Phân lập và định danh chủng tảo cholorococcum sp tại cần giờ

Bộ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NGUYÊN TẤT THÀNH VIỆN KỸ THUẬT CÔNG NGHỆ CAO NTT NGÀNH CƠNG NGHỆ SINH HỌC NGUYEN TA I THANH KHĨA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỀ TÀI: PHÂN LẶP VÀ ĐỊNH DANH CHỦNG TẢO CHLOROCOCCUM SP TẠI CẦN GIỜ GVHD :ThS NGUYỀN THÀNH CƠNG SVTH : NGUYỄN ĐỒN THÚY VY MSSV : 1800005061 LỚP : 18DSH1A TP HCM, tháng 05 năm 2022 Bộ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NGUYÊN TẤT THÀNH VIỆN KỸ THUẬT CÔNG NGHỆ CAO NTT NGÀNH CÔNG NGHỆ SINH HỌC NGUYEN TA I THANH KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỀ tài PHÂN Lặp định danh chủng VI TẢO CHLOROCOCCVM SP TẠI CẦN GIỜ GVHD : ThS NGUYỄN THÀNH CƠNG SVTH : NGUYỄN ĐỒN THÚY VY MSSV : 1800005061 LỚP : 18DSH1A TP HCM, tháng 05 năm 2022 LỜI CẢM ƠN Em xin chân thành cảm ơn Trường Đại học Nguyền Tất Thành, Khoa Công Nghệ Sinh Học tạo điều kiện giúp đờ em trình học tập, nghiên cứu hồn thành khóa luận Đặc biệt em xin bày tỏ lòng biêt sơn sâu sắc đến hai thầy hướng dẫn khóa luận: Thầy Nguyễn Thành Công Thầy ông Bỉnh Nguyên, hai Thầy tận tình hướng dần, bảo giúp đờ, động viên em suốt q trình nghiên cứu hồn thành luận văn Cuối em xin gửi lời cảm ơn bạn bè gia đình động viên, khích lệ suốt trình học nghiên cứu khoa học để em hồn thành tốt khóa luận Tuy nhiên, luận văn em chắn không the tránh hạn chế, thiếu sót Em mong góp ý chân thành từ Thầy, Cơ người để em hồn thành xuất sắc khóa luận Em xin chân thành cảm ơn! Sinh viên (ký ghi rõ họ tên) Nguyễn Đoàn Thúy Vy NHẬN XÉT CỦA GIẢNG VIÊN HƯỚNG DẪN 1/ Trình độ lý luận: - Chặt chẽ, sáng tạo nghiên cứu 2/ Kỳ nghề nghiệp: - Đáp ứng nhu cầu nghề nghiệp thực triển tương lai 3/ Nội dung báo cáo: Phân lập định danh chủng tảo Chlorococcum sp cần Giờ 4/ Hình thức báo cáo: Bản cứng đóng với so tương ứng Điểm: 10 TP HCM, ngày tháng năm 2021 (Ký ghi rõ họ tên) Nguyễn Thành Công 11 NHẶN XÉT CỦA GIẢNG VIÊN PHẢN BIỆN 1/ Trình độ lý luận: 2/ Kỳ nghề nghiệp: 3/ Nội dung báo cáo: 4/ Hình thức báo cáo: Điểm: TP HCM, ngày tháng năm 2021 (Ký ghi rõ họ tên) MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN i NHẬN XÉT CỦA GIẢNG VIÊN HƯỚNG DẢN ii NHẶN XÉT CỦA GIẢNG VIÊN PHẢN BIỆN .iii MỤC LỤC iv DANH MỤC CÁC BẢNG BIẾU vii DANH MỤC CÁC HÌNH ẢNH, so ĐỊ, BIẾU ĐÒ viii KÝ HIỆU CÁC CỤM TỪ VIÉT TẤT X LỜI MỞ ĐẦU xi CHƯƠNG TÓNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Tổng quan cần Giờ khu vực sinh quyến cần Giờ 1.2 Đặc điểm sinh học Chỉorococcum sp 1.2.1 Úng dụng Chlorococcum sp 1.3 Chỉ thị mã vạch DNA (DNA barcode) 1.3.1 Vùng đệm mã (Internal Transcribed Spacer - ITS) 1.3.2 Gen rRNA 18S 1.4 Phương pháp phân lập 1.4.1 Thu thập mầu 1.4.2 Phân lập tế bào đơn 1.5 Tình hình nghiên cứu 1.5.1 Các nghiên cứu nước 1.5.2 Các nghiên cứu giới CHƯƠNG NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN cứu 2.1 Nơi thực IV 2.2 Nội dung nghiên cứu 2.2.1 Phuơng pháp thu thập mầu 10 2.3 Phương pháp phân lập, nuôi cấy giữ giong 11 2.3.1 Phương pháp làm giống vi tảo môi trường thạch 11 2.3.2 Phương pháp nuôi cấy vi tảo 11 2.4 Tiêu chuẩn hình thái chọn phân lập 12 2.5 Phương pháp tách chiết DNA 13 2.6 Kỹ thuật điện di DNA gel agarose 14 2.7 Phương pháp kiếm tra tính vơ khuẩn 15 2.8 Phương pháp khuếch đại trình tự DNA 17 2.9 Định danh phân tử chủng vi tảo phân lập 19 2.9.1 Giải trình tự sản phẩm PCR 19 2.9.2 Hiệu chỉnh trình tự .20 2.9.3 Tạo trình tự đồng 21 2.10 Các phần mềm sử dụng nghiên cứu 21 2.11 Xây dựng phát sinh loài 22 CHƯƠNG KÉT QƯẢ VÀ THẢO LUẬN 23 3.1 Thu thập mầu xử lý mầu 23 3.2 Ket phân lập chùng tạo 27 3.3 Kết tách chiết DNA tổng số từ vi tảo thu thập huyện cần Giờ 28 3.4 Kiểm tra độ nhiễm khuấn chủng vi tảo phân lập 30 3.5 Ket khuy ếch đại sản phẩm PCR 33 3.6 Ket giải trình tự hiệu chỉnh trình tự 33 3.6.1 Kết giải trình tự 33 3.6.2 Hiệu chỉnh lắp ráp trình tự 35 V 3.6.3 So sánh trình tự truy vấn mẫu nghiên cứu với sở dừ liệu GenBank 36 3.7 Xây dựng phát sinh chủng loài 37 KÉT LUẬN VÀ ĐÈ NGHỊ 41 PHỤ LỤC 42 TÀI LIỆU THAM KHẢO 44 VI DANH MỤC CÁC BẢNG BIÊU Bảng 2.1 Thành phần môi trường SFM 12 Bảng 2.2 Cặp mồi sử dụng kiểm tra diện vi khuẩn (16S) vi nấm (ITS) 15 Bảng 2.3 Thành phần phản ứng PCR Axenic củavi tảo 16 Bảng 2.4 Chu trình nhiệt khuếch đại vùng 16S 16 Bảng 2.5 Chung trình nhiệt khuếch đại vùng ITS 17 Bảng 2.6 Cặp mồi sử dụng định danh phân tử chủng tảo 17 Bảng 2.7 Thành phần phản ứng PCR 18 Bảng 2.8 Chu trình nhiệt khuếch đại vùng 18S 18 Bảng 2.9 Chu trình nhiệt khuếch đại vùng ITS 19 Bảng 2.10 Cặp mồi sử dụng phản ứng giải trình tự 20 Bảng 3.1 Vĩ độ, hình ảnh thu mầu, hình ảnh soi kính lOOx 23 Bảng 3.2 Ket đo OD hai mầu vi tảo 29 vii DANH MỤC CÁC HÌNH ẢNH, sơ ĐỒ, BIẾU ĐỒ Hình 1.1 Vi tảo Chlorococcum sp Hình 2.1 Sơ đồ bước định danh phân tử vi tảo Hình 2.2 Bản đồ cần Giờ 10 Hình 2.3 Phương pháp thu mẫu thực tế 10 Hình 2.4 Hình thái Chlorococcum sp (John R Blackwell cs, 1991) 13 Hình 3.1 Vi tảo quan sát kính hiến vi (ở vật kínhlOOx) 27 Hình 3.2 Te bào đơn chủng tảo nuôi cấy mơi trường SFM 27 Hình 3.3 Tảo cấy ria đĩa thạch hình thái tế bào tảo (ở vật kính lOOx) 28 Hình 3.4 Tảo ni bình erlen 250 ml 28 Hình 3.5 Ket điện di DNA tong số hai mầu vi tảo 29 Hình 3.6 Vi tảo phân lập đĩa pertri 30 Hình 3.7 Kết điện di 16S 30 Hình 3.8 Ket giải trình tự mồi ngược 16S 31 Hình 3.9 Ket giải trình tự mồi xi 16S 31 Hình 3.10 Kết hiệu chỉnh trình tự 16S 32 Hình 3.11 Ket so sánh trình tự 16S Ngân hàng GenBank .32 Hình 3.12 Kết điện di PCR hai vùng ITS(SSU-536R SSU-82F) 18S 33 Hình 3.13 Kết giải trình tự ITS (SSU - 536R) 34 Hình 3.14 Kết giải trình tự ITS (SSU-82F) 34 Hình 3.15 Ket giải trình tự 18S moi xuôi 34 Hình 3.16 Ket giải trinh tự 18S moi ngược 35 Hình 3.17 Kết hiệu chỉnh trình tự ITS (SSU-536R SSU-82F) 35 Hình 3.18 Kết hiệu chỉnh trình tự 18S 36 viii Hình 3.13 Kết giải trình tự ITS (SSU - 536R) Q jj : internal ưa ■ \w;n ■.■■■■>