Qui trình kiểm toán là trình tự thực hiện các bước công việc mà kiểm toán viên phân chia thành từng giai đoạn để tiến hành kiểm toán hay còn gọi là việc thiết kế một chương trình kiểm toán.
Mỗi một loại hình doanh nghiệp có một nét đặc thù riêng ảnh hưởng đến nội dung và trình tự công việc nhưng thông thường qui trình kiểm toán phải trải qua 3 giai đoạn sau:
- Lập kế hoạch kiểm toán: giai đoạn này thực hiện các công việc như tìm hiểu về ngân hàng, xác định khối lượng công việc, sắp xếp thời gian và nhân sự, xây dựng chương trình kiểm toán chi tiết…
- Thực hiện kiểm toán: Thực chất của giai đoạn này là các kiểm toán viên thu thập bằng chứng kiểm toán, thực hiện theo các chương trình và nội dung hoạch định trong giai đoạn trên.
- Hoàn tất và lập báo cáo kiểm toán: Giai đoạn thực hiện việc tổng hợp và đành giá lại công việc đã thực hiện ở giai đoạn Thực hiện kiểm toán. Sau đó, soạn thảo ra một văn bản trình bày những ý kiến nhận xét của kiểm toán về những thông tin được kiểm toán, văn bản này được gọi là báo cáo kiểm toán. Thông thường, báo cáo kiểm toán có 4 loại: Chấp nhận toàn bộ, chấp nhận từng phần, không chấp nhận và từ chối đưa ra ý kiến.
Từng giai đoạn đều có một ý nghĩa quan trọng riêng và được thực hiện theo một trình tự thống nhất. Đồng thời việc thiết kế một chương trình kiểm toán như trên có ý nghĩa trong việc đánh giá sự thành công và chất lượng mỗi cuộc kiểm toán.