0803 nghiên cứu thăm dò khả năng ức chế protein gây ung thư của chất trong cây lá đắng (veronia amygdalina) bằng phương pháp docking phân tử luận văn tốt n

BỘGIÁODỤCVÀĐÀOTẠO TRƢỜNGĐẠIHỌCQUYNHƠN HUỲNHTHỊYẾNNHI NGHIÊN CỨU THĂM DÒ KHẢ NĂNG ỨC CHẾ PROTEIN GÂY UNGTHƢCỦACHẤTTRONGCÂYLÁĐẮNG (VERONIAAMYGDALINA)BẰNGPHƢƠNGPHÁPDOCKINGPHÂNTỬ LUẬNVĂNTHẠCSĨ Chun ngành: Hóa lí thuyết hóa líMãsố:8440119 Ngƣờihƣớngdẫn:PGS.TS.VŨTHỊNGÂNBình Định,năm2021 BỘGIÁODỤCVÀĐÀOTẠO TRƢỜNGĐẠIHỌCQUYNHƠN HUỲNHTHỊYẾNNHI NGHIÊN CỨU THĂM DÒ KHẢ NĂNG ỨC CHẾ PROTEIN GÂY UNGTHƢCỦACHẤTTRONGCÂYLÁĐẮNG (VERONIAAMYGDALINA)BẰNGPHƢƠNGPHÁPDOCKINGPHÂNTỬ LUẬNVĂNTHẠCSĨ Chun ngành: Hóa lí thuyết hóa líMãsố:8440119 Ngƣờihƣớngdẫn:PGS.TS.VŨTHỊNGÂNBình Định,năm2021 LỜICAMĐOAN Tơi xin cam đoan cơng trình kết nghiên cứu riêng tôi.Các số liệu, kết nêu luận văn trung thực chƣa đƣợc cơng bốtrong bấtcứmột cơngtrìnhnghiên cứunào Họcviên HuỳnhThị YếnNhi LỜI CẢMƠN Luận văn đƣợc thực Phòng Thí nghiệm hóa học tính tốnvàMơphỏng(LCCM),KhoaKhoahọcTựnhiên,TrƣờngĐạihọcQuyNhơn Lờiđầutiên,emxinphépđƣợcgửilời cảmơnchânthànhđếnPGS.TS.Vũ Thị Ngân Cảm ơn cô tạo điều kiện, cho em nhiều hội để hồn thànhluậnvănnày.Emthực sựtrântrọngvàbiếtơn sựgiúpđỡcủa Em xin cảm ơn gia đình, ln bên cạnh động viên động lực đểemtiếptục hồnthànhkhóa họcnày Cảm ơn ngƣời bạn xuất đồng hành suốtquãng thờigiandàidăngdẳng Cảmơntấtcảmọingƣời Tácgiả HuỳnhThịYến Nhi MỤCLỤC LỜICAMĐOAN DANH MỤC CÁC CHỮ CÁI VIẾT TẮTDANHMỤCBẢNG DANHMỤCHÌNH MỞĐẦU 1 TỔNGQUANTÌNHHÌNHNGHIÊNCỨU LÝDOCHỌNĐỀTÀI .3 MỤCTIÊUNGHIÊNCỨU ĐỐIT Ƣ Ợ N G,PHẠMV I N G H I Ê N C Ứ U 5 PHƢƠNGPHÁPNGHIÊNCỨU .5 CHƢƠNG1.CƠSỞLÝTHUYẾT 1.1 PHƢƠNGPHÁPTÍNHHĨAHỌCLƢỢNGTỬBÁNKINHNGHIỆM .6 1.2 PHƢƠNGPHÁPDOCKINGPHÂNTỬ 1.2.1 Thuậttoándockingphântử 1.2.2 Hàmđánhgiátrongphƣơngphápdockingphântử .14 1.2.3 Cáctƣơngtácthƣờnggặpgiữaphốitửvàprotein 22 1.2.4 Cácphần mềmdockingphântử .24 1.3 QUYTRÌNHTHỰCHIỆNNGHIÊN CỨU 25 CHƢƠNG2 TỔNGQUANVỀHỆCHẤTNGHIÊNCỨU 28 2.1 GIỚITHIỆU VỀCÂYLÁĐẮNG 28 2.1.1 Phânloạikhoahọc 28 2.1.2 Sựphânbốvàđặcđiểmsinh thái .29 2.1.3 Thànhphầnhóahọcvàhoạttínhsinhhọccủacáchợpchấttrongcây Láđắng 29 2.2 CÁC HỢP CHẤTTHIÊNNHIÊN TRONGCÂYLÁĐẮNG 31 2.3 THỤTHỂEGFRVÀHER2 .36 MỤCLỤC 2.4 THUỐCTỔNGHỢPĐIỀUTRỊCÁCBỆNHUNGTHƢCÓLIÊNQUANĐẾNE GFR VÀHER2 36 CHƢƠNG3.KẾTQUẢVÀTHẢOLUẬN 41 3.1 DOCKINGPHÂNTỬCÁCPHÂNTỬTHUỐC VÀOEGFR-TK 41 3.1.1 Tốiƣuhóacácphântửthuốc .41 3.1.2 Dockingphântửcác phântửthuốctổnghợp 41 3.1.3 Tƣơngtácvớicácphântửthuốctổnghợp 42 3.2 DOCKINGP H Â N T Ử C Á C H Ợ P C H Ấ T T Ự N H I Ê N T R O N G C Â Y L ÁĐ Ắ N G V À O THỤTHỂEGFR-TK 44 3.2.1 Cáchợpchấtflavonoid 44 3.2.2 Cáchợpchấtterpenoid 47 3.2.3 Cáchợpchấtkhác 54 3.3 DOCKINGPHÂNTỬCÁCPHÂNTỬTHUỐC VÀOHER2-TK 57 3.3.1 Dockingphântửcácphântửthuốctổnghợp .57 3.3.2 Tƣơngtácvớicácphântửthuốctổnghợp 58 3.4 DOCKINGP H Â N T Ử C Á C H Ợ P C H Ấ T T H I Ê N N H I Ê N T R O N G C Â Y L ÁĐ Ắ N G VÀOHER2-TK 60 3.4.1 Cáchợpchấtflavonoid 60 3.4.2 Cáchợpchấtterpenoid 63 3.4.3.Cáchợpchấtkhác 68 KẾTLUẬNVÀ KIẾNNGHỊ 72 TÀILIỆUTHAMKHẢO 74 DANHMỤC CÁCCHỮCÁIVIẾTTẮT BE :Bindingenergy(Nănglƣợngliênkết) CTPT : Công thức phân tử CTCT :Công thứccấu tạo EGFR :E p i d e r m a l G r o w t h F a c t o r R e c e p t o r ( T h ụ t h ể y ế u t ố t ă n g trƣởngbiểubì) HER2 :Humanepidermalgrowthfactorreceptor 2(Thụthểyếutốphá ttriểnbiểubì2) EGFRTK HER2TK : Tyrosine Kinase domain of Epidermal Growth Factor Receptor(Miềntyrosinekinasecủathụthểyếutốtăngtrƣởngbiểubì) :Tyrosi neKi nasedomain of Humanepi der m al gr owt h f act or receptor2(Miềntyrosinekinasecủathụthểyếutốpháttriển biểubì2) ErbB :ErythroblasticB(HọthụthểErythroblasticB) FDA :FoodandDrugAdministration(CơquanQuảnlýThựcphẩmvàThu ốc Hoa Kỳ) GA :GeneticAlgorithm(Thuật tốnditruyền) GS : Global search (Tìmkiếmtồn bộ) HF : HartreeFock Ki :Inhibitionconstant (Hằngsốứcchế) KLPT :Khốilƣợngphântử LGA : Lamarckian Genetic Algorithm (Thuật toán di truyền Lamarckian) LS :Localsearch(Tìmkiếmcục bộ) MC :MonteCarlo(PhƣơngphápMonteCarlo) MD :MolecularDynamic(Phƣơngphápđộnglựchọcphântử) PDB :ProteinDataBank(Ngânhàngdữliệu protein) SF :ScoringFunctions(Hàmđánhgiá) VA :Vernoniaamydalina DANHMỤCBẢNG Số hiệuB TênBảng Trang ảng 2.1 Phân loại khoa học Lá đắng (Vernoniaamygdalina) 28-29 Danhsách20hợpchấtthiênnhiênđƣợctìmthấytrongcây 2.2 Láđắngcùngvớicơngthứcphântử(CTPT)vàcơng thứccấutạo 31-34 (CTCT)của chúng 2.3 Phânloạicáchợpchấtthiênnhiênđƣợctìmthấytrongcâ yLá đắng 35-36 Một số loại thuốc tổng hợp đƣợc sử 2.4 dụngtrongđiềutrịcácbệnhungthƣcóliênquanđếncá 37 cthụthểhọ ErbB 3.1 3.2 3.3 3.4 3.5 3.6 Kết docking phân tử phân tử thuốc tổnghợpvớithụ thểEGFR-TK CáchợpchấtflavonoidtrongcâyLáđắng Kết docking phân tử hợp chấtflavonoidvớiEGFRTK(mãPDB:1M17) CáchợpchấtterpenoidtrongcâyLáđắng Kết docking phân tử hợp chất terpenoidvớiEGFR-TK(mã PDB: 1M17) CáchợpchấtkháctrongcâyLáđắng 42 44 45 48 48-49 54 3.7 3.8 3.9 3.10 3.11 Kết docking phân tử hợp chất khácvớiEGFR-TK(mã:1M17) Kết docking phân tử phân tử thuốc tổnghợpvớithụ thểHER2-TK Kết docking phân tử hợp chấtflavonoidvớithụthểHER2-TK(mãPDB:3PP0) Kết docking phân tử hợp chất terpenoidvớithụthểHER2-TK(mã:3PP0) Kết docking phân tử hợp chất khác vớithụthểHER2-TK(mã PDB: 3PP0) 55 58 60 63 69