Tỷ lệ hiện mắc vi rút Adeno ở trẻ em nhập viện vì viêm phổi cộng đồng và sự phân bố các týp của vi rút Adeno

Bài viết Tỷ lệ hiện mắc vi rút Adeno ở trẻ em nhập viện vì viêm phổi cộng đồng và sự phân bố các týp của vi rút Adeno trình bày xác định tỷ lệ hiện mắc adenovirus ở trẻ em viêm phổi cộng đồng nhập viện và sự phân bố các týp của adenovirus.

TẠP CHÍ Y HỌC LÂM SÀNG | 2021 | SỐ 124 NGHIÊN CỨU KHOA HỌC TỶ LỆ HIỆN MẮC VI-RÚT ADENO Ở TRẺ EM NHẬP VIỆN VÌ VIÊM PHỔI CỘNG ĐỒNG VÀ SỰ PHÂN BỐ CÁC TÝP CỦA VI-RÚT ADENO Phạm Thiên Hương1 Trần Thị Hồng Như2 Phạm Trường Sơn3 Trần Kháng Duy2 Lê Huỳnh Sa2 Nguyễn Việt Quốc2 Trần Quốc Việt2 Võ Đức Chiến4 Phạm Thị Thùy Dương5 Phạm Hùng Vân6 Đại Học Y Khoa Phạm Ngọc Thạch Công ty Nam Khoa Đại Học Sydney Bệnh Viện Nguyễn Tri Phương Bệnh Viện Nhi Đồng Đại Học Phan Châu Trinh Tác giả chịu trách nhiệm: Phạm Hùng Vân Đại Học Phan Châu Trinh Email: phhvan.nkbiotek@gmail.com Ngày nhận bài: 08/09/2021 Ngày phản biện: 27/10/2021 Ngày đồng ý đăng: 04/11/2021 TÓM TẮT Đặt vấn đề: Adenovirus tác nhân virút thường gặp viêm phổi trẻ em Một số týp có liên quan đến độ nặng viêm phổi Tại Việt Nam chưa có nhiều nghiên cứu liên quan đến viêm phổi adenovirus gây phân bố týp adenovirus Mục tiêu: Xác định tỷ lệ mắc adenovirus trẻ em viêm phổi cộng đồng nhập viện phân bố týp adenovirus Đối tượng phương pháp: Đối tượng trẻ tuổi viêm phổi cộng đồng nhập viện năm 2018-2020 Mẫu thử dịch hút đàm qua mũi (NTA) Kỹ thuật multiplex real-time PCR sử dụng để phát adenovirus virút hô hấp khác Phân tích tỷ lệ adenovirus tỷ lệ đồng nhiễm với vi-rút hô hấp khác Chọn số mẫu thử có adenovirus để giải trình tự tìm phân bố týp adenovirus Kết quả: Có 2053 mẫu thử thực PCR tỷ lệ phát virus 53.39% Tỷ lệ adenovirus phát 12.96% với 36.10% đồng nhiễm virus hô hấp khác Tỷ lệ adenovirus đồng nhiễm không đồng nhiễm với virus khác phân tích so sánh với tỷ lệ nhiễm virus hô hấp mà khơng đồng nhiễm với adenovirus Có 83 mẫu chứa vi-rút adeno chọn để giải trình tự gen trực tiếp nhằm định týp Kết cho thấy týp chiếm đa số (69.88%), týp (16.87%), lại týp 6, 1, 2, (4) Kết luận: Nhờ áp dụng thường xuyên kỹ thuật multiplex real-time PCR phòng xét nghiệm mà yêu cầu phát tác nhân adenovirus tác nhân hô hấp gây bệnh khác trở thành thường qui Hy vọng kỹ thuật áp dụng nhiều phịng thí nghiệm khác Việt Nam Từ khóa: Adenovirus, viêm phổi cộng đồng ĐẶT VẤN ĐỀ hô hấp viêm phổi Đối với nhiễm trùng hô Adenoviruse tác nhân virus gây nhiểu bệnh lý khác có nhiễm trùng Trang 74 hấp trẻ em từ adenovirus chiếm đến tỷ lệ 18-20% trường hợp [1] Có lồi Tạp chí Y học lâm sàng | jocm@bachmai.edu.vn | www.jocm.vn NGHIÊN CỨU KHOA HỌC adenovirus xác định A đến G với 67 týp huyết (serotype) hay cịn gọi týp gen (genotype) [2], có vài týp gen ghi nhân có liên quan đến mức độ nặng viêm phổi [3] Bệnh viêm phổi cộng đồng trẻ em adenovirus xãy suốt năm tỷ lệ tử vong thay đổi, đến 60% trường hợp trẻ em bị suy giảm miễn dịch [2] Cũng có báo cáo ghi nhận tỷ lệ tử vong viêm phổi trẻ em từ 15% đến 20% với tác nhân adenovirus týp gen [4] Tại Việt Nam thời gian từ 1996 đến 2000, năm có 17 ngàn trường hơp nhiễm trùng adenovirus ghi nhận với tỷ suất 23/100,000 [5] Do thiếu phương tiện xét nghiệm phát tác nhân virus gây viêm phổi nên có nghiên cứu Việt Nam cho biết tỷ lệ mắc adenovirus trẻ em viêm phổi týp gen phổ biến adenovirus gây bệnh týp gen MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU Có mục tiêu nghiên cứu này, là: (i) Xác định tỷ lệ phát adenovirus vi-rút hô hấp khác dựa kết multiplex real-time PCR (MPL-rPCR) thực mẫu dịch hút đàm qua đường mũi (NTA) lấy từ trẻ em tuổi bị viêm phổi cộng đồng nhập viện (ii) Cũng dựa kết này, phân tích tỷ lệ phát adenovirus có khơng có kết hợp với virus hơ hấp khác (iii) Tìm hiểu tỷ lệ phân bố týp gen adenovirus kỹ thuật giải trình tự gen thực số mẫu phát adenovirus PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU Đối với hai mục tiêu đầu, thực nghiên cứu hồi cứu đối tượng bệnh nhi tuổi lâm sàng bệnh viện Nhi Đồng TP HCM chẩn đoán viêm phổi cộng đồng nhập viện gửi mẫu NTA đến phòng xét SỐ 124 | 2021 | PHẠM HÙNG VÂN VÀ CỘNG SỰ nghiệm công ty Nam Khoa để thực MPL phát tác nhân vi sinh gây bệnh Tiêu chuẩn loại trừ mẫu lặp lại tên bệnh nhi Xét nghiệm MPL-rPCR phát tác nhân vi sinh gây bệnh công ty Nam Khoa xây dựng dựa công nghệ realtime PCR sử dụng mồi đoạn dò taqman đặc hiệu cho tác nhân cơng bố [6] Đối với tác nhân vi-rút xét nghiệm phát 15 tác nhân bao gồm influenza virus A, B, C; parainfluenza virus 1, 2, 3; adenovirus; rhinovirus; repiratory syncytial virus; human metapneumovirus; measle virus; human coronavirus; bocavirus; varicella/zoster virus rubella virus Xét nghiệm trở thành thường qui với qui trình tóm tắt sau [6]: (i) Trước hết mẫu tách chiết DNA RNA phương pháp tách chiết sử dụng tách chiết NKIVD-DNARNAprep MAGBEAD thực máy tách chiết tự động (ii) Sau dịch tách chiết cho vào MPL-rPCR mix pha từ AgPath-IDTM One-Rtep RTPCR reagents Thermo-Fisher (iii) Cuối thực real-time PCR thiết bị CFX96 Biorad để phát tác nhân đích Đối với mục tiêu tìm hiểu tỷ lệ phân bố týp gen adenovirus, chọn số mẫu có kết phát adenovirus để thực PCR nhân đoạn DNA đặc hiệu dài khoảng 622 bps gen hexon protein vi-rút [7], sau giải trình tự trực tiếp bắng phương pháp giải trình tự Sanger, cuối thực so chuỗi NCBI nucleotide blast search để xác định týp gen virus KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU Trong năm từ đầu năm 2018 đến cuối năm 2020, chọn 2053 kết xét nghiệm MPL-rPCR thực 2053 mẫu NTA lấy từ bệnh nhi đáp ứng yêu cầu nghiên cứu Kết phân tích cho thấy có 1096 bệnh nhi phát tác nhân vi-rút, chiếm Tạp chí Y học lâm sàng | jocm@bachmai.edu.vn | www.jocm.vn Trang 75 TẠP CHÍ Y HỌC LÂM SÀNG | 2021 | SỐ 124 NGHIÊN CỨU KHOA HỌC tỷ lệ 53.39%, số có 266 bệnh nhi phát adenovirus chiếm tỷ lệ 12.96% (266/2053) 926 bệnh nhi phát tác nhân vi-rút khác chiếm tỷ lệ 45.10% (926/2053) Kết trình bày biểu đồ cho thấy tác nhân virus phát chiếm tỷ lệ cao RSV (15.98%), kế rhinovirus (13.98%) Với tỷ lệ phát adenovirus 12.96% ghi nhận tác nhân đứng hàng thứ 3, kế tác nhân parainfluenza virus (10.18%), influenza A virus (6.33%) Các tác nhân vi-rút khác có tỷ lệ phát 5% virus sởi (2.63%), parainfluenza virus (2.97%), human metapneumovirus (2.05%), influenza B virus (1.27%), parainfluenza virus bocavirus (1.12%), influenza C virus (0.24%) thấp human coronavirus (0.05%) Biểu đố Tỷ lệ phát tác nhân vi-rút adenovirus 2053 mẫu NTA lấy từ bệnh nhi bị viêm phổi cộng đồng nhập viện Tỷ lệ phát tác nhân vi-rút khác (khơng phải adenovirus) hai nhóm bệnh nhi nhiễm khơng nhiễm adenovirus trình bày bảng Bảng Tỷ lệ phát tác nhân vi-rút khác hai nhóm bệnh nhi có adenovirus khơng có adenovirus Có adenovirus (n=266) Khơng có adenovirus (n=1787) Vi-rút khác (khơng phải adenovirus) 36.09% RSV So sánh hai nhóm có khơng có adenovirus t P 46.45% 3.16691 0.05 Parainfluenza virus 1.50% 1.06% 0.63688 >0.05 Influenza B virus 0.75% 1.34% 0.05460 >0.05 Influenza C virus 0.38% 0.22% 0.46955 >0.05 Bocavirus 1.13% 1.12% 0.12470 >0.05 Human coronavirus 0.38% 0.00% NA NA Phân tích kết trình bày bảng thấy tỷ lệ phát tác nhân vi-rút khác bệnh nhi khơng nhiễm adenovirus cao có ý nghĩa (P