Xác định các tương tác của protein xuyên màng nấm men trên quy mô lớn ppsx

Xác định các tương tác của protein xuyên màng nấm men trên quy mô lớn Miller và đồng sự thực hiện sàng lọc trên quy mô l ớn để xác định tương tác gi ữa các protein xuyên màng của Saccharomyces cerevisiae bằng kỹ thuật ubiquitin phân tách cải tiến (modified split-ubiquitin). Trong số 705 protein xuyên màng đã chú thích, các tác giả xác định được 1.985 tương tác giả định liên quan đến 536 protein. Nhằm tăng độ tin cậy, họ sử dụng thuật toán SVM (support vector machine ) đ ể phân loại các tương tác dựa trên kết quả thí nghiệm và dữ liệu protein thu được từ các nguồn tài liệu sẵn có khác. Sử dụng các tương tác đã xác định cũng như được đưa ra nhờ máy tính trước đây để “huấn luyện” SVM. Qua đó tìm ra 4 nhóm tương tác theo m ức độ tin cậy giảm dần gồm 131 tương tác có độ tin cậy cao nhất, tiếp đến l à 209, 468 và 1.085 tương tác có độ tin cậy thấp. Nghiên cứu này đã tìm thấy có rất nhiều tương tác giả định của một nhóm protein mà thật sự chúng khó phân tích với hiệu suất cao nếu dùng các cách tiếp cận khác. Kết quả còn cho th ấy rằng trong các nghiên cứu trước đây, người ta đã bỏ sót một số thành phần trong quan trọng các quá trình sinh học và vai trò chức năng của các protein xuyên màng. Large-scale identification of yeast integral membrane protein interactions. Miller JP, Lo RS, Ben-Hur A, The split- ubiquitin membrane yeast two- hybrid system Desmarais C, Stagljar I, Stafford Noble W, Fields S. Proc Natl Acad Sci USA 2005 Aug 10 Sau đây là đánh giá về nghiên cứu này tại F1000 ngày 18-8- 2005 F1000 Factor 3.0 John Yates The Scripps Research Institute, United States of America CHEMICAL BIOLOGY Bài báo này mô tả cách tiếp cận m ới giúp giải quyết thách thức về mặt công nghệ trong lĩnh vực tương tác protein-protein của các protein xuyên màng. Các tác giả đã dùng hệ thống ubiquitin phân tách cải tiến để sàng lọc tương tác protein-protein của các protein xuyên màng của S. cerevisiae. Họ đánh giá mức độ tin cậy của 1.985 tương tác bằng thuật toán SVM trên cơ sở các tương tác đã biết từ tài liệu và các tương tác đã được đánh giá trên máy tính. . Xác định các tương tác của protein xuyên màng nấm men trên quy mô lớn Miller và đồng sự thực hiện sàng lọc trên quy mô l ớn để xác định tương tác gi ữa các protein xuyên màng. để sàng lọc tương tác protein- protein của các protein xuyên màng của S. cerevisiae. Họ đánh giá mức độ tin cậy của 1.985 tương tác bằng thuật toán SVM trên cơ sở các tương tác đã biết từ. này mô tả cách tiếp cận m ới giúp giải quy t thách thức về mặt công nghệ trong lĩnh vực tương tác protein- protein của các protein xuyên màng. Các tác giả đã dùng hệ thống ubiquitin phân tách