Tìm kiếm trình tự sinh học và đăng kí trình tự trên cơ sở dữ liệu

TÌM KIẾM TRÌNH TỰ SINH HỌC VÀ ĐĂNG KÝ TRÌNH TỰ TRÊN CƠ SỞ DỮ LIỆU Mục tiêu của bài học  Có khả tìm kiếm được những trình tự sinh học như DNA, RNA, Protein.  Đăng ký những trình tự đã nghiên cứu được lên Cơ sở dữ liệu sinh học bằng phần mềm Sequin. Tìm ki m trình t sinh h cế ự ọ 2 Nguyên tắc trong giải trình tự  Phương pháp Sanger: là phương pháp dựa trên sự tổng hợp gián đoạn DNA.  Dựa theo phương pháp này chúng ta có thể xác định được trình tự nucleotide của DNA hay RNA (ATGC… TTT) 3 Tìm ki m trình t sinh h cế ự ọ Nhiễm sắc thể, DNA, Gene, Nucleotide Gi i thi u môn h cớ ệ ọ 4 Gửi trình tự lên Genebank của NCBI Trình tự đã giải Gi i thi u môn h cớ ệ ọ 5 Đưa vào cơ sở dữ liệu sinh học: -NCBI - Các cơ sở dữ liệu khác Sequin Nguyên tắc tìm kiếm trình tự sau khi đã giải trình tự 1.Tìm bằng từ khóa: 2.Công cụ tìm kiếm -Mã số truy cập -Tên (gene hay Protein) -GI -Độ dài trình tự -Trọng lượng phân tử -Tên tác giả giải trình tự 3. Lọc trình tự 6 Tìm ki m trình t sinh h cế ự ọ Kết quả cần tìm Kết quả cần tìm Tìm ki m trình t sinh h cế ự ọ 7 Tìm kiếm trình tự sinh học qua NCBI Click Tìm ki m trình t sinh h cế ự ọ 8 Tìm kiếm trình tự DNA Tìm kiếm trình tự qua mã số truy cập Tìm ki m trình t sinh h cế ự ọ 9 Mã số truy cập của một trình tự là mã số do các nhà quản trị CSDLSH đặt cho một trình tự, thường có dạng :  8 ký tự : 2 chữ và 6 số ví dụ như AY690640  6 ký tự : 1 chữ và 5 số ví dụ như U20068 TÌM KIẾM TRÌNH TỰ SINH HỌC QUA MÃ SỐ TRUY CẬP Tìm ki m trình t sinh h cế ự ọ 10 [...]... Công trình này được đăng tải bởi tạp chí nào? Tác giả là ai? Trả lời 2: Giới thiệu môn học 21 Tìm kiếm trình tự protein Tìm kiếm trình tự sinh học 22 Tìm kiếm trình tự qua tên sinh vật Giới thiệu môn học 23 Định dạng trình tự dạng FASTA Giới thiệu môn học 24 Thẻ giới hạn phạm vi tìm kiếm trình tự protein           [ALL] : Tất cả các trường tìm kiếm [ACCN] : Mã số truy cập của trình tự - Accession...Kết quả tìm trình tự DNA qua mã số truy cập Giới thiệu môn học 11 Tìm kiếm trình tự qua tên gene Tìm kiếm trình tự sinh học 12 Tìm kiếm trình tự sinh học 13 Cách lấy trình tự theo định dang FASTA Giới thiệu môn học 14 Định dạng FASTA FASTA là một giải thuật bắt cặp trình tự được David J Lipman và William R Pearson miêu tả lần đầu tiên vào năm 1985 (Rapid and sensitive protein... trình tự protein là độc tố bền nhiệt có tên là ST (ST toxin) Câu hỏi: Có bao nhiêu mục bài liên quan đến trình tự protein yêu cầu được tìm thấy Trình tự protein ST toxin chủ yếu liên quan đến loài nào ? Đặc điểm của protein này? Trả lời: Cách mã hóa dùng trong trình tự amino acid Giới thiệu môn học 26 Tìm kiếm trình tự sinh học 27 Phần mềm Sequin Tìm kiếm trình tự sinh học 28 Giới thiệu môn học 29... mRNA NM_123456 Tìm kiếm trình s sinh học 17 V í dụ 2: NC_12345 Giới thiệu môn học 18 Kết quả tìm kiếm bộ gene Giới thiệu môn học 19 Thẻ giới hạn phạm vi tìm kiếm DNA          [ALL] : Tất cả các trường tìm kiếm [ACCN]: Mã số truy cập của trình tự - Accession number [GI] : Số gi [AUTH] : Tên tác giả giải trình tự- author name [PDAT] : Ngày trình tự được chỉnh sửa hay ngày trình tự được cập nhật... publication date [ORGN] : Sinh vật chứa trình tự đó - organism [TITL] :Định nghĩa trình tự trong mẫu tin – title [SLEN] :Chiều dài của trình tự - Sequence length [GENE] : Tên gene Tìm kiếm trình tự môn học 20 BÀI TẬP Chúng ta thực tập tìm kiếm trình tự gen có tên là ST GENE và lấy đoạn nucleotide theo định dạng FASTA Câu hỏi 1: Kết quả có bao nhiêu mục tìm thấy ? Trả lời 1: Câu hỏi 2: Trình tự DNA này dài bao... giải trình tự- author name [PDAT] : Ngày trình tự được chỉnh sửa hay ngày trình tự được cập nhật (update) – publication date [ORGN] : Sinh vật chứa trình tự đó - organism [TITL] : Định nghĩa trình tự trong mẫu tin – title [SLEN] : Chiều dài của trình tự - Sequence length [PROT] : Tên protein – Protein name [MOLWT] : Trọng lượng phân tử protein Giới thiệu môn học 25 Bài tập Chúng ta thực tập tìm kiếm trình. .. 28 Giới thiệu môn học 29 Các download phần mềm sequin trong NCBI Giới thiệu môn học 30 Cách đăng ký trình tự đã được giải mã qua phần mềm sequin Chọn Genebank (NCBI) Giới thiệu môn học 31 Bước 1: Điền thông tin Giới thiệu môn học 32 Tìm kiếm trình tự sinh học 33 Giới thiệu môn học 34 Giới thiệu môn học 35 Giới thiệu môn học 36 ... sinh học cần dữ liệu trình tự gene hoặc protein theo kiểu định dạng FASTA như ví dụ minh hoạ dưới đây: >tên trình tự  gattctcacttggtctgctgcaaggacgcggaccattaaaactgttcatggcccttgtggcgttctcgttt cctaacaatcccaccaacagcagggatactaaaaagatggggaacgatcaaaaaatcaaaagctat caatgtcttgagagggttcaggaaagagattggaaggatgctgaacatcttgaacaggagacgcag gacagcaggcgtgattgttatgttgattccacagcgatggcgttccatttaaccacacgcaatgg Tìm kiếm trình. .. trình tự sinh học 15 Một số mã số truy cập của RefSeq database 1 mRNAs and Proteins  NM_123456  NP_123456  NR_123456  XM_123456  XP_123456  XR_123456 2 Chromosome NC_123455 4 Assemblies NT_123456 Curated mRNA Curated Protein Curated non-coding RNA Predicted mRNA Predicted Protein Predicted non-coding RNA Microbial replicons, organelle genomes, human chromosomes Contig Tìm kiếm trình tự sinh học . TÌM KIẾM TRÌNH TỰ SINH HỌC VÀ ĐĂNG KÝ TRÌNH TỰ TRÊN CƠ SỞ DỮ LIỆU Mục tiêu của bài học  Có khả tìm kiếm được những trình tự sinh học như DNA,. h cớ ệ ọ 5 Đưa vào cơ sở dữ liệu sinh học: -NCBI - Các cơ sở dữ liệu khác Sequin Nguyên tắc tìm kiếm trình tự sau khi đã giải trình tự 1 .Tìm bằng từ khóa: