Vai trò của mô hình chăn nuôi tại hộ gia đình trong việc lan tràn vi khuẩn kháng kháng sinh trong cộng đồng

I Đặt vấn đề Giới thiệu Hiện tượng kháng thuốc vi khuẩn trở thành vấn đề mang ý nghĩa sức khỏe cộng đồng Vi khuẩn kháng thuốc làm chết 50.000 người năm khắp châu Âu, nước Mỹ, hàng trăm nghìn người khu vực khác Do tượng kháng thuốc lượng kháng sinh sử dụng phịng, chữa bệnh cho người tồn cầu tăng g ần 40% từ năm 2000 đến 2010 [15] Chính từ mối quan ngại này, Tổ chức Y tế giới (WHO) chọn chủ đề cho ngày Sức khỏe tồn cầu năm 2011 với thơng điệp: “Kháng thuốc; Khơng hành động hơm nay, khơng có phương pháp điều trị ngày mai” Báo cáo năm 2014 tổ chức Y tế giới đưa vi khuẩn Escherichia coli kháng cephalosporin hệ thứ ba, bao gồm kháng kháng sinh beta-lactam (ESBL) phổ rộng fluoroquinolon vào danh sách vi khuẩn kháng kháng sinh quan trọng cần có phương pháp kiểm soát [26] Enzym phân hủy beta-lactam phổ rộng (ESBL) tìm thấy lần năm 1983 Đức Hiện nay, enzym beta -lactam thường gặp ESBL nhóm TEM, SHV CTX-M Những enzym tìm thấy chủ yếu Klebsiella spp Escherichia coli với tính chất đề kháng với kháng sinh hệ mới: ceftazidime, ceftriaxone, aztreonam, oxyimino-beta-lactam khác CTX-M nhóm ESBL lớn thứ hai ngày trở nên quan trọng Nhiều nghiên cứu cho thấy đột biến CTX-M lan truyền rộng rãi so với đột biến TEM SHV, biến thể CTX-M phổ biến nhiều quốc gia khác Có nhóm lớn CTX-M bao gồm: CTX-M 1,2,8,9 25 [15] Các type nhóm CTX-M khác tùy theo vùng giới Khi chủng vi khuẩn sinh ESBL đồng nghĩa với việc chúng gánh nặng thực điều trị nhiễm trùng trực khuẩn gram (-) Những vi khuẩn sinh ESBL mắc lây truyền từ người sang người, chọn lọc qua việc dùng kháng sinh Nhờ mang men mà vi khuẩn có khả kháng lại kháng sinh trước tiêu diệt Các kết nghiên cứu giới mô tả tranh chung gia tăng nhanh chóng trực khuẩn đường ruột sinh ESBL E.coli tồn tự nhiên mơi trường, thực phẩm đường tiêu hóa người động vật Đa số chủng E.coli khơng gây bệnh, có số chủng lại có khả gây ngộ độc thực phẩm, nhiễm khuẩn tiêu hóa, tiết niệu, nhiễm trùng máu E.coli lây nhiễm vơ tình ăn uống phải lây từ người sang người qua tiếp xúc Các nghiên cứu ch ỉ thực phẩm có nguồn gốc động vật gia súc gia cầm nuôi làm thực phẩm nguồn lây nhiễm vi khuẩn E.coli sinh ESBL sang người Chăn nuôi gia súc gia cầm Việt Nam bước đầu có quy mô công nghiệp vừa nhỏ chủ yếu hộ gia đình Trong đó, người dân chưa có đầy đủ kiến thức thực hành chăn ni an tồn Người chăn ni dùng kháng sinh “thần dược” mà không nghĩ đến hậu Họ dùng kháng sinh khơng để phịng điều trị bệnh nhiễm khuẩn mà đư ợc dùng với mục đích hỗ trợ tăng trưởng Điều nguyên nhân gây tượng vi khuẩn kháng kháng sinh ngày tăng cao Việt Nam Từ sở trên, th ực đề tài “Vai trị mơ hình chăn ni hộ gia đình việc lan tràn vi khuẩn kháng kháng sinh cộng đồng” Mục tiêu đề tài Mục tiêu chung: Tìm hiểu lan tràn vi khuẩn kháng kháng sinh loại ESBL cộng đồng hộ gia đình với mơ hình chăn ni gà trang trại vừa nhỏ Mục tiêu cụ thể: Tối ưu hố quy trình phân lập xác định E coli sinh ESBL điều kiện phịng thí nghiệm Đánh giá mức độ nhiễm đặc điểm vi khuẩn E coli sinh ESBL phân người vật ni hộ gia đình với hai mơ hình chăn ni trang trại vừa nhỏ Đánh giá tương đồng mặt di truyền chủng E coli sinh ESBL phân lập từ hai mơ hình chăn ni phương pháp dịch tễ học phân tử Nội dung đề tài - Tối ưu hố quy trình phân lập xác định E.coli sinh ESBL điều kiện phịng thí nghiệm  Tham khảo lựa chọn môi trường nuôi cấy, nồng độ kháng sinh thích hợp  Khảo sát điều kiện thích hợp cho quy trình chạy PCR xác định nhóm gen CTX-M - Đánh giá mức độ nhiễm đặc điểm vi khuẩn E.coli sinh ESBL phân người vật ni hộ gia đình  Phân lập vi khuẩn E.coli sinh ESBL từ phân người phân gà  Kỹ thuật PCR phát gen kháng kháng sinh CTX-M nhóm 1,2,8,9  Giải trình tự gen tìm blaCTX-M  Tính đa kháng thuốc chủng phân lập - Phân tích dịch tễ học phân tử  PFGE  Dendrogram: Đánh giá độ tương đồng DNA band profiles chủng  MLST Chương 1: Tổng quan Kháng sinh chế tác động kháng sinh vi khuẩn 1.1 Định nghĩa kháng sinh Kháng sinh chất nồng độ thấp có khả ức chế tiêu diệt vi khuẩn cách đặc hiệu, cách gây rối loạn phản ứng sinh học tầm phân tử [1] 1.2 Quá trình lịch sử đời loại kháng sinh đề kháng kháng sinh Hình 1: Lịch sử đời nhóm kháng sinh [26] Năm 1906, Paul Ehrlich, nhà hóa học người Đức quan tâm lĩnh vực khoa học hố trị liệu, tìm cấu trúc hóa học atoxyl Từ ơng thử nghiệm điều trị cho chuột xây dựng lý thuyết ”viên đạn thần kỳ”, lý thuyết giúp ông giành giải Nobel năm 1908 Năm 1909, Paul Ehrlich cộng phát chất Salvarsan, có khả chống lại vi khuẩn gây bệnh giang mai, chưa thực an toàn cho người sử dụng Năm 1928, bệnh viện Saint Marie, Fleming phát kiện nấm Pencillium có khả diệt Staphylococcus aureus Năm 1940 nhóm nghiên cứu Oxford tinh ch ế penicillin mở kỷ nguyên dùng kháng sinh để điều trị bệnh nhiễm trùng [1] Cho đến năm 1970, nhiều loại thuốc kháng khuẩn phát triển Các phân lớp hoàn toàn cuối thuốc kháng sinh phát năm 1980 1.3 Cơ chế tác động thuốc kháng sinh Hình 2: Các đích tác động kháng sinh tế bào vi khuẩn 1.3.1 Ức chế sinh tổng hợp vách Kháng sinh ức chế trình sinh tổng hợp khung peptidoglycan (murein) làm cho vi khuẩn sinh khơng có vách dễ bị tiêu diệt, ví dụ kháng sinh nhóm beta-lactam, vancomycin [1] 1.3.2 Gây rối loạn chức màng nguyên tương Chức quan trọng màng nguyên sinh chất tế bào thẩm thấu chọn lọc; kháng sinh tác động vào màng sinh chất làm cho thành phần bào tương vi khuẩn bị ngồi làm cho nước từ bên ngồi mơi trường vào trong, dẫn đến chết; ví dụ polymyxin, colistin [1] 1.3.3 Ức chế sinh tổng hợp protein Kháng sinh tác động lên tiểu phần riboxom vi khuẩn Kháng sinh gắn vào tiểu phần 30S (streptomycin) ngăn cản hoạt động ARN thông tin ức chế chức ARN vận chuyển (như tetracycline) Kháng sinh gắn vào tiểu phần 50S erythromycin, chloramphenicol, làm cản trở liên kết, hình thành chuỗi acid amin tạo phân tử Protein cần thiết cho tế bào sống [1] 1.3.4 Ức chế sinh tổng hợp acid nucleic Kháng sinh ngăn cản chép ADN mẹ tạo ADN nhóm quinolon gắn ARN-polymerase ngăn cản sinh tổng hợp ARN rifampicin cách ức chế sinh tổng hợp chất chuyển hóa cần thiết để ngăn cản hình thành nên nucleotide sulfamid trimethorpim Như vậy, kháng sinh tác động lên điểm định thành phần cấu tạo, ảnh hưởng đến khâu định phản ứng sinh học khác tế bào vi khuẩn, dẫn đến ngừng trệ sinh trưởng phát triển tế bào Nếu vi khuẩn không bị ly giải bị nắm bắt (thực bào) tiêu diệt, khơng cịn tác động kháng sinh (ngừng thuốc) vi khuẩn hồi phục trở lại (reversible) [1] Chỉ 10 năm sau kháng sinh sử dụng rộng rãi phát hiện tượng kháng chất kháng sinh nhiều loại vi khuẩn (Bảng 1) Bảng 1: Các mốc thời gian phát đề kháng kháng sinh[25] Vi khuẩn kháng thuốc 2.1 Định nghĩa vi khu ẩn kháng thuốc Là tượng vi khuẩn có khả phát triển có mặt thuốc chất hóa học mà nồng độ bình thường ức chế phát triển [29] 2.2 Phân loại kháng thuốc Có hai kiểu kháng thuốc: Kháng thuốc tự nhiên kháng thuốc thu Kháng thuốc tự nhiên đặc trưng chủng vi sinh vật định số kháng sinh định Tính chất có sẵn trước sử dụng kháng sinh Điều liên quan đến phổ tác dụng kháng sinh, đặc trưng cho lồi Kháng thuốc tự nhiên thơng tin di truyền có sẵn nhiễm sắc thể Về mặt sinh hố có chế quan trọng: tính thấm tế bào thiếu vắng phân tử đích [3] Kháng thuốc thu xuất chọn lọc tự nhiên chủng đề kháng quần thể vi sinh nhạy cảm sử dụng kháng sinh Một vi sinh vật trở thành kháng thuốc phát triển với hàm lượng cao đáng kể kháng sinh so với quần thể vi sinh vật mà có nguồn gốc Khi mức độ đề kháng tăng lên, chúng khỏi điều trị bệnh khơng chữa – đề kháng lâm sàng [3] Về mặt di truyền học, kháng thuốc nhận thay đổi gen nhiễm sắc thể (đột biến nhiễm sắc thể), tiếp nhận gen plasmid (đề kháng plasmid hay nhiễm sắc thể) Kháng thuốc đột biến nhiễm sắc thể: Dưới tác dụng kháng sinh việc tiêu diệt vi khuẩn mẫn cảm tạo tuyển chọn ngẫu nhiên đột biến xuất hiện, làm cho vi khuẩn có khả phát triển nhân lên Đột biến kiểu ổn định di truyền Kiểu đột biến chịu ảnh hưởng nhóm kháng sinh Kiểu kháng thuốc chiếm khoảng 10% tổng số vi sinh vật kháng thuốc, xuất chủ yếu kháng sinh: aminosid, chloramphenicol… kháng sinh tác dụng với Mycobacteria Kháng thuốc plasmid: kiểu kháng thuốc phổ biến, chiếm 90% số vi sinh vật kháng thuốc Kháng thuốc plasmid tượng đa kháng thuốc nhân tố R (Resitance factor-plasmid) Nhân tố R plasmid chứa gen điều khiển tính kháng thuốc Các gen thông qua chế di truyền – tải nạp, biến nạp, tiếp hợp – chuyển tải thông tin di truyền kháng thuốc từ tế bào sang tế bào khác, loài vi khuẩn sang loài vi khuẩn khác Hiện tượng kháng chéo tượng vi khuẩn kháng kháng sinh đồng thời kháng ln số kháng sinh khác có cấu trúc tương tự Trong thực tế lâm sàng phân lập chủng vi khuẩn mang kiểu xác định thể kháng thuốc plasmid giống kháng lại ampicillin, chloramphenicol trimotoprim/ sulfametoxezol Plasmid truyền từ E.coli sang cho Salmonella (nhờ tiếp hợp) Quá trình truyền chất liệu di truyền – nhân tố R theo chế tiếp hợp xảy giai đoạn: - Giai đoạn tiếp cận, tạo giao nạp - Giai đoạn bơm vật liệu di truyền qua cầu giao nạp - Giai đoạn tái tổ hợp vật liệu di truyền tế bào nhân tạo thành hệ vơ tính kháng thuốc vi sinh vật Nhân tố R gốm phần: phần xác định tính kháng thuốc (R-determinant) phần truyền tải gen kháng thuốc (Resistance transfere factor) Các nhân tố Rplasmid đơn vị di truyền nhiễm sắc thể, bao gồm phân tử ADN dạng vịng khép kín có độ lớn khác có khả tự chép, tồn tế bào vi khuẩn nấm men Plasmid định nhiều đặc tính sinh lý vi khuẩn Người ta biết 29 kiểu plasmid khác xác định 35 kiểu kháng kháng sinh chế phẩm hố trị liệu khác [3] Tình hình vi khuẩn kháng kháng sinh giới xu hướng Theo báo cáo tổ chức Y tế giới năm 2014 [25], có loại vi khuẩn kháng kháng sinh hành quan tâm  Escherichia coli: kháng cephalosporin hệ thứ ba, bao gồm kháng beta-lactam phổ rộng (ESBL) fluoroquinolon;  Klebsiella pneumoniae: kháng cephalosporin hệ thứ ba, bao gồm kháng beta-lactam phổ rộng (ESBL) carbapenem;  Staphylococcus aureus: kháng thuốc kháng khuẩn beta-lactam (methicillin, methicillin-resistant S aureus [MRSA]);  Streptococcus pneumoniae: kháng nhạy cảm với penicillin (hoặc hai);  Nontyphoidal Salmonella (NTS): kháng fluoroquinolon;  Các lồi Shigella: kháng fluoroquinolon;  Neisseria gonorrhoeae: giảm tính nhạy cảm cephalosporin hệ thứ ba Vi khuẩn kháng thuốc làm chết 50,000 người năm khắp châu Âu, nước Mỹ, hàng trăm nghìn ngư ời khu vực khác Đây thực gánh nặng [14] Ví dụ, 15 quốc gia châu Âu có 10% bệnh nhiễm trùng máu gây chủng Staphylococcus aureus kháng methicillin (MRSA), nước thấy tỉ lệ kháng gần 50% [EARS_NET 2013] Lượng kháng sinh sử dụng phịng, chữa bệnh cho người tồn cầu tăng g ần 40% từ năm 2000 đến 2010 Về tác động tương lai vi khuẩn kháng thuốc, dựa giả thuyết kháng thuốc tăng cao tăng trưởng kinh tế đến năm 2050, năm có 10 triệu người chết vi khuẩn kháng thuốc [15] Hình Ước tính số ca tử vong năm vi khuẩn kháng kháng sinh so với nguyên gây chết khác [15] 10 E.coli phân lập từ người trang trại vừa E.coli phân lập từ gà trang trại vừa 0% A 21% A 5% D D 29% B1 52% 33% B2 B1 B2 28% 33% Biểu đồ 10 Phân loại nguồn gốc phát sinh loài chủng vi khuẩn phân lập hộ gia đình có trang trại vừa Với nhóm trang trại vừa, 52% chủng gà xuất phát từ nhóm A, 38% nhóm D 21% nhóm B1 Khơng có xuất nhóm B2 Trong đó, người có 29% chủng thuộc nhóm A, nhóm D chiếm 33% nhóm B1 33% Nhóm B2 phát thấy người với 5% E.coli phân lập từ người trang trại nhỏ E.coli phân lập từ gà trang trại nhỏ 3% A 9% A D D 9% B1 23% B2 82% 39% B1 B2 35% Biểu đồ 11.Phân loại nguồn gốc phát sinh loài chủng phân lập hộ gia đình trang trại nhỏ 57 Ở gà hộ gia đình trang trại nhỏ, chủng vi khuẩn chủ yếu thuộc nhóm A với 82% Các chủng vi khuẩn cịn lại thuộc nhóm D B1 Tuy nhiên, chủng vi khuẩn phân lập từ người đa dạng hơn: 39% thuộc nhóm A, 35% thuộc nhóm D 23% thuộc nhóm B1 Ở người trang trại nhỏ phát 1/31 chủng (3%) thuộc nhóm B2 Như vậy, hầu hết chủng vi khuẩn E.coli phân lập hộ gia đình chăn ni thuộc nhóm vi khuẩn hội sinh đường ruột: A, B1 Các chủng thuộc nhóm gây bệnh ngồi đường ruột thuộc nhóm D phổ biến Nhóm B2 thấy xuất với tỷ lệ nhỏ người 4.3 Tỷ lệ vi khuẩn E.coli mang gen CTX-M đa kháng thuốc Các chủng vi khuẩn E.coli sinh ESBL kiểm tra tính đa kháng với 12 loại kháng sinh phương pháp khoanh giấy kháng sinh khuếch tán Hình 20 Kỹ thuật khoanh giấy kháng sinh khuếch tán với 12 loại kháng sinh 58 100% 90% 97% 100% 86% 97% 97% 83% 80% Phần trăm 93% 72% 71% Gà trang trại vừa 76% 70% 60% 52% 57% 52% 50% Người trang trại vừa 43% 40% 30% 29% 24% 20% 14% 10% 10% 14% 0% 0% Các loại kháng sinh Biểu đồ 12 Tỷ lệ kháng thuốc hộ giai đình trang tr ại vừa Ở người gà trang trại vừa, 100% vi khuẩn kháng với kháng sinh Ampicillin (ABPC) Đối với kháng sinh Streptomycin (SM), Tetracyclin (TC), Chloramphenicol (CP), Nalidixic axit (NA) tỷ lệ kháng gà cao có ý nghĩa th ống kê (p85% Độ tương đồng >85% , vạch đỏ Hình 22 Kết PFGE mức độ tương đồng chủng phân lập từ trang trại vừa 63 Trong đó, T chủng phân lập từ gà TN chủng phân lập từ người với đợt lấy mẫu A:6/2013, B:11/2013, C: 6/2014 Kết PFGE cho thấy hầu hết chủng E.coli mang gen CTX-M phân lập từ gà trang trại vừa có liên quan kiểu gen (độ tương đồng >85%) Trong có 15 pattern tổng số 32 chủng, 21/32 chủng có tương đồng Phát 4/23 chủng vi khuẩn người có tương đồng Đặc biệt có chủng vi khuẩn gà chủng vi khuẩn người có độ tương đồng gen lên tới >90% 64 Độ tương đồng >85% , vạch đỏ Hình 23 Kết PFGE mức độ tương đồng chủng phân lập trang trại nhỏ 65 Với chủng vi khuẩn E.coi phân lập trang trại nhỏ phát chủng vi khuẩn gà từ hộ gia đình khác (2401B 2601B) có liên quan kiểu gen (90% tương đồng) Ở người hộ gia đình trang trại nhỏ có 26 pattern tổng số 31 chủng Ở hộ gia đình đ ều tìm thấy chủng vi khuẩn E.coli sinh ESBL có mối liên quan kiểu gen thành viên gia đình: Gia đình số 08: 08122C 08222C, gia đình số 24: 24111C 24122C, gia đình số 26 có pattern: 26121B, 26412B, 26121B; 26221C, 26311C; 26322C, 26411C (các nhóm khoanh trịn hình) Khơng có chủng vi khuần phân lập từ người gà hộ gia đình có s ự tương đồng gen Như vậy, chủng phân lập từ hộ gia đình chăn ni theo mơ hình trang tr ại vừa, phát thấy số chủng người có tương đồng kiểu gen Đặc biệt gà, số chủng có tương đồng gen lớn Chúng phát thấy chủng phân lập từ gà chủng phân lập từ người có tương đồng lên đến 90% Trong hộ gia đình chăn ni theo mơ hình trang trại nhỏ, tìm thấy chủng vi khuẩn phân lập từ gà hộ khác có tương đồng gen Ở hộ tìm thấy có từ đến thành viên gia đình có tương đồng gen vi khuẩn E.coli sinh ESBL mang gen CTX-M phân lập 5.2 Giải trình tự gen đa điểm Bằng phương pháp điện di trường xung (PFGE) phát trang trại có chủng vi khuẩn có 95-100% tương đồng Chúng tơi tiến hành phân tích giải trình tự gen đa mồi (MLST) 66 M M 10 11 12 M Hình 24 Hình ảnh điện di cho kết PFGE chủng vi khuẩn có tương đồng gen Bảng Bảng đánh giá tương đồng chủng vi khuẩn CTX-M Phylogenetic Bla CTX-M MLST T4B IV A BlaCTX-M 65 ST4408 T5B IV A BlaCTX-M 65 ST4408 T6B IV A BlaCTX-M 65 ST4408 T7B IV A BlaCTX-M 65 ST4408 T8B IV A BlaCTX-M 65 ST4408 T10B IV A BlaCTX-M 65 ST4408 Tên Vì điều kiện thời gian không cho phép, với mẫu kiểm tra cho thấy kết thu hoàn toàn giống phương pháp 67 Chương :Kết luận - 102/149 (68,5%) mẫu phân lập phát thấy có vi khuẩn E.coli sinh ESBL đó: Ở mơ hình trang trại vừa, 100% (n=24) người 79%(n=38) gà Tỷ lệ mơ hình trang trại nhỏ 65%(n=51) người 42% (n=36) gà - 93/102 (91,2%) sổ chủng vi khuẩn E.coli sinh ESBL mang gen CTX- M Trong đó, nhóm CTX-M-9 phố biến Tiếp CTX-M nhóm Khơng phát thấy CTX-M nhóm nhóm - Gen blaCTX-M14 gen phát thấy nhiều gà đứng thứ mức độ phổ biến người Gen blaCTX-M27 gen đột biến gen blaCTX-M14, phổ biến người - Hầu hết chủng vi khuẩn E.coli phân lập hộ gia đình chăn ni thuộc nhóm vi khuẩn hội sinh đường ruột: A, B1 Các chủng thuộc nhóm gây bệnh ngồi đường ruột thuộc nhóm D phổ biến Nhóm B2 thấy xuất với tỷ lệ nhỏ người - Có 101/102 chủng vi khuẩn phân lập kháng kháng sinh Ampicillin Tỷ lệ kháng gà mức cao kháng sinh: STX, Streptomycin, Tetracyclin, Kanamycin, Chloraphenicol, Gentamicin, Ciprofloxacin, Nalidixic axit - Đã phát hiện tượng kháng Fosfomycin Cefoxitin tai chủng E coli phân lập gà trang trại vừa người trang trại nhỏ Tất chủng E coli nhạy cảm với Meropenem - 100% số chủng phân lập gà mang gen CTX-M kháng đa kháng sinh, 32/40 chủng kháng từ 8-10 loại kháng sinh Ở người 82,4% chủng phân lập đa kháng, kháng từ 3-5 kháng sinh - Phát thấy có tương đồng kiểu gen chủng vi khuẩn phân lập người gà - Tiến hành thử nghiệm chủng có 95-100% độ tương đồng gen với kỹ thuật giải trình tự gen đa mồi Bằng hai phương pháp cho kết hồn tồn giống chủng đem phân tích 68 Ý nghĩa thực tiễn đề tài: Nghiên cứu cho thấy tỷ lệ vi khuẩn kháng kháng sinh phân lập từ người gà khoẻ mạnh hai mơ hình chăn nuôi cao so v ới cộng đồng Trong hai mơ hình chăn ni hộ gia đình mơ hình chăn ni trang trại vừa có tỷ lệ vi khuẩn kháng kháng sinh cao so với mơ hình chăn ni trang trại nhỏ Bên cạnh đó, mối liên quan kiểu gen cho thấy có lan truyền chủng vi khuẩn kháng kháng sinh gà người trình tiếp xúc chăn nuôi Điều yếu tố nguy tiềm ẩn gia tăng vi khuẩn kháng kháng sinh cộng đồng Bàn luận tính mới, điểm hạn chế luận văn hướng nghiên cứu tiếp theo: Theo truyền thống, đánh giá mơ hình chăn ni thư ờng đánh giá sử dụng kháng sinh, sử dụng chất thải hay nguy lây lan từ chất thải Tuy nhiên ý tưởng đề tài sử dụng kỹ thuật sinh học phân tử nhằm đánh giá lan truyền vi khuẩn sinh ESBL người gà mơ hình chăn ni nhằm đưa nguy lan tràn vi khuẩn kháng kháng sinh cộng đồng Trong khuôn khổ luận văn thạc sĩ, đánh giá sơ thấy tỷ lệ vi khuẩn kháng kháng sinh hộ gia đình chăn ni tỷ lệ thuận với quy mơ chăn ni cao cộng đồng Có thể có lan truyền vi khuẩn kháng kháng sinh gà người Hướng nghiên cứu tiếp tục điều tra dịch tễ học kết hợp với phương pháp sinh học phân tử sâu để tìm chế lan truyền Tăng cỡ mẫu, tăng số lượng khuẩn lạc bắt mẫu để đủ đại diện cho mẫu nghiên cứu 69 Mục lục I Đặt vấn đề 1 Giới thiệu .1 Mục tiêu đề tài .2 Nội dung đề tài Chương 1: Tổng quan Kháng sinh chế tác động kháng sinh vi khuẩn .4 1.1 Định nghĩa kháng sinh 1.2 Quá trình lịch sử đời loại kháng sinh đề kháng kháng sinh 1.3 Cơ chế tác động thuốc kháng sinh .5 Vi khuẩn kháng thuốc .7 2.1 Định nghĩa vi khuẩn kháng thuốc .7 2.2 Phân loại kháng thuốc Tình hình vi khuẩn kháng kháng sinh giới xu hướng .9 Tình hình vi khuẩn kháng kháng sinh Việt Nam .11 Thực hành sử dụng kháng sinh Việt Nam 13 Escherichia coli E coli sinh enzym beta-lactam phổ rộng 15 6.1 Giới thiệu vi khuẩn Escherichia coli 15 6.2 Enzym beta-lactam phổ rộng 16 Thực trạng vi khuẩn sinh enzyme beta-lactam phổ rộng giới 22 Thực trạng vi khuẩn sinh enzyme beta-lactam phổ rộng Việt Nam 26 Chương Đối tượng phương pháp nghiên cứu 29 Địa điểm thời gian nghiên cứu 29 Thiết kế nghiên cứu .29 Thời gian nghiên cứu 29 Đối tượng nghiên cứu .29 Cỡ mẫu 29 Kỹ thuật lấy mẫu .30 Hóa chất, trang thiết bị vật liệu sử dụng nghiên cứu 30 7.1 Hóa chất 30 7.2 Thiết bị 31 Nội dung nghiên cứu kỹ thuật xét nghiệm 32 70 8.1 Lựa chọn môi trường nuôi cấy 32 8.2 Khảo sát điều kiện chạy PCR 33 8.3 Sàng lọc định danh vi khuẩn E.coli sinh ESBL 34 8.4 Kỹ thuật khoanh giấy kháng sinh khuếch tán 34 8.5 Xác định nhóm gen CTX-M phân loại nguồn gốc phát sinh loài kỹ thuật PCR 35 8.6 Kỹ thuật giải trình tự gen xác định gen blaCTX-M 38 8.7 Kỹ thuật điện di trường xung (Pulsed-field gel electrophoresis-PFGE) 39 8.8 Giải trình tự gen đa điểm (Multi locus sequencing typing-MLST) 41 8.9 Tách dòng gen 44 Thu thập phân tích số liệu 46 10 Đạo đức nghiên cứu 46 Chương Kết bàn luận 5049 Kết tối ưu hoá điều kiện chạy PCR 5049 Tỷ lệ vi khuẩn E.coli sinh ESBL 5150 Tỷ lệ vi khuẩn E.coli mang gen CTX-M: 5251 Đặc điểm vi khuẩn E.coli phân lập được: 5453 4.1 Tỉ lệ vi khuẩn E.coli mang gen blaCTX-M : 5453 4.2 Phân loại nguồn gốc phát sinh loài: 5655 4.3 Tỷ lệ vi khuẩn E.coli mang gen CTX-M đa kháng thuốc .5857 Đánh giá độ tương đồng kiểu gen chủng vi khuẩn E.coli 6261 5.1 Đặc điểm tương đồng kiểu gen chủng E.coli sinh ESBL mang gen CTX-M 6261 5.2 Giải trình tự gen đa điểm, PCR đảo 6665 Chương :Kết luận .6867 71 ... nguyên nhân gây tượng vi khuẩn kháng kháng sinh ngày tăng cao Vi? ??t Nam Từ sở trên, th ực đề tài ? ?Vai trị mơ hình chăn ni hộ gia đình vi? ??c lan tràn vi khuẩn kháng kháng sinh cộng đồng? ?? Mục tiêu đề... lan tràn vi khuẩn kháng kháng sinh cộng đồng 27 Hình Mơ hình đường lây nhiễm vi khuẩn kháng kháng sinh [12] Trên sở thông tin trên, nghiên cứu chúng tơi tập trung tìm hiểu mối tương quan vi khuẩn. .. thông tin di truyền kháng thuốc từ tế bào sang tế bào khác, loài vi khuẩn sang loài vi khuẩn khác Hiện tượng kháng chéo tượng vi khuẩn kháng kháng sinh đồng thời kháng ln số kháng sinh khác có cấu