Beige and green modern project proposal slide presentation nhóm 4

Trang 1 ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINHKHOA KHOA HỌC SINH HỌCỨng dụng kỹ thuật Polymerase Chain Reaction trong chẩn đoán bệnh khảm lá trên cây sắn do Sri Lanka Cassava Mosaic Viru

ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

Ứng dụng kỹ thuật Polymerase Chain Reaction trong chẩn đoán bệnh khảm

lá trên cây sắn do Sri Lanka Cassava Mosaic Virus gây ra

BÁO CÁO TIỂU LUẬN

TP Hồ Chí Minh, ngày 22 tháng 10 năm 2023

Bộ môn:

Thiết bị và kỹ thuật trong Công nghệ sinh học

Giáo viên hướng dẫn: TS Huỳnh Văn Biết

KS Trương Quang Toản Trình bày: Nhóm 4

01

Thành viên:

Phan Minh Ngọc

Hen Rích

Nguyễn Thị Mỹ Ngọc

21126426 21126488 21126425

DH21SHB DH21SHB DH21SHB

02

Nội dung:

Tổng quan Quy trình PCR Phương pháp điện di i

3 7 10

TỔNG QUAN Cây sắn là một trong 13 cây chủ lực

của quốc gia, đứng thứ ba trong sản lượng nông nghiệp xuất khẩu của Việt Nam, sau gạo và cà phê.

Tuy nhiên, một mối lo vẫn kéo dài dai dẳng từ các vùng trồng sắn là bệnh khảm lá virus Những năm gần đây, loại bệnh này gây hại tại nhiều địa phương khiến lợi nhuận từ cây trồng này của bà con nông dân không còn cao và ảnh hưởng nghiêm trọng đến sản lượng các vùng nguyên liệu.

03

Về Sri Lanka Cassava Mosaic Virus:

Virus khảm sắn Sri Lanka (SLCMV), một loại Begomovirus lưỡng cực, là loài virus gây bệnh CMD ở Đông Nam Á (SEA) và phổ biến ở Campuchia, Việt Nam, Thái Lan

và miền nam Trung Quốc (Siriwan và cộng

sự 2020)

04

Bệnh này chủ yếu ảnh hưởng đến các lá non của cây Khi cây bị bệnh khảm lá sắn sẽ xoắn lại và gần như không thể phát triển được Đồng thời, thân cây sẽ trở nên giòn, rỗng hơn dẫn đến dễ gãy hơn

05

Về Sri Lanka Cassava Mosaic Virus:

CÁC BƯỚC CHẨN ĐOÁN

Để có thể kiểm soát được nguồn

bệnh, ngoài việc phòng ngừa ruồi

trắng thì việc cấp thiết cần làm là

kiểm tra xét nghiệm sàng lọc các

cây sắn sạch bệnh bằng phương

pháp PCR.

Sử dụng các đoạn mồi SLCMV-F (5′-ATGTCGAAGCGACCAGCAGATATAAT-3′) và SLCMV-R TTAATTGCTGACCGAATCGTAGAAG-3′) nhắm vào gen AV1 và các đoạn mồi SLCMV-B-F1 (5′-ACCGGATGGCCGCGCCCCCCTCT-3′) và SLCMV-B-606R (5′-CACCTACCCTGTTATCGCTAAG-3′) hướng tới một phần của gen BV1.

06

Q U Y T R Ì N H P C R

Phản ứng PCR được thực hiện bằng cách lặp đi lặp

lại một chu kỳ gồm 3 giai đoạn:

Biến tính

Hỗn hợp được đặt ở nhiệt

độ cao nhằm tách các sợi

DNA mạch đôi thành DNA

mạch đơn.

Bắt cặp

Nhiệt độ được hạ xuống sao cho phù hợp để đoạn mồi gắn bổ sung vào

khuôn DNA.

Kéo dài

Dưới tác động của enzyme DNA polymerase, các nucleotide được lần lượt gắn vào đầu 3’ của đoạn mồi theo nguyên tắc bổ sung với mạch khuôn, từ đó tổng hợp nên sợi mới

theo chiều 5’ – 3’.

07

NGUYÊN LÝ CỦA

PHẢN ỨNG PCR

08

VẬT LIỆU, DỤNG

CỤ, THIẾT BỊ

- DNA bộ gene (DNA genomic)

- Mồi xuôi và mồi ngược

- Dung dịch đệm 10X PCR buffer

- dNTP 10mM

- Enzyme Taq DNA polymerase

- Nước cất hai lần vô trùng

- Pipetteman các loại

- Máy luân nhiệt

- Eppendorf 0,5 ml; 0,2 ml vô trùng

Dùng pipetman hút

và cho lần lượt vào eppendorf 0,2 ml theo thứ tự

Đăt eppendorf chứa dung dịch phản ứng vào máy luân nhiệt đem điện di sản phẩm PCR trên gel agarose 1,0 % trong 20 phút, xem kết quả.

09

Phương pháp điện di

Vật liệu

Thiết bị điện di agarose:

• Bộ cung cấp nguồn điện (power

source)

• Bồn điện di (gel box)

•Khay gel (casting tray), lược gel

(combs)

Hóa chất

• Dung dịch đệm điện di (TAE)

• Agarose

- Chuẩn bị khay đổ gel, gài 13 giếng vào sao cho cách đáy khay khoảng 1mm tránh làm thủng gel.

- Pha dung dịch gel: 2% agarose (1g), 50 ml dung dịch đệm TAE.

- Đun trong lò vi sóng khoảng 1 phút cho agarose tan ra.

- Để nguội tầm 5-10 phút sau đó đổ gel vào khuôn chờ gel đông lại.

1 Chuẩn bị gel:

- Khi gel nguội và đặc lại, khay gel được đặt vào bồn điện di, ngập trong dung dịch

đệm điện di Lược gel được tháo ra tạo nên các “giếng” rỗng dành để cho mẫu điện

di vào.

2 Chuẩn bị bồn điện di:

11

- Sử dụng dung dịch loading dye trộn với

GelRed Hút 10 µl dung dịch loading dye

lên miếng nylon sau đó hút 5 µl dung dịch

DNA mẫu (DNA tổng số hoặc DNA

plasmid) vào miếng nylon, trộn đều 2

giếng cho 2 mẫu DNA đã ly trích.

- Pipeting và hút hết dịch vừa trộn cho vào

giếng.

- Giếng cuối cùng là chứa thang chuẩn

DNA (Là một hỗn hợp các đoạn DNA chứa

các kích thước khác nhau và đã biết trước

kích thước đó -> Mua) Cách làm: Hút 10

µl GelRed + 5 µl Ladder -> Trộn đều.

- Đậy nắp bồn điện di cẩn thận Không chạm vào mẫu Thường các nắp bồn điện di chỉ có thể lắp vào bồn theo 1 hướng dựa vào vị trí đánh dấu các điện cực.

3 Chuẩn bị mẫu:

4 Điện di:

12

TÀI LIỆU

THAM KHẢO

Chittarath, K., Jimenez, J., Vongphachanh, P., Leiva, A M., Sengsay, S., Lopez-Alvarez, D., &

Cuellar, W J (2021) First report of cassava mosaic disease and Sri Lankan cassava mosaic virus in Laos

Plant Disease, 105(6), 1861

Malik, A I., Sophearith, S., Delaquis, E., Cuellar, W J., Jimenez, J., & Newby, J C (2022)

Susceptibility of cassava varieties to disease caused by Sri Lankan cassava mosaic virus and impacts on

yield by use of asymptomatic and virus-free planting material Agronomy, 12(7), 1658

Legg, J P., Kumar, P L., Makeshkumar, T., Tripathi, L., Ferguson, M., Kanju, E., & Cuellar, W

(2015) Cassava virus diseases: biology, epidemiology, and management In Advances in virus research

(Vol 91, pp 85-142) Academic Press

Siriwan, W., Jimenez, J., Hemniam, N., Saokham, K., Lopez-Alvarez, D., Leiva, A M., & Cuellar, W

J (2020) Surveillance and diagnostics of the emergent Sri Lankan cassava mosaic virus (Fam

Geminiviridae) in Southeast Asia Virus research, 285, 197959

Dutt, N., Briddon, R W., & Dasgupta, I (2005) Identification of a second begomovirus, Sri Lankan

cassava mosaic virus, causing cassava mosaic disease in India Archives of Virology, 150, 2101-2108

Trần, K C (2019) Chẩn đoán và xác định đặc điểm di truyền học của Sri Lanka Mosaic virus gây bệnh

khảm lá Cây Sắn: Khóa luận tốt nghiệp Chuyên ngành Công nghệ Sinh học (Doctoral dissertation, Đại

học Nguyễn Tất Thành (Khoa Công nghệ Sinh học))

13

CẢM ƠN THẦY

VÀ CÁC BẠN

ĐÃ LẮNG NGHE

14