Nguyên tắc hoạt động của các bioscrubber khác với biofilter ở chỗ là các chất độc được hấp thụ bằng nước và bị phân hủy lần lượt bởi vi sinh vật nằm trong các thiết bị khác nhau. Thành phần cấu tạo quan trọng nhất của bioscrubber là thiết bị hấp thụ (absorber) là nơi diễn ra sự trao đổi khối lượng chất giữa khí thải nhiễm bẩn và chất hấp thụ. Khi thiết kế bất kỳ kiểu absorber nào người ta cũng phải đặc biệt chú ý đến việc làm tăng diện tích bề mặt phân chia phase, là yếu tố quyết định hiệu quả của việc hấp thụ. Bên trong absorber các chất độc và oxy di chuyển vào nước, do đó khí thoát ra khỏi absorber sẽ ở dạng được làm sạch, còn nước thì ở trạng thái nhiễm bẩn. Sơ đồ thiết bị lọc ở mô tả ở hình 9.1, bao gồm bộ phận thu góp (aerotank) nằm ở phần đáy của absorber (1). Một đường ống được lắp vào bên trên aerotank để đưa khí nhiễm bẩn vào (2). Không khí đã được làm sạch thoát ra ngoài qua lỗ số (3). Ở phần trên của bioscrubber lắp các màng lọc (4) và ống dẫn (5) nằm bên cạnh vòi phun (6). Nước tuần hoàn trong hệ thống có chứa bùn hoạt tính nằm trong aerotank (1), luôn có độ pH được duy trì ở mức cần thiết nhờ sự trợ giúp của thiết bị chuyên dụng. Hệ thống này cũng sử dụng cả than hoạt tính, khoảng 4gl, trộn lẫn với bùn hoạt tính. Khi thiết bị hoạt động, không khí bẩn đi vào theo ống dẫn (2) qua các lớp màng lọc (4) tới lỗ thoát ra. Đồng thời từ aerotank (1) bằng máy bơm theo đường ống (8) dịch lỏng tẩy rửa được phun qua vòi phun. Khi xuất hiện dòng xoáy mạnh và đạt được các chỉ số trao đổi chất cao, thì quá trình làm sạch khí khỏi các tạp chất độc hại sẽ được coi là đạt yêu cầu. Sự có mặt của than hoạt tính sẽ làm tăng các chỉ số làm sạch, bởi vì một số chất độc có mặt trong không khí sẽ hấp thụ trên lớp than và quá trình phân huỷ chúng sẽ diễn ra trong aerotank. Các tế bào vi sinh vật tham gia vào thành phần của bùn hoạt tính và những enzyme ngoại bào do chúng tiết ra cũng được giữ lại trên than hoat tính. Nước sạch được cung cấp vào aerotank theo đường ống (9) đồng thời theo đường ống thoát (10), một lượng tương ứng nước rửa cùng với bùn hoạt tính sẽ đổ vào bể lắng (12). Khi cần thiết có thể đưa chất kết tủa từ bể lắng trở lại earotank theo (14), (15) hay đưa ra khỏi hệ thống theo các đường (11), (13).