BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI NGUYỄN THỊ AN TRANG ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN NGUỒN GEN LIÊN QUAN ĐẾN TÍNH CHỊU HẠN Ở LÚA VIỆT NAM LUẬN VĂN THẠC SỸ KHOA HỌC HÀ NỘI 2012 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI NGUYỄN THỊ AN TRANG ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN NGUỒN GEN LIÊN QUAN ĐẾN TÍNH CHỊU HẠN Ở LÚA VIỆT NAM Chuyên ngành: Công nghệ sinh học LUẬN VĂN THẠC SỸ KHOA HỌC Người hướng dẫn khoa học TS Lã Tuấn Nghĩa HÀ NỘI 2012 Luận văn Thạc sỹ Khoa học Công nghệ sinh hoc LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan trực tiếp thực nghiên cứu luận văn Mọi kết thu nguyên bản, không chỉnh sửa chép từ nghiên cứu khác Các số liệu, sơ đồ kết luận văn chưa cơng bố Tơi xin hồn tồn chịu trách nhiệm với lời cam đoan trên! Học viên Nguyễn Thị An Trang Nguyễn Thị An Trang Đại học Bách Khoa Hà Nội Luận văn Thạc sỹ Khoa học Công nghệ sinh hoc LỜI CẢM ƠN Trước hết, xin gửi lời cảm ơn chân thành sâu sắc tới TS Lã Tuấn Nghĩa, TS Lê Thanh Hà người tận tình hướng dẫn, giúp đỡ bảo hỗ trợ tơi suốt q trình cơng tác thời gian học tập, nghiên cứu hồn thành luận văn Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn tới thầy cô cán công tác Viện Công nghệ Sinh học thực phẩm, Viện Đào tạo Sau Đại học- Trường Đại học Bách khoa Hà Nội giảng dạy tạo điều kiện thuận lợi cho tơi suốt q trình học tập trường Tôi xin chân thành cảm ơn cán bộ, anh chị em Bộ môn Đa dạng sinh học nông nghiệp – Trung tâm tài nguyên thực vật giúp đỡ động viên tơi q trình cơng tác thực luận văn Cuối xin gửi lời cảm ơn chân thành tới gia đình, bạn bè người thân động viên, khuyến khích giúp tơi vượt qua khó khăn suốt q trình nghiên cứu Luận văn thực với nguồn kinh phí từ chương trình Cơng nghệ sinh học nông nghiệp Hà nội, ngày 19 tháng năm 2013 Học viên NGUYỄN THỊ AN TRANG Nguyễn Thị An Trang Đại học Bách Khoa Hà Nội Luận văn Thạc sỹ Khoa học Công nghệ sinh hoc MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN LỜI CẢM ƠN DANH MỤC VIẾT TẮT DANH MỤC BẢNG DANH MỤC HÌNH MỞ ĐẦU CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1.Giới thiệu chung lúa .4 1.1.1 Nguồn gốc phân loại lúa 1.1.2 Nguồn tài nguyên lúa Việt Nam 1.2 Hạn hán chế chống chịu hạn thực vật .8 1.2.1 Khái niệm phân loại hạn hán 1.2.2 Phân loại hạn hán trồng 1.2.3 Cơ sở di truyền tính chịu hạn .9 1.2.4 Ảnh hưởng hạn hán lúa 10 1.2.5 Phản ứng lúa với hạn hán 11 1.3 Các phương pháp nghiên cứu đa dạng di truyền 12 1.3.1 Đa dạng di truyền .12 1.3.2 Chỉ thị hình thái 13 1.3.3 Chỉ thị hóa sinh .14 1.3.4 Chỉ thị phân tử ADN 15 1.4 Thành tựu nghiên cứu đa dạng di truyền lúa 22 1.4.1 Nghiên cứu đa dạng di truyền lúa thị hình thái 23 1.4.2 Nghiên cứu đa dạng di truyền lúa thị hóa sinh 25 1.4.3 Nghiên cứu đa dạng di truyền lúa thị ADN .25 1.5 Nghiên cứu lúa chịu hạn giới Việt Nam 26 1.5.1 Nghiên cứu lúa chịu hạn giới 26 1.5.2 Nghiên cứu lúa chịu hạn Việt Nam .28 CHƯƠNG 2: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .30 2.1 Vật liệu nghiên cứu .30 Nguyễn Thị An Trang Đại học Bách Khoa Hà Nội Luận văn Thạc sỹ Khoa học Công nghệ sinh hoc 2.1.1 Các giống lúa nghiên cứu 30 2.2 Hóa chất thiế bị nghiên cứu 32 2.3.Phương pháp nghiên cứu 34 2.3.1 Đánh giá khả chịu hạn dòng/giống lúa điều kiện phịng thí nghiệm 34 2.3.2 Tách chiết ADN tổng số từ lúa .36 2.3.3 Kiểm tra độ tinh nồng độ ADN 37 2.3.4 Nhận dạng di truyền giống lúa thị SSR .37 2.4 Phân tích xử lý số liệu 39 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 41 3.1 Kết đánh giá khả chịu hạn dịng/giống lúa phịng thí nghiệm 41 3.1.1 Kết đánh giá tỷ lệ nảy mầm, tỷ lệ rễ mầm đen (héo) giai đoạn nảy mầm .41 3.1.2 Đánh giá mức độ chống chịu hạn 50 dòng/giống lúa 44 3.2 Kết đánh giả khả chịu hạn giai đoạn mạ 46 3.2 Kết tách chiết ADN tổng số 48 3.3 Kết phản ứng PCR phân tích đa hình gel polyacrylamide 49 3.4 Quan hệ di truyền liên quan đến tính chịu hạn dịng/giống lúa .56 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 64 4.1 Kết luận 64 4.2 Kiến nghị 64 TÀI LIỆU THAM KHẢO 65 PHỤ LỤC Nguyễn Thị An Trang Đại học Bách Khoa Hà Nội Luận văn Thạc sỹ Khoa học Công nghệ sinh hoc DANH MỤC VIẾT TẮT ABA : Abcisis acid AND : Acid Deoxyribonucleic AFLP (Amplified Fragment Length : Đa hình chiều dài đoạn khuếch đại Polymorphism) bp (Base pair) : Cặp bazơ nitơ Chr : Nhiễm sắc thể cs : Cộng CSGE : Conformation Sensitive Gel Electrophoresis CTAB : Cetyltrimethyl Amonium Bromide DAMD-PCR : Direct Amplification of Minisatellite EDTA : Cetyltrimethyl Amonium Bromide IRRI : Viện nghiên cứu lúa quốc tế ISSR : Inter Simple Sequencen Repeat Kb : Kilo base LED : Late embryogenesis abundant MAS : Marker Assisted Selection TT : Thứ tự PCR (Polymerase Chain Reaction) : Phản ứng chuỗi trùng hợp PIC (Polymorphism Information : Chỉ số thơng tin đa hình mồi Nguyễn Thị An Trang Đại học Bách Khoa Hà Nội Luận văn Thạc sỹ Khoa học Công nghệ sinh hoc Content) QTL (quantity trait loci) Locus kiểm sốt tính trạng số lượng RAPD( RADNom Amplified : Đa hình ADN khuếch đại Polymorphic DNA) RFLP (Restriction Fragment Length : Đa hình chiều dài đoạn phân cắt Polymorphism) SCARs : Sequence Characterized Amplified Regions SDS : Sodium Dodecyl Sulphate SNP (Single Nucleotide :Hiện tượng đa hình nucleotit đơn Polymorphism ) SSR (Simple sequence repeat) : Trình tự lặp đơn giản STMS : Sequence – tagged microsatellite marker TBE : Tris-Boric Acid-EDTA EDTA : Tris-EDTA Nguyễn Thị An Trang Đại học Bách Khoa Hà Nội Luận văn Thạc sỹ Khoa học Công nghệ sinh hoc DANH MỤC BẢNG Bảng 2.1 Bảng 2.2 Bảng 2.3 Bảng 2.4 Bảng 2.5 Bảng 2.6 Bảng 3.1 Bảng 3.2 Bảng 3.3 Bảng 3.4 Bảng 3.5 Bảng 3.6 Danh sách 50 mẫu dòng/ giống lúa nghiên cứu .30 Danh sách 32 cặp mồi SSR sử dụng nghiên cứu .32 Thang điểm đánh giá mức chống chiu hạn lúa sau xử lý Saccarin1% KClO3(3%) 35 Thành phần phản ứng PCR (thể tích phản ứng 20µl/tube) 37 Các bước phản ứng máy PCR 38 Thành phần gel polyacrylamide 8% .38 Tỷ lệ nảy mầm, tỷ lệ rễ mầm đen xử lý dung dịch đường Saccarin % KClO3 % .42 Kết đánh giá khả chịu hạn 50 dòng/giống lúa giai đoạn mạ xử lý dung dịch KClO3 (3%) ngày 47 Số băng ADN, số alen thể hiện, hệ số PIC thị nghiên cứu 50 Tỷ lệ khuyết số liệu dị hợp tử dòng/giống lúa nghiên cứu .54 Một số kết phân tích đa dạng di truyền SSR lúa công bố 56 Bảng ma trận tương đồng 50 mẫu giống lúa nghiên cứu 59 Nguyễn Thị An Trang Đại học Bách Khoa Hà Nội Luận văn Thạc sỹ Khoa học Công nghệ sinh hoc DANH MỤC HÌNH Sơ đồ tiến hóa hai lồi lúa trồng Đa hình ADN SSR hai cá thể có motif (AT)n 20 Thí nghiệm đánh giá khả chịu hạn giai đoạn nảy mầm .41 Đồ thị biểu diễn mức độ chống chịu hạn 50 dòng/giống lúa giai đoạn nảy mầm 45 Hình 3.3 Thí nghiệm đánh giá khả chịu hạn giai đoạn mạ 46 Hình 3.4 Hình ảnh nhận dạng ADN tổng số mẫu dòng/giống lúa 48 Hình 3.5 Kết nhận dạng di truyền 50 dịng/giống lúa thị RM231 49 Hình 3.6 Kết nhận dạng di truyền 50 dòng/ giống lúa thị RM201 49 Hình 3.7 Kết nhận dạng di truyền 50 dòng/giống lúa thị RM240 49 Hình 3.8 Kết nhận dạng di truyền 50 dịng/giống lúa thị RM255 50 Hình 3.9 Kết nhận dạng di truyền 50 dòng/giống lúa thị RM261 50 Hình 3.10 Sơ đồ hình quan hệ giống 61 Hình 1.1 Hình 1.2 Hình 3.1 Hình 3.2 Nguyễn Thị An Trang Đại học Bách Khoa Hà Nội Luận văn Thạc sỹ Khoa học Công nghệ sinh hoc 52 Li.Z.K, Yu.S.B, Lafitte.H.R, Huang.N, Courtois.B, Hittalmani.S, Vijayakumar C.H.M, Liu.G.F, Wang.G.C, Shashidhar.H.E, Zhuang.J.Y, Zheng.K.L, Singh.V.P, Sidhu.J.S, Srivantaneeyakul.S Khush.G.S (2003), "QTL environment interactions in rice Heading date and plant height", Theoretical and Applied Genetics 108, tr 141-153 53 M Shahid Masood M, Shahid Massoda, Tomtotaro Nishiawaa, Shuichi Fukuikaa, Peter K Nejengaa, Takahiko Tsudkib Koh-ichi Kadowakia (2004), "“The complete nucleotide sequence of wild rice (Oryza nivara)” chloroplast genome: first genome wide comparative sequence analysis of wild and cultivated rice”", Gene 340, tr pp.133-139 54 MaguireT.L (2001), "Producing and exploiting enriched microsatellite libraies", in Henry, R.J., Plant Genotyping: the DNA fingerprinting of plant, CAB International 55 Mahammad SR, Rezwan MM, Samsul AM Lutfur Radman (2009), “DNA fingerprinting of rice, (Oryza sativa L.) cultivars using microsatellite markers”, AJCS3 (3) , tr pp 122 – 128 56 Mahmoud M Saker, Sawsan S Youssef, Naglaa A, Abdallah, Hany S, Ashandy and Ahmed M Sharkawy E.l (2005), "Genetic analysis of some Egyptian rice genotypes using RAPD, SSR and AFLP", African Journal of Biotechnology Vol (9), tr pp 882-890 57 McCouch.S.R, Teytelman.L, Xu.Y, Lobo.K.B, Clare.K, Walton.M, Fu.B, Maghirang.R, Li.Z, Xing.Y, Zhang.Q, Kono.I , Yano.M, Fjellstrom.R, DeClerck.G, Schneider.D, Cartinhour.S, Ware.D Stein.L (2002), "Development and Mapping of 2240 New SSR Markers for Rice (Oryza sativa L.)", DNA Research, 9, tr 199–207 58 Navaraj KS, Yogesh Vikal, Kuldeep Singh Monika AJ and Sharma RC (2009), “SSR marker – based AND fingerprinting and cultivar indentification of rice (Oryza sativa L.) in Punjab state of Indica”, Plant Genet Res CJO 17 Jul 2009, tr pp 1-3 Nguyễn Thị An Trang 70 Đại học Bách Khoa Hà Nội Luận văn Thạc sỹ Khoa học Công nghệ sinh hoc 59 Nguyen Duy Bay, Nguyen H.T Bui Chi Buu and Bui Ba Bong (2001), ""Genetic markers in genome research and plant breeding"", Viện lúa Đồng Bằng sông Cửu Long,, tr 44-58 60 Nguyen Van Tao, Lang N.T, Pham J.L Bui B.C (1999), "Isozyme analysis on some tracditional varieties from South Viet Nam", OMONRICE (7), tr pp.142-151 61 Paleg L.G Aspinall D (1991), "Physiology and biochemistry of drought resistanc", Acad Press, NewYork 62 Pandey S, Behura D.D, Villano R Naik D (2000), "Economic costs of drought and farmers coping mechanisms", In: a study of r ainfed rice systems in eastern India International Rice Research Inst 63 Pavy N Pelgas B (2008), "Enhancing genetic mapping of complex genomes through the gesign of higly-multiplex SNP arrys: application to the larger and unsequenced genomes of White spurce and black spruce", BMC Genomics 64 Price.A.H Thomas (1997), "Quantitative trait loci associated with stomatal conductance, leaf rolling and heading date mapped in upland rice (Oryza sativa L.)," New Phytol,, tr 137(83) 65 Robert W.H (1991), "Research priotities for Rice Biotechnology", Rice Biotechnology, Khush G.S., Toenniesen G.H (eds), Bio Agr IRRI, tr 6, pp, 19 – 38 66 Röder, M.S., Plaschke, Könging J., Borner U., Sorrells A., Tanksley M M.W S.D and Ganal (1995), “Abundance, variability and chromosomal location of microsatellites in Wheat”, Mol Gen Genet, tr 246, 327-333 67 S Fukuoka, N V Alpatyeva K Ebanal N T Luu and T Nagamine (2003), “Analysis of VietNamese rice germplasm provides an insight into Japonica rice” Plant Breeding, (122), tr pp 497-502 68 S.C Wong, P.H Yiu, S.T.W Bong, H.H Lee P.N.P Neoh and A Rajan (2009),“Analysis of Sarawak Bario Rice Diversity Using Microsatellite Markers, American Journal of Agricultural and Biological Sciences (4), tr 298-304 Nguyễn Thị An Trang 71 Đại học Bách Khoa Hà Nội Luận văn Thạc sỹ Khoa học Công nghệ sinh hoc 69 Sencond G (1982), “Origin of the genetic diversity of cultivated rice (Oryza spp.): Study of polymorphism scored at 40 isozyme loci”, Japan Journal Bot (10), tr pp.212-258 70 Jensen.R.G Shen.B, Bohnert (1997), " Increase resistance to oxidative stress in transgenic plants by targeting mannitol biosynthesis to chloroplasts," Plant Physiol, 113, tr 1177-1183 71 Shen.L, Courtois.B, McNally.K, McCouch.S.R Li.Z (1999), “Developing nera-isogenic lines of IR64 introgressed with QTLs for deeper and thicker roots through marker-aided selection”, In: Genetic Improvement of Rice for Water-Limited Environments, IRRI, Philippines,, tr p275-289 72 Somasundaram Kalaiselvam S.T, M (2007), "Molecular rool for assessing genetic diversity." 73 Song Z.P., X Xu, B Wang, J K Chen B.R.Lu (2003), “ Genetic diversity in the northernmost oryza rufipogon populations estimated by SSR marker”", Theor Appl Genet., 2003 Nov., 107 (8), , tr pp 1492-1499 74 Holton T.A (2001), "Plant genotyping by analysis of microsatellite", in Henry, R.J., Plant Genotyping: the DNA fingerprinting of plant, CAB International 75 J Tang S J Baldwin (2008), “Large-scale indentification of polymorphic microsatellite using an in silico approach”, BMC Bioinfomatics, 76 Thomashow.M.F (1999), " Plant Cold Acclimation: freezing tolerance genes and regulatory mechanisms", Annu Rev Plant Physiol Plant Mol Biol, 50, tr 571-599 77 Trojanowska, M.R H Bolibok (2004),“Characteristics and comparison of three classes of microsatellite – based marker and their application in plants”, Celluar & molecular biology letters , 9, , tr .221-238 78 Tuner N.C., Kramer P.J (1980), " Adaption of plants to water and high temperature stress.", Wiley Intersicence, New York 79 Vaughan (1994), The wild relative of rice, A genetic resource handbook, IRRI, pp:3-5 Nguyễn Thị An Trang 72 Đại học Bách Khoa Hà Nội Luận văn Thạc sỹ Khoa học Công nghệ sinh hoc 80 Virk P.S, Fork-Lloyd B.V, Jackson M.T Newbery H.J (1995), " Use of RAPD for the study of diversity within plant germplasm collection", Heredity 74, tr 170-170 81 Vos P., R Hogers, M Bleeker Reijans M (1995), "AFLP: a new technique for DNA fingerprinting", Nucleic Acids Research, 23, (11), tr , pp 4407-4414 82 Wang.H, Zhang.H, Gao.F, Li.J Li.Z (2007), " Comparision of gene expression between upland rice cultivars under water stress using cDNA microarray", TAG 115, tr 1109-1126 83 Ware.DH, Jaiswal.P.J, Ni.J.J, Yap.I, Pan.X.K, Clark.K.Y, Teytelman.L, Schmidt.S.C, Zhao.W, Chang.K, Cartinhour.S, Stein.L.D McCouch.S.R (2002), "Gramene, a tool for grass Genomics", Plant Physiolog, 130, , tr 1606-1613 84 K Weising H Nybom (2005), "DNA Fingerprinting in plant: Principles, methods and application – second edition", CRC Press – Taylor & Francis group 85 Xiong L, Schumaker K.S Zhu J.K ( 2002), "Cell signaling during cold, drought and salt stress ", Plant Cell 14, tr 165-183 86 Xiong.L, Schumaker.K.S Zhu.JK (2002), “Cell signaling during cold, drought, and salt stress’’ Plant Cell, 14, , tr S165-183 87 Xu.D, X.Duan, B.Wang, B.Hong, T.Ho R.Wu ( 2005), "Expression of a late embyogenesis abundant protein gene, HVA1, from barley confers tolerance to water deficit and salt stress in transgenic rice", Plant Physiol 110, tr 249-257 88 Yadav.R, Courtois.B, Huang.N McLaren.G (1997), " Mapping genes controlling root morphology and root distribution in a double haploid population of rice," Theor Appl Genet 94, tr 619-632 89 Yang G.P, M.A.S Maroof, C.G Xu, Q Zhang R.M Biyashev (1994), “Comparative analysis of microsatellite DNA polymorphilism in landraces and cultivars of rice", Mol Gen Genet (245) tr pp: 187-194 Nguyễn Thị An Trang 73 Đại học Bách Khoa Hà Nội Luận văn Thạc sỹ Khoa học Công nghệ sinh hoc 90 Zeng.H, Yang.Z Luo.L (2006), " Drought tolerance genes in rice", Funct Integr Genomics 6, , tr 338–341 91 Zhang J, Zheng.H.G, Ali.M.L, Triparthu.J.N, Aarti, Pathan.M.S, Sarial.A.K, Robin.S, ThuyThanh Nguyen, Babu.R.C, Bay Nguyen, Sarkarung.S, Blum.A Henry T Nguyen (1999), " Progress on the molecular mapping of osmotic adjustment and root traits in rice." 92 http://www.knowledgebank.irri.org Nguyễn Thị An Trang 74 Đại học Bách Khoa Hà Nội Luận văn Thạc sỹ Khoa học Công nghệ sinh hoc Phụ lục 1: Danh mục hóa chất thiết bị sử dụng nghiên cứu Thiết bị • Máy chu trình nhiệt Verity 96 giếng- Applied Biosystem • Máy ly tâm để bàn Mikro120- Hettich • Hệ thống điện di đứng • Hệ thống điện di ngang • Hệ thống Scanner Molecular Image FX- BioRad • Hệ thống soi chụp gel MultiDoc It-UVP • Máy khuấy từ gia nhiệt FisherbrADN- Fisher Scientific • Bể ủ lắc Memmert • Hố chất • Đệm tách chiết ADN tổng số lúa (CTAB2% + Nabisulfite 0,5%) • CTAB 2% • EDTA 0,05M • Tris- HCl 0,2M • NaCl 2M • Nabisulfite 0,5% • Chloroform: Isoamylalcohol (24:1) (v/v) • Ethanol 70% (v/v) • ADN loading dye- Fementas ã Ethidium bromide 0,5àg/ml ã Sodium Acetate 3M ã TE (Tris 1M, pH 8.0; EDTA 0,5M, pH8.0) • APS 10% • ADN ladder 50bp • Agarose 1,1% • TAE 1X • Isopropanol Nguyễn Thị An Trang Đại học Bách Khoa Hà Nội Luận văn Thạc sỹ Khoa học Công nghệ sinh hoc • Rnase A 10mg/ml • Acrylamide • Bis-acrylamide • TEMED • Lamda ADN Phụ lục 2: BALANCED ANOVA FOR VARIATE SS - XL FILE HAN(1) 1/12/** 15:31 PAGE VARIATE V003 SS - XL LN SOURCE OF VARIATION DF LN SOURCE OF VARIATION DF LN SOURCE OF VARIATION DF LN SOURCE OF VARIATION DF SUMS OF MEAN F RATIO PROB ER SQUARES SQUARES LN ============================================================================= NL 260400 130200 3.81 0.025 GIONG$ 49 1617.71 33.0146 966.86 0.000 * RESIDUAL 98 3.34633 341462E-01 * TOTAL (CORRECTED) 149 1621.32 10.8813 BALANCED ANOVA FOR VARIATE DTH-DC FILE HAN(1) 1/12/** 15:31 PAGE VARIATE V004 DTH-DC SUMS OF MEAN F RATIO PROB ER SQUARES SQUARES LN ============================================================================= NL 1.88813 944066 24.88 0.000 GIONG$ 49 143.435 2.92725 77.15 0.000 * RESIDUAL 98 3.71852 379441E-01 * TOTAL (CORRECTED) 149 149.042 1.00028 BALANCED ANOVA FOR VARIATE DTH-XL FILE HAN(1) 1/12/** 15:31 PAGE VARIATE V005 DTH-XL SUMS OF MEAN F RATIO PROB ER SQUARES SQUARES LN ============================================================================= NL 933334E-03 466667E-03 0.01 0.988 GIONG$ 49 79.6600 1.62571 45.10 0.000 * RESIDUAL 98 3.53240 360449E-01 * TOTAL (CORRECTED) 149 83.1933 558345 BALANCED ANOVA FOR VARIATE DRE-DC FILE HAN(1) 1/12/** 15:31 PAGE VARIATE V006 DRE-DC SUMS OF MEAN F RATIO PROB ER SQUARES SQUARES LN ============================================================================= NL 120000 600000E-01 1.33 0.269 GIONG$ 49 266.888 5.44670 120.58 0.000 * RESIDUAL 98 4.42669 451704E-01 * TOTAL (CORRECTED) 149 271.435 1.82171 Nguyễn Thị An Trang Đại học Bách Khoa Hà Nội Luận văn Thạc sỹ Khoa học Công nghệ sinh hoc BALANCED ANOVA FOR VARIATE DRE-XL FILE HAN(1) 1/12/** 15:31 PAGE VARIATE V007 DRE-XL LN SOURCE OF VARIATION DF SUMS OF MEAN F RATIO PROB ER SQUARES SQUARES LN ============================================================================= NL 901335E-01 450667E-01 1.17 0.316 GIONG$ 49 159.242 3.24984 84.04 0.000 * RESIDUAL 98 3.78984 386718E-01 - * TOTAL (CORRECTED) 149 163.122 1.09478 TABLE OF MEANS FOR FACTORIAL EFFECTS FILE HAN(1) 1/12/** 15:31 PAGE MEANS FOR EFFECT NL NL SE(N= 5%LSD 50) 98DF NL NOS 50 50 50 SS - XL 17.2300 17.1820 17.1280 DTH-DC 7.64000 7.47000 7.36800 DTH-XL 3.01000 3.01600 3.01400 DRE-DC 7.49000 7.43000 7.43000 0.261328E-01 0.275478E-01 0.268496E-01 0.300567E-01 0.733331E-01 0.773039E-01 0.753444E-01 0.843443E-01 NOS 50 50 50 DRE-XL 2.81000 2.87000 2.84200 SE(N= 50) 0.278107E-01 5%LSD 98DF 0.780417E-01 MEANS FOR EFFECT GIONG$ GIONG$ NOS SS - XL DTH-DC DTH-XL DRE-DC DRE-XL 19.1667 6.43333 2.20000 7.50000 3.13333 20.3000 5.63333 3.43333 7.40000 4.50000 3 18.5000 5.46667 3.43333 8.46667 2.66667 20.3333 7.30000 2.26667 9.50000 2.23333 21.5333 8.10000 2.40000 7.30000 4.33333 23.2000 7.73333 2.13333 8.06667 3.16666 13.2667 9.53333 4.50000 9.20000 3.53333 17.8667 6.43333 2.63333 8.23333 2.60000 14.3000 7.40000 3.53333 8.53333 1.50000 10 16.5000 7.43333 3.16667 7.36667 2.16667 11 12.4333 9.63333 4.56667 10.4333 5.43333 12 13.5333 8.40000 4.26667 9.23333 5.16667 13 13.5667 7.60000 4.33333 8.46667 3.43333 14 12.6333 7.30000 2.43333 8.33333 1.50000 15 22.3333 8.40000 2.56667 5.36667 2.03333 16 20.1333 6.23333 3.63333 7.50000 3.40000 17 22.3000 7.16667 3.26667 7.26667 1.83333 18 22.2667 8.20000 3.20000 8.43333 2.60000 19 23.3333 7.33333 2.66667 9.56667 2.20000 20 22.3000 6.30000 3.40000 7.16667 1.43333 21 18.1000 7.90000 2.20000 9.33333 3.36667 Nguyễn Thị An Trang Đại học Bách Khoa Hà Nội Luận văn Thạc sỹ Khoa học 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 SE(N= 5%LSD 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3) 98DF 14.5000 19.5000 21.3000 17.4000 12.5000 19.0000 13.5000 17.2000 21.1333 19.6000 15.2667 13.1667 18.3000 16.7667 16.5000 14.2667 12.7000 15.2000 16.4667 20.0667 13.4333 15.4667 14.2333 12.4667 17.6333 16.4333 15.3667 17.3000 14.4333 0.106687 0.299381 Công nghệ sinh hoc 9.40000 7.53333 8.53333 7.26667 6.50000 8.30000 7.63333 7.46667 8.33333 6.46667 8.40000 6.43333 7.53333 8.40000 8.40000 6.36667 8.16667 7.33333 6.63333 8.30000 8.70000 7.50000 6.56667 5.36667 7.73333 8.20000 7.30000 7.40000 6.53333 0.112463 0.315592 1.70000 4.10000 2.73333 3.26667 1.53333 2.36667 3.10000 4.30000 3.40000 3.23333 3.66667 2.36667 3.23333 3.33333 3.23333 3.53333 2.56667 3.23333 3.20000 2.63333 3.10000 3.06667 2.80000 2.40000 3.30000 1.70000 2.36667 1.76667 3.20000 0.109613 0.307592 6.56667 7.23333 8.43333 7.30000 6.36667 8.26667 7.56667 6.43333 5.16667 5.40000 5.36667 6.40000 7.40000 8.30000 8.40000 9.16667 3.63333 7.43333 5.50000 6.70000 8.30000 6.60000 6.70000 7.76667 5.50000 7.80000 6.73333 7.13333 6.26667 0.122706 0.34433 2.33333 2.80000 3.43333 3.60000 4.30000 3.50000 2.53333 1.53333 3.23333 2.43333 3.60000 2.36667 1.76667 1.26667 2.23333 4.43333 3.40000 2.60000 1.73333 2.23333 1.86667 3.60000 3.33333 1.30000 2.43333 5.13333 2.26667 2.30000 2.23333 0.113537 0.318604 ANALYSIS OF VARIANCE SUMMARY TABLE FILE HAN(1) 12/12/** 15:31 PAGE F-PROBABLIITY VALUES FOR EACH EFFECT IN THE MODEL SECTION - VARIATE SS - XL DTH-DC DTH-XL DRE-DC DRE-XL GRAND MEAN (N= 150) NO OBS 150 17.180 150 7.4927 150 3.0133 150 7.4500 150 2.8407 Nguyễn Thị An Trang STANDARD DEVIATION C OF V |NL SD/MEAN | BASED ON BASED ON % | TOTAL SS RESID SS | 3.2987 0.18479 1.1 0.0249 1.0001 0.19479 2.6 0.0000 0.74722 0.18986 6.3 0.9879 1.3497 0.21253 2.9 0.2689 1.0463 0.19665 6.9 0.3164 |GIONG$ | | | 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 | | | | Đại học Bách Khoa Hà Nội Luận văn Thạc sỹ Khoa học Công nghệ sinh hoc XuanMaiQT PC6 CH208 CH207 P6 PC10 IR07A241 IR83140-56 IR09A299 BP1976B-2-3-7-TB-1- IR65482-7-216-1-2 IR09A120 IR83138-13-4 UPLRI-5 IR88628-B-B-15 IR43 CB0015-24 CB08-709-2 CT15691-4-3-3-1-1-M CT15673-8-1-4-1-6-M CT15679-17-1-1-2-3M CT15696-3-4-3-1-2-M YN3155-421-18-6-10CT15671-15-4-5-1-1- CT15716-6-1-2-2-2-M IR83106-B-B-1 B11577E-MR-B-12-1KMP34 YN3129-492-18-3-7-1 CT15765-13-3-6-2-1- CT15675-7-1-7-1-2-M IR82912-B-B-16 CT15672-12-1-5-2-4- IR83141-11 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1 0 1 1 0 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 1 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Nguyễn Thị An Trang TEMEO LC22-14-1 NTK11 NepVuHoi NMR2 LCTQ LC93-2 NKHAUPHAI LASO LC22-7 LC93-1 LC22-6 BAOTHAI 0 0 0 OM6677 NSIC LC22-6 Phụ lục Đại học Bách Khoa Hà Nội Luận văn Thạc sỹ Khoa học Công nghệ sinh hoc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 0 1 0 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 Nguyễn Thị An Trang Đại học Bách Khoa Hà Nội Luận văn Thạc sỹ Khoa học Công nghệ sinh hoc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 1 1 0 1 0 0 1 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 Nguyễn Thị An Trang Đại học Bách Khoa Hà Nội Luận văn Thạc sỹ Khoa học Công nghệ sinh hoc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 1 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 0 1 1 1 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 Nguyễn Thị An Trang Đại học Bách Khoa Hà Nội Luận văn Thạc sỹ Khoa học Công nghệ sinh hoc 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 Nguyễn Thị An Trang Đại học Bách Khoa Hà Nội Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nguyễn Thị An Trang Công nghệ sinh hoc Đại học Bách Khoa Hà Nội ... tài: ? ?Đánh giá đa dạng di truyền nguồn gen liên quan đến tính chịu hạn lúa Việt Nam? ?? Mục đích đề tài Kết hợp phân tích đa dạng di truyền dịng/giống lúa sử dụng thị phân tử SSR tính chịu hạn dịng/giống... nghiên cứu đa dạng di truyền lúa 22 1.4.1 Nghiên cứu đa dạng di truyền lúa thị hình thái 23 1.4.2 Nghiên cứu đa dạng di truyền lúa thị hóa sinh 25 1.4.3 Nghiên cứu đa dạng di truyền lúa thị...BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI NGUYỄN THỊ AN TRANG ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN NGUỒN GEN LIÊN QUAN ĐẾN TÍNH CHỊU HẠN Ở LÚA VIỆT NAM Chuyên ngành: