Đang tải... (xem toàn văn)
Nghiên cứu PCR đa mồi trong chẩn đoán sớm tác nhân gây bệnh và hướng dẫn điều trị trong viêm phổi bệnh viện.Nghiên cứu PCR đa mồi trong chẩn đoán sớm tác nhân gây bệnh và hướng dẫn điều trị trong viêm phổi bệnh viện.Nghiên cứu PCR đa mồi trong chẩn đoán sớm tác nhân gây bệnh và hướng dẫn điều trị trong viêm phổi bệnh viện.Nghiên cứu PCR đa mồi trong chẩn đoán sớm tác nhân gây bệnh và hướng dẫn điều trị trong viêm phổi bệnh viện.Nghiên cứu PCR đa mồi trong chẩn đoán sớm tác nhân gây bệnh và hướng dẫn điều trị trong viêm phổi bệnh viện.Nghiên cứu PCR đa mồi trong chẩn đoán sớm tác nhân gây bệnh và hướng dẫn điều trị trong viêm phổi bệnh viện.Nghiên cứu PCR đa mồi trong chẩn đoán sớm tác nhân gây bệnh và hướng dẫn điều trị trong viêm phổi bệnh viện.Nghiên cứu PCR đa mồi trong chẩn đoán sớm tác nhân gây bệnh và hướng dẫn điều trị trong viêm phổi bệnh viện.Nghiên cứu PCR đa mồi trong chẩn đoán sớm tác nhân gây bệnh và hướng dẫn điều trị trong viêm phổi bệnh viện.Nghiên cứu PCR đa mồi trong chẩn đoán sớm tác nhân gây bệnh và hướng dẫn điều trị trong viêm phổi bệnh viện.Nghiên cứu PCR đa mồi trong chẩn đoán sớm tác nhân gây bệnh và hướng dẫn điều trị trong viêm phổi bệnh viện.Nghiên cứu PCR đa mồi trong chẩn đoán sớm tác nhân gây bệnh và hướng dẫn điều trị trong viêm phổi bệnh viện.Nghiên cứu PCR đa mồi trong chẩn đoán sớm tác nhân gây bệnh và hướng dẫn điều trị trong viêm phổi bệnh viện.Nghiên cứu PCR đa mồi trong chẩn đoán sớm tác nhân gây bệnh và hướng dẫn điều trị trong viêm phổi bệnh viện.Nghiên cứu PCR đa mồi trong chẩn đoán sớm tác nhân gây bệnh và hướng dẫn điều trị trong viêm phổi bệnh viện.Nghiên cứu PCR đa mồi trong chẩn đoán sớm tác nhân gây bệnh và hướng dẫn điều trị trong viêm phổi bệnh viện.BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƢỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI ĐINH THỊ THU HƢƠNG NGHIÊN CỨU PCR ĐA MỒI TRONG CHẨN ĐOÁN SỚM TÁC NHÂN GÂY BỆNH VÀ HƢỚNG DẪN ĐIỀU TRỊ TRONG VIÊM PHỔI BỆNH VIỆN Chuyên ngành Hồi s.
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƢỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI ĐINH THỊ THU HƢƠNG NGHIÊN CỨU PCR ĐA MỒI TRONG CHẨN ĐOÁN SỚM TÁC NHÂN GÂY BỆNH VÀ HƢỚNG DẪN ĐIỀU TRỊ TRONG VIÊM PHỔI BỆNH VIỆN Chuyên ngành: Hồi sức cấp cứu chống độc Mã số : 9720103 TÓM TẮT LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC HÀ NỘI - 2023 CƠNG TRÌNH ĐƢỢC HOÀN THÀNH TẠI TRƢỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI Ngƣời hƣớng dẫn khoa học: PGS.TS Đỗ Ngọc Sơn GS.TS Bùi Vũ Huy Phản biện 1: Phản biện 2: Phản biện 3: Luận án bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp Trường họp Trường Đại học Y Hà Nội Vào hồi: phút, ngày tháng năm 202 Có thể tìm hiểu luận án thƣ viện - Thư viện Quốc gia - Thư viện Trường Đại học Y Hà Nội DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH ĐÃ CƠNG BỐ VÀ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN Đinh Thị Thu Hương, Bùi Vũ Huy, Đỗ Ngọc Sơn (2019) Đánh giá yếu tố liên quan tỷ lệ tử vong bệnh nhân viêm phổi thở máy Tạp chí y học Việt nam tháng 9/2019, Tập 482: 124 – 130 Đinh Thị Thu Hương, Bùi Vũ Huy, Đỗ Ngọc Sơn (2019) Khả phát vi khuẩn gây bệnh viêm phổi liên quan thở máy thường gặp phương pháp nuôi cấy thường quy multiplex realtime PCR Tạp chí y học Việt nam tháng 12/2019, Tập 485: 202 – 205 Đinh Thị Thu Hương, Bùi Vũ Huy, Đỗ Ngọc Sơn (2019) Hiệu điều trị viêm phổi thở máy vi khuẩn gây bệnh thường gặp phát multiplex realtime PCR Tạp chí nghiên cứu y học số 132, tập 8, tháng 11/2020: 157 – 165 Đinh Thị Thu Hương, Bùi Vũ Huy, Đỗ Ngọc Sơn (2023) Vai trò multiplex realtime PCR theo dõi điều trị viêm phổi liên quan thở máy Tạp chí y học Việt nam tháng 1/2023, Tập 522: 345 – 352 GIỚI THIỆU LUẬN ÁN Đặt vấn đề: Thở máy kỹ thuật thiếu chuyên ngành hồi sức cấp cứu Mặc dù có nhiều tiến việc sử dụng biện pháp phòng ngừa, trang thiết bị phương tiện chăm sóc, phác đồ điều trị kháng sinh cập nhật viêm phổi bệnh viện (VPBV), viêm phổi liên quan thở máy (VPLQTM) nguyên nhân quan trọng làm gia tăng tỷ lệ tử vong, làm phức tạp trình điều trị bệnh lý Điều trị VPBV, VPLQTM việc sử dụng kháng sinh sớm tốt, đặc biệt có tình trạng sốc nhiễm khuẩn, để cải thiện tiên lượng, rút ngắn thời gian thở máy điều cần thiết Việc lựa chọn kháng sinh để điều trị VPBV, VPLQTM vấn đề vơ khó thực tế cho thấy có gia tăng đáng báo động tình trạng vi khuẩn kháng thuốc đơn vị hồi sức Chiếm tỷ lệ cao thường gặp khoa Hồi sức tích cực vi khuẩn (VK) Acinetobacter baumannii, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli, Staphylococus aureus Do nghiên cứu tập trung phát nguyên vi khuẩn thường gặp gây VPBV, VPLQTM Thực tế đòi hỏi cần sử dụng kỹ thuật multiplex realtime PCR chẩn đoán nhanh loại VK gây VPBV, VPLQTM giúp định hướng sử dụng kháng sinh nhanh, phù hợp vi kỹ thuật có ưu điểm độ nhạy cao, không cần VK sống, thời gian trả kết ngắn Tuy nhiên, không nhiều nghiên cứu đánh giá cụ thể vai trò multiplex realtime PCR chẩn đoán điều trị VPBV, VPTQTM Xuât phát từ nhu cầu thực tế lâm sàng thực nghiên cứu “Nghiên cứu PCR đa mồi chẩn đoán sớm tác nhân gây bệnh hướng dẫn điều trị viêm phổi bệnh viện” Mục tiêu nghiên cứu: (1) Nghiên cứu giá trị multiplex realtime PCR chẩn đoán tác nhân gây VPBV, VPLQTM (2) Phân tích vai trị multiplex realtime PCR điều trị VPBV, VPLQTM Tính cấp thiết nghiên cứu Bệnh nhân (BN) phải nhập viện, trì thở máy đa số BN nặng, có nhiều bệnh phối hợp phải thở máy để trì sống phục hồi Tuy nhiên, bác sỹ hồi sức biết thở máy phải đối mặt với nguy VPBV, VPLQTM phải chấp nhận mà khơng có quyền lựa chọn Đã có q nhiều nghiên cứu phương pháp phòng ngừa VPLQTM, trang thiết bị, thuốc, kháng sinh hệ đời, tỷ lệ mắc tỷ lệ tử vong VPLQTM có giảm cịn mức cao Mặt khác, tình hình vi khuẩn kháng thuốc nay, việc định hướng sử dụng kháng sinh phù hợp vô cần thiết giúp cứu sống người bệnh giảm tỷ lệ kháng thuốc vi khuẩn Như vậy, cần nghiên cứu tìm kiếm phương pháp đủ độ nhạy, thời gian trả kết ngắn, giúp định hướng sử dụng kháng sinh phù hợp với vi khuẩn gây bệnh giúp giảm tỷ lệ tử vong giảm nguy vi khuẩn kháng thuốc Và phương pháp sinh học phân tử multiplex realtime PCR Trên giới Việt nam có nghiên cứu so sánh khả phát vi khuẩn gây VPLQTM multiplex realtime PCR phương pháp nuôi cấy kinh điển; đánh giá hiệu điều trị dùng kết multiplex realtime PCR định hướng sử dụng kháng sinh điều trị VPLQTM Chính vậy, nghiên cứu thực cần thiết Những đóng góp nghiên cứu: Đây nghiên cứu Việt nam nghiên cứu sử dụng multiplex realtime PCR để phát VK gây bệnh thường gặp VPLQTM Nghiên cứu thực số lượng bệnh nhân lớn, lựa chọn ngẫu nhiên nên kết đáng tin cậy Đề tài cho thấy khả phát vi khuẩn gây bệnh thường gặp VPLQTM multiplex realtime PCR cao hẳn so với nuôi cấy thường quy mẫu bệnh phẩm đờm, dịch phế quản Mặt khác, thời gian trả kết multiplex realtime PCR ngắn hẳn nuôi cấy Đề tài đưa độ nhạy, độ đặc hiệu, giá trị dự đoán dương tính, giá trị dự đốn âm tính kỹ thuật multiplex realtime PCR chẩn đoánVPBV, VP:QTM Nếu áp dụng kết kỹ thuật multiplex realtime PCR giảm tỷ lệ sử dụng kháng sinh không phù hợp giúp giảm nguy phơi nhiễm đề kháng kháng sinh; giảm thời gian thở máy, thời gian nằm điều trị khoa Hồi sức tích cực, thời gian nằm viện giúp giảm chi phí điều trị, giảm gánh nặng kinh tế cho gia đình xã hội Tuy không giảm tỷ lệ tử vong viêm phổi so sánh với nhóm chứng nghiên cứu áp dụng kỹ thuật multiplex realtime PCR cho bệnh nhân giúp giảm bệnh nhân tử vong VPLQTM Bố cục nghiên cứu Nghiên cứu gồm 130 trang, gồm: Đặt vấn đề (2 trang), Chương 1: Tổng quan (37 trang), Chương 2: Đối tượng phương pháp nghiên cứu (28 trang), Chương 3: Kết nghiên cứu (28 trang) Chương 4: Bàn luận (32 trang) Kết luận: (2 trang) Tài liệu tham khảo (20 trang) Trong báo cáo có 40 bảng, biểu đồ, sơ đồ Báo cáo có 145 tài liệu tham khảo (9 tài liệu tiếng Việt; 136 tài liệu tiếng Anh) Chƣơng TỔNG QUAN 1.1 Tổng quan viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy 1.2.1 Tỷ lệ mắc viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy: Viêm phổi bệnh viện (VPBV) năm 2014 đứng hàng thứ hai nhiễm khuẩn bệnh viện thường gặp Mỹ, sau nhiễm khuẩn tiết niệu Mặt khác nghiên cho thấy VPBV xảy 150.000- 200.000 BN/ năm, 1000 BN nhập viện có 5- 10 BN VPBV chiếm 25% số nhiễm khuẩn bệnh viện, có đặt nội khí quản chiếm 9- 27% VPBV khơng liên quan thở máy 3,63/1000 ngày điều trị Theo Trung tâm kiểm soát bệnh tật Hoa kỳ (CDC) năm 2012, tỷ lệ mắc VPLQTM Hoa Kỳ dao động từ 0,0- 4,4/1000 ngày thở máy Báo cáo châu Á từ 1999- 2017 22 quốc gia, tần suất mắc VPLQTM 15,1/1000 ngày thở máy (95% CI 12,1- 18,0) Tỷ lệ VPLQTM 2,7%; VPLQTM cao Mông cổ (43,7/1000 ngày thở máy) tỷ lệ mắc VPLQTM cao Hồng Kông (48,1%) Ở Trung Quốc, từ 2010- 2015 tần suất mắc VPLQTM 22,83/1000 ngày thở máy tỷ lệ mắc VPLQTM tích lũy chung 23,8% 1.1.2 Căn nguyên vi khuẩn gây VPBV, VPLQTM: Loại vi khuẩn gây VPBV, VPLQTM thường phụ thuộc thời gian BV, thời gian thở máy VPLQTM sớm (< ngày) VK gây bệnh thường nhạy cảm kháng sinh VPLQTM khởi phát muộn ( ≥ ngày) thường VK đa kháng gặp khó khăn việc điều trị bệnh Thủ phạm gây VPBV, VPLQTM muộn gồm: Staphylococcus aureus kháng với Methicillin, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa, vi khuẩn thuộc họ VK đường ruột kháng beta-lactamaza sinh ESBL phổ rộng, lên Klebsiella pneumoniae Eschericheria coli Chính vậy, khuôn khổ nghiên cứu điều kiện kinh tế, tập trung phát VK gây bệnh thường gặp VPLQTM nhiều loại VK gây ra, nhiên VPLQTM nấm vi rút có tỷ lệ thấp, đặc biệt với người có hệ miễn dịch bình thường 1.1.3 Tỷ lệ tử vong VPBV, VPLQTM:: Kết cục xấu tử vong VPBV, VPLQTM tăng hàng năm nước thu nhập thấp, không giảm giảm chậm thập kỷ nước thu nhập cao Theo CDC (2012), tỷ lệ tử vong (TLTV) riêng BN bị tổn thương phổi cấp tính thở máy từ 24% người 15- 19 tuổi đến 60% BN 85 tuổi trở lên Tại Thổ Nhĩ Kỳ (2017) BN VPLQTM TLTV chung 39,8% Phân tích đơn biến phân tích hồi quy đa biến cho thấy yếu tố như: thời gian nằm HSCC kéo dài, nhiễm A.baumannii xác định yếu tố dự báo tăng TLTV Một nghiên cứu Trung quốc (2020), TLTV 30 ngày 42,7% Các yếu tố liên quan đến TLTV 30 ngày VPLQTM nhiễm VK đa kháng Tại khoa ĐTTC BV Bạch mai BN xác định VPLQTM, từ 11/ 2015 đến 5/ 2016, TLTV ngày thứ 13% ngày thứ 31 43,1% Những BN bị nhiễm A.baumannii đa kháng TLTV ngày 31 với BN không bị nhiễm 56,2% 25% với p=0,041 kéo dài thời gian nằm điều trị 16 ngày ngày với p= 0,024 1.2 Tổng quan tình hình nghiên cứu multiplex realtime PCR chẩn đoán VPBV, VPLQTM 1.2.1 Tổng quan multiplex realtime PCR Đây kỹ thuật sinh học phân tử Nguyên lý kỹ thuật dựa nguyên lý tổng hợp DNA tế bào, DNA nhân lên theo chế bán bảo tồn Để bắt đầu trình tổng hợp DNA, hai sợi DNA làm khuôn mẫu bị tách tác dụng nhiệt độ Hai đoạn mồi oligonucleotide từ 20-40 nucleotide gắn vào vị trí bổ sung đoạn DNA mẫu Trong điều kiện PCR, hai mồi kéo dài hai phía, tạo đoạn DNA bổ sung với đoạn khn mẫu Q trình khuếch đại xảy xúc tác enzym Taq polymerase, với cặp mồi đặc hiệu đoạn DNA tổng hợp sau chu kỳ PCR Có cho thêm huỳnh quang thêm vào hỗn hợp phản ứng để phát huỳnh quang thời điểm phản ứng, cường độ huỳnh quang giúp phát nồng độ DNA mẫu bệnh phẩm ban đầu (realtime PCR), sử dụng nhiều cặp mồi phản ứng giúp phát nhiều loại VK (multiplex realtime PCR) Việc phát VK đường hơ hấp khơng có nghĩa chúng thủ phạm gây bệnh, chúng tồn VK cư trú Chính vậy, để khẳng định nguyên gây bệnh phải định lượng số lượng chủng loại nguyên có mặt đường hơ hấp, từ kết hợp với lâm sàng để đưa chẩn đốn phù hợp Multiplex realtime PCR mẩu DNA bệnh phẩm dịch phế quản VK đích từ dẽ giúp đưa kết luận VK gây bệnh 1.2.2 Tình hình nghiên cứu multiplex realtime PCR VPBV, VPLQTM Năm 2016, Clavel (Pháp) công bố nghiên cứu so sánh multiplex realtime PCR nuôi cấy BN nghi ngờ VPLQTM Mẫu dịch rửa phế quản phế nang (BAL) dịch hút qua NKQ (ETA) đồng thời thực multiplex realtime PCR nuôi cấy VK thường quy Đích phát loại VK Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa Haemophilus influenzae Kết phù hợp cho BAL ETA nuôi cấy thường qui multiplex realtime PCR tướng ứng 55,5% 57,0% tất VK mục tiêu Riêng Staphylococcus aureus, khả kết phù hợp nuôi cấy tốt multiplex realtime PCR, tỷ lệ tương ứng 77,8% 69,0% Một nghiên cứu khác thực từ 5/ 2017 đến 11/ 2018 Pháp Trong đó, multiplex realtime PCR phát 21 VK 19 gen kháng kháng sinh mẫu BAL mẫu sử dụng chổi quét có bảo vệ (PTC) Thời gian trung bình cho kết multiplex realtime PCR 4,6 giờ; 104 mẫu phát VK multiplex realtime PCR, 128 mẫu phát nuôi cấy thường qui Kết multiplex realtime PCR làm thay đổi kháng sinh 66% BN: sử dụng kháng sinh sớm hiệu 21%; giảm leo thang 39%; tối ưu hóa 3% So với ni cấy thường quy multiplex realtime PCR có độ nhạy 80% (CI 95%,71-88%) độ đặc hiệu 99% (CI 95%, 99- 100%); multiplex realtime PCR phát VK Gram âm tốt Gram dương Nghiên cứu Hy lạp (2017) khoa HSCC nhi, sử dụng hút đờm thông thường qua NKQ nuôi cấy định lượng xác định VK gây bệnh kết định lượng 105cfu/ml; Kết nghiên cứu: multiplex realtime PCR độ nhạy 76%, độ đặc hiệu 97%, PPV 90%, NPV 93% so với nuôi cấy tương ứng 24%, 92%, 55%, 79% Ưu điểm multiplex realtime PCR thời gian cho kết ngắn giảm kê đơn thuốc kháng sinh không phù hợp Và giá thành multiplex realtime PCR cao so với việc sử dụng kháng sinh không phù hợp, thời gian nằm điều trị kéo dài phụ thuộc thở máy multiplex realtime PCR vần đem lại nhiều lợi Chƣơng ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1 Đối tƣợng địa điểm nghiên cứu: 2.1.1 Đối tƣợng nghiên cứu: 2.1.1.1 Tiêu chuẩn chọn: - BN ≥ 18 tuổi nhập viện và/hoặc đặt ống NKQ MKQ ≥ 48 - BN chẩn đoán VPBV, VPLQTM theo tiêu chuẩn Mỹ CDC 2018, 2.1.1.2 Tiêu chuẩn loại trừ: - BN tử vong 48 sau nhập viện sau đặt NKQ không đồng ý tham gia nghiên cứu 2.1.1.3 Tiêu chuẩn chẩn đoán VPBV, VPLQTM CDC 2018: Tiêu chuẩn chẩn đốn VPBV: BN nhập viện ≥ 48 có dấu hiệu sau Lâm sàng: Có triệu chứng sau: Sốt (> 38oC) khơng có nguyên nhân khác.Giảm bạch cầu (< 4000BC/mm3) tăng bạch cầu (≥ 12000BC/mm3) bạch cầu đa nhân trung tính chiếm ≥ 50% Suy giảm tình trạng ý thức nguyên nhân BN ≥ 70 tuổi Và có hai triệu chứng sau: Xuất đờm mủ thay đổi tính chất đờm (màu sắc, mùi tăng số lượng đờm tăng số lần phải hút đờm) Xuất ho khởi phát ho nặng hơn, khó thở, thở nhanh Nghe thấy ran phổi ran phế quản Tình trạng trao đổi xấu (Độ bão hòa oxy giảm ; PaO2/FiO2 ≤ 240), tăng nhu cầu oxy cần thở máy Hình ảnh X-quang ngực: Có ≥ X-quang có 01 phim BN khơng có bệnh phổi tim với tiêu chuẩn sau: Thâm nhiễm Tổn thương đông đặc Tổn thương hang Các tổn thương tiến triển dai dẳng Có thể có số hình ảnh XQuang ngực như: “cây phế quản chứa khí”, “đám mờ tập trung”, “ vùng tăng mật độ” * Xét nghiệm vi sinh: có tiêu chí đây: Xác định vi khuẩn từ máu Xác định vi khuẩn từ màng phổi Cấy định lượng bán định lượng dương tính từ mẫu đờm, dịch phế quản Cấy định lượng bán định lượng nhu mơ phổi dương tính Tiêu chuẩn chẩn đốn VPLQTM người bình thường: BN chẩn đốn VPBV có đặt ống nội khí quản mở khí quản ≥ 48 Tình trạng trao đổi xấu (Độ bão hòa oxy giảm; PaO2/FiO2 ≤ 240), tăng nhu cầu oxy tăng phụ thuộc máy thở Nhóm tiêu chuẩn chẩn đốn VPLQTM người suy giảm miễn dịch: Có tiêu chuẩn lâm sàng, cận lâm sàng XQ ngực nhóm BN VPLQTM bình thường kết hợp với tiểu chuẩn suy giảm miễn dịch sau: * Tiêu chuẩn suy giảm miễn dịch: Giảm bạch cầu đa nhân trung tính xác định số lượng BCTT tuyệt đối tổng số lượng bạch cầu < 500/mm3 Mắc bệnh bạch cầu, ung thư hạch, HIV (+) với số lượng BCCD4 < 200/mm3 Cắt lách, sử dụng steroid (trừ steroid dạng hít) hàng ngày > tuần 2.1.2 Địa điểm nghiên cứu: Khoa Cấp cứu bệnh viện Bạch mai, Khoa Hồi sức tích cực bệnh viện Thanh Nhàn 2.1.3 Thời gian nghiên cứu: Từ tháng 08/2018 đến tháng 02/2021 2.2 Phƣơng pháp nghiên cứu: 2.2.1 Thiết kế nghiên cứu: Nghiên cứu can thiệp, tiến cứu, có so sánh nhóm chứng 2.2.2 Cỡ mẫu nghiên cứu: Áp dụng công thức tính cỡ mẫu cho hai tỷ lệ: Trong đó: o n số bệnh nhân nhóm nghiên cứu o z α/2 trị số z phân phối chuẩn cho xác suất α/2 (α = 0,05 zα/2 = 1,96) o zβ trị số z phân phối chuẩn cho xác suất β (β = 0,02 Zβ = 0,842) o p2 tỷ lệ tử vong VPLQTM nghiên cứu Theo nghiên cứu ngồi nước đến thời điểm chúng tơi ước lượng tỷ lệ p2 = 0,35 o p1 tỷ lệ tử vong VPLQTM nhóm nghiên cứu mà nghiên cứu mong muốn Chúng mong muốn giảm tỷ lệ tử vong nhóm BN sau can thiệp 17% (p1 = 0,18) o ∆ hiệu số p2 p1 Từ đó, tính cỡ mẫu cho nhóm nghiên cứu n ≈ 105 BN BN chia ngẫu nhiên chia thành nhóm: o Nhóm nghiên cứu: thực kỹ thuật multiplex realtime PCR VK bệnh phẩm đờm, dịch khí phế quản: Acinetobacter baumanii, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa,Escherichia coli, Staphylococus aureus o Nhóm chứng: khơng thực kỹ thuật multiplex realtime PCR 2.3 Kỹ thuật multiplex realtime PCR thực nghiên cứu: 2.3.1 Vật liệu nghiên cứu: + Bệnh phẩm: đờm, dịch phế quản, dịch rửa phế quản phế nang dược bảo quản lạnh vận chuyển tới phòng xét nghiệm Bảng 2.1 Trình tự Primer-Probe sử dụng nghiên cứu Chủng mục tiêu E coli Tên yccT-F yccT-R yccR-P K pneumoniae gltA-F gltA-R gltA-P gyrB-F P aeruginosa gyrB-R gyrB-P A baumannii blaOXA-51 F primer blaOXA-51 R primer blaOXA-51 Probe tufSA-F Staphylococci tufSA-R tufSA-P nuc-F S aureus nuc-R nuc-P Kháng methicillin mecA-F mecA-R mecA-P Trình tự (5'->3') Chiều dài ATCGTGACCACCTTGATT 18 TACCAGAAGATCGACATC 18 CATTATGTTTGCCGGTATCC 24 GTTT AGGCCGAATATGACGAAT 18 GGTGATCTGCTCATGAA 17 ACTACCGTCACCCGCCACA 19 CCTGACCATCCGTCGCCACA 22 AC CGCAGCAGGATGCCGACGC 20 C CCGTGGTGGTAGACCTGTTC 27 CCAGACC GAAGTGAAGCGTGTTGGTTA 22 TG Tm GC% 53.37 44.44 50.30 44.44 GCCTCTTGCTGAGGAGTAAT GCCTCTTGCTGAGGAGTAAT AAACAACTGTTACTGGTGTA GAAATG AGTACGGAAATAGAATTGTG TCCGTAAATTATTAGACTAC GCTGAAGC CATCCTAAAAAAGGTGTAGA GA TTCAATTTTMTTTGCATTTTC TACCA TTTTCGTAAATGCACTTGCTT CAGGACCA GGCAATATTAMCGCACCTCA GTCTGCCASTTTCTCCTTGT AGATCTTATGCAAACTTAAT TGGCAAATCC 56 41.7 53.34 44.44 50.68 47.06 61.4 63.2 65.88 63.64 69.08 75.00 65.5 63.00 55.0 45.00 20 55.0 50.00 20 54.3 50 26 53.8 34.6 20 47.3 35 28 56.5 39.3 22 49.7 36.4 26 51.6 25 29 60.7 41.4 20 20 54.1 54.9 47.5 50 30 56.5 33.3 + Mẫu vi khuẩn: Bảng 2.2 Danh sách chủng vi khuẩn sử dụng Tên Loại mẫu Nguồn mẫu A baumannii Chủng chuẩn ATCC@19606 Viện VSDTTW P aeruginosa Dịch khuẩn BV Thanh Nhàn K pneumoniae Dịch khuẩn BV Thanh Nhàn E coli Dịch khuẩn BV Thanh Nhàn S.aureus Dịch khuẩn BV Thanh Nhàn + Mẫu amplicon: Được tổng hợp Intergrated DNA Technologies Amplicon pha loãng nồng độ thấp theo bậc pha loãng 10 TE 1X Bảng 2.3 Trình tự amplicon sử dụng STT Tên yccT glytA GryB blaOX A-51 Nuc_m ecA Trình tự primer 5’- GTTGG CATGG CGGCG CGCGT CTTTG CAGCG TACCA GAAGA TCGAC ATCGG TTGAA AGCCG CAGCG TGGTG GCAAA AACGG ATACC GGCAA ACATA ATGCA ATCAA GGTGG TCACG ATAGT GGCGA TGACT CTGGA A -3’ 5’- AAGCG GAGCC GGCGG CAAAG ACAAG CCGGC GACGT CCTTA TAGGC CGAAT ATGAC GAATT CAAAA CTACC GTCAC CCGCC ACACC ATGAT TCATG AGCAG ATCAC CCCGG TGTTG ATGGC ATGGC GCCAG TTTA TCA -3’ 5’- TTTAT CAAGA TTTAG CTCGT CGTAT TGGAC TTGAA CTCAT GTCTA ATGGC GCCAG TTTAT CATAC ATAAC CTGAC CATCC GTCGC CACAA CAAGG TCTGG GAACA GGTCT ACCAC CACGG CGTTC CGCAG TTCCC ACTGC GCGAA GTGGG CGAGA CCGAT GGCTC CGGCA CCGAA GTTCA CTTCA AGCCG TCCCC GGAGA CCTTC AGCAA CATCC ACTTC AGTTG GGACA TCCTG GCCAA GCGCA TCCGC GAGCT GTCCT TCCTC AACTC CGGCG TCGGC ATCCT GCTGC GAGTG GCGAT GACTC TGGAA-3’ 5’- TTTAT CAAGA TTTAG CTCGT CGTAT TGGAC TTGAA CTCAT GTCTA AGGAA GTGAA GCGTG TTGGT TATGG CAATG CAGAT ATCGG TACCC AAGTC GATAA TTTTT GGCTG GTGGG TCCTT TAAAA ATTAC TCCTC AGCAA GAGGC ACAG CT -3’ 5’- AACA AAGC ATCC TAAA AAAG GTGT AGAG AAAT ATGG TCCT GAAG CAAG TGCA TTTA CGAA AAAA ATGG TAGA AAAT GCAA AGAA AATT GAAG TCGA GTCC AACG TGAT TGCA GCGA TAAT AGAA GCTA TCCA CAAA CGAA TTTC GCAG TGTC CACC TCAG AAAC ACGC CCAG TATT GACT GGTG TGAA CTAA TAAT GGCA ATAT TAAC GCAC CTCA CTTA TTAA AAGA CACG AAAA ACAA AGTT TGGA AGAA AAAT ATTA TTTC CAAA GAAA ATAT CAAT CTAT TAAC TGAT GGTA TGCA ACAA GTCG TAAA TAAA ACAC ATAA AGAA GATA TTTA TAGA TCTT ATGC AAAC TTAA TTGG CAAA TCCG GTAC TGCA GAAC TCAA AATG AAAC AAGG AGAA ACTG GCAG ACAA ATT -3’ Size (bp) 137 138 310 152 415 - Thiết bị nghiên cứu, dụng cụ, vật tư tiêu hao: giống phòng xét nghiệm sinh học phân tử thông thường khác 2.3.2 Các bƣớc tiến hành kỹ thuật Xử lý mẫu: đờm, dịch phế quản làm tan loãng loại bỏ tạp chất, máu sau bảo quản ngăn đá tủ lạnh chờ tách chiết Tách chiết: DNA tách chiết theo hướng dẫn nhà sản xuất Thực phản ứng PCR: Chuẩn bị thành phần hỗn hợp phản ứng realtime PCR Việc thực multiplex realtime PCR cho VK chia hỗn hợp phản ứng: o Hỗn hợp 1: A.baumannii, E.coli K.pneumoniae o Hỗn hợp 2: P.aeruginosa S.aureus Chứng âm sử dụng nước PCR tinh 10 Bảng 2.7 Phân tích kết hỗn hợp phản ứng Phản ứng HEX ROX (IC) (S.aureus) Trường hợp FAM (P.aeruginosa) Trường hợp - - - Âm tính giả, thực lại phản ứng từ bước tách chiết Trường hợp - - + Dưới ngưỡng phát P.aeruginosa, S.aureus Trường hợp + - +/- Trường hợp - + +/- Trường hợp + + +/- Kết luận Dương tính với P.aeruginosa Thực phản ứng realtime PCR định lượng với P.aeruginosa Dương tính với S.aureus Thực phản ứng realtime PCR định lượng với S.aureus Đồng dương tính P.aeruginosa, S.aureus Thực phản ứng realtime PCR định lượng với tác nhân P.aeruginosa, S.aureus Nồng độ DNA VK đích hỗn hợp phản ứng dương tính tính dựa đường cong chuẩn xây dựng từ nồng độ DNA chứng dương Standard biết hiển thị phần mềm xử lý máy realtime sử dụng - Nhận định kết nghiên cứu: Kết dương tính có số lượng ≥ 103 DNA/ml dịch rửa phế quản phế nang; ≥ 104 DNA/ml đờm/ dịch hút qua NKQ/ MKQ 2.4 Tiến hành nghiên cứu: 2.4.1 Quy trình nghiên cứu: BN sau nhập viện và/hoặcđặt NKQ, thở máy ≥ 48 nghi ngờ VPBV, VPLQTM được: - Thăm khám lâm sàng phát hiện: Ho, sốt, khó thở, khạc đờm mủ tăng số lượng đờm, nghe phổi thấy ran ẩm, tiếng thổi ống… - Thực xét nghiệm: tế bào máu ngoại vi, chức gan thận, khí máu động mạch, chụp XQuang ngực, chụp CT Scanner ngực cần thiết… BN đủ tiêu chuẩn, đồng ý tham gia nghiên cứu đưa vào nghiên cứu: * Nhóm nghiên cứu: thực multiplex realtime PCR lần - Lần 1: chẩn đoán lâm sàng VPBV, VPLQTM BN lấy bệnh phẩm (đờm, dịch hút NKQ/MKQ dịch phế quản phế nang) thực thực đồng thời: + Nuôi cấy định lượng VK kháng sinh đồ thường qui + Và multiplex realtime PCR xác định loại VK: A.baumannii, K.pneumonia, P.aeruginosa, E.coli, S.aureus Khi có kết multiplex realtime PCR (3-7 giờ) phù hợp lâm sàng BN điều trị theo phác đồ áp dụng nghiên cứu dựa theo kết multiplex realtime PCR có kết ni cấy (Bảng 2.8) Khi có kết ni cấy VK kháng sinh đồ (2-4 ngày): 11 o Giữ nguyên phác đồ kháng sinh sử dụng (nếu kết nuôi cấy VK kháng sinh đồ phù hợp với kết multiplex realtime PCR áp dụng điều trị) o Điều chỉnh phác đồ sử dụng kháng sinh theo kết nuôi cấy VK kháng sinh đồ (nếu phác đồ điều trị theo kết multiplex realtime PCR áp dụng điều trị BN chưa phù hợp) - Lần 2: sau lần ngày (đối với BN điều trị khoa hồi sức, chưa bỏ máy thở, chưa rút NKQ) BN lấy bệnh phẩm lần gửi thực thực đồng thời: + Nuôi cấy định lượng VK kháng sinh đồ thường qui + Và multiplex realtime PCR xác định loại VK gây bệnh: A baumannii, K.pneumonia, P.aeruginosa, E.coli, S.aureus BN tiếp tục điều chỉnh phác đồ có kết multiplex realtime PCR, kết nuôi cấy VK kháng sinh đồ lần bỏ máy thở, rút NKQ, chuyển khoa, khỏi viện tử vong * Nhóm chứng: BN lấy bệnh phẩm (đờm, dịch hút NKQ/MKQ dịch rửa phế quản phế nang) thực nuôi cấy VK làm kháng sinh đồ thường qui BN điều trị kháng sinh dựa theo kinh nghiệm có kết ni cấy (2-4 ngày) điều chỉnh theo kết BN lấy bệnh phẩm (đờm dịch phế quản) nuôi câý cần thiết theo dõi đến bỏ máy thở, rút nội khí quản, chuyển khoa, khỏi viện tử vong Các BN thu thập số liệu theo mẫu bệnh án thống nhất, phân tích xử lý số liệu phần mềm thống kê y học 2.4.2 Phác đồ điều trị VPBV, VPLQTM áp dụng nghiên cứu Khi lâm sàng và/ có kết multiplex realtime PCR nghi ngờ và/hoặc chẩn đoán xác định VPBV, VPLQTM: - Điều trị kháng sinh sớm tốt, kháng sinh phải định sớm (trong đầu có kèm theo sốc nhiễm khuẩn) Kháng sinh theo kinh nghiệm theo phác đồ Bảng 2.8 (khi có kết multiplex realtime PCR nuôi cấy vi khuẩn kháng sinh đồ) - Ngoài việc sử dụng kháng sinh cần đảm bảo điều trị toàn diện hồi sức: + Điều trị sốc nhiễm khuẩn, đảm bảo oxy hóa máu hội chứng suy hô hấp cấp tiến triển (ARDS) theo phác đồ + Lọc máu định loại bỏ cytokin, toan chuyển hóa, suy đa tạng + Phối hợp điều trị bệnh lý kèm + Cân nước điện giải, cân kiềm- toan + Chăm sóc BN thở máy, dự phịng biến chứng tắc mạch + Đảm bảo dinh dưỡng, chống loét tỳ đè, chống loét dày stress 12 Bảng 2.8 Lựa chọn kháng sinh dựa kết multiplex realtime PCR Viêm phổi sớm, tình trạng Viêm phổi muộn, có sốc nhiễm Tên vi khuẩn LS ổn định, khơng có nguy khuẩn, ARDS, có nguy nhiễm vi nhiễm vi khuẩn đa kháng khuẩn đa kháng Meropenem: 2g/8h Doripenem 1g/8h truyền TM kéo dài 3h Meropenem:1g/8h truyền Và Colistin liều nạp 5mg/kg x lần; TM Doripenem liều trì 2,5mg x (1,5 x độ 0,5g/6h-8h truyền TM Acinetobacter thải creatinin x 30)/12h truyền TM Và/hoặc Amikacin 15mgbaumannii kéo dài 3h 20mg/kg/24h truyền TM Và/hoặc Ampicillin/sulbactam: lần 3g/6h-8h truyền TM kéo dài 3h Và/hoặc Amikacin 1520mg/kg/24h truyền TM lần Meropenem: 2g/8h Doripenem Meropenem: 1g/8h truyền 1g/8h truyền TM kéo dài 3h) TM Và Colistin liều nạp 5mg/kg x lần; Và Amikacin 15mgliều trì 2,5mg x (1,5 x độ 20mg/kg/24h truyền TM thải creatinin x 30)/12h truyền TM Klebsiella lần Gentamycin 5kéo dài 3h Ertapenem 1g/24h pneumonia 7mg/kg/24h truyền TM lân truyền TM 30 phút Tobramycin 5Và/hoặc Amikacin 157mg/kg/24h truyền TM 20mg/kg/24h truyền TM lần lần Và/hoặc Fosfomycin 6-8g/8h truyền TM kéo dài 2h Imipenem: 500mg/6h 1g/8h truyền TM Meropenem 1Ceftazidime/ Cefepim: 2g/8h truyền TM kéo dài 3h 2g/8h truyền TM Hoặc Piperacillin/tazobactam Piperacillin/tazobactam 4,5g/6h truyền TM Eschecheria 4,5g/6h truyền TM Và Ciprofloxacin 400mg/8h coli Và Ciprofloxacin 400mg/8h/ Amikacin 15-20mg/kg/24h truyền Amikacin 15TM lần 20mg/kg/24h truyền TM Hoặc Colistin liều nạp 5mg/kg x lần lần; liều trì 2,5mg x (1,5 x độ thải creatinin x 30)/12h truyền TM kéo dài 3h Piperacillin/tazobactam Imipenem: 500mg/6h 1g/8h 4,5g/6h-8h truyền TM truyền TM Meropenem 1Ceftazidime Cefepim: 2g/8h truyền TM kéo dài 3h Pseudomonas 2g/8h truyền TM Và Colistin liều nạp 5mg/kg x lần; aeruginosa Và Amikacin 15liều trì 2,5mg x (1,5 x độ 20mg/kg/24h truyền TM thải creatinin x 30)/12h truyền TM lần Levofloxacin kéo dài 3h 750mg- 1000mg/24h truyền Hoặc Amikacin 15-20mg/kg/24h 13 TM Staphylococus aureus Piperacillin/tazobactam 4,5g/6h-8h truyền TM cefepim: 2g/8h truyền TM Và/hoặc Levofloxacin 750mg/24h truyền TM truyền TM lần Hoặc Ciprofloxacin 400mg/8h Hoặc Levofloxacin 750mg- 1000mg/24h truyền TM Vancomycin: liều nạp 25–30 mg/kg, trì 15mg/kg/12h truyền TM kéo dài 1-2h; Hoặc Teicoplanin: liều nạp 12mg/kg/12h x lần, trì 6– 12mg/kg/24h truyền TM lần; Hoặc Linezolid: 600mg/12h truyền TM 2.5 Các tiêu chí đánh giá nghiên cứu: 2.5.1 Mục tiêu 1: Nghiên cứu giá trị multiplex realtime PCR chẩn đoán VPBV, VPLQTM - So sánh khả phát VK gây bệnh VPBV, VPLQTM thường gặp nuôi cấy thường quy multiplex realtime PCR - So sánh thời gian trả kết multiplex realtime PCR nuôi cấy thường quy - So sánh đồng thuận kết multiplex realtime PCR nuôi cấy dương tính - Giá trị chẩn đốn kỹ thuật multiplex realtime PCR: độ nhạy, độ đặc hiệu, giá trị dự đốn dương tính, giá trị dự đốn âm tính, số dương tính, số âm tính, số Kappa 2.5.2 Mục tiêu 2: Phân tích vai trị multiplex realtime PCR theo dõi điều trị VPBV, VPLQTM - So sánh sử dụng kháng sinh phù hợp hai nhóm nghiên cứu - So sánh thời gian thở máy, thời gian nằm khoa HSTC, thời gian nằm viện - So sánh tỷ lệ tử vong chung, tỷ lệ tử vong VPBV, VPLQTM, - Đánh giá hiệu điều trị số giảm nguy tương đối RRR, giảm nguy tuyệt đối ARR, số BN cần sử dụng kỹ thuật MPCR (NNT) để giảm BN tử vong VPLQTM 2.6 Một số khái niệm nghiên cứu: - Phụ thuộc máy thở: BN bỏ máy thở bệnh lý định phải thở máy cải thiện - Điều trị KS không phù hợp (là việc sử dụng KS mà VK gây bệnh bị kháng trung gian) hay điều trị kháng sinh phù hợp (là việc sử dụng kháng sinh nhạy cảm với VK gây bệnh theo KSĐ kết nuôi cấy VK sau đó) - Tử vong: bao gồm tất BN tử vong BV BN nặng để tử vong nhà - Tỷ lệ tử vong chung: tất BN tử vong xảy trình điều trị - Tỷ lệ tử vong viêm phổi gây ra: tử vong bệnh cảnh hội chứng suy hô hấp cấp tiến triển, sốc nhiễm khuẩn 2.7 Vấn đề đạo đức nghiên cứu: chấp thuận Hội đồng Đạo đức nghiên cứu y sinh Trường Đại học Y Hà nội thông qua (quyết định số: 187/HĐĐĐĐHYHN cấp ngày 20 tháng 02 năm 2016) 14 Chương KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN Chúng đưa vào nghiên cứu 242 BN chia vào hai nhóm 3.1 Đặc điểm chung hai nhóm bệnh nhân nghiên cứu 3.1.1 Đặc điểm chung lúc nhập viện Tuổi trung bình BN nghiên cứu 67,94 ± 16,59 tuổi, tỷ lệ nam71,1% số khối thể BMI trung bình 20,58 ± 3,39 Lý để đặt nội khí quản chiếm tỷ lệ cao là: suy hô hấp (42,4%) mê (32,2%) Chỉ có 2,1% viêm phổi bệnh viện Bệnh lý kèm gặp nhiều nhóm bệnh tim mạch, nhóm bệnh mạch máu não, đái tháo đường, bệnh phổi tắc nghẽn mạn tính 3.1.2 Một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng thời điểm chẩn đoán VPBV, VPLQTM Bảng 3.1 Một số đặc điểm lâm sàng Đặc điểm Điểm Glasgow 0,05 0,866 0,797 0,071 Nhận xét: Không có khác biệt điểm Glasgow, tăng tiết dịch phế quản, thân nhiệt, tỷ lệ VPLQTM muộn tình trạng sốc nhiễm khuẩn hai nhóm bệnh nhân nghiên cứu Bảng 3.2 Một số đặc điểm xét nghiệm máu Cả hai nhóm (n = 242) n (%) Đặc điểm Số lượng bạch cầu (G/l) Trung bình ± SD 12 Tỷ lệ BCTT/LP (Trung bình ± SD) Nồng độ ure máu (mmol/l) (Trung bình ± SD) Nồng độ albumin máu (g/l) (Trung bình ± SD) Tỷ lệ nồng độ urê/ albumin máu (Trung bình ± SD) 2Nồng độ procancitonil máu 10 (ng/ml) > 10 2,2- Nồng độ lactat máu (mmol/ml) >4 Nhóm nghiên cứu (n= 121) * n (%) Nhóm chứng (n= 121) ** n (%) p (*-**) 15,26 ± 7,27 16,03 ± 8,04 14,49 ± 6,38 0,204 (0,8) 88 (36,4) (1,4) 47 (65,3) (1,4) 41 (56,9) 23,49 ± 33,09 21,86 ± 32,62 25,08 ± 33,59 0,458 12,33 ± 8,61 11,23 ± 6,57 13,48 ± 10,22 0,053 26,68 ± 4,67 25,38 ± 4,45 28,11 ± 4,49 pH < 7,20 40 (16,5) 12 (9,9) 28 (23,1) 0,05 < 7,35 45 (22,8) 15 (16,0) 30 (29,1) ≤ 240 85 (45,0) 40 (42,6) 45 (47,4) 0,506 PaO2/FiO2 < 200 56 (29,6) 24 (25,5) 32 (33,7) 0,220 < 100 (4,2) (3,2) (5,3) PO2 < 60mmHg 13 (7,0) (8,2) (5,7) 0,508 Trung bình 157,17 ± 151,04 ± 95,20 163,30 ± 0,430 A-aDO2 ± SD 103,21 110,85 (mmHg) ≥ 50 162 (91,0) 84 (94,4) 78 (87,6%) 0,116 > 100 131 (73,6) 63 (70,8) 68 (76,4) 0,395 Nhận xét: Khí máu động mạch thời điểm chẩn đốn viêm phổi hai nhóm khơng khác biệt có ý nghĩa thống kê p> 0,05 Bảng 3.4 Tổn thương phim XQ ngực- cắt lớp vi tính ngực Cả hai nhóm Nhóm nghiên Nhóm chứng p Đặc điểm (n = 242) cứu (n= 121) * (n= 121) ** (*n (%) n (%) n (%) **) Tổn thương XQ ngực 114 (47,1) 52 (43,0) 62 (51,2) 0,198 Thâm nhiễm 115 (47,5) 70 (57,9) 45 (37,2) 0,001 Tổn thương Hang (0,8) (0,8) (0,8) phim cắt lớp vi tính TT phối hợp 115 (47,5) 70 (57,9) 45 (37,2) 0,001 ngực Không rõ 127 (52,5) 51 (42,1) 76 (62,8) Thùy phải 42 (17,4) 24 (19,8) 18 (14,9) 0,962 Thùy phải 28 (11,6) 15 (12,4) 13 (10,7) 0,643 Thùy phải 65 (26,9) 41 (33,9) 24 (19,8) 0,211 Cả phổi phải 87 (36,0) 51 (42,1) 36 (29,8) 0,044 Vị trí tổn thương Thùy trái 40 (16,5) 25 (20,7) 15 (12,4) 0,445 Thùy trái 58 (24,0) 37 (30,6) 21 (17,4) 0,203 Cả phổi trái 77 (31,8) 46 (38,0) 31 (25,6) 0,038 Cả hai phôi 63 (26,0) 38 (31,4) 25 (20,7) 0,057 Nhận xét: Chủ yếu tổn thương thâm nhiễm phổi hợp, gần không gặp tổn thương dạng hang Vị trí tổn thương thường gặp phổi phải phổi trái 16 Bảng 3.6 Kết nuôi cấy vi sinh bệnh phẩm đường hơ hấp Cả hai nhóm n= 242 (2,9%) 42 (17,4%) 83 (34,3%) 29 (12,0%) (3,3%) (2,1%) (0,4%) 17 (7,0%) 13 (5,4%) Loại vi khuẩn E coli K pneumoniae A baumannii P aeruginosa S aureus S marcressens Enterobacter cloacae Nấm candidas Khác Nhóm nghiên cứu (*) n= 121 (1,7%) 23 (19,0%) 41 (33,9%) 17 (14,0%) (4,1%) (0,8%) (0,0%) (5,8%) (5,0%) Nhóm chứng (**) n= 121 (4,1%) 19 (15,7%) 42 (34,7%) 12 (9,9%) (2,5%) (3,3%) (0,8%) 10 (8,3%) (5,8%) p (*-**) 0,446 0,497 0,892 0,322 0,722 0,370 0,450 0,776 Nhận xét: Chiếm tỷ lệ cao gây viêm phổi nhóm VK A.baumannii, K.pneumoniae, P.aeruginosa, E.coli, S.aureus Chiếm phần nhỏ VK khác, nấm 3.2 Giá trị multiplex realtime PCR chẩn đoán VPBV, VPLQTM Bảng 3.7 So sánh khả phát loại VK multiplex realtime PCR ni cấy Kết xét nghiệm Dương tính Ni cấy n (%) Lần n= 28 Lần n= 121 73 (60,3) Thời gian trả kết (Trung bình ± SD) (giờ) 19 (67,9) Chung n= 149 92 (61,7) 52,82 ± 11,70 Multiplex realtime PCR n (%) Lần Lần Chung n= 121 n= 28 n= 149 27 106 (87,6) 133 (89,3) (92,9) 8,20 ± 3,37 P 0,05 Nồng độ albumin máu nhóm nghiên cứu (25,38 ± 4,45 g/l) thấp hẳn so với nhóm chứng (28,11 ± 4,49 g/l) với p< 0,001, đa số BN mắc bệnh mạn tính lâu ngày dẫn đến tình trạng suy kiệt Tỷ lệ urê/albumin máu nhóm can thiệp (0,58 ± 0,51) cao hẳn nhóm chứng (0,41 ± 0,25) với p= 0,004, có lẽ tình trạng nhiễm khuẩn tăng lên thận tăng tái hấp thu urê ống thận dẫn đến làm tăng tỷ lệ urê/albumin máu Như vậy, tình trạng nhiễm khuẩn suy dinh dưỡng nhóm nghiên cứu nặng nhóm chứng có ý nghĩa thống kê Khí máu động mạch tỷ lệ BN toan máu pH≤ 7,35 chiếm 22,8%; PaO2/FiO2≤ 240 mmHg chiếm 45%; PaO2< 60mmHg chiếm 7%; thể chuyển hóa thiếu oxy tổn thương phổi nặng kèm sốc nhiễm khuẩn hai nhóm nghiên cứu Tổn thương phổi phim ngực: Tỷ lệ tổn thương phổi phải, đặc biệt thùy phổi phải cao phổi trái (nhóm nghiên cứu 42,1%, nhóm chứng 29,8%) Điều giải thích cấu tạo kinh điển phế quản gốc phải dốc hơn, ngắn lớn phế quản gốc trái Chủ yếu gặp tổn thương thâm nhiễm, không gặp tổn thương hang Hoàng Khánh Linh (2018) đa số gặp tổn thương thâm nhiễm đông đặc, không gặp tổn thương hang Sadigov (2018) khơng gặp hình ảnh hang Kết nuôi cấy VK bệnh phẩm đường hô hấp: Gặp nhiều nhóm vi khuẩn: A.baumannii 34,3%; tiếp đến K.pneumoniae 17,4%; P.aeruginosa 12,0%; E.coli 2,9%; S.aureus chiếm 3.3% Kết phù hợp với nghiên cứu Việt nam nước châu Á khác Chính vậy, thiết kế mồi cho phản ứng PCR nghiên cứu tập trung phát loại VK 21 4.2 Giá trị multiplex realtime PCR chẩn đoán VPBV, VPLQTM 4.2.1 So sánh khả phát loại VK gây VPBV, VPLQTM multiplex realtime PCR nuôi cấy thƣờng quy 4.2.1.1 So sánh khả phát loại VK gây VPBV, VPLQTM multiplex realtime PCR nuôi cấy thƣờng quy Bảng 3.7 cho thấy tỷ lệ multiplex realtime PCR phát VK cao nuôi cấy vi khuẩn (multiplex realtime PCR 89,3%- nuôi cấy 61,7% với p< 0,001); multiplex realtime PCR ni cấy dều có khả phát nhiều loại VK mẫu bệnh phẩm tỷ lệ multiplex realtime PCR cao tất lần thực kỹ thuật có ý nghĩa thống kê với p< 0,001 Thời gian cho kết multiplex realtime PCR 8,20 ± 3,37 thấp hẳn so với thời gian trả kết nuôi cấy 52,82 ± 11,70 với p< 0,001 Nghiên cứu Hou cho kết tương tự chúng tôi: nuôi cấy dương 38,2% multiplex realtime PCR 88,2% Baudel (2014) thấy nguyên VK multiplex realtime PCR phát với tỷ lệ cao ni cấy có ý nghĩa thống kê (multiplex realtime PCR 66%, nuôi cấy 40% với p< 0,001) Ở BN có sử dụng kháng sinh trước khả phát VK multiplex realtime PCR cịn ni cấy nhiều (multiplex realtime PCR 66%, ni cấy 23%, p< 0,001) Khơng phủ nhận chưa có kỹ thuật thay kỹ thuật ni cấy VK thường quy, Bởi vì, multiplex realtime PCR có nhiều ưu điểm có độ nhạy cao, thời gian trả kết ngắn có nhiều nhược điểm phát VK chuẩn bị gen đích khơng có kháng sinh đồ rõ ràng loại vi khuẩn đó, chưa kể đến lỗi thực kỹ thuật multiplex realtime PCR dẫn đến sai lệch kết giá thành cao 4.2.1.2 So sánh tỷ lệ phát loại VK multiplex realtime PCR nuôi cấy Trong nghiên cứu chúng tôi, tỷ lệ phát loại vi khuẩn gây bệnh multiplex realtime PCR thấp nuôi cấy thường quy, kết thể Bảng 3.8 (tỷ lệ phát multplex realtime PCR 31,5%- ni cấy 49%) Điều dễ hiểu multplex realtime PCR có độ nhạy cao nên tỷ lệ phát đồng nhiễm nhiều loại VK cao loại 4.2.1.3 So sánh tỷ lệ phát đồng nhiễm nhiều VK multiplex realtime PCR nuôi cấy Bảng 3.9 Bảng 3.10 cho thấy multplex realtime PCR phát tỷ lệ đồng nhiễm loại VK; loại VK nghiên cứu cặp đồng nhiễm multplex realtime PCR có khả nằng phát cao ni cấy Mario Karolyi (2021), nuôi cấy phát đồng nhiễm 25%, multiplex realtime PCR phát đồng nhiễm 28,3% Ở Romani (2022) tỷ lệ đồng nhiễm loại VK nuôi cấy 9,7%, multiplex realtime PCR 29,2%; tỷ lệ đồng nhiễm nhiều loại VK nuôi cấy 2,8%, multiplex realtime PCR 11,1% Một số điều tra khác cho thấy phần lớn BN đồng nhiễm với Klebsiella spp Escherichia coli Haemophilus 22 influenzae Sự khác biệt điều kiện bệnh viện khác khu vực, kinh tế bệnh lý có sẵn BN khác 4.2.2 Sự phù hợp kết multiplex realtime PCR nuôi cấy thƣờng quy với loại vi khuẩn gây VPBV, VPLQTM Trong 23 BN có kết ni cấy K.pneumoniae có BN (mã số 62, 63, 149) cho kết multiplex realtime PCR A.baumannii Đặc biệt K.pneumoniae tỷ lệ dương tính khơng phù hợp cao loại VK Đối với A.baumannii, số 42 BN có kết ni cấy dương tính có BN có kết multiplex realtime PCR âm tính, có nghĩa khơng phát loại VK mẫu bệnh phẩm (mã số 49, 58) Còn lại với E.coli, P.aeruginosa S.aureus kết multiplex realtime PCR nuôi cấy đồng thuận (Bảng 3.11) Hou (2020) gặp nuôi cấy dương tính PCR âm tính mẫu chứa hai lồi VK khác nhau, điều có tương tác VK làm ảnh hưởng đến kết Collin (2020) công bố 175 mẫu có 61 mẫu có đồng thuận ni cấy multiplex realtime PCR; có số mẫu multiplex realtime PCR dương tính (phát mẩu gen tồn sau điểu trị thích hợp) ni cấy âm tính, điều lần chứng tỏ nuôi cấy phát VK sống Bogaerts (2012) thấy có tỷ lệ phát âm tính giả E.coli với S.aureus Có hai lý chính: VK khơng có gen đích (trường hợp E.coli, thiếu gen uilA), hai có đột biến gen đích dẫn đến khơng phát VK (trường hợp S.aureus có vị trí đột biến) Đây phát thú vị Thêm trộn nhiều gen lần chạy làm tăng nồng độ khuếch đại dẫn đến tình trạng dương tính giả 4.2.3 Giá trị chẩn đoán multiplex realtime PCR với loại VK VPBV, VPLQTM Đối với loại VK E.coli, P.aeruginosa, S.aureus multiplex realtime PCR có độ nhạy 100%; giá trị dự đốn âm tính 100% số âm tính Điều chứng tỏ có loại VK dịch phế quản BN chắn multiplex realtime PCR phát Ngược lại kết multiplex realtime PCR VK âm tính chắn nguyên nhân gây VPBV, VPLQTM VK này, số âm tính (LR-) khẳng định điều (Bảng.3.12) Nghiên cứu Collin cho tỷ lệ âm tính thật dương tính thật nuôi cấy multiplex realtime PCR A.baumannii, K.pneumoniae P.aeruginosa đạt 100% Cuối số Kappa cho biết tỷ lệ đồng thuận chẩn đoán loại VK gây VPBV, VPLQTM nuôi cấy multiplex realtime PCR 0,607 với p= 0,046, với số này, nghiên cứu tỷ lệ đồng thuận kết nguyên VK gây VPBV, VPLQTM kỹ thuật multiplex realtime PCR nuôi cấy mức tốt có ý nghĩa thống kê 4.2.4 Giá trị chẩn đoán multiplex realtime PCR VPBV, VPLQTM thở máy loại VK gây bệnh thƣờng gặp Chúng tơi tính độ nhạy multiplex realtime PCR dựa mẫu bệnh phẩm có kết ni cấy dương tính, độ đặc hiệu dựa mẫu có kết ni cấy âm tính Độ nhạy multiplex realtime PCR nghiên cứu 97,8%; độ đặc hiệu 24,6%; giá trị dự đốn dương tính 67,7%; giá trị dự đốn âm tính 87,5% 23 (Bảng 3.13) với p< 0,05 (CI 95% 0; 618- 0,738) Kết phù hợp với nghiên cứu khác Peiffer- Smadja (2020) cho kết multiplex realtime PCR mang lại độ nhạy 80%, độ đặc hiệu 99%, giá trị dự đốn dương tính 87%, giá trị dự đốn âm tính 99% Nhóm nghiên khẳng định độ nhạy multiplex realtime PCR không đồng VK, độ nhạy cao cho vi khuẩn gram âm (90%) so với cầu khuẩn gram dương (62%) với p= 0,005 Luyt (2020) cho kết multiplex realtime PCR có độ nhạy chung cho tất nguyên gây bệnh 77,4%; độ đặc hiệu 14,3%; giá trị dự đoán dương tính 91,5%; giá trị dự đốn âm tính 5% Một số hạn chế nghiên cứu thừa nhận, nghiên cứu đơn trung tâm, số lượng BN cần nghiên cứu thêm Như vậy, giá trị multiplex realtime PCR chẩn đoán VPBV, VPLQTM khác nhau, nhiên multiplex realtime PCR cho thấy khả phát VK gây bệnh cao sử dụng gen kháng kháng sinh gen đích để phát VK kỹ thuật hứa hẹn triển vọng giúp ích nhiều cho lâm sàng 4.3 Phân tích vai trị multiplex realtime PCR điều trị VPBV, VPLQTM 4.3.1 Sử dụng kháng sinh phù hợp Liệu pháp kháng sinh sớm thích hợp chìa khóa để cải thiện tiên lượng, giảm tác dụng phụ giảm chi phí điều trị BN VPBV, VPLQTM Giá trị multiplex realtime PCR bệnh nhân nghi ngờ VPBV, VPLQTM hạn chế Bảng 3.14 cho thấy sử dụng kháng sinh phù hợp thời điểm có kết multiplex realtime PCR cao ni cấy, có đến 29 BN (34,0%) thời điểm sử dụng kháng sinh khơng phù hợp Đó điều kiện cung ứng thuốc bệnh viện khác nhau, điều kiện kinh tế gia đình 4.3.2 Thời gian thở máy, thời gian điều trị, tỷ lệ tử vong VPBV, VPLQTM Thời gian thở máy hai nhóm có khác biệt với p= 0,049 (nhóm nghiên cứu 11,37 ± 6,36 ngày; nhóm chứng 13,12 ± 9,27 ngày) Ngoài ra, thời gian nằm khoa Hồi sức tích cực thời gian nằm viện hai nhóm có khác biệt có ý nghĩa thống kê với p< 0,05 (Bảng 3.15) Tỷ lệ tử vong (TLTV) chung hai nhóm 41,7%; nhóm nghiên cứu 34,7%; nhóm chứng 48,8%, khác biệt có ý nghĩa thống kê với p= 0,022 Tỷ lệ tử vong VPLQTM hai nhóm nghiên cứu khơng có khác biệt thực p= 0,141 (Bảng 3.16) Cho đến thời điểm có chứng lợi ích tiềm rõ rệt lâm sàng áp dụng multiplex realtime PCR Về TLTV sử dụng multiplex realtime PCR, nghiên cứu có khác biệt, mà khơng có rõ ràng xu hướng ủng hộ Đặc biệt tìm hiểu yếu tố liên quan đến TLTV kết multiplex realtime PCR sử dụng kháng sinh phù hợp yếu tố độc lập dự báo gia tăng TLTV bệnh lý nhiễm trùng Kết tương tự kết nghiên cứu Pouly (2020) tổng kết đơn vị HSTC: nhóm nghiên cứu có TLTV BN VPLQTM 38,1%; thời gian thở máy trung bình 18 ngày(11- 31), thời gian nằm viện trung bình 31 ngày (18-60), có khác biệt có ý nghĩa thống kê nhóm BN VPLQTM nhóm khơng VPLQTM Bonine (2019) nhấn mạnh điều trị kháng sinh thời điểm thời gian sử dụng kháng sinh, thời gian điều trị bệnh viện, chi phí cho đợt điều trị 24 giảm cách có ý nghĩa Tuy nhiên, TLTV bệnh viện hay nhà hai nhóm lại khơng khác biệt rõ rệt 4.3.4 Số BN cần áp dụng multiplex realtime PCR để giảm BN tử vong VPLQTM Để tính tốn hiểu rõ giá trị kỹ thuật thử nghiêm lâm sàng, có nhiều tài liệu hướng dẫn tính tốn: hiệu điều trị kỹ thuật, yếu tố có lợi- có hại, cách đánh giá tiềm chúng Căn vào tài liệu hướng dẫn đó, nghiên cứu này, cần áp dụng multiplex realtime PCR cho BN để giảm BN tử vong VPLQTM (Bảng 3.17) Hiện xét nghiệm cận lâm sàng sử dụng khơng có xét nghiệm hoàn hảo, multiplex realtime PCR vậy, kỹ thuật có nhược điểm, nhiên phối kết hợp với dấu hiệu lâm sàng, cận lâm sàng khác multiplex realtime PCR có giúp phần vào định hướng VK giúp nâng cao tỷ lệ sử dụng kháng sinh phù hợp, giảm chi phí điều trị giảm thời gian thở máy, thời gian nằm khoa Hồi sức cấp cứu thời gian nằm viện KẾT LUẬN Giá trị chẩn đoán multiplex realtime PCR VPBV, VPLQTM loại vi khuẩn gây bệnh thường gặp: - Multiplex realtime PCR có khả phát VK cao ni cấy thường quy; Thời gian trả kết trung bình thấp nuôi cấy (multiplex realtime PCR 8,20 ± 3,37 giờ; nuôi cấy 52,82 ± 11,70 với p< 0,001) - Giá trị chẩn đoán multiplex realtime PCR loại VK: Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococus aureus có độ nhạy 100%; giá trị dự đốn âm tính 100% Riêng Acinertobacter baumannii Klebsiella pneumoniae, độ nhạy tương ứng 96,3% 89,3%; giá trị dự đoán âm 96,0% 95,2% Sự đồng thuận multiplex realtime PCR với nuôi cấy mức tốt (chỉ số Kappa index 0,607 với p= 0,046) - Giá trị chẩn đoán multiplex realtime PCR VPBV, VPLQTM cho loại VK là: độ nhạy 97,8%; độ đặc hiệu 24,6%; giá trị chẩn đoán dương tính 67,7%; giá trị chẩn đốn âm tính 87,3% với p< 0,05 Phân tích vai trị multiplex realtime PCR điều trị VPBV, VPLQTM - Giảm sử dụng kháng sinh không phù hợp - Giảm thời gian thở máy, thời gian nằm khoa hồi sức tích cực, thời gian nằm viện - Không giảm rõ rệt tỷ lệ tử vong viêm phổi liên quan thở máy hai nhóm nghiên cứu - Cần áp dụng kỹ thuật multiplex realtime PCR cho BN làm giảm BN tử vong VPLQTM