz (2014). Genetic Variation for Life History Sensitivity to Seasonal Warming in Arabidopsis thaliana. Genetics 196. pp. 569-577 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Arabidopsis thaliana
Tác giả: Li Y., R. Cheng, K.A. Spokas, A.A. Palmer and J.O. Borevitz
Năm: 2014
135. Lian H.-L., X. Yu, D. Lane, W.-N. Sun, Z.-C. Tang and W.-A. Su (2006). Upland rice and lowland rice exhibited different PIP expression under water deficit and ABA treatment. Cell Res 16. pp. 651-660 Sách, tạp chí
Tiêu đề: PIP
Tác giả: Lian H.-L., X. Yu, D. Lane, W.-N. Sun, Z.-C. Tang and W.-A. Su
Năm: 2006
54. EURoot database (2014). Retrieved on 01/12/2014 at http://gohelle.cirad.fr:8080 /euroot/JSP/authentication.jsp Link
170. Orygenes D.B. (2014). Retrieved on 01/12/2014 at http://orygenesdb.cirad.fr /tools.html Link

HÌNH ẢNH LIÊN QUAN

Chú thích: (a) Hình thái bộ rễ lúa ở giai đoạ n1 tuần sau nảy mầm của giống lúa Nipponbare - Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam
h ú thích: (a) Hình thái bộ rễ lúa ở giai đoạ n1 tuần sau nảy mầm của giống lúa Nipponbare (Trang 21)
Chú thích: (a) Hình giải phẫu lát cắt ngang của một rễ chính, điểm cắt cách đầu rễ 2 cm, đƣợc nhuộm bởi formandehyde safranin glycerin acetic axit; lignins bắt màu đỏ, cellulose bắt màu xanh - Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam
h ú thích: (a) Hình giải phẫu lát cắt ngang của một rễ chính, điểm cắt cách đầu rễ 2 cm, đƣợc nhuộm bởi formandehyde safranin glycerin acetic axit; lignins bắt màu đỏ, cellulose bắt màu xanh (Trang 22)
Chú thích: (a) Hình giải phẫu phần chóp rễ theo chiều dọc, các phần mô tƣơng ứng với tên đƣợc mã hóa theo bảng màu tƣơng ứng - Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam
h ú thích: (a) Hình giải phẫu phần chóp rễ theo chiều dọc, các phần mô tƣơng ứng với tên đƣợc mã hóa theo bảng màu tƣơng ứng (Trang 23)
Hình 2.5. Các bƣớc giải trình tự theo phƣơng pháp Sanger (a) và NGS (b) - Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam
Hình 2.5. Các bƣớc giải trình tự theo phƣơng pháp Sanger (a) và NGS (b) (Trang 40)
Hình 2.6. Các bƣớc chính trong quá trình thực hiện GBS - Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam
Hình 2.6. Các bƣớc chính trong quá trình thực hiện GBS (Trang 42)
Hình 2.7. So sánh phƣơng pháp xác định QTLs truyền thống và GWAS - Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam
Hình 2.7. So sánh phƣơng pháp xác định QTLs truyền thống và GWAS (Trang 50)
Hình 3.1. Sơ đồ tổng quát quá trình thực hiện các nội dung nghiên cứu - Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam
Hình 3.1. Sơ đồ tổng quát quá trình thực hiện các nội dung nghiên cứu (Trang 63)
Hình 3.2. Sơ đồ các bƣớc thực hiện phân tích đa dạng di truyền với DArT - Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam
Hình 3.2. Sơ đồ các bƣớc thực hiện phân tích đa dạng di truyền với DArT (Trang 66)
Bảng 3.1. Các giống lúa đƣợc dùng để xây dựng thƣ viện DArT markers - Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam
Bảng 3.1. Các giống lúa đƣợc dùng để xây dựng thƣ viện DArT markers (Trang 67)
Bảng 4.1. Phân nhóm mẫu giống theo thời gian sinh trƣởng - Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam
Bảng 4.1. Phân nhóm mẫu giống theo thời gian sinh trƣởng (Trang 77)
Bảng 4.2. Phân nhóm mẫu giống theo số nhánh hữu hiệu Số nhánh - Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam
Bảng 4.2. Phân nhóm mẫu giống theo số nhánh hữu hiệu Số nhánh (Trang 78)
Hình 4.2. Biểu đồ tần số phân bố mẫu giống lúa theo chiều cao cây - Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam
Hình 4.2. Biểu đồ tần số phân bố mẫu giống lúa theo chiều cao cây (Trang 79)
Hình 4.3. Tỷ lệ và số lƣợng các mẫu giống chia theo tính chất nội nhũ - Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam
Hình 4.3. Tỷ lệ và số lƣợng các mẫu giống chia theo tính chất nội nhũ (Trang 80)
Về hình dạng hạt, sau khi đo và tính toán tỷ lệ chiều dài hạt/ chiều rộng hạt chúng tôi thu đƣợc kết quả trình bày ở Bảng 4.3 - Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam
h ình dạng hạt, sau khi đo và tính toán tỷ lệ chiều dài hạt/ chiều rộng hạt chúng tôi thu đƣợc kết quả trình bày ở Bảng 4.3 (Trang 80)
Hình 4.4. Thành phần kiểu gen của các mẫu giống nghiên cứu 4.2.2. Xây dựng cây phân loại cho các mẫu giống lúa nghiên cứu - Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam
Hình 4.4. Thành phần kiểu gen của các mẫu giống nghiên cứu 4.2.2. Xây dựng cây phân loại cho các mẫu giống lúa nghiên cứu (Trang 82)
Hình 4.7. Các phân nhóm trong nhóm mẫu giống thuộc loài phụ indica - Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam
Hình 4.7. Các phân nhóm trong nhóm mẫu giống thuộc loài phụ indica (Trang 90)
Bảng 4.5. Đặc điểm của các phân nhóm trong hai nhóm giống thuộc loài phụ - Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam
Bảng 4.5. Đặc điểm của các phân nhóm trong hai nhóm giống thuộc loài phụ (Trang 94)
Bảng 4.6. Sự phân rã của LD trên 12 nhiễm sắc thể trong nhóm giống indica và japonica - Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam
Bảng 4.6. Sự phân rã của LD trên 12 nhiễm sắc thể trong nhóm giống indica và japonica (Trang 96)
Hình 4.9. Sự phân rã LD theo khoảng cách vật lý giữa các cặp marker trên 12 NST ở nhóm giống indica - Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam
Hình 4.9. Sự phân rã LD theo khoảng cách vật lý giữa các cặp marker trên 12 NST ở nhóm giống indica (Trang 97)
Hình 4.10. Sự phân rã LD theo khoảng cách vật lý giữa các cặp marker trên 12 NST ở nhóm giống japonica - Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam
Hình 4.10. Sự phân rã LD theo khoảng cách vật lý giữa các cặp marker trên 12 NST ở nhóm giống japonica (Trang 98)
Bảng 4.7. Kết quả phân tích ANOVA và hệ số di truyền theo nghĩa rộng của các tính trạng nghiên cứu - Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam
Bảng 4.7. Kết quả phân tích ANOVA và hệ số di truyền theo nghĩa rộng của các tính trạng nghiên cứu (Trang 100)
Bảng 4.8. Các giá trị thống kê cơ bản của các tính trạng liên quan đến đặc điểm phát triển bộ rễ ở các mẫu giống nghiên cứu - Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam
Bảng 4.8. Các giá trị thống kê cơ bản của các tính trạng liên quan đến đặc điểm phát triển bộ rễ ở các mẫu giống nghiên cứu (Trang 101)
Bảng 4.9. Giá trị thống kê cơ bản của các tính trạng nghiên cứu theo 2 nhóm giống indica (ind) và japonica (jap) - Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam
Bảng 4.9. Giá trị thống kê cơ bản của các tính trạng nghiên cứu theo 2 nhóm giống indica (ind) và japonica (jap) (Trang 104)
Hình 4.12. Tần số phân bố của một số tính trạng nghiên cứu trong hai nhóm loài phụ indica và japonica - Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam
Hình 4.12. Tần số phân bố của một số tính trạng nghiên cứu trong hai nhóm loài phụ indica và japonica (Trang 106)
Bảng 4.11. Hệ số tƣơng quan giữa các tính trạng theo dõi ở cả tập đoàn và riêng cho từng nhóm giống indica và japonica - Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam
Bảng 4.11. Hệ số tƣơng quan giữa các tính trạng theo dõi ở cả tập đoàn và riêng cho từng nhóm giống indica và japonica (Trang 108)
Bảng 4.12. Danh sách các QTLs đã xác định đƣợc với P-value < 1E-04 ở cả tập đoàn và hai nhóm giống indica và japonica - Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam
Bảng 4.12. Danh sách các QTLs đã xác định đƣợc với P-value < 1E-04 ở cả tập đoàn và hai nhóm giống indica và japonica (Trang 115)
Bảng 4.13. Các QTLs liên kết với nhiều hơn một tính trạng nghiên cứu ở cả tập đoàn và hai nhóm mẫu giống thuộc loài phụ indica và japonica - Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam
Bảng 4.13. Các QTLs liên kết với nhiều hơn một tính trạng nghiên cứu ở cả tập đoàn và hai nhóm mẫu giống thuộc loài phụ indica và japonica (Trang 124)
Bảng 4.14. Danh sách các gen ứng viên đã đƣợc khẳng định về vai trò và chức năng đối với sự phát triển bộ rễ - Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam
Bảng 4.14. Danh sách các gen ứng viên đã đƣợc khẳng định về vai trò và chức năng đối với sự phát triển bộ rễ (Trang 128)
Hình thành rễ bên - Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam
Hình th ành rễ bên (Trang 129)
Bảng 4.16. Danh sách các gen nằm trong vùng QTLs liên kết chặt với tính trạng NCR trên NST số 11 STT - Xác định các gen alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa việt nam
Bảng 4.16. Danh sách các gen nằm trong vùng QTLs liên kết chặt với tính trạng NCR trên NST số 11 STT (Trang 138)

TÀI LIỆU CÙNG NGƯỜI DÙNG

TÀI LIỆU LIÊN QUAN

w