Giám sát sự lưu hành của virus cúm gia cầm type

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM TRẦN ĐỨC TRỌNG GIÁM SÁT SỰ LƯU HÀNH CỦA VIRUS CÚM GIA CẦM TYPE A/H5N6 TẠI MỘT SỐ CHỢ BUÔN BÁN GIA CẦM SỐNG, PHÂN TÍCH MỘT SỐ YẾU TỐ NGUY CƠ GÂY BÙNG PHÁT DỊCH CÚM GIA CẦM TẠI TỈNH LẠNG SƠN GIAI ĐOẠN 2016-2017” Chuyên ngành: Thú y Mã số: 60 64 01 01 Người hướng dẫn khoa học: TS Trịnh Đình Thâu PGS.TS Tơ Long Thành NHÀ XUẤT BẢN ĐẠI HỌC NƠNG NGHIỆP - 2017 LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu khoa học riêng Các số liệu, kết nêu luận văn trung thực, xác chưa cơng bố cơng trình khác Tôi xin cam đoan giúp đỡ thực luận án cảm ơn thông tin trích dẫn luận án rõ nguồn gốc Hà Nội, ngày tháng 04 năm 2017 Tác giả luận văn Trần Đức Trọng i LỜI CẢM ƠN Tôi xin chân thành cảm ơn Học viện Nông nghiệp Việt Nam, Ban Quản lý đào tạo, Khoa Thú y quan tâm tạo điều kiện thuận lợi cho trình học tập thực đề tài Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới TS Trịnh Đình Thâu, PGS TS Tơ Long Thành người tận tình giúp đỡ hướng dẫn tơi q trình nghiên cứu hồn thành luận văn Tôi xin cảm ơn thầy, cô giáo môn Giải phẫu - Tổ chức, khoa Thú y, Học viện Nơng nghiệp Việt Nam nhiệt tình giúp đỡ tơi q trình hồn thành luận văn Tôi xin chân thành cảm ơn giúp đỡ tạo điều kiện Ban lãnh đạo Cơ quan Thú y vùng II, tập thể cán bộ, công nhân viên Phịng Dịch tễ, Trạm Chẩn đốn xét nghiệm bệnh động vật - Cơ quan Thú y vùng II; Phòng Dịch tễ Cục Thú y; Chi cục thú y tỉnh Lạng Sơn tạo điều kiện tốt giúp đỡ suốt thời gian nghiên cứu Nhân dịp này, tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc đến gia đình, người thân, bạn bè, người tạo điều kiện, động viên, giúp đỡ q trình học tập, nghiên cứu hồn thành luận văn Hà Nội, ngày tháng 04 năm 2017 Tác giả luận văn Trần Đức Trọng ii MỤC LỤC Lời cam đoan i Lời cảm ơn ii Mục lục iii Danh mục chữ viết tắt vi Danh mục bảng vii Danh mục hình viii Trích yếu luận văn ix Thesis abstract xi Phần Mở đầu 1.1 Đặt vấn đề 1.2 Mục tiêu đề tai 1.3 Ý nghĩa khoa học đề tài Phần Tổng quan tài liệu 2.1 Khái niệm bệnh cúm gia cầm 2.2 Tình hình bệnh cúm gia cầm giới 2.2.1 Tình hình chung 2.2.2 Tình hình dịch cúm H5N6 giới 2.2.3 Tình hình dịch cúm H7N9 giới 2.3 Tình hình bệnh cúm gia cầm Việt Nam 2.3.1 Tình hình chung 2.3.2 Tình hình bệnh cúm gia cầm H5N6 10 2.4 Căn bệnh 12 2.4.1 Đặc điểm sinh học phân tử virus cúm gia cầm 12 2.4.2 Kháng nguyên virus cúm gia cầm 14 2.4.3 Tính thích ứng đa vật chủ virus cúm 17 2.4.4 Cơ chế xâm nhiễm gây bệnh virus cúm A tế bào vật chủ 17 2.4.5 Độc lực khả gây bệnh virus cúm gia cầm 19 2.4.6 Triệu chứng 19 2.4.7 Bệnh tích 19 2.4.8 Chẩn đoán bệnh 20 iii 2.5 Hoạt động giám sát cúm gia cầm Việt Nam 21 2.5.1 Kết giám sát 21 2.5.2 Kết phân tích virus cúm gia cầm Việt Nam 22 2.6 Công tác phòng, chống bệnh cúm gia cầm 22 2.7 Nguyên lý kỹ thuật realtime PCR 23 2.8 Yếu tố nguy 25 2.8.1 Khái niệm 25 2.8.2 Phương pháp xác định yếu tố nguy 25 2.8.3 Tỷ số chênh OR (Odds Ratio) nghiên cứu (điều tra) hồi cứu 25 2.8.4 Lựa chọn đối chứng 26 Phần Nội dung phương pháp nghiên cứu 27 3.1 Đối tượng nghiên cứu 27 3.2 Nội dung nghiên cứu 27 3.2.1 Tình hình chăn ni gia cầm tỉnh Lạng Sơn, giai đoạn 2010-2016 27 3.2.2 Tình hình dịch cúm gia cầm Lạng Sơn, giai đoạn 2011-2017 27 3.2.3 Nghiên cứu bệnh chứng để xác định yếu tố nguy làm phát sinh dịch cúm gia cầm 27 3.2.4 Nghiên cứu lưu hành virus cúm A/H5N6 chợ gia cầm sống 27 3.3 Phương pháp nghiên cứu 28 3.3.1 Phương pháp nghiên cứu dịch tễ học hồi cứu 28 3.3.2 Phương pháp nghiên cứu bệnh chứng (case - control study) để xác định yếu tố nguy làm phát sinh dịch cúm gia cầm 28 3.3.3 Phương pháp Nghiên cứu lưu hành virus cúm A/H5N6 chợ gia cầm sống kỹ thuật chẩn đoán bệnh cúm gia cầm phịng thí nghiệm kỹ thuật PCR (polymerase chain reaction) 33 Phần Kết thảo luận 36 4.1 Tình hình chăn ni gia cầm tỉnh Lạng Sơn từ năm 2010 -2016 36 4.2 Tình hình dịch cúm gia cầm lạng sơn từ năm 2011- 2017 40 4.3 Phân tích số yếu tố nguy gây bùng phát dịch cúm gia cầm 43 4.3.1 Phân tích yếu tố nguy nuôi hỗn hợp nhiều loại gia cầm 43 4.3.2 Phân tích yếu tố vệ sinh khử trùng chuồng trại hóa chất 44 4.3.3 Phân tích yếu tố nguy trại chăn nuôi gần chợ buôn bán gia cầm sống 45 iv 4.3.4 Phân tích yếu tố nguy khơng áp dụng tiêm phòng 45 4.3.5 Kết phân tích yếu tố nguy giết mổ gia cầm gần khu vực chăn nuôi 46 4.4 Kết giám sát virus cúm a/h5n6 chợ gia cầm sống địa bàn tỉnh Lạng Sơn 47 4.4.1 Kết lấy mẫu chợ 47 4.4.2 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A mẫu bệnh phẩm 49 4.4.3 Tỷ lệ nhiễm virus cúm subtype H5 mẫu bệnh phẩm 50 4.4.4 Tỷ lệ nhiễm virus cúm subtype N6 mẫu giám sát 52 4.4.5 Lưu hành virus cúm A/H5N6 qua vòng lấy mẫu 53 4.4.6 Lưu hành virus cúm A/H5N6 chợ lấy mẫu 55 Phần Kết luận đề nghị 58 5.1 Kết luận 58 5.2 Đề nghị 58 Tài liệu tham khảo 59 Phụ lục 64 v DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Từ viết tắt Dịch nghĩa AI Avian Influenza BNNPTNT Bộ Nông nghiệp Phát triển nông thôn CDC Centers for Disease Control and Prevention Cs Cộng Ct Cycle of threshold DNA Acid Deoxyribo Nucleic FAO Food and Agriculture Organization GP Glycoprotein GDP Gross Domestic Product (Tổng thu3 nhập quốc nội) HA Hemagglutination HEF Hemagglutinin Esterase Fusion HI Hemagglutination Inhibition HPAI Highly pathogenic avian influenza LPAI Low pathogenic avian influenza M Matrix NA Neuraminidase OIE Office International des Epizooties PB1 Polymerase basic protein PB2 Polymerase basic protein PBS Phosphate Buffered Saline PCR Polymerase Chain Reaction RNA Ribonucleic Acid RNP Ribonucleoprotein Tp Thành phố USAID United States Agency for International Development VAHIP WHO Viet Nam Avian and Human Influenza Control and Preparedness Project World Health Organization vi DANH MỤC BẢNG Bảng 2.1 Tình hình dịch cúm gia cầm giới giai đoạn 2004 - 2017 Bảng 2.2 Tóm tắt chủng virus cúm gia cầm Việt Nam, 2003 - 2016 22 Bảng 3.1 Số lượng phiếu điều tra nghiên cứu bệnh chứng 31 Bảng 4.1 Bảng so sánh mật độ chăn nuôi gia cầm Lạng Sơn với số tỉnh 37 Bảng 4.2 Bảng so sánh mật độ chăn nuôi gia cầm huyện tỉnh Lạng Sơn 38 Bảng 4.3 Tình hình dịch bệnh tỉnh Lạng Sơn giai đoạn 2011-2017 41 Bảng 4.4 Kết phân tích yếu tố nguy nuôi hỗn hợp nhiều loại gia cầm 43 Bảng 4.5 Kết phân tích vệ sinh khử trùng chuồng trại định kỳ hàng tuần 44 Bảng 4.6 Kết phân tích yếu tố nguy trại chăn ni gần chợ buôn bán gia cầm sống 45 Bảng 4.7 Kết phân tích yếu tố nguy khơng áp dụng tiêm phịng chăn ni gia cầm 46 Bảng 4.8 Kết phân tích yếu tố nguy giết mổ gia cầm gần khu vực chăn nuôi 46 Bảng 4.9 Kết lấy mẫu chợ 48 Bảng 4.10 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A loại mẫu 49 Bảng 4.11 Tỷ lệ nhiễm virus cúm Subtype H5 loại mẫu 50 Bảng 4.12 Tỷ lệ nhiễm virus cúm Subtype N6 loại mẫu 52 Bảng 4.13 Lưu hành virus cúm A/H5N6 qua tháng lấy mẫu 54 Bảng 4.14 Tỷ lệ nhiễm virus cúm A chợ lấy mẫu 56 Bảng 4.15 Tỷ lệ nhiễm virus cúm Subtype H5 chợ lấy mẫu 56 Bảng 4.16 Tỷ lệ nhiễm virus cúm Subtype N6 chợ lấy mẫu 57 vii DANH MỤC HÌNH Hình 2.1 Lịch sử đại dịch cúm người (Phạm Thành Long, 2016) Hình 2.2 Tình hình dịch cúm gia cầm giới giai đoạn 2004 – 2017 (cập nhật 04/04/2017) Hình 2.3 Tình hình bệnh cúm H5N1 người giai đoan 2003 - 2016 Hình 2.4 Bản đồ dịch cúm gia cầm năm 2015 – 2016 11 Hình 2.5 Cấu trúc bên ngồi virus cúm gia cầm 13 Hình 2.6 Cấu trúc hệ gen virus cúm type A 13 Hình 2.7 Mơ hình chế xâm nhiễm nhân lên virus cúm A tế bào chủ 18 Hình 2.8 Sơ đồ chế hoạt động Taqman probe 24 Hình 3.1 Lấy mẫu ngẫu nhiên phần mềm Epcals 2000 29 Hình 3.2 Lấy mẫu ngẫu nhiên phần mềm Epcals 2000 30 Hình 3.3 Lấy mẫu ngẫu nhiên phần mềm Epcals 2000 31 Hình 3.4 Dùng phần mềm Epicals 2000 tính tỷ suất chênh (OR) P-value 33 Hình 3.5 Sơ đồ quy trình xét nghiệm phát virus cúm A/H5N6 35 Hình 4.1 đồ tỉnh Lạng Sơn 36 Hình 4.2 Biểu đồ so sánh mật độ chăn nuôi gia cầm Lạng Sơn với số tỉnh 37 Hình 4.3 Biểu đồ so sánh tỷ lệ chăn nuôi gia cầm huyện tỉnh Lạng Sơn 39 Hình 4.4 Biểu đồ so sánh mật độ chăn nuôi gia cầm huyện tỉnh Lạng Sơn 39 Hình 4.5 Hình thể dịch cúm gia cầm Lang Sơn theo thời gian 41 Hình 4.6 Bản đồ tình hình dịch cúm gia cầm Lạng Sơn giai đoạn 2011-2017 42 Hình 4.7 Bản đồ thể Các chợ buôn bán gia cầm sống lấy mẫu theo không gian 47 Hình 4.8 So sánh tỷ lệ mắc cúm A loại mẫu 50 Hình 4.9 Biểu đồ so sánh tỷ lệ nhiễm cúm Subtype H5 loại mẫu 51 Hình 4.10 Biểu đồ so sánh tỷ lệ nhiễm cúm Subtype N6 loại mẫu 52 Hình 4.11 Lưu hành virus cúm A/H5N6 qua tháng lấy mẫu 54 Hình 4.12 Lưu hành virus cúm A/H5N6 chợ lấy mẫu 55 Hình 4.13 Lưu hành virus cúm A/H5 chợ giám sát 56 Hình 4.14 Lưu hành virus cúm A/N6 chợ giám sát 57 viii TRÍCH YẾU LUẬN VĂN Tên tác giả: Trần Đức Trọng Tên luận văn: “Giám sát lưu hành virus cúm gia cầm type A/H5N6 số chợ buôn bán gia cầm sống, phân tích số yếu tố nguy gây bùng phát dịch cúm gia cầm tỉnh Lạng Sơn giai đoạn 2016-2017” Chuyên ngành: Thú y Mã số: 60 64 01 01 Cơ sở đào tạo: Học viện Nơng nghiệp Việt Nam Mục đích nghiên cứu Xác định lưu hành chủng virus cúm gia cầm A/H5N6, xác định số yếu tố nguy gây bùng phát dịch địa bàn tỉnh nghiên cứu nhằm cảnh báo sớm dịch cúm gia cầm điều chỉnh biện pháp phòng, chống dịch cho phù hợp Phương pháp nghiên cứu Sử dụng phương pháp dịch tễ học mơ tả, dịch tễ học phân tích điều tra tình hình chăn ni gia cầm, tình hình dịch cúm gia cầm tỉnh giai đoạn từ năm 2010 đến năm 2017 Sử dụng nghiên cứu Bệnh-chứng để xác định số yếu tố nguy gây bùng phát dịch cúm Sử dụng quy trình Hướng dẫn giám sát ban hành Cục thú y để xét nghiệm lưu hành virus cúm A/H5N6 mẫu giám sát thu Kết nghiên cứu Tình hình chăn nuôi gia cầm huyện từ 2010 đến 2016 Tình hình dịch cúm gia cầm huyện từ 2011 đến 2017 Kết đánh giá số yếu tố nguy gây bùng phát dịch bệnh Nghiên cứu tỷ lệ nhiễm virus cúm type A mẫu giám sát Nghiên cứu tỷ lệ nhiễm virus cúm subtype H5 mẫu giám sát Nghiên cứu tỷ lệ nhiễm virus cúm subtype N6 mẫu giám sát Nghiên cứu lưu hành virus cúm A/H5N6 qua vòng lấy mẫu Nghiên cứu lưu hành virus cúm A/H5N6 chợ lấy mẫu Kết luận Qua nghiên cứu, điều tra để xác định yếu tố nguy gây bùng phát dịch: Yếu tố Chăn nuôi hỗn hợp, Yếu tố khơng áp dụng tiêm phịng, Yếu tố Giết mổ gia cầm khu chăn nuôi, Yếu tố không vệ sinh khử trùng định kỳ, Yếu tố chăn nuôi gần chợ gia cầm ix Bảng 4.14 Tỷ lệ nhiễm virus cúm A chợ lấy mẫu STT Chợ Số mẫu Kết XN XN Số mẫu + Tỷ lệ (%) Đồng Đăng Thất Khê 108 108 35 32.4 8.3 23.7 3.9 42.1 15.2 Hội Hoan Na Dương 108 108 47 38 43.5 35.2 34 26.2 53.4 45 432 129 29.9 25.6 34.4 Tổng 95%CI Tương tự subtype H5 chợ Hội Hoan có tỷ lệ mắc cao 15.7% tiếp đến chợ Đồng Đăng 6.5 % chợ có tỷ lệ thấp chợ Na Dương thất khê 2.8% 1.9% Chợ Na Dương có tỷ lệ Dương tính với type A cao (35.2%) lại có tỷ lệ dương tính với H5 thấp (Hình 4.13 bảng 4.15) Hình 4.13 Lưu hành virus cúm A/H5 chợ giám sát Bảng 4.15 Tỷ lệ nhiễm virus cúm Subtype H5 chợ lấy mẫu STT Chợ Số mẫu Kết XN XN Số mẫu + Tỷ lệ (%) Đồng Đăng Thất Khê 108 108 6.5 1.9 2.6 0.2 12.9 6.5 Hội Hoan Na Dương 108 108 17 15.7 2.8 9.4 0.6 24 7.9 432 29 6.7 4.5 9.5 Tổng 56 95%CI Đối với lưu hành subtype N6 chợ Thất khê khơng phát thấy lưu hành Còn cao chợ Hội Hoan chiếm tỷ lệ 12 %(Bảng 4.16 Hình 4.14) Hình 4.14 Lưu hành virus cúm A/N6 chợ giám sát Bảng 4.16 Tỷ lệ nhiễm virus cúm Subtype N6 chợ lấy mẫu STT Chợ Số mẫu XN Đồng Đăng Kết XN Số mẫu + Tỷ lệ (%) 108 4.6 1.5 10.5 Thất Khê 108 0 0 Hội Hoan 108 13 12 6.6 19.7 Na Dương 108 0.9 5.1 432 19 4.4 2.7 6.8 Tổng 95%CI Như so sánh tỷ lệ nhiễm vi rus H5N6 chợ Ta thấy chợ Thất khê chưa có lưu hành chủng H5N6 có dương tính với type A/H5; 100/100 chợ có nhiễm vi rus type A/H5 Trong chợ chợ Hội Hoan chợ có tỷ lệ nhiễm H5N6 cao so với chợ giám sát chiếm 12% 57 PHẦN KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 5.1 KẾT LUẬN Sau thực xong đề tài này, rút số kết luận sau: Tổng đàn gia cầm Lạng Sơn khoảng 3.8-4.4 Triệu con, ổn định giai đoạn 2011-2017; với mật độ chăn nuôi mức thấp 491 con/Km2 (mức trung bình nước 1096 con/Km2, địa bàn tỉnh chủ yếu chăn nuôi nơng hộ, gia trại, có trang trại chăn nuôi lớn Trong giai đoạn 2010 – 2016, địa bàn tỉnh xảy 17 ổ dịch 8/11 huyện làm chết tiêu hủy 9.568 gia cầm loại giai đoạn từ 2011-2014 lưu hành chủng H5N1; giai đoạn 2014-2016 lưu hành chủng H5N6 Và từ đầu năm 2017 đến không xuất ổ dịch cúm gia cầm Yếu tố Chăn nuôi hỗn hợp, yếu tố không áp dụng tiêm phòng, yếu tố Giết mổ gia cầm khu chăn nuôi, yếu tố không vệ sinh khử trùng định kỳ, yếu tố chăn nuôi gần chợ gia cầm sống yếu tố làm tăng nguy gây bùng phát dịch Tỷ lệ dương tính với virus cúm A địa bàn tỉnh Lạng Sơn giai đoạn 2016-2017 29.86% Tỷ lệ dương tính với virus cúm subtype H5 địa bàn tỉnh Lạng Sơn giai đoạn 2016-2017 6,71% Tỷ lệ dương tính với virus cúm subtype N6 địa bàn tỉnh Lạng Sơn giai đoạn 2016-2017 4.4% 5.2 ĐỀ NGHỊ Tiếp tục tiến hành chương trình giám sát lưu hành virus cúm gia cầm type A/H5N6 đàn gia cầm chợ địa bàn Lạng Sơn tỉnh có đường biên giới với Trung Quốc Tiếp tục nghiên cứu với Subtype H khác (những mẫu xét nghiệm Dương tính với Cúm A âm tính với H5) Các mẫu Dương tính H5N6 tiếp tục nghiên cứu sâu Đặc điểm sinh học phân tử, đột biến gen Trong chăn nuôi trọng đến công tác vệ sinh tiêu độc khử trùng, không nuôi hỗn hợp gia cầm, tiêm phịng định kỳ, khơng giết mổ gia cầm khu chăn nuôi để giảm thiểu nguy gây dịch cúm gia cầm 58 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu nước: Bùi Quang Anh (2005) Báo cáo dịch cúm gia cầm, Hội nghị kiểm soát dịch cúm gia cầm khu vực châu Á FAO, OIE tổ chức, từ 23 – 25 tháng năm 2005, thành phố Hồ Chí Minh Bộ Nơng nghiệp & Phát triển nông thôn, Bộ Y tế (2013) Hướng dẫn phối hợp phòng, chống bệnh lây truyền từ động vật sang người, Thông tư liên tịch 16/2013/TTLT-BYT-BNNPTNT, Hà Nôi Bộ Nông nghiệp & Phát triển nông thôn (2014) Ban hành Kế hoạch hành động ứng phó khẩn cấp với chủng virus cúm nguy hiểm có khả lây lan sang người, Quyết định số 210/QĐ-BNN-TY, Hà Nội Bộ Nông nghiệp & Phát triển nông thôn (2016) Quy định vể phòng, chống dịch bệnh động vật cạn, Thông tư số 07/2016/TT-BNN, Hà Nội Cơ quan Thú y vùng II (2016) Hội nghị giao ban công tác thú y vùng tả ngạn Sông Hồng tháng đầu năm 2016, Thái Bình Cục Thú y (2014) Báo cáo công tác thú y năm 2014, Hà Nội Cục Thú y (2015) Hướng dẫn giám sát cúm gia cầm chợ năm 2015, Hà Nội Cục Thú y (2015) Báo cáo công tác thú y năm 2015, Hả Nội Cục Thú y (2016) Thông báo lưu hành virus LMLM, cúm gia cầm, tai xanh hướng dẫn sử dụng vac xin năm 2016, Hà Nội 10 Cục Thú y (2016) Báo cáo sơ kết tháng đầu năm 2016, Hà Nội 11 Lê Thanh Hịa (2004) Họ Orthomyxoviridae nhóm virus cúm A gây bệnh người gà, Viện khoa học công nghệ 12 Lê Thanh Hoà, Đinh Duy Kháng Lê Trần Bình (2006) Sinh học phân tử virus cúm A/H5N1 quan hệ lây nhiễm tự nhiên Y – Sinh học phân tử, I (chủ biên: Lê Thanh Hòa) NXB Y học, Hà Nội, tr 29-48 13 Lê Văn Năm (2004) Bệnh cúm gia cầm Tạp chí Khoa học kỹ thuật Thú y 11 (1) tr 81–86 14 Nguyễn Bá Hiên, Phạm Sĩ Lăng, Nguyễn Thị Lan, Nguyễn Tùng, Đỗ Ngọc Thúy, Huỳnh Thị Mỹ Lệ, Trịnh Đình Thâu, Trần Quang Vui, Lê Văn Phan, Phạm Đức Phúc, Phạm Thị Mỹ Dung (2014) Bệnh cúm người động vật Nhà xuất Nông nghiệp 59 15 Nguyễn Huy Đăng (2014) Giám sát lưu hành virus cúm A/H5N1 gia cầm chợ đầu mối địa bàn thành phố Hà Nội Khoa học kỹ thuật Thú y 21 (1) tr.20-24 16 Nguyễn Ngọc Tiến (2013) Tình hình dịch cúm gia cầm giai đoạn 2008-2012 biện pháp phịng chống Tạp chí khoa học kỹ thuật Thú y 20 (01).tr 82-90 17 Nguyễn Tiến Dũng (2004) Bệnh cúm gia cầm, hội thảo số biện pháp khôi phục đàn gia cầm sau dập dịch Hà Nội, 5-9 18 Nguyễn Tiến Dũng (2005) Giám sát bệnh cúm gia cầm Thái Bình Tạp chí khoa học kỹ thuật Thú y 12 (2) tr 6-12 19 Nguyễn Tiến Dũng (2005) Giám sát tình trạng nhiễm virus cúm gia cầm đồng sông Cửu Long cuối năm 2004 Tạp chí khoa học kỹ thuật Thú y 12 (3).tr.13-18 20 Phạm Sỹ Lăng (2004) Diễn biến bệnh cúm gà giới Hội thảo số biện pháp khôi phục đàn gia cầm sau dập dịch, Hà Nội, 33-38” 21 Phạm Thành Long (2016) Kết giám sát lưu hành virus cúm gia cầm chợ giai đoạn 2015 – 2016 Tập huấn giám sát lấy mẫu cúm gia cầm, cúm lợn, Thành phố Hải Phòng 22 Phạm Thành Long (2016) Tình hình dịch cúm gia cầm Việt Nam Tập huấn giám sát lấy mẫu cúm gia cầm, cúm lợn, Thành phố Hải Phòng 23 Tô Long Thành (2004) Thông tin cập nhật tái xuất bệnh cúm gia cầm nước Châu Á Tạp chí khoa học kỹ thuật Thú y 11 (04) tr 87-93 Tài liệu nước ngoài: Alexander D.J (1993) Orthomyxovirus Infections In Viral Inffections of Vertebrates, Volume 3: Viral Infections of Birds McFerran J.B & McNulty M.S., eds Horzinek M.C., Series editor Elserviers, Amsterdam, the Netherlands pp 287 – 316 Aoki F Y., G Boivin and N Roberts (2007) Influenza virus susceptibility and resistance to oseltamivir Antivir Ther Vol 12(4B) pp 603-16 Baigent S J and J W Mc Cauley (2001) Glycosylation of haemagglutinin and stalk-length of neuraminidase combine to regulate the growth of avian influenza viruses in tissue culture Virus Res Vol 79(1-2) pp 177-185 Basler CF (2007) Influenza viruses: basic biology and potential drug targets Infect Disord Drug Targets Vol 7(4) pp 282-293 Review 60 Beard C W (1998) Avian Influenza In Foreign Animal Disease, United States Animal Health Association pp 71-80 Bender C., H Hall, J Huang, A Klimov, N Cox, A Hay, V Gregory, K Cameron, W Lim and K Subbarao (1999) Characterization of the surface proteins of influenza A (H5N1) viruses isolated from humans in1997– 1998 Vol 254 pp 115-123 Bosch F.X., W Garten, H.D Klenk and R Rott (1981) Proteolytic cleavage of influenza virus hemagglutininss; primary structure of the connecting peptide between HA1 and HA2 determines proteolytic cleavability and pathogenicity of avian influenza viruses Vol 113 pp 725-735 Chen H., G J D Smith, K S Li, J Wang, X H Fan, J M Rayner, D Vijaykrishna, J X Zhang, L J Zhang, C T Guo, C L Cheung, K M Xu, L Duan, K Huang, K Qin, Y H C Leung, W L Wu, H R Lu, Y Chen, S Xia, T S P Naipospos, K Y Yuen, S S Hassan, S Bahri, T D Nguyen, R G Webster, J S M Peiris and Y Guan (2006) Establishment of multiple sublineages of H5N1 influenza virus in Asia: Implications for pandemic control Proc Natl Acad Sci USA Vol 103(8) pp 2845-2850 Conenello G.M., D Zamazin, L.A Perrone, T Tumpey and P Palese (2007) A single mutation in the PB1-F2 of H5N1 (HK/97) and 1918 influenza A viruses contributes to increased virulence PloS Pathog Vol 3(10): 1414-1421 10 De Wit E and R.A Foichier (2008) Emerging influenza J Clin Virol Vol 41 (1) pp 1-6 11 Gambotto A., S.M Barratt-Boyes, M.D Jong, G Neumann and Y Kawaoka (2008) Human infection with highly pathogenic H5N1 influenza virus Lancet Vol 731 (9622) pp 1464-1475 Review 12 Ito T., J.N Couceiro, S Kelm, L.G Baum, S Krauss, M.R Castrucci, I Donatelli, H Kida, J.C Paulson, R.G Wobster and Y Kawaoka (1998) Molecular basis for the generation in pigs of influaenza A viruses with pandemic potential Vol 72 pp 7367-7373 13 Keawcharoen J., A Amonsin, K Oraveerakul, S Wattanodorn, T Papravasit, S Karnda, K Lekakul, R Pattanarangsan, S Noppornpanth, R.A Fouchier, A.D Osterhaus, S Payungporn, A Theamboonlers and Y Poovorawan (2005) Characterization of the hemagglutinin and neuraminidase genes of recent influenza virusisolates from different avian species in Thailand Vol 49(4) 61 14 Luong G and P Palese (1992) Genetic analysis of influenza virus Curr Opinion Gen Develop Vol pp 77-81 15 Murphy B.R and Webster (1996) Orthomyxoviruses, In Fields B.N., Knipe D.M., Howley P.M, (eds.) Fields Virology, 3rd ed, Lippincott-Raven Publishers, Philadelphia pp 1397-1445 16 Suarez D.L and S Schultz-Cherry (2000) Immunology of avianinfluenza virus: a review Dev Comp Immunol Vol 24(2-3) pp 269-283 17 Subbarao K., A Klimov, J Katz, H Regnery, W Lim and H Hall (1998) Charavterization of an avian influenza A (H5N1) viruses isolatedfrom a child with a fatal respiratory illness Vol 279 pp 393-396 18 Taubenberger J.K (1997) Initial genetic characterization of the 1918 "Spanish" influenza virus Science Vol 275 pp 1793-6 19 Tumpey T.M., D.L Suarez, L.E Perkins, D.A Senne, Y.J Lee, I.P Mo, H.W Sung and D.E Swayne (2002) Characterization of a highly pathogenic H5N1 avian influenza A virus isolated from duck meat J Virol 76,6344-6355 20 Uiprasertkul M., R Kitphati, P Puthavathana, R Kriwong, A Kongchanagul, K Ungchusak, S Angkasekwinai, K Chokephaibulkit, K Srisook, N Vanprapar and P Auewarakul (2007) Apoptosis and pathogensis of avian influenza A (H5N1) viruses in humans Emerg Infect Dis Vol 13(5): 708-712 21 Valleron A.J., A Cori, S Valtat, S Meurisse, F Carrat and P.Y Boëlle (May 2010) Transmissibility and geographic spread of the 1889 influenza pandemic" Proc Natl Acad Sci U.S.A 107 (19): 8778–81 Bibcode:2010PNAS 107.8778V doi:10.1073/pnas.1000886107 PMC 2889325 PMID 20421481 22 Wangner R., M Matrosovich and H Klenk (2002) Functional balance between haemagglutinin and neuraminidase in fluenza virus infections Vol 12(3) pp 159-166 23 Wasilenko J.L., C.W Lee, L Sarmento, E Spackman, D.R Kapczynski, D.L Suarez and M.J Pantin-Jackwood (2008) NP, PB1 and PB2 viral genes contribute to altered replication of H5N1 avian influenza viruses in chickens Vol 82(9) pp 4544-4553 24 Webster R G., Y Guan, M Peiris, D Walker, S Krauss, N N Zhou, E A Govorkova, T M Ellis, K C Dyrting, T Sit, D R Perez and K F Shortridge (2002) Characterization of H5N1 influenza viruses that continue to circulate in geese in southeastern China Vol 76(1) pp 118-126 62 25 Wu W L., Y Chen, P Wang, W Song, S Y Lau, J M Rayner, G J Smith, R G Webster, J S Peiris, T Lin, N Xia, Y Guan and H Chen (2008) Antigenic profile of avian H5N1 viruses in Asia from 2002 to 2007 Vol 82(4) pp 1798-17807 26 Zhao Z.M., K.F Shortridge, M Garci, Y Guan and X.F Wan (2008) Genotypic diversity of H5N1 highly pathogenic avian influenza viruses Vol 89(9) pp 2182-2193 Tài liệu Internet: http://www.cucthuy.gov.vn http://www.vncdc.gov.vn http://www.wpro.who.int/emerging_diseases http://www.oie.int/en/animal-health-in-the-world/update-on-avianinfluenza/2016/ http://www.micro.magnet.fsu.edu/cells/viruses/influenzavirus.html 63 PHỤ LỤC MỘT SỐ HÌNH ẢNH TRONG QUÁ TRÌNH THỰC HIỆN ĐỀ TÀI Lấy mẫu Swab hầu họng gia cầm chợ Gia cầm sống Lấy mẫu phân gà chợ gia cầm sống Lấy mẫu nước thải chợ gia cầm sống 64 Vô tex đồng mẫu Mã hóa, Xử lý mẫu Chiết tách ARN máy tự động Chuẩn bị Master mix cho phản ứng RT_PCR Kết dương tính với vi rus cúm Chạy máy RT_PCR gia cầm 65 PHỤ LỤC 2: TỔNG ĐÀN GIA CẦM CỦA TỈNH LẠNG SƠN 2010-2016 Năm 2010 2011 2012 Tỉnh Gia cầm Gà Vịt Tp Lạng Sơn 102.097 12.627 1.525 116.249 Tràng Định 336.256 61.160 9.800 407.216 Bình Gia 220.678 34.500 2.682 257.860 Văn Lãng 232.450 35.900 3.200 271.550 Cao Lộc 264.090 89.780 9.854 363.724 Văn Quan 315.351 43.970 11.050 370.371 Bắc Sơn 372.187 61.400 14.500 448.087 Hữu Lũng 681.560 54.600 3.200 739.360 Chi Lăng 305.659 36.989 1.465 344.113 Lộc Bình 325.578 92.912 12.625 431.115 Đình Lập 82.089 13.980 985 97.054 Toàn tỉnh 3.237.995 537.818 70.886 3.846.699 Tp Lạng Sơn 100.245 14.729 1.300 116.274 Tràng Định 349.124 63.410 9.500 422.034 Bình Gia 253.499 33.500 2.400 289.399 Văn Lãng 225.421 35.300 2.980 263.701 Cao Lộc 267.500 89.850 11.350 368.700 Văn Quan 320.195 44.490 10.568 375.253 Bắc Sơn 280.324 44.250 15.850 340.424 Hữu Lũng 907.415 65.070 3.150 975.635 Chi Lăng 285.156 37.901 1.500 324.557 Lộc Bình 271.455 78.180 11.456 361.091 Đình Lập 83.620 109.939 750 194.309 Tồn tỉnh 3.343.954 616.619 70.804 4.031.377 Tp Lạng Sơn 101.895 14.711 1.100 117.706 Tràng Định 326.543 88.460 8.750 423.753 Bình Gia 287.241 28.100 2.650 317.991 Văn Lãng 225.000 37.183 2.877 265.060 Cao Lộc 290.450 89.740 12.450 392.640 Văn Quan 285.452 51.550 13.588 350.590 Bắc Sơn 265.100 30.363 14.687 310.150 66 khác Cộng Năm 2013 2014 2015 Gà Vịt Gia cầm khác Cộng Hữu Lũng 632.455 94.730 4.500 731.685 Chi Lăng 262.300 38.460 1.000 301.760 Lộc Bình 270.154 82.520 13.960 366.634 Đình Lập 75.450 10.524 1.050 87.024 Toàn tỉnh 3.022.040 566.341 76.612 3.664.993 Tp Lạng Sơn 107.241 16.394 950 124.585 Tràng Định 343.330 93.524 7.850 444.704 Bình Gia 298.550 29.597 3.200 331.347 Văn Lãng 236.685 39.817 1.500 278.002 Cao Lộc 305.420 94.715 12.500 412.635 Văn Quan 303.150 52.658 14.350 370.158 Bắc Sơn 280.645 31.430 15.874 327.949 Hữu Lũng 766.300 102.934 4.500 873.734 Chi Lăng 276.822 40.614 1.200 318.636 Lộc Bình 284.620 89.134 11.650 385.404 Đình Lập 77.450 11.023 1.215 89.688 Tồn tỉnh 3.280.213 601.840 74.789 3.956.842 Tp Lạng Sơn 100.115 9.567 1.550 111.232 Tràng Định 389.450 80.946 10.085 480.481 Bình Gia 339.244 31.148 4.200 374.592 Văn Lãng 246.450 42.498 2.150 291.098 Cao Lộc 309.950 74.061 15.420 399.431 Văn Quan 311.000 48.661 15.860 375.521 Bắc Sơn 305.980 35.460 17.850 359.290 Hữu Lũng 665.420 85.744 6.350 757.514 Chi Lăng 321.966 50.023 2.186 374.175 Lộc Bình 308.752 74.000 13.975 396.727 Đình Lập 81.000 12.280 1.755 95.035 Toàn tỉnh 3.379.327 544.388 91.381 4.015.096 Tp Lạng Sơn 110.540 10.448 1.550 122.538 Tràng Định 425.680 95.900 9.800 531.380 Bình Gia 370.354 37.449 4.100 411.903 Văn Lãng 268.456 52.887 2.000 323.343 Cao Lộc 336.158 86.975 16.390 439.523 Tỉnh 67 Năm 2016 Gà Vịt Gia cầm khác Cộng Văn Quan 339.750 58.157 15.500 413.407 Bắc Sơn 335.682 45.088 17.059 397.829 Hữu Lũng 726.100 103.059 6.215 835.374 Chi Lăng 350.241 61.371 2.213 413.825 Lộc Bình 337.823 87.578 13.620 439.021 Đình Lập 89.650 15.101 1.211 105.962 Toàn tỉnh 3.690.434 654.013 89.658 4.434.105 Tp Lạng Sơn 99.540 10.438 1.450 111.428 Tràng Định 412.280 94.900 9.700 516.880 Bình Gia 335.354 37.249 4.000 376.603 Văn Lãng 218.256 51.887 2.050 272.193 Cao Lộc 326.158 84.875 15.390 426.423 Văn Quan 329.750 58.157 15.500 403.407 Bắc Sơn 310.682 43.087 16.059 369.828 Hữu Lũng 612.100 105.059 6.315 723.474 Chi Lăng 310.241 60.371 2.203 372.815 Lộc Bình 312.823 87.178 13.120 413.121 Đình Lập 82.350 12.101 1.111 95.562 Tồn tỉnh 3.349.534 645.302 86.898 4.083.634 Tỉnh 68 PHỤ LỤC 3: PHIẾU ĐIỀU TRA THỰC HIỆN ĐỀ TÀI "GIÁM SÁT SỰ LƯU HÀNH CỦA VIRUS CÚM GIA CẦM TYPE A/H5N6 TẠI MỘT SỐ CHỢ BN BÁN GIA CẦM SỐNG, PHÂN TÍCH MỘT SỐ YẾU TỐ NGUY CƠ GÂY BÙNG PHÁT DỊCH CÚM GIA CẦM TẠI TỈNH LẠNG SƠN GIAI ĐOẠN 2016-2017” I Thông tin chung - Họ tên chủ hộ (người cung cấp thông tin): ………………………………….…… …………………… - Địa chỉ: ……………….…… ……………………ĐT…………………………………… …………………….…… … - Từ năm 2014 trở lại đây, hộ có xảy cúm gia cầm khơng? có  Khơng  - Năm xảy dịch cúm gia cầm: Năm 2014  Năm 2015  Năm 2016  - Số lượng gia cầm có: Gà …………… con; Năm 2017  Vịt: …Con; Ngan: …………con; Khác …………con; II Câu hỏi Các yếu tố nguy gây bùng phát dịch cúm gia cầm Trong năm ………… lúc hộ chăn nuôi xã có (khơng có) dịch cúm gia cầm, Hộ chăn ni ơng bà lại khơng có (có ) dịch cúm gia cầm, ơng bà vui lịng trả lời số câu hỏi đánh giá yếu tố nguy sau: Ơng bà có ni hỗn hợp nhiều loại gia cầm khơng? có  khơng  Ơng (bà) có Áp dụng biện pháp vệ sinh khử trùng tiêu độc chuồng trại định kỳ không? có   khơng 69 Trại chăn ni Ơng bà có Gần Chợ Bn bán gia cầm sống khơng? Có  Khơng  Nếu Có: trại chợ ………………… Km? Ơng (bà) có áp dụng phịng bệnh cho gia cầm vắc xin cho gia cầm không? có  khơng  Nếu có, thực tiêm phòng? thú y xã  tự tiêm  Khác …………………………………………………….………… ………………… Loại vắc xin tiêm? …………………………………….…… ………………….…… …………… Thời gian tiêm phịng? …………………………………….…… ……………….…… ……………… Ơng bà có giết mổ gia cầm gần khu vực chăn nuôi ? Khơng ; có  - Khi GC bị bệnh ơng (bà) thấy biểu gì? Những hiểu biết ông bà bệnh Cúm gia cầm? ………………………………….…… ………………………………………… …………….…… ……………………………………………………….…… ……………………………………………………….…… …………………… ………………… ……… CẢM ƠN SỰ HỢP TÁC CỦA ÔNG (BÀ)./ NGƯỜI PHỎNG VẤN (Ký, ghi rõ họ tên) 70 ... tỷ lệ nhiễm virus cúm type A mẫu giám sát Nghiên cứu tỷ lệ nhiễm virus cúm subtype H5 mẫu giám sát Nghiên cứu tỷ lệ nhiễm virus cúm subtype N6 mẫu giám sát Nghiên cứu lưu hành virus cúm A/H5N6... cứu lưu hành virus cúm A/H5N6 chợ gia cầm sống - Nghiên cứu tỷ lệ nhiễm virus cúm type A mẫu giám sát - Nghiên cứu tỷ lệ nhiễm virus cúm subtype H5 mẫu giám sát - Nghiên cứu tỷ lệ nhiễm virus cúm. .. Hình 4.14 Lưu hành virus cúm A/N6 chợ giám sát 57 viii TRÍCH YẾU LUẬN VĂN Tên tác giả: Trần Đức Trọng Tên luận văn: ? ?Giám sát lưu hành virus cúm gia cầm type A/H5N6 số chợ bn bán gia cầm sống,