A BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM LÊ NGỌC TRIỆU NGHIÊN CỨU PHÂN LOẠI VÀ ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN QUẦN THỂ SÂM (Panax sp ) PHÂN BỐ TỰ NHIÊN TẠI LÂ[.]
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM _ _ LÊ NGỌC TRIỆU NGHIÊN CỨU PHÂN LOẠI VÀ ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN QUẦN THỂ SÂM (Panax sp.) PHÂN BỐ TỰ NHIÊN TẠI LÂM ĐỒNG LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP ĐÀ LẠT, 2017 A BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM _ _ LÊ NGỌC TRIỆU NGHIÊN CỨU PHÂN LOẠI VÀ ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN QUẦN THỂ SÂM (Panax sp.) PHÂN BỐ TỰ NHIÊN TẠI LÂM ĐỒNG Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã số: 62.42.02.01 LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP NGƢỜI HƢỚNG DẪN KHOA HỌC: PGS TS NGUYỄN VĂN KẾT GS.TSKH TRẦN DUY QUÝ ĐÀ LẠT, 2017 B LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu riêng tôi, kết nghiên cứu đƣợc trình bày luận án trung thực, khách quan chƣa để bảo vệ học vị Tôi xin cam đoan giúp đỡ cho việc thực luận án đƣợc cám ơn, thơng tin trích dẫn luận án đƣợc rõ nguồn gốc Đà Lạt, ngày 21 tháng 12 năm 2017 Tác giả luận án Lê Ngọc Triệu i LỜI CÁM ƠN Để hoàn thành luận án, xin trân trọng gửi lời cảm ơn sâu sắc đến PGS.TS Nguyễn Văn Kết, GS.TSKH Trần Duy Quý, ngƣời thầy trực tiếp hƣớng dẫn, giúp đỡ tận tình để tơi tơi hồn thành luận án Xin đƣợc trân trọng cám ơn quý thầy cô thuộc Ban đào tạo sau đại học -Viện Khoa học nông nghiệp Việt Nam, Viện Di truyền Nông nghiệp, Trƣờng Đại học Đà Lạt truyền đạt kiến thức, tạo điều kiện cho tơi suốt q trình học tập, sinh hoạt chuyên môn thực luận án Để có đƣợc kết nghiên cứu luận án này, xin chân thành cám ơn Quỹ Phát triển Khoa học Công nghệ Quốc gia đặc biệt TS Trần Văn Tiến tạo điều kiện cho tham gia, thực đề tài “Nghiên cứu phân loại đánh giá đa dạng di truyền chi sâm (Panax L.) Việt Nam” Xin đƣợc tri ân đến Lãnh đạo Viện Nghiên cứu Khoa học Tây Nguyên nhƣ anh em, bạn bè đồng nghiệp gần xa,… chia sẻ, hỗ trợ tơi q trình thực luận án Sau cùng, từ tận đáy lòng, tơi xin tỏ lịng biết ơn đến cha mẹ tơi, ngƣời sinh thành, nuôi dƣỡng nên ngƣời vợ động viên chia sẻ để tơi phấn đấu hồn thành luận án Lê Ngọc Triệu ii MỤC LỤC Trang Lời cam đoan i Lời cám ơn ii Danh mục chữ viết tắt vi Danh mục bảng vii Danh mục hình ix MỞ ĐẦU 1 Tính cấp thiết đề tài Mục tiêu đề tài Ý nghĩa khoa học thực tiễn Đối tƣợng phạm vi nghiên cứu đề tài Những đóng góp luận án Chƣơng 1.TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Vai trò loại sâm đời sống 1.2 Tổng quan phƣơng pháp nghiên cứu phân loại, khảo sát quan hệ phát sinh chủng loại taxon đánh giá đa dạng di truyền quần thể thực vật 1.2.1 Các thị đặc điểm thực vật 1.2.1.1 Các phƣơng pháp dựa đặc điểm hình thái 1.2.1.2 Các phƣơng pháp dựa thị phân tử 1.2.2 Các phƣơng pháp dựa thị phân tử nghiên cứu hệ thống học quan hệ phát sinh chủng loại thực vật 10 1.2.2.1 Các phƣơng pháp xây dựng quan hệ phát sinh chủng loại 11 1.2.2.2 Cơ sở khoa học việc sử dụng trình tự DNA bảo thủ cao phân tích quan hệ phát sinh chủng loại thực vật 11 1.2.2.3 Phƣơng pháp đánh giá đa dạng di truyền quần thể 14 1.3 Vị trí hệ thống học phân loại chi Panax, họ Araliaceae 16 1.3.1 Các nghiên cứu giới 16 1.3.2 Các nghiên cứu Việt Nam 22 1.4 Quan ̣ phát sinh chi Panax L dƣ̣a ̣ thố ng ho ̣c mƣ́c đô ̣ phân tƣ̉ 23 1.4.1 Các nghiên cứu phân loại quan hệ phát sinh chủng loại taxon chi Panax khơng dựa vào giải trình tự DNA 25 1.4.1.1 Các nghiên cứu giới 25 1.4.1.2 Các nghiên cứu Việt Nam 26 iii 1.4.2 Các nghiên cứu dựa giải trình tự vùng DNA bảo thủ 27 1.4.2.1 Các nghiên cứu giới 27 1.4.2.2 Các nghiên cứu Việt Nam 32 1.4.3 Các nghiên cứu phân loại quan hệ phát sinh chủng loại taxon chi Panax sử dụng DNA fingerprint từ vùng DNA bảo thủ 33 1.5 Các nghiên cứu đánh giá đa da ̣ng di truyề n quần thể chi Panax 34 1.6 Nghiên cứu thành phần hoạt chất chi Panax 39 1.7 Nhận xét chung 41 Chƣơng VẬT LIỆU, NỘI DUNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 33 2.1 Vật liệu nghiên cứu 44 2.1.1 Vật liệu cho nghiên cứu vị trí phân loại quan hệ phát sinh chủng loại sâm Lang Bian taxon Panax khác 44 2.1.2 Vật liệu cho nghiên cứu đa dạng di truyền quần thể sâm Lang Bian 46 2.1.3 Vật liệu cho nghiên cứu sơ thành phần saponin sâm Lang Bian 46 2.2 Nội dung nghiên cứu 47 2.3 Phƣơng pháp nghiên cứu 47 2.3.1.Điều tra, thu thập mẫu 47 2.3.1.1 Thu thập, xử lý mẫu để nghiên cứu hình thái thực vật học, lƣu trữ nghiên cứu quan hệ phát sinh chủng loại 50 2.3.1.2 Thu thập mẫu nhằm nghiên cứu đa dạng di truyền quần thể 50 2.3.1.3 Thu thập mẫu nhằm nghiên cứu sơ thành phần saponin 51 2.3.2 Nghiên cứu hình thái nhằm bổ sung liệu cho xác định vị trí phân loại sâm Lang Bian 51 2.3.3 Tách chiết DNA kiểm tra chất lƣợng, hàm lƣợng DNA mẫu 52 2.3.4 Phân loại, phân tích quan hệ phát sinh chủng loại dựa trình tự bảo thủ 52 2.3.4.1 Phân lập khuếch đại vùng DNA bảo thủ 52 2.3.4.2 Phân tích quan hệ phát sinh chủng loại dựa trình tự DNA bảo thủ cao 55 2.3.5 Phân tích đa dạng biến động di truyền quần thể dựa DNA fingerprint nảy sinh kỹ thuật ISSR 55 2.3.5.1 Sử dụng kỹ thuâ ̣t ISSR để hình thành DN A fingerprint 56 2.3.5.2 Phân tích đa dạng biến động di truyền dựa DNA fingerprint thu nhận đƣợc 57 2.3.6 Sơ phân tích, so sánh thành phần saponin 59 iv Chƣơng KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 61 3.1 Vị trí phân loại, quan hệ phát sinh chủng loại sâm Lang Bian số loài khác chi dựa đặc điểm hình thái trình tự DNA bảo thủ 61 3.1.1 Vị trí phân loại thực vật sâm Lang Bian dựa đặc điểm hình thái 61 3.1.2 Quan hệ phát sinh chủng loại sâm Lang Bian taxon chi dựa trình tự bảo thủ 66 3.1.2.1 Quan hệ phát sinh chủng loại sâm Lang Bian taxon chi dựa vùng gene matK 66 3.1.2.2 Quan hệ phát sinh chủng loại sâm Lang Bian taxon chi dựa vùng trình tự ITS1 – 5,8S rRNA – ITS2 75 3.1.2.3 Quan hệ phát sinh chủng loại sâm Lang Bian taxon chi khác dựa trình tự vùng gene 18S rRNA 84 3.1.2.4 Khảo sát quan hệ phát sinh chủng loại dựa vào việc phối hợp vùng trình tự 18S rRNA, ITS1-5,8S rRNA-ITS2 phần gene matK 90 3.1.3 Vị trí phân loại sâm Lang Bian dựa quan hệ phát sinh chủng loại với taxon Panax khác mức độ phân tử đặc điểm hình thái 102 3.2 Đánh giá đa dạng di truyền quần thể sâm Lang Bian 104 3.2.1 Kết thu thập, chuẩn bị mẫu chọn lọc mồi phục vụ cho đánh giá đa dạng di truyền quần thể 104 3.2.2 Kết đánh giá đa dạng di truyền quần thể LD 110 3.2.3 Kết đánh giá đa dạng di truyền quần thể DR 116 3.2.4 Kết đánh giá đa dạng di truyền tổng thể taxon nghiên cứu 122 3.3 Kết nghiên cứu phân tích, so sánh sơ thành phần saponin sâm Lang Bian số taxon chi khác 129 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 132 Kết luận 132 Kiến nghị 132 DANH MỤC CÁC CƠNG TRÌNH ĐÃ CƠNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN 134 TÀI LIỆU THAM KHẢO 135 PHỤ LỤC PHỤ LỤC 1: PHỔ ĐỒ TRÌNH TỰ CÁC VÙNG DNA BẢO TỒN CỦA CÁC TAXON ĐƢỢC THU THẬP TRONG NGHIÊN CỨU PHỤ LỤC 2: SO SÁNH TRÌNH TỰ VÙNG BẢO TỒN GIỮA CÁC TAXON KHẢO SÁT PHỤ LỤC 3: KẾT QUẢ ĐIỆN DI DNA KHUẾCH ĐẠI BẰNG CÁC MỒI ISSR v AFLP: DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Amplified Fragment Length Polymorphism CAPS: Cleaved Amplified Polymorphic Sequence DDBJ: DR: DNA Data Bank of Janan Đam Rông G-Rb1: Ginsenoside Rb1 G-Rd: Ginsenoside Rd G-Re: Ginsenoside Re G-Rg1: Ginsenoside Rg1 He: expected heterozygosity ISSR: Inter Simple Sequence Repeats ITS: Internal transcribed spacer IUCN: International Union for Conservation of Nature LD: Lạc Dƣơng M-R2: Majonoside R2 NCBI: N-R1: National Centre for Biotechnology Information Notoginsenosid R1 PPB: PS: percentage of polymorphic bands Panax stipuleanatus (lá chét nguyên) PSDL: Panax stipuleanatus (lá chét xẻ) PV: Panax vietnamensis PVF: Panax vietnamensis var fuscidiscus PVL: Panax vietnamensis var langbianensis RAPD: Random Amplified Polymorphic RFLP: Restriction Fragment Length Polymorphism rRNA: ribosomal RNA SCAR: Sequence Characterized Amplified Region SNP: Single Nucleotide Polymorphism SSR: Simple sequence Repeat - Microsatellites VNTR: Variable Number of Tandem Repeats - Minisatellites vi DANH MỤC BẢNG TT Tên bảng Trang 1.1 Đặc điểm hình thái tƣơng đồng khác biệt chi Aralia chi Panax 18 1.2 Phân loại taxon Panax châu Á theo quan điểm nhà nghiên cứu hệ thống học thực vật giai đoạn 1970-1975 19 1.3 Phân loại taxon Panax châu Á theo quan điểm nhà nghiên cứu hệ thống học thực vật giai đoạn 1996-2014 20 1.4 Số lƣợng nhiễm sắc thể theo Yang (1981) 21 2.1 Các mẫu sử dụng để tách chiết DNA cho phân tích quan hệ phát sinh chủng loại 44 2.2 Mã truy cập trình tự 18S rRNA; vùng ITS1 – 5,8S rRNA – ITS2 phần gene matK mẫu thu thập Việt Nam sử dụng nghiên cứu phân loại quan hệ phát sinh chủng loại 45 2.3 Các trình tự 18S rRNA, ITS1-5,8SrRNA-ITS2 gen matK đƣợc lấy từ Genbank sử dụng nghiên cứu phân tích quan hệ phát sinh chủng loại 45 3.1 So sánh đặc điểm hình thái sâm Lang Bian, P vietnamensis P vietnamensis var fuscidiscus 62 3.2 Thành phần số lƣợng nucleotide trình tự phần gene matK taxon đƣợc khảo sát 68 3.3 Những vị trí khác biệt trình tự phần gene matK đối tƣợng nghiên cứu so với taxon khác chi 69 3.4 Khoảng cách di truyền taxon đƣợc khảo sát dựa trình tự phần vùng gene matK 70 3.5 Sự khác biệt trình tự gene matK Panax sp., P vietnamensis P vietnamensis var fuscidiscus 72 3.6 So sánh trình tự ITS1-5,8S rRNA-ITS2 mẫu thuộc taxon Panax vietnamensis từ nguồn khác 77 3.7 Thành phần, số lƣợng nucleotide trình tự ITS1-5,8S rRNA-ITS2 khảo sát 78 3.8 Những vị trí khác biệt trình tự ITS1-5,8S rRNA-ITS2 đối tƣợng nghiên cứu so với taxon chi 79 3.9 Khoảng cách di truyền taxon khảo sát dự trình tự vùng ITS1– 5,8SrRNA–ITS2 81 3.10 Sai khác sâm Lang Bian với Panax vietnamensis P vietnamensis var fuscidiscus dựa trình tự vùng ITS1-5,8S rRNA-ITS2 84 vii 3.11 Phành phần số lƣợng nucleotide trình tự vùng 18S rRNA taxon đƣợc khảo sát 86 3.12 Các vị trí khác biệt taxon Panax khảo sát dựa trình tự vùng gene 18S rRNA 87 3.13 Khoảng cách di truyền taxon khảo sát dựa trình tự 18S rRNA 88 3.14 Đặc điểm thành phần số lƣợng nucleotide trình tự phối hợp taxon khảo sát 94 3.15 Khoảng cách di truyền taxon Panax đƣợc khảo sát dựa phối hợp ba trình tự DNA bảo thủ 18S rRNA, ITS1-5,8S rRNA-ITS2 phần gene matK 95 3.16 Ký hiệu, độ tuổi phân nhóm tuổi cá thể thuộc quần thể LD 105 3.17 Ký hiệu, độ tuổi phân nhóm tuổi cá thể thuộc quần thể DR 106 3.18 Đặc điểm mồi ISSR đƣợc chọn lọc sử dụng để làm nảy sinh DNA fingerprint làm sở đánh giá đa dạng di truyền 107 3.19 Tỷ lệ band đa hình mức độ tổng thể mẫu nghiên cứu, quần thể nhóm tuổi quần thể 109 3.20 Hệ số tƣơng đồng di truyền mẫu thuộc nhóm tuổi lớn quần thể LD 111 3.21 Hệ số tƣơng đồng di truyền mẫu thuộc nhóm tuổi nhỏ quần thể LD 112 3.22 Hệ số tƣơng đồng di truyền cặp mẫu từ hai nhóm tuổi lớn nhỏ quần thể LD 113 3.23 Hệ số tƣơng đồng di truyền mẫu thuộc nhóm tuổi lớn quần thể DR 117 3.24 Hệ số tƣơng đồng di truyền mẫu thuộc nhóm tuổi nhỏ quần thể DR 118 3.25 Hệ số tƣơng đồng di truyền cặp mẫu từ hai nhóm tuổi lớn nhỏ quần thể DR 119 3.26a Hệ số tƣơng đồng di truyền cặp mẫu từ nhóm tuổi lớn thuộc quần thể LD tất mẫu thuộc quần thể DR 123 3.26b Hệ số tƣơng đồng di truyền cặp mẫu từ nhóm tuổi nhỏ thuộc quần thể LD tất mẫu thuộc quần thể DR 124 3.27 Thành phần saponin theo chất chuẩn mẫu khảo sát 130 viii PHỤ LỤC 2: SO SÁNH TRÌNH TỰ VÙNG BẢO TỒN GIỮA CÁC TAXON SO SÁNH TRÌNH TỰ MỘT PHẦN GENE matK GIỮA CÁC TAXON KHẢO SÁT Pnew PVF PSt PB PV OUT PV PV PQ PJ PSt1 PVF1 PVF2 PP PB1 A G A G A T A C T A A T A C C C T A C C C A G T C C A T C T G G A A A T C T T G G T T C A A A C T C C [ 50] [ 50] [ 50] [ 50] [ 50] [ 50] [ 50] [ 50] [ 50] [ 50] [ 50] [ 50] [ 50] [ 50] [ 50] Pnew PVF PSt PB PV OUT PV PV PQ PJ PSt1 PVF1 PVF2 PP PB1 T T C G C T A C T G G G T A A A A G A T G C T T C T G T C T T T G C A T T T A T T A C G A T T C T T T [100] [100] [100] [100] [100] [100] [100] [100] [100] [100] [100] [100] [100] [100] [100] Pnew PVF PSt PB PV OUT PV PV PQ PJ PSt1 PVF1 PVF2 PP PB1 C T C C A C G A G T A T T G T A A T T G G A A T A C G T C A A A A C A A A T A A A A G C C G G T T C T T C T T T C [150] [150] [150] [150] [150] [150] [150] [150] [150] [150] [150] [150] [150] [150] [150] Pnew PVF PSt PB PV OUT PV PV PQ PJ PSt1 PVF1 PVF2 PP PB1 T T C A A A A A G T T T A A A C T T T T T T T C A A A G A C A T A T T C T T C T T A C C T A T A T A A T T C T C A T C T A T [200] [200] [200] [200] [200] [200] [200] [200] [200] [200] [200] [200] [200] [200] [200] Pnew PVF PSt PB PV OUT PV PV PQ PJ PSt1 PVF1 PVF2 PP PB1 G T G A A T A C G A A T C C A T C T T C A T C T T T C T C C G T A A C C A A T C T T C T C A T T T A [250] [250] [250] [250] [250] [250] [250] [250] [250] [250] [250] [250] [250] [250] [250] Pnew PVF PSt PB PV OUT PV PV PQ PJ PSt1 PVF1 PVF2 PP PB1 C G C T C A A C T T T A T C T T C T G G A A C C C T T C T T G A A C G A A T C A T A T T T C T A T G G A A A [300] [300] [300] [300] [300] [300] [300] [300] [300] [300] [300] [300] [300] [300] [300] l Pnew PVF PSt PB PV OUT PV PV PQ PJ PSt1 PVF1 PVF2 PP PB1 A A T A A A A T A T C T T G T A A A A G T C T T T G T T A A G G T T T T C T T T T C A A G T C A A T C T T A T [350] [350] [350] [350] [350] [350] [350] [350] [350] [350] [350] [350] [350] [350] [350] Pnew PVF PSt PB PV OUT PV PV PQ PJ PSt1 PVF1 PVF2 PP PB1 T G T T G T T G A A G G A T C C T T T C A T G C A T T A T G T T A G G T A T C A A G G A A A A T C A [400] [400] [400] [400] [400] [400] [400] [400] [400] [400] [400] [400] [400] [400] [400] Pnew PVF PSt PB PV OUT PV PV PQ PJ PSt1 PVF1 PVF2 PP PB1 A T T C T C G C T A A A A T C A A A A G G G A C G C C C T C C C T T T T G T T A T A T G A A A A A A T G G A C A T A T T A [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] Pnew PVF PSt PB PV OUT PV PV PQ PJ PSt1 PVF1 PVF2 PP PB1 C T T T G T T A A T T T A T G G C A A T G T C A T T T T T A C C T G T G G T C T C A A C C G G G A A [500] [500] [500] [500] [500] [500] [500] [500] [500] [500] [500] [500] [500] [500] [500] Pnew PVF PSt PB PV OUT PV PV PQ PJ PSt1 PVF1 PVF2 PP PB1 G G A T C T G T A T A A A C C A A T T A T A C A A T C A A T T C C C T C G A C A C C C C C T T C T G G G C T A T [550] [550] [550] [550] [550] [550] [550] [550] [550] [550] [550] [550] [550] [550] [550] Pnew PVF PSt PB PV OUT PV PV PQ PJ PSt1 PVF1 PVF2 PP PB1 C T A T C A A G T G C G C G G C T A A A C C C T T C A A T G G T A C G C G G T C A A A T G C T A G G A A A A A A A A A A A [600] [600] [600] [600] [600] [600] [600] [600] [600] [600] [600] [600] [600] [600] [600] m Pnew PVF PSt PB PV OUT PV PV PQ PJ PSt1 PVF1 PVF2 PP PB1 A A A T T C A T T T C A A A A T A A T T G A T A A T G C T A T T A A T A A G T T C G A T G A A A A A C T A T T T G T T C [650] [650] [650] [650] [650] [650] [650] [650] [650] [650] [650] [650] [650] [650] [650] Pnew PVF PSt PB PV OUT PV PV PQ PJ PSt1 PVF1 PVF2 PP PB1 C A A T T A T T C C T C T G A T T G G A T C A T T G G C T A A A G C G A A A T T T T G T A A C G T A [700] [700] [700] [700] [700] [700] [700] [700] [700] [700] [700] [700] [700] [700] [700] Pnew PVF PSt PB PV OUT PV PV PQ PJ PSt1 PVF1 PVF2 PP PB1 T T G G G G C A T C C T A T T A G T A A G T T T G C G G T T T G G A C C G T T T A T T T A T C A G A T T C T G A [750] [750] [750] [750] [750] [750] [750] [750] [750] [750] [750] [750] [750] [750] [750] Pnew PVF PSt PB PV OUT PV PV PQ PJ PSt1 PVF1 PVF2 PP PB1 T A T T A T T G A C C G A A A T T T G G G C G T A T A T G C A G A A A T C A A A T T T C T C A A T T T T T T T T T T T T T T T A T C A T A [800] [800] [800] [800] [800] [800] [800] [800] [800] [800] [800] [800] [800] [800] [800] Pnew PVF PSt PB PV OUT PV PV PQ PJ PSt1 PVF1 PVF2 PP PB1 G T G G A T C C T C A C A A A A A A [818] [818] [818] [818] [818] [818] [818] [818] [818] [818] [818] [818] [818] [818] [818] = = = = = = = = = = = = = = = Panax sp - Studied taxon P vietnamensis var fuscidiscus P stipuleanatus P bipinnatifidus P vietnamensis Polycias fruticosa P vietnamensis (*-AB044906) P vietnamensis (**-KJ418206.1) P quinquefolius (*-HQ113077.1) P japonicus (*-HQ113071.1) P stipuleanatus (*-HQ113079.1) P vietnamensis var fuscidiscus (*AB088004.1) P vietnamensis var fuscidiscus (**-KJ418212.1) P pseudoginseng (*-HQ113076.1) P bipinnatifidus (*-HQ113050.1) Pnew PVF PSt PB PV OUT PV PV PQ PJ PSt1 PVF1 PVF2 PP PB1 n SO SÁNH TRÌNH TỰ VÙNG ITS1-18s rDNA-ITS2 GIỮA CÁC TAXON KHẢO SÁT Pnew PVF PSti PBip PV OUT PSti1 PBip1 Pqui PJp Ppse G T C G A A A C C T G C A T C C C C C A G C A G A A C G A C C C G C T G A A C A C G T T A C T - G - C - A - A A C T C C C C C A C C [ 50] [ 50] [ 50] [ 50] [ 50] [ 50] [ 50] [ 50] [ 50] [ 50] [ 50] Pnew PVF PSti PBip PV OUT PSti1 PBip1 Pqui PJp Ppse G G G T C G A G G C G A C G C A G A A A A G G G T G C G C A A G C T C C C C A A G T T C C G A A A A C T A G A A G C C C A T G G T C C [100] [100] [100] [100] [100] [100] [100] [100] [100] [100] [100] Pnew PVF PSti PBip PV OUT PSti1 PBip1 Pqui PJp Ppse G G G G A T C C T T T G A A A A A A A C C T C T T C C G G G T C G G T T T T T C T T T T A T T C C C C C C T C G T A C C G A G A C T A A C G A C A C C C T C C - G G C G C G G [150] [150] [150] [150] [150] [150] [150] [150] [150] [150] [150] Pnew PVF PSti PBip PV OUT PSti1 PBip1 Pqui PJp Ppse A A T G C T T G C C A A G G A A A A T C C A A A C T C G A A C T T G C T G A A A A A A A A C G C A G T C A C C C C C T T T C G A T T T C G C G G [200] [200] [200] [200] [200] [200] [200] [200] [200] [200] [200] Pnew PVF PSti PBip PV OUT PSti1 PBip1 Pqui PJp Ppse G C G G C A G G T A A G G G G G G C G T C T T T C T A A G A A C A C A A A C G A C T C T C G G C A A C G G A T A T C [250] [250] [250] [250] [250] [250] [250] [250] [250] [250] [250] Pnew PVF PSti PBip PV OUT PSti1 PBip1 Pqui PJp Ppse T C G G C T C T C G C A T C G A T G A A G A A C G T A G C G A A A T G C G A T A C T T G G T G T G A [300] [300] [300] [300] [300] [300] [300] [300] [300] [300] [300] Pnew PVF PSti PBip PV OUT PSti1 PBip1 Pqui PJp Ppse A T T G C A G A A T C C C G T G A A C C A T C G A G T C T T T G A A C G C A A G T T G C G C C C G A [350] [350] [350] [350] [350] [350] [350] [350] [350] [350] [350] o Pnew PVF PSti PBip PV OUT PSti1 PBip1 Pqui PJp Ppse A G A C C A T G T A G G C T C G A G G G C A C G T C T G C C T G G G C G T C A C G A A C A T C G C G T C G C C [400] [400] [400] [400] [400] [400] [400] [400] [400] [400] [400] Pnew PVF PSti PBip PV OUT PSti1 PBip1 Pqui PJp Ppse C C C C - A A C T C C C C C C C C C A C C C C C T G G G G G C A C T T C C C T T C T T T A G G G C T T T T G G G A G T C A A G A G G C G A G A G G G G C G G A T A A T T T T T T G [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] Pnew PVF PSti PBip PV OUT PSti1 PBip1 Pqui PJp Ppse G C C T C C C G T G T C T T C A C C G C C T T T G A C G G T C C C T G G C C C A A A T G A C T G A G T C C A T A T G G C T G A T C C C C C [500] [500] [500] [500] [500] [500] [500] [500] [500] [500] [500] Pnew PVF PSti PBip PV OUT PSti1 PBip1 Pqui PJp Ppse G G A A C G T C A C G A C A T T T A G T G G T G G T T G T A G A A A A T G C C C T C A T T T C T C A C T G T C G T G C G [550] [550] [550] [550] [550] [550] [550] [550] [550] [550] [550] Pnew PVF PSti PBip PV OUT PSti1 PBip1 Pqui PJp Ppse G G - T G A C C C T G T C G C C A G A A A A T C T A G G G A A A G C T C T C A G T G A C C C T G T C C T G C G C C A A G A A T C T T T T C T C G A A A [600] [600] [600] [600] [600] [600] [600] [600] [600] [600] [600] Pnew PVF PSti PBip PV OUT PSti1 PBip1 Pqui PJp Ppse A T C C C C C C C C C C G C T T T G C G C T C C G [612] [612] [612] [612] [612] [612] [612] [612] [612] [612] [612] = = = = = = = = = = = Panax sp Studied taxon Panax vietnamensis var fuscidiscus Panax stipuleanatus Panax bipinnatifidus Panax vietnamensis Polycias fruticosa Panax stipuleanatus (*-U41695) Panax bipinnatifidus (*-U41678.1) Panax quinquefolius (*-HQ112440.1) Panax japonicus (*-HQ112432.1) Panax pseudoginseng (*-HQ112438.1) Pnew PVF PSti PBip PV OUT PSti1 PBip1 Pqui PJp Ppse p SO SÁNH TRÌNH TỰ GENE 18S rDNA GIỮA CÁC TAXON KHẢO SÁT PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB C A A C C T G G T T G A T C C T G C C A G T A G T C A T A T G C T T G T C T C A A A G A T T A A G C [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB C A T G C A T G T G T A A G T A T G A A C T A A T T C A G A C T G T G A A A C T G C G A A T G G C T [ 100] [ 100] [ 100] [ 100] [ 100] [ 100] [ 100] [ 100] [ 100] [ 100] [ 100] [ 100] [ 100] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB C A T T A A A T C A G T T A T A G T T T G T T T G A T G G T A T C T G C T A C T C G G A T A A C C G [ 150] [ 150] [ 150] [ 150] [ 150] [ 150] [ 150] [ 150] [ 150] [ 150] [ 150] [ 150] [ 150] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB T A G T A A T T C T A G A G C T A A T A C G T G C A A C A A A C C C C G A C T T C T T G G A A G G G A [ 200] [ 200] [ 200] [ 200] [ 200] [ 200] [ 200] [ 200] [ 200] [ 200] [ 200] [ 200] [ 200] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB T G C A T T T A T T A G A T A A A A G G T C G A C G C G G G C T T C T G C C C G T T G C T G C G A T [ 250] [ 250] [ 250] [ 250] [ 250] [ 250] [ 250] [ 250] [ 250] [ 250] [ 250] [ 250] [ 250] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB G A T T C A T G A T A A C T C G A C G G A T C G C A C G G C C C T C G T G C C G G C G A C G C A T C [ 300] [ 300] [ 300] [ 300] [ 300] [ 300] [ 300] [ 300] [ 300] [ 300] [ 300] [ 300] [ 300] q 50] 50] 50] 50] 50] 50] 50] 50] 50] 50] 50] 50] 50] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB A T T C A A A T T T C T G C C C T A T C A A C T T T C G A T G G T A G G A T A G T G G C C T A C T A [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ 350] 350] 350] 350] 350] 350] 350] 350] 350] 350] 350] 350] 350] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB T G G T G G T G A C G G G T G A C G G A G A A T T A G G G T T C G A T T C C G G A G A G G G A G C C [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ 400] 400] 400] 400] 400] 400] 400] 400] 400] 400] 400] 400] 400] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB T G A G A A A C G G C T A C C A C A T C C A A G G A A G G C A G C A G G C G C G C A A A T T A C C C [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ 450] 450] 450] 450] 450] 450] 450] 450] 450] 450] 450] 450] 450] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB A A T C C T G A C A C G G G G A G G T A G T G A C A A T A A A T A A C A A T A C C G G G C T C A G C C T T C C T T C [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ 500] 500] 500] 500] 500] 500] 500] 500] 500] 500] 500] 500] 500] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB G A G T C T G G T A A T T G G A A T G A G T A C A A T C T A A A T C C C T T A A C G A G G A T C C A [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ 550] 550] 550] 550] 550] 550] 550] 550] 550] 550] 550] 550] 550] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB T T G G A G G G C A A G T C T G G T G C C A G C A G C C G C G G T A A T T C C A G C T C C A A T A G [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ 600] 600] 600] 600] 600] 600] 600] 600] 600] 600] 600] 600] 600] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB C G T A T A T T T A A G T T G T T G C A G T T A A A A A G C T C G T A G T T G G A C T T T G G G T T [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ 650] 650] 650] 650] 650] 650] 650] 650] 650] 650] 650] 650] 650] r PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB G G G T C G G C C G G T C C G C C T C T C G G T G T G C A C C G A T C G T C T C G T C C C T T C T G [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ 700] 700] 700] 700] 700] 700] 700] 700] 700] 700] 700] 700] 700] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB C C G G C G A T G C G C T A T C T C T G T C C T T A A C T G G C T C G G G T C G T G C C T C C G G C G C T G [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ 750] 750] 750] 750] 750] 750] 750] 750] 750] 750] 750] 750] 750] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB T T A C T T T G A A G A A A T T A G A G T G C T C A A A G C A A G C C T A C G C T C T G G A T A C A [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ 800] 800] 800] 800] 800] 800] 800] 800] 800] 800] 800] 800] 800] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB T T A G C A T G G G A T A A C A T C A T A G G A T T T C G G T C C T A T T A C G T T G G C C T T C G [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ 850] 850] 850] 850] 850] 850] 850] 850] 850] 850] 850] 850] 850] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB G G A T C G G A G T A A T G A T T A A C A G G G A C A G T C G G G G G C A T T C G T A T T T C A T A [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ 900] 900] 900] 900] 900] 900] 900] 900] 900] 900] 900] 900] 900] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB G T C A G A G G T G A A A T T C T T G G A T T T A T G A A A G A C G A A C A A C T G C G A A A G C A [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ 950] 950] 950] 950] 950] 950] 950] 950] 950] 950] 950] 950] 950] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB T T T G C C A A G G A T G T T T T C A T T A A T C A A G A A C G A A A G T T G G G G G C T C G A A G [1000] [1000] [1000] [1000] [1000] [1000] [1000] [1000] [1000] [1000] [1000] [1000] [1000] s PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB A C G A T C A G A T A C C G T C C T A G T C T C A A C C A T A A A C G A T G C C G A C C A G G G A T [1050] [1050] [1050] [1050] [1050] [1050] [1050] [1050] [1050] [1050] [1050] [1050] [1050] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB C A G T G G A T G T T G C T T T T A G G A C T C C A C T G G C A C C T T A T G A G A A A T C A A A G [1100] [1100] [1100] [1100] [1100] [1100] [1100] [1100] [1100] [1100] [1100] [1100] [1100] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB T T T T T G G G T T C C G G G G G G A G T A T G G T C G C A A G G C T G A A A C T T A A A G G A A T [1150] [1150] [1150] [1150] [1150] [1150] [1150] [1150] [1150] [1150] [1150] [1150] [1150] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB T G A C G G A A G G G C A C C A C C A G G A G T G G A G C C T G C G G C T T A A T T T G A C T C A A [1200] [1200] [1200] [1200] [1200] [1200] [1200] [1200] [1200] [1200] [1200] [1200] [1200] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB C A C G G G G A A A C T T A C C A G G T C C A C G A A C A T A G A T A A G G A T T G A C A A G A C T G A G A A [1250] [1250] [1250] [1250] [1250] [1250] [1250] [1250] [1250] [1250] [1250] [1250] [1250] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB G C T C T T T C T T G A T T C T A T G G G T G G T G G T G C A T G G C C G T T C T T A G T T G G T G [1300] [1300] [1300] [1300] [1300] [1300] [1300] [1300] [1300] [1300] [1300] [1300] [1300] t PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB G A G C G A T T T G T C T G G T T A A T T C C G T T A A C G A A C G A G A C C T C A G C C T G C T A [1350] [1350] [1350] [1350] [1350] [1350] [1350] [1350] [1350] [1350] [1350] [1350] [1350] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB A A T A G C T A T G T G G A G G T A T A C C T C C A C G G C C A G C T T C T T A G A G G G A C T A T [1400] [1400] [1400] [1400] [1400] [1400] [1400] [1400] [1400] [1400] [1400] [1400] [1400] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB G G C C T C T T T A G G C C A C G G A A G T T T G A G G C A A T A A C A G G T C T G T G A T G C C C T [1450] [1450] [1450] [1450] [1450] [1450] [1450] [1450] [1450] [1450] [1450] [1450] [1450] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB T A G A T G T T C T G G G C C G C A C G C G C G C T A C A C T G A T G T A T T C A A C G A G T C T A [1500] [1500] [1500] [1500] [1500] [1500] [1500] [1500] [1500] [1500] [1500] [1500] [1500] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB T A A C C T T G G C C G A C A G G C C C G G G T A A T C T T T G A A A T T T C A T C G T G A T G G G [1550] [1550] [1550] [1550] [1550] [1550] [1550] [1550] [1550] [1550] [1550] [1550] [1550] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB G A T A G A T C A T T G C A A T T G T T G G T C T T C A A C G A G G A A T T C C T A G T A A G C G C [1600] [1600] [1600] [1600] [1600] [1600] [1600] [1600] [1600] [1600] [1600] [1600] [1600] u PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB G A G T C A T C A G C T C G C G T T G A C T A C G T C C C T G C C C T T T G T A C A C A C C G C C C [1650] [1650] [1650] [1650] [1650] [1650] [1650] [1650] [1650] [1650] [1650] [1650] [1650] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB G T C G C T C C T A C C G A T T G A A T G G T C C G G T G A A G T G T T C G G A T T G C G G C G A C [1700] [1700] [1700] [1700] [1700] [1700] [1700] [1700] [1700] [1700] [1700] [1700] [1700] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB G T G G G C G G T T C G C T G C C C G C G A C G T C G A A A G A A G T C C A C T G A A C C T T A T C [1750] [1750] [1750] [1750] [1750] [1750] [1750] [1750] [1750] [1750] [1750] [1750] [1750] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB A T T T A G A G G A A G G A G A A G T C G T A A C A A G G T T T C C G T A G G T G A A C C T G C A G [1800] [1800] [1800] [1800] [1800] [1800] [1800] [1800] [1800] [1800] [1800] [1800] [1800] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB A A G G A T C A G [1809] [1809] [1809] [1809] [1809] [1809] [1809] [1809] [1809] [1809] [1809] [1809] [1809] PVNew PVF PSti Pbip PV OUT PV1 Pqui PJp PSti1 PVF1 PPse PJpB = = = = = = = = = = = = = Panax sp Studied taxon Panax vietnamensis var fuscidiscus Panax stipuleanatus Panax bipinnatifidus Panax vietnamensis Polycias fruticosa Panax vietnamensis (*-AB033635.1) Panax quinquefolius (*-D85172.1) Panax japonicus (*-D84100.1) Panax stipuleanatus (*-AB088025.1) Panax vietnamensis var fuscidiscus (*-AB080243.1) Panax pseudoginseng (*-AB088026.1) Panax japonicus var bipinnatifidus (*-AB044901.1) v PHỤ LỤC 3: KẾT QUẢ ĐIỆN DI DNA KHUẾCH ĐẠI BẰNG CÁC MỒI ISSR A Ở CÁC MẪU THUỘC QUẦN THỂ LD Ảnh 1: Sử dụng mồi ISSR 808 Ảnh 2: Sử dụng mồi ISSR 814 Ảnh 3: Sử dụng mồi ISSR 844A Ảnh 4: Sử dụng mồi ISSR 17898A Ảnh 5: Sử dụng mồi ISSR 17898B Ảnh 6: Sử dụng mồi ISSR 17899A Ảnh 7: Sử dụng mồi ISSR 17899B Ảnh 8: Sử dụng mồi ISSR HB8 Ảnh 9: Sử dụng mồi ISSR HB9 Ảnh 10: Sử dụng mồi ISSR HB10 w Ảnh 11: Sử dụng mồi ISSR HB11 Ảnh 12: Sử dụng mồi ISSR HB12 Ảnh 13: Sử dụng mồi ISSR HB15 Ảnh 14: Sử dụng mồi ISSR UBC807 Ảnh 15: Sử dụng mồi ISSR UBC826 Ảnh 16: Sử dụng mồi ISSR UBC842C Ảnh 17: Sử dụng mồi ISSR UBC842T Ảnh 18: Sử dụng mồi ISSR UBC856C Ảnh 19: Sử dụng mồi ISSR UBC856T Ảnh 20: Sử dụng mồi ISSR UBC873 x B Ở CÁC MẪU THUỘC QUẦN THỂ DR Ảnh 21: Sử dụng mồi ISSR 808 Ảnh 22: Sử dụng mồi ISSR 814 Ảnh 23: Sử dụng mồi ISSR 844A Ảnh 24: Sử dụng mồi ISSR 17898A Ảnh 25: Sử dụng mồi ISSR 17898B Ảnh 26: Sử dụng mồi ISSR 17899A Ảnh 27: Sử dụng mồi ISSR 17899B Ảnh 28: Sử dụng mồi ISSR HB8 Ảnh 29: Sử dụng mồi ISSR HB9 Ảnh 30: Sử dụng mồi ISSR HB10 y Ảnh 31: Sử dụng mồi ISSR HB11 Ảnh 32: Sử dụng mồi ISSR HB12 Ảnh 33: Sử dụng mồi ISSR HB13 Ảnh 34: Sử dụng mồi ISSR UBC807 Ảnh 35: Sử dụng mồi ISSR UBC826 Ảnh 36: Sử dụng mồi ISSR UBC842C Ảnh 37: Sử dụng mồi ISSR UBC842T Ảnh 38: Sử dụng mồi ISSR UBC856C Ảnh 39: Sử dụng mồi ISSR UBC856T Ảnh 40: Sử dụng mồi ISSR UBC873 z