ứng dụng chỉ thị dna trong phân tích đa dạng di truyền loài lan kim tuyến tại vùng miền núi phía bắc việt nam

ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM - NGUYỄN THỊ HỒNG NGỌC ỨNG DỤNG CHỈ THỊ DNA TRONG PHÂN TÍCH ĐA DẠNG DI TRUYỀN LOÀI LAN KIM TUYẾN TẠI VÙNG MIỀN NÚI PHÍA BẮC VIỆT NAM LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC Thái Nguyên -2022 ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM - NGUYỄN THỊ HỒNG NGỌC ỨNG DỤNG CHỈ THỊ DNA TRONG PHÂN TÍCH ĐA DẠNG DI TRUYỀN LỒI LAN KIM TUYẾN TẠI VÙNG MIỀN NÚI PHÍA BẮC VIỆT NAM Ngành: Công nghệ sinh học Mã số ngành: 42 02 01 LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC Người hướng dẫn khoa học: TS NGUYỄN XUÂN VŨ PGS TS NGUYỄN TIẾN DŨNG Thái Nguyên -2022 ung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.nam ung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.nam i LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan rằng: Số liệu kết nghiên cứu luận văn hoàn toàn trung thực chưa sử dụng công bố cơng trình khác Mọi giúp đỡ cho việc thực luận văn cảm ơn thơng tin trích dẫn luận văn ghi rõ nguồn gốc Tác giả luận văn Nguyễn Thị Hồng Ngọc ung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.nam ung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.nam ung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.nam ung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.nam ii LỜI CẢM ƠN Tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành đến thầy cô môn Công nghệ sinh học - Công nghệ thực phẩm thuộc trường Đại Học Nơng Lâm Thái Ngun tận tình giúp đỡ tơi q trình học tập nghiên cứu để hồn thành luận văn tốt nghiệp Đặc biệt, xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới TS Nguyễn Xuân Vũ PGS TS Nguyễn Tiến Dũng dành nhều thời gian, tâm huyết, trực tiếp hướng dẫn tận tình tạo điều kiện thuận lợi cho suốt q trình thực nghiên cứu đề tài hồn thiện luận văn Thạc sĩ Cuối cùng, xin chân thành cảm ơn gia đình, bạn bè động viên, khích lệ, chia sẻ, giúp đỡ, đồng hành tơi trình học tập, nghiên cứu Trong trình học tập nghiên cứu khó tránh khỏi thiếu sót Do đó, tơi mong nhận đóng góp ý kiến thầy cô để luận văn hồn thiện Một lần tơi xin chân thành cảm ơn! Thái Nguyên, ngày 05 tháng 01 năm 2022 Tác giả luận văn Nguyễn Thị Hồng Ngọc ung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.nam ung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.nam ung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.nam ung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.nam iii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii MỤC LỤC iii DANH MỤC TỪ VÀ THUẬT NGỮ VIẾT TẮT v DANH MỤC BẢNG vi DANH MỤC HÌNH ẢNH vii MỞ ĐẦU 1 Đặt vấn đề Mục tiêu đề tài Ý nghĩa khoa học thực tiễn 3.1 Ý nghĩa khoa học đề tài 3.2 Ý nghĩa thực tiễn đề tài CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Tổng quan lan Kim Tuyến 1.2 DNA barcode 1.3 Một số DNA barcode thường sử dụng thực vật 1.3.1 DNA barcode thực vật 1.3.2 Gen ITS 1.3.3 Gen rbcL 1.3.4 Gen matK 1.4 Tình hình nghiên cứu DNA barcode thực vật 1.5 Ứng dụng DNA barcode loài lan CHƯƠNG ĐỐI TƯỢNG, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 10 2.1 Đối tượng nghiên cứu 10 2.2 Vật liệu nghiên cứu 10 ung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.nam ung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.nam ung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.nam ung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.nam iv 2.3 Địa điểm thời gian nghiên cứu 12 2.4 Nội dung nghiên cứu 12 2.5 Phương pháp nghiên cứu 12 2.5.1 Phương pháp tách chiết DNA tổng số 12 2.5.2 Phương pháp kiểm tra nồng độ DNA 13 2.5.3 Phương pháp điện di gel agarose 15 2.5.4 Phương pháp phân tích trình tự gen mối quan hệ di truyền 16 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 17 3.1 Kết đánh giá hình thái 17 3.2 Kết tách chiết DNA 23 3.3 Kết khuếch đại DNA giải trình tự 24 3.3.1 Kết khuếch đại vùng gen ITS1 giải trình tự 24 3.3.2 Kết khuếch đại vùng gen matK giải trình tự 27 3.3.3 Kết khuếch đại vùng gen rbcL giải trình tự 30 Phần KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 34 4.1 Kết luận 34 4.2 Kiến nghị 35 TÀI LIỆU THAM KHẢO 36 ung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.nam ung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.nam ung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.nam ung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.nam v DANH MỤC TỪ VÀ THUẬT NGỮ VIẾT TẮT Từ, thuật ngữ viết tắt Nghĩa đầy đủ từ, thuật ngữ IGS Intergenic spacer ITS Internal transcribed spacer PCR Polymerase Chain Reaction - Phản ứng chuỗi polymerase bp Base pair COI Cytochrome c oxidase I ORF Open Reading Frame (Khung đọc mở) DNA Deoxyribonucleic acid CTAB Cetyltrimethyl ammonium bromide ung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.nam ung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.nam ung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.nam ung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.nam vi DANH MỤC BẢNG Bảng 2.1 mẫu lan Kim Tuyến thu thập số tỉnh thành phía Bắc 10 Bảng 2.2 Các hóa chất sử dụng thí nghiệm 10 Bảng 2.3 Trình tự cặp mồi sử dụng nghiên cứu 11 Bảng 2.4 Các dụng cụ, thiết bị sử dụng thí nghiệm 11 Bảng 2.5 Quy trình tách chiết DNA 13 Bảng 2.6 Thành phần phản ứng PCR sử dụng INtRON PCR master mix 14 Bảng 3.1 So sánh số đặc điểm hình thái mẫu lan Kim Tuyến 17 Bảng 3.2 Kết đo nồng độ DNA 23 Bảng 3.3 Tỉ lệ Nucleotide mẫu nghiên cứu vùng gen ITS1 25 Bảng 3.4 Tỉ lệ Nucleotide mẫu nghiên cứu vùng gen matK 28 Bảng 3.5 Tỉ lệ Nucleotide mẫu nghiên cứu vùng gen rbcL 31 ung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.nam ung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.namung.dung.chi.thi.dna.trong.phan.tich.da.dang.di.truyen.loai.lan.kim.tuyen.tai.vung.mien.nui.phia.bac.viet.nam