Xây dựng cơ sở dữ liệu về tần số allele 22 locus đa hình STR trên nhiễm sắc thể thường ở quần thể người mông tại hà giang, việt nam

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ - Trần Huyền Linh XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU VỀ TẦN SỐ ALLELE 22 LOCUS ĐA HÌNH STR TRÊN NHIỄM SẮC THỂ THƯỜNG Ở QUẦN THỂ NGƯỜI MÔNG TẠI HÀ GIANG, VIỆT NAM LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC Hà Nội - 2020 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ - Trần Huyền Linh XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU VỀ TẦN SỐ ALLELE 22 LOCUS ĐA HÌNH STR TRÊN NHIỄM SẮC THỂ THƯỜNG Ở QUẦN THỂ NGƯỜI MÔNG TẠI HÀ GIANG, VIỆT NAM Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số: BIO2018 LUẬN VĂN THẠC SĨ Công nghệ sinh học NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC PGS TS Chu Hoàng Hà Hà Nội - 2020 Lời cam đoan Tôi xin cam đoan nội dung viết luận văn tìm tịi, học hỏi nghiên cứu thân với hướng dẫn tận tình PGS TS Chu Hoàng Hà đồng nghiệp Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam Mọi kết nghiên cứu ý tưởng tác giả khác (nếu có) trích dẫn cụ thể Đề tài luận văn chưa bảo vệ hội đồng bảo vệ luận văn thạc sĩ chưa công bố phương tiện Tôi xin chịu trách nhiệm lời cam đoan Hà Nội, ngày 28 tháng năm 2020 Người cam đoan Trần Huyền Linh Lời cảm ơn Để hoàn thành Luận văn cao học này, xin bày tỏ lời cảm ơn đến PGS TS Chu Hoàng Hà trực tiếp định hướng, hướng dẫn tơi cách tận tình giúp đỡ tơi xây dựng ý tưởng để hồn thiện luận văn Tơi xin cảm ơn tập thể lãnh đạo Viện Công nghệ sinh học, lãnh đạo cán Phịng thí nghiệm Trọng điểm Công nghệ Gen – Viện Công nghệ sinh học tạo điều kiện thuận lợi cho suốt trình học tập thực nghiên cứu đề tài Tôi xin trân trọng cảm ơn ban lãnh đạo thầy cô giáo Khoa Sinh học, Học viện Khoa học Công nghệ, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam truyền đạt kiến thức giúp đỡ tơi q trình học tập thực luận văn Cuối cùng, xin bày tỏ lịng biết ơn đến gia đình, người thân, bạn bè đồng nghiệp, người động viên, tạo điều kiện cho thơi hồn thành luận văn này./ Học viên Trần Huyền Linh Danh mục ký hiệu chữ viết tắt Chữ viết tắt Nội dung ADN Deoxyribonucleic acid nt nucleotide FTA Tên riêng loại giấy thu mẫu máu NST nhiễm sắc thể STR Short tandem repeat PCR Polymerase chain reaction MP Match probability DC Discrimination capacity PE Power of Exclusion PIC Polymorphic information content PI Paternity Index RFLP Restriction Fragment Length Polymorphism ESS European Standard Set FBI Federal Bureau of Investigation VNTR Variable number of tandem repeat EH Expected Heterozygosity OH Observed Heterozygosity NJ Neighbor Joining SWGDAM Scientific Working Group on DNA Analysis Methods LD Linkage - Disequilibrium Danh mục bảng Bảng 1.1 Thông tin vị trí tốc độ đột biến số locus thường dùng theo sở liệu STRbase 15 Bảng 1.2 Thông tin vị trí trình tự đơn vị lặp locus có kit PowerPlex Fusion System theo thông tin nhà sản xuất 19 Bảng Bảng thành phần phản ứng khuếch đại 29 Bảng 3.1 Số lượng allele locus 33 Bảng 3.2 Bảng tần số allele 22 locus STR NST thường Mông, Hà Giang - Việt Nam 35 Bảng 3.3 Các allele có tần số thấp phát quần thể 41 Bảng 3.4 Kết kiểm định cân HWE phần mềm Arlequin v3.5 42 Bảng 3.5 Kết tính số EH OH locus 44 Bảng 3.6 Bảng ma trận đánh giá linkage disequilibrium locus 46 Bảng 3.7 Các số MP, PE, DC PIC locus .51 Danh mục hình vẽ, đồ thị Hình 1.1 Các locus thuộc CODIS FBI vị trí NST người Hình 1.2 Kết băng thu sau phân giải enzyme giới hạn lai Southern đại gia đình 12 Hình 1.3 Kết thu so sánh hai phương pháp sử dụng nhiều locus đơn locus dựa phương pháp RFLP 13 Hình 1.4 Hình ảnh kết điện di mao quản số locus sử dựng phương pháp PCR gắn huỳnh quang locus 13 Hình 1.5 Cơ chế sinh đột biến STR gấp đoạn trình nhân 16 Hình 1.6 Q trình xác định kích thước allele dựa ô thang chuẩn 19 Hình 1.7 Sự phân bố nhánh ngôn ngữ thuộc hệ Mông - Dao Việt Nam 24 Hình 1.8 Cây phát sinh chủng loại miêu tả mối quan hệ di truyền gần gũi quần thể người Kinh số quần thể khác 25 Hình 2.1 Bản đồ hành tỉnh Hà Giang .26 Hình 2.2 Độ dài loại dye sử dụng cho locus kit 28 Hình 2.3 Chu trình nhiệt phản ứng khuếch đại với 28 chu kỳ 29 Hình 3.1 Biểu đồ màu theo giá trị số MP locus 47 Hình 3.2 Biều đồ màu theo giá trị só PE locus 48 Hình 3.3 Biều đồ màu theo giá trị DC locus 49 Hình 3.4 Biểu đồ màu theo giá trị số PI locus 50 Hình 3.5 Hình ảnh giao diện phần mềm STR-VN version 1.0 52 Hình 3.6 Cây phát sinh chủng loại mối tương quan di truyền người Mông quần thể khác .54 MỤC LỤC MỞ ĐẦU CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU .5 1.1 Tổng quan đoạn lặp ngắn ngẫu nhiên – STR 1.1.1 Short tandem repeat – STR .5 1.1.2 Bộ kit Powerplex Fusion system sử dụng giám định 18 1.1.3 Cơ sở liệu tần số STR 21 1.1.4 Di truyền quần thể dân tộc .21 1.2 Tình hình nghiên cứu nước .24 CHƯƠNG NGUYÊN VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 26 2.1 Nguyên vật liệu 26 2.1.1 Địa điểm thu mẫu 26 2.1.2 Thu thập bảo quản 27 2.2 Phương pháp nghiên cứu 27 2.2.1 Khuếch đại đoạn gen 27 2.2.2 Tính toán tần số số pháp y 30 2.2.3 Xác định mối liên hệ quần thể người Mông Hà Giang quần thể khác 31 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 32 3.1 Kết thu mẫu khuếch đại ADN 32 3.2 Kết tính tần số locus xác định allele có tần số thấp 34 3.3 Kết phân tích thống kê 42 3.3.1 Kiểm định cân Hardy-Weinberg .42 3.3.2 Gía trị dị hợp tử mong đợi quan sát 44 3.3.3 Kiểm tra tính di truyền liên kết locus STR .45 3.4 Kết phân tích số pháp y 47 3.4.1 Chỉ số khả trùng hợp ngẫu nhiên - Match probability (MP) 47 3.4.2 Chỉ số khả loại trừ - Power of Exclusion 47 3.4.3 Chỉ số khả phân biệt – Discrimination capacity 48 3.4.4 Chỉ số đa hình - Polymorphic information content .49 3.4.5 Chỉ số Parternity index – PI 49 3.5 Các số pháp y đánh giá tần số allele quần thể 50 3.6 Kết phân tích mối tương quan di truyền với quần thể khác 52 CHƯƠNG KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 55 4.1 Kết luận .55 4.2 Kiến nghị 56 TÀI LIỆU THAM KHẢO .57 PHỤ LỤC 62 Phụ lục 1: Kết khuếch đại locus STR mẫu đối chứng dương 62 Phụ lục 2: Kết khuếch đại locus STR mẫu đối chứng âm63 Phụ lục 3: Kết kiểm định Chi-square cặp locus lingkage disequilirium 64 Phụ lục 4: Thông tin mẫu tham gia đề tài 85 MỞ ĐẦU Short tandem repeat - STR đoạn trình tự ngắn, cấu thành lặp lại khoảng – nucleotide Trong hệ gen người, STR nằm rải rác khắp nơi, chúng nằm vùng khơng mã hóa, gen chiếm khoảng 3% hệ gen người Do vị trí đặc thù STR, chúng có độ đa dạng cao độ dài trình tự lặp lại mà không ảnh hưởng đến hoạt động sống người STR có tính bảo thủ cao, truyền từ bố mẹ sang cái, mà STR khác cá thể khác khơng có quan hệ huyết thống trực hệ STR thị phân tử ứng dụng rộng rãi phân tích khoa học hình sự, cụ thể cơng tác xác định danh tính, cơng cụ đắc lực vụ án hình phức tạp cưỡng hiếp tập thể dấu vết cịn sót trường không đủ cung cấp thông tin cho công tác điều tra [1], [2] STR sử dụng nghiên cứu di truyền quần thể hay cho mục đích khảo cổ học Mỗi quần thể người có đặc trưng sinh học riêng biệt hình thành trình sống qua nhiều hệ, cấp độ ADN, thể phân bố khác tần suất allele nhóm dân tộc [3] Việc thu thập liệu STR dân tộc sinh sống Việt Nam triển khai rộng khắp kể từ năm 2000 Ngồi ứng dụng phân tích gen hình sự, kết khảo sát sử dụng nghiên cứu độ đa dạng mặt nhân chủng học xây dựng sở liệu tần số phân bố allele quần thể người Việt Nam [4]–[6] Tuy nhiên, việc thu thập liệu nhiều dân tộc thiểu số vùng cao cịn gặp nhiều khó khăn địa bàn cư trú cách biệt dân số thấp Không vậy, Việt Nam nằm vùng địa lý có lịch sử nhân chủng học phức tạp, nhiều tranh cãi nguồn gốc, đường hình thành chủng người đại sinh sống khu vực Đơng Nam Á [7]–[10] Do nghiên cứu quần thể người sinh sống Việt Nam nói chung, người Mơng nói riêng cịn hạn chế chưa có nghiên cứu thức tiến hành Thực trạng đặt yêu cầu cấp thiết phải xây dựng sở liệu STR cho nhóm dân tộc Mơng sinh sống Việt Nam nhằm lưu trữ phục vụ cho truy xuất nguồn gốc, xác định danh tính cơng tác giám định pháp y, 74 Exact P= 0.31129 +- 0.00512 (10100 permutations done) Chi-square test value=42.93246 (P = 0.71637, 49 d.f.) Pair(5, 15) LnLHood LD : -1034.65364 LnLHood LE : -1076.17082 Exact P= 0.41178 +- 0.00445 (10100 permutations done) Chi-square test value=83.03438 (P = 0.94405, 105 d.f.) Pair(6, 15) LnLHood LD : -733.27579 LnLHood LE : -749.45856 Exact P= 0.75327 +- 0.00462 (10100 permutations done) Chi-square test value=32.36555 (P = 0.96789, 49 d.f.) Pair(7, 15) LnLHood LD : -844.94475 LnLHood LE : -872.25329 Exact P= 0.50198 +- 0.00477 (10100 permutations done) Chi-square test value=54.61707 (P = 0.97504, 77 d.f.) Pair(8, 15) LnLHood LD : -863.88314 LnLHood LE : -899.93645 Exact P= 0.10356 +- 0.00301 (10100 permutations done) Chi-square test value=72.10660 (P = 0.81932, 84 d.f.) Pair(9, 15) LnLHood LD : -650.63338 LnLHood LE : -661.68697 Exact P= 0.63990 +- 0.00445 (10100 permutations done) Chi-square test value=22.10717 (P = 0.95571, 35 d.f.) Pair(10, 15) LnLHood LD : -838.73665 LnLHood LE : -864.07582 Exact P= 0.19851 +- 0.00377 (10100 permutations done) Chi-square test value=50.67834 (P = 0.67587, 56 d.f.) Pair(11, 15) LnLHood LD : -720.50571 LnLHood LE : -735.44964 Exact P= 0.49752 +- 0.00528 (10100 permutations done) Chi-square test value=29.88786 (P = 0.71321, 35 d.f.) Pair(12, 15) LnLHood LD : -750.25966 LnLHood LE : -771.80030 Exact P= 0.13307 +- 0.00331 (10100 permutations done) Chi-square test value=43.08128 (P = 0.42479, 42 d.f.) Pair(13, 15) LnLHood LD : -864.52478 LnLHood LE : -891.77598 Exact P= 0.23059 +- 0.00440 (10100 permutations done) Chi-square test value=54.50240 (P = 0.76849, 63 d.f.) Pair(14, 15) LnLHood LD : -744.13175 LnLHood LE : -766.47753 Exact P= 0.18931 +- 0.00381 (10100 permutations done) d.f.) Pair(0, 16) LnLHood LD : -598.05108 LnLHood LE : -605.28428 Chi-square test value=44.69156 (P = 0.64831, 49 75 Exact P= 0.62842 +- 0.00458 (10100 permutations done) Chi-square test value=14.46640 (P = 0.80608, 20 d.f.) Pair(1, 16) LnLHood LD : -797.14409 LnLHood LE : -815.42158 Exact P= 0.52990 +- 0.00551 (10100 permutations done) Chi-square test value=36.55497 (P = 0.77971, 44 d.f.) Pair(2, 16) LnLHood LD : -663.85094 LnLHood LE : -672.10213 Exact P= 0.89109 +- 0.00306 (10100 permutations done) Chi-square test value=16.50236 (P = 0.95778, 28 d.f.) Pair(3, 16) LnLHood LD : -581.00586 LnLHood LE : -592.26862 Exact P= 0.23000 +- 0.00471 (10100 permutations done) Chi-square test value=22.52553 (P = 0.54793, 24 d.f.) Pair(4, 16) LnLHood LD : -632.93116 LnLHood LE : -642.34151 Exact P= 0.80960 +- 0.00410 (10100 permutations done) Chi-square test value=18.82071 (P = 0.90358, 28 d.f.) Pair(5, 16) LnLHood LD : -937.22019 LnLHood LE : -966.22310 Exact P= 0.22198 +- 0.00376 (10100 permutations done) Chi-square test value=58.00581 (P = 0.54896, 60 d.f.) Pair(6, 16) LnLHood LD : -628.03526 LnLHood LE : -639.51084 Exact P= 0.49337 +- 0.00504 (10100 permutations done) Chi-square test value=22.95115 (P = 0.73548, 28 d.f.) Pair(7, 16) LnLHood LD : -742.76786 LnLHood LE : -762.30556 Exact P= 0.29762 +- 0.00490 (10100 permutations done) Chi-square test value=39.07540 (P = 0.68229, 44 d.f.) Pair(8, 16) LnLHood LD : -776.57909 LnLHood LE : -789.98872 Exact P= 0.95198 +- 0.00216 (10100 permutations done) Chi-square test value=26.81927 (P = 0.99428, 48 d.f.) Pair(9, 16) LnLHood LD : -545.71229 LnLHood LE : -551.73924 Exact P= 0.73455 +- 0.00398 (10100 permutations done) Chi-square test value=12.05390 (P = 0.91421, 20 d.f.) Pair(10, 16) LnLHood LD : -740.16994 LnLHood LE : -754.12809 Exact P= 0.44238 +- 0.00417 (10100 permutations done) d.f.) Pair(11, 16) LnLHood LD : -619.89431 LnLHood LE : -625.50192 Chi-square test value=27.91631 (P = 0.67349, 32 76 Exact P= 0.91861 +- 0.00280 (10100 permutations done) Chi-square test value=11.21522 (P = 0.94045, 20 d.f.) Pair(12, 16) LnLHood LD : -653.67664 LnLHood LE : -661.85258 Exact P= 0.81119 +- 0.00387 (10100 permutations done) Chi-square test value=16.35187 (P = 0.87496, 24 d.f.) Pair(13, 16) LnLHood LD : -766.51213 LnLHood LE : -781.82825 Exact P= 0.47663 +- 0.00468 (10100 permutations done) Chi-square test value=30.63224 (P = 0.72153, 36 d.f.) Pair(14, 16) LnLHood LD : -646.66749 LnLHood LE : -656.52981 Exact P= 0.73921 +- 0.00514 (10100 permutations done) Chi-square test value=19.72464 (P = 0.87429, 28 d.f.) Pair(15, 16) LnLHood LD : -639.11393 LnLHood LE : -646.47449 Exact P= 0.92059 +- 0.00252 (10100 permutations done) Chi-square test value=14.72112 (P = 0.98123, 28 d.f.) Pair(0, 17) LnLHood LD : -758.51619 LnLHood LE : -782.05279 Exact P= 0.07218 +- 0.00228 (10100 permutations done) Chi-square test value=47.07321 (P = 0.20552, 40 d.f.) Pair(1, 17) LnLHood LD : -952.32253 LnLHood LE : -992.19009 Exact P= 0.51673 +- 0.00517 (10100 permutations done) Chi-square test value=79.73511 (P = 0.72339, 88 d.f.) Pair(2, 17) LnLHood LD : -823.56807 LnLHood LE : -848.87064 Exact P= 0.40634 +- 0.00435 (10100 permutations done) Chi-square test value=50.60513 (P = 0.67852, 56 d.f.) Pair(3, 17) LnLHood LD : -747.38824 LnLHood LE : -769.03714 Exact P= 0.25871 +- 0.00475 (10100 permutations done) Chi-square test value=43.29780 (P = 0.66563, 48 d.f.) Pair(4, 17) LnLHood LD : -790.26118 LnLHood LE : -819.11003 Exact P= 0.20307 +- 0.00362 (10100 permutations done) Chi-square test value=57.69769 (P = 0.41227, 56 d.f.) Pair(5, 17) LnLHood LD : -1083.91333 LnLHood LE : -1142.99161 Exact P= 0.31168 +- 0.00495 (10100 permutations done) 120 d.f.) Pair(6, 17) LnLHood LD : -785.47215 LnLHood LE : -816.27935 Chi-square test value=118.15657 (P = 0.53049, 77 Exact P= 0.07762 +- 0.00242 (10100 permutations done) Chi-square test value=61.61440 (P = 0.28221, 56 d.f.) Pair(7, 17) LnLHood LD : -893.76187 LnLHood LE : -939.07408 Exact P= 0.04782 +- 0.00227 (10100 permutations done) Chi-square test value=90.62441 (P = 0.40282, 88 d.f.) Pair(8, 17) LnLHood LD : -929.91838 LnLHood LE : -966.75724 Exact P= 0.74960 +- 0.00507 (10100 permutations done) Chi-square test value=73.67772 (P = 0.95609, 96 d.f.) Pair(9, 17) LnLHood LD : -711.76846 LnLHood LE : -728.50776 Exact P= 0.35891 +- 0.00496 (10100 permutations done) Chi-square test value=33.47859 (P = 0.75720, 40 d.f.) Pair(10, 17) LnLHood LD : -903.47686 LnLHood LE : -930.89660 Exact P= 0.68485 +- 0.00475 (10100 permutations done) Chi-square test value=54.83950 (P = 0.78588, 64 d.f.) Pair(11, 17) LnLHood LD : -784.66180 LnLHood LE : -802.27043 Exact P= 0.69366 +- 0.00438 (10100 permutations done) Chi-square test value=35.21727 (P = 0.68519, 40 d.f.) Pair(12, 17) LnLHood LD : -813.16686 LnLHood LE : -838.62109 Exact P= 0.26772 +- 0.00473 (10100 permutations done) Chi-square test value=50.90845 (P = 0.35986, 48 d.f.) Pair(13, 17) LnLHood LD : -934.20237 LnLHood LE : -958.59677 Exact P= 0.97911 +- 0.00130 (10100 permutations done) Chi-square test value=48.78878 (P = 0.98364, 72 d.f.) Pair(14, 17) LnLHood LD : -809.60564 LnLHood LE : -833.29832 Exact P= 0.60743 +- 0.00499 (10100 permutations done) Chi-square test value=47.38537 (P = 0.78700, 56 d.f.) Pair(15, 17) LnLHood LD : -802.57044 LnLHood LE : -823.24300 Exact P= 0.66802 +- 0.00442 (10100 permutations done) Chi-square test value=41.34513 (P = 0.92836, 56 d.f.) Pair(16, 17) LnLHood LD : -694.19829 LnLHood LE : -713.29528 Exact P= 0.06208 +- 0.00237 (10100 permutations done) d.f.) Pair(0, 18) LnLHood LD : -779.05946 LnLHood LE : -797.98431 Chi-square test value=38.19398 (P = 0.20855, 32 78 Exact P= 0.54000 +- 0.00495 (10100 permutations done) Chi-square test value=37.84970 (P = 0.76623, 45 d.f.) Pair(1, 18) LnLHood LD : -959.04769 LnLHood LE : -1008.12161 Exact P= 0.19446 +- 0.00351 (10100 permutations done) Chi-square test value=98.14784 (P = 0.50530, 99 d.f.) Pair(2, 18) LnLHood LD : -833.87282 LnLHood LE : -864.80215 Exact P= 0.18634 +- 0.00372 (10100 permutations done) Chi-square test value=61.85866 (P = 0.51706, 63 d.f.) Pair(3, 18) LnLHood LD : -763.34868 LnLHood LE : -784.96865 Exact P= 0.42842 +- 0.00440 (10100 permutations done) Chi-square test value=43.23994 (P = 0.85271, 54 d.f.) Pair(4, 18) LnLHood LD : -810.94972 LnLHood LE : -835.04154 Exact P= 0.81832 +- 0.00400 (10100 permutations done) Chi-square test value=48.18365 (P = 0.91617, 63 d.f.) Pair(5, 18) LnLHood LD : -1101.86890 LnLHood LE : -1158.92313 Exact P= 0.82792 +- 0.00349 (10100 permutations done) 135 d.f.) Chi-square test value=114.10846 (P = 0.90363, Pair(6, 18) LnLHood LD : -804.88208 LnLHood LE : -832.21087 Exact P= 0.43535 +- 0.00468 (10100 permutations done) Chi-square test value=54.65758 (P = 0.76383, 63 d.f.) Pair(7, 18) LnLHood LD : -917.72902 LnLHood LE : -955.00559 Exact P= 0.72515 +- 0.00421 (10100 permutations done) Chi-square test value=74.55314 (P = 0.96834, 99 d.f.) Pair(8, 18) LnLHood LD : -940.25082 LnLHood LE : -982.68875 Exact P= 0.63624 +- 0.00457 (10100 permutations done) Chi-square test value=84.87586 (P = 0.95114, 108 d.f.) Pair(9, 18) LnLHood LD : -714.67503 LnLHood LE : -744.43927 Exact P= 0.00198 +- 0.00042 (10100 permutations done) Chi-square test value=59.52848 (P = 0.07205, 45 d.f.) Pair(10, 18) LnLHood LD : -915.74848 LnLHood LE : -946.82812 Exact P= 0.64693 +- 0.00453 (10100 permutations done) d.f.) Pair(11, 18) LnLHood LD : -799.28191 LnLHood LE : -818.20195 Chi-square test value=62.15928 (P = 0.78944, 72 79 Exact P= 0.75950 +- 0.00407 (10100 permutations done) Chi-square test value=37.84009 (P = 0.76657, 45 d.f.) Pair(12, 18) LnLHood LD : -821.71748 LnLHood LE : -854.55260 Exact P= 0.05297 +- 0.00201 (10100 permutations done) Chi-square test value=65.67026 (P = 0.13262, 54 d.f.) Pair(13, 18) LnLHood LD : -933.53515 LnLHood LE : -974.52828 Exact P= 0.19228 +- 0.00395 (10100 permutations done) Chi-square test value=81.98627 (P = 0.44847, 81 d.f.) Pair(14, 18) LnLHood LD : -831.28878 LnLHood LE : -849.22984 Exact P= 0.99376 +- 0.00085 (10100 permutations done) Chi-square test value=35.88212 (P = 0.99765, 63 d.f.) Pair(15, 18) LnLHood LD : -809.68142 LnLHood LE : -839.17452 Exact P= 0.13396 +- 0.00316 (10100 permutations done) Chi-square test value=58.98621 (P = 0.62009, 63 d.f.) Pair(16, 18) LnLHood LD : -713.78402 LnLHood LE : -729.22680 Exact P= 0.47099 +- 0.00477 (10100 permutations done) Chi-square test value=30.88554 (P = 0.71031, 36 d.f.) Pair(17, 18) LnLHood LD : -871.88105 LnLHood LE : -905.99531 Exact P= 0.36743 +- 0.00480 (10100 permutations done) Chi-square test value=68.22852 (P = 0.60415, 72 d.f.) Pair(0, 19) LnLHood LD : -770.92748 LnLHood LE : -792.39257 Exact P= 0.47485 +- 0.00490 (10100 permutations done) Chi-square test value=42.93020 (P = 0.88157, 55 d.f.) Pair(1, 19) LnLHood LD : -952.42302 LnLHood LE : -1002.52987 Exact P= 0.28673 +- 0.00433 (10100 permutations done) 121 d.f.) Chi-square test value=100.21371 (P = 0.91588, Pair(2, 19) LnLHood LD : -834.55202 LnLHood LE : -859.21042 Exact P= 0.86149 +- 0.00354 (10100 permutations done) Chi-square test value=49.31679 (P = 0.99410, 77 d.f.) Pair(3, 19) LnLHood LD : -763.34864 LnLHood LE : -779.37692 Exact P= 0.97614 +- 0.00135 (10100 permutations done) d.f.) Pair(4, 19) LnLHood LD : -791.63946 LnLHood LE : -829.44981 Chi-square test value=32.05654 (P = 0.99987, 66 80 Exact P= 0.06030 +- 0.00214 (10100 permutations done) Chi-square test value=75.62070 (P = 0.52312, 77 d.f.) Pair(5, 19) LnLHood LD : -1081.21595 LnLHood LE : -1153.33139 Exact P= 0.10851 +- 0.00309 (10100 permutations done) 165 d.f.) Chi-square test value=144.23088 (P = 0.87657, Pair(6, 19) LnLHood LD : -797.69767 LnLHood LE : -826.61913 Exact P= 0.50901 +- 0.00481 (10100 permutations done) Chi-square test value=57.84293 (P = 0.94943, 77 d.f.) Pair(7, 19) LnLHood LD : -911.05561 LnLHood LE : -949.41386 Exact P= 0.80772 +- 0.00432 (10100 permutations done) Chi-square test value=76.71650 (P = 0.99942, 121 d.f.) Pair(8, 19) LnLHood LD : -929.27573 LnLHood LE : -977.09702 Exact P= 0.42287 +- 0.00558 (10100 permutations done) Chi-square test value=95.64256 (P = 0.99270, 132 d.f.) Pair(9, 19) LnLHood LD : -718.10556 LnLHood LE : -738.84754 Exact P= 0.31208 +- 0.00424 (10100 permutations done) Chi-square test value=41.48396 (P = 0.91110, 55 d.f.) Pair(10, 19) LnLHood LD : -906.90125 LnLHood LE : -941.23638 Exact P= 0.58505 +- 0.00445 (10100 permutations done) Chi-square test value=68.67026 (P = 0.93682, 88 d.f.) Pair(11, 19) LnLHood LD : -786.14241 LnLHood LE : -812.61021 Exact P= 0.27050 +- 0.00474 (10100 permutations done) Chi-square test value=52.93561 (P = 0.55390, 55 d.f.) Pair(12, 19) LnLHood LD : -824.20872 LnLHood LE : -848.96087 Exact P= 0.75505 +- 0.00452 (10100 permutations done) Chi-square test value=49.50431 (P = 0.93539, 66 d.f.) Pair(13, 19) LnLHood LD : -923.30791 LnLHood LE : -968.93655 Exact P= 0.09525 +- 0.00272 (10100 permutations done) Chi-square test value=91.25728 (P = 0.69762, 99 d.f.) Pair(14, 19) LnLHood LD : -803.65642 LnLHood LE : -843.63810 Exact P= 0.01842 +- 0.00129 (10100 permutations done) d.f.) Pair(15, 19) LnLHood LD : -808.87179 LnLHood LE : -833.58278 Chi-square test value=79.96336 (P = 0.38614, 77 81 Exact P= 0.68762 +- 0.00453 (10100 permutations done) Chi-square test value=49.42198 (P = 0.99390, 77 d.f.) Pair(16, 19) LnLHood LD : -706.56214 LnLHood LE : -723.63506 Exact P= 0.48069 +- 0.00452 (10100 permutations done) Chi-square test value=34.14584 (P = 0.85735, 44 d.f.) Pair(17, 19) LnLHood LD : -868.82229 LnLHood LE : -900.40357 Exact P= 0.78109 +- 0.00366 (10100 permutations done) Chi-square test value=63.16257 (P = 0.97897, 88 d.f.) Pair(18, 19) LnLHood LD : -875.14065 LnLHood LE : -916.33509 Exact P= 0.29733 +- 0.00537 (10100 permutations done) Chi-square test value=82.38888 (P = 0.88604, 99 d.f.) Pair(0, 20) LnLHood LD : -915.50138 LnLHood LE : -948.24614 Exact P= 0.24436 +- 0.00502 (10100 permutations done) Chi-square test value=65.48951 (P = 0.77546, 75 d.f.) Pair(1, 20) LnLHood LD : -1100.88619 LnLHood LE : -1158.38343 Exact P= 0.94257 +- 0.00222 (10100 permutations done) 165 d.f.) Chi-square test value=114.99448 (P = 0.99888, Pair(2, 20) LnLHood LD : -972.54497 LnLHood LE : -1015.06398 Exact P= 0.35812 +- 0.00502 (10100 permutations done) Chi-square test value=85.03803 (P = 0.92352, 105 d.f.) Pair(3, 20) LnLHood LD : -904.20520 LnLHood LE : -935.23048 Exact P= 0.52069 +- 0.00537 (10100 permutations done) Chi-square test value=62.05056 (P = 0.98922, 90 d.f.) Pair(4, 20) LnLHood LD : -937.10134 LnLHood LE : -985.30337 Exact P= 0.16158 +- 0.00376 (10100 permutations done) Chi-square test value=96.40405 (P = 0.71357, 105 d.f.) Pair(5, 20) LnLHood LD : -1219.84779 LnLHood LE : -1309.18495 Exact P= 0.70723 +- 0.00433 (10100 permutations done) 225 d.f.) Chi-square test value=178.67433 (P = 0.98990, Pair(6, 20) LnLHood LD : -944.01700 LnLHood LE : -982.47269 Exact P= 0.65713 +- 0.00494 (10100 permutations done) Chi-square test value=76.91137 (P = 0.98202, 105 d.f.) Pair(7, 20) LnLHood LD : -1045.04278 LnLHood LE : -1105.26742 82 Exact P= 0.43743 +- 0.00528 (10100 permutations done) 165 d.f.) Chi-square test value=120.44928 (P = 0.99630, Pair(8, 20) LnLHood LD : -1077.41445 LnLHood LE : -1132.95058 Exact P= 0.96327 +- 0.00181 (10100 permutations done) 180 d.f.) Chi-square test value=111.07225 (P = 0.99999, Pair(9, 20) LnLHood LD : -869.66121 LnLHood LE : -894.70110 Exact P= 0.60228 +- 0.00561 (10100 permutations done) Chi-square test value=50.07978 (P = 0.98813, 75 d.f.) Pair(10, 20) LnLHood LD : -1035.65720 LnLHood LE : -1097.08995 Exact P= 0.02693 +- 0.00158 (10100 permutations done) 120 d.f.) Chi-square test value=122.86550 (P = 0.41041, Pair(11, 20) LnLHood LD : -937.84017 LnLHood LE : -968.46377 Exact P= 0.74950 +- 0.00463 (10100 permutations done) Chi-square test value=61.24722 (P = 0.87382, 75 d.f.) Pair(12, 20) LnLHood LD : -963.27671 LnLHood LE : -1004.81443 Exact P= 0.31554 +- 0.00428 (10100 permutations done) Chi-square test value=83.07543 (P = 0.68437, 90 d.f.) Pair(13, 20) LnLHood LD : -1075.23647 LnLHood LE : -1124.79011 Exact P= 0.84050 +- 0.00389 (10100 permutations done) Chi-square test value=99.10727 (P = 0.99119, 135 d.f.) Pair(14, 20) LnLHood LD : -958.35391 LnLHood LE : -999.49166 Exact P= 0.54327 +- 0.00411 (10100 permutations done) Chi-square test value=82.27551 (P = 0.95065, 105 d.f.) Pair(15, 20) LnLHood LD : -947.20153 LnLHood LE : -989.43634 Exact P= 0.12584 +- 0.00284 (10100 permutations done) Chi-square test value=84.46963 (P = 0.92982, 105 d.f.) Pair(16, 20) LnLHood LD : -855.58834 LnLHood LE : -879.48862 Exact P= 0.45554 +- 0.00447 (10100 permutations done) Chi-square test value=47.80056 (P = 0.87235, 60 d.f.) Pair(17, 20) LnLHood LD : -1002.10529 LnLHood LE : -1056.25713 Exact P= 0.20663 +- 0.00356 (10100 permutations done) 120 d.f.) Chi-square test value=108.30370 (P = 0.76962, Pair(18, 20) LnLHood LD : -1021.97843 LnLHood LE : -1072.18865 83 Exact P= 0.78743 +- 0.00426 (10100 permutations done) 135 d.f.) Chi-square test value=100.42045 (P = 0.98856, Pair(19, 20) LnLHood LD : -1008.44745 LnLHood LE : -1066.59691 Exact P= 0.43198 +- 0.00550 (10100 permutations done) 165 d.f.) Chi-square test value=116.29893 (P = 0.99848, Pair(0, 21) LnLHood LD : -717.09069 LnLHood LE : -728.96238 Exact P= 0.83475 +- 0.00393 (10100 permutations done) Chi-square test value=23.74338 (P = 0.98071, 40 d.f.) Pair(1, 21) LnLHood LD : -902.79436 LnLHood LE : -939.09968 Exact P= 0.27208 +- 0.00420 (10100 permutations done) Chi-square test value=72.61063 (P = 0.88188, 88 d.f.) Pair(2, 21) LnLHood LD : -769.17482 LnLHood LE : -795.78023 Exact P= 0.07485 +- 0.00269 (10100 permutations done) Chi-square test value=53.21081 (P = 0.58112, 56 d.f.) Pair(3, 21) LnLHood LD : -696.96869 LnLHood LE : -715.94673 Exact P= 0.22792 +- 0.00427 (10100 permutations done) Chi-square test value=37.95607 (P = 0.85024, 48 d.f.) Pair(4, 21) LnLHood LD : -743.52887 LnLHood LE : -766.01962 Exact P= 0.42832 +- 0.00500 (10100 permutations done) Chi-square test value=44.98150 (P = 0.85415, 56 d.f.) Pair(5, 21) LnLHood LD : -1038.47483 LnLHood LE : -1089.90120 Exact P= 0.17010 +- 0.00375 (10100 permutations done) 120 d.f.) Chi-square test value=102.85275 (P = 0.86883, Pair(6, 21) LnLHood LD : -742.30316 LnLHood LE : -763.18894 Exact P= 0.45723 +- 0.00496 (10100 permutations done) Chi-square test value=41.77156 (P = 0.92138, 56 d.f.) Pair(7, 21) LnLHood LD : -843.36350 LnLHood LE : -885.98367 Exact P= 0.00812 +- 0.00094 (10100 permutations done) Chi-square test value=85.24034 (P = 0.56349, 88 d.f.) Pair(8, 21) LnLHood LD : -889.93257 LnLHood LE : -913.66683 Exact P= 0.99208 +- 0.00091 (10100 permutations done) d.f.) Pair(9, 21) LnLHood LD : -667.14381 LnLHood LE : -675.41735 Chi-square test value=47.46850 (P = 0.99999, 96 84 Exact P= 0.98465 +- 0.00117 (10100 permutations done) Chi-square test value=16.54708 (P = 0.99962, 40 d.f.) Pair(10, 21) LnLHood LD : -855.41685 LnLHood LE : -877.80619 Exact P= 0.72832 +- 0.00420 (10100 permutations done) Chi-square test value=44.77869 (P = 0.96758, 64 d.f.) Pair(11, 21) LnLHood LD : -731.38953 LnLHood LE : -749.18002 Exact P= 0.37446 +- 0.00518 (10100 permutations done) Chi-square test value=35.58098 (P = 0.66938, 40 d.f.) Pair(12, 21) LnLHood LD : -770.72415 LnLHood LE : -785.53068 Exact P= 0.91505 +- 0.00308 (10100 permutations done) Chi-square test value=29.61305 (P = 0.98298, 48 d.f.) Pair(13, 21) LnLHood LD : -879.34030 LnLHood LE : -905.50636 Exact P= 0.59970 +- 0.00448 (10100 permutations done) Chi-square test value=52.33211 (P = 0.96086, 72 d.f.) Pair(14, 21) LnLHood LD : -760.66791 LnLHood LE : -780.20791 Exact P= 0.66287 +- 0.00469 (10100 permutations done) Chi-square test value=39.08001 (P = 0.95829, 56 d.f.) Pair(15, 21) LnLHood LD : -753.68179 LnLHood LE : -770.15259 Exact P= 0.75901 +- 0.00398 (10100 permutations done) Chi-square test value=32.94161 (P = 0.99404, 56 d.f.) Pair(16, 21) LnLHood LD : -647.23507 LnLHood LE : -660.20487 Exact P= 0.37644 +- 0.00483 (10100 permutations done) Chi-square test value=25.93960 (P = 0.76627, 32 d.f.) Pair(17, 21) LnLHood LD : -815.95085 LnLHood LE : -836.97338 Exact P= 0.84178 +- 0.00374 (10100 permutations done) Chi-square test value=42.04506 (P = 0.98463, 64 d.f.) Pair(18, 21) LnLHood LD : -818.44282 LnLHood LE : -852.90490 Exact P= 0.06584 +- 0.00231 (10100 permutations done) Chi-square test value=68.92415 (P = 0.58093, 72 d.f.) Pair(19, 21) LnLHood LD : -817.98127 LnLHood LE : -847.31316 Exact P= 0.53139 +- 0.00483 (10100 permutations done) d.f.) Pair(20, 21) LnLHood LD : -961.10476 LnLHood LE : -1003.16672 Chi-square test value=58.66378 (P = 0.99320, 88 85 Exact P= 0.42228 +- 0.00444 (10100 permutations done) Chi-square test value=84.12392 (P = 0.99467, 120 d Phụ lục 4: Thông tin mẫu tham gia đề tài STT Mã số Năm sinh Giới tính Họ tên Dân tộc 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 MV_M1 MV_M2 MV_M3 MV_M4 MV_M5 MV_M6 MV_M7 MV_M8 MV_M9 MV_M10 MV_M11 MV_M12 MV_M13 MV_M14 MV_M15 MV_M16 MV_M17 MV_M18 MV_M19 MV_M20 MV_M21 MV_M22 MV_M23 MV_M24 MV_M25 MV_M26 MV_M27 MV_M28 MV_M29 MV_M30 MV_M31 MV_M32 MV_M33 MV_M34 MV_M35 MV_M36 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2006 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2005 2006 2006 2006 M F F F M F F M F F M F M M F F F F F F M M M M M F F M F F F F F F M M Vàng M D Sùng T L Và T M Giàng T M Sùng M M Ma M N Ly T S Vừ M S Vàng T T Sùng T T Thò M T Thào T V Thò M V Giàng M C Hầu T G Vừ T H H Vàng T L H Sùng T M Vừ T M Cử T P Lầu M P Giàng M P Sình M P Giàng S T Vừ Q T Ly T N A Vừ T C Ly M H Giàng T M Thò T M Vừ T M Giàng T M Thào T M Giàng T P Sùng M S Vừ M T Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông 86 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 MV_M37 MV_M38 MV_M39 MV_M40 MV_M41 MV_M42 MV_M43 MV_M44 MV_M45 MV_M46 MV_M47 MV_M48 MV_M49 MV_M50 MV_M51 MV_M52 MV_M53 MV_M54 MV_M55 MV_M56 MV_M57 MV_M58 MV_M59 MV_M60 MV_M61 MV_M62 MV_M63 MV_M64 MV_M65 MV_M66 MV_M67 MV_M68 MV_M69 MV_M70 MV_M71 MV_M72 MV_M73 MV_M74 MV_M75 MV_M76 MV_M77 MV_M78 MV_M79 2006 2006 2005 2006 2006 2006 2006 2005 2006 2005 2006 2005 2005 2005 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2006 2007 2007 2007 2005 2004 2005 2005 2005 2005 2005 2005 2007 2006 2005 2005 2007 2004 2005 2005 2005 M M M F M F F M M F M M F F M F F F F M F F M M M M M M M M M M M M M M F F M M F F F Sùng M T Hờ M C Vàng M D Vừ T D Thào M H Hờ T M Sùng T M Vàng M P Sùng M T Thào T T Và M V Vàng M C Thò T D Sùng T D Vừ M C Giàng T D Phan T L Vàng T M Chá T M Lầu T T Vàng T P Ly T T P Lư M S Sình M S Vàng M S Vừ M T Giàng M L Vàng M L Và M L Lầu M M Sùng M P Vàng M T Vàng M V Vừ M C Ly M.T Vừ M H Vừ T T X Mua N H Mua M N Vừ M C Vừ T D Ly N L Thị T M Mơng Mơng Mơng Mơng Mơng Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông 87 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 MV_M80 MV_M81 MV_M82 MV_M83 MV_M84 MV_M85 MV_M86 MV_M87 MV_M88 MV_M89 MV_M90 MV_M91 MV_M92 MV_M93 MV_M94 MV_M95 MV_M96 MV_M97 MV_M98 MV_M99 MV_M100 QB_M1 QB_M2 QB_M3 QB_M4 QB_M5 QB_M6 QB_M7 QB_M8 QB_M9 QB_M10 QB_M11 QB_M12 QB_M13 QB_M14 QB_M15 QB_M16 QB_M17 QB_M18 QB_M19 QB_M20 QB_M21 QB_M22 2005 2005 2005 2005 2005 2005 2004 2005 2004 2005 2005 2005 2004 2004 2004 2004 2004 2004 2004 2004 2004 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 F F F M M M M F M M M F M F F M M M F M M M F F F F F F F F F F F F F F F F F F F F F Sùng T M Dương H M M Vàng T M Thào M P Giàng M S Vừ M S Vừ M S Vừ T S Ly M T Vừ M T Thò M V Vừ T V Già M C Giàng T G Thào T M Lầu M S Già M S Thào Đ S Trương P M T Và M T Mua M V Cháng N C Giàng T N D Lù T B Giàng T S Sùng T L Hầu T L Vàng T H Vàng T C Hạn T M Dương T C Giàng T B Hầu T H Trương T N Vàng T H Giàng T L Ly T H Vàng T N Vương T D Vương B T Vàng T S Vàng T L Hạng T L Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông 88 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 QB_M23 QB_M24 QB_M25 QB_M26 QB_M27 QB_M28 QB_M29 QB_M30 QB_M31 QB_M32 QB_M33 QB_M34 QB_M35 QB_M36 QB_M37 QB_M38 QB_M39 QB_M40 QB_M41 QB_M42 QB_M43 QB_M44 QB_M45 QB_M46 QB_M47 QB_M48 QB_M49 QB_M50 QB_M51 QB_M52 QB_M53 QB_M54 QB_M55 QB_M56 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 F F F F F M M M M M M M M M M F F F F F F F F F F F F F F M M M M M Sùng T H Vàng T T Ma T P Hương T X Hào T M N Lò V T Giàng T M Ly M V Hạng M T Sùng T L Ly V C Lò T Đ Cháng L T Vàng M C Hào M M D N T Ma T M Giàng T T Hạng T A Giàng T D Cháng T N A Mai T N Ly T T Ly T M Thào T H Thào T D Lò T K Mua T T Dương T T Giàng M H Thào V D Sùng M L Cháng M P Mua M.T Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông Mông ... thể người Mông Hà Giang, Việt Nam? ??, nhằm : i) Xây dựng số liệu tần số allele 22 locus đa hình STR nhiễm sắc thể thường người Mông; ii) Đánh giá số thống kê đặc trưng tần số allele, số đa dạng di... VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ - Trần Huyền Linh XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU VỀ TẦN SỐ ALLELE 22 LOCUS ĐA HÌNH STR TRÊN NHIỄM SẮC THỂ THƯỜNG Ở QUẦN THỂ NGƯỜI MÔNG TẠI HÀ GIANG,. .. ứng khuếch đại 29 Bảng 3.1 Số lượng allele locus 33 Bảng 3.2 Bảng tần số allele 22 locus STR NST thường Mông, Hà Giang - Việt Nam 35 Bảng 3.3 Các allele có tần số thấp phát quần thể 41