bài tập môn học

Cửa sổ Alignment Editor trong chương trình Mega...7Hình 2.13.. Cửa sổ DataType for Alignment trong chương trình Mega...7Hình 2.14.. Copy các đoạn trình tự vào chương trình Mega...8Hình 2

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINHKHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÀI TẬP MÔN HỌC

SINH TIN HỌC

Ngành họcMã ngànhChuyên ngànhNhóm thực hiệnNiên khóa

: CÔNG NGHỆ SINH HỌC: D420201

: CÔNG NGHỆ SINH HỌC: NHÓM 26 THỨ 3 CA 3: 2021 – 2025

TP Thủ Đức, 6/2024

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINHKHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÀI TẬP MÔN HỌC

SINH TIN HỌC

Hướng dẫn khoa họcSinh viên thực hiệnMSSVKÍ TÊN

PGS.TS NGUYỄN BẢO QUỐC NGUYỄN LAN ANHNGUYỄN THỊ LAN ANHĐỖ NGỌC BẢO CHÂNPHẠM THỊ MỸ HẠNH

21126054

TP Thủ Đức, 6/2024

1.2 Nội dung thực hiện 1

CHƯƠNG 2 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2

2.1 Vật liệu 2

2.1.1 Cơ sở dữ liệu 2

2.1.2 Chương trình 2

2.2 Các bước thực hiện 2

2.2.1 Lấy sequence từ các accession numbers và cho biết tên loài 2

2.2.2 Blast và xác định tên loài của mẫu 1 3

2.2.3 Xây dựng cây di truyền các accession number 7

3.1.15 KT216570.1 30

3.1.16 LN890068.1 31

3.1.17 KF419123.1 33

3.1.18 KP706808.1 34

3.2 Blast và xác định tên loài của mẫu 1 35

3.3 Xây dựng cây di truyền các accession number 36

DANH SÁCH CÁC HÌNH

Hình 2.1 Truy cập vào trang web NCBI 2

Hình 2.2 Xác định sequence từ Accession number 2

Hình 2.3 Trình tự nucleotide 3

Hình 2.4 Giao diện chương trình Chromas 3

Hình 2.5 Mẫu 1 trên chương trình Chromas 4

Hình 2.6 Copy trình tự từ Chromas 4

Hình 2.7 Trình tự mẫu 1 trong Word 5

Hình 2.8 Giao diện trang BLAST trên web NCBI 5

Hình 2.9 Copy trình tự vào trang BLAST trên web NCBI 6

Hình 2.10 BLAST 6

Hình 2.11 Giao diện chương trình Mega 7

Hình 2.12 Cửa sổ Alignment Editor trong chương trình Mega 7

Hình 2.13 Cửa sổ DataType for Alignment trong chương trình Mega 7

Hình 2.14 Copy các đoạn trình tự vào chương trình Mega 8

Hình 2.15 Chọn Align by MUSCLE 8

Hình 2.16 Alignment Options trong chương trình Mega 8

Hình 2.17 Lưu file 9

Hình 2.18 Mở file vừa lưu 9

Hình 2.19 Chọn Compute Overall Mean Distance 9

Hình 2.20 Cửa sổ M11: Analysis Preferences 10

Hình 2.21 Kết quả phân tích Overall mean distance 10

Hình 2.22 Chọn Construct/Test Neighbor-Joining Tree 10

Hình 2.23 Cửa sổ M11: Analysis Preferences 11

Hình 2.24 Kết quả Boostrap consensus tree 11

Hình 3.1 Kết quả BLAST trình tự mẫu 1 34

Hình 3.2 Cây di truyền từ trình tự của 18 loài 35

Hình 3.3 Cây di truyền từ trình tự của mẫu 1 35

CHƯƠNG 1 MỞ ĐẦU

1.1 Mục tiêu môn học

Giới thiệu kiến thức cơ bản về tin sinh học, và các ứng dụng thực tế của tin sinhhọc, trang bị những phương pháp và công cụ tin sinh học cơ bản để giải quyết các bàitoán quan trọng trong tin sinh học như tìm kiếm, cập nhật, tổng hợp, khai thác thôngtin.

1.2 Nội dung thực hiện

Nội dung 1: Xác định sequence và tên loài từ các accession numbers.Nội dung 2: Blast và xác định tên loài của mẫu 1.

Nội dung 3: Xây dựng cây di truyền các accession number.

CHƯƠNG 2 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

2.2.1 Lấy sequence từ các accession numbers và cho biết tên loài

Bước 1: Truy cập vào trang web NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)

Mở list All Databases chọn Nucleotide, Nhập Accession Number + 16S rRNA (Ví

dụ: “KP699121.1 16S rRNA”)  Nhấp Search.

Hình 2.1 Truy cập vào trang web NCBI.

Bước 2: Xác định sequence từ Accession Number của một phần trình tự gen 16S

rRNA: Nhấp FASTA

Hình 2.2 Xác định sequence từ Accession number.

Hình 2.3 Trình tự nucleotide.2.2.2 Blast và xác định tên loài của mẫu 1

Bước 1: Lưu file mẫu về thiết bị.

Bước 2: Tải Chromas (http://technelysium.com.au/wp/chromas/) và khởi độngphần mềm.

Hình 2.4 Giao diện chương trình Chromas.

Bước 3: Chọn Open  Chọn mẫu 1  Open.

Hình 2.5 Mẫu 1 trên chương trình Chromas.

Bước 4: Chọn Edit  Copy Sequence  Plain Text.

Hình 2.6 Copy trình tự từ Chromas.

Bước 5: Mở Word  Paste trình tự mới copy từ Chromas.

Hình 2.7 Trình tự mẫu 1 trong Word.

Bước 6: Truy cập trang BLAST (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) và nhấp vào Nucleotide BLAST.

Hình 2.8 Giao diện trang BLAST trên web NCBI.

Bước 7: Copy trình tự ở Word (Bước 4) vào khung sequence  BLAST.

Hình 2.9 Copy trình tự vào trang BLAST trên web NCBI.

Hình 2.10 BLAST.2.2.3 Xây dựng cây di truyền các accession number

Bước 1: Mở chương trình Mega.

Bước 2: Chọn “Align” sau đó chọn “Edit/Build Alignment”.

Hình 2.11 Giao diện chương trình Mega.

Bước 3: Cửa sổ “Alignment Editer” hiện ra, chọn “Create a new alignmet”, sauđó nhấn “OK”.

Hình 2.12 Cửa sổ Alignment Editor trong chương trình Mega.

Bước 4: Một cửa sổ hiện câu hỏi “Are you building a DNA or protein sequencealignment?”, chọn “DNA”.

Hình 2.13 Cửa sổ DataType for Alignment trong chương trình Mega.

Bước 5: Giao diện mới hiện ra Sao chép các trình tự 16s rRNA của mẫu 1 vàochương trình.

Hình 2.14 Copy các đoạn trình tự vào chương trình Mega.

Bước 6: Ctrl+A để chọn tất cả các trình tự Chọn “Alignment”, sau đó chọn“Align by MUSCLE”

Bước 8: Kết quả hiện ra chọn “Data” ► “Export Alignment” ► “MegaFormat” Lưu file lại với đuôi “.MES

Hình 2.17 Lưu file.

Bước 9: Sau khi lưu thì đóng trang và quay lại trang đầu tiên chọn “File” ►“Open A File/Sesion”, dẫn đến file vừa lưu ở Bước 8

Hình 2.18 Mở file vừa lưu.

Bước 10: Tiếp theo chọn “Distance”, rồi chọn “Compute Overall MeanDistance…”

Hình 2.19 Chọn Compute Overall Mean Distance.

Bước 11: Giao diện “M11: Analysis Preferences” hiện ra, ở dòng“Model/Method” chọn “Jukes-Cantor model” rồi nhấn “OK”

Hình 2.20 Cửa sổ M11: Analysis Preferences.

Bước 12: Kết quả hiện ra với d = 0,06 < 1,00 (mẫu 18 loài) và d=0,07<1,00(mẫu 1) nên dữ liệu phù hợp để vẽ cây phát sinh loài bằng Neighbor Joining

Hình 2.21 Kết quả phân tích Overall mean distance a) 18 loài; b) mẫu 1.

Bước 13: Thoát ra và chọn “Phylogeny”, chọn “Construct/Test Neighbor-JoiningTree…”

Hình 2.22 Chọn Construct/Test Neighbor-Joining Tree.

Bước 14: Giao diện mới hiện ra, ở “Test of Phylogeny” chọn “Bootstrapmethod”, ở “No of Bootstrap Replications” chọn “1000”, ở “Model/Method” chọn“Maxium Composite Likelihood”, cuối cùng nhấn “OK”

Hình 2.23 Cửa sổ M11: Analysis Preferences.

Kết quả hiện ra ở “Boostrap consensus tree”

Hình 2.24 Kết quả Boostrap consensus tree.

3.1.2 HF562894.1

>HF562894.1 Bacillus tequilensis partial 16S rRNA gene, isolate S42

3.1.3 KT273321.1

>KT273321.1 Bacillus pumilus strain AZ-1 16S ribosomal RNA gene, partialsequence

GGGAGCTTGCTCCCGGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAGTTCCTTGAACCGCATGGTTCAAGGATGAAAGACGGTTTCGGCTGTCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGGGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCGAGAGTAACTGCTCGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAACCCTAGAAATAGGGCTTTCCCTTCGGGGACAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCCTCAGCTCGGGCCGGGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAACGCAACCTTTGATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCCGGAGGAAGGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAGAACAAAGGGCTGCAAGACCGCAAGGT

3.1.4 KT 216619.1

>KT216619.1 Bacillus vallismortis strain DD007 16S ribosomal RNA gene,partial sequence

TGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGACAGATGGGAGCTTGCTCCCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTTTGAACCGCATGGTTCAAACATAAAAGGTGGCTTCGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACCGTTCGAATAGGGCGGTACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAG

3.1.5 KR709243.1

>KR709243.1 Bacillus cereus strain UBT4 16S ribosomal RNA gene, partialsequence

CGGCCAGTAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGACAGAAGGGAGCTTGCTCCCGGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAGTTCCTTGAACCGCATGGTTCAAGGATGAAAGACGGTTTCGGCTGTCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGGGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAG

3.1.6 KP940383.1

>KP940383.1 Bacillus safensis strain CCH3X 16S ribosomal RNA gene, partialsequence

3.1.7 KT719573.1

>KT719573.1 Bacillus infantis strain MER_TA_169 16S ribosomal RNA gene,partial sequence

GTCGAGCGGACGGATGGGAGCTTGCTCCCTGAAGTCAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGCAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATGCACAGCCTCTCATGAGGCTATGCTGAAAGATGGTTTCGGCTATCACTTACAGATGGGCCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGTCAGGGAAGAACAAGTGCCGGAGTAACTGCCGGCACCTTGACGGTACCTGACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGCGGTCTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGCAGCAAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCTCCTGACAACCCTAGAGATAGGGCGTTCCCCTTCGGGGGACAGGATGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCAGCATTAGGTTGGGCACTCTAAGGTGAC

3.1.8 HQ397586.1

>HQ397586.1 Bacillus firmus strain BSCS3 16S ribosomal RNA gene, partialsequence

ACATGCAGTCGAGCGGACGGATGGGAGCTTGCTCCCTGAAGTCAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGCAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATGCACAGCCTCTCATGAGGCTATGCTGAAAGATGGTTTCGGCTATCACTTACAGATGGGCCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGTCAGGGAAGAACAAGTGCCGGAGTAACTGCCGGCACCTTGACGGTACCTGACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGCGGTCTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAAC

3.1.9 KJ000207.1

>KJ000207.1 Bacillus thuringiensis strain VKK-GA1 16S ribosomal RNA gene,partial sequence

CGGACGGGTGAGTAACACGTGGGCAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATGCACAGCCTCTCATGAGGCTATGCTGAAAGATGGTTTCGGCTATCACTTACAGATGGGCCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCA

3.1.10 KM041133.1

>KM041133.1 Bacillus drentensis strain G5C_0m_04 16S ribosomal RNA gene,partial sequence

3.1.11 KT274776.1

>KT274776.1 Bacillus licheniformis strain DMB31 16S ribosomal RNA gene,partial sequence

GGATGCTTGATTGAACCGCATGGTTCAATTATAAAAGGTGGCTTTTAGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACCGTTCGAATAGGGCGGTACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGCAGCAAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAACCCTAGAGATAGGGCTTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGGCAGAACAAAGGGCAGCGAAGCCGCGAGGCTAAGCCAATCCCACAAATCTGTTCTCAGTTCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCG

3.1.12 KP296232.1

>KP296232.1 Bacillus sonorensis strain Na5RB-2 16S ribosomal RNA gene,partial sequence

ATGGGAGCTTGCTCCCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGCTTGATTGAACCGCATGGTTCAATTATAAAAGGTGGCTTTTAGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACCGTTCGAATAGGGCGGTACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGCAGCAAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGC

3.1.13 EU833948.1

>EU833948.1 Pseudomonas putida strain FWC30 16S ribosomal RNA gene,partial sequence

GAGCTTGCTCCCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTTTGAACCGCATGGTTCAAACATAAAAGGTGGCTTYGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACCGTTCGAATAGGGCGGTACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCA

3.1.14 KR010178.1

>KR010178.1 Bacillus amyloliquefaciens strain NSB-1 16S ribosomal RNAgene, partial sequence

GTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGACAGATGGGAGCTTGCTCCCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTCTGAACCGCATGGTTCAGACATAAAAGGTGGCTTCGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCCGTTCAAATAGGGCGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAAC