Bài viết tiến hành giải trình tự gen, sử dụng phương pháp tin sinh học để phân tích đặc điểm di truyền của virus. Dựa vào trình tự phân đoạn gen mã hóa protein G đã xác định 5/5 chủng aMPV thuộc subgroup B. Mặc dù 5/5 chủng aMPV nằm ở nhánh bắt nguồn từ chủng virus vacxin nhưng chúng đều mang đặc điểm biến đổi ở cấp độ nucleotide và amino khác với chủng virus vacxin Nemovac đã và đang lưu hành ở nước ta.
Vietnam J Agri Sci 2021, Vol 19, No 5: 596-604 Tạp chí Khoa học Nơng nghiệp Việt Nam 2021, 19(5): 596-604 www.vnua.edu.vn PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ GEN MÃ HĨA GLYCOPROTEIN CỦA Avian Metapneumovirus PHÁT HIỆN ĐƯỢC Ở MỘT SỐ CƠ SỞ CHĂN NUÔI GÀ TẠI MIỀN BẮC Nguyễn Văn Giáp1*, Cao Thị Bích Phượng1, Huỳnh Thị Mỹ Lệ1, Đặng Hữu Anh1, Chu Thị Thanh Hương1, Vũ Thị Ngọc1, Võ Văn Hiểu1, Tạ Thị Kim Chung1, Lê Bá Hiệp2, Lê Thị Trinh2, Trương Quang Lâm1, Nguyễn Thị Hoa1, Lê Thị Luyên1 Khoa Thú y, Học viện Nông nghiệp Việt Nam Công ty Cổ phần Thú y xanh (Greenvet) * Tác giả liên hệ: nvgiap@vnua.edu.vn Ngày nhận bài: 05.03.2021 Ngày chấp nhận đăng: 09.04.2021 TÓM TẮT Avian Metapneumovirus (aMPV) nguyên gây bệnh hô hấp phức hợp gà tây gà phát Việt Nam Do tính đó, có cơng bố mặt lâm sàng, tỷ lệ dương tính huyết học tỷ lệ phát aMPV gà nuôi miền Bắc Nhằm làm rõ lưu hành aMPV, nghiên cứu giải trình tự gen, sử dụng phương pháp tin sinh học để phân tích đặc điểm di truyền virus Dựa vào trình tự phân đoạn gen mã hóa protein G xác định 5/5 chủng aMPV thuộc subgroup B Mặc dù 5/5 chủng aMPV nằm nhánh bắt nguồn từ chủng virus vacxin chúng mang đặc điểm biến đổi cấp độ nucleotide amino khác với chủng virus vacxin Nemovac lưu hành nước ta Từ khóa: Avian Metapneumovirus, trình tự gen G, đặc điểm sinh học phân tử Characterizing Glycoprotein-gene Encoding Sequences of Avian Metapneumovirus Found in Poultry in Northern Vietnam ABSTRACT Avian Metapneumovirus (aMPV) is one of the causative agents of respiratory disease complex in turkeys and chickens, which has been recently detected in Vietnam Due to its novelty, a few published papers are available on preliminary results, describing the clinical disease, sero- and viral- positivity rates This study aimed at providing more details about the molecular characterizations of the circulating virus by sequenced and then applied bioinformatics for data mining Based on the sequence of partial attachment glycoprotein coding gene, 5/5 aMPV strains were classified as subgroup B Though 5/5 strains belonged to the vaccine-derived lineage, all of them had differences at the nucleotide and amino acid levels compared to the attenuated strain of Nemovac vaccine available in Vietnam Keywords: Avian Metapneumovirus, attachment glycoprotein gene, molecular characterization ĐẶT VẤN ĐỀ Kể từ có chuyển dịch từ phương thức chăn nuôi nhỏ lẻ sang phương thức chăn nuôi công nghiệp với mật độ cao, bệnh hô hấp vật ni nói chung gia cầm nói riêng trở nên thường trực Mầm bệnh thường gặp bệnh hô hấp phức hợp gia cầm xác định bao gồm nhiều loại virus, vi khuẩn mycoplasma (Kleven, 1998; Fulton, 2014) 596 Trong nhóm bệnh virus, nghiên cứu giới cho thấy bệnh Avian Metapneumovius (aMPV) thường gặp, gây thiệt hại kinh tế lên tới hàng chục triệu USD/năm cho ngành chăn nuôi gà (Lwamba & cs., 2002) Avian Metapneumovirus thành viên giống Metapneumovirus (Afonso & cs., 2016) Virus nhiễm cho gia cầm (gà tây, gà, vịt, ngan) (Sun & cs., 2014; Brown & cs., 2019) Nguyễn Văn Giáp, Cao Thị Bích Phượng, Huỳnh Thị Mỹ Lệ, Đặng Hữu Anh, Chu Thị Thanh Hương, Vũ Thị Ngọc, Võ Văn Hiểu, Tạ Thị Kim Chung, Lê Bá Hiệp, Lê Thị Trinh, Trương Quang Lâm, Nguyễn Thị Hoa, Lê Thị Luyên dã cầm (Jardine & cs., 2018; Motamed Chaboki & cs., 2018) Gà tây gà hai lồi vật ni mẫn cảm nhất, với biểu bệnh chủ yếu hệ hô hấp (Aung & cs., 2008) ảnh hưởng tới suất sinh sản (Cook & cs., 2000; Sugiyama & cs., 2006; Cecchinato & cs., 2012) Vật chất di truyền aMPV sợi ARN đơn, âm khơng phân đoạn, có chiều dài khoảng 13000 base (Lwamba & cs., 2005) với cấu trúc gồm: 3′-leader-N-P-M-F-M2-SH-G-L-trailer5′ Trong gen nêu trên, gen mã hóa protein G, M, N, P, F có tính đa dạng cao (Chacon & cs., 2011) Dựa vào trình tự nucleotide gen mã hóa protein G, có subgroup aMPV (A, B, C, D) công nhận (Chacon & cs., 2011) Riêng subgroup B, có sử dụng vacxin nhược độc để phịng bệnh, số nước, virus cịn tiến hóa hành thành nhóm di truyền nhánh virus thực địa nhánh bắt nguồn từ chủng virus vacxin (Mescolini & cs., 2020) Về phân bố, từ phát lần đầu vào năm 1980, aMPV diện châu Phi (Gharaibeh Algharaibeh, 2007), châu Mỹ (Seal, 1998), châu Âu (Naylor & cs., 1997) châu Á (Mase & cs., 2003) Ở khu vực Đơng Nam Á, ngồi Malaysia (Lim & cs., 2009), chưa có thơng tin bệnh aMPV nước lại Gần đây, miền Bắc Việt Nam, aMPV phát gà có triệu chứng hơ hấp (Cao Thị Bích Phượng & cs., 2020) Do quan tâm nghiên cứu, nên thông tin aMPV bệnh virus gây nước ta cịn hạn chế Vì vậy, nghiên cứu thực nhằm tìm hiểu đặc điểm di truyền chủng aMPV phát số sở chăn nuôi, cụ thể hai khía cạnh: (i) xác định phân nhóm (subgroup) aMPV, (ii) biến đổi cấp độ nucleotide amino acid gen mã hóa protein G PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU Gy-5’-TCT CGC TGA CAA ATT GGT CCT GA-3’ (Bayon-Auboyer & cs., 1999) + Kít tách ARN (Patho Gene-spin DNA/RNA Extraction Kit, 17154, iNtRON); kít tổng hợp cDNA (HiSenScript RH(-) RT PreMix kit, 25087, iNtRON); kít PCR (Maxime PCR PreMix kit, i-StarMAX II, 25281, iNtRON) - Hóa chất dùng phân tích sản phẩm PCR gồm: agarose (BIO-41025, Bioline); RedSafe Nucleic Acid Staining Solution (21141, iNtRON) 100bp DNA ladder (DM001-R500, GeneDireX Inc.) - Nhóm nguyên liệu phục vụ phân tích đặc điểm di truyền gồm: + Trình tự gen G giải mã chủng aMPV phát Hà Nội, Hịa Bình Ninh Bình virus vacxin Nemovac (Merial) lưu hành Việt Nam + Trình tự gen G tham chiếu (có đầy đủ thơng tin năm thu thập) tải từ GenBank gồm: chủng thuộc subgroup A-B-C-D, chọn theo nghiên cứu trước (Owoade & cs., 2008; Chacon & cs., 2011); chủng aMPV nhánh virus thực địa nhánh bắt nguồn từ chủng vacxin theo công bố năm 2020 (Mescolini & cs., 2020) 2.3 Phương pháp nghiên cứu 2.3.1 Phương pháp phát aMPV Tách ARN tổng số mẫu bệnh phẩm/vacxin Patho Gene-spin DNA/RNA Extraction Kit, với bước thực theo hướng dẫn nhà sản xuất Chuyển ARN thành cDNA sử dụng kít RT PreMix nhiệt độ 45C 60 phút Phản ứng PCR phát nucleic acid aMPV dùng mồi Ga/Gy theo nghiên cứu trước (Bayon-Auboyer & cs., 1999) 2.3.2 Giải mã phân tích trình tự nucleotide - Nhóm ngun liệu dùng phát aMPV nhân gen mã hóa protein G gồm: - Giải trình tự sản phẩn PCR theo phương pháp Sanger’s, thực Công ty 1st BASE (Malaysia) Căn chỉnh trình tự gen mã hóa protein G dịch mã phần mềm BioEdit v7.1.3.0 (Hall, 1999) + Cặp mồi dùng phát giải mã gen G: Ga-5’-CCG GGA CAA GTA TCT CTA TGG-3’ - Dựa vào công bố trước (BayonAuboyer & cs., 2000) để giải vị trí/vùng 2.1 Vật liệu 597 Phân tích trình tự gen mã hóa glycoprotein Avian Metapneumovirus phát số sở chăn nuôi gà miền Bắc chức protein G aMPV, ví dụ: vị trí glycosyl, N-myristyl hóa, vùng xun màng, - Xác định đặc tính amino acid dựa vào kết cơng bố trước (Pommie & cs., 2004) 2.3.3 Xây dựng phát sinh chủng loại Cây phát sinh chủng loại xây dựng gói phần mềm BEAST (Drummond & cs., 2012) phiên v1.10.4 Các thông số cho phân tích gồm: (i) mơ hình SRD06 mơ thay đổi nucleotide trình tự gen, (ii) lựa chọn strict clock làm mơ hình dự đốn tốc độ biến đổi nucleotide (iii) constant size mơ hình hóa dạng phát sinh chủng loại Vòng lặp (length of chain) thực 10.000.000 lần, với tần suất lưu mẫu sau 10.000 vịng Hai chương trình tích hợp gói phần mềm BEAST TreeAnnotator FigTree dùng để xác định phả hệ có mức tin cậy cực đại biểu diễn phả hệ KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 3.1 Cây phát sinh chủng aMPV dựa theo trình tự gen mã hóa protein G Gen mã hóa protein G (gen G) gen có nhiều thay đổi aMPV (Juhasz & Easton, 1994) Dựa vào trình tự phần gen G (nucleotide thứ 67-366), làm rõ phân nhóm (subgroup) chủng aMPV phát miền Bắc (Hình 1) 0,2 Ghi chú: 17 chủng aMPV biết subgroup (A-B-C-D) với tên có thơng tin nguồn gốc (quốc gia), mã số GenBank, subgroup năm thu thập Giá trị (%) nút (node) biểu thị mức tin cậy cho phân nhánh Thước đo (phía dưới) số thay đổi vị trí nucleotide Hình Cây phát sinh chủng loại aMPV dựa vào trình tự gen G 598 Nguyễn Văn Giáp, Cao Thị Bích Phượng, Huỳnh Thị Mỹ Lệ, Đặng Hữu Anh, Chu Thị Thanh Hương, Vũ Thị Ngọc, Võ Văn Hiểu, Tạ Thị Kim Chung, Lê Bá Hiệp, Lê Thị Trinh, Trương Quang Lâm, Nguyễn Thị Hoa, Lê Thị Luyên 0,004 Ghi chú: 28 chủng aMPV subgroup B biết thuộc nhánh virus thực địa nhánh virus vacxin dùng để phân tích Tên trình tự tham chiếu có thông tin nguồn gốc (quốc gia), nhánh di truyền, mã số GenBank, tên chủng năm phân lập Giá trị (%) nút (node) biểu thị mức tin cậy cho phân nhánh Chủng virus nước đánh dấu riêng biệt màu sắc Thước đo (phía dưới) số thay đổi vị trí nucleotide Hình Cây phát sinh chủng loại aMPV subgroup B Cây phát sinh chủng loại (Hình 1) cho thấy aMPV chia thành nhánh tương ứng với subgroup với mức tin cậy > 50% Đặc điểm phân nhánh subgroup aMPV nghiên cứu giống với nghiên cứu công bố (Brown & cs., 2014) Theo đó, chủng aMPV miền Bắc thuộc subgroup B Một nghiên cứu công bố năm 2020 cho biết aMPV subgroup B có nhóm di truyền nhánh virus thực địa nhánh bắt nguồn từ chủng virus vacxin (Mescolini & cs., 2020) Do đó, nghiên cứu tiếp tục làm rõ nhóm di truyền chủng GK9.147, GA20.07, GE20.117 (Hình 2) GT19.06, GA19.04 Hình cho thấy tách biệt nhánh virus thực địa (field strain) nhánh bắt nguồn từ chủng virus vacxin (vaccine derived) Theo đó, 5/5 chủng aMPV phát nghiên cứu thuộc nhánh virus tiến hóa từ chủng virus vacxin Tại châu Âu, nơi có bệnh aMPV gây có sử dụng vacxin nhược độc phịng bệnh, chủng virus gây bệnh chủng virus tiến hóa từ virus vacxin thấy song song lưu hành số nước Tây Ban Nha, Pháp, Ý, Thổ Nhĩ 599 Phân tích trình tự gen mã hóa glycoprotein Avian Metapneumovirus phát số sở chăn nuôi gà miền Bắc Kỳ, (Bayraktar & cs., 2018; Mescolini & cs., 2020) Đáng ý, tỷ lệ lưu hành chủng aMPV có nguồn gốc từ vacxin tương đối phổ biến (khoảng 40%) (Mescolini & cs., 2020) Ở Việt Nam, vacxin nhược độc phòng bệnh aMPV đăng ký lưu hành khoảng 15 năm trước (Danh mục vacxin, chế phẩm sinh học, vi sinh vật, hóa chất dùng thú y phép lưu hành Việt Nam, Quyết định số 04/2006/QĐ-BNN) Hiện tại, vacxin tiếp tục lưu thông thị trường Do đó, lý giải phát aMPV có nguồn gốc từ chủng virus vacxin đàn gà khơng sử dụng vacxin nhược độc phịng bệnh Trên giới, số chủng virus thuộc nhánh có nguồn gốc từ vacxin (chế từ subgroup A subgroup B) phát lại độc gây bệnh (Catelli & cs., 2006; Catelli & cs., 2010; Lupini & cs., 2011) Vì vậy, cần có nghiên cứu độc lực chủng aMPV thuộc nhánh Việt Nam Ở khía cạnh khác, việc chưa phát aMPV chủng thực địa số lượng trình tự gen giải mã phân tích cịn Thực tế xuất phát từ khó khăn mang tính khách quan tỷ lệ mẫu dương tính với aMPV tương đối thấp (~ 9,0% khảo sát thực nhóm tác giả vào quý IV năm 2020, khơng trình bày) ~ 3,5% cơng bố đầu năm 2020 (Cao Thị Bích Phượng & cs., 2020) Ghi chú: Dấu “.” biểu thị nucleotide giống với chủng Nemovac Đóng khung nét liền nét đứt dạng đột biến làm thay đổi không làm thay đổi amino acid mã hóa Mũi tên thay đổi nucleotide khác gốc bazơ Hình Trình tự gen G aMPV nhánh có nguồn gốc từ chủng virus vacxin 600 Nguyễn Văn Giáp, Cao Thị Bích Phượng, Huỳnh Thị Mỹ Lệ, Đặng Hữu Anh, Chu Thị Thanh Hương, Vũ Thị Ngọc, Võ Văn Hiểu, Tạ Thị Kim Chung, Lê Bá Hiệp, Lê Thị Trinh, Trương Quang Lâm, Nguyễn Thị Hoa, Lê Thị Luyên 3.2 Đặc điểm biến đổi trình tự nucleotide gen mã hóa protein G Nghiên cứu tiếp tục so sánh trình tự gen chủng aMPV Việt Nam (i) với số chủng thuộc nhóm có nguồn gốc từ virus vacxin phát số nước giới (ii) với chủng virus vacxin Nemovac nhược độc sử dụng Việt Nam (Hình 3) So sánh trình tự phần gen mã hóa protein G (300 nucleotide phía đầu 3’) nhóm virus tiến hóa từ chủng virus vacxin (trình bày hình 2) với chủng virus vacxin Nemovac cho thấy mức tương đồng cao từ 98,3% đến 99,6% Đối với chủng virus giải mã nghiên cứu này, chủng (GE20.117) giống 98,6% chủng (GT19.06, GK9.147, GA20.07, GA19.05) giống 99,3% so với chủng virus vacxin Nemovac Mặc dù vậy, chủng virus thuộc nhánh có 14 đột biến điểm, với biến đổi thay khác gốc (transversion) từ T-A (nucleotide thứ 142), A-C (nucleotide thứ 222), A-T (nucleotide thứ 333) (mũi tên, hình 3) Trong 14 vị trí đột biến nói trên, vị trí (nucleotide thứ 91, 201, 254, 333, 356 366) có nhiều biến đổi (parsimony- informative site) Xét dạng ba mã hóa (codon), đột biến xảy vị trí codon thứ thứ (đóng khung nét liền hình 3) thay đổi amino acid mã hóa so với chủng vacxin Nemovac Ghi chú: Hình chữ nhật hình thoi đánh dấu vị trí serine/ threonine cysteine bảo thủ subgroup aMPV Vị trí có sửa đổi sau dịch mã N-myristyl glycosyl hóa đánh dấu vùng màu xám đóng khung Mũi tên amino acid có đặc tính khác với chủng Nemovac Hình Trình tự amino acid suy diễn phân đoạn protein G 601 Phân tích trình tự gen mã hóa glycoprotein Avian Metapneumovirus phát số sở chăn nuôi gà miền Bắc 3.3 Đặc điểm biến đổi trình tự amino acid protein G Những khác biệt virus thuộc nhóm có nguồn gốc từ vacxin (trong có chủng Việt Nam) so với virus vacxin Nemovac tiếp tục làm rõ cấp độ amino acid (Hình 4) Kết phân tích trình tự amino acid phía đầu N protein G (Hình 4) cho thấy virus thuộc nhánh bắt nguồn từ chủng virus vacxin có vị trí/ vùng chức aMPV như: vị trí serine (S)/ threonine (T) cysteine (C) bảo thủ, vị trí glycosyl hóa (NGS, NTS) Tuy nhiên, chủng virus vacxin Nemovac số chủng khác thuộc nhánh (đóng khung nét đứt, hình 4) thiếu vùng N-myristyl hóa (amino acid thứ 31- 36) Dựa vào công bố trước (Pommie & cs., 2004), xác định có số đột biến làm thay đổi đặc tính amino acid so với chủng virus vacxin (mũi tên, hình 4) Cụ thể: (i) amino acid thứ 31 thay đổi từ amino acid ưa nước, tích điện dương (R) sang amino acid khơng phân cực, khơng tích điện (G); (ii) amino acid thứ 85 thay đổi từ amino acid khơng phân cực, khơng tích điện (G) sang amino acid ưa nước, tích điện âm (D); (iii) amino acid thứ 119 thay đổi từ amino acid ưa nước, tích điện dương (R) sang amino acid tích điện dấu khơng phân cực (H) Phân tích in silico công bố năm 2010 khác biệt đặc tính kháng nguyên protein G số chủng aMPV (Cecchinato & cs., 2010) Nhưng chưa có nghiên cứu công bố mức ảnh hưởng thực tế đột biến protein G Với kết phân tích đặc điểm biến đổi cấp độ nucleotide (Hình 3) amino acid (Hình 4) cho thấy gen G nhánh bắt nguồn từ chủng virus vacxin (gồm chủng miền Bắc) có đặc điểm di truyền khác với chủng virus vacxin Nhận xét tương đồng với kết luận cơng bố năm 2020, theo chủng aMPV có nguồn gốc từ chủng vacxin nước thường tạo thành nhóm di truyền riêng tương ứng với chủng virus vacxin nhược độc sử dụng (Mescolini & cs., 2020) Ở khía cạnh khác, từ hạn chế nghiên cứu (chưa phát chủng aMPV nhánh virus thực địa) nên 602 cần mở rộng phạm vi lấy mẫu, quy mô xét nghiệm sử dụng phương pháp có độ nhạy cao (ví dụ RT- nested PCR) để tăng khả phát aMPV Từ cung cấp nguyên liệu cho giải mã phân tích làm rõ kiểu gen aMPV lưu hành miền Bắc KẾT LUẬN Đã xác định diện aMPV subgroup B đàn gà nuôi miền Bắc Mặc dù thuộc nhánh bắt nguồn từ chủng virus vacxin 5/5 chủng aMPV tiến hóa khác so với chủng virus nhược độc vacxin Nemovac LỜI CẢM ƠN Các nội dung thực báo sử dụng kinh phí đề tài tiềm “Nghiên cứu lưu hành Avian Metapneumovirus (aMPV) bệnh hô hấp phức hợp gà nuôi miền Bắc”, Bộ Nông nghiệp Phát triển Nông thôn, mã số ĐTTN.27/20 Tập thể tác giả xin chân thành cảm ơn hộ chăn nuôi, cán kỹ thuật tạo điều kiện thuận lợi trình lấy mẫu thu thập thông tin đề tài TÀI LIỆU THAM KHẢO Afonso C.L., Amarasinghe G.K., Banyai K., Bao Y., Basler C.F., Bavari S., Bejerman N., Blasdell K.R., Briand F.X., Briese T., Bukreyev A., Calisher C.H., Chandran K., Cheng J., Clawson A.N., Collins P.L., Dietzgen R.G., Dolnik O., Domier L.L., Durrwald R., Dye J.M., Easton A.J., Ebihara H., Farkas S.L., Freitas-Astua J., Formenty P., Fouchier R.A., Fu Y., Ghedin E., Goodin M.M., Hewson R., Horie M., Hyndman T.H., Jiang D., Kitajima E.W., Kobinger G.P., Kondo H., Kurath G., Lamb R.A., Lenardon S., Leroy E.M., Li C.X., Lin X.D., Liu L., Longdon B., Marton S., Maisner A., Muhlberger E., Netesov S.V., Nowotny N., Patterson J.L., Payne S.L., Paweska J.T., Randall R.E., Rima B.K., Rota P., Rubbenstroth D., Schwemmle M., Shi M., Smither S.J., Stenglein M.D., Stone D.M., Takada A., Terregino C., Tesh R.B., Tian J.H., Tomonaga K., Tordo N., Towner J S., Vasilakis N., Verbeek M., Volchkov V.E., Wahl-Jensen V., Walsh J.A., Walker P J., Wang D., Wang L.F., Wetzel T., Whitfield A.E., Xie J.T., Yuen K.Y., Zhang Y.Z & Kuhn J.H (2016) Taxonomy of the order Mononegavirales: update 2016 Arch Virol 161(8): 2351-60 Nguyễn Văn Giáp, Cao Thị Bích Phượng, Huỳnh Thị Mỹ Lệ, Đặng Hữu Anh, Chu Thị Thanh Hương, Vũ Thị Ngọc, Võ Văn Hiểu, Tạ Thị Kim Chung, Lê Bá Hiệp, Lê Thị Trinh, Trương Quang Lâm, Nguyễn Thị Hoa, Lê Thị Luyên Aung Y.H., Liman M., Neumann U & Rautenschlein S (2008) Reproducibility of swollen sinuses in broilers by experimental infection with Avian Metapneumovirus subtypes A and B of turkey origin and their comparative pathogenesis Avian Pathol 37(1): 65-74 Bayraktar E., Umar S., Yilmaz A., Turan N., Franzo G., Tucciarone C.M., Cecchinato M., Cakan B., Iqbal M & Yilmaz H (2018) First Molecular Characterization of Avian Metapneumovirus (aMPV) in Turkish Broiler Flocks Avian Dis 62(4): 425-430 Bayon-Auboyer M.H., Arnauld C., Toquin D & Eterradossi N (2000) Nucleotide sequences of the F, L and G protein genes of two non-A/non-B Avian Pneumoviruses (APV) reveal a novel APV subgroup J Gen Virol 81(Pt 11): 2723-33 Bayon-Auboyer M.H., Jestin V., Toquin D., Cherbonnel M & Eterradossi N (1999) Comparison of F-, Gand N-based RT-PCR protocols with conventional virological procedures for the detection and typing of turkey rhinotracheitis virus Arch Virol 144(6): 1091-109 Brown P.A., Allee C., Courtillon C., Szerman N., Lemaitre E., Toquin D., Mangart J.M., Amelot M & Eterradossi N (2019) Host specificity of Avian metapneumoviruses Avian Pathol 48(4): 311-318 Brown P.A., Lemaitre E., Briand F.X., Courtillon C., Guionie O., Allee C., Toquin D., Bayon-Auboyer M.H., Jestin V & Eterradossi N (2014) Molecular comparisons of full length metapneumovirus (MPV) genomes, including newly determined French AMPV-C and -D isolates, further supports possible subclassification within the MPV Genus PLoS One 9(7): e102740 Cao Thị Bích Phượng, Lê Bá Hiệp, Huỳnh Thị Mỹ Lệ & Nguyễn Văn Giáp (2020) Nghiên cứu lưu hành Avian Metapneumovirus (aMPV) gà nuôi số tỉnh miền Bắc Việt Nam Tạp chí Khoa học Nông nghiệp Việt Nam 18(7): 520-528 Catelli E., Cecchinato M., Savage C.E., Jones R.C & Naylor C.J (2006) Demonstration of loss of attenuation and extended field persistence of a live Avian Metapneumovirus vaccine Vaccine 24(42-43): 6476-82 Catelli E., Lupini C., Cecchinato M., Ricchizzi E., Brown P & Naylor C.J (2010) Field Avian Metapneumovirus evolution avoiding vaccine induced immunity Vaccine 28(4): 916-21 Cecchinato M., Catelli E., Lupini C., Ricchizzi E., Clubbe J., Battilani M & Naylor C.J (2010) Avian Metapneumovirus (AMPV) attachment protein involvement in probable virus evolution concurrent with mass live vaccine introduction Vet Microbiol 146(1-2): 24-34 Cecchinato M., Lupini C., Ricchizzi E., Falchieri M., Meini A., Jones R.C & Catelli E (2012) Italian field survey reveals a high diffusion of Avian Metapneumovirus subtype B in layers and weaknesses in the vaccination strategy applied, Avian Dis, 56(4): 720-4 Chacon J.L., Mizuma M., Vejarano M.P., Toquin D., Eterradossi N., Patnayak D.P., Goyal S.M & Ferreira A.J (2011) Avian Metapneumovirus subtypes circulating in Brazilian vaccinated and nonvaccinated chicken and turkey farms Avian Dis 55(1): 82-9 Cook J.K., Chesher J., Orthel F., Woods M.A., Orbell S.J., Baxendale W & Huggins M.B (2000) Avian Pneumovirus infection of laying hens: experimental studies Avian Pathol 29(6): 545-56 Drummond A.J., Suchard M.A., Xie D & Rambaut A (2012) Bayesian phylogenetics with BEAUti and the BEAST 1.7 Mol Biol Evol 29(8): 1969-73 Fulton R.M (2014) Respiratory Disease In: Backyard Poultry Medicine and Surgery pp 137-144 Gharaibeh S.M & Algharaibeh G.R (2007) Serological and molecular detection of avian pneumovirus in chickens with respiratory disease in Jordan Poult Sci 86(8): 1677-81 Hall T (1999) BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT Nucl Acids Symp Ser 41: 95-98 Jardine C.M., Parmley E.J., Buchanan T., Nituch L & Ojkic D (2018) Avian Metapneumovirus subtype C in Wild Waterfowl in Ontario, Canada Transbound Emerg Dis 65(4): 1098-1102 Juhasz K & Easton A.J (1994) Extensive sequence variation in the attachment (G) protein gene of Avian Pneumovirus: evidence for two distinct subgroups J Gen Virol 75(Pt 11): 2873-80 Kleven S.H (1998) Mycoplasmas in the etiology of multifactorial respiratory disease Poult Sci 77(8): 1146-9 Lwamba H.C., Alvarez R., Wise M.G., Yu Q., Halvorson D., Njenga M.K & Seal B.S (2005) Comparison of the full-length genome sequence of Avian Metapneumovirus subtype C with other paramyxoviruses Virus Res 107(1): 83-92 Lwamba H.C., Bennett R.S., Lauer D.C., Halvorson D.A & Njenga M.K (2002) Characterization of Avian Metapneumoviruses isolated in the USA Anim Health Res Rev 3(2): 107-17 Lim A.a.S., Abu J., Choo P.Y., Seetha J & Goh Y.M (2009) Detection of Avian Metapneumovirus (aMPV) field infection via reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) and ELISA in two layer farms in Johor J Vet Malaysia 21(1): 9-13 603 Phân tích trình tự gen mã hóa glycoprotein Avian Metapneumovirus phát số sở chăn nuôi gà miền Bắc Lupini C., Cecchinato M., Ricchizzi E., Naylor C.J & Catelli E (2011) A turkey rhinotracheitis outbreak caused by the environmental spread of a vaccinederived Avian Metapneumovirus Avian Pathol 40(5): 525-30 Mase M., Yamaguchi S., Tsukamoto K., Imada T., Imai K & Nakamura K (2003) Presence of avian pneumovirus subtypes A and B in Japan Avian Dis.47(2): 481-4 Mescolini G., Lupini C., Franzo G., Quaglia, G., Legnardi M., Cecchinato M., Tucciarone C.M., Blanco A., Turblin V., Biarnes M., Tatone F., Falchieri M & Catelli E (2020) What is new on molecular characteristics of Avian metapneumovirus strains circulating in Europe? Transbound Emerg Dis Motamed Chaboki P., Ghalyanchilangeroudi A., Karimi V., Abdollahi H., Maghsoudloo H., Hosseini H., Khaltababdi Farahahni R., Ghafouri S.A., Falah M.H & Rezaee H (2018) Prevalence of Avian Metapneumovirus subtype B in live bird market iný Gilan province, Iran Veterinary Research Forum 9(1): 93-97 Naylor C., Shaw K., Britton P & Cavanagh D (1997) Appearance of type B Avian Pneumovirus in great Britain Avian Pathol 26(2): 327-38 604 Owoade A.A., Ducatez M.F., Hubschen J.M., Sausy A., Chen H., Guan Y & Muller C.P (2008) Avian Metapneumovirus subtype A in China and subtypes A and B in Nigeria Avian Dis 52(3): 502-6 Pommie C., Levadoux S., Sabatier R., Lefranc G & Lefranc M.P (2004) IMGT standardized criteria for statistical analysis of immunoglobulin VREGION amino acid properties J Mol Recognit 17(1): 17-32 Seal B.S (1998) Matrix protein gene nucleotide and predicted amino acid sequence demonstrate that the first US Avian Pneumovirus isolate is distinct from European strains Virus Res 58(1-2): 45-52 Sugiyama M., Koimaru H., Shiba M., Ono E., Nagata T & Ito T (2006) Drop of egg production in chickens by experimental infection with an Avian Metapneumovirus strain PLE8T1 derived from swollen head syndrome and the application to evaluate vaccine, J Vet Med Sci 68(8): 783-7 Sun S., Chen F., Cao S., Liu J., Lei W, Li G., Song Y., Lu J., Liu C., Qin J & Li H (2014) Isolation and characterization of a subtype C Avian Metapneumovirus circulating in Muscovy ducks in China Vet Res 45(1): 74 ... vacxin thấy song song lưu hành số nước Tây Ban Nha, Pháp, Ý, Thổ Nhĩ 599 Phân tích trình tự gen mã hóa glycoprotein Avian Metapneumovirus phát số sở chăn nuôi gà miền Bắc Kỳ, (Bayraktar & cs., 2018;... layer farms in Johor J Vet Malaysia 21(1): 9-13 603 Phân tích trình tự gen mã hóa glycoprotein Avian Metapneumovirus phát số sở chăn nuôi gà miền Bắc Lupini C., Cecchinato M., Ricchizzi E., Naylor... phân đoạn protein G 601 Phân tích trình tự gen mã hóa glycoprotein Avian Metapneumovirus phát số sở chăn nuôi gà miền Bắc 3.3 Đặc điểm biến đổi trình tự amino acid protein G Những khác biệt virus