Năm 1999 Kinh Đô mạnh dạn đầu tư xây dựng Trung tâm thương mại Savico- Kinh Đô tại quận 1 tp HCM với những cửa hàng sang trọng, phục vụ du khách tham quan mua sắm. cùng thời gian đó hệ thống Kinh Đô bakery lần lượt ra đời. Được thiết kế và xây dựng theo mô hình cao cấp hiện đại của các nước phát triển, Kinh Đô Bakery là kênh bán hàng trực tiếp của công ty Kinh Đô.
Năm 2001 được coi là năm xuất khẩu của Kinh Đô, công ty đẩy mạnh việc xuất khẩu ra các thị trường Mỹ, Pháp, Canada, Đức, Singapore, Thái Lan, Nhật,…sản lượng tiêu thụ năm sau luôn gấp đôi năm trước, lúc này công ty có mạng lưới 150 nhà phân phối và trên 30.000 điểm bán lẻ rộng khắp cả nước, tốc độ phát triển kênh phân phối hằng năm từ 15%-20%
Hệ thống phân phối của Kinh Đô trải khắp 63 tỉnh và thành phố đến năm 2013 Kinh Đô đã có 4 nhà máy, 5 công ty thực phẩm, 300 nhà phân phối, 200.000 điểm bán lẻ và hơn 7.000 lao động. Sản phẩm của doanh nghiệp đã xâm nhập vào 30 thị trường quốc tế và các thị trường trọng điểm.hệ thống siêu thị chủ yếu tập trung ở tp HCM, hệ thống siêu thị tiêu thụ khoảng 10% doanh số công ty. Hệ thống Bakery được xây dựng từ năm 1999 hiện nay phát triển với 27 cửa hàng có quy mô lớn ở tp HCM và Hà Nội. sản phẩm của Kinh Đô đã được xuất khẩu sang thị trường 20 nước trên thế giới như Mỹ, Châu Âu, Trung Đông, Singapore,… Kinh Đô đang đầu tư vào mảng bán lẻ và chuẩn bị thực hiện khá nhiều dự án mới: kết hợp trung tâm thương mại mở cá siêu thị thực phẩm, phát triển hệ thống thương mại điện tử bên cạnh các kênh bán hàng truyền thống, Kinh Đô đang thí điểm mô hình nhượng quyền kinh doanh các mặt hàng thực phẩm