Mặc dù có những điều kiện thuận lợi và đạt đợc một số kết quả đáng khích lệ nhng do những khó khăn cả do khách quan và chủ quan đem lại mà việc thực hiện nghiệp vụ thanh toán hàng nhập khẩu bằng phơng thức tín dụng chứng từ cũng không tránh khỏi những hạn chế.
Thứ nhất, là hạn chế trong việc mở rộng qui mô nghiệp vụ, nhất là trong giai đoạn hiện nay, thứ nữa là hạn chế do mạng lới ngân hàng đại lý còn cha nhiều, và do các văn bản qui định về công tác xuất nhập khẩu, thuế quan, hải quan của nớc ta cha ổn định, thay đổi đột xuất đã gián tiếp làm ảnh hởng đến công tác thanh toán quốc tế nói chung dẫn đến hạn chế là thời hạn cho một chu trình mở L/C và thanh toán L/C nhập khẩu còn tơng đối dài.
Chi nhánh hoạt động trong lĩnh vực thanh toán quốc tế còn thiếu kinh nghiệm so với các ngân hàng nớc ngoài và với ngân hàng ngoại thơng bởi vì trớc năm 1990, hầu hết toàn bộ giao thanh toán quốc tế của Việt Nam đợc độc quyền thực hiện qua ngân hàng ngoại thơng Việt Nam.
Một hạn chế nữa là doanh số mở L/C xuất khẩu còn tơng đối thấp do vậy dẫn đến tình huống là: Chi nhánh phải thờng xuyên mua ngoại tệ của NHCT Việt Nam và khai thác các tổ chức khác để đảm bảo nhu cầu thanh toán và nhập khẩu cho các đơn vị sản xuất kinh doanh chứ cha chủ động điều phối đợc nguồn ngoại tệ trong chi nhánh.
Một hạn chế nữa là chi nhánh cha đa dạng hoá các loại hình L/C. Hiện nay chi nhánh đã và đang thực hiện các loại hình L/C sau:
- Loại L/C không huỷ ngang và trả ngay - Loại L/C không huỷ ngang và có xác nhận
- Loại L/C không huỷ ngang và trả chậm (khoảng 30 hoặc 60 ngày) - Loại L/C không huỷ ngang và có thể chuyển nhợng