Có rất nhiều nguyên nhân dẫn đến những hạn chế, khó khăn cho chi nhánh khi thực hiện nghiệp vụ thanh toán hàng nhập khẩu bằng phơng thức tín dụng chứng từ.
Xét ở tầm vĩ mô nh ở trên đã chỉ ra việc thiếu văn bản pháp quy mang tính quốc gia hoặc văn bản không cụ thể, không rõ ràng là một trong những nguyên
nhân đem lại những khó khăn khi tiến hành qui trình nghiệp vụ này dẫn đến hạn chế trong việc mở rộng qui mô thực hiện nghiệp vụ. Hiện nay các ng thơng mại của ta thống nhất sử dụng UCP 500 nhng chúng ta nên nhớ rằng UCP chỉ là một thông lệ, tập quán (Custom) chứ không phải luật (Law), hay công ớc quốc tế (Convention) UCP không có giá trị pháp lý bắt buộc mà chỉ mang tính chất hớng dẫn sử dụng đối với các bên. Hơn nữa việc vận dụng UCP 500 vào qui trình mở và thanh toán L/C cũng không hề đơn giản đặc biệt khi có tranh chấp xảy ra.
Nguyên nhân thứ hai là môi trờng cạnh tranh giữa các ngân hàng thơng mại trên địa bàn về lãi suất tiền gửi, lãi suất tiền vay, và tỷ giá giữa đồng Việt Nam và ngoại tệ và nhiều nguyên nhân khác nh: chi nhánh hoạt động kinh doanh trên địa bàn có ít doanh nghiệp kinh doanh xuất khẩu đã dẫn đến thiết nguồn ngoại tệ, không đáp ứng đủ cho nhu cầu của khách hàng, gây khó khăn cho hoạt động kinh doanh đối ngoại. Mặt khác cùng với ngân hàng Công thơng trung ơng chi nhánh cũng đang phải đối phó với những thách thức to lớn của tiến trình toàn cầu hoá và một thực tế là xu hớng hội nhập khu vực và quốc tế, do vậy cạnh tranh giữa các ngân hàng thơng mại Việt Nam với hệ thống các chi nhánh ngân hàng nớc ngoài, ngân hàng liên doanh tại Việt Nam ngày càng gay gắt gây khó khăn trong việc tăng thị phần hoạt động thanh toán hàng nhập khẩu bằng phơng thức tín dụng chứng từ.
Nguyên nhân dẫn đến thời gian thanh toán kéo dài, đẩy chi phí giao dịch tăng lên một phần do kỹ năng lập chứng từ của khách hàng, sự hiểu biết của khách hàng về các luật, các văn bản qui định về các điều khoản trong thơng mại quốc tế có thể làm tăng rủi ro đối với ngân hàng và với chính khách hàng. Một phần do chính đặc điểm của phơng thức tín dụng chứng từ là phức tạp và liên quan đến nhiều chủ thể.
Ngoài ra còn nguyên nhân do mạng lới ngân hàng đại lý của chi nhánh còn cha nhiều, cha mở rộng đợc bàn thu đổi ngoại tệ. Sản phẩm dịch vụ cha đáp ứng đợc nhu cầu rất đa dạng của khách hàng, bên cạnh đó trình độ vi tính của cán bộ cha cao để có thể tạo ra các chơng trình ứng dụng hỗ trợ cho hoạt động thanh toán