Tài liệu TIN SINH HỌC - CHƯƠNG II. TÌM KIẾM DỮ LIỆU SINH HỌC doc

Người hướng dẫn: TS.VÕ VĂN TOÀN Người thực hiện: TRẦN THỊ PHƯƠNG ANH Lớp: Sinh học thực nghiệm khóa 15 1. CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC CHƯƠNG II. TÌM KIẾM DỮ LIỆU SINH HỌC 1.1. Khái quát chung về cơ sở dữ liệu sinh học Cơ sở dữ liệu sinh học (CSDL) trong chương này chủ yếu đề cập đến các thông tin về trình tự Axit nucleic (ADN, ARN), trình tự axit amin của các phân tử Protein, thông tin về cấu trúc và giải phẫu của một số Genom, mô hình cấu trúc không gian của các đại phân tử. CHƯƠNG II. TÌM KIẾM DỮ LIỆU SINH HỌC 1.1. Khái quát chung về cơ sở dữ liệu sinh học 1.2. Cơ sở dữ liệu về các trình tự 1. CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC Năm cơ sở dữ liệu trình tự chính trên mạng Internet cung cấp thông tin về trình tự Nucleotide và Protein: - The EMBL Nucleotide Sequence Database - The GenBank sequence database - The DNA Data Bank of Japan (DDBJ) - The Swiss-Prot - Protein Information Resource (PIR) 1.2. Cơ sở dữ liệu về các trình tự Năm cơ sở dữ liệu trình tự chính trên mạng Internet cung cấp thông tin về trình tự nucleotide và protein: 1.2. Cơ sở dữ liệu về các trình tự a.EMBL Cơ sở dữ liệu trình tự nucleotide (còn được gọi là ngân hàng EMBL) cấu thành tài nguyên trình tự nucleotide chính của châu Âu. CSDL của EMBL/EBI Năm cơ sở dữ liệu trình tự chính trên mạng Internet cung cấp thông tin về trình tự nucleotide và protein: 1.2. Cơ sở dữ liệu về các trình tự a. EMBL Cơ sở dữ liệu trình tự nucleotide (còn được gọi là ngân hàng EMBL) cấu thành tài nguyên trình tự nucleotide chính của châu Âu. b. GenBank là một phần của chương trình hợp tác quốc tế về cơ sở dữ liệu trình tự nucleotide, bao gồm ngân hàng dữ liệu ADN của Nhật Bản (DDBJ), Phòng thí nghiệm Sinh học phân tử châu Âu (EMBL), và GenBank tại NCBI. b. GenBank là một phần của chương trình hợp tác quốc tế về cơ sở dữ liệu trình tự nucleotide, bao gồm ngân hàng dữ liệu ADN của Nhật Bản (DDBJ), Phòng thí nghiệm Sinh học phân tử châu Âu (EMBL), và GenBank tại NCBI. GenBank là một bộ sưu tập của tất cả các trình tự DNA được công khai. Trong GenBank các cá nhân, các nhà khoa học từ khắp nơi trên thế giới, cũng như từ các trung tâm lớn tham gia vào dự án nghiên cứu bộ gen con người. Số lượng các trình tự DNA được lưu trữ trong cơ sở dữ liệu GenBank, từ tất cả các sinh vật, gần đây đã đạt đến số lượng khổng lồ và tiếp tục phát triển với một tốc độ nhanh chóng. Năm cơ sở dữ liệu trình tự chính trên mạng Internet cung cấp thông tin về trình tự nucleotide và protein: 1.2. Cơ sở dữ liệu về các trình tự a. EMBL b. GenBank c. DDBJ Ngân hàng dữ liệu DNA của Nhật Bản là ngân hàng dữ liệu về các trình tự nucleotide duy nhất ở châu Á, đó là nơi chính thức thu thập trình tự nucleotide được tìm ra bởi các nhà nghiên cứu .Cơ sở dữ liệu này trao đổi các dữ liệu thu thập với Cơ sở dữ liệu EMBL viện tin sinh học châu âu và GenBank / NCBI trên cơ sở hàng ngày, ba cơ sở dữ liệu chia sẻ dữ liệu hầu như tất cả dữ liệu tại bất kỳ thời gian nào. CSDL của DDBJ [...]... sở dữ liệu y sinh học NIH là cơ sở nghiên cứu y sinh học lớn nhất trên thế giới CSDL của NCBI CHƯƠNG II TÌM KIẾM DỮ LIỆU SINH HỌC 1 CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC 1.1 Khái quát chung về cơ sở dữ liệu sinh học 1.2 Cơ sở dữ liệu về các trình tự Trình tự DNA GenBank http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/GenbankOverview.html Cơ sở dữ liệu Nucleotide EMBL http://www.ebi.ac.uk/embl/index.html DDBJ (ngân hàng dữ liệu. .. http://www.expasy.uniprot.org CHƯƠNG II TÌM KIẾM DỮ LIỆU SINH HỌC 1 CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC 1.1 Khái quát chung về cơ sở dữ liệu sinh học 1.2 Cơ sở dữ liệu về các trình tự Protein cấu trúc Ngân hàng dữ liệu protein (PDB) http://www.rcsb.org/pdb/ cơ sở dữ liệu Mô hình hóa phân tử (NCBI) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/MMDB/mmdb.html Protein cấu trúc: Ngân hàng dữ liệu protein (PDB) http://www.rcsb.org/pdb/... http://www.ebi.ac.uk/embl/index.html DDBJ (ngân hàng dữ liệu DNA Nhật Bản) http://www.ddbj.nig.ac.jp/ CHƯƠNG II TÌM KIẾM DỮ LIỆU SINH HỌC 1 CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC 1.1 Khái quát chung về cơ sở dữ liệu sinh học 1.2 Cơ sở dữ liệu về các trình tự Trình tự Protein UniProt (Universal Resource Protein) http://www.expasy.uniprot.org bao gồm SWISS-PROT, TrEMBL, PIR Cơ sở dữ liệu protein (NCBI) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Protein... http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=genomeprj Thông tin về bộ gen của một số loài (con người, cây Arabidopsis, Saccharomyces cerevisiae) được cung cấp bởi MIPS (http://mips.gsf.de ) The Munich Information Center Protein Sequences CHƯƠNG II TÌM KIẾM DỮ LIỆU SINH HỌC 1 CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC 1.1 Khái quát chung về cơ sở dữ liệu sinh học 1.2 Cơ sở dữ liệu về các trình tự NCBI thành lập vào ngày 04 Tháng... giới để hỗ trợ các dữ liệu protein và di truyền CSDL của PIR CHƯƠNG II TÌM KIẾM DỮ LIỆU SINH HỌC 1 CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC 1.1 Khái quát chung về cơ sở dữ liệu sinh học 1.2 Cơ sở dữ liệu về các trình tự Trong thập niên 70, các phương pháp cô lập trình tự ADN đã được thành lập và ý tưởng về lập bản đồ toàn bộ bộ gen được hình thành Một số loài sinh vật (virút, E.coli, nấm men, ruồi giấm) đã nhanh chóng... Fasta-Genome server Tìm kiếm bằng Fasta trong máy chủ genome Fasta-WGS server Tìm kiếm bằng Fasta trong máy chủ WGS (các genome thu được bằng phương pháp shotgun Whole genome shotgun - WGS) Các công cụ tìm kiếm chuyên biệt cho DNA Công cụ Ứng dụng, mô tả Blast2-ASD Tìm kiếm trình tự giống nhau nhờ máy chủ Blast2-ASD Blast2-Parasite Tìm kiếm trình tự giống nhau nhờ máy chủ Parasite Genomes blast Fasta-ASD... Hai chương trình có thể được sử dụng để tìm kiếm, so sánh mức độ giống nhau và mức độ tương đồng suy diễn là BLAST or Fasta Công cụ tìm kiếm DNA và Protein chung Công cụ Ứng dụng, mô tả Blast2-WU Protein Tìm kiếm CSDL protein (Blast 2.0 with gaps) của Washington University Blast2-WU Nucleotide Tìm kiếm CSDL nucleotide (Blast 2.0 with gaps) Washington University Blast2-NCBI Protein Chương trình tìm kiếm. .. liệu có thể được tìm kiếm có hệ thống, bởi các từ khoá, hoặc bằng trình tự giống nhau 1.3 Cơ sở dữ liệu về các tác phẩm và sáng chế Các trình duyệt Entrez cũng cung cấp khả năng tìm kiếm MEDLINE (cơ sở dữ liệu về y học) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi) một cơ sở dữ liệu về ấn phẩm sinh học và y tế có thể được truy cập tại Thư viện Y khoa Quốc gia Trích dẫn bao gồm cả thông tin về trình... (http://bioinformatics.ubc.ca/resources/links_directory/) là một nguồn tài nguyên cộng đồng trực tuyến có chứa các công cụ, cơ sở dữ liệu, tài nguyên cho tin sinh học và nghiên cứu sinh học phân tử 2 CÁC CÔNG CỤ TÌM KIẾM, PHÂN TÍCH CÁC CSDL 2.1 Công cụ của EMBL/EBI a/ Similarity & Homology: Công cụ phân tích mức độ giống nhau và tương đồng giữa các trình tự • Các công cụ như: Fasta, Blast, MPsrch và Scanps Dạng tìm kiếm và kết quả trả về qua... 1.2 Cơ sở dữ liệu về các trình tự Năm cơ sở dữ liệu trình tự chính trên mạng Internet cung cấp thông tin về trình tự nucleotide và protein: a EMBL b GenBank c DDBJ d Swiss-Prot e The Protein Information Resource (PIR) được tích hợp tài nguyên sinh học công cộng để hỗ trợ nghiên cứu di truyền, protein và nghiên cứu khoa học Hiện nay, PIR cung cấp các nguồn lực hàng đầu thế giới để hỗ trợ các dữ liệu protein . Lớp: Sinh học thực nghiệm khóa 15 1. CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC CHƯƠNG II. TÌM KIẾM DỮ LIỆU SINH HỌC 1.1. Khái quát chung về cơ sở dữ liệu sinh học Cơ sở dữ liệu. Sequences. 1. CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC CHƯƠNG II. TÌM KIẾM DỮ LIỆU SINH HỌC 1.1. Khái quát chung về cơ sở dữ liệu sinh học 1.2. Cơ sở dữ liệu về các trình