(Luận án tiến sĩ) Nghiên cứu mối liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình đặc trưng trong bảo tồn chó Phú Quốc

(Luận án tiến sĩ) Nghiên cứu mối liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình đặc trưng trong bảo tồn chó Phú Quốc(Luận án tiến sĩ) Nghiên cứu mối liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình đặc trưng trong bảo tồn chó Phú Quốc(Luận án tiến sĩ) Nghiên cứu mối liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình đặc trưng trong bảo tồn chó Phú Quốc(Luận án tiến sĩ) Nghiên cứu mối liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình đặc trưng trong bảo tồn chó Phú Quốc(Luận án tiến sĩ) Nghiên cứu mối liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình đặc trưng trong bảo tồn chó Phú Quốc(Luận án tiến sĩ) Nghiên cứu mối liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình đặc trưng trong bảo tồn chó Phú Quốc(Luận án tiến sĩ) Nghiên cứu mối liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình đặc trưng trong bảo tồn chó Phú Quốc(Luận án tiến sĩ) Nghiên cứu mối liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình đặc trưng trong bảo tồn chó Phú Quốc(Luận án tiến sĩ) Nghiên cứu mối liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình đặc trưng trong bảo tồn chó Phú Quốc(Luận án tiến sĩ) Nghiên cứu mối liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình đặc trưng trong bảo tồn chó Phú Quốc(Luận án tiến sĩ) Nghiên cứu mối liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình đặc trưng trong bảo tồn chó Phú Quốc(Luận án tiến sĩ) Nghiên cứu mối liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình đặc trưng trong bảo tồn chó Phú Quốc(Luận án tiến sĩ) Nghiên cứu mối liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình đặc trưng trong bảo tồn chó Phú Quốc(Luận án tiến sĩ) Nghiên cứu mối liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình đặc trưng trong bảo tồn chó Phú Quốc(Luận án tiến sĩ) Nghiên cứu mối liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình đặc trưng trong bảo tồn chó Phú Quốc(Luận án tiến sĩ) Nghiên cứu mối liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình đặc trưng trong bảo tồn chó Phú Quốc(Luận án tiến sĩ) Nghiên cứu mối liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình đặc trưng trong bảo tồn chó Phú Quốc(Luận án tiến sĩ) Nghiên cứu mối liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình đặc trưng trong bảo tồn chó Phú Quốc(Luận án tiến sĩ) Nghiên cứu mối liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình đặc trưng trong bảo tồn chó Phú Quốc(Luận án tiến sĩ) Nghiên cứu mối liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình đặc trưng trong bảo tồn chó Phú Quốc(Luận án tiến sĩ) Nghiên cứu mối liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình đặc trưng trong bảo tồn chó Phú Quốc(Luận án tiến sĩ) Nghiên cứu mối liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình đặc trưng trong bảo tồn chó Phú Quốc(Luận án tiến sĩ) Nghiên cứu mối liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình đặc trưng trong bảo tồn chó Phú Quốc(Luận án tiến sĩ) Nghiên cứu mối liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình đặc trưng trong bảo tồn chó Phú Quốc(Luận án tiến sĩ) Nghiên cứu mối liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình đặc trưng trong bảo tồn chó Phú Quốc(Luận án tiến sĩ) Nghiên cứu mối liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình đặc trưng trong bảo tồn chó Phú Quốc

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM - QUAN QUỐC ĐĂNG NGHIÊN CỨU MỐI LIÊN QUAN GIỮA KIỂU GEN VÀ KIỂU HÌNH ĐẶC TRƯNG TRONG BẢO TỒN CHĨ PHÚ QUỐC Chun ngành: Cơng nghệ Sinh học Mã số: 94 202 01 LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP Người hướng dẫn khoa học: TS Chung Anh Dũng PGS.TS Trần Hoàng Dũng THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH – NĂM 2021 LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu tơi Các số liệu kết nêu luận án án trung thực chưa công bố cơng trình khác Các kết người tham gia thực đồng ý cho phép sử dụng luận án Tôi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm số liệu luận án TP HCM, ngày tháng năm Nghiên cứu sinh MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN i DANH MỤC HÌNH ẢNH ii DANH MỤC BẢNG v DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT vii MỞ ĐẦU 1 Giới thiệu Mục tiêu đề tài 3 Những đóng góp đề tài Ý nghĩa khoa học ý nghĩa thực tiễn đề tài Đối tượng phạm vi nghiên cứu Chương - TỔNG QUAN TÀI LIỆU VÀ CƠ SỞ KHOA HỌC ĐỀ TÀI 1.1 Phân loại đặc điểm giống chó Phú Quốc Việt Nam 1.1.1 Phân loại : 1.1.2 Đặc điểm 1.1.3 Chó nhà tầm quan trọng chúng Việt Nam 1.2 Nguồn gốc hình thái chó Phú Quốc 11 1.2.1 Các tài liệu cổ kiểu hình chó Phú Quốc 11 1.2.2 Hình thái đặc tính chó Phú Quốc sở phân loại trước 17 1.3 Tính trạng xốy lưng chó Phú Quốc 20 1.3.1 Cơ sở hình thái di truyền tính trạng xốy lưng 20 1.3.2 Hiện tượng khiếm khuyết khép ống thần kinh 22 1.3.3 Dị tật xoang thần kinh (Dermoid sinus - DS) chó xốy châu Phi Thái Lan 23 1.3.4 Cơ sở di truyền tính trạng xốy lưng liên quan đến triệu chứng DS chó xốy châu Phi Thái Lan 24 1.4 Một số nghiên cứu hình thái di truyền chó nhà chó Phú Quốc 27 1.4.1 Các nghiên cứu di truyền chó nhà phương pháp định lượng biến thể số lượng (copy number variants - CNV) 27 1.4.2 Các nghiên cứu hình thái kiểu gen chó Phú Quốc Việt Nam gần 30 1.5 Sự cần thiết nghiên cứu hình thái kiểu gen tính trạng xốy lưng chó Phú Quốc Việt Nam 34 1.5.1 Cơ sở khoa học nghiên cứu đa dạng kiểu hình chó nhà 34 1.5.2 Các nghiên cứu hình thái di truyền chó Phú Quốc trước 40 Chương - VẬT LIỆU - NỘI DUNG - PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 44 2.1 Vật liệu 44 2.2 Nội dung nghiên cứu 44 2.2.1 Nội dung 1: Nghiên cứu đánh giá số thể đặc trưng chó Phú Quốc 44 2.2.2 Nội dung 2: Nghiên cứu xây dựng tiêu chuẩn hình thái để chọn lọc chó Phú Quốc dựa số hình thái đặc trưng 45 2.2.3 Nội dung 3: Nghiên cứu liên quan kiểu gen kiểu hình xốy lưng chó Phú Quốc 45 2.2.4 Nội dung 4: Nghiên cứu cải thiện mơ hình bảo tồn (insitu-in vivo exsitu-in vivo) chó Phú Quốc dựa tiêu chuẩn hình thái 45 2.3 Phương pháp nghiên cứu 45 2.3.1 Nội dung 01: Nghiên cứu đánh giá số thể đặc trưng chó Phú Quốc 45 2.3.2 Nội dung 02: Nghiên cứu xây dựng tiêu chuẩn hình thái để chọn lọc chó Phú Quốc dựa số hình thái đặc trưng 50 2.3.3 Nội dung 03: Nghiên cứu liên quan kiểu gen kiểu hình xốy lưng chó Phú Quốc 51 2.3.4 Nội dung 04: Nghiên cứu cải thiện mơ hình bảo tồn (insitu-in vivo exsitu-in vivo) chó Phú Quốc dựa tiêu chuẩn hình thái 55 2.4 Xử lý số liệu 56 2.4.1 XLSTAT 56 2.4.2 Dữ liệu đối chiếu tham khảo 56 Chương - KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 57 3.1 Nghiên cứu đánh giá số thể đặc trưng chó Phú Quốc 57 3.1.1 Đánh giá số đo 58 3.1.2 Kích thước đầu chó Phú Quốc với kiểu sọ, tai mõm 62 3.1.3 Tần suất dạng xốy lưng chó Phú Quốc có xốy 64 3.1.4 Tần suất dạng màu lông, kiểu lông 68 3.1.5 Tần suất kiểu đuôi 70 3.1.6 Tần suất màu mắt, kiểu tai dài tai chó Phú Quốc 72 3.1.7 Chiều dài mõm đốm lưỡi chó Phú Quốc 74 3.1.8 Móng đeo màng bơi chó Phú Quốc 76 3.1.9 Tổng kết các số đo thể chó Phú Quốc 78 3.2 Nghiên cứu xây dựng tiêu chuẩn hình thái để chọn lọc chó Phú Quốc dựa số hình thái (Morphological Indexes) đặc trưng 79 3.2.1 Xác định chuẩn hóa tỷ lệ hộp sọ với chiều dài mõm 79 3.2.2 Xác định chuẩn hóa tỷ lệ thân hình, ngực, bụng, sâu ngực; tỷ lệ chiều dài thân chiều cao thể 81 3.2.3 Xác định số số hình thái phổ biến chó Phú Quốc 85 3.3 Đánh giá liên quan kiểu gen kiểu hình xốy lưng đặc trưng cho chó Phú Quốc 86 3.3.1 Đánh giá hiệu mồi từ set set mồi cho gen β - actin 86 3.3.2 Đánh giá tần suất gen R r mẫu quan sát phương pháp Livak cải tiến Pfaffl 89 3.4 Nghiên cứu cải thiện mơ hình bảo tồn chó Phú Quốc dựa tiêu chuẩn hình thái 94 3.4.1 Xây dựng đồ phân bố đảo Phú Quốc 94 3.4.2 Thiết kế, xây dựng, bố trí trại ni, chuồng ni theo tập tính tự nhiên điều kiện sống tối ưu cho chó đảo Phú Quốc 97 3.4.3 Cấy gắn chip điện tử theo dõi cá thể riêng biệt 100 KẾT LUẬN – ĐỀ NGHỊ 103 Kết luận 103 Đề nghị 103 TÀI LIỆU THAM KHẢO 104 DANH MỤC CÔNG TRÌNH CƠNG BỐ 113 PHỤ LỤC 114 Số liệu thu mẫu – thống kê 114 Hóa chất – Dụng cụ - Thiết bị 129 Mẫu phiếu điều tra 132 i LỜI CẢM ƠN Hồn thành luận án cho phép tơi gửi lời cảm ơn chân thành tới: Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp miền Nam giảng viên, cán nghiên cứu, chuyên viên văn phòng tận tình hỗ trợ tạo nhiều điều kiện cho tơi q trình học tập, nghiên cứu Tơi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến TS Chung Anh Dũng – người hướng dẫn, người thầy, động viên hỗ trợ chuyên môn cho suốt q trình thực nghiên cứu hồn thành luận án; xin cảm ơn PGS.TS Trần Hoàng Dũng, người có hướng dẫn tận tình góp ý công tác, hoạt động tổ chức thực nội dung luận án Xin cảm ơn quan, ban ngành, đồn thể tạo điều kiện cho tơi thu thập số liệu thực nghiệm góp ý chuyên môn nội dung luận án Xin cám ơn cộng sự, người gắn bó hỗ trợ tơi thực công tác khoa học phục vụ nội dung luận án Xin cám ơn gia đình, người thân thiết động viên lúc khó khăn Cảm ơn em con, cho anh sức mạnh nghị lực vượt qua chặng đường dài Xin cám ơn quan công tác: Trung tâm Phát triển Khoa học Cơng nghệ Trẻ -Thành Đồn TP HCM Cục Cơng tác phía Nam - Bộ Khoa học Cơng nghệ hỗ trợ tạo nhiều điều kiện giúp đỡ cho tơi hồn thành q trình học tập hoàn thiện kết nghiên cứu Trân trọng./ TP.HCM, tháng năm 2021 ii DANH MỤC HÌNH ẢNH Hình 1.1 Ảnh chó Phú Quốc Việt Nam, hình ảnh nhóm nghiên cứu tự chụp Đảo Phú Quốc, Rạch Giá, Kiên Giang, Việt Nam Hình 1.2 Các dạng xốy lưng chó Phú Quốc [1] Hình 1.3 Chó Bắc Hà Việt Nam Hình 1.4 Chó H'mơng cộc trưởng thành 10 Hình 1.5 Chó Phú Quốc 11 Hình 1.6 Bài viết chó Phú Quốc báo La Nature [84] 12 Hình 1.7 Tài liệu cơng bố Tiến sĩ Baurac hoạt động kinh tế văn hóa miền Tây, Nam Kỳ, 1894 [14] 14 Hình 1.8 Bảng tiêu chuẩn mơ tả chó Phú Quốc dựa cá thể ( Xoài – Mango) Bá Tước Henri de Bylandt, xuất năm 1897 [23] 15 Hình 1.9 Chó xốy Thái Lan (http://www.dogbreedinfo.com/thairidgeback.htm) 17 Hình 1.10 Chó xốy Rhodesian châu Phi (http://www.bigdogbreeds101.com/dogs/2013/04/15/rhodesian-ridgeback/) 17 Hình 1.11 Phân tích nguồn gốc 161 giống chó giới [54] 20 Hình 1.12 Quá trình phát triển phơi thụ tinh chó [27] 21 Hình 1.13 Các vị trí khép ống thần kinh động vật có xương sống người [106] 22 Hình 1.14 Các loại triệu chứng demoid sinus (DS) chó lưng xốy [95] 23 Hình 1.15 Các loại triệu chứng DS chó lưng xốy [58] 24 Hình 1.16 Các biến thể alen R dịng chó xoáy châu Phi [109] 29 Hình 2.1 Các tham số kích thước hình thái chó Phú Quốc Cá thể khảo sát giữ đứng thẳng trình đo 48 iii Hình 2.2 Đo số tiêu kiểu hình chó Phú Quốc 49 Hình 2.3 (a) Vị trí vùng lặp hay nhân lên khoảng 133kb NST 18 chó xốy Châu Phi (b) Các set mồi sử dụng xác định NST số 18 54 Hình 3.1 Một số cá thể chó Phú Quốc huyện đảo Phú Quốc 57 Hình 3.2 Chiều cao thân tính đến vai (BHW) cân nặng (BW) chó lưng xốy Phú Quốc so với chó lưng xốy Thái Lan Châu Phi 61 Hình 3.3 Chiều dài mõm, chiều dài rộng hộp sọ quần thể 175 cá thể chó Phú Quốc Khảo sát, tính cm với hai giới tính đực (n=175) 63 Hình 3.4 Các dạng xốy lưng quan sát quần thể mẫu chó Phú Quốc (n=175) 65 Hình 3.5 Số lượng cá thể với hình dạng xốy lưng phân chia theo giới tính chó xốy Phú Quốc (n=143) 67 Hình 3.6 Số lượng tỷ lệ màu sắc lơng chó Phú Quốc phân theo nhóm lớn 69 Hình 3.7 Hình dạng chó Phú Quốc, (A) đuôi thẳng, (B) đuôi cong 1/4, (C) đuôi cong 2/4, (D) cong ¾ (n=175) 70 Hình 3.8 Hình dạng chó Phú Quốc khảo sát (n=175) 71 Hình 3.9 Màu mắt chó Phú Quốc 72 Hình 3.10 Tỷ lệ màu sắc mắt chó Phú Quốc theo giới tính; vịng trịn bên cá thể cái, bên cá thể đực 73 Hình 3.11 Một số lồi có tai nhọn đứng điển hình, từ trái qua phải: chó sói, Malamute, Basenji chó Phú Quốc 74 Hình 3.12 Đốm lưỡi chó Phú Quốc; (A) nhỏ 50% diện tích lưỡi, (B) lớn 50% diện tích lưỡi (C) chiếm 100% diện tích lưỡi (n=175) 74 Hình 3.13 Diện tích đốm lưỡi chó Phú Quốc quan sát theo giới tính; vịng trịn bên ngồi cá thể cái, bên cá thể đực 75 iv Hình 3.14 Móng đeo chó Phú Quốc 76 Hình 3.15 Móng đeo chân sau quần thể chó Phú Quốc khảo sát 77 Hình 3.16 Màng bơi chân chó Phú Quốc 78 Hình 3.17 Tương quan chiều dài mõm chiều dài hộp sọ chó Phú Quốc 80 Hình 3.18 Tương quan chiều dài thân (BL) chiều cao vai (BHW) chó Phú Quốc 81 Hình 3.19 Tương quan kích thước vịng ngực vịng hơng chó Phú Quốc 84 Hình 3.20 Kích thước vịng ngực vịng hơng chó Phú Quốc (n=175) 84 Hình 3.21 Kiểm tra trình tự đoạn mồi cá thể phân tích 88 Hình 3.22 Số biến thể gen (RCN) cá thể quan sát (hình trên) số biến thể gen trung bình kiểu gen đồng hợp trội (RR), dị hợp (Rr), đồng hợp lặn (rr) gen xốy lưng chó Phú Quốc 93 Hình 3.23 Vị trí thu mẫu xây dựng mơ hình bảo tồn Phú Quốc 94 Hình 3.24 Mơ hình trại nuôi bán bảo tồn Củ Chi Vũng Tàu 96 Hình 3.25 Mơ hình trại ni bảo tồn chó xốy lưng Phú Quốc 97 Hình 3.26 Khu vực ni chó bố mẹ làm giống khu vực nuôi ổ sau đẻ con, trại bán bảo tồn Vũng Tàu 98 Hình 3.27 Các cá thể chó Phú Quốc đồng hợp lặn tính trạng xốy lưng (mơ hình ni Vũng Tàu) 98 Hình 3.28 Ống tiêm gây mê gắn chip điện tử 100 Hình 3.29 Chip điện tử, máy dò bảng điện tử đọc số ID 101 Hình 3.30 Ổ chó mẹ bầy chó Phú Quốc trại bán bảo tồn Vũng Tàu 102 131 Phụ lục Một số thiết bị sử dụng đề tài Tên Hãng sản xuất Tủ đông lạnh -20ºC KW Apparecchi Scientifici (Italia) Tủ mát 4ºC Sharp (Nhật Bản) Máy ly tâm Eppendorf (Đức) Bể ổn nhiệt Jinan Labtek Biological (Trung Quốc) Nồi hấp vô trùng Tomy Seiko (Nhật Bản) Máy đo pH Hanna (Bồ Đào Nha) Máy PCR Esco Swift Minipro Esco Micro Pte Ltd (Singapore) Bộ điện di nguồn điện Hoefer (Mỹ) Lị vi sóng nấu gel Sanyo (Nhật Bản) Tủ an toàn sinh học Esco Micro Pte Ltd (Singapore) Máy khuấy từ gia nhiệt IKA (Đức) pH kế Mettler Toledo (Thụy Sĩ) Tủ sấy Binder (Đức) 132 Mẫu phiếu điều tra Phụ lục Phiếu điều tra giống chó Phú Quốc Số phiếu:…….…………………………………………………………………… Người điều tra:…… …………………………………………………………… Đơn vị công tác:………… …………………………………………………… A Thơng tin chó Ngày thu mẫu: Số ảnh chó: Số thứ tự: Tên chủ hộ: Địa thu mẫu: Tên chó: Phả hệ chó (nếu có): Là ………………… chó…………………số phiếu (nếu có):………………… B Các tính trạng định lượng: Tuổi (tháng): Vòng ngực (cm): Cân nặng (kg): Vịng hơng (cm): Giới tính: a Đực b Cái Chiều dài tai (cm): Chiều dài thân (cm): Chiều dài đuôi (cm): Chiều cao thân đến vai (cm): 10 Chiều dài mõm (cm): 11 Các dạng xốy lưng; 12 Màu lơng kiểu lơng; 13 Hình dạng đi; 14 Màu mắt; 15 Hình dạng tai; 16 Màu sắc mõm; 17 Đốm lưỡi; 18 Móng đeo; 19 Màng bơi Cán điều tra 133 Phụ lục Phiếu điều tra sở nuôi nhân giống chó (Mỗi phiếu dùng cho hộ) Nhóm:…………… Xã:…………………Ấp:………………………………… Ngày:………………………… Tên chủ hộ: ………………………………………… Địachỉ:………………………………………………………………………… Số chó ni: (đực, cái, tháng, tuổi): Hình thức chăn nuôi: (nhốt, cột, thả, khác): Chăm sóc, vệ sinh: (tắm, chải lông, hốt phân, bắt KST) Cách cho ăn: (máng, nồi, tô, đồ đất) Số lần/ ngày: ………………… Số lượng/ lần: …………………………… Thức ăn: • Thức ăn thừa người: cơm, cá , thịt, rau, xương, ………………… • Cho ăn thêm: cá, cua, thịt, khô, sữa, …………………………………… • Khơng cho ăn: tự tìm thức ăn Săn mồi để ăn hàng ngày, thỉnh thoảng, mồi gì…………… • Những vật lạ chó thường ăn: phân người, dây thun, bọc nilong, ………… Sinh hoạt khác: dẫn dạo, huấn luyện, ngủ (trong nhà, giường, kệ, đất, ngồi sân, …………….) Mục đích ni: giữ nhà, săn, làm cảnh, bán, làm bạn, khơng mục đích Tiêm ngừa dại, xổ lãi, cách phòng bệnh khác Xử lý chó bệnh: cho uống thuốc nam, thuốc tây, chích, đem thú y sỹ, y tế, cho ăn loại thức ăn đặc biệt để trị bệnh, khơng can thiệp Ưu điểm: khơn giữ nhà, săn, cứu người, tự giữ vệ sinh, ………… 10 Nhược điểm: ỉa, bậy, hay cắn cười vô cớ, cắn gia súc, ăn bậy, cắn phá đồ dùng Cán điều tra ... Quốc dựa số hình thái đặc trưng 45 2.2.3 Nội dung 3: Nghiên cứu liên quan kiểu gen kiểu hình xốy lưng chó Phú Quốc 45 2.2.4 Nội dung 4: Nghiên cứu cải thiện mơ hình bảo tồn (insitu-in... 02: Nghiên cứu xây dựng tiêu chuẩn hình thái để chọn lọc chó Phú Quốc dựa số hình thái đặc trưng 50 2.3.3 Nội dung 03: Nghiên cứu liên quan kiểu gen kiểu hình xốy lưng chó Phú Quốc ... xây dựng mơ hình bảo tồn Phú Quốc 94 Hình 3.24 Mơ hình trại ni bán bảo tồn Củ Chi Vũng Tàu 96 Hình 3.25 Mơ hình trại ni bảo tồn chó xốy lưng Phú Quốc 97 Hình 3.26 Khu vực ni chó bố mẹ làm