Luận án tiến sĩ: Tính kháng thuốc Oseltamivir của vi rút cúm A lưu hành tại miền Bắc Việt Nam, 2001 – 2012

Luận án tiến sĩ: Tính kháng thuốc Oseltamivir của vi rút cúm A lưu hành tại miền Bắc Việt Nam, 2001 – 2012Luận án tiến sĩ: Tính kháng thuốc Oseltamivir của vi rút cúm A lưu hành tại miền Bắc Việt Nam, 2001 – 2012Luận án tiến sĩ: Tính kháng thuốc Oseltamivir của vi rút cúm A lưu hành tại miền Bắc Việt Nam, 2001 – 2012Luận án tiến sĩ: Tính kháng thuốc Oseltamivir của vi rút cúm A lưu hành tại miền Bắc Việt Nam, 2001 – 2012Luận án tiến sĩ: Tính kháng thuốc Oseltamivir của vi rút cúm A lưu hành tại miền Bắc Việt Nam, 2001 – 2012Luận án tiến sĩ: Tính kháng thuốc Oseltamivir của vi rút cúm A lưu hành tại miền Bắc Việt Nam, 2001 – 2012Luận án tiến sĩ: Tính kháng thuốc Oseltamivir của vi rút cúm A lưu hành tại miền Bắc Việt Nam, 2001 – 2012Luận án tiến sĩ: Tính kháng thuốc Oseltamivir của vi rút cúm A lưu hành tại miền Bắc Việt Nam, 2001 – 2012Luận án tiến sĩ: Tính kháng thuốc Oseltamivir của vi rút cúm A lưu hành tại miền Bắc Việt Nam, 2001 – 2012Luận án tiến sĩ: Tính kháng thuốc Oseltamivir của vi rút cúm A lưu hành tại miền Bắc Việt Nam, 2001 – 2012Luận án tiến sĩ: Tính kháng thuốc Oseltamivir của vi rút cúm A lưu hành tại miền Bắc Việt Nam, 2001 – 2012Luận án tiến sĩ: Tính kháng thuốc Oseltamivir của vi rút cúm A lưu hành tại miền Bắc Việt Nam, 2001 – 2012Luận án tiến sĩ: Tính kháng thuốc Oseltamivir của vi rút cúm A lưu hành tại miền Bắc Việt Nam, 2001 – 2012Luận án tiến sĩ: Tính kháng thuốc Oseltamivir của vi rút cúm A lưu hành tại miền Bắc Việt Nam, 2001 – 2012Luận án tiến sĩ: Tính kháng thuốc Oseltamivir của vi rút cúm A lưu hành tại miền Bắc Việt Nam, 2001 – 2012Luận án tiến sĩ: Tính kháng thuốc Oseltamivir của vi rút cúm A lưu hành tại miền Bắc Việt Nam, 2001 – 2012Luận án tiến sĩ: Tính kháng thuốc Oseltamivir của vi rút cúm A lưu hành tại miền Bắc Việt Nam, 2001 – 2012Luận án tiến sĩ: Tính kháng thuốc Oseltamivir của vi rút cúm A lưu hành tại miền Bắc Việt Nam, 2001 – 2012Luận án tiến sĩ: Tính kháng thuốc Oseltamivir của vi rút cúm A lưu hành tại miền Bắc Việt Nam, 2001 – 2012Luận án tiến sĩ: Tính kháng thuốc Oseltamivir của vi rút cúm A lưu hành tại miền Bắc Việt Nam, 2001 – 2012Luận án tiến sĩ: Tính kháng thuốc Oseltamivir của vi rút cúm A lưu hành tại miền Bắc Việt Nam, 2001 – 2012

i BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG -* - HỒNG VŨ MAI PHƯƠNG TÍNH KHÁNG THUỐC OSELTAMIVIR CỦA VIRUT CÚM A LƯU HÀNH TẠI MIỀN BẮC VIỆT NAM, 2001 – 2012 LUẬN ÁN TIẾN SỸ Y HỌC HÀ NỘI – 2014 ii BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG -* - HỒNG VŨ MAI PHƯƠNG TÍNH KHÁNG THUỐC OSELTAMIVIR CỦA VIRUT CÚM A LƯU HÀNH TẠI MIỀN BẮC VIỆT NAM, 2001 – 2012 Chuyên ngành: Vi sinh Y học Mã số : 62.72.01.15 LUẬN ÁN TIẾN SỸ Y HỌC Người hướng dẫn khoa học: GS.TS Đặng Đức Anh PGS.TS Lê Thị Quỳnh Mai HÀ NỘI – 2014 iii LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu riêng tơi Các số liệu, kết luận văn trung thực chưa cơng bố cơng trình khác NGHIÊN CỨU SINH Hoàng Vũ Mai Phương iv LỜI CẢM ƠN Để hồn thành luận văn này, tơi xin trân trọng cảm ơn:  Khoa Đào tạo Quản lý khoa học, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung Ương  Ban Giám đốc, Ban Chủ nhiệm Khoa Virút, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung Ương Đã tạo điều khiện tốt nhất, giúp đỡ tơi suốt q trình học tập nghiên cứu Tôi xin gửi lời cảm ơn đặc biệt đến GS.TS Đặng Đức Anh, người tạo điều kiện cho đến với chuyên ngành vi rút, cho tơi lời khun hữu ích, động viên lịng nhiệt tình suốt q trình nghiên cứu hồn thành luận văn Tơi xin gửi lịng biết ơn sâu sắc tới PGS.TS Lê Thị Quỳnh Mai, người tận tình dìu dắt giúp đỡ tơi từ ngày bước chân vào lĩnh vực vi rút học, truyền đạt kinh nghiệm quý báu ln khuyến khích tơi bước phía trước, tiếp cận với kiến thức nâng cao mở rộng để tơi hồn thành luận văn Tơi xin trân trọng cảm ơn TS Nguyễn Lê Khánh Hằng, Ths Nguyễn Cơ Thạch, Ths Lê Thị Thanh, CN Phạm Thị Hiền bạn đồng nghiệp cơng tác Phịng thí nghiệm Cúm - Khoa Vi rút - Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung Ương nhiệt tình giúp đỡ ủng hộ tơi suốt q trình hồn thành luận văn Tôi xin chân thành cảm ơn tài trợ Trung tâm Cúm thuộc Viện sức khỏe Hàn Quốc (KNIH )trong suốt q trình nghiên cứu Tơi xin chân thành cảm ơn TS Mendi Jamsran, TS Aeron Hurt, chuyên viên Tổ chức Y tế Thế giới, cho hỗ trợ kỹ thuật ban đầu nghiên cứu Tơi xin gửi tặng Gia đình, bạn bè người thân gia đình hết lịng giúp đỡ, động viên đường nghiệp khoa học để đạt thành ngày hôm Hà nội, ngày 22 tháng 10 năm 2013 HOÀNG VŨ MAI PHƯƠNG v MỤC LỤC Trang phụ bìa i Lời cam đoan ii Lời cảm ơn iii Mục lục iv Chữ viết tắt vii Danh mục bảng viii Danh mục hình, biểu đồ, sơ đồ ix ĐẶT VẤN ĐỀ CHƯƠNG I – TỔNG QUAN 1.1 Vi rút cúm A 1.1.1 Cấu tạo chung hệ gen vi rút cúm A 1.1.2 Cơ chế nhân lên vi rút cúm A 11 1.1.3 Thay đổi nhỏ thay đổi lớn hệ gen vi rút cúm A 13 1.1.4 Sự trao đổi tích hợp hệ gen vi rút cúm A 15 1.1.5 Khả gây bệnh vi rút cúm 16 1.1.6 Tiến hóa vi rút cúm A 17 1.2 Phòng điều trị cúm A 18 1.2.1 Văc xin phòng cúm 18 1.2.2 Thuốc điều trị vi rút cúm A 20 1.2.3 Các thuốc kháng vi rút 23 1.3 Tình hình kháng thuốc vi rút cúm A với thuốc kháng vi rút 25 1.3.1 Tình hình kháng thuốc vi rút cúm với thuốc amantadine 25 1.3.2 Tình hình kháng thuốc vi rút cúm với thuốc oseltamivir 26 1.4 Kỹ thuật áp dụng trình xác định tính kháng thuốc vi rút cúm A 27 vi 1.4.1 Nguyên nhân tượng kháng thuốc 27 1.4.2 Các kỹ thuật áp dụng giám sát kháng thuốc thông qua thay đổi vật liệu di truyền vi rút cúm 28 1.4.3 Kỹ thuật xác định mức độ kháng oseltamivir dựa hoạt động neuraminidase 32 1.4.4 Giám sát kháng thuốc vi rút cúm 34 CHƯƠNG II - ĐỐI TƯỢNG, VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 37 2.1 Đối tượng nghiên cứu 37 2.2 Phương pháp nghiên cứu 37 2.3 Vật liệu kỹ thuật xét nghiệm 38 2.3.1 Vật liệu 38 2.3.2 Kỹ thuật xét nghiệm 42 2.4 Phân tích số liệu 51 CHƯƠNG III – KẾT QUẢ 53 3.1 Các vi rút cúm A thu thập giai đoạn từ 2001 – 2012 53 3.2 Xác định giá trị IC50 ngưỡng phân típ vi rút cúm A 54 3.3 Sự tương tác oseltamivir với vi rút cúm A 60 3.4 Vị trí đột biến protein NA chủng cúm A liên quan đến kháng thuốc oseltamivir 65 3.5 Tỉ lệ chủng vi rút cúm A kháng oseltamivir miền Bắc Việt Nam, 2001-2012 69 3.6 Sự tương đồng gen HA NA vi rút cúm A có biểu giảm độ nhạy oseltamivir với vi rút phân típ lưu hành giai đoạn nghiên cứu 72 vii CHƯƠNG IV – BÀN LUẬN 86 4.1 Sự lưu hành vi rút cúm A khoảng thời gian nghiên cứu 86 4.2 Mức độ tỉ lệ vi rút cúm A giảm độ nhạy cảm với oseltamivir thông qua giá trị ức chế 50% (IC50) 88 4.3 Sự liên quan đột biến gen NAvới trình kháng thuốc oseltamivir chủng cúm A lưu hành miền Bắc Việt Nam 94 4.4 Sự liên quan mặt di truyền học chủng vi rút A mang gen đột biến vi rút cúm A lưu hành thời gian 98 KẾT LUẬN 101 KIẾN NGHỊ 103 DANH MỤC CÁC CƠNG TRÌNH CỦA TÁC GIẢ ĐÃ CƠNG BỐ CĨ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC viii CHỮ VIẾT TẮT ABI APHL Applied Biosystems Association of Public Health Laboratories (Tổ chức PTN hệ thống Y tế Cộng đồng) ATSH An Toàn Sinh Học DNA Deoxiribonucleic Acid Global Influenza Surveillance and Response System GISRS (Hệ thống phản ứng giám sát cúm toàn cầu) IC50 Inhibition Concentration 50% (Nồng độ ức chế 50% vi rút) IQR Interquartile Range (Khoảng liên tứ phân vị) International Society for Influenza and other Respiratory ISIRV-AVG Virus Diseases – Antiviral Group (Hiệp hội quốc tế cúm vi rút gây bệnh đường hô hấp khác – Nhóm nghiên cứu thuốc kháng vi rút) Kb Kilobase NAI Neuraminidase Inhibition (Ức chế neuraminidase) NIID National Institute of Infectious Diseases - Japan (Viện bệnh truyền nhiễm quốc gia – Nhật Bản) PCR Polymerase Chain Reaction pdm Pandemic PTN Phịng Thí Nghiệm RNA Ribonucleic Acid RT-PCR Reverse transcription-polymerase chain reaction SOP Standard Operating Procedure (Quy trình chuẩn) TCYTTG Tổ chức Y tế Thế giới US-CDC WHO United States- Centers for Disease Control and Prevention (Trung tâm kiểm soát bệnh dịch Hoa Kỳ) World Health Organization (Tổ chức Y tế Thế giới) ix DANH MỤC BẢNG Bảng Tên bảng Trang 1.1 Các phân đoạn gen vi rút cúm A 3.1 Phân bố theo năm phân típ virut cúm A sử dụng nghiên cứu 53 3.2 Giá trị trung bình phân típ cúm A thực nghiên cứu giá trị IC50 vi rút chứng chuẩn 56 3.3 Giá trị IC50 chủng A/H1N1 kháng oseltamivir năm 2008 2009 60 3.4 Giá trị IC50 chủng A/H1N1pdm09 kháng oseltamivir năm 2009 2011 61 3.5 Giá trị IC50 chủng A/H3N2 từ năm 2003 đến 2012 62 3.6 Giá trị IC50 chủng A/H5N1 năm 2005 2008 62 3.7 Kết phân loại mức độ giảm độ nhạy vi rút cúm A với oseltamivir 64 3.8 Mức độ giảm nhạy cảm vi rút cúm với oseltamivir điểm đột biến 70 3.9 Tỉ lệ kháng oseltamivir chủng vi rút cúm A nghiên cứu dựa hai phương pháp (ức chế neuraminidase giải trình tự gen) 71 x DANH MỤC HÌNH VẼ, SƠ ĐỒ, BIỂU ĐỒ Hình Tên hình Trang 1.1 Cấu trúc vi rút cúm 1.2 Hình ảnh vi rút cúm 1.3 Sự tham gia polymerase vào trình mã vi rút cúm 10 1.4 Cấu trúc ribonucleoprotein vi rút cúm 10 1.5 Cơ chế nhân lên vi rút chế tác dụng thuốc kháng vi rút 12 1.6 Cấu trúc chế tác dụng amantadine rimantadine 21 1.7 Cấu trúc oseltamivir zanamivir 22 1.8 Cơ chế hoạt động neuraminidase chất ức chế neuraminidase q trình giải phóng vi-rút khỏi tế bào 23 2.1 Thang thị phân tử chuẩn kb Invitrogen 50 3.1 Đột biến vị trí 275 protein NA chủng cúm A/H1N1 66 3.2 Đột biến vị trí 275 protein NA chủng cúm A/H1N1pdm09 67 3.3 Đột biến vị trí 117 protein NA chủng cúm A/H5N1 68 3.4 Đột biến vị trí 275 protein NA chủng cúm A/H5N1 69 3.5 Cây gia hệ gen HA chủng cúm A/H1N1, 2001-2009 74 3.6 Cây gia hệ phân đoạn gen mã hóa HA chủng cúm A/H1N1 – nhóm 2, 2001-2009 75 3.7 Cây gia hệ gen NA chủng cúm A/H1N1, 2001-2009 76 3.8 Cây gia hệ phân đoạn gen mã hóa NA chủng cúm A/H1N1- nhóm 2, 2001-2009 77 3.9 Cây gia hệ gen HA chủng cúm A/H1N1pdm09 79 3.10 Cây gia hệ gen NA chủng cúm A/H1N1pdm09 80 3.11 Cây gia hệ gen HA chủng cúm A/H5N1 83 the Sensitivity of Influenza A (H5N1) Viruses to Oseltamivir" Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 50(11), pp 3809–3815 87 Reddy D (2010), "Responding to pandemic (H1N1) 2009 influenza: the role of oseltamivir" J Antimicrob Chemother, 65(Suppl 2), pp ii35–40 88 Ronaghi M (2011), "Pyrosequencing Sheds Light on DNA Sequencing" Genome Res., 11, pp 3-11 89 Saito R., et al (2007), "High prevalence of amantadine-resistance influenza a (H3N2) in six prefectures, Japan, in the 2005-2006 season" J Med Virol, 79(10), pp 1569-76 90 Samaan, G., M McPherson, and J Partridge (2013), "A review of the evidence to support influenza vaccine introduction in countries and areas of WHO's Western Pacific Region" PLoS One, 8(7), pp e70003 91 Samuel B Graitcer, L G., Laurie Kamimoto, Saumil Doshi et al., (2011), "Characteristics of Patients with Oseltamivir- Resistant Pandemic (H1N1) 2009, United States" Emerging Infectious Diseases, 17(2), pp 255 92 Sandbulte M R., et al (2011), "Discordant antigenic drift of neuraminidase and hemagglutinin in H1N1 and H3N2 influenza viruses" Proc Natl Acad Sci U S A, 108(51), pp 20748-53 93 Sanger F., C A R (1975), "A rapid method for determining sequences in DNA by primed synthesis with DNA polymerase" Journal of Molecular Biology, 94(3), pp 441-446 94 Shih C., A., Hsiao T., Ho M., LiW., (2007), "Simultaneous amino acid substitutions at antigenic sites drive influenza A hemagglutinin evolution" PNAS, 105(15), pp 6283-6288 95 Sims L D., E T M., Liu K K., et.al (2003), "Avian influenza in Hong Kong 1997-2002" Avian Diseases, 47(3), pp 832-838 96 Sleeman, K., et al (2013), "R292K substitution and drug susceptibility of influenza A(H7N9) viruses" Emerg Infect Dis, 19(9), pp 1521-4 97 Smith D J., et al (2004), "Mapping the antigenic and genetic evolution of influenza virus" Science, 305(5682), pp 371-6 98 Smith G J., et al (2009), "Origins and evolutionary genomics of the 2009 swine-origin H1N1 influenza A epidemic" Nature, 459(7250), pp 1122-5 99 Subbarao EK, L W., Murphy BR (1993), "A single amino acid in the PB2 gene of influenza A virus is a determinant of host range" J Virol., 67(4), pp 1761-1764 100 Suki Man-Yan Lee, H.-L Y (2012), "Targeting the host or the virus Current and novel concepts for antiviral approaches against influenza virus infection" Antiviral Research, 96, pp 391-404 101 Suzuki Y., S R., Sato I., Zaraket H., Nishikawa M., Tamura T., Dapat C., Caperig-Dapat I., Baranovich T., Suzuki T., Suzuki H., (2011), "Identification of oseltamivir resistance among pandemic and seasonal influenza A (H1N1) viruses by an His275Tyr genotyping assay using the cycling probe method" J.Clin.Microbiol., 49(1), pp 125-130 102 Takano R, K M., Igarashi M, Le QM, Sekijima M, Ito K, Takada A, Kawaoka Y., (2013), "Molecular mechanisms underlying oseltamivir resistance mediated by an I117V substitution in the neuraminidase of subtype H5N1 avian influenza A viruses" J Infect Dis., 207(1), pp 89-97 103 Tamura D., M K., Yamazaki M., Fujino M., et al., (2009), "OseltamivirResistant Influenza A Viruses Circulating in Japan" J Clin Microbiol., 47(5), pp 1424-1427 104 Tashiro M., et al (2009), "Surveillance for neuraminidase-inhibitor-resistant influenza viruses in Japan, 1996-2007" Antivir Ther, 14(6), pp 751-61 105 Tong S., et al (2012), "A distinct lineage of influenza A virus from bats" Proc Natl Acad Sci U S A, 109(11), pp 4269-74 106 Vuong D C., Hoang V M P., Nguyen L K H., et al (2012), "The genetic match between vaccine strains and circulating seasonal influenza A viruses in Vietnam, 2001–2009" Influenza and Other Respiratory Viruses, DOI:10.1111/irv.12038 107 Wallace R G., et al (2007), "A statistical phylogeography of influenza A H5N1" Proc Natl Acad Sci U S A, 104(11), pp 4473-8 108 Walter M B., I M., Pamela K Y., Frances MD G., Adolfo G., Noelia M., Daniel R P., Ana S G.-R., Brent S S (2013), "Influenza A(H1N1)pdm09 virus infection in marine mammals in California" Emerging Microbes and Infections, 2(e40), pp doi:10.1038 109 Wang M., Q J., Liu Y., Vavricka C J., Wu Y., Li Q., Gao F G., (2011), "Influenza A Virus N5 Neuraminidase Has an Extended 150-Cavity " Journal of Virology, 85(16), pp 8431-8435 110 WHO (2009), "Influenza A(H1N1) virus resistance to oseltamivir 2008/2009 influenza season, northern hemisphere" 111 WHO (2011), "Manual for the laboratory diagnosis and virological surveillance of influenza" pp 103-114 112 WHO (2012), "Laboratory methodologies for testing the antiviral susceptibility of influenza viruses: Neuraminidase inhibitor (NAI) Genotyping: molecular-based assays" 113 WHO (2012), "Laboratory methodologies for testing the antiviral susceptibility of influenza viruses: Neuraminidase inhibitor (NAI) Phenotyping: neuraminidase inhibition assays" 114 WHO (2012), "Weekly epidemiological record" 39(87), pp 369-380 115 WHO (2013), Cumulative number of confirmed human cases for avian influenza A(H5N1) reported to WHO, 2003-2013 http://www.who.int/influenza/human_animal_interface/EN_GIP_20130426C umulativeNumberH5N1cases.pdf 116 WHO (2013), Number of confirmed human cases of avian influenza A(H7N9) reported to WHO http://www.who.int/influenza/human_animal_interface/influenza_h7n9/06_R eportWebH7N9Number.pdf 117 WHO (2013), Vaccines http://www.who.int/influenza/vaccines/en/ 118 Wright P F., N G., Kawaoka Y.,, (2007), Orthomyxoviridae, in Field's Virology,5th David M Knipe, P.M.H., Editor, Lippincott Williams & Wilkins: Philadelphia pp 1713-1716 119 Yang J., L Y., Huang Y., Su C., Lo J , Ho Y., Yao C., Hsu L., Wu H., Liu M., (2011), "Reassortment and Mutations Associated with Emergence and Spread of Oseltamivir-Resistant Seasonal Influenza A/H1N1 Viruses in 2005–2009" PLoS ONE, 6(3), pp e18177 120 Yi P L., X X., Wharton A S., Martin R S., et al., (2013), "Evolution of the receptor binding properties of theinfluenza A(H3N2) hemagglutinin" PNAS, 110(7), pp 2677-2683 121 Zambon, M (2011), "Assessment of the burden of influenza in children" Lancet, 378(9807), pp 1897-8 122 Zambon M., P C., (2009), Influenza, in Clinical Virology,6th al., A.J.Z.e., Editor, John Wiley&Sons: Sussex 123 Zhao D., L L., Li Y., Jiang Y., Liu L, et al., (2012), "Phylogenetic and Pathogenic Analyses of Avian Influenza A H5N1 Viruses Isolated from Poultry in Vietnam" PLoS ONE, 7(11), pp e50959 doi:10.1371 PHỤ LỤC 1 Hình ảnh minh họa bước thực thử nghiệm ức chế neuraminidase 1.1 Xác định độ hoạt động neuraminidase 1.1.1 Hoạt động neuraminidase qua máy đọc Victor X2 1.1.2 Biểu đồ thể hoạt động neuraminidase mức độ pha loãng vi rút cúm 1.2 Thử nghiệm ức chế neuraminidase 1.2.1 Kết ban đầu qua máy đọc Victor X2 1.2.2 Giá trị IC50 phân típ vi rút cúm A thơng thường A/H1N1pdm09 A/H3N2 A/H5N1 (nM) (nM) (nM) 0.37 0.34 1.3 0.19 0.05 0.13 0.08 0.18 1.2 0.24 0.01 0.3 0.02 0.01 0.56 0.1 0.25 0.94 0.13 0.52 0.79 0.09 0.31 2.36 0.06 0.11 4.55 10 0.12 0.08 1.75 11 0.09 0.07 4.16 12 0.12 0.18 1.83 13 0.11 0.17 7.27 14 0.06 0.04 7.3 15 0.29 0.04 3.41 16 0.45 0.24 8.98 17 0.05 0.02 2.65 18 0.32 0.05 6.3 19 0.16 0.07 0.45 20 0.29 0.35 3.65 21 0.08 0.99 2.01 22 0.12 0.02 23 0.15 0.07 24 0.07 0.59 25 0.14 0.27 26 0.18 0.04 27 0.21 0.22 28 0.1 0.24 29 0.12 0.53 30 0.17 0.39 31 0.12 0.18 32 0.1 0.31 33 1.51 0.02 34 0.17 0.20 35 0.09 0.03 1.2.3 Biểu đồ thể mức độ kháng thuốc vi rút phần mềm JASPR Stt A/H1N1 (nM) 0.16 0.37 0.24 0.35 0.21 0.34 0.4 0.16 0.31 0.2 0.48 1.03 0.25 0.4 0.26 0.33 0.45 0.45 0.12 0.13 0.33 0.64 0.25 0.96 1.18 1.03 1.35 A/H1N1 A/H1N1pdm09 A/H3N2 A/H5N1 Chủng chứng Các vị trí đột biến protein NA chủng A/H1N1, A/H1N1pdm09 A/H5N1 xác định sau giải trình tự gen chủng vi rút nghiên cứu Vi-rút cúm A/H1N1 Tên chủng 2008 2009 Đột biến protein NA (Vị trí axit amin*) Q137K Y156H I223V S247G H275Y A/Vietnam/TX285/08 - - - -  A/Vietnam/TB289/08 - - - -  A/Vietnam/TX200/08 - - - -  A/Vietnam/TX233/08 - - - -  A/Vietnam/BT241/08 - - - -  A/Vietnam/LS324/08 - - - -  A/Vietnam/32036/09 - - - -  A/Vietnam/E197/09 - - - -  A/Vietnam/Q271/09 - - - -  A/Vietnam/31808/09 - - - -  A/Vietnam/34381/09 - - - -  A/Vietnam/N116/09 - - - -  Vi rút cúm A/H1N1pdm09 Đột biến protein NA (Vị trí axit amin*) Tên chủng 2009 2011 S247N H275Y Q313K I223M I223K A/Vietnam/32023/09 - - -  - A/Vietnam/32043/09 - - -  - A/Vietnam/32047/09 - - -  - A/Vietnam/32060/09 - - -  - A/Vietnam/32067/09 - - -  - A/Vietnam/32081/09 - - -  - A/Vietnam/32085/09 - - -  - A/Vietnam/33419/09 - - -  - A/Vietnam/36530/11 - - -  - Vi rút cúm A/H5N1 Tên chủng Đột biến protein NA (Vị trí axit amin*) vàI427T I117V Q136L V149A D199G S247N H275Y 2003 2004 2005 2007 2008 2009 2010 N295S A/Vietnam/UT3030/03 - - - - - - - A/Vietnam/1203/04 - - - - - - - A/Vietnam/1194/04 - - - - - - - A/Vietnam/3062/04 - - - - - - - A/Vietnam/JP178/04 - - - - - - - A/Vietnam/JP14/05 - - - - - - - A/Vietnam/JP4207/05 - - - - - - - A/VietNam/HN30408/05 - - - - -  - A/Vietnam/HN31203/07 - - - - - - - A/Vietnam/HN31209/07  - - - - - - A/Vietnam/HN31242/07 - - - - - - - A/Vietnam/HN31244/07 - - - - - - - A/Vietnam/HN31312/07 - - - - - - - A/Vietnam/HN31323/07 - - - - - - - A/Vietnam/HN31239/07 - - - - - - - A/Vietnam/HN31388/07 - - - - - - - A/Vietnam/HN31394/08 - - - - - - - A/Vietnam/HN31412/08  - - - - - - A/Vietnam/HN31432M/08 - - - - - - - A/Vietnam/HN31413/08  - - - - - - A/Vietnam/HN31461/08 - - - - - - - A/Vietnam/HN31641/09 - - - - - - - A/Vietnam/HN31604/09 - - - - - - - A/Vietnam/HN31633/09 - - - - - - - A/Vietnam/HN31673/09 - - - - - - - A/Vietnam/HN36250/10 - - - - - - - A/Vietnam/HN36282/10 - - - - - - - A/Vietnam/HN36285/10 - - - - - - - Mã số trình tự gen mã hóa HA NA chủng vi rút cúm A/H1N1, A/H1N1pdm09 A/H5N1 Ngân hàng liệu DNA NCBI (National Center for Biotechnology Information – US National Library of Medicine) 3.1 Mã số trình tự gen mã hóa HA NA chủng vi rút cúm A/H1N1 STT 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 31 32 33 Tên chủng A/HaNoi/2017/2001 A/HaNoi/2143/2001 A/HaNoi/2253/2001 A/HaNoi/2476/2001 A/HaNoi/2480/2001 A/HaNoi/2532/2001 A/HaNoi/2546/2002 A/HaNoi/2704/2002 A/HaNoi/ARI36/2003 A/HaNoi/BM857/2003 A/HaNoi/BM862/2003 A/HaNoi/BM870/2003 A/HaNoi/BM893/2003 A/HaNoi/BM898/2003 A/HaNoi/BM902/2003 A/HaNoi/BM910/2003 A/HaNoi/BM945/2003 A/HaNoi/BM949/2003 A/HaNoi/BM959/2003 A/HaNoi/BT241/2008 A/HaNoi/HN1004/2003 A/HaNoi/HN1017/2003 A/HaNoi/HN1024/2003 A/HaNoi/HN337/2003 A/HaNoi/Q421/2006 A/HaNoi/Q555/2006 A/HaNoi/Q580/2006 A/HaNoi/Q591/2006 A/HaNoi/N229/2008 A/HaNoi/TX200/2008 A/HaNoi/TX233/2008 Mã số đăng ký Gen HA Gen NA CY103972 CY103974 CY104686 CY104688 CY103980 CY103982 CY103988 CY103990 CY104694 CY104696 CY103996 CY103998 CY104004 CY104006 CY104012 CY104014 CY104702 CY104704 CY105222 CY105224 CY105230 CY105232 CY104710 CY104712 CY104718 CY104720 CY104020 CY104022 CY104726 CY104728 CY104734 CY104736 CY104742 CY104744 CY104028 CY104030 CY104750 CY104752 CY104870 CY104872 CY104036 CY104038 CY104758 CY104760 CY104044 CY104046 CY104766 CY104768 CY105118 CY105120 CY104838 CY104840 CY104846 CY104848 CY104284 CY104286 CY104292 CY104294 CY105134 CY105136 CY105142 CY105144 3.2 Mã số trình tự gen mã hóa HA NA chủng vi rút cúm A/H1N1pdm09 STT 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 31 32 33 Tên chủng A/Viet Nam/001-1020/2009 A/Viet Nam/001-1424/2009 A/Viet Nam/001-1716/2009 A/Viet Nam/001-1880/2009 A/Viet Nam/001-1889/2009 A/Viet Nam/001-1890/2009 A/Viet Nam/11032002/2009 A/Viet Nam/11032006/2009 A/Viet Nam/11032010/2009 A/Viet Nam/11032011/2009 A/Viet Nam/11032016/2009 A/Viet Nam/11032017/2009 A/Viet Nam/11032021/2009 A/Viet Nam/12032001/2009 A/Viet Nam/12032005/2009 A/Viet Nam/13032001/2009 A/Viet Nam/13032002/2009 A/Viet Nam/13032008/2009 A/Viet Nam/13032009/2009 A/Viet Nam/13032011/2009 A/Viet Nam/13032015/2009 A/Viet Nam/13032016/2009 A/Viet Nam/13032019/2009 A/Viet Nam/13032030/2009 A/Viet Nam/811/2009 A/Viet Nam/817/2009 A/Viet Nam/818/2009 A/Viet Nam/823/2009 A/Viet Nam/835/2009 A/Viet Nam/841/2009 A/Viet Nam/850/2009 Mã số đăng ký Gen HA Gen NA CY128467 CY128469 CY128435 CY128437 CY128443 CY128445 CY128451 CY128453 CY128459 CY128461 CY128064 CY128066 CY128371 CY128050 CY128379 CY128381 CY128387 CY128389 CY128054 CY128056 CY128395 CY128397 CY128403 CY128405 CY128411 CY128413 CY128419 CY128421 CY128427 CY128429 CY128131 CY128133 CY128139 CY128141 CY128147 CY128149 CY128155 CY128157 CY128163 CY128165 CY128171 CY128173 CY128179 CY128181 CY128187 CY128189 CY128195 CY128197 CY128467 CY128085 CY128435 CY128077 CY128443 CY128093 CY128451 CY128109 CY128459 CY128101 CY128064 CY128125 CY128371 CY128117 3.3 Mã số trình tự gen mã hóa HA NA chủng vi rút cúm A/H5N1 STT Tên chủng Mã số đăng ký Gen HA Gen NA A/Vietnam/UT3028/2003 HM114449 HM114451 A/Vietnam/UT3030/2003 HM114465 HM114467 A/Vietnam/UT3035/2003 HM114473 HM114475 A/Viet Nam/1203/2004 EF541403 EF541467 A/Viet Nam/3046/2004 AY651335 AY651446 A/Viet Nam/JP178/2004 EF456795 EF456796 A/Vietnam/1194/2004 EF541402 EF541466 A/Vietnam/UT30259/2004 HM114513 HM114515 A/Vietnam/UT3040/2004 HM114481 HM114483 10 A/Vietnam/UT3062/2004 HM114505 HM114507 11 A/Viet Nam/HN30408/2005 EF456803 EF456804 12 A/Viet Nam/JP14/2005 EF456799 EF456801 13 A/Viet Nam/JP4207/2005 EF456798 EF456800 14 A/Vietnam/UT30850/2005 HM114537 HM114539 15 A/Viet Nam/HN31242/2007 EU294369 EU294372 16 A/Vietnam/HN31244/2007 HQ215515 HQ215516 17 A/Vietnam/HN31388M1/2007 HM114585 HM114587 18 A/Vietnam/UT31203A/2007 HM114545 HM114547 19 A/Vietnam/UT31239/2007 HM114553 HM114555 20 A/Vietnam/UT31244II/2007 HM114561 HM114563 21 A/Vietnam/UT31312II/2007 HM114577 HM114579 22 A/Vietnam/HN31432M/2008 HM114617 HM114619 23 A/Vietnam/UT31394II/2008 HM114593 HM114595 24 A/Vietnam/UT31412II/2008 HM114601 25 A/Vietnam/UT31413II/2008 HM114609 HM114611 PHỤ LỤC Hình ảnh làm việc phịng thí nghiệm ATSH cấp Hình ảnh làm việc phịng thí nghiệm ATSH cấp ... AAC CCA ATG TGT GAC H5-R1 GAC AGT ATT TGG TAA ATT CC H5-5R GGA CTC AAG AAT TAT GAA AAG TG H5-3R CTC CCC TGC TCA TTG CTA TG Bm-HA-1F AGCGAAAGCAGGGG H1pdm09 HA Bm-NS-890R AGTAGAAACAAGGGTGTTTT Hướng... NA chủng cúm A liên quan đến kháng thuốc oseltamivir 65 3.5 Tỉ lệ chủng vi rút cúm A kháng oseltamivir miền Bắc Vi? ??t Nam, 2001- 2012 69 3.6 Sự tương đồng gen HA NA vi rút. .. vi rút cúm A giảm nhạy cảm với oseltamivir miền Bắc Vi? ??t Nam với vi rút cúm A khu vực giới giai đoạn 2001- 2012 4 CHƯƠNG I – TỔNG QUAN 1.1 Vi rút cúm A 1.1.1 Cấu tạo chung hệ gen vi rút cúm A