Hóa đơn chứng từ là bằng chứng của nghiệp vụ kinh tế phát sinh và là căn cứ để xác định nghĩa vụ thuế, đối chiếu hoàn thuế. Vì vậy, cơ chế quản lý hóa đơn chứng từ chặt chẽ sẽ có tác động tích cực đến công tác hoàn thuế, giảm bớt các gian lận vi phạm, gây thất thoát cho NSNN. So với trước khi có quyết định số 110/2002/QĐ-BTC ngày 18/09/2002 của Bộ Tài Chính, chế độ phát hành, quản lý, sử dụng hóa đơn bán hàng đã được thắt chặt rất nhiều. Cơ chế này đã góp phần giảm thiểu việc các doanh nghiệp “ma” mua hóa đơn sử dụng sai mục đích, bòn rút tiền của NSNN. Tuy nhiên, việc chống gian lận trong sử dụng hóa đơn để hoàn thuế GTGT nói riêng và các loại thuế khác nói chung vẫn còn là một vấn đề nan giải. Thị trường hóa đơn bất hợp pháp vẫn còn tồn tại; Các hiện tượng gian lận hóa đơn ngày càng tinh vi; Năng lực kiểm tra đối chiếu hóa đơn của cơ quan Thuế các cấp có những bất cập. Biện pháp xử lý gian lận hóa đơn có cải thiện, tuy nhiên vẫn chưa tương thích với quy mô và mức độ vi phạm ngày càng tăng. Hóa đơn tự in chưa phải là một cứu cánh lâu dài, bởi lẽ chúng ta cũng chưa hình dung hết tính phức tạp khi tất cả các doanh nghiệp đều sử dụng hóa đơn tự in. Làm sao để mọi
thương vụ phát sinh phải được ghi hóa đơn và mọi người mua hàng đều phải có nhu cầu thực sự đòi hỏi xuất hóa đơn thì mới chính là giải pháp triệt để nhất.
Nguyên nhân những tồn tại trong công tác hoàn thuế :
- Các doanh nghiệp chưa nắm rõ về luật thuế GTGT và cơ chế hoàn thuế. Bên cạnh đó, các vấn đề phát sinh trong hoàn thuế cho các công trình sử dụng nguồn vốn ODA, mô hình sản xuất ngành Xây dựng-Giao thông công trình khá phức tạp.
- Trình độ kế toán thuế của các doanh nghiệp còn hạn chế, vừa làm, vừa học, vừa sửa sai.
- Các doanh nghiệp còn thiếu tinh thần tự giác trong việc kê khai và hoàn thuế GTGT.
- Thiếu sự triển khai đồng bộ, làm việc thống nhất theo quy định giữa ngành thuế trung ương với thuế địa phương.
- Công văn hướng dẫn và quy trình thực hiện vẫn còn khác biệt.
