Công tác kiểm tra sau hoàn thuế có ý nghĩa rất lớn trong việc đảm bảo tính chính xác giữa số liệu đơn vị kê khai và thực tế phát sinh, xử lý kịp thời những sai phạm về hoàn thuế. Trong quyết định kiểm tra hoàn thuế do phòng Giao thông chủ trì đều có các thành viên của phòng Thanh tra, Nghiệp vụ, Ấn chỉ cùng tham gia hội ý thường xuyên, trao đổi kịp thời, nhằm hạn chế tối đa những sơ xuất do nghiệp vụ hay cơ chế chưa rõ. Cách làm như vậy đã tương đối đảm bảo, tuy nhiên vì một số tồn tại khách quan và chủ quan, trong quá trình kiểm tra vẫn gặp phải một số vướng mắc.
- Việc quy định hoàn thành trong 5 ngày với những nội dung phức tạp như kiểm tra sau hoàn thuế là khó thực hiện. Đối với hoạt động XDCB, phải tiến hành kiểm tra đối chiếu số liệu của rất nhiều bên liên quan. Do việc thi công kéo dài, mô hình sản xuất kinh doanh lại khá phức tạp, công tác kế toán thuế của các đơn vị còn yếu. Thực tế đã phân tích ở trên, rất nhiều sai phạm do lỗi của bộ phận này. Nguyên nhân trên đã kéo dài thời gian và gây khó khăn cho việc kiểm tra, phát hiện sai sót.
- Quy định về chế độ hạch toán kế toán trong các đơn vị chưa thực hiện tốt, một số nơi do không biết hay cố tình làm sai, phát sinh chênh lệch trên giữa báo các tài chính với doanh thu trên hồ sơ hoàn thuế. Trong hoạt động XDCB, giá trúng thầu của các công trình thuộc nguồn vốn ODA thường được thanh toán bằng ngoại tệ (đồng đôla Mỹ hay yên Nhật), ghi tỷ giá thanh toán trên hợp đồng giữa các bên. Khi công trình hoàn thành, chủ đầu tư (bên A) thanh toán, yêu cầu nhà thầu (bên B) viết hóa đơn GTGT theo tỷ giá trên hợp đồng nhưng thực chất phân chia xác nhận khối lượng thanh toán theo tỷ giá thực tế. Trên sổ sách kế toán của bên B, để đảm bảo đúng chế độ, xác định doanh thu theo tỷ giá thực tế (tỷ giá bình quân liên Ngân hàng). Như vây, doanh thu phản ánh trên hồ sơ hoàn thuế lớn hơn số đã viết trên hóa đơn. Qua công tác kiểm tra hoàn thuế ở các nhà thầu đã phát hiện ra các sai phạm này. Vấn đề ở đây là chủ dự án khi quyết toán với Nhà nước có sử dụng hóa đơn không? Nếu có thì thực tế chủ dự án đã được lợi về chênh lệch ngoại tệ; Nếu không thì việc sử dụng hóa đơn sẽ không có tác dụng ngay ở thượng tầng kiến trúc.
- Về công tác xử lý số liệu thu hồi hoàn thuế trong chương trình quản lý trên máy tính. Quy trình hoàn thuế GTGT số 1329 TCT/QĐ/NV1 ngày 18/09/2002 Tổng cục thuế ban hành đã có quy định “Căn cứ vào kết luận kiểm tra, thanh tra (biên bản kiểm tra)…bộ phận quản lý lập danh sách kết quả kiểm tra, thanh tra,
quyết định xử lý vi phạm gửi phòng XLTT-Tin học…điều chỉnh số thuế phải nộp của đối tượng ”. Tuy nhiên, quy trình mới này cũng không hướng dẫn cách lập danh sách quyết định xử lý vi phạm như thế nào để có thể đưa số liệu chi tiết vào chương trình quản lý thuế theo yêu cầu của công văn 441 TCT/MT-KH trước đó (yêu cầu có cả dữ liệu thu hồi hoàn thuế). Từ thực tế trên, để có đủ dữ liệu cho chương trình, cần phải có hướng dẫn và quy định cho đoàn kiểm tra hoặc phòg quản lý thu lập danh sách theo mẫu số 02/HSHT có bổ sung thêm các chỉ tiêu và cach ghi chép phù hợp yêu cầu của công văn 41; để vừa đảm bảo tính đầy đủ của dữ liệu, vừa đảm bảo tính thống nhất giữa các quy trình và công văn hướng dẫn.
