2.1. Công cụ của EMBL/EBI
a/ Similarity & Homology: Công cụ phân tích mức độ giống nhau và tương đồng giữa các trình tự.
• Các công cụ như: Fasta, Blast, MPsrch và Scanps. Dạng tìm kiếm và kết quả trả về qua email cũng được phát triển. • Hai chương trình có thể được sử dụng để tìm kiếm, so
sánh mức độ giống nhau và mức độ tương đồng suy diễn là BLAST or Fasta.
Công cụ tìm kiếm DNA và Protein chung
Công cụ Ứng dụng, mô tả
Blast2-WU Protein Tìm kiếm CSDL protein (Blast 2.0 with gaps) của Washington
University
Blast2-WU Nucleotide Tìm kiếm CSDL nucleotide (Blast 2.0 with gaps) Washington
University
Blast2-NCBI Protein Chương trình tìm kiếm CSDL protein của NCBI.(blastall)
Blast2-NCBI Nucleotid
e Chương trình tìm kiếm CSDL nucleotide của NCBI.(blastall)
Blast2-NCBI EVEC Chương trình nhằm phát hiện các trình tự lẫn với trình tự của các
vector.
Fasta Nucleotide Sử dụng FASTA để tìm các trình tự giống với trình tự nucleotide trong
CSDL
Fasta Protein Sử dụng FASTA để tìm các trình tự giống với trình tự protein trong
CSDL
Fasta-Proteome server Tìm kiếm bằng Fasta trong máy chủ Proteome
Fasta-Genome server Tìm kiếm bằng Fasta trong máy chủ genome
Fasta-WGS server Tìm kiếm bằng Fasta trong máy chủ WGS (các genome thu được bằng
Các công cụ tìm kiếm chuyên biệt cho DNA Công cụ
Ứng dụng, mô tả
Blast2-ASD Tìm kiếm trình tự giống nhau nhờ máy chủ Blast2-ASD
Blast2-Parasite Tìm kiếm trình tự giống nhau nhờ máy chủ Parasite Genomes
blast
Fasta-ASD Sử dụng Fasta để tìm trình tự protein giống với CSDL ASD
Fasta-LGIC Protein
server Sử dụng Fasta để tìm trình tự protein giống với CSDL Ligand Gated Ion Channel.
Fasta-LGIC
Nucleotide server Sử dụng Fasta để tìm trình tự nucleotide giống với CSDL Ligand Gated Ion Channel.
Fasta-SNP server Fasta tìm kiếm trình tự tương đồng trong CSDL European SNP