Tài liệu hạn chế xem trước, để xem đầy đủ mời bạn chọn Tải xuống
1
/ 69 trang
THÔNG TIN TÀI LIỆU
Thông tin cơ bản
Định dạng
Số trang
69
Dung lượng
2,91 MB
Nội dung
TR
ƯỜ
NG
ĐẠ
I
H
Ọ
C
Y
KHOA
HU
Ế
BỘ MÔN DI TRUYỀN Y HỌC
GIÁO TRÌNH
SINH HỌCPHÂN TỬ
2007
CHƯƠNG 2:SINHHỌCPHÂN TỬ
1. DNA (desoxyribonuclic acid) 1
Nucleic acid 1
DNA (desoxyribonuclic acid) 2
Cấu trúc 2
Các dạng cấu trúc không gian của DNA 3
Sự biến tính (denaturation) và hồi tính
(renaturation) của DNA 4
DNA trong tế bào 5
Bộ gene của prokaryote 5
Bộ gene của eukaryote 6
Phân loại DNA 6
Gene nhảy 8
Gene 10
Câu hỏi ôn tập 11
Câu hỏi trắc nghiệm 11
2. CHỨC NĂNG CỦA DNA 13
Bảo quản và truyền đạt thông tin di truyền
13
Mã di truyền 13
Khả năng nhân đôi chính xác 14
Tiềm năng tự sửa chữa 14
Khả năng đột biến 14
Câu hỏi ôn tập 15
Câu hỏi trắc nghiệm 15
3. CƠ CHẾ TỰ NHÂN ĐÔI CỦA DNA 16
Tự nhân đôi ở prokaryote 16
Tách rời hai mạch đơn của phântử DNA
16
Tổng hợp đoạn mồi (primer) rna 17
Tổng hợp các mạch mới trên khuôn DNA
17
Hoàn chỉnh chuỗi polynucleotide mới tổng
hợp 18
4. RNA (ribonuclic acid) 28
Các loại RNA 28
rRNA (RNA ribosome) 28
tRNA (RNA vận chuyển) 28
mRNA (RNA thông tin) 30
Quá trìnhtự nhân đôi của DNA ở
eukaryote 21
Cơ chế sửa sai DNA 23
Cơ chế sửa sai DNA trong quá trìnhtự
nhân đôi 23
Cơ chế sửa sai DNA ngoài quá trìnhtự
nhân đôi 24
Câu hỏi ôn tập 24
Câu hỏi trắc nghiệm 24
Ribozyme và khả năng tự cắt (self-
Splicing) 30
Câu hỏi ôn tập 30
Câu hỏi trắc nghiệm 30
5. QUÁ TRÌNH PHIÊN MÃ (TRANSCRIPTION) 33
Quá trình phiên mã ở prokaryote 33
Giai đoạn mở đầu 33
Giai đoạn kéo dài 34
Giai đoạn kết thúc 35
Quá trình phiên mã ở eukaryote 37
Giai đoạn mở đầu 37
Giai đoạn kéo dài 40
Giai đoạn kết thúc 40
Quá trình trưởng thành của các tiền mRNA
40
Gắn mũ chụp (capping) 40
a
Gắn đuôi polyA 41
Cắt nối (splicing) 42
Câu hỏi ôn tập 43
Câu hỏi trắc nghiệm 44
6. CẤU TRÚC VÀ CHỨC NĂNG CỦA PROTEIN 45
Cấu trúc của protein 45
Cấu trúc bậc 1 45
Cấu trúc bậc 2 46
Cấu trúc bậc ba 47
Cấu trúc bậc bốn 47
Chức năng sinhhọc 47
Câu hỏi ôn tập 49
Câu hỏi trắc nghiệm 49
7. QUÁ TRÌNH DỊCH MÃ VÀ ĐIỀU HOÀ SINH TỔNG HỢP PROTEIN 51
Quá trình dịch mã 51
Gắn amino acid vào tRNA 51
Ribosome 51
Các giai đoạn của quá trình dịch mã 52
Polysomes 55
Điều hoà sự biểu hiện của gene 56
Điều hoà sự biểu hiện của gene ở
prokaryote 56
Điều hoà sự biểu hiện của gene ở
eukaryote 58
Kiểm soát quá trình phiên mã 59
Kiểm soát sự biểu hiện của gene thông qua
quá trình hoàn thiện mRNA 60
Kiểm soát sự biểu hiện của gene thông qua
sự hằng định của RNA 60
Quá trình làm im lặng RNA (RNA
silencing) 60
Kiểm soát quá trình dịch mã và sau dịch
mã 61
Câu hỏi ôn tập 62
Câu hỏi trắc nghiệm 62
b
1.
DNA
(desoxyribonuclic
acid)
Mục tiêu
1. Trình bày được:
- Cấu trúc cơ bản của một nucleotide
- Cấu trúc của DNA, các loại DNA, gen nhảy
- Cấu trúc cơ bản của gene ở prokaryote và eukaryote
2. Phân biệt được bộ gene của prokaryote và eukaryote
NUCLEIC ACID
Nucleic acid là vật chất mang thông tin di truyền của các hệ thống sống có cấu trúc đa
phân hình thành từ các đơn phân là nucleotide. Nucleic acid gồm hai loại phântử có
cấu tạo khá giống nhau là desoxyribonucleic (DNA) và ribonucleic acid (RNA).
Hình 1: (a) Các cấu phần của nucleotide; (b) Nucleotide; (c) Chuỗi polynucleotide
Mỗi nucleotide được cấu tạo gồm ba thành phần (hình 1)
1. Nhóm phosphate
2. Đường Pentose (đường 5 Carbon). Ở DNA đường này là deoxyribose còn
ở RNA là ribose
1
3. Mt base nitric, base ny gm cú hai nhúm:
- Purine gm adenine (A), guanine (G)
- Pyrimidine gm thymine (T), cytosine (C) v uracyl (U)
Cỏc nucleotide c ni vi nhau bng liờn kt phosphodiester to thnh chui
polynucleotide.
DNA (desoxyribonuclic acid)
CU TRC
H
ỗnh
2
:
Nguyón
t
ừ
c
b
ứ
ọ
sung
g
ợ
iổ
a
ù
ca
c
base
purine
va
ỡ
pyrimidine.
xon di 34 . (hỡnh 2 v 3)
Phõn t ADN l mt chui xon
kộp gm hai mch n, mi mch n l
mt chui polynucleotide. Mi
nucleotide gm (1) nhúm phosphate, (2)
ng deoxyribose (C
5H10O4) v (3)
mt trong bn loi base (A, T, G v
C)(hỡnh 2).
Hai chui polynucleotide kt hp
vi nhau nh cỏc liờn kt hydro hỡnh
thnh gia cỏc base ca hai mch theo
nguyờn tc b sung gia mt bờn l
purine (A v G) v mt bờn l pyrimidine
(C v T) trong ú A b sung vi T bng
hai liờn kt hydro, G b sung vi C bng
ba liờn kt hydro to nờn mt cu trỳc
gm hai chui polynucleotide xon
quanh mt trc thnh hỡnh lũ xo vi
ng kớnh khong 2nm v mi bc
Hỡnh 3: Cu trỳc ca mt on DNA
Nguyờn tc b sung m bo khong cỏch u n gia hai mch n ca DNA
(tng chiu di ca mt base purine v mt pyrimidine), cỏc phõn t ng v cỏc
nhúm phosphate nm phớa ngoi to nờn trc ng-phosphate hỡnh thnh liờn kt
vi cỏc phõn t nc, cỏc base quay vo phớa trong hn ch s tip xỳc gia chỳng
vi cỏc phõn t nc gi cho phõn t DNA n nh.
Mi mch n l mt trỡnh t nucleotide cú nh hng vi mt u l u 5'
phosphate t do (nhúm phosphate t do gn vo C5 ca ng desoxyribose) ký hiu
2
là 5'P, đầu kia có nhóm OH ở vị trí C3 nên gọi là đầu 3' hydroxyl tự do, kí hiệu là
3'OH. Hướng quy ước theo chiều từ 5' đến 3'. Hai mạch đơn trong cấu trúc của phântử
DNA đi ngược chiều nhau gọi là đối song (anti paralell).
5'P 3'OH
3'OH 5"P
Như vậy đầu 5' P của mạch này đối diện với đầu 3' OH của mạch bổ sung.
Thông qua cấu trúc xoắn kép của DNA có thể nhận thấy:
(1) Trìnhtự các base của mạch này khác với trìnhtự base của mạch bổ sung với
nó.
(2) Hai mạch của DNA gắn với nhau bằng các liên kết hydro yếu tạo nên tính
linh hoạt cho phântử DNA khi thực hiện các hoạt động chức năng nhân đôi hoặc
tổng hợp RNA.
CÁC DẠNG CẤU TRÚC KHÔNG GIAN CỦA DNA
Mô hình trên của DNA được mô tả ở trên do Watson và Crick đưa ra năm 1953
và được công nhận như là một cấu trúc duy nhất của DNA trong một thời gian dài.
Vào thập niên 70, với sự hỗ trợ của các kỹ thuật phân tích chính xác nhiều dạng DNA
đã được phát hiện. Việc phân định các dạng DNA được thực hiện dựa trên 2 chỉ số :
- h: chiều cao giữa hai nuceotide kế nhau
- n: Số cặp nucleotide trong một vòng xoắn
Một số dạng DNA được liệt kê trong bảng dưới đây:
Dạng
Số cặp base của
một vòng xoắn
(n)
Góc xoắn so
với mặt phẳng
của base (độ)
khoảng cách
h giữa 2 base
kế nhau (A
o
)
Đường kính
của chuỗi
xoắn kép (A
o
)
A
11
+ 32,7 2,56
23
B
19
+ 36,0 3,38
19
C
9 1/3
+ 38,6 3,32
19
Z
12
- 30,0 3,71
18
Dạng DNA mà Watson và Crick mô tả là dạng B, dạng phổ biến nhất, tồn tại
trong điều kiện sinh lý bình thường. Các dạng khác xuất hiện ở những điều kiện độ ẩm
và ion khác nhau. Dạng Z có chiều xoắn ngược về phía bên trái theo hình zigzag nên
gọi là dạng Z. Các dạng DNA khác nhau cho thấy DNA trong tế bào sống không tồn
tại với một dạng duy nhất mà tuỳ trạng thái sinh lý có thể ở dưới dạng này hay dạng
khác.(hình 4)
3
Hình 4: Các dạng DNA
SỰ BIẾN TÍNH (DENATURATION) VÀ HỒI TÍNH (RENATURATION) CỦA
DNA
Hai mạch đơn của phântử DNA gắn với nhau thông qua các liên kết hydro yếu.
Các tác nhân làm đứt gãy các liên kết này như khi đun nóng phântử DNA ở nhiệt độ
khoảng 80 - 95
o
C sẽ làm cho hai mạch tách rời nhau. Hiện tượng này được gọi là hiện
tượng biến tính (denaturation) của DNA. (hình 5)
Hình 5: Hiện tượng biến tính của DNA
Nhiệt độ làm hai mạch DNA tách rời nhau được gọi là điểm chảy (melting point)
của DNA. Điểm này đặc trung cho mỗi loại DNA, phụ thuộc vào số lượng các liên kết
hydro trong cấu trúc. Tỷ lệ cặp G-C càng cao thì điểm chảy càng lớn. Một số chất như
formanide có khả năng làm hạ thấp điểm chảy nên được dùng trong kỹ thuật lai phân
tử để làm giảm nhiệt độ lai.
Sự biến tính này có tính thuận nghịch. Sau khi DNA bị biến tính nếu hạ nhiệt độ
từ từ trở lại bình thường thì chúng có thể gắn lại với nhau trên cơ sở của nguyên tắc bổ
sung để trở thành mạch kép. Hiện tượng này được gọi là hồi tính (renaturation).
4
DNA TRONG TẾ BÀO
Tất cả các sinh vật có cấu tại tế bào, ty thể, lạp thể đều chứa DNA mạch kép. Các
virus có bộ gene đa dạng gồm RNA hoặc DNA mạch đơn hoặc mạch kép. Bảng dưới
đây giới thiệu chiều dài bộ gene đơn bội căn cứ theo số cặp base của các nhóm sinh
vật chính như sau:
Sinh vật Số cặp base
Virus 10
3
đến 10
5
Vi khuẩn E. Coli
4,5 x 10
6
Nấm men 5 x 10
7
Ruồi giấm Drosophila
Động vật có xương sống
1,5 x 10
8
10
8
đến 10
10
Thực vật 10
10
đến 10
11
Người 3 x 10
9
Qua bảng trên có thể nhận thấy không có sự tương quan giữa mức độ tiến hoá và
số lượng cặp base trong bộ gene. Giữa bộ gene của prokaryote và eukaryote có sự
khác biệt đáng kể về thành phần cấu tạo và cách tổ chức của DNA trong tế bào.
BỘ GENE CỦA PROKARYOTE
Bộ gene của vi khuẩn E. Coli và đa số các sinh vật prokaryote đều là một phân tử
DNA
có dạng vòng và không gắn với protein để tạo thành nhiễm sắc thể như ở
eukaryote. (tuy nhiên khái niệm nhiễm sắc thể hiện nay cũng được dùng cho cả vi
khuẩn và được hiểu là sợi DNA). (hình 6)
Ở prokaryote, DNA thường ở dạng siêu xoắn với DNA mạch kép xoắn vặn thành
hình số 8. Đây là dạng tự nhiên trong tế bào vi khuẩn, sợi DNA được các phântử RNA
nối giúp cuộn xoắn và làm cho chiều dài phântử được rút ngắn đáng kể. Tình trạng
siêu xoắn này có thể thay đổi thuận nghịch dước tác động của các enzyme DNase hoặc
RNase. Ngoài ra DNA có thể ở dưới dạng vòng tròn hoặc dạng thẳng.
Hình 6: DNA ở prokaryote
5
BỘ GENE CỦA EUKARYOTE
Cách tổ chức của DNA trong nhân tế bào
DNA của eukaryote có kích thước rất lớn, ví dụ ở người tổng chiều dài của tất cả
DNA có trong nhân tế bào có thể dài đến 2m. Để có thể nằm gọn trong nhân tế bào,
DNA phải được cuộn xoắn ở nhiều mức độ cấu trúc khác nhau.
Nucleosome
Các đoạn DNA với chiều
dài tương ứng với khoảng từ
140 đến 150 cặp base (base
pair: bp) cuộn quanh một lõi
gồm 8 phântử protein histone
(2 H2A, 2 H2B, 2 H3 và 2H4)
để tạo thành nucleosome với
đường kính khoảng 11nm. Các
nucleosome nối với nhau bằng
một đoạn DNA khoảng 20 - 60
bp vói một phântử histone
trung gian (H1). Các histone
H
çnh
7:
Nucleosome
liên kết với phântử DNA nhờ các liên kết ion hình thành giữa các nhánh bên mang
điện tích âm của các histone với các nhóm phosphate mang diện tích dương của DNA.
(hình 7)
Sợi và quai chromatin
Khoảng 6 nucleosome cuộn lại thành một solenoid đường kính khoảng 30nm, các
solenoid cuộn lại thành các quai chromatin (chromatin loop) đường kính khoảng
300nm, mỗi quai chromatin có khoảng 100.000 bp (100 kb). Bằng cách này DNA có
thể giảm chiều dài xuống khoảng 1/10.000 lần so với chiều dài của nó trước khi cuộn
xoắn. (hình 8)
Chất dị nhiễm sắc
Các quai chromatin tiếp tục cuộn xoắn với đường kính khoảng 700nm.
Nhiếm sắc thể
Ở kỳ giữa của quá trìnhphân bào chromatin cuộn xoắn ở mức độ tối đa tạo nên
NST với đường kính khoảng 1.400nm.
PHÂN LOẠI DNA
Ở eukaryote mặc dù DNA mang thông tin mã hóa cho các protein nhưng trong
thực tế chỉ có một tỷ lệ rất thấp DNA thực hiện chức năng này. Ở người có ít hơn 5%
trong số 3 tỷ cặp nucleotide trong genome của người thực sự làm chức năng mang
thông tin, còn lại phần lớn vật liệu di truyền chưa được biết chức năng. DNA của
người được chia thành các loại sau (hình 9):
6
Hình 8 . Mô hình cuộn xoắn của DNA
DNA độc bản (single - copy DNA)
DNA độc bản chiếm khoảng 45% genome và gồm các gene mã hoá cho các
protein. Các đoạn DNA loại này chỉ được thấy một lần duy nhất (hoặc vài lần) trong
genome. Tuy nhiên phần mã hóa cho protein chỉ chiếm một phần nhỏ trên loại DNA
này mà thôi, phần lớn còn lại là các intron hoặc là các đoạn DNA nằm xen giữa các
gene.
DNA lặp (repetitive DNA)
DNA lặp chiếm 55% còn lại của genome, đây là các đoạn DNA được lập đi lập
lại có thể lên tới hàng ngàn lần trong genome, có 2 loại chính:
7
[...]... một đa phân gồm có: A Hai loại phântử là desoxyribonucleic acid (DNA) và ribonucleic acid (RNA) B Hai loại phântử là ribonucleic acid thơng tin (mRNA) và ribonucleic acid vận chuyển (tRNA) C Hai loại phântử là ribonucleic acid thơng tin (mRNA) và ribonucleic acid vận chuyển (tRNA) D Hai loại phântử là ribonucleic acid thơng tin (mRNA) và ribonucleic acid ribosome (rRNA) E Hai loại phântử là deoxyribonucleotide... (TRANSCRIPTION) Mục tiêu Trình bày được: - Q trình phiên mã cơ bản của eukaryote và prokaryote - Q trình hình thành mRNA của eukaryote Q trình phiên mã (hinh 1) cho phép tổng hợp RNA trên khn DNA thơng qua sự xúc tác của hệ enzyme RNA polymerase (tên đầy đủ là DNA-dependent-RNA polymerase) Như vậy DNA khơng những có khả năng tổng hợp nên DNA mà còn có khả năng tổng hợp nên RNA, một phântử khác Khả năng này... polymerase nói trên, q trìnhtự nhân đơi của DNA còn có sự tham gia của nhiều loại protein đặc hiệu như: - PCNA (Proliferating Cell Nuclear Antigen: kháng ngun nhân tế bào đang phân chia) đóng vai trò hoạt hố polymerase ε và δ - Các RF- A và C (Replication Factor: yếu tố nhân đơi; RF-A; RF-C) cần thiết cho hoạt động của polymerase α và δ 21 Hình 7: Q trìnhtự nhân đơi DNA ở eukaryote Q trìnhtự nhân đơi... Valine ĐÁP ÁN 1 D 2 C 3 C 4 A 15 3 CƠ CHẾ TỰ NHÂN ĐƠI CỦA DNA Mục tiêu Trình bày được: - Cơ chế tự nhân đơi DNA ở prokaryote và eukaryote ở mức cơ bản - Cơ chế tự sửa sai DNA TỰ NHÂN ĐƠI Ở PROKARYOTE Q trìnhtự nhân đơi của DNA là một q trình phức tạp Ở prokaryote q trình này gồm những bước sau: TÁCH RỜI HAI MẠCH ĐƠN CỦA PHÂNTỬ DNA Q trìnhtự nhân đơi bắt đầu từ một điểm xuất phát gọi là điểm ori (origine)... enzyme topoisomerase và RF-A tháo xoắn 2 Trên mạch sau: - Phức hợp polymerase α / primase phối hợp với RF-A để tổng hợp đoạn RNA mồi dài khoảng 10 nucleotide 22 - Phức hợp polymerase α kết hợp với RF-C để kéo dài đoạn mồi thêm khoảng 20 deoxynucleotide - Khi đó phức hợp PCNA - ATP sẽ đình chỉ hoạt động của polymerase α lại và giúp polymerase δ gắn vào để tổng hợp đoạn Okazaki - Polymerase α được giải... tách hai mạch của phântử DNA 7 Trong q trìnhtự nhân đơi ở Prokaryotae, enzyme topoisomerase có nhiệm vụ: A Làm ổn định các mạch đơn của DNA sau khi tách nhau ra và làm cho hai mạch khơng tái kết hợp trở lại được B Tháo xoắn phântử DNA C Tổng hợp đoạn mồi RNA D Tiếp tục nối dài chuỗi polynucleotide E Phá vỡ các liên kết hydro giữa các base để tách hai mạch của phân tử DNA 8 Trong q trìnhtự nhân đơi... giữa các base để tách hai mạch của phân tử DNA 12 Trong thực tế tỷ lệ sai sót trong q trìnhtự nhân đơi ở người ước tính có tần số: A 1.1 0-5 tức là 1 sai sót xảy ra trong 100.000 nucleotide B 1.1 0-6 tức là 1 sai sót xảy ra trong 1 triệu nucleotide C 1.1 0-7 tức là 1 sai sót xảy ra trong 10 triệu nuclotide D 1.1 0-8 tức là 1 sai sót xảy ra trong 100 triệu nucleotide E 1.1 0-9 tức là 1 sai sót xảy ra trong... chức năng của các loại RNA Các RNA được tổng hợp từ các gene tương ứng trên DNA , đóng vai trò trung gian trong q trình sinh tổng hợp protein Các phân tử RNA đều có đặc điểm chung như sau về cấu trúc (hình 1): - Cấu trúc đa phân dạng mạch đơn polynucleotide - Trong cấu trúc của các đơn phân nucleotide: đường pentose là ribose C5H10O5, base Uracil (U) thay cho thymin (T) Hình 1: (a) Cấu trúc bậc 1 (mạch... Hiện tượng này được thấy ở cả vi sinh vật, thực vật và động vật với tần số khoảng 10 -5 – 10 -7 tế bào 8 Các trìnhtự gắn xen (IS: insertion sequences) Các trìnhtự gắn xen này được thấy ở vi khuẩn E Coli với tính chất di chuyển từ vị trí này sang vị trí khác trên DNA Các IS có kích thước khoảng 1 - 2 kb với trìnhtự trung tâm đặc trưng cho từng loại IS, ở hai đầu là hai trìnhtự ngắn với khoảng 50 bp... hợp trở lại được B Tháo xoắn phântử DNA C Tổng hợp đoạn mồi RNA D Tiếp tục nối dài chuỗi polynucleotide E Phá vỡ các liên kết hydro giữa các base để tách hai mạch của phântử DNA 6 Trong q trìnhtự nhân đơi ở Prokaryotae, enzyme DNA gyrase có nhiệm vụ: A Làm ổn định các mạch đơn của DNA sau khi tách nhau ra và làm cho hai mạch khơng tái kết hợp trở lại được B Tháo xoắn phântử DNA C Tổng hợp đoạn mồi . TRUYỀN Y HỌC
GIÁO TRÌNH
SINH HỌC PHÂN TỬ
2007
CHƯƠNG 2: SINH HỌC PHÂN TỬ
. 47
Chức năng sinh học 47
Câu hỏi ôn tập 49
Câu hỏi trắc nghiệm 49
7. QUÁ TRÌNH DỊCH MÃ VÀ ĐIỀU HOÀ SINH TỔNG HỢP PROTEIN 51
Quá trình dịch mã