(Luận văn tốt nghiệp) nghiên cứu đột biến gen fat1 ở người có liên quan tới phơi nhiễm dioxin tại thành phố sông công, tỉnh thái nguyên

ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TRẦN THỊ THU TRANG Tên đề tài: NGHIÊN CỨU ĐỘT BIẾN GEN FAT1 Ở NGƯỜI CÓ LIÊN QUAN TỚI PHƠI NHIỄM DIOXIN TẠI THÀNH PHỐ SƠNG CƠNG, TỈNH THÁI NGUN KHĨA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC Hệ đào tạo : Chính quy Ngành : Công nghệ sinh học Khoa : CNSH-CNTP Khóa học : 2017 – 2021 Thái Nguyên - Năm 2021 Luan van ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TRẦN THỊ THU TRANG Tên đề tài: NGHIÊN CỨU ĐỘT BIẾN GEN FAT1 Ở NGƯỜI CÓ LIÊN QUAN TỚI PHƠI NHIỄM DIOXIN TẠI THÀNH PHỐ SÔNG CÔNG, TỈNH THÁI NGUYÊN KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC Hệ đào tạo : Chính quy Ngành : Cơng nghệ sinh học Lớp : 49-CNSH Khoa : CNSH-CNTP Khóa học : 2017 – 2021 Người hướng dẫn : PGS.TS Dương Văn Cường Thái Nguyên - Năm 2021 Luan van i LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan khóa luận tốt nghiệp: ‘Nghiên cứu đột biến gen FAT1 người có liên quan tới phơi nhiễm dioxin thành phố Sông Công, tỉnh Thái Nguyên” kết nghiên cứu cá nhân Nghiên cứu thực hướng dẫn PCG.TS Dương Văn Cường Những phần sử dụng tài liệu tham khảo khóa luận nêu rõ phần tài liệu tham khảo Các số liệu kết nghiên cứu chưa công bố tài liệu, có sai tơi xin chịu hoàn toàn trách nhiệm Thái nguyên, ngày 28 tháng 06 năm 2021 Sinh viên Trần Thị Thu Trang Luan van ii LỜI CẢM ƠN Trong trình học tập nghiên cứu để hồn thành khố luận tốt nghiệp với nỗ lực cá nhân, em nhận hướng dẫn, giúp đỡ, bảo động viên thầy cô, bạn bè gia đình Em xin tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới thầy giáo PCG.TS Dương Văn Cường, TS Hoàng Phú Hiệp, ThS Vũ Hoài Nam, người trực tiếp hướng dẫn giúp đỡ em suốt thời gian thực đề tài q trình hồn chỉnh khóa luận tốt nghiệp Em xin chân thành cám ơn thầy cô khoa CNSH-CNTP dạy dỗ giúp đỡ em suốt thời gian vừa qua Em xin chân thành cám ơn cán bộ, anh chị làm việc Viện Khoa học Sự sống- Đại học Thái Nguyên giúp đỡ tạo điều kiện để em học tập nghiên cứu Em xin cám ơn Hội nạn nhân chất độc da cam Tỉnh Thái Nguyên chi nhánh Hội thành phố Sông Cơng hỗ trợ tạo điều kiện q trình thu thập mẫu Em xin cảm ơn tất gia đình cựu chiến binh phơi nhiễm dioxin tham gia vào nghiên cứu Em xin cảm ơn Cơ quan Nghiên cứu Ung thư Quốc tế, Tổ chức Y tế Thế giới (International Agency for Research on Cancer – World Health Organization) tài trợ kinh phí cho nghiên cứu Cuối em xin gửi lời cám ơn tới gia đình, người thân, bạn bè ln động viên, chia sẻ, giúp đỡ em vượt qua khó khăn q trình học tập, nghiên cứu hồn thiện thân Em xin chân thành cảm ơn ! Thái nguyên, ngày 28 tháng 06 năm 2021 Sinh viên Trần Thị Thu Trang Luan van iii DANH MỤC BẢNG Bảng 3.1 Cặp mồi sử dụng nhân gen FAT1 31 Bảng 3.2 Bảng liệt kê hoá chất cần sử dụng q trình thí nghiệm 32 Bảng 3.3 Bảng liệt kê dụng cụ thiết bị cần thiết q trình thí nghiệm 33 Bảng 3.4 Quy trình tách chiết DNA từ mẫu máu người liên quan đến dioxin Tissue Genomic DNA Extraction Mini Kit 35 Bảng 3.5: Bố trí thí nghiệm tách chiết DNA từ máu người có liên quan đến phơi nhiễm dioxin 36 Bảng 3.6: Thành phần phản ứng PCR 38 Bảng 4.1: Danh sách gia đình hệ liên quan đến phơi nhiễm dioxin tình nguyện tham gia nghiên cứu 40 Bảng 4.2: Danh sách mẫu thuộc gia đình tiến hành PCR 42 Luan van iv DANH MỤC HÌNH Hình 2.1: Cấu trúc hố học TCDD (2,3,7,8-Tetrachlorodibenzo-p-dioxin) Hình 2.2: Chiếc máy bay số hiệu UH-1D từ Đại đội không quân 336 rải chất diệt cỏ vùng rừng châu thổ sông Mê Kơng, 26/07/1969 Hình 2.3: Sơ đồ thể miền chức miền Aryl Hydrocarbon Receptor 15 Hình 2.4 Hoạt động thụ thể AhR tương tác với dioxin tế bào 17 Hình 2.5 Mơ hình mơ cấu trúc 3D chứa vị trí đột biến Gln2933Pro 19 protein FAT1 19 Hình 2.6: Các thành viên họ cadherin FAT Drosophila động vật có xương sống 21 Hình 3.1: Chu trình nhiệt phản ứng PCR khuyếch đại gene FAT1 37 Hình 3.2: Chu trình nhiệt tối ưu phản ứng PCR khuyếch đại gene FAT1 38 Hình 4.1: Kết tách chiết DNA tổng số 24 mẫu máu thu thập 41 Hình 4.2: Sản phẩm PCR khuyếch đại đoạn gen FAT1 42 Hình 4.3: Kết phân tích chất lượng tín hiệu giải trình tự số mẫu đại diện 44 Hình 4.4: Kết BLAST sử dụng trình tự nucleotide mẫu A1 45 Hình 4.5: Kết so sánh trình tự nucleotide gen FAT1 người liên quan đến phơi nhiễm dioxin với ghi tham chiếu Genbank 46 Hình 4.6 Kết phân tích di truyền đột biến sợi F bệnh nhân gia đình A 47 Hình 4.7: Kết phân tích di truyền đột biến sợi F R bệnh nhân gia đình D 47 Luan van v DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT PCR Polymerase Chain Reaction TAE Tris-Acetate-EDTA Taq Thermus aquaticus dNTP Deoxynucleotide triphosphate TCDD Tetrachlorodibenzo-p-dioxin TEF Toxic Equivalence Factor IARC Cơ quan Nghiên cứu Ung thư Quốc tế ID Intellectual Disability AhR Aryl Hydrocacbon Receptor HSP90 90 – kDa heat shok protein ddNTPs dideoxyribonucleotide bp Base pair kp Kilo base DNA Deoxynucleotide Acid Luan van vi MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii DANH MỤC BẢNG iii DANH MỤC HÌNH .iv DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT v MỤC LỤC vi PHẦN 1: MỞ ĐẦU 1.1 Đặt vấn đề 1.2 Mục tiêu nghiên cứu 1.3.Ý nghĩa đề tài 1.3.1.Ý nghĩa khoa học đề tài 1.3.2.Ý nghĩa thực tiễn đề tài PHẦN 2: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1 Dioxin chất tương tự dioxin 2.2 Lịch sử ô nhiễm dioxin Việt Nam 2.3 Tác hại dioxin người 2.3.1 Các bệnh gây dioxin 2.3.2 Bệnh thiểu trí tuệ (Intellectual Disability - ID) 11 2.3.3 Mối liên hệ dioxin bệnh thiểu trí tuệ 13 2.4 Tác động dioxin DNA người 14 2.4.1 Thụ thể Aryl Hydrocarbon Receptor 14 2.4.2 Cơ chế tác động dioxin thông qua thụ thể AhR 16 2.4.3 Cơ chế tác động dioxin không thông qua thụ thể AhR 18 2.4.4 Dioxin gây đột biến hệ gen, biến đổi vật chất di truyền 18 2.5 Tổng quan gen FAT1 người 20 2.5.1 Đặc điểm gen FAT người 20 2.5.2 Gen FAT1 21 2.5.3 Gen FAT2 26 2.5.3 Gen FAT3 27 2.5.4 Gen FAT4 27 Luan van vii 2.5.5 Đột biến gen FAT1 liên quan thiểu trí tuệ bệnh ID người 28 2.6 Tình hình nghiên cứu nạn nhân bị phơi nhiễm dioxin gen FAT1 nước giới 29 2.6.1 Thế Giới 29 2.6.2 Trong nước 29 PHẦN 3: ĐỐI TƯỢNG, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 31 3.1 Đối tượng phạm vi nghiên cứu 31 3.1.1 Đối tượng nghiên cứu 31 3.1.2 Phạm vi nghiên cứu 31 3.2 Vật liệu dụng cụ thí nghiệm 31 3.2.1 Vật liệu nghiên cứu 31 3.2.2 Dụng cụ thí nghiệm 33 3.3 Địa điểm thời gian nghiên cứu 33 3.4 Nội dung nghiên cứu 33 3.5 Phương pháp nghiên cứu 34 3.5.1 Phương pháp thu thập bảo quản mẫu máu 34 3.5.2 Phương pháp tách chiết DNA 34 3.5.3 Phương pháp PCR 36 3.5.4 Giải trình tự Sanger 38 3.5.5 Phương pháp phân tích trình tự DNA in silico 39 PHẦN 4: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 40 4.1 Kết thu thập mẫu sinh phẩm người có liên quan tới phơi nhiễm dioxin 40 4.2 Kết tách chiết DNA 41 4.3 Kết PCR khuyếch đại gen FAT1 42 4.4 Kết giải trình tự phân tích đột biến gen FAT1 43 PHẦN 5: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 49 5.1 Kết luận 49 5.2 Đề nghị 49 TÀI LIỆU THAM KHẢO 50 PHỤ LỤC Luan van PHẦN 1: MỞ ĐẦU 1.1 Đặt vấn đề Dioxin tên gọi chung nhóm chất hố học độc hại, tồn bền vững tự nhiên thể người sinh vật khác Nhóm hợp chất phân loại chia thành họ có liên quan chặt chẽ với bao gồm: polychlorinated dibenzo- p -dioxin (PCDDs), polychlorinated dibenzofurans (PCDFs) polychlorinated bip henyls (DL-PCBs) Chúng sản phẩm phụ khơng mong muốn q trình sản xuất chất hữu chứa clo [1] Do tính chất bền vững, dioxin có khả chống lại phân hủy môi trường Chúng lắng đọng trọng đất xâm nhập vào chuỗi thức ăn người Khi vào thể, chúng tích trữ tế bào mỡ đào thải chậm [1] Dioxin cho chất độc hại biết đến dường mức độ phơi nhiễm dioxin an toàn Nhờ thụ thể trung gian dioxin tác động lên hệ gen, gây rối loạn phá huỷ hệ thống miễn dịch thể làm đột biến DNA từ gây nên bệnh lý nguy hiểm phức tạp có ung thư bệnh thần kinh, dị dạng dị tật bẩm sinh hệ người bị phơi nhiễm Dioxin không gây tổn hại đến sức khỏe người bị phơi nhiễm mà gây ảnh hưởng tới nghiêm trọng đến họ hệ [1] Trong chiến tranh Miền Nam từ năm 1962 đến năm 1970, quân đội mỹ rải lượng lớn chất diệt cỏ có tạp nhiễm dioxin xuống nhiều vùng Việt Nam Dioxin sau trộn lẫn với dầu hỏa dầu diesel nhằm làm tăng độ bám dính vào cỏ, chúng đựng vào thùng chứa phun xuống từ giàn phun sương đặt máy bay với mục đích làm rụng cây, phá huỷ nơi ẩn nấp lực lượng vũ trang Quân giải phóng miền Nam Việt Nam Việt Nam quốc gia gặp phải “thảm họa dioxin” nặng nề giới Việc nghiên cứu đánh giá ảnh hưởng phơi nhiễm dioxin với sức khỏe người cần thiết Tuy nhiên, việc xảy từ năm 60-70 kỷ trước nên công tác thu thập mẫu nghiên cứu gặp trở ngại lớn Hơn việc nghiên Luan van 41 4.2 Kết tách chiết DNA Mẫu máu người liên quan đến phơi nhiễm dioxin tách chiết DNA tổng số Tissue Genomic DNA Extraction Mini Kit theo hướng dẫn nhà sản xuất Favor Prep Kết tách chiết DNA tổng số kiểm tra phương pháp điện di gel agarose trình bày hình 4.1 Hình 4.1: Kết tách chiết DNA tổng số 24 mẫu máu thu thập L: Ladder 1kb hãng Thermo Siencetific Đường chạy từ 1→24 (A1→G4) : DNA tổng số tách từ 24 mẫu máu thu thập Thơng tin kí hiệu bệnh nhân chi tiết nhật kí thí nghiệm DNA tổng số tiến hành điện di gel agarose 0,80% Số lượng mẫu nạp trên điện di 5uL/mỗi Kết điện di cho thấy mẫu DNA tổng số thu có chất lượng đạt u cầu, DNA bị đứt gãy, band sáng rõ ràng đủ điều kiện để thực phản ứng PCR nghiên cứu Luan van 42 4.3 Kết PCR khuyếch đại gen FAT1 PCR khuếch đại gen FAT1 có kích thước 696 bp exon 10 gen FAT1 thực với cặp mồi đặc hiệu theo nghiên cứu Nguyễn Thị Thanh Ngân cộng [18]có trình tự bảng 3.1 Nhóm nghiên cứu lặp lại xác điều kiện phản ứng nghiên cứu gốc không thu sản phẩm PCR mong muốn Do đó, chúng tơi tiến hành tối ưu hóa điều kiện phản ứng bao gồm (1) nhiệt độ gắn mồi, (2) thời gian kéo dài, (3) nồng độ DNA khn theo dải pha lỗng (4) thể tích phản ứng Kết tối ưu cho thấy điều kiện phù hợp cho PCR gen FAT1 sử dụng cặp mồi nói bao gồm nhiệt độ gắn mồi 55oC, thời gian kéo dài 45 giây, nồng độ DNA khn pha lỗng 10 lần thể tích phản ứng 15 uL Sau tối ưu hóa thành cơng điều kiện PCR, gen FAT1 mẫu nghiên cứu thuộc gia đình khuếch đại Danh sách gia đình trình bày bảng 4.2 kết điện di gel agarose 0.8% sản phẩm PCR trình bày hình 4.2 Bảng 4.2: Danh sách mẫu thuộc gia đình tiến hành PCR Người ơng có tiền xử Con trai Cháu gái người bị thiểu phơi nhiễm dioxin (thế hệ thứ 2) trí tuệ (thế hệ thứ nhất) (thế hệ thứ 3) Gia đình A2 A3 A1 Gia đình D2 D3 D1 Gia đình E2 E3 E1 Hình 4.2: Sản phẩm PCR khuyếch đại đoạn gen FAT1 Luan van 43 L: Ladder 1kb hãng Thermo Siencetific Đường chạy từ → : Sản phẩm PCR đoạn gen FAT1 Lượng mẫu nạp trên điện di uL/mỗi Kết điện di sản phẩm cho PCR hình 4.2 cho thấy đường chạy xuất băng sáng, khơng đứt gãy nhiên có băng mờ phía mồi thừa, primer dimers hay sản phẩm phụ không mong muốn khác Đối chiếu với thang chuẩn DNA kích thước sản phẩm PCR tương ứng với kích thước dự đốn theo lý thuyết ≈700bp Như tạm thời kết luận PCR khuếch đại thành công gen FAT1 từ mẫu máu người liên quan đến phơi nhiễm dioxin 4.4 Kết giải trình tự phân tích đột biến gen FAT1 Các sản phẩm PCR gồm mẫu đủ tiêu chuẩn gửi tới công ty 1st BASE Singapore Tại sản phẩm PCR tinh trước giải trình tự phương pháp Sanger theo chiều Mục đích việc giải trình tự gene FAT1 để xác định so sánh trình tự gene người liên quan đến phơi nhiễn dioxin với trình tự gene FAT1 cơng bố ngân hàng gene xem liệu gene FAT1 người có tiền sử phơi nhiễm dioxin có đột biến hay khơng đột biến có di truyền hay khơng Đặc trưng phương pháp giải trình tự Sanger tín hiệu trình tự thấp khơng rõ ràng khoảng 10 nucleotide đầu điểm đỉnh nucleotide có tượng chồng chéo lên nhau, tín hiệu dần ổn định rõ ràng nucleotide sau tín hiệu thấp dần vài nucleotide cuối giải thích đoạn đầu đoạn cuối phản ứng giải trình tự khơng ổn định dẫn tới tín hiệu thấp, phản ứng ổn định cho cường độ tín hiệu cao xác Kết giải trình tự chiều xử lý phần mềm Sequence Scanner V1.0 Bioedit Trong số mẫu gửi giải trình tự, có mẫu cho chất lượng tốt mẫu (D2 E3) khơng đạt u cầu Tín hiệu giải trình tự mẫu kiểm tra lại phần mềm Sequence Scanner V1.0 Kết phân tích mẫu đại diện trình bày hình 4.3 Luan van 44 A1-F Hình 4.3: Kết phân tích chất lượng tín hiệu giải trình tự số mẫu đại diện Chất lượng tín hiệu giải trình tự đánh giá số giá trị chất lượng (Quality Value - QV) theo ba cấp độ  Chất lượng giải trình tự thấp, QV khoảng 0-9 (màu đỏ);  Chất lượng giải trình tự trung bình, QV khoảng 20-30 (màu vàng);  Chất lượng giải trình tự cao, QV lớn 30 (màu xanh lam) Phần mềm Bioedit sử dụng để cắt bỏ nucleotide có tín hiệu Sau đó, kết trình tự riêng biệt tạo mồi xuôi ngược ghép thành trình tự hồn chỉnh (consensus) Do ảnh hưởng yếu tố kỹ thuật, chiều dài trình tự hồn chỉnh mẫu có biến thiên trình bày bảng 4.3 Mẫu E1 E2 có chất lượng giải trình tự thấp so với mẫu cịn lại, độ dài trình tự sau xử lý ngắn Bảng 4.3 Độ dài trình tự sau xử lý đảm bảo chất lượng Mẫu nghiên cứu A1 A2 A3 D1 D3 E1 E2 Chiều dài đoạn FAT1 hoàn chỉnh thu (bp) 696 697 697 697 676 592 606 Theo nghiên cứu Nguyễn Thị Thanh Ngân cộng [18], nucleotide vị trí 8798 lấy từ trình tự gen tham chiếu dựng (build) hg19 Tuy nhiên, hệ gen tham chiếu xây dựng từ vài cá thể tình nguyện cung cấp mẫu Vì vậy, nghiên cứu SNP, việc xác định tần số alen cần thiết Bên cạnh Luan van 45 trình tự hệ gen tham chiếu, ghi đơn lẻ khác đóng vai trị quan trọng để hình dung tần số alen cộng đồng Trong nghiên cứu này, tần số alen vị trí nucleotide 8798 theo nghiên cứu Nguyễn Thị Thanh Ngân cộng [18] (tương ứng với vị trí 9178 hình 4.5) người bình thường khơng liên quan đến phơi nhiễm dioxin xác định cách sử dụng cơng cụ trực tuyến BLAST để tìm trình tự tương đồng NCBI Trình tự FAT1 hồn chỉnh mẫu A1 có chiều dài 696 bp sử dụng để tìm kiếm Kết hình 4.4 cho thấy có ghi FAT1 người công bố ngân hàng gen Các ghi thu thập để làm liệu tham chiếu Hình 4.4: Kết BLAST sử dụng trình tự nucleotide mẫu A1 Có ghi FAT1 người không liên quan đến phơi nhiễm dioxin GenBank (năm ghi đầu tiên) Các ghi người gen FAT1 Luan van 46 Trình tự gen FAT1 mẫu thuộc gia đình hệ thứ người ơng cựu chiến binh phơi nhiễm với dioxin so sánh với trình tự tham chiếu GenBank Kết phân tích thể hình 4.5 Hình 4.5: Kết so sánh trình tự nucleotide gen FAT1 người liên quan đến phơi nhiễm dioxin với ghi tham chiếu Genbank NM_005245, NG_046994.1, XM_006714139.3, XM_005262834.3, XM_005262835.2: Năm trình tự tham chiếu GenBank BNA1, BNA2, BNA3: Gia đình thứ BND1, BND3: Gia đình thứ BNE1, BNE2: Gia đình thứ Kết hình 4.5 cho thấy vị trí 8798 ghi tham chiếu đến từ cá thể không liên quan tới phơi nhiễm dioxin Adenosine Trong đó, cá thể có liên quan tới phơi nhiễm dioxin nghiên cứu thuộc gia đình A D cho kết Cytosine Đáng lưu ý gia đình D có người cháu biểu trính trạng thiểu trí tuệ Đáng tiếc hai mẫu cịn lại gia đình E lý kỹ thuật nên vị trí nucleotide 8798 khơng cịn nằm phạm vi phân tích Luan van 47 Tiếp theo, cần xác định đột biết A-C đồng hợp hay dị hợp Sơ đồ tín hiệu giải trình tự gốc kiểm tra kết trình bày hình 4.6 4.7 Tại vị trí nucleotide thứ 8798, đồ thị tín hiệu mẫu thuộc gia đình A (hình 4.6) rõ ràng, đảm bảo độ tin cậy, tín hiệu mẫu thuộc gia đình D (hình 4.7) yếu hơn, độ tin cậy chưa thực đảm bảo Tuy nhiên, kết phân tích cho thấy mẫu dị hợp tử C A Hình 4.6 Kết phân tích di truyền đột biến sợi F bệnh nhân gia đình A Hình 4.7: Kết phân tích di truyền đột biến sợi F R bệnh nhân gia đình D Đột biến thay A thành C vị trí 8798 DNA hệ gen thu nghiên cứu tương đồng với kết nghiên cứu Nguyễn Thị Thanh Ngân cộng [18].Về mặt ý nghĩa sinh học, đột biến xảy exon 10 dẫn đến việc thay Gln (Glutamine) thành Pro (Proline) vị trí 2933 protein FAT1 Kết thay amino acid hình thành liên kết hydrogen xa với amino acid Asp2931, dẫn tới thay đổi tính chất protein sản phẩm (hình 2.5) Luan van 48 Nghiên cứu Nguyễn Thị Thanh Ngân cộng [18] thực cá thể thuộc gia đình hai hệ, kết đột biến không loại trừ khả mang tính ngẫu nhiên Dữ liệu nghiên cứu chúng tơi thực gia đình D bao gồm hệ, hệ thứ bị thiểu trí tuệ, tìm thấy xác đột biến Như vậy, liệu bước để mở rộng dung lượng mẫu cho nghiên cứu Nguyễn Thị Thanh Ngân cộng [18] Nói cách khác, liệu chúng tơi cung cấp thêm chứng đột biến 8798.A=>C mối tương quan với bệnh thiểu trí tuệ gây phơi nhiễm dioxin di truyền qua hệ Tuy nhiên, cần lưu ý liệu gia đình A khơng có thành viên mang tình trạng thiểu trí tuệ hệ mang đột biến dị hợp tử 8798.A=>C Do đó, chúng tơi cho khơng loại trừ khả đột biến có tương quan với phơi nhiễm dioxin nói chung khơng đặc hiệu riêng với bệnh nhân thiểu trí tuệ Đồng thời, khơng loại trừ khả dioxin có chế tác động đặc hiệu vị trí nucleotide 8798 exon 10 gen FAT1 Nói cách khác, nucleotide 8798 điểm nóng (hot spot) chế gây đột biến DNA dioxin Luan van 49 PHẦN 5: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 5.1 Kết luận Đã thu thập mẫu máu 24 cá thể thuộc gia đình cựu chiến binh phơi nhiễm dioxin thời kỳ chiến tranh Việt Nam Mẫu thu thập theo ba hệ gồm ơng-bố/mẹ cháu, người cháu đối tượng có biểu dị tật Đã tách chiết DNA tổng số khuếch đại đoạn gen FAT1 có kích thước 696 bp Đã giải trình tự mẫu thuộc gia đình, nhiên cặp mồi sử dụng nghiên cứu chưa phù hợp vị trí 8798 nằm gần cuối sản phẩm, gây khó khăn việc phân tích mẫu có tín hiệu khơng cao Phát đột biến thay 8798.A=>C dạng dị hợp tử gen FAT1 mẫu giải trình tự thuộc gia đình Trên sở liệu sơ khai khóa luận này, nhóm nghiên cứu đưa hai khả bao gồm: Thứ nhất, dioxin gây đột biến 8798.A=>C gen FAT1 tế bào sinh dục cá thể nam giới bị phơi nhiễm di truyền qua hệ Đột biến làm thay đổi cấu trúc protein mã hóa liên quan tới hội chứng thiểu trí tuệ Kết luận thống với đề xuất Nguyễn Thị Thanh Ngân cộng [18] Thứ hai, vị trí 8798 exon 10 gen FAT1 điểm nóng (hot spot) chế gây đột biến DNA dioxin 5.2 Đề nghị Thiết kế lại cặp mồi để vị trí 8798 cần phân tích nằm khoảng sản phẩm PCR Tiếp tục thực PCR, giải trình tự, phân tích so sánh mẫu cịn lại danh sách thu thập Hoàn thiện thiết kế cơng tác thu mẫu, bổ sung mẫu đối chứng người bà người mẹ không liên quan tới phơi nhiễm dioxin gia đình ba hệ cựu chiến binh thu thập Mở rộng dung lượng mẫu nghiên cứu lên khoảng 30 gia đình để có liệu phổ qt Luan van 50 TÀI LIỆU THAM KHẢO Epidemiol, J Effects of Dioxins on Human Health : A Review Shaw Watanabe , Kimiyoshi and Masahito Nagahashi Polychlorinated dibenzo-p-dioxins and dibenzofurans ( PCDD / PCDF ) occur as unwanted by-products of thermal processes , so the major part of their environmenta 9, 1–13 (1998) Lee, K T et al Revised relative potency values for PCDDs, PCDFs, and nonortho-substituted PCBs for the optimized H4IIE-luc in vitro bioassay Environ Sci Pollut Res 20, 8590–8599 (2013) Podoll, R T., Jaber, H M & Mill, T Tetrachlorodibenzodioxin: Rates of Volatilization and Photolysis in the Environment Environ Sci Technol 20, 490–492 (1986) Nguyen, T T Environmental consequences of dioxin from the war in Vietnam: What has been done and what else could be done? Int J Environ Stud 66, 9–26 (2009) Buffler, P A., Ginevan, M E., Mandel, J S & Watkins, D K The Air Force Health Study: An Epidemiologic Retrospective Annals of Epidemiology vol 21 673–687 (2011) Matsumura, F Mechanism of action of dioxin-type chemicals, pesticides, and other xenobiotics affecting nutritional indexes Am J Clin Nutr 61, (1995) Steenland, K., Bertazzi, P., Baccarelli, A & Kogevinas, M Dioxin revisited: Developments since the 1997 IARC classification of dioxin as a human carcinogen Environ Health Perspect 112, 1265–1268 (2004) Kolluri, S K., Jin, U H & Safe, S Role of the aryl hydrocarbon receptor in carcinogenesis and potential as an anti-cancer drug target Arch Toxicol 91, 2497–2513 (2017) Michalek, J E., Ketchum, N S & Longnecker, M P Serum dioxin and hepatic abnormalities in veterans of Operation Ranch Hand Ann Epidemiol 11, 304–311 (2001) 10 Zober, A., Ott, M G & Messerer, P Morbidity follow up study of BASF Luan van 51 employees exposed to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzo-p-dioxin (TCDD) after a 1953 chemical reactor incident Occup Environ Med 51, 479–486 (1994) 11 Neubert, R., Jacob-miillerl, U., Helge, H., Stahlmannl, R & Neubert, D Toxicology 213–219 (1991) 12 Porterfield, S P & Hendry, L B Impact of Pcbs On Thyroid Hormone Directed Brain Development Toxicol Ind Health 14, 103–120 (1998) 13 Kurita, H et al Aryl hydrocarbon receptor-mediated effects of 2,3,7,8tetrachlorodibenzo-p- dioxin on glucose-stimulated insulin secretion in mice J Appl Toxicol 29, 689–694 (2009) 14 Mocarelli, P et al Paternal concentrations of dioxin and sex ratio of offspring Lancet 355, 1858–1863 (2000) 15 Lalich, J J MORPHOLOGICAL CHANGES IN MONKEYS CONSUMING 16 Basel-Vanagaite, L Genetics of autosomal recessive non-syndromic mental retardation: Recent advances Clinical Genetics vol 72 167–174 (2007) 17 Myriam Srour, M S Di truyền-thiểu trí tuệ.pdf 18 Ng, T et al Xác đị nh độ t bi ế n q2933p gen 16, 253–258 (2018) 19 Cukier, H N et al Exome sequencing of extended families with autism reveals genes shared across neurodevelopmental and neuropsychiatric disorders Mol Autism 5, 1–10 (2014) 20 Orlowska, K et al The tertiary structures of porcine AhR and ARNT proteins and molecular interactions within the TCDD/AhR/ARNT complex J Mol Graph Model 67, 119–126 (2016) 21 Kawajiri, K & Fujii-Kuriyama, Y The aryl hydrocarbon receptor: a multifunctional chemical sensor for host defense and homeostatic maintenance Introduction: A Short History of TCDD and AHR Research Exp Anim 66, 75–89 (2017) 22 Quintana, C G.-V and F J Regulation of the immune response by the aryl hydrocarbon receptor Physiol Behav 176, 139–148 (2019) 23 Viluksela, M & Pohjanvirta, R Molecular Sciences Review Multigenerational and Transgenerational Effects of Dioxins (2019) doi:10.3390/ijms20122947 Luan van 52 24 Valavanidis, A., Vlahogianni, T., Dassenakis, M & Scoullos, M Molecular biomarkers of oxidative stress in aquatic organisms in relation to toxic environmental pollutants Ecotoxicol Environ Saf 64, 178–189 (2006) 25 Zhang, X et al History and progression of fat cadherins in health and disease OncoTargets and Therapy vol 7337–7343 (2016) 26 Peng, Z., Gong, Y & Liang, X Role of FAT1 in health and disease (Review) Oncol Lett 21, 1–13 (2021) 27 R Abou Jamra FAT liên quan đến rối loạn cảm xúc lưỡng cực.pdf 28 Blair, I & AF Chetcuti1, 3, RF Badenhop1, A Scimone1, MJ Moses1, LJ Adams1, N Craddock4, E Green4, G Kirov4, MJ Owen4, JBJ Kwok1, 2, JA Donald5, PB Mitchell6, and PR Schofield Bằng chứng hội tụ gen cadherin FAT chứa alen nhạy cảm với rối loạn lưỡng cực.pdf 29 Unne, J E D et al Molecular Cloning and Tissue Expression of FAT , the Human Homologue of the Drosophila fat Gene That Is Located on Chromosome 4q34 – q35 and Encodes a Putative Adhesion Molecule 223, 207–223 (1995) 30 Sanger, F., Nicklen, S & Coulson, A R DNA sequencing with chainterminating inhibitors (DNA polymerase/nucleotide sequences/bacteriophage 4X174) vol 74 (1977) 31 Davis, C R., Allen, D E & Leamy, L J 2,3,7,8-Tetrachlorodibenzo-p-dioxin: Its effect on genes for mandible traits in mice Environ Toxicol Pharmacol 12, 43–53 (2002) Luan van PHỤ LỤC BNA1-R BNA2-R BNA3-R BND1-F Luan van BND1-R BND3-F BND3-R BNE1-F Luan van BNE1-R BNE2-F BNE2-R Luan van ... HỌC THÁI NGUYÊN TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TRẦN THỊ THU TRANG Tên đề tài: NGHIÊN CỨU ĐỘT BIẾN GEN FAT1 Ở NGƯỜI CÓ LIÊN QUAN TỚI PHƠI NHIỄM DIOXIN TẠI THÀNH PHỐ SƠNG CƠNG, TỈNH THÁI NGUN KHĨA LUẬN TỐT... cơng bố nghiên cứu đột biến gen FAT1 người có liên quan tới phơi nhiễm dioxin 2.6.2 Trong nước Ở Việt Nam có nghiên cứu đánh giá thay đổi nội tiết, miễn dịch, sinh hoá, huyết học tồn dư dioxin. .. tưởng với mục tiêu nghiên cứu thêm số gia đình cựu chiến binh nhiễm dioxin khác để bổ sung thêm liệu đột biến gen FAT1 liên quan tới người bị phơi nhiễm dioxin Việt Nam 1.2 Mục tiêu nghiên cứu