Nghiên cứu sự phân bố của Mycobacterium Tuberculosis kiểu gen Beijing và mối liên quan đến tính kháng thuốc lao tại Việt Nam

Nghiên cứu sự phân bố của Mycobacterium Tuberculosis kiểu gen Beijing và mối liên quan đến tính kháng thuốc lao tại Việt Nam Nghiên cứu sự phân bố của Mycobacterium Tuberculosis kiểu gen Beijing và mối liên quan đến tính kháng thuốc lao tại Việt Nam luận văn tốt nghiệp thạc sĩ

B GIÁO D C VÀ ÀO T O VI N KHOA H C VÀ CÔNG NGH VI T NAM VI N SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH V T  KHI U TH THÚY NG C NGHIÊN C U S PHÂN B C A MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS KI U GEN BEIJING VÀ M I LIÊN QUAN N TÍNH KHÁNG THU C LAO T I VI T NAM LU N V N TH C S SINH H C Hà N i – 2010 B GIÁO D C VÀ ÀO T O VI N KHOA H C VÀ CÔNG NGH VI T NAM VI N SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH V T  KHI U TH THÚY NG C NGHIÊN C U S PHÂN B C A MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS KI U GEN BEIJING VÀ M I LIÊN QUAN N TÍNH KHÁNG THU C LAO T I VI T NAM Chuyên ngành: Sinh h c th c nghi m Mã s : 60 42 30 LU N V N TH C S SINH H C Cán b h ng d n khoa h c TS BS NGUY N V N H NG Hà N i – 2010 L IC M N Tr c tiên tơi xin bày t lịng bi t n chân thành sâu s c nh t t i TS.BS Nguy n V n H ng, Tr ng i th y h ng khoa Vi sinh, B nh vi n Ph i Trung ng d n, ch b o t n tình cho tơi t nh ng b ng, c đ u tiên t o m i u ki n thu n l i đ tơi hồn thành khóa lu n t t nghi p Tôi xin chân thành c m n Ban lãnh đ o B nh vi n, cán b viên ch c Khoa Vi sinh - B nh vi n Ph i Trung ng giúp đ trình h c t p Tơi xin trân tr ng c m n th y, cô giáo Tr ng i h c Thái Nguyên, Vi n Sinh thái Tài nguyên Sinh v t Vi n Công ngh Sinh h c h ng d n truy n th ki n th c cho th i gian h c t p, nghiên c u Cu i xin g i l i c m n sâu s c t i nh ng ng i thân gia đình tơi, b n bè đ ng nghi p t o u ki n, đ ng viên giúp đ su t th i gian làm lu n v n Tôi xin chân thành c m n t t c nh ng s giúp đ q báu đó./ Hà n i, ngày 27 tháng 12 n m 2010 H c viên Khi u Th Thúy Ng c Lu n v n th c s sinh h c Khi u Th Thúy Ng c DANH M C CÁC CH VI T T T Ch vi t t t Tên đ y đ AFB Acid fast bacilli BCG Bacillus Calmette-Guerin – vaccine phòng lao bp Base pair - C p baz nit CI Confidence Interval – kho ng tin c y CTCLQG Ch ddNTP Dideoxynucleotide dNTP Deoxynucleotide DNA Acid deoxyribonucleic DTS Directly Observed Treatment, Short-course ng trình ch ng lao qu c gia - hóa tr li u ng n ngày có ki m sốt tr c ti p DR Direct Repeat – vùng l p l i tr c ti p DST Drug Sensitivity test – Th nghi m nh y c m thu c ECL Enhanced chemiluminescene - ph n ng quang hóa EMB Ethambuton EtBr Ethidium Bromide INH Izoniazid Mbp Mega base pair LJ Lowenstein-Jensen – môi tr ng đ c dùng nuôi vi khu n lao MGIT Mycobacteria Growth Indicator Tube – môi tr dùng đ nu i c y vi khu n lao Non-Beijing Không ph i ki u gen Beijing OR Odds Ratio – t su t chênh ng l ng Lu n v n th c s sinh h c Khi u Th Thúy Ng c PCR Polymerase Chain Reaction - Ph n ng chu i Polymerase RFLP Restriction Fragement Length Polymorphism – đa hình chi u dài đo n c t b i enzym gi i h n RIF Rifampicin SDS Sodium Dodecyl Sulphate SM Streptomycin Spoligotyping Spacer oligonucleotide typing – Trình t đo n nucleotide đ m ST no Shared Type number – s th t ki u gen M.tuberculosis th ng nh t th gi i TE Tris - EDTA UPGMA Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean – Ph ng pháp nhóm theo c p giá tr trung bình s h c v/p Vòng/phút VK Vi khu n WHO World Health Organization – T ch c Y t th gi i Lu n v n th c s sinh h c Khi u Th Thúy Ng c DANH M C CÁC B NG B ng Tên b ng Trang B ng B nh nhân lao t l t vong lao t i châu l c 10 B ng Thành ph n ph n ng PCR nhân gen vùng DR c a VK lao 34 B ng Các ki u gen M.tuberculosis đ c phân lo i b ng k thu t 40 spoligotyping B ng T l M.tuberculosis ki u gen Beijing phân l p t b nh nhân 43 lao ph i AFB (+) m i lao ph i AFB (+) u tr B ng Phân b M.tuberculosis ki u gen Beijing t i Vi t Nam 45 B ng T l M.tuberculosis ki u gen Beijing phân l p t b nh nhân lao 46 ph i AFB (+) m i phân b theo nhóm tu i B ng T l M.tuberculosis ki u gen Beijing phân l p t b nh nhân lao 47 ph i AFB (+) m i phân b theo gi i tính B ng T l M.tuberculosis ki u gen Beijing phân l p t b nh nhân lao 47 ph i AFB (+) u tr phân b theo nhóm tu i B ng T l M.tuberculosis ki u gen Beijing phân l p t b nh nhân lao 48 ph i AFB (+) u tr phân b theo gi i tính B ng 10 T l M.tuberculosis ki u gen Beijing phân l p t c hai nhóm 49 b nh nhân lao ph i AFB (+) phân b theo nhóm tu i B ng 11 T l M.tuberculosis ki u gen Beijing phân l p t c hai nhóm b nh nhân lao ph i AFB (+) phân b theo gi i tính 50 Lu n v n th c s sinh h c Khi u Th Thúy Ng c B ng 12 M.tuberculosis ki u gen Beijing tính kháng thu c b t kì 50 nhóm b nh nhân lao ph i AFB (+) m i B ng 13 M.tuberculosis ki u gen Beijing tính kháng đa thu c 51 nhóm b nh nhân lao ph i AFB (+) m i B ng 14 M.tuberculosis ki u gen Beijing tính kháng thu c b t kì 51 nhóm b nh nhân lao ph i AFB (+) u tr B ng 15 M.tuberculosis ki u gen Beijing tính kháng đa thu c 52 nhóm b nh nhân lao ph i AFB (+) u tr B ng 16 T l b nh nhân m c M.tuberculosis ki u gen Beijing t i 55 vùng khác th gi i B ng 17 M.tuberculosis ki u gen Beijing m i liên quan đ n tính kháng thu c lao t i m t s n c th gi i 63 Lu n v n th c s sinh h c Khi u Th Thúy Ng c DANH M C CÁC HÌNH Hình Hình Tên hình it Trang ng gây b nh ch y u c a M.tuberculosis complex i kính hi n vi Hình Vi khu n lao soi d Hình C u t o thành t bào c a M.tuberculosis Hình Vi khu n lao có th xâm nh p vào m i c quan c a c th Hình Tình hình b nh lao th gi i (WHO 2010) Hình Tình hình b nh lao t i Vi t Nam 12 Hình Tác d ng c a thu c lao lên trình phát tri n c a 15 M.tuberculosis Hình AFB nhu m Ziehl-Neslsen nhu m Auramin Hình Y u t qu n th ng c a VK lao m c môi tr 17 ng l ng 19 h th ng BACTEC MGIT960 Hình 10 M.tuberculosis mơi tr Hình 11 K t qu n di s n phâm PCR cho ch n đốn xác đ nh M.tuberculosis có kích th ng Lowenstein-Jensen 19 20 c 249 bp Hình 12 Trình t gen M.tuberculosis có kích th c kho ng 4,4 Mbp 22 Hình 13 Vùng DR b gen M.tuberculosis 24 Hình 14 Ngun t c phát tín hi u lai b ng Streptavidine-peroxidase 25 Hình 15 T l phân b M.tuberculosis ki u gen Beijing th gi i 27 Hình 16 S đ nghiên c u 32 Lu n v n th c s sinh h c Khi u Th Thúy Ng c Hình 17 Các b c ti n hành k thu t Spoligotyping 36 Hình 18 Phòng Sinh h c Phân t - Khoa Vi sinh, B nh vi n Ph i T , 38 n i th c hi n k thu t spoligotyping phân lo i M.tuberculosis Hình 19 K t qu phim spoligotyping c a M.tuberculosis Hình 20 Cây phân lo i trình t đ m c a M.tuberculosis đ b ng ph 39 c nhóm 42 ng pháp UPGMA Hình 21 T l nhóm ki u gen M.tuberculosis 43 Hình 22 Phân b M.tuberculosis ki u gen Beijing t i Vi t Nam 45 Hình 23 Phân b M.tuberculosis ki u gen Beijing phân l p t b nh nhân 46 lao ph i AFB (+) m i theo nhóm tu i Hình 24 Phân b M.tuberculosis ki u gen Beijing phân l p t b nh nhân 48 lao ph i AFB (+) u tr theo nhóm tu i Hình 25 Phân b M.tuberculosis ki u gen Beijing phân l p t c hai 49 nhóm b nh nhân lao ph i AFB (+) theo nhóm tu i Hình 26 T l phân b m i liên quan đ n tính kháng thu c lao c a M.tuberculosis ki u gen Beijing th gi i 64 Lu n v n th c s sinh h c Khi u Th Thúy Ng c M CL C   1  TV N CH NG 1: T NG QUAN TÀI LI U 3  1.1.  IC NG V B NH LAO 3  1.1.1.  L ch s b nh lao 3  1.1.2.  Vi khu n lao - Mycobacterium tuberculosis 4  1.1.3.  C ch gây b nh lao 7  1.1.4.  M t s y u t nguy c m c lao 8  1.1.5.  Tri u ch ng lâm sàng c a b nh nhân lao ph i 8  1.1.6.  Tình hình b nh lao Th gi i 8  1.1.7.  Tình hình b nh lao t i Vi t Nam 11  1.2.  1.2.1.  TÍNH KHÁNG THU C C A VI KHU N LAO 13  nh ngh a phân lo i 13  1.2.2.  C ch kháng thu c c a vi khu n lao 14  1.2.3.  Y u t nguy c làm t ng t l vi khu n lao kháng thu c 16  1.3.  PH NG PHÁP CH N OÁN VI KHU N H C B NH LAO 17  1.3.1.  Ph ng pháp nhu m soi kính tr c ti p 17  1.3.2.  Ph ng pháp nuôi c y vi khu n lao 18  1.3.3.  Ph ng pháp Sinh h c phân t 20  1.4.  M.TUBERCULOSIS KI U GEN BEIJING 23  1.4.1 nh ngh a 23  1.4.2 K thu t spoligotyping phân lo i ch ng M.tuberculosis 23  1.4.3 Ch s phân lo i - discrimation index 25  1.4.4 M t s nghiên c u v Mycobacteriu tuberculosis ki u gen Beijing tính kháng thu c lao 26  Lu n v n th c s sinh h c Khi u Th Thúy Ng c KI N NGH Nghiên c u c ch kháng thu c lao đ ng l c lây truy n c a M.tuberculosis ki u gen Beijing t i Vi t Nam Nghiên c u đánh giá hi u qu c a ph ph ng pháp spoligotyping v i ng pháp phân lo i ch ng vi khu n khác nh RFLP, VNTR nh m l a ch n ph ng pháp phù h p nh t cho phân lo i ch ng M.tuberculosis t i Vi t Nam 69 Lu n v n th c s sinh h c Khi u Th Thúy Ng c CÁC BÁO CÁO KHOA H C Ã CÔNG B N.V Hung, K.T.T Ngoc, D.N Sy, N.T.N Lan, E.W Tiemersma, F.G.J Cobelens and D van Soolingen (2010), “ La répartition de Mycobacterium tuberculosis du génotype Beijing et sa relation avec la résistance des médicaments antituberculeux au Vietnam”, J Fran Viet Pneu : 01(02):105109 NV Hung, DN Sy, TTB Thuy, KTT Ngoc and PT Huyen (2010), “Phenotype, genotype and relationship with drug resistance of Mycobacterium tuberculosis in Vietnam” Abtract for the 41st Union World Conference on Lung Health in Berlin, Germany 10-15 November 2010 NV Hung, H Ando, TTB Thuy, NTL Hang, T Hamabata, S Sakurada, T Kuwahara, PM Tuan, KTT Ngoc, LT Lien, DN Sy, T Kirikae, N Keicho (2010), “Clonal expansion of Mycobacterium tuberculosis isolates from patiens newly diagnosed as pulmonary tuberculosis in Hanoi” Abtract for Asian – African Research Forum on Emerging and Reemerging Infections, Hà N i 10-15 November 2010 Lu n v n th c s sinh h c Khi u Th Thúy Ng c TÀI LI U THAM KH O Tài li u ti ng Vi t c Anh (2001), Nghiên c u đáp ng mi n d ch m t s th b nh ng Lao, Lu n án ti n s sinh h c, Vi n V sinh D ch t Trung ng Duy Ban (2006), Công ngh Gen, Nhà xu t b n Khoa h c K thu t, Hà N i: tr 124-128, 171-173 Ch ng trình Ch ng lao Qu c gia (2009), H ng d n qu n lý b nh lao, Nhà xu t b n Y h c Hà N i Lê Huy Chính, Lê V n Ph ng (2003), Vi sinh Y h c, B môn Vi sinh,Tr ng i h c Y Hà N i tr 146-152 H Hu nh Thùy D ng (2005), Sinh h c phân t , Nhà xu t b n Giáo d c TP H Chí Minh: tr.190-204 Nguy n ình H ng (1995 ), D ch t h c b nh Lao, B nh h c Lao b nh Ph i tr 76-83 Nguy n V n H ng (2001), Nghiên c u đ c m sinh h c c a M.tuberculosis phân l p t i Vi n Lao B nh ph i t 9/1994 đ n 10/1996, Lu n án ti n s y h c, Tr ng Hoàng Th Ph i h c Y Hà N i ng (2009), Nghiên c u đ c m lâm sàng,c n lâm sàng,tính kháng thu c c a vi khu n đ b nh nhân lao ph i m i k t h p b nh đái tháo ng, Lu n án ti n s y h c, Tr ng i h c Y Hà N i Ph m Kh c Qu ng (1994 ), Sinh b nh h c b nh Lao , B nh h c Lao b nh Ph i, Nhà xu t b n Y h c tr 55-65 Lu n v n th c s sinh h c Khi u Th Thúy Ng c 10 inh Ng c S (2010), "Ch ng trình ch ng lao Vi t Nam : “thành công thách th c” ", T p chí Hơ h p Pháp-Vi t 01: 13-14 11 Tr n V n Sáng (2002), Vi khu n Lao, B nh h c Lao b nh Ph i, Nhà xu t b n Y h c tr 29-44 12 Lê Th Kim Tuy n (1999), Tìm enzym gi i h n t vi khu n thiên nhiên Vi t Nam nh m ng d ng nghiên c u d ch t h c ch n đoán b nh b ng ph ng pháp RFLP (s đa d ng đ dài đo n c t gi i h n), Lu n án ti n s khoa h c Y d c, Tr ng i h c Y Hà N i Tài li u ti ng Anh 13 Anh D.D., M.W Borgdorff, L.N Van et al (2000), "Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype emerging in Vietnam", Emerg Infect Dis 6: 302-305 14 Aranaz A., E Liebana, A Mateos et al (1996), "Spacer oligonucleotide typing of Mycobacterium bovis strains from cattle and other animals: a tool for studying epidemiology of tuberculosis", J Clin Microbiol 34: 2734-2740 15 Aristimuno L., M Espana, A Guilarte et al (2007), "Multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis Beijing/W genotype in Venezuela", J Med Microbiol 56: 1707-1708 16 Augustynowicz-Kopec E., T Jagielski, M Kozinska et al (2007), "The significance of spoligotyping method in epidemiological investigations of tuberculosis", Pneumonol Alergol Pol 75: 22-31 17 Bifani P.J., B Mathema, N.E Kurepina et al (2002), "Global dissemination of the Mycobacterium tuberculosis W-Beijing family strains", Trends Microbiol 10: 4552 18 Brudey K., J.R Driscoll, L Rigouts et al (2006), "Mycobacterium tuberculosis complex genetic diversity: mining the fourth international spoligotyping database Lu n v n th c s sinh h c Khi u Th Thúy Ng c (SpolDB4) for classification, population genetics and epidemiology", BMC Microbiol 6: 23 19 Buu T.N., M.N Huyen, N.N Lan et al (2009), "Mycobacterium tuberculosis genotype and case notification rates, rural Vietnam, 2003-2006", Emerg Infect Dis 15: 1570-1577 20 Buu T.N., M.N Huyen, N.T Lan et al (2009), "The Beijing genotype is associated with young age and multidrug-resistant tuberculosis in rural Vietnam", Int J Tuberc Lung Dis 13: 900-906 21 Buu T.N., M.N Huyen, D van Soolingen et al (2010), "The Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype does not affect tuberculosis treatment failure in Vietnam", Clin Infect Dis 51: 879-886 22 Caminero J.A (2005), "Management of multidrug-resistant tuberculosis and patients in retreatment", Eur Respir J 25: 928-936 23 Chan M.Y., M Borgdorff, C.W Yip et al (2001), "Seventy percent of the Mycobacterium tuberculosis isolates in Hong Kong represent the Beijing genotype", Epidemiol Infect 127: 169-171 24 Dominguez J., S Blanco, A Lacoma et al (2008), "Utility of molecular biology in the microbiological diagnosis of mycobacterial infections", Enferm Infecc Microbiol Clin 26 Suppl 9: 33-41 25 Dou H.Y., F.C Tseng, C.W Lin et al (2008), "Molecular epidemiology and evolutionary genetics of Mycobacterium tuberculosis in Taipei", BMC Infect Dis 8: 170 26 Driscoll J.R (2009), "Spoligotyping for molecular epidemiology of the Mycobacterium tuberculosis complex", Methods Mol Biol 551: 117-128 27 Duong D.A., T.H Nguyen, T.N Nguyen et al (2009), "Beijing genotype of Mycobacterium tuberculosis is significantly associated with high-level fluoroquinolone resistance in Vietnam", Antimicrob Agents Chemother 53: 48354839 Lu n v n th c s sinh h c Khi u Th Thúy Ng c 28 European Concerted Action on New Generation Genetic Markers and Techniques for the Epidemiology and Control of Tuberculosis RIVM B, the Netherlands (2006), "Beijing/W genotype Mycobacterium tuberculosis and drug resistance.", Emerg Infect Dis 12: 736 29 Fan L., X.W Gui, L.H Qin et al (2010), "Associated factors for the infection of Beijing genotype Mycobacterium tuberculosis.", Zhonghua Jie He He Hu Xi Za Zhi 33: 132-134 30 Farnia P., M.R Masjedi, M Mirsaeidi et al (2006), "Prevalence of Haarlem I and Beijing types of Mycobacterium tuberculosis strains in Iranian and Afghan MDRTB patients", J Infect 53: 331-336 31 Feng J.Y., W.J Su, C.C Tsai et al (2008), "Mycobacterium tuberculosis W-Beijing genotype strain infection on age patients in Taiwan", J Clin Microbiol 46: 31273129 32 Flynn J., J Chan (2001), "Immunology of tuberculosis", Annu Rev Immunol 19: 93 - 129 33 Fujiki A (2001), "TB bacteriology examination to stop", The reseach Institute of Tuberculosis Japan 34 Ghebremichael S., R Groenheit, A Pennhag et al (2010), "Drug resistant Mycobacterium tuberculosis of the Beijing genotype does not spread in Sweden", PLoS One 5: e10893 35 Glynn J.R., J Whiteley, P.J Bifani et al (2002), "Worldwide occurrence of Beijing/W strains of Mycobacterium tuberculosis: a systematic review", Emerg Infect Dis 8: 843-849 36 Gori A., A Bandera, G Marchetti et al (2005), "Spoligotyping and Mycobacterium tuberculosis", Emerg Infect Dis 11: 1242-1248 37 Helen S C., D Doshetov, Y Kebede et al (2005), "The Beijing genotype and drug resistant tuberculosis in the Aral Sea region of Central Asia", Respiratory Research 6: 134 Lu n v n th c s sinh h c Khi u Th Thúy Ng c 38 Hoa N.B., D.N Sy, N.V Nhung et al (2010), "National survey of tuberculosis prevalence in Viet Nam", Bull World Health Organ 88: 273-280 39 Huet G., P Constant, W Malaga et al (2009), "A lipid profile typifies the Beijing strains of Mycobacterium tuberculosis: identification of a mutation responsible for a modification of the structures of phthiocerol dimycocerosates and phenolic glycolipids", J Biol Chem 284: 27101-27113 40 Hunter P.R., M.A Gaston (1988), "Numerical index of the discriminatory ability of typing systems: an application of Simpson's index of diversity", J Clin Microbiol 26: 2465-2466 41 Iwamoto T (2009), "Population structure analysis of Mycobacterium tuberculosis Beijing family in Japan", Kekkaku 84: 755-759 42 Jiao W.W., I Mokrousov, G.Z Sun et al (2008), "Evaluation of new variablenumber tandem-repeat systems for typing Mycobacterium tuberculosis with Beijing genotype isolates from Beijing, China", J Clin Microbiol 46: 1045-1049 43 Jou R., C.Y Chiang, W.L Huang (2005), "Distribution of the Beijing family genotypes of Mycobacterium tuberculosis in Taiwan", J Clin Microbiol 43: 95-100 44 Kremer K., B.K Au, P.C Yip et al (2005), "Use of variable-number tandem-repeat typing to differentiate Mycobacterium tuberculosis Beijing family isolates from Hong Kong and comparison with IS6110 restriction fragment length polymorphism typing and spoligotyping", J Clin Microbiol 43: 314-320 45 Kremer K., J.R Glynn, T Lillebaek et al (2004), "Definition of the Beijing/W lineage of Mycobacterium tuberculosis on the basis of genetic markers", J Clin Microbiol 42: 4040-4049 46 Kremer K., M.J van-der-Werf, B.K Au et al (2009), "Vaccine-induced immunity circumvented by typical Mycobacterium tuberculosis Beijing strains", Emerg Infect Dis 15: 335-339 47 Kremer K, L Schouls, D van Soolingen et al (2002), ""Spoligotyping" a PCR- based method to simultaneously detect and type Mycobacterium tuberculosis Lu n v n th c s sinh h c Khi u Th Thúy Ng c complex bacteria", Research laboratory for infectious diseases,National Institute of Public Health and the Environment, 48 Lan N.T., H.T Lien, B Tung le et al (2003), "Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype and risk for treatment failure and relapse, Vietnam", Emerg Infect Dis 9: 1633-1635 49 Lipin M.Y., V.N Stepanshina, I.G Shemyakin et al (2007), "Association of specific mutations in katG, rpoB, rpsL and rrs genes with spoligotypes of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis isolates in Russia", Clin Microbiol Infect 13: 620-626 50 Lopez B., D Aguilar, H Orozco et al (2003), "A marked difference in pathogenesis and immune response induced by different Mycobacterium tuberculosis genotypes", Clin Exp Immunol 133: 30-37 51 Moss A.R., D Alland, E Telzak et al (1997), "A city-wide outbreak of a multipledrug-resistant strain of Mycobacterium tuberculosis in New York", Int J Tuberc Lung Dis 1: 115-121 52 Ottenhoff T., D Kumararatne, J Casanova (1998), "Novel human immunodeficiencies reveal the essential role of type-I cytokines in immunity to intracellular bacteria", Immunol Today 19: 491 - 494 53 Parwati I., R van Crevel, D van Soolingen (2010), "Possible underlying mechanisms for successful emergence of the Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype strains", Lancet Infect Dis 10: 103-111 54 Ritacco V., B Lopez, P.I Cafrune et al (2008), "Mycobacterium tuberculosis strains of the Beijing genotype are rarely observed in tuberculosis patients in South America", Mem Inst Oswaldo Cruz 103: 489-492 55 Sakula A (1983), "Robert koch: centenary of the discovery of the tubercle bacillus, 1882", Can Vet J 24: 127-131 Lu n v n th c s sinh h c Khi u Th Thúy Ng c 56 Selvakumar N., M G Sekar, V Kumar et al (2006), "Sensitivity of Ziehl-Neelsen method for centrifuged deposit smears of sputum samples transported in cetylpyridinium chloride", Indian J Med Res 124: 439-442 57 Streicher E.M (2007), "Application of spoligotyping in the understanding of the dynamics of Mycobacterium tuberculosis strains in high incidence communities", PHD Thesis Biomedical Sciences 58 Tanaka M.M., A.R Francis (2006), "Detecting emerging strains of tuberculosis by using spoligotypes", Proc Natl Acad Sci U S A 103: 15266-15271 59 Toungoussova O.S., A Mariandyshev, G Bjune et al (2003), "Molecular epidemiology and drug resistance of Mycobacterium tuberculosis isolates in the Archangel prison in Russia: predominance of the W-Beijing clone family", Clin Infect Dis 37: 665-672 60 van der Zanden A.G., K Kremer, L.M Schouls et al (2002), "Improvement of differentiation and interpretability of spoligotyping for Mycobacterium tuberculosis complex isolates by introduction of new spacer oligonucleotides", J Clin Microbiol 40: 4628-4639 61 van Maaren P.J (2010), "Fighting the tuberculosis epidemic in the Western Pacific region: current situation and challenges ahead", Kekkaku 85: 9-16 62 van Soolingen D., T Hoogenboezem, P.E de Haas et al (1997), "A novel pathogenic taxon of the Mycobacterium tuberculosis complex, Canetti: characterization of an exceptional isolate from Africa", Int J Syst Bacteriol 47: 1236-1245 63 van Soolingen D., L Qian, P.E de Haas et al (1995), "Predominance of a single genotype of Mycobacterium tuberculosis in countries of east Asia", J Clin Microbiol 33: 3234-3238 64 Victor T.C., P.D van Helden, R Warren (2002), "Prediction of drug resistance in M tuberculosis: molecular mechanisms, tools, and applications", IUBMB Life 53: 231-237 Lu n v n th c s sinh h c Khi u Th Thúy Ng c 65 Viegas S.O., A Machado, R Groenheit et al (2010), "Molecular diversity of Mycobacterium tuberculosis isolates from patients with pulmonary tuberculosis in Mozambique", BMC Microbiol 10: 195 66 World Health Organization (2010), "Multidrug and extensively drug-resistant TB (M/XDR-TB): 2010 global report on surveillance and response" 67 World Health Organization (2010), "2010/2011 Tuberculosis Global facts " 68 World Health Organization (2010), "Drug-resistant tuberculosis now at record levels " 69 World Health Organization (2010), "The global plan to stop TB 2011-2015: transforming the fight towards elimination of tuberculosis" 70 World Health Organization (2010), "Global Tuberculosis Control" 71 World Health Organization (2009), "New survey finds highest rates of drugresistant TB to date" 72 Zhenkun M., L Christian, M Helen et al (2010), "Global tuberculosis drug development pipeline: the need and the reality", The Lancet 375: 2100-2109 Lu n v n th c s sinh h c Khi u Th Thúy Ng c PH L C Lu n v n th c s sinh h c Khi u Th Thúy Ng c Ph l c Danh sách 80 m nghiên c u S TT Qu n/Huy n T nh/Tp S TT Qu n/Huy n 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 Hà N i Hà N i H i Phòng h i D ng H ng yên Thái Bình Thái Bình Ph lý Nam nh Ninh Bình Thanh hóa Thanh hóa Thanh hóa Ngh An Ngh An Hà T nh Hà T nh V nh Phúc B c Ninh B c Giang Hà Tây Hà Tây Yên Bái B cC n L ng S n Tun Quang Thanh hóa Qu ng Bình Qu ng Bình Qu ng Nam Qu ng nam N ng Bình nh Bình nh Qu ng Ngãi Phú n Khánh hịa cL c An Giang An Giang 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 Hai Bà Tr ng Thanh Trì V nh B o Nam Sách Kim ng Ki n x ng ông H ng Hà Nam Nam Tr c Gia Vi n Hà Trung Th Xuân BmS n Yên Thành ô L ng H ng Khê Tr m lao t nh L p Th ch Tiên Du BV Lao Th ng Tín an Ph ng V n yên BV a khoa H u L ng S n D ng BV K71 B Tr ch L Th y H i An Nam Giang Thanh Khê An Nh n TP Quy Nh n T Ngh a Sông C u Diên Khánh K Rong N ng Long yên Châu Thành An Phú Ch M i T nh Biên Châu Phú Vinh L i Ba Tri B n Cát L c ninh Hàm Thu n Nam TP Cà Mau Ninh Ki u Th t N t V Th y Xuân L c Tân Phú Châu Thành lai Vung L p Vò Hòn t Kiên L ng c Hòa Phan Rang K Sách Vi nh Châu Hòa Thành M Tho Cai L y TP Trà Vinh Trà Cú Long H TP V ng Tàu Qu n Qu n Qu n Qu n 10 Bình Th nh Phú Nhu n Tân Bình C Chi Th c T nh/Tp An Giang An Giang An Giang An Giang B c liêu B Tre Bình D ng Bình Ph c Bình Thu n Cà Mau C n Th C n Th H u Giang ng Nai ng Nai ng Tháp ng Tháp ng Tháp Kiên Giang Kiên Giang Long An Ninh Thu n Sóc Tr ng Sóc Tr ng Tây Ninh Ti n Giang Ti n Giang Trà Vinh Trà Vinh V nh long Bà Rìa TPHCM TPHCM TPHCM TPHCM TPHCM TPHCM TPHCM TPHCM TPHCM Lu n v n th c s sinh h c Khi u Th Thúy Ng c Ph l c Cơng th c pha hóa ch t 500 mM NaHCO3, pH8.4 10.5 g NaHCO3 / 250 ml n cc t 16% (w/v) EDAC 1.6 g EDAC / 10 ml n cc t 100 mM NaOH 0.8 g NaOH / 200 ml n cc t 0.5 M EDTA, pH 8.0 186.12 g EDTA / L n cc t 20 mM EDTA, pH 8.0 Pha loãng 0.5 M EDTA 25 l n 20xSSPE 0.2 M Na2HPO4*2H2O 35.6 g/l 3.6 M NaCl 210.24 g/l 20 mM EDTA pH 7.4 H p 7.4 g/l t 121 C / 15 phút B o qu n nhi t đ phịng khơng q n m 2xSSPE Pha loãng 20xSSPE 10 l n v i n cc t 10% SDS 10 g SDS / 100 ml n cc t 2xSSPE/0.1%SDS Cho 100 ml 20xSSPE vào 10 ml 10% SDS 890 ml n cc t 2xSSPE/0.5%SDS Cho 100 ml 20xSSPE vào 50 ml 10% SDS 850 ml n c c t Lu n v n th c s sinh h c Khi u Th Thúy Ng c Ph l c Trinh t oligonucleotides 1: ATAGAGGGTCGCCGGTTCTGGATCA 23: AGCATCGCTGATGCGGTCCAGCTCG 2: CCTCATAATTGGGCGACAGCTTTTG 24: CCGCCTGCTGGGTGAGACGTGCTCG 3: CCGTGCTTCCAGTGATCGCCTTCTA 25: GATCAGCGACCACCGCACCCTGTCA 4: ACGTCATACGCCGACCAATCATCAG 26: CTTCAGCACCACCATCATCCGGCGC 5: TTTTCTGACCACTTGTGCGGGATTA 27: GGATTCGTGATCTCTTCCCGCGGAT 6: CGTCGTCATTTCCGGCTTCAATTTC 28: TGCCCCGGCGTTTAGCGATCACAAC 7: GAGGAGAGCGAGTACTCGGGGCTGC 29: AAATACAGGCTCCACGACACGACCA 8: CGTGAAACCGCCCCCAGCCTCGCCG 30: GGTTGCCCCGCGCCCTTTTCCAGCC 9: ACTCGGAATCCCATGTGCTGACAGC 31: TCAGACAGGTTCGCGTCGATCAAGT 10: TCGACACCCGCTCTAGTTGACTTCC 32: GACCAAATAGGTATCGGCGTGTTCA 11: GTGAGCAACGGCGGCGGCAACCTGG 33: GACATGACGGCGGTGCCGCACTTGA 12: ATATCTGCTGCCCGCCCGGGGAGAT 34: AAGTCACCTCGCCCACACCGTCGAA 13: GACCATCATTGCCATTCCCTCTCCC 35: TCCGTACGCTCGAAACGCTTCCAAC 14: GGTGTGATGCGGATGGTCGGCTCGG 36: CGAAATCCAGCACCACATCCGCAGC 15: CTTGAATAACGCGCAGTGAATTTCG 37: CGCGAACTCGTCCACAGTCCCCCTT 16: CGAGTTCCCGTCAGCGTCGTAAATC 38: CGTGGATGGCGGATGCGTTGTGCGC 17: GCGCCGGCCCGCGCGGATGACTCCG 39: GACGATGGCCAGTAAATCGGCGTGG 18: CATGGACCCGGGCGAGCTGCAGATG 40: CGCCATCTGTGCCTCATACAGGTCC 19: TAACTGGCTTGGCGCTGATCCTGGT 41: GGAGCTTTCCGGCTTCTATCAGGTA 20: TTGACCTCGCCAGGAGAGAAGATCA 42: ATGGTGGGACATGGACGAGCGCGAC 21: TCGATGTCGATGTCCCAATCGTCGA 43: CGCAGAATCGCACCGGGTGCGGGAG 22: ACCGCAGACGGCACGATTGAGACAA Lu n v n th c s sinh h c Khi u Th Thúy Ng c Ph l c Hình nh phim Spoligotyping ... u lai, so sánh phân lo i ki u gen M .tuberculosis Xác đ nh phân b M .tuberculosis ki u gen Beijing Phân tích m i liên quan gi a ki u gen Beijing tính kháng thu c lao Hình 16 S đ nghiên c u 32 Lu... b M .tuberculosis ki u gen Beijing phân l p t c hai 49 nhóm b nh nhân lao ph i AFB (+) theo nhóm tu i Hình 26 T l phân b m i liên quan đ n tính kháng thu c lao c a M .tuberculosis ki u gen Beijing. .. xác đinh s phân b , lây lan m i liên quan c a ch ng vi khu n v i tính kháng thu c lao K t qu cho th y có m i liên quan ch t ch gi a M .tuberculosis ki u gen Beijing tính kháng thu c lao, đ c bi