Căn cứ trên hai chế độ nhiệt độ lên men chính khác biệt nhau đã hình thành hai phương pháp lên men thích hợp với hai chủng nấm men tương ứng:
Phương pháp lên men chìm, đó là lên men chìm bằng chủng nấm men S.carlsbergensis (hoặc S.uvarum). Đặc điểm của phương pháp lên men chìm này là điều kiện nhiệt độ lên men thấp, vì thế hạn chế tối đa những sản phẩm phụ bất lợi hình thành trong quá trình lên men chính, từ đó có thể tạo ra được beer chất lượng cao. Đây là phương pháp cổ điển, có tính truyền thống.
Phương pháp lên men nổi thực hiện ở điểu kiện nhiệt độ 14- 180C với chủng nấm men thích hợp S.cerevisiae. Vì lên men ở nhiệt độ tương đối cao, nên các sản phẩm phụ được hình thành trong sản phẩm beer thường nhiều hơn và làm tăng độc chất nhưng nó cũng có lợi là làm cho sản phẩm phong phú về hương vị nhưng không cho được sản phẩm chất lượng cao.
Trong giai đoạn lên men phụ, nếu oxy xâm nhập vào thùng lên men với hàm lượng 1mg/l thì quá trình oxy hóa bắt đầu xảy ra gây hại cho beer. Đồng thời xảy ra hiện tượng tự phân của nấm men. Nếu quá trình này xảy ra ít thì hoàn toàn có lợi cho chất lượng beer. Nhưng nếu quá trình này xảy ra quá mạnh sẽ gây ra hiên tượng beer hư hòng rất nhanh vì sẽ hình thành rất nhiều mùi khó chịu.
Phương pháp làm beer truyền thống (làm beer hơi) hay hiện đại không khác nhau nhiều ở các giai đoạn chỉ khác nhau chủ yếu ở nộng độ dịch đường trong giai đoạn đường hóa và thời gian lên men (làm beer hơi thời gian lên men ngắn hơn).