Tài liệu hạn chế xem trước, để xem đầy đủ mời bạn chọn Tải xuống
1
/ 66 trang
THÔNG TIN TÀI LIỆU
Thông tin cơ bản
Định dạng
Số trang
66
Dung lượng
2,12 MB
Nội dung
ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM - NGUYỄN THỊ HỒNG NGỌC ỨNG DỤNG CHỈ THỊ DNA TRONG PHÂN TÍCH ĐA DẠNG DI TRUYỀN LOÀI LAN KIM TUYẾN TẠI VÙNG MIỀN NÚI PHÍA BẮC VIỆT NAM LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC Thái Nguyên -2022 ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM - NGUYỄN THỊ HỒNG NGỌC ỨNG DỤNG CHỈ THỊ DNA TRONG PHÂN TÍCH ĐA DẠNG DI TRUYỀN LỒI LAN KIM TUYẾN TẠI VÙNG MIỀN NÚI PHÍA BẮC VIỆT NAM Ngành: Công nghệ sinh học Mã số ngành: 42 02 01 LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC Người hướng dẫn khoa học: TS NGUYỄN XUÂN VŨ PGS TS NGUYỄN TIẾN DŨNG Thái Nguyên -2022 i LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan rằng: Số liệu kết nghiên cứu luận văn hoàn toàn trung thực chưa sử dụng công bố công trình khác Mọi giúp đỡ cho việc thực luận văn cảm ơn thơng tin trích dẫn luận văn ghi rõ nguồn gốc Tác giả luận văn Nguyễn Thị Hồng Ngọc ii LỜI CẢM ƠN Tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành đến thầy cô môn Công nghệ sinh học - Công nghệ thực phẩm thuộc trường Đại Học Nông Lâm Thái Nguyên tận tình giúp đỡ tơi q trình học tập nghiên cứu để hoàn thành luận văn tốt nghiệp Đặc biệt, tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới TS Nguyễn Xuân Vũ PGS TS Nguyễn Tiến Dũng dành nhều thời gian, tâm huyết, trực tiếp hướng dẫn tận tình tạo điều kiện thuận lợi cho tơi suốt q trình thực nghiên cứu đề tài hoàn thiện luận văn Thạc sĩ Cuối cùng, tơi xin chân thành cảm ơn gia đình, bạn bè động viên, khích lệ, chia sẻ, giúp đỡ, đồng hành tơi q trình học tập, nghiên cứu Trong q trình học tập nghiên cứu khó tránh khỏi thiếu sót Do đó, tơi mong nhận đóng góp ý kiến thầy để luận văn hoàn thiện Một lần xin chân thành cảm ơn! Thái Nguyên, ngày 05 tháng 01 năm 2022 Tác giả luận văn Nguyễn Thị Hồng Ngọc iii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii MỤC LỤC iii DANH MỤC TỪ VÀ THUẬT NGỮ VIẾT TẮT v DANH MỤC BẢNG vi DANH MỤC HÌNH ẢNH vii MỞ ĐẦU 1 Đặt vấn đề Mục tiêu đề tài Ý nghĩa khoa học thực tiễn 3.1 Ý nghĩa khoa học đề tài 3.2 Ý nghĩa thực tiễn đề tài CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Tổng quan lan Kim Tuyến 1.2 DNA barcode 1.3 Một số DNA barcode thường sử dụng thực vật 1.3.1 DNA barcode thực vật 1.3.2 Gen ITS 1.3.3 Gen rbcL 1.3.4 Gen matK 1.4 Tình hình nghiên cứu DNA barcode thực vật 1.5 Ứng dụng DNA barcode loài lan CHƯƠNG ĐỐI TƯỢNG, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 10 2.1 Đối tượng nghiên cứu 10 2.2 Vật liệu nghiên cứu 10 iv 2.3 Địa điểm thời gian nghiên cứu 12 2.4 Nội dung nghiên cứu 12 2.5 Phương pháp nghiên cứu 12 2.5.1 Phương pháp tách chiết DNA tổng số 12 2.5.2 Phương pháp kiểm tra nồng độ DNA 13 2.5.3 Phương pháp điện di gel agarose 15 2.5.4 Phương pháp phân tích trình tự gen mối quan hệ di truyền 16 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 17 3.1 Kết đánh giá hình thái 17 3.2 Kết tách chiết DNA 23 3.3 Kết khuếch đại DNA giải trình tự 24 3.3.1 Kết khuếch đại vùng gen ITS1 giải trình tự 24 3.3.2 Kết khuếch đại vùng gen matK giải trình tự 27 3.3.3 Kết khuếch đại vùng gen rbcL giải trình tự 30 Phần KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 34 4.1 Kết luận 34 4.2 Kiến nghị 35 TÀI LIỆU THAM KHẢO 36 v DANH MỤC TỪ VÀ THUẬT NGỮ VIẾT TẮT Từ, thuật ngữ viết tắt Nghĩa đầy đủ từ, thuật ngữ IGS Intergenic spacer ITS Internal transcribed spacer PCR Polymerase Chain Reaction - Phản ứng chuỗi polymerase bp Base pair COI Cytochrome c oxidase I ORF Open Reading Frame (Khung đọc mở) DNA Deoxyribonucleic acid CTAB Cetyltrimethyl ammonium bromide vi DANH MỤC BẢNG Bảng 2.1 mẫu lan Kim Tuyến thu thập số tỉnh thành phía Bắc 10 Bảng 2.2 Các hóa chất sử dụng thí nghiệm 10 Bảng 2.3 Trình tự cặp mồi sử dụng nghiên cứu 11 Bảng 2.4 Các dụng cụ, thiết bị sử dụng thí nghiệm 11 Bảng 2.5 Quy trình tách chiết DNA 13 Bảng 2.6 Thành phần phản ứng PCR sử dụng INtRON PCR master mix 14 Bảng 3.1 So sánh số đặc điểm hình thái mẫu lan Kim Tuyến 17 Bảng 3.2 Kết đo nồng độ DNA 23 Bảng 3.3 Tỉ lệ Nucleotide mẫu nghiên cứu vùng gen ITS1 25 Bảng 3.4 Tỉ lệ Nucleotide mẫu nghiên cứu vùng gen matK 28 Bảng 3.5 Tỉ lệ Nucleotide mẫu nghiên cứu vùng gen rbcL 31 40 Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus BK HG1 HG2 HG3 HG4 LC LS TN Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus BK HG1 HG2 HG3 HG4 LC LS TN Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus BK HG1 HG2 HG3 HG4 LC LS TN pingbianensis formosanus hainanensis sikkimensis calcareus roxburghii burmannicus chapaensis nandanensis malipoensis zhejiangensis pingbianensis formosanus hainanensis sikkimensis calcareus roxburghii burmannicus chapaensis nandanensis malipoensis zhejiangensis pingbianensis formosanus hainanensis sikkimensis calcareus roxburghii burmannicus chapaensis nandanensis malipoensis zhejiangensis 110 120 130 140 150 | | | | | | | | | | TTGCCCAGTATTGTGCTGTGGTGCTGGTCTGAATGCGGAGAGTGGCCCTT T T T T T T T 160 170 180 190 200 | | | | | | | | | | CGTGCACACTTGTGCGACGGGTTGAAGAACAATTTGCTTTCCTCTGGCCA T 210 220 230 240 250 | | | | | | | | | | TGTTTTGATAAAGGGGTGGTGTATGCAGCCATTTGGCCCACACTATCATC A A A .A A A 41 Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus BK HG1 HG2 HG3 HG4 LC LS TN Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus BK HG1 HG2 HG3 HG4 LC LS TN Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus BK HG1 HG2 HG3 HG4 LC LS TN pingbianensis formosanus hainanensis sikkimensis calcareus roxburghii burmannicus chapaensis nandanensis malipoensis zhejiangensis pingbianensis formosanus hainanensis sikkimensis calcareus roxburghii burmannicus chapaensis nandanensis malipoensis zhejiangensis pingbianensis formosanus hainanensis sikkimensis calcareus roxburghii burmannicus chapaensis nandanensis malipoensis zhejiangensis 260 270 280 290 300 | | | | | | | | | | TCATTGCCTTGAGGAGGATAAATGTACACATTCGTGGCTGATCACCCGAT .A .A A A A A A A A 310 320 330 340 350 | | | | | | | | | | ATAAATGTCGCAGGTGACGCCCTGAAATGCGACCCCAGGATGGGCGGGAT 360 370 380 | | | | | | | GACCCGCTGAGTTTAAGCATATCAATAA - - - . . - . . . . GCGGAGGAA GCGGGAGGAA GCGGAGGAA GCGGAGGAA GCGGAGGAA GCGGAGGAA GCGGAGGAA GCGGAGGAA- 42 Phụ lục Kết so sánh hàng trình tự vùng gen matK mẫu nghiên cứu với số loài lan Kim Tuyến Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus 10 20 30 40 50 | | | | | | | | | | -AAACTTTTTTTTTTGAGGATCCGCTGTGATAACGACA TTTATACGATACA -G A.C GG CAA.TCC.T.AA CTGG.T.A.AG -G A.C GG CAA.TCC.T.AA CTGG.T.A.AG -G A.C GG CAA.TCC.T.AA CTGG.T.A.AG -.A.C GG CAA.TCC.T.AA CTGG.T.A.AG -.A.C GG CAA.TCC.T.AA CTGG.T.A.AG -.A.C GG CAA.TCC.T.AA CTGG.T.A.AG ATTACGATC -TATTACGAAC TTTTTACGATC TTATTACGAAC ATTACGATC TTTTTACGATC TTATTACGAAC TTATTACGAAC 60 70 80 90 100 | | | | | | | | | | AAGATT TCTACATTTCCGACAAA ATTGATCAATAATATCAGAAT . T.T.CCTTC.T.G GTTG.G.TTT TTC CG .T T.T.CCTTC.T.G GTTG.G.TTT TTC CG .T T.T.CCTTC.T.G GTTG.G.TTT TTC CG .T T.T.CCTTC.T.G GTTG.G.TTT TTC CG .T T.T.CCTTC.T.G GTTG.G.TTT TTC CG .T T.T.CCTTC.T.G GTTG.G.TTT TTC CG .T .T . A . . .A . .A . . .A . . .A 110 120 130 140 150 | | | | | | | | | | CCGAAAA -ATCAGTCCAAATGGGTTTACTAATAGGATGACCTGATA . - TT G.GTATC T.C.T AAA.CC.T.C.CGTTT.TT.AAA.A TT G.GTATC T.C.T AAA.CC.T.C.C.TTT.TT.AAA.A TT G.GTATC T.C.T GAAA.CC.T.C.CGTTT.TT.AAA.A TT G.GTATC T.C.T GAAA.CC.T.C.CGTTT.TT.AAA.A TT G.GTATC T.C.T AAA.CC.T.C.CGTTT.TT.AAA.A TT G.GTATC T.C.T AAA.CC.T.C.CGTTT.TT.AAA.A - .C - . - . - . - . - . - . - 43 Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus 160 170 180 190 200 | | | | | | | | | | TAGTACAAAA -TTGAGCTTTCGACAATGATCCAATAAGAGAAATAACT - A.AG.A G.ATT TT.G C.T -.A TT .T.TGT.T G.A A.AG.A G.TTT TT.G C.T -.A TT .T.TGT.T G.A A.AG.A G.TTT TT.G C.T -.A TT .T.TGT.T G.A A.AG.A G.TTT TT.G C.T -.A TT .T.TGT.T G.A A.AG.A G.ATT TT.G C.T -.A TT .T.TGT.T G.A A.AG.A G.ATT TT.G C.T -.A TT .T.TGT.T G.A - - - - - - A - - A 210 220 230 240 250 | | | | | | | | | | GGGGCTATGGTATCTAATTTCTTAGTCATAGTATTTATTAGAAAGGAATT .C.AA CTCT.TCTT C A.A.A.TC C TTT.C .C.AA CTCT.TCTT C A.A.A.TC C TTT.C .C.AA CTCT.TCTT C A.A.A.TC C TTT.C .C.AA CTCT.TCTT C A.A.A.TC C TTT.C .C.AA CTCT.TCTT C A.A.A.TC C TTT.C .C.AA CTCT.TCTT C A.A.A.TC C TTT.C A A A A A A A 260 270 280 290 300 | | | | | | | | | | CTCTAGCATTTG-ATTTCTTACTA CCAAAGTTTTTTTTTGTACACTTA - AAC.T.T G.G.CT T.GAG.G CAC A A.AA.G AAC.T.T G.G.CT T.GAG.G CAC A A.AA.G AAC.T.T G.G.CT T.GAG.G CAC A A.AA.G AAC.T.T G.G.CT T.GAG.G CAC A A.AA.T AAC.T.T G.G.CT T.GAG.G CAC A A.AA.G AAC.T.T G.G.CT T.GAG.G CAC A A.AA.G - - - - - - - - 44 Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus 310 320 330 340 350 | | | | | | | | | | AAAAATACCCCAGAAAAGAGAAGGAATAGTTGGGTAATTGCTTTATATGG G TC TT.T T.GTATATTTT TC T .C.GA.GA C.C G TC TT.T T.GTATATTTT TC T .C.GA.GA C.C G TC TT.T T.GTATATTTT TC T .C.GA.GA C.C G TC TT.T T.GTATATTTT TC T .C.GA.GA C.C G TC TT.T T.GTATATTTT TC T .C.GA.GA C.C G TC TT.T T.GTATATTTT TC T .C.GA.GA C.C A A A A.A A A A A.A A A A A.A A A.A A A.A 360 370 380 390 400 | | | | | | | | | | ATCCTATAAGGTTGAGACCAAAAGTGAAAATAAAATTGACAAAAATTCAC T CA A.CCTTT.AT.C.T.ATGTTCG.T CA.GG G.A.T T CA A.CCTTT.AT.C.T.ATGTTCG.T CA.GG GG.A.T T CA A.CCTTT.AT.C.T.ATGTTCG.T CA.GG A.A.T T CA A.CCTTT.AT.C.T.ATGTTCG.T CA.GG A.A.T T CA A.CCTTT.AT.C.T.ATGTTCG.T CA.G- G.A.T T CA A.CCTTT.AT.C.T.ATGTTCG.T CA.GG G.A.T A .A A A 410 420 430 440 450 | | | | | | | | | | -AACATGAAAATTCCATTTCTTCATCAGAATAAGAGTTACCTTTGAAG - TCTG T.C GG.AAC.C.TA.TC.G.TG.AG.A.TGG.AT C.T TCTG T.C GGGAAC.C.TA.TC.G.TG.AG.A.TGG.AT C.T TCTG T.C GGGAAC.C.TA.TC.G.TG.AG.A.TGG.AT C.T TCTG T.C GGGAAC.C.TA.TC.G.TG.AG.A.TGG.AT C.T TCTG T.C GG.AAC.C.TA.TC.G.TG.AG.A.TGG.AT C.T TCTG T.C GG.AAC.C.TA.TC.G.TG.AG.A.TGG.AT C.T - A A C - A A - A A - A A - A A - A A - A A - A A 45 Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus 460 470 480 490 500 | | | | | | | | | | TCAGAATTACTTTTCCTTGATATCGAACATAATGTATGAAAGGATCTTTG .T -G.G.A TG.CA T.TATTTTC.C.T.TG.TCTCA.C AT T -G.G.A TG.CA T.TATTTTC.C.T.TG.TCTCA.C AT T -G.G.A TG.CA T.TATTTTC.C.T.TG.TCTCA.C AT T -G.G.A TG.CA T.TATTTTC.C.T.TG.TCTCA.C AT T -G.G.A TG.CA T.TATTTTC.C.T.TG.TCTCA.C AT T -G.G.A TG.CA T.TATTTTC.C.T.TG.TCTCA.CT AT A C .A A A A A A A 510 520 530 540 550 | | | | | | | | | | AGGAACCAGAGAATCCTCTGAA AAGAATTAAAATATACTACTAGAATA T T.T AG.AA.T.CCC CT CCTTCTCTT.T G.GG T T.T AG.AA.T.CCC CT CCTTCTCTT.T G.GG T T.T AG.AA.T.CCC CT CCTTCTCTT.T G.GG T T.T AG.AA.T.CCC CT CCTTCTCTT.T G.GG T T.T AG.AA.T.CCC CT CCTTCTCTT.T G.GG T T.T AG.AA.T.CCC CT CCTTCTCTT.T G.GG G A A A A.A A A A.A A.A .C A A.A A A A A A A.A A 560 570 580 590 600 | | | | | | | | | | GATTCCATTTTTACATAAAAAAGTGTTCGCTCAATAAAGACTCCAAAAGA TT TT.AG.G A ACT G.T .G GA.A A TGCT TT TT.AG.G A ACT G.T .G GA.A A TGCT TT TT.AG.G A ACT G.T .G GA.A A TGCT TT TT.AG.G A ACT G.T .G GA.A A TGCT TT TT.AG.G A ACT G.T .G GA.A A TGCT TT TT.AG.G A ACT G.T .G GA.A A TGCT A .A A C .A .A A A A A .A A .A A C .A .A 46 Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus 610 620 630 640 650 | | | | | | | | | | TGTTGAT-CGTAAATAAGAAGAATTTTTACGAAGAAAAAGAAAGAGATAT .- A.AGA T.C.TTC T AT.C.A.G T TTAG.TACC G A.AGA T.C.TTC T AT.C.A.G T TTAG.TACC G A.AGA T.C.TTC T AT.C.A.G T TTAG.TACC G A.AGA T.C.TTC T AT.C.A.G T TTAG.TACC G A.AGA T.C.TTC T AT.C.A.G T TTAG.TACC G A.AGA T.C.TTC T AT.C.A.G T TTAG.TACCG G .- .A A A .- .A A .A A .- .A A .A A .- .A A .A A .- A A .- .A A .A A .- .A A .A A .- .A A .A A 660 670 680 690 700 | | | | | | | | | | TCGCATTCATATACATAA AAATTAT-GTAGGAACCAAAAAATTCTTTT .- C.C G.T T.CTC.T.TTGG C T C.A G.TC -.T G C.C G.T T.CTC.T.TTGG C T C.A G.TC -.T G C.C G.T T.CTC.T.TTGG C T C.A G.TC -.T G C.C G.T T.CTC.T.TTGG C T C.A G.TC -.T G C.C G.T T.CTC.T.TTGG C T C.A G.TC -.T G C.C G.T T.CTC.T.TTGG C T C.A G.TC -.T G .- .A .- .- .- .- .- .- .- 710 720 730 740 750 | | | | | | | | | | CTTTTTTTTTGAAAAAACGTGAATGGATTTATTTGAAGTAATGATACTCT AC.A.A.CAG.TC.TCCTA.T.G.AA.CCC G.C.G -.T AC.A.A.CGG.TC.TCCTA.T.G.AA.CCC G.C.G -.T AC.A.A.CGG.TC.TCCTA.T.G.AA.CCC G.C.T -.T AC.A.A.CGG.TC.TCCTA.T.G.AA.CCC G.C.G -.T AC.A.A.CAG.TC.TCCTA.T.G.AA.CCC G.C.G -.T AC.A.A.CAG.TC.TCCTA.T.G.AA.CCC G.C.G -.T C 47 Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus 760 770 780 790 800 | | | | | | | | | | TCAAATTATGATATTCGTGGAAAATAAATCGCAACAAATGCAAAGAAGGA GG C .AT ATC T.T.TCGG T.G.A.T GG C .AT ATCT T.T.TCGG T.G.A.T GG C .AT ATCG T.TTTCGG T.G.A.T GG C .AT ATCG T.TTTCGG T.G.A.T GG C .AT ATC T.T.TCGG T.G.A.T GG C .AT ATCG T.T.TCGG T.G.A.T .G .G G 810 820 830 840 850 | | | | | | | | | | ACATCTTTGATCCAGCATTGAAGGATTTGAACCAAGATT . -.T.TG.C.T.ATCA GC.G.TCC.CAA AA A.G.TTTGTATCGTA -.T.TG.C.T.ATCA GG.G.TCC.CAA AA A.G.TTTGTATCGTA -.T.TG.C.T.ATCA GC.G.TCC.CAA AA A.G.TTTGTATCGTA -.T.TG.C.T.ATCA GC.G.TCC.CAA AA A .T.TG.C.T.ATCA GC.G.TCC.CAA AA A.G.TTTGTATCGTA -.T.TG.C.T.ATCA GC.G.TCC.CAA AA A.G.TTTGTATCGTA T CAAAAGGGGAT T TCAAAAAGGGA T TCAAAAGGGAT T -CG - T TCAGAATGGAT T -CAGAAGGGGA T -CAGAA T -CAAAAGGGAA 860 870 | | | | | T T AGGGG ATAGGCGA -AGGCGACTTTCTGTGGCTAGAACAAAAA -AGGAATC TGGGGGGCTTTCTTGTGCTAGAACAAA- 48 Phụ lục Kết so sánh hàng trình tự vùng gen rbcL mẫu nghiên cứu với số loài lan Kim Tuyến Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis hainanensis chapaensis emeiensis elatus lylei sikkimensis calcareus burmannicus baotingensis albolineatus roxburghii malipoensis zhejiangensis hainanensis chapaensis emeiensis elatus lylei sikkimensis calcareus burmannicus baotingensis albolineatus roxburghii malipoensis 10 20 30 40 50 | | | | | | | | | | -TTATGTCACCACAAACAGAGACTAAAGCAAGCGTTGGAT TT - . - . - . - - . CGC.A GTTGTTG.GTTCAC.TT TCATC.T.C A.T AAA.C TCAGC.A GTTGT-G.GTTCAC.TT.-TCATC.T.C A.T AAA.C TCCGC.A GTTGT-G.GTTCAC.TT.-TCATC.T.C A.T AAA.C -CAGC.A GTTGT-G.GTTCAC.TT.-TCATC.T.C A.T AAA.C TTAGC.A GTTGT-G.GTTCAC.TT.-TCATC.T.C A.T AAA.C CTCGC.A GTTGT-GG.GTTCC.TT.-TCATC.T.C AAG.AAAA.C CGC.A GTTGT-G.GTTCAC.TT.-TCATC.T.C A.T AAA.C TCAGC.A GTTGT-G.GTTCAC.TT.-TCATC.T.C A.T AAA.C 60 70 80 90 100 | | | | | | | | | | AAAGCTGGT GTTAAAGATTACAAGTTGACTTATTATACTCCTGACTAC . . . . . . . . . . . GT.CACCCC A CAT.C.T ACC.CTC CCG G.TT.TTGCGG GT.CACCCC A CAT.C.T ACC.CTC CCG G.TT.TTGCGG GT.CACCCC A CAT.C.T ACC.CTC CCG G.TT.TTGCGG GT.CACCCC A CAT.C.T ACC.CTC CCG G.TT.TTGCGG GT.CACCCC A CAT.C.T ACC.CTC CCG G.TT.TTGCGG GT.CACCCC A CAT.C.T ACC.CTC CCG G.TT.TTGCGG GT.CACCCC A CAT.C.T ACC.CTC CCG G.TT.TTGCGG GT.CACCCC A CAT.C.T ACC.CTC CCG G.TT.TTGCGG 49 Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis hainanensis chapaensis emeiensis elatus lylei sikkimensis calcareus burmannicus baotingensis albolineatus roxburghii malipoensis zhejiangensis hainanensis chapaensis emeiensis elatus lylei sikkimensis calcareus burmannicus baotingensis albolineatus roxburghii malipoensis 110 120 130 140 150 | | | | | | | | | | GAAACCAAAAGTACTGATATCTTGGCAGCATTCCGA -GTAACTCCTCA - - - - - - - - - - - - AT T.CC -.TT G.T.AA.A.T.- C A.TAG.GG GA.CAT AT T.CC -.TT G.T.AA.A.T.- C A.TAG.GG GA.CAT AT T.CC -.TT G.T.AA.A.T.- C A.TAG.GG GA.CAT AT T.CC -.TT G.T.AA.A.T.- C A.TAG.GG GA.CAT AT T.CC -.TT G.T.AA.A.T.- C A.TAG.GG GA.CAT AT T.CC -.TT G.T.AA.A.T.- C A.TAG.GG GA.CAT AT T.CC -.TT G.T.AA.A.T.- C A.TAG.GG GA.CAT AT T.CC -.TT G.T.AA.A.T.- C A.TAG.GG GA.CAT 160 170 180 190 200 | | | | | | | | | | ACCGG -GAGTTCCGCCTGAAGAAGCGGGCGCTGCGGTAGCAGCCGAAT . - . - . - . - . - . - . - . - . - . - . - . - TT.TTCA.T ATCT TTCA.CTT AT CAT. - G GGC TT.TTCA.T TCT TTCA.CTT AT CAT. - G GGC TT.TTCA.T ATCT TTCA.CTT AT CAT. - G GGC TT.TTCA.T ATCT TTCA.CTT AT CAT. - G GGC TT.TTCA.T ATCT TTCA.CTT AT CAT. - G GGC TT.TTCA.T TCT TTCA.CTT AT CAT. - G GGC TT.TTCA.T ATCT TTCA.CTT AT CAT. - G GGC TT.TTCA.T ATCT TTCA.CTT AT CAT. - G GGC 50 Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis hainanensis chapaensis emeiensis elatus lylei sikkimensis calcareus burmannicus baotingensis albolineatus roxburghii malipoensis zhejiangensis hainanensis chapaensis emeiensis elatus lylei sikkimensis calcareus burmannicus baotingensis albolineatus roxburghii malipoensis 210 220 230 240 250 | | | | | | | | | | CTTCTACTGGTACATGGACAGCTGTGTGGACTGATGGACTTACCAGTCTT GG.AA.T.TTGGAATA AA.G.G.A.T.CGCA TC.T A.G .GG.AA.T.TTGGAATA AA.G.G.A.T.CGCA TC.T A.G .GG.AA.T.TTGGAATA AA.G.G.A.T.CGCA TC.T A.G .GG.AA.T.TTGGAATA AA.G.G.A.T.CGCA TC.T A.G .GG.AA.T.TTGGAATA AA G.A.T.CGCA TC.T A.G .GG.AA.T.TTGGAATA AA.G.G.A.T.CGCA TC.T A.G .GG.AA.T.TTGGAATA AA.G.G.A.T.CGCA TC.T A.G .GG.AA.T.TTGGAATA AA.G.G.A.T.CGCA TC.T A.G 260 270 280 290 300 | | | | | | | | | | GATCGTTACAAAGGACGATGCTACCACATTGAGCCCGTTGTTGGGGAGGA AGAGC.CG GG. - TTG.A.CCA.AAA.A ACCCACA.T.G AGAGC.CG GG. - TTG.A.CCA.AAA.A ACCCACA.T.G AGAGC.CG GG. - TTG.A.CCA.AAA.A ACCCACA.T.G AGAGC.CG GG. - TTG.A.CCA.AAA.A ACCCACA.T.G AGAGC.CG GG. - TTG.A.CCA.AAA.A ACCCACA.T.G AGAGC.CG GG. - TTG.A.CCA.AAA.A ACCCACA.T.G AGAGC.CG GG. - TTG.A.CCA.AAA.A ACCCACA.T.G AGAGC.CG GG. - TTG.A.CCA.AAA.A ACCCACA.T.G 51 Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis hainanensis chapaensis emeiensis elatus lylei sikkimensis calcareus burmannicus baotingensis albolineatus roxburghii malipoensis zhejiangensis hainanensis chapaensis emeiensis elatus lylei sikkimensis calcareus burmannicus baotingensis albolineatus roxburghii malipoensis 310 320 330 340 350 | | | | | | | | | | AAATCAATATATTGCTTATGTAGCTTATCCTTTAGACCTTTTTGAAGA-A - - - - - - - - - - - - G.A C G AG.A.CAG.A.C.- T.CA.A.AGG.C.AA.G T G C G AG.A.CAG.A.C.- T.CA.A.AGG.C.AA.G T G.A C G AG.A.CAG.A.C.- T.CA.A.AGG.C.AA.G T G.A C G AG.A.CAG.A.C.- T.CA.A.AGG.C.AA.G T G.A C G AG.A.CAG.A.C.- T.CA.A.AGG.C.AA.G T G.A C G AG.A.CAG.A.C.- T.CA.A.AGG.C.AA.G T G.A C G AG.A.CAG.A.C.- T.CA.A.AGG.C.AA.G T G.A C G AG.A.CAG.A.C.- T.CA.A.AGG.C.AA.G T 360 370 380 390 400 | | | | | | | | | | GGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATTGTGGGTAATGTTTTTGGTTT A.C.ACA.A.GC T A G.T T.C.CCCCAAC C.GGC.CAA.G A.C.ACA.A.GC T A G.T T.C.CCCCAAC C.GGC.CAA.G A.C.ACA.A.GC T A G.T T.C.CCCCAAC C.GGC.CAA.G A.C.ACA.A.GC T A G.T T.C.CCCCAAC C.GGC.CAA.G A.C.ACA.A.GC T A G.T T.C.CCCCAAC C.GGC.CAA.G A.C.ACA.A.GC T A G.T T.C.CCCCAAC C.GGC.CAA.G A.C.ACA.A.GC T A G.T T.C.CCCCAAC C.GGC.CAA.G A.C.ACA.A.GC T A G.T T.C.CCCCAAC C.GGC.CAA.G 52 Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis hainanensis chapaensis emeiensis elatus lylei sikkimensis calcareus burmannicus baotingensis albolineatus roxburghii malipoensis zhejiangensis hainanensis chapaensis emeiensis elatus lylei sikkimensis calcareus burmannicus baotingensis albolineatus roxburghii malipoensis 410 420 430 440 450 | | | | | | | | | | CAAAGC -CCTGCGAGCTCTACGTCTGGAAGATCTGCGAATTCCC - - - - - - - - - - - - GGT ATCGTCCTT TA.CGATC.A.A T.AG CATC.G.C.A GGT ATCGTCCTT TA.CGATC.A.A T.AG CATC.G.C.A GGT ATCGTCCTT TA.CGATC.A.A T.AG CATC.G.C.A GGT ATCGTCCTT TA.CGATC.A.A T.AG CATC.G.C.A GGT ATCGTCCTT TA.CGATC.A.A T.AG CATC.G.C.A GGT ATCGTCCTT TA.CGATC.A.A T.AG CATC.G.C.A GGT ATCGTCCTT TA.CGATC.A.A T.AG CATC.G.C.A GGT ATCGTCCTT TA.CGATC.A.A T.AG CATC.G.C.A 460 470 480 490 500 | | | | | | | | | | ACTTCTTATTCCAAAACTTTCCAAGGCCCGCCT -CATGGCATCCAA C - C - . - C - C - C - C - C - C - C - . - . - AG GTCCATGT.C.AG.AG ATT G GCTAC.GCA GC GC AG GTCCATGT.C.AG.AG ATT G GCTAC.GCA GC GC AG GTCCATGT.C.AG.AG ATT G GCTAC.GCA GC GC AG GTCCATGT.C.AG.AG ATT G GCTAC.GCA GC GC AG GTCCATGT.C.AG.AG ATT G GCTAC.GCA GC GC AG GTCCATGT.C.AG.AG ATT G GCTAC.GCA GC GC AG GTCCATGT.C.AG.AG ATT G GCTAC.GCA GC GC AG GTCCATGT.C.AG.AG ATT G GCTAC.GCA GC GC 53 Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis hainanensis chapaensis emeiensis elatus lylei sikkimensis calcareus burmannicus baotingensis albolineatus roxburghii malipoensis zhejiangensis hainanensis chapaensis emeiensis elatus lylei sikkimensis calcareus burmannicus baotingensis albolineatus roxburghii malipoensis 510 520 530 540 550 | | | | | | | | | | GTTGAAAGAGATAAATTGAACAAGTACGGTCGTCCCCTATTGGGATG-TA T - T - T - T - T - T - T - T - T - T - T - T - T.CTTC GCGG C.C -.CG TGA.GA TA. -.C A C.G T.CTTC GCGG C.C -.CG TGA.GA GA. -.C A C.G T.CTTC GCGG C.C -.CG TGA.GA TA. -.C A C.G T.CTTC GCGG C.C -.CG TGA.GA TA. -.C A C.G T.CTTC GCGG C.C -.CG TGA.GA TA. -.C A C.G T.CTTC GCGG C.C -.CG TGA.GA TA. -.C A C.G T.CTTC GCGG C.C -.CG TGA.GA TA. -.C A C.G T.CTTC GCGG C.C -.CG TGA.GA TA. -.C A C.G 560 570 580 590 600 | | | | | | | | | | CTATTAAACCAAAA-TTGGGATTATCCGCAAAAAACTACGGTAGAGCGGT - - - - - - - - - - - - C.AG.T.T GT.C TT.G TCGTAGTC.GG.G TAA AGT.AAC C.AG.T.T GT.C TT.G TCGTAGTC.GG.G TAA AGT.AAC C.AG.T.T GT.T TT.G TCGTAGTC.GG.G TAA AGT.AAC C.AG.T.T GT.T TT.G TCGTAGTC.GG.G TAA AGT.AAC C.AG.T.T GT.C TT.G TCGTAGTC.GG.G TAA AGT.AAC C.AG.T.T GT.C TT.G TCGTAGTC.GG.G TAA AGT.AAC C.AG.T.T GT.C TT.G TCGTAGTC.GG.G TAA AGT.AAC C.AG.T.T GT.T TT.G TCGTAGTC.GG.G TAA AGT.AAC 54 Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis hainanensis chapaensis emeiensis elatus lylei sikkimensis calcareus burmannicus baotingensis albolineatus roxburghii malipoensis zhejiangensis hainanensis chapaensis emeiensis elatus lylei sikkimensis calcareus burmannicus baotingensis albolineatus roxburghii malipoensis 610 620 630 640 650 | | | | | | | | | | TTATGAATGTTTACGGGG TGGACTTGAT-TTTACTAAGGATGATGA - - - - - - - - - - - - G.A.TCT A ACCAGCTT.AA.TCCA.CGC G TTA.TCTC T G.A.TCT C ACCAGCTTGAA.TCCA.CGC G TTA.TCTC T G.A.TCT A ACCAGCTT.AA.TCCA.CGC G TTA.TCTC T G.A.TCT A ACCAGCTT.AA.TCCA.CGC G TTA.TCTC T G.A.TCT A ACCAGCTT.AA.TCCA.CGC G TTA.TCTC T G.A.TCT A ACCAGCTT.AA.TCCA.CGC G TTA.TCTC T G.A.TCT A ACCAGCTT.AA.TCCA.CGC G TTA.TCTC T G.A.TCT A ACCAGCTT.AA.TCCA.CGC G TTA.TCTC T 660 670 | | | | AAACGTGAACTCACAACCATT TGTG.G.TG-A T AA TGTG.G.TGGA T TT-GTA.TG-A T A -TGTG.G.TG-A T AA TG-G.G.TG-A T AA TT-GTA.TG-A T A -TGGG.G.TG-A T A -TGGG.G.TG-A T AA - ... vấn đề này, lựa chọn đề tài ? ?Ứng dụng thị DNA phân tích đa dạng di truyền lồi lan Kim Tuyến vùng miền núi phía bắc Việt Nam? ?? để xác định đa dạng di truyền loài lan Kim Tuyến, phục vụ cơng tác bảo... NÔNG LÂM - NGUYỄN THỊ HỒNG NGỌC ỨNG DỤNG CHỈ THỊ DNA TRONG PHÂN TÍCH ĐA DẠNG DI TRUYỀN LOÀI LAN KIM TUYẾN TẠI VÙNG MIỀN NÚI PHÍA BẮC VIỆT NAM Ngành: Cơng nghệ sinh học Mã số... lồi lan Kim Tuyến từ mẫu lan Kim Tuyến thu thập từ vùng khác Nội dung 2: Phân tích trình tự vùng gen tương ứng với mồi sử dụng DNA barcode Nội dung 3: Xác định mối quan hệ di truyền loài lan Kim