Chuong3 co so phuong phap tinh co hoc phan tu

CHƯƠNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH CƠ HỌC PHÂN TỬ (Molecular Mechanics, MM) Phần I Phần II Phần III I Cơ học phân tử gì? - Cơ học phân tử (MM) phương pháp mô cấu trúc phân tử dựa học cổ điển - Những gần MM: + Mỗi nguyên tử hạt + Mỗi hạt có thơng số tính chất + Tất hạt tương tác với  Vị trí nguyên tử phân tử (tạo nên hình học phân tử) xác định NĂNG LƯỢNG Sự gần MM Dao động nguyên tử phân tử: -Ngun tử ln dao động xung quanh vị trí cân -Mỗi dao động ứng với lượng xác định (Hóa học lượng tử tính xác tần số dao động phân tử), tùy thuộc vào đặc điểm liên kết nguyên tử -Đặc trưng liên kết xác định phương pháp quang phổ học (IR, Raman, …) -Mỗi loại liên kết ứng với mức lượng xác định  Áp dụng gần cầu móc vào lò xo (Balls on a spring) để mơ tả liên kết nguyên tử Sự gần cầu móc vào lò xo ngun tử phân tử (Balls on a spring) Năng lượng theo phương pháp MM Biết lực tác dụng lên nguyên tử thông qua Định luật Hooke  Tính lượng hệ Năng lượng phân tử bao gồm số hạng: E = Ebonded + Enon-bonded Ebonded= Ebondstretching + Eanglebending + Etorsion Enon-bonded=Eelectrostatic+EvdW+Ehbond 1) Ebondstretching 2) Eanglebending Ảnh hưởng số lực tới đường cong 3) Etorsion 4) Enon-bonded Năng lượng theo MM hay Force Field (FF) FF: -Là thuật tốn mơ học phân tử -Là phương trình tốn học mơ lượng hệ theo học cổ điển, gồm tổng số hạng (gọi Hamiltonian) -Là thơng số đưa vào phương trình lượng ứng với phân tử  Bộ thông số topo cho tất nguyên tử liên kết liên quan -Tọa độ nguyên tử thông tin đầu vào FF để tính lượng tương ứng phân tử Năng lượng theo MM hay Force Field (FF) - Tìm thơng số xuất phát từ thực nghiệm: - Các thông số thu từ quang phổ học, tần số dao động, độ dài liên kết, … số phân tử - Sau đưa vào phương trình tiếp tục fitting cho phân tử khác để phù hợp với thực nghiệm - Tìm thơng số từ tính tốn hóa học lượng tử: - Thơng số hóa từ kết tính hóa học lượng tử - Fitting với thực nghiệm  ... Enon-bonded=Eelectrostatic+EvdW+Ehbond 1) Ebondstretching 2) Eanglebending Ảnh hưởng số lực tới đường cong 3) Etorsion 4) Enon-bonded Năng lượng theo MM hay Force Field (FF) FF: -Là thuật tốn mơ học