sinh học phân tử
Edited by Foxit Reader Copyright(C) by Foxit Software Company,2005-2007 For Evaluation Only Phụ lục Một số thuật ngữ Adenine (A) Adenosine diphosphate (ADP) Một ribonucleoside 5’-diphosphate cấu tạo từ adenine, đường ribose (5C) hai gốc phosphate ADP có tác dụng nhận phosphate chu trình lượng tế bào Adenosine triphosphate (ATP) Một ribonucleoside 5’-triphosphate cấu tạo từ adenine, đường ribose (5C) ba gốc phosphate ATP phân tử chứa lượng hóa học tế bào, (chloroplast) Các gốc phosphate ATP có mang liên kết bị thủy phân phóng thích lượng tự lớn Allele Một nhiều dạng khác gen chiếm locus xác định nhiễm sắc thể Amber codon Amino acid Là phân tử nhỏ mang gốc amine (-NH3) gốc carboxyl (-COOH) liên kết với nguyên tử carbon Amino acid Sinh học phân tử 218 đơn vị cấu trúc sở chuỗi polypeptide Có 20 amino acid khác chuỗi polypeptide Aminoacyl-tRNA (aminoacyl-tRNA) Một ester aminoacyl với tRNA tương ứng amino acid AMP vịng (cyclic AMP, cAMP) Là phân tử AMP mà gốc phosphate liên kết với vị trí 3’ 5’ đường ribose cAMP thông tin thứ hai tế bào Sự tạo thành cAMP (xúc tác enzyme adenylate cyclase) kích thích số hormone Ampicillin (Amp) Antisense Trình tự khơng mã hóa phân tử DNA sợi đôi Chuỗi (chuỗi ngược chiều) bổ sung với mRNA làm khuôn mẫu cho tổng hợp mRNA Antisense molecule Át chế (epistasis) Tác dụng tương hỗ gen gen cản trở biểu kiểu hình gen khơng alelle với ATP-ase Enzyme thủy phân ATP thành ADP phosphate, thường phối hợp với biến đổi lượng ATP-synthetase Enzyme tổng hợp ATP từ ADP phosphate trình phosphoryl oxy hóa (oxidative phosphorylation) màng ty thể Baculovirus Bản đồ cắt hạn chế (restriction map) Trình tự vị trí nhận biết (recognition sites) tất enzyme hạn chế (restriction enzyme hay restriction endonuclease, RE) phân tử DNA (genetic map) Sinh học phân tử 219 hay (restriction map) Xem đồ cắt hạn chế (analog base) - - -C Bazơ nitơ (nitrogen base) nên thông tin d Bắt cặp bổ sung (complementary base pairing) Sự kết hợp thành đôi nitrogen base nằm hai mạch đơn chuỗi xoắn kép DNA-DNA, DNA-RNA RNA-RNA thông qua mối liên kết hydrogen Sự bắt cặp mang tính đặc hiệu: guanine bắt cặp với cytosine, cịn adenine bắt cặp với thymine DNA uracil RNA Biến đổi hậu dịch mã (post-translational modification) Sự thay đổi liên kết hóa trị xảy chuỗi polypeptide, sau chuỗi polypeptide tách khỏi ribosome trước trở thành protein hoạt động thực Biến đổi mRNA (mRNA processing) Q trình tạo thành mRNA hồn chỉnh (mature mRNA) hoạt động chức từ sản phẩm phiên mã sơ cấp mRNA tiền thân chưa hoàn chỉnh (pre-mRNA) Trong trình đoạn intron bị loại bỏ đoạn exon nối lại với Sinh học phân tử 220 Biến nạp (transformation) Là trình truyền DNA ngoại lai vào tế bào nhận, chẳng hạn sphaeroplast protoplast, hợp nhiễm sắc thể nhờ tái tổ hợp tương đồng biến đổi đơn vị chép tự trị (autonomous replicon) Sự biến nạp xuất điều kiện tự nhiên số vi khuẩn (ví dụ: Bacillus, Haemophilus, Neisseria Streptococcus), nhiều vi khuẩn (ví dụ: E coli) thể sinh vật eukaryote biến nạp xuất tế bào “thấm” DNA phương pháp nhân tạo như: hóa biến nạp, điện biến nạp Biến tính (denaturation) Là tượng chuyển từ dạng mạch kép sang dạng mạch đơn DNA RNA thường nhiệt gây nên Biến tính protein tượng chuyển từ cấu hình hoạt động thành dạng không hoạt động Biểu gen (gene expression) Là trình phiên mã (transcription) dịch mã (translation) gen để tạo sản phẩm protein (backbone) - Cảm ứng (induction) Liên quan đến khả tổng hợp số enzyme (sản phẩm gen) vi khuẩn có mặt chất (substrate) enzyme môi trường Khi sử dụng cho khái niệm điều hòa biểu gen, từ có nghĩa khởi động trình phiên mã tương tác chất cảm ứng (inducer) với protein điều hịa Ví dụ: E coli, ) CAP (catabolite gene activator protein) Protein hoạt hóa gen dị hóa Một protein điều hịa đặc biệt, kiểm soát khởi đầu phiên mã gen sản xuất enzyme cần thiết cho tế bào, để sử dụng “thức ăn” khác khơng có mặt glucose Cặp bazơ (base pair, bp) Là liên kết A-T C-G phân tử DNA mạch kép, đơn vị đo chiều dài phân tử DNA Cấu trúc bậc (primary structure) Bao gồm trình tự amino acid cầu nối disulfide chuỗi chuỗi Sinh học phân tử 221 polypeptide Ở trường hợp nucleic acid, trình tự nucleotide chuỗi DNA RNA nối với nhờ liên kết phosphodiester Cấu trúc bậc hai (secondary structure) Là nối liền amino acid từ đầu (đầu tận N) tới đầu (đầu tận C) phân tử protein Cũng vậy, trình tự nucleic acid nối liền nucleotide từ đầu (đầu 5’) tới đầu (đầu 3’) chuỗi DNA Cấu trúc bậc ba (tertiary structure) Cấu trúc ba chiều dạng cuộn xoắn phân tử protein chuỗi polynucleotide Cấu trúc bậc bốn (quaternary structure) Cấu trúc ba chiều protein có nhiều tiểu đơn vị (subunit), theo kiểu mà tiểu đơn vị kết hợp khớp với Cầu disulfide (disulfide bridge) Liên kết đồng hóa trị tạo thành hai chuỗi polypeptide qua trung gian gốc cystine Chạc ba chép (replication fork) Cấu trúc hình chữ Y hình thành phân tử DNA mạch kép dãn xoắn để lộ hai sợi đơn làm khuôn mẫu cho tổng hợp DNA (sự tái bản) Chất cảm ứng (inducer) Một hợp chất hóa học Chất dị nhiễm sắc (heterochromatin) Bao gồm vùng hệ gen thường xuyên trạng thái cô đặc khơng biểu di truyền Trạng thái vĩnh viễn hay tạm thời Chất nhiễm sắc (chromatin) Phức hợp DNA protein nhân giai đoạn nghỉ trình phân bào Trong giai đoạn phân biệt nhiễm thể riêng lẻ Tên gọi bắt nguồn từ phản ứng với màu nhuộm đặc trưng cho DNA phức hợp Chất nhiễm sắc thật (euchromatin) Chất nhiễm sắc chứa gen phiên mã Chất ức chế (repressor) Sản phẩm protein gen ức chế Sinh học phân tử 222 Chromosome walking Kỹ thuật dùng để lập đồ nhiễm sắc thể từ tập hợp đoạn DNA cắt hạn chế chồng lên (overlapping) Bắt đầu từ thư viện chứa đoạn DNA nói tạo dòng Một đoạn DNA mang gen biết lựa chọn sử dụng probe để nhận dạng (ví dụ: cách lai khuẩn lạc) đoạn khác, đoạn chồng lên chứa gen Sau đó, trình tự nucleotide đoạn phân tích nhờ xác định tồn đoạn nhiễm sắc thể Từ đó, đồ vùng đặc biệt xây dựng Chu trình sinh tan (lylic cycle) Một kiểu chu trình sống thực khuẩn thể (bacteriophage) xâm nhiễm vi khuẩn, điều khiển hoạt động sinh sản sinh trưởng gen sinh bacteriophage hệ C (lysogenic cycle) Là tượng hệ gen bacteriophage diện trạng thái ổn định không sinh tan tế bào vật chủ sống Các tế bào vật chủ tiếp tục sinh trưởng phân chia, chép hệ gen bacteriophage (prophage) phối hợp với nhiễm sắc thể vật chủ cho tế bào phân chia prophage chuyển vào hai tế bào Prophage trì cách hợp nhiễm sắc thể vật chủ (ví dụ: bacteriophage λ, bacteriophage Φ105) plasmid bên ngồi nhiễm sắc thể (ví dụ: bacteriophage P1 bacteriophage F116) Tế bào vật chủ khơng thể biểu kiểu hình biến đổi Chuỗi contig (contiguous sequence) (overlapping) (concatemer) Chuỗi mã hóa (coding sequence) Đoạn phân tử DNA mang mã di truyền xác định để phiên mã thành mRNA sau dịch mã thành chuỗi polypeptide (transgenic) (foreign DNA) kỹ thuật khác (Agrobacterium, vi tiêm, bắn gen, xung điện ) vào thể vật chủ (vi sinh vật, động vật thực vật) Sinh học phân tử 223 Cistron Thuật ngữ cũ, đơn vị DNA tương ứng với gen Cordycepin Corepressor Cosmid λ cos Cytosine (C) Base pyrimidine có DNA Trên DNA mạch kép cytosine bắt cặp với base purine guanine (G) D-loop Deoxyribonucleotide triphosphate (dNTP) triphosphoryl hóa (“ ” ) Deoxyribonuclease (DNase) hủy) DNA sợi đôi DNA sợi đơn (phân Deoxyribonucleic acid (DNA) ,t nucleotide (U), Sinh học phân tử 224 Năm 1962, Watson (Mỹ) Crick (Anh) chia sẻ Giải Nobel với Wilkins (Anh) phát minh cấu trúc khơng gian DNA ý nghĩa việc truyền thông tin di truyền Điều đáng tiếc Franklin, người có đóng góp đáng kể cho phát minh trước Theo qui định Giải Nobel khơng dược phép tặng cho người Deoxyribose Phân tử đ (heteropolymer) (heterologous) (nick translation) [ - P]dCTP nhờ enzyme DNA polymerase I E 32 coli (translation) rên khuôn mRNA Quá trình chuyển thơng tin di truyền trình tự base mRNA sang trình tự amino acid chuỗi polypeptide tế bào cịn gọi q trình sinh tổng hợp protein (hybrid-arrested translation) dịch mã phân tử mRNA đặc biệt (trong hệ thống dịch mã in vitro) bị ngăn chặn hình thành đoạn lai mRNA với phân tử RNA (antisense RNA) DNA (ví dụ: cDNA) bổ sung Dịch mã ngược (reverse translation) Là kỹ thuật phân lập gen nhờ khả chúng việc lai với đoạn mã oligonucleotide đó, đoạn chuẩn bị cách dự đoán đoạn mã nucleic acid từ đoạn mã hóa protein biết trước Dideoxyribonucleotide triphosphate (ddNTP) (sequencing) Dimer DNA (complementary DNA, cDNA) khuôn mẫu mRNA nhờ trình Sinh học phân tử (reverse 225 transcription) : mRN chu xây dựng thư viện cDNA (cDNA library) (foldback DNA) (inverted repe DNA khuôn mẫu (template DNA) DNA polymerase Năm 1959, hai nhà khoa học người Mỹ Kornberg Ochoa nhận Giải Nobel nghiên cứu làm sáng tỏ chế trình chép DNA liên quan đến DNA polymerase I DNA replicase Phức hợp enzyme protein đặc hiệu, cần thiết cho tái DNA DNA siêu xoắn (supercoiled DNA) DNA xoắn lại thân nó, thường kết gấp khúc, mở xoắn xoắn lại chuỗi xoắn kép DNA (satellite DNA) Là đoạn DNA mang trình tự lặp Dịng (clone) Tập hợp tế bào phân tử giống hệt bắt nguồn từ tế bào hay phân tử ban đầu Sinh học phân tử 226 (germ line) Dot blot Là k đoạn mồi DNA có đánh dấu đồng vị phóng xạ Đa cistron (polycistronic) (restriction fragment length polymorphism, RFLP) Tính đa hình chiều dài đoạn cắt hạn chế để sai biệt di truyền vị trí nhận biết enzyme hạn chế (chẳng hạn thay đổi nucleotide) dẫn đến sai biệt chiều dài đoạn hình thành từ phản ứng cắt hạn chế DNA với enzyme RFLP thường dùng để thiết lập đồ di truyền với số marker di truyền biết trước Đại phân tử (macromolecule) Một phân tử có khối lượng khoảng từ vài nghìn tới nhiều triệu (end labelling) polynucleotide kinase lồi (blunt end) 5’ (protruding ends) (cohesive ends sticky ends) DN Đầu tận C (C terminus) Gốc ặc chuỗi polypeptide Đầu tận N (N terminus) Gốc amine (NH2) vị trí tận phân tử protein chuỗi polypeptide Tất polypeptide tổng hợp đầu này, đến gốc carboxyl tận (nick) sợi đơn DNA sợi đơi Điểm nóng (hot spot) Vị trí gen có xu hướng bị đột biến nhiều hẳn so với vị trí khác phân tử DNA Sinh học phân tử 227 ... (restriction enzyme hay restriction endonuclease, RE) phân tử DNA (genetic map) Sinh học phân tử 219 hay (restriction map) Xem đồ cắt hạn chế (analog base) - - -C Bazơ nitơ (nitrogen base) nên thông tin... bp) Là liên kết A-T C-G phân tử DNA mạch kép, đơn vị đo chiều dài phân tử DNA Cấu trúc bậc (primary structure) Bao gồm trình tự amino acid cầu nối disulfide chuỗi chuỗi Sinh học phân tử 221 polypeptide... động sinh sản sinh trưởng gen sinh bacteriophage hệ C (lysogenic cycle) Là tượng hệ gen bacteriophage diện trạng thái ổn định không sinh tan tế bào vật chủ sống Các tế bào vật chủ tiếp tục sinh