Đang tải... (xem toàn văn)
- Định nghĩa: so sánh trình tự là quá trình nghiên cứu sự giống nhau giữa các chuỗi trình tựsequence, - là cách thức so sánh giữa 2 hay nhiều trình tự dựa trên việc so sánh một chuỗi các[r]
(1)Chuyên Đề Nghiên Cứu - Tin Sinh Học Giảng Viên: Ngô Công Thắng Sinh viên thực hiện: Nguyễn Hồng Kiên Lớp: Tin học A-K52 Khoa: Công Nghệ Thông Tin Mã Sinh Viên: 521996 (2) Chuyên Đề Nghiên Cứu - Tin Sinh Học Nội Dung: Nhóm 2: Tìm hiểu bài toán so sánh cặp trình tự: a Nội dung và ý nghĩa sinh học bài toán so sánh cặp trình tự b Thuật toán ma trận điểm d Thuật toán quy hoạch động Needleman-Wunsch (3) Nội dung Tìm hiểu bài toán so sánh cặp trình tự: Nội dung và ý nghĩa sinh học bài toán so sánh cặp trình tự Thuật toán ma trận điểm Thuật toán quy hoạch động Needleman-Wunsch (4) Nội dung và ý nghĩa sinh học bài toán so sánh cặp trình tự - Định nghĩa: so sánh trình tự là quá trình nghiên cứu giống các chuỗi trình tự(sequence), - là cách thức so sánh hay nhiều trình tự dựa trên việc so sánh chuỗi các thành phần(ký tự) trình tự để tìm điểm tương đồng, giống các trình tự (5) Nội dung và ý nghĩa sinh học bài toán so sánh cặp trình tự - Cho chuỗi sinh học S1,S2 Gióng cặp chuỗi này thực cách chèn thêm vào hai chuỗi S1 và S2 các dấu cách (kí hiệu là ”-”) các vị trí với số lượng không hạn chế để tạo chuỗi S1’ và S2’ tương ứng, sau đó đặt chuỗi trên chuỗi cho môi kí tự chuỗi này gióng thẳng với kí tự chuỗi và cặp trình tự gióng không đồng thời là dấu cách - Chuỗi sinh học ban đầu không có dấu cách và loại bỏ dấu khỏi S1’ và S2’ ta có S1 và S2 ban đầu - Yêu cầu đặt là thực bài toán cho tìm cặp chuỗi S1’, S2’ có tương đồng cao (6) Nội dung và ý nghĩa sinh học bài toán so sánh cặp trình tự Dựa trên phương pháp so sánh người ta chia làm loại: - Phép so sánh trình tự theo hướng toàn cục: Phép toán so sánh áp dụng trên toàn chuỗi trình tự Thường sử dụng các trình tự so sánh có kích thước gần tương đương và các trình tự này có độ tương đồng, giống cao (7) Nội dung và ý nghĩa sinh học bài toán so sánh cặp trình tự - Phép so sánh trình tự theo hướng cục bộ: + Phép toán so sánh sử dụng trên phần chuỗi trình tự + Thường sử dụng các trình tự có chiều dài lớn, độ tương đồng giống không cao, có số ít các gene giống trên trình tự, trình tự có kích thước khác biệt lớn (8) Nội dung và ý nghĩa sinh học bài toán so sánh cặp trình tự Tùy thuộc vào số lượng trình tự, bài toán so sánh trình tự chia làm mức độ: - So sánh trình tự - So sánh nhiều trình tự (9) Nội dung và ý nghĩa sinh học bài toán so sánh cặp trình tự - Ví dụ so sánh trình tự theo hướng toàn cục: LGPSSKQTGKGS− SRI WDN LN− I T KSAGKGAI MRLG DA Toàn chuỗi trình tự LGPSSKQTGKGS− S RI WDN và L N − I T K S A G K G A I M R L G D A so sánh (10) Nội dung và ý nghĩa sinh học bài toán so sánh cặp trình tự - Ví dụ so sánh trình tự theo hướng cục bộ: Chỉ phần chuỗi so sánh: TGKG và AGKG −−−−−−− TGKG−−−−−−−− −−−−−−− AGKG−−−−−−−− (11)