KHẢO sát đặc TÍNH gây BỆNH và BIẾN đổi DI TRUYỀN của VIRUS cúm GIA cầm TYPE a h5n1 lưu HÀNH tại ĐỒNG BẰNG SÔNG cửu LONG GIAI đoạn 2014 2016

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ TIỀN NGỌC TIÊN KHẢO SÁT ĐẶC TÍNH GÂY BỆNH VÀ BIẾN ĐỔI DI TRUYỀN CỦA VIRUS CÚM GIA CẦM TYPE A H5N1 LƯU HÀNH TẠI ĐỒNG BẰNG SÔNG CỬU LONG GIAI ĐOẠN 2014-2016 LUẬN ÁN TIẾN SĨ NGÀNH BỆNH LÝ HỌC VÀ CHỮA BỆNH VẬT NUÔI 2020 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ TIỀN NGỌC TIÊN KHẢO SÁT ĐẶC TÍNH GÂY BỆNH VÀ BIẾN ĐỔI DI TRUYỀN CỦA VIRUS CÚM GIA CẦM TYPE A H5N1 LƯU HÀNH TẠI ĐỒNG BẰNG SÔNG CỬU LONG GIAI ĐOẠN 2014-2016 LUẬN ÁN TIẾN SĨ NGÀNH BỆNH LÝ HỌC VÀ CHỮA BỆNH VẬT NUÔI MÃ NGÀNH: 62640102 CÁN BỘ HƯỚNG DẪN PGS.TS LÝ THỊ LIÊN KHAI 2020 LỜI CẢM TẠ Tơi xin chân thành bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến: Ban Giám hiệu Trường Đại học Cần Thơ, khoa Sau đại học, ban Chủ nhiệm Khoa Nông Nghiệp, Bộ môn Thú y, Quý thầy, cô giảng dạy, hướng dẫn, giúp đỡ, tạo điều kiện thuận lợi cho suốt thời gian học tập, nghiên cứu thực luận án Tôi xin trân trọng bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến hướng dẫn PGS.TS Lý Thị Liên Khai giảng dạy, động viên, giúp đỡ tạo điều kiện thuận lợi cho học tập, nghiên cứu, chăm bồi kiến thức hoàn thành luận án Xin chân thành cảm ơn anh, chị đồng nghiệp ngành thú y giúp đỡ tơi hồn thành nghiên cứu Tơi xin dành tất yêu thương lời cám ơn tới gia đình, người thân u tơi ủng hộ, chia sẻ buồn vui sống để tơi an tâm có thêm nghị lực hoàn thành luận án Tiền Ngọc Tiên i TÓM TẮT Bệnh cúm gia cầm bệnh truyền nhiễm cấp tính lồi gia cầm, virus cúm thuộc họ Orthomyxoviridae gây Bệnh cúm gia cầm type A H5N1 bắt đầu xuất Việt Nam từ cuối năm 2003 từ đến dịch bệnh xảy hàng năm virus biến đổi phân nhánh gây bệnh số địa phương nước làm chết tiêu hủy với số lượng lớn gia cầm Bên cạnh khả lây nhiễm bệnh lồi gia cầm, virus cúm type A H5N1 có khả lây nhiễm gây tử vong người Do đó, việc thực giám sát tình hình dịch bệnh, lưu hành biến đổi di truyền virus cúm gia cầm type A H5N1 có ý nghĩa quan trọng góp phần phát triển ngành chăn nuôi gia cầm bảo vệ sức khỏe người Mẫu swab dịch hầu họng gà khỏe (420 mẫu), vịt khỏe (936 mẫu) bán chợ, lò giết mổ hộ chăn ni gia cầm; 144 mẫu mơ (não, lách, khí quản, phổi) gia cầm có biểu triệu chứng, bệnh tích nghi mắc bệnh cúm gia cầm type A H5N1 thu thập để xét nghiệm Các mẫu swab mẫu mô gia cầm xét nghiệm kỹ thuật Real time RT-PCR để xác định tỷ lệ lưu hành virus đàn gia cầm nhiễm bệnh cúm 10 tỉnh/thành thuộc Đồng sơng Cửu Long (ĐBSCL) Giải trình tự gene HA 49 mẫu đại diện để xác định biến đổi, tiến hóa mối tương quan di truyền virus cúm gia cầm type A H5N1 Kết nghiên cứu cho thấy virus cúm gia cầm type A H5N1 gây bệnh chủ yếu đàn gia cầm từ 1-3 tháng tuổi, tập trung vào thời gian quý I hàng năm đàn gia cầm chưa tiêm phòng tiêm phòng chưa đầy đủ theo quy định Các đàn gia cầm mắc bệnh cúm gia cầm type A H5N1có triệu chứng phổ biến ủ rũ, bỏ ăn, sốt; phù đầu, mặt, thở khò khè, liệt chân, sả cánh, phân trắng xanh, da chân xuất huyết; thần kinh (quay vòng, co giật nghẹo cổ) bệnh tích đặc trưng não xuất huyết, phổi xuất huyết, xuất huyết lớp mỡ vành tim, gan sưng xuất huyết, lách sưng xuất huyết; khí quản xuất huyết, tích dịch Đã phát lưu hành virus cúm gia cầm type A H5N1 gà vịt bán chợ lò giết mổ; khơng phát lưu hành virus cúm gà vịt hộ chăn ni Có biến đổi mức độ nucleotide chủng virus cúm gia cầm type A H5N1 lưu hành gây bệnh gia cầm giai đoạn 2014-2016 tỷ lệ biến đổi tăng dần theo thời gian Các chủng virus cúm gia cầm type A H5N1 lưu hành gây bệnh gia cầm giai đoạn tỉnh/thành ĐBSCL thuộc phân nhánh 2.3.2.1d có trình tự acid amin vị trí quy định độc lực từ 341 đến 346 protein HA RRR–KR Đồng thời, có biến đổi vị trí acid amin protein HA yếu tố nguy làm tăng khả liên kết với thụ thể α 2-6 gắn kết vào tế bào gây bệnh người Đã xác định ii số vị trí acid amin số 82, 152, 185, 282 có vai trò quan trọng đặc tính gây bệnh virus cúm gia cầm type A H5N1, biến đổi loại acid amin vị trí có khả làm thay đổi tính gây bệnh, virus cúm gia cầm type A H5N1 chuyển đổi khả từ gây bệnh gia cầm sang gây bệnh người ngược lại Từ khóa: Cúm gia cầm, Type A H5N1, Gà, Vịt, Đồng sông Cửu Long, Nucleotide iii ABSTRACT Avian influenza is an acute infectious disease of poultry, caused by influenza virus belonging to the family Orthomyxoviridae Type A H5N1 Avian influenza has appeared in Vietnam since the end of 2003 and then this epidemic has been happening every year and the virus has always changed its pathogen in some localities in the country to kill and destroy large numbers of poultry Besides the possibility of infection on poultry species, the type A H5N1 influenza virus is also capable of infecting and killing people Therefore, the surveillance of disease, circulation and genetic variation of type A H5N1 avian influenza virus has important implications for the development of poultry industry and human health protection Oropharyngeal swab sample on healthy chickens (420 samples), on healthy ducks (936 samples) sold in markets, slaughterhouses and households; 144 tissue samples (brain, spleen, treachal, lung) of poultry with symptomatic, suspected case with type A H5N1 avian influenza were collected for testing Swab and tissue samples from poultry were tested by Real time RT-PCR technique to determine the prevalence of virus and poultry infected by type A H5N1 avian influenza in 10 provinces in the Mekong Delta HA gene sequence of 49 representative samples to determine the variation, evolution and genetic correlation of type A H5N1 avian influenza virus Research results showed that the type A H5N1 avian influenza virus caused disease mainly in 1-3 months old poultry flocks, focusing on the first quarter of the year in unvaccinated or not enough dose as prescribed vaccinated flocks The common symptoms type A H5N1 avian influenza infected poultry flocks were depression, anorexia, edema of the head, respiratory signs, leg paralysis, wings paralysis, green to white diarrhea, shanks hemorrhages; neurological sign and specific lesions such as brain hemorrhages; lungs hemorrhages; hemorrhages on heart perirenal; liver swelling, hemorrhages; spleen swelling, hemorrhages; trachea hemorrhages The circulation of type A H5N1 avian influenza virus has been detected on chickens and ducks that sold in markets and slaughterhouses; non circulation of the type A H5N1 avian influenza virus on chickens and ducks at households There was a change in the nucleotide level of type A H5N1 avian influenza viruses circulating and causing disease in poultry during the 20142016 period and the rate of changes gradually increased by time Type A H5N1 avian influenza viruses circulated and caused disease in poultry during this period in the provinces of the Mekong Delta belonging to clade 2.3.2.1d and had sequences of amino acids at cleavage sites from position 341 to 346 on protein HA is RRR-KR At the same time, there was a change in amino iv acid positions on HA protein, which increases the ability binding to α 2-6 receptors to bind to cells and cause disease in humans There were some positions of amino acid as 82, 152, 185, 282 that play an important role in the pathogenicity of type A H5N1 avian influenza virus, changes kind of amino acids in these locations will alter the pathogenicity, the type A H5N1 avian influenza virus can switch the pathogen from poultry to human and vice versa Keywords: Avian influenza, Type A H5N1, Chicken, Duck, Mekong delta, Nucleotide v Lor cAM xnr rnr euA T6i xin cam doan d6y ld c6ng trinh nghiCn criu cria ri6ng t6i, c6c ktit qu6 nghiOn ciru dugc trinh bdy lu4n 6n ld trung thgc, kh6ch quan vd chua tung dung aC Uao vQ o b6t kj,noi ddu T6i xin cam doan ring moi su gifp d0 cho viQc thpc hiQn lufln 6n d6 dugc c6m on, c6c th6ng tin trich d6n lufln 6n ndy d6u dugc chi 16 ngu6n g6c C6n bQ huring dfin Tic gii lufn 6n PGS.TS Ly Thi Li6n Khai Ti6n Nggc Ti6n V1 MỤC LỤC Lời cảm tạ i Tóm tắt Tiếng Việt ii Tóm tắt Tiếng Anh iv Trang cam kết kết vi Mục lục vii Danh sách bảng x Danh sách hình xiii Danh mục từ viết tắt xv Chương GIỚI THIỆU Chương TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1 Sơ lược bệnh cúm gia cầm 2.2 Lịch sử bệnh cúm gia cầm 2.3 Virus cúm gia cầm 2.3.1 Hình thái cấu trúc 2.3.2 Cấu trúc gene virus cúm gia cầm 2.3.3 Kháng nguyên quan trọng virus cúm gia cầm 10 2.3.4 Cơ chế đặc tính gây bệnh virus cúm gia cầm 11 2.3.5 Các phương thức biến đổi kháng nguyên virus cúm gia cầm 14 2.3.6 Sức đề kháng virus cúm gia cầm 16 2.3.7 Đường lây truyền 16 2.3.8 Tính thích ứng đa vật chủ virus cúm gia cầm 17 2.3.9 Cơ chế xâm nhiễm nhân lên tế bào vật chủ virus cúm gia cầm 17 2.3.10 Khả gây bệnh virus cúm gia cầm 19 2.4 Triệu chứng, bệnh tích bệnh cúm gia cầm 20 2.4.1 Triệu chứng 20 2.4.2 Bệnh tích 20 2.4.3 Tình hình bệnh cúm gia cầm type A H5N1 giới 21 2.4.4 Bệnh cúm gia cầm type A H5N1 Việt Nam 26 2.4.5 Bệnh cúm gia cầm type A H5N1 người 31 2.5 Một số nghiên cứu virus cúm gia cầm bệnh cúm gia cầm type A H5N1 giới Việt Nam 32 2.5.1 Trên giới 32 2.5.2 Việt Nam 38 2.6 Tình hình sử dụng vaccine phòng bệnh cúm gia cầm type A H5N1 Việt Nam 45 Chương PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 48 vii 3.1 Nội dung nghiên cứu 48 3.1.1 Nội dung 48 3.1.2 Nội dung 48 3.1.3 Nội dung 48 3.1.4 Nội dung 48 3.2 Thời gian địa điểm nghiên cứu 48 3.2.1 Thời gian 48 3.2.2 Địa điểm 48 3.3 Vật liệu nghiên cứu 48 3.3.1 Mẫu vật dùng nghiên cứu 48 3.3.2 Hóa chất chất sinh học sử dụng nghiên cứu .49 3.3.3 Trang thiết bị sử dụng nghiên cứu 49 3.3.4 Biểu mẫu thu thập thông tin 49 3.4 Phương pháp nghiên cứu 50 3.4.1 Phương pháp thu thập thông tin dịch tễ, triệu chứng, bệnh tích, xét nghiệm, xây dựng đồ dịch tễ bệnh cúm gia cầm type A H5N1 khảo sát lưu hành virus cúm gia cầm type A H5N1 số tỉnh Đồng sông Cửu Long 50 3.4.2 Phương pháp giải trình tự phân tích trình tự gene HA virus cúm gia cầm type A H5N1 gây bệnh lưu hành đàn gia cầm khỏe mạnh nuôi hộ chăn nuôi, buôn bán chợ lò giết mổ gia cầm .56 3.4.3 Phương pháp xây dựng phả hệ từ chủng virus cúm gia cầm type A H5N1 giải trình tự nghiên cứu chủng virus cúm gia cầm type A H5N1 công bố Việt Nam giới 58 3.4.4 Phương pháp phân tích trình tự acid amin protein HA để xác định đặc tính gây bệnh virus cúm gia cầm type A H5N1 60 3.4.5 Phương pháp tính tốn xử lý số liệu 60 Chương KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 61 4.1 Kết khảo sát tình hình dịch tễ; triệu chứng, bệnh tích; xét nghiệm; xây dựng đồ dịch tễ bệnh cúm gia cầm type A H5N1 khảo sát lưu hành virus cúm gia cầm type A H5N1 số tỉnh Đồng sông Cửu Long 61 4.1.1 Kết khảo sát tình hình dịch tễ; triệu chứng, bệnh tích; bệnh cúm gia cầm type A H5N1 năm 2014, 2015 2016 61 4.1.2 Kết xét nghiệm virus gây bệnh cúm gia cầm type A H5N1 đàn gia cầm tỉnh ĐBSCL năm 2014, 2015 2016 69 4.1.3 Kết xây dựng đồ dịch tễ không gian đàn gia cầm bị bệnh cúm gia cầm type A H5N1 71 viii Năm 2015 So sánh cặp quý I III Quy I 13 12 11 12 All 24 Quy III 11 12 13 12 24 All 24 24 48 Pearson 0.333 0.564 Likelihood 0.334 0.563 Ratio So sánh cặp quý I II Quy I Quy II All 13 15 7.500 7.500 2 13 15 7.500 7.500 All 15 15 30 Chi-Square Test Chi-Square DF P-Value Pearson 16.133 0.000 Likelihood Ratio 18.028 0.000 So sánh cặp quý I IV Quy I Quy IV All 13 14 7 13 14 7 All 14 14 28 Chi-Square Test Chi-Square DF P-Value Pearson 20.571 0.000 Likelihood Ratio 24.406 0.000 So sánh cặp quý II III Quy II 6.500 11 6.500 All 13 Chi-Square Test Quy III 11 6.500 6.500 13 All 13 13 26 Chi-Square DF P-Value Pearson 12.462 0.000 Likelihood Ratio 13.719 0.000 183 So sánh cặp quý III IV Quy III 11 6 All 12 Chi-Square Test Quy IV 11 12 All 12 12 24 Chi-Square DF P-Value Pearson 16.667 0.000 Likelihood Ratio 19.503 0.000 So sánh cặp quý II IV Quy II 1.500 1.500 All P (Ho) = Năm 2016 Quy IV All 1.500 1.500 0,683091 So sánh cặp quý I II Quy I 7 All 14 Chi-Square Test Quy II 14 All 14 14 28 Chi-Square DF P-Value Pearson 0.571 0.450 Likelihood Ratio 0.573 0.449 So sánh cặp quý I III Quy I 5.500 5.500 All 11 Chi-Square Test Quy III 5.500 5.500 11 All 11 11 22 Chi-Square DF P-Value Pearson 4.545 0.033 Likelihood Ratio 4.717 0.030 184 So sánh cặp quý II III Quy II Quy III 4.500 4.500 4.500 4.500 All 9 P (Ho) = 0,280087 Giai đoạn 2014-2016 All 9 18 So sánh cặp quý I II Quy I 75 48 21 48 All 96 Chi-Square Test Quy II 21 48 75 48 96 All 96 96 192 Chi-Square DF P-Value Pearson 60.750 0.000 Likelihood Ratio 64.445 0.000 So sánh cặp quý I III Quy I 75 46 17 46 All 92 Chi-Square Test Quy III 17 46 75 46 92 All 92 92 184 Chi-Square DF P-Value Pearson 73.130 0.000 Likelihood Ratio 78.965 0.000 So sánh cặp quý I IV Quy I 75 40 40 All 80 Chi-Square Test Quy IV 40 75 40 80 All 80 80 160 Chi-Square DF P-Value Pearson 122.500 0.000 Likelihood Ratio 146.994 0.000 185 So sánh cặp quý II III Quy II Quy III 21 17 19 19 17 21 19 19 All 38 38 Chi-Square Test All 38 38 76 Chi-Square DF P-Value Pearson 0.842 0.359 Likelihood Ratio 0.844 0.358 So sánh cặp quý II IV Quy II 21 13 13 All 26 Chi-Square Test Quy IV 13 21 13 26 All 26 26 52 Chi-Square DF P-Value Pearson 19.692 0.000 Likelihood Ratio 21.174 0.000 So sánh cặp quý III IV Quy III 17 11 11 All 22 Chi-Square Test Quy IV 11 17 11 22 All 22 22 44 Chi-Square DF P-Value Pearson 13.091 0.000 Likelihood Ratio 13.832 0.000 Bảng 4.5: Kết khảo sát tỷ lệ bệnh cúm gia cầm type A H5N1 đàn gia cầm tỉnh ĐBSCL theo qui mô đàn Năm 2014 So sánh cặp quy mô đàn 200 từ 200-500 500-1000 19 16.50 14 16.50 33 All 33 33 66 Chi-Square DF P-Value Pearson 1.515 0.218 Likelihood Ratio 1.521 0.217 So sánh cặp quy mô đàn từ 200-500 1000 200-500 >1000 All 14 28 42 21 21 28 14 42 21 21 All 42 42 84 Chi-Square Test Chi-Square DF P-Value Pearson 9.333 0.002 Likelihood Ratio 9.514 0.002 187 So sánh cặp quy mô đàn 500-1000 1000 >500-1000 >1000 All 19 28 47 23.50 23.50 28 19 47 23.50 23.50 All 47 47 94 Chi-Square Test Chi-Square DF P-Value Pearson 3.447 0.063 Likelihood Ratio 3.468 0.063 Năm 2015 So sánh cặp quy mô đàn 200 từ 200-500 All 500-1000 11 7.500 7.500 15 All 15 15 30 Chi-Square DF P-Value Pearson 6.533 0.011 Likelihood Ratio 6.794 0.009 So sánh cặp quy mô đàn từ 200-500 1000 200-500 5.500 5.500 All 11 Chi-Square Test >1000 5.500 5.500 11 All 11 11 22 Chi-Square DF P-Value Pearson 1.636 0.201 Likelihood Ratio 1.657 0.198 So sánh cặp quy mô đàn 500-1000 1000 >500-1000 >1000 11 9 11 9 All 18 18 Chi-Square Test Chi-Square DF Pearson1.778 Likelihood Ratio1.793 Năm 2016 All 18 18 36 P-Value 0.182 0.181 So sánh cặp quy mô đàn 200 từ 200-500 500-1000 12 All 12 12 24 Chi-Square DF P-Value Pearson 0.667 0.414 Likelihood Ratio 0.670 0.413 So sánh cặp quy mô đàn từ 200-500 1000 200-500 5.500 5.500 All 11 Chi-Square Test >1000 5.500 5.500 11 All 11 11 22 Chi-Square DF P-Value Pearson 1.636 0.201 Likelihood Ratio 1.657 0.198 190 So sánh cặp quy mô đàn 500-1000 1000 >500-1000 4.500 4.500 All P (Ho) = >1000 4.500 4.500 0.813664 All 9 18 Bảng 4.8: Kết xét nghiệm virus gây bệnh cúm gia cầm type A H5N1 tỉnh ĐBSCL So sánh cặp năm 2014 2015 DT 74 68.243 27 32.757 All 101 Chi-Square Test AT 6.757 3.243 10 All 75 36 111 Chi-Square DF P-Value Pearson 16.620 0.000 Likelihood Ratio 16.100 0.000 So sánh cặp năm 2014 2016 DT 74 63.19 17 27.81 All 91 Chi-Square Test AT 11.81 16 5.19 17 All 75 33 108 Chi-Square DF P-Value Pearson 38.415 0.000 Likelihood Ratio 37.696 0.000 So sánh cặp năm 2015 2016 DT 27 22.96 17 21.04 All 44 Chi-Square Test AT 13.04 16 11.96 25 All 36 33 69 Chi-Square DF P-Value Pearson 4.110 0.043 Likelihood Ratio 4.149 0.042 191 Bảng 4.9: Kết khảo sát lưu hành virus cúm gia cầm type A H5N1 đàn gia cầm khỏe năm 2014, 2015 2016 So sánh cặp năm 2014 2015 2014 24 27.66 AT 336 332.34 All 360 Chi-Square Test DT 2015 35 31.34 373 376.66 408 All 59 709 768 Chi-Square DF P-Value Pearson 0.986 0.321 Likelihood Ratio 0.993 0.319 So sánh cặp năm 2014 2016 2014 DT 24 25.44 AT 336 334.56 All 360 Chi-Square Test 2016 43 41.56 545 546.44 588 All 67 881 948 Chi-Square DF P-Value Pearson 0.142 0.706 Likelihood Ratio 0.143 0.705 So sánh cặp năm 2015 2016 2015 35 31.95 AT 373 376.05 All 408 Chi-Square Test DT 2016 43 46.05 545 541.95 588 All 78 918 996 Chi-Square DF P-Value Pearson 0.534 0.465 Likelihood Ratio 0.530 0.467 Bảng 4.10: Kết khảo sát lưu hành virus cúm gia cầm type A H5N1 đàn gia cầm khỏe hộ chăn nuôi, chợ lò giết mổ LM DT 90 81.50 AT 848 856.50 All 938 Cho 12 20.50 224 215.50 236 All 102 1072 1174 192 Chi-Square Test Chi-Square DF P-Value Pearson 4.835 0.028 Likelihood Ratio 5.425 0.020 Bảng 4.11: Kết khảo sát lưu hành virus cúm gia cầm type A H5N1 giai đoạn 2014-2016 theo loài gia cầm Ga Vit DT 17 85 31.59 70.41 AT 403 851 388.41 865.59 All 420 936 Chi-Square Test All 102 1254 1356 Chi-Square DF P-Value Pearson 10.559 0.001 Likelihood Ratio 11.739 0.001 193 Phụ lục 1: PHIẾU THÔNG TIN BỆNH PHẨM GIA CẦM Họ tên người lấy …………………………………………………………… Số điện thoại:………………………………… Fax…………………………… Họ tên chủ gia cầm nơi lấy mẫu:…………………………………………… Địa chỉ: Ấp……………Xã…………………Huyện…………Tỉnh…………… Loại gia cần:………Lứa tuổi:……Giống……………….Giới tính…………… Loại bệnh phẩm:……………………Số lượng:……………………………mẫu Ngày lấy mẫu:……………………Ký hiệu mẫu:……………………………… Tình trạng bệnh phẩm:………………………………………………………… 1- Diễn biến: - Ngày bị bệnh: ………………………Tổng đàn:…………………con - Số bệnh:…………………………Số chết:……………………con - Vaccine dùng:………………………Thời gian:…………………… - Thuốc điều trị:……………………………Thời gian:………………… 2- Triệu chứng: Sốt Thở khò khè Liệt chân Phân xanh trắng Phù đầu, mặt Mào, tích thâm tím Sã cánh Phân lẫn máu - Triệu chứng khác:……………………………………………………… 3- Bệnh tích: Gan Khí quản Ruột Sưng Xuất huyết Hoại tử Xuất huyết Tích dịch Xuất huyết Viêm loét Xuất huyết mỡ vành Tim Viêm tim Cơ tim nhão Túi khí dày đục Hậu mơn xuất huyết Cơ ngực xuất huyết Cơ đùi xuất huyết Lách Phổi Dạ dầy tuyến Xương Buồng trứng Sưng Xuất huyết Hoại tử Xuất huyết Viêm Xuất huyết Viêm loét Dị dạng Mềm Giòn Viêm dính Teo Trứng vỡ Trứng dị dạng Thận Não Dây thần kinh Túi Fabricius Dịch hoàn Sưng Xuất huyết Hoại tử Xuất huyết Sung huyết Sưng Viêm Sưng Teo Xuất huyết Sưng Teo Xuất huyết Bệnh tích khác:…………………………………………………………… Ngày…… tháng…… năm…… Người thu thập thông tin (Ký, ghi rõ họ tên) 194 Phụ lục 2: PHIẾU THÔNG TIN MẪU SWAB GIA CẦM ngày .tháng………năm 201… Thông tin nơi lấy mẫu swab gia cầm: - Tên ………………………………………………………….………., - Xã: ……………………………… Huyện: ………………… …., Tỉnh/thành phố:……………………………………………………… Thông tin mẫu swab gia cầm - Loài gia cầm:…………………….Số lượng mẫu:…………………… - Loài gia cầm:…………………….Số lượng mẫu:…………………… Người thu thập thông tin (ký tên) 195 Phụ lục 3: Tổng đàn gia cầm qua năm 2014, 2015, 2016 STT Tên tỉnh Thành phố Năm 2014 Năm 2015 Năm 2016 Gà Vịt Gà Vịt Gà Vịt An Giang 1,093,480 3,269,570 1,120,780 3,125,420 1.077.560 3.351.850 Bạc Liêu 1,060,000 1,477,600 1,060,000 1,477,600 964.000 1.383.100 Cà Mau 757,798 479,222 730,898 380,922 785.641 427.333 Đồng Tháp 571,181 4,124,127 1,025,540 3,289,770 1.097.480 3.583.470 Hậu Giang 1,107,140 2,506,870 1,127,860 2,167,790 1.217.110 2.562.760 Kiên Giang 2,116,880 3,111,220 1,916,800 3,362,650 2.127.780 3.164.530 Sóc Trăng 3,148,598 1,471,654 3,184,821 1,471,654 3.942.000 1.988.000 TP.CầnThơ 548,449 1,326,698 537,023 1,175,141 544.430 1.191.383 Trà Vinh 2,702,051 1,776,130 2,787,820 1,767,880 2.707.600 1.489.900 10 Vĩnh Long 3,990,140 2,715,590 4,194,870 2,537,830 4.826.630 2.846.200 19.290.231 21.988.526 Tổng cộng 17,095,717 22,258,681 17,686,412 20,756,657 Nguồn: Cục Thống kê tỉnh, thành phố 196 Phụ lục 4: Kết giải trình tự gene HA virus cúm gia cầm type A H5N1 1.https://dna2.macrogen.com/eng/access_confirm_zip7.jsp?invkey=E16AF75DB F0C15AC363B393C22BAE0CF&uI=ECTAD&oN=170815FN132&fn=170815FN-132.zip 2.https://dna2.macrogen.com/eng/access_confirm_zip7.jsp?invkey=4A70EC226 4B77B14B1BB7F20EC81ABF9&uI=ECTAD&oN=170815FN131&fn=170815FN-131.zip 3.https://dna2.macrogen.com/eng/access_confirm_zip7.jsp?invkey=5C9DE4A38 6BDF71C2E34CE571DF7370F&uI=ECTAD&oN=181002FR052&fn=181002FR-052.zip 4.https://dna2.macrogen.com/eng/access_confirm_zip7.jsp?invkey=262139BDB DC2EDE693FE9D5D194EA273&uI=ECTAD&oN=170815FN129&fn=170815FN-129.zip 197 ... biến đổi di truyền virus cúm gia cầm type A H5N1 gây bệnh lưu hành tỉnh vùng Đồng sông Cửu Long - Xác định mối tương quan di truyền chủng virus cúm gia cầm type A H5N1 gây bệnh lưu hành gia cầm; ... acid amin protein HA virus cúm gia cầm type A H5N1 gây bệnh gia cầm năm 2016 Vị trí biến đổi acid amin protein HA virus cúm gia cầm type A H5N1 gây bệnh gia cầm năm 2016 so sánh với chủng virus gây. .. chứng bệnh cúm gia cầm type A H5N1 Tần suất xuất bệnh tích bệnh cúm gia cầm type AH5N1 Kết xét nghiệm virus gây bệnh cúm gia cầm type A H5N1 tỉnh ĐBSCL Tỷ lệ lưu hành virus cúm gia cầm type A H5N1