Bên cạnh những kết quả đạt được, công tác phân tích tài chính của công ty còn vấp phải những hạn chế sau:
* Hạn chế về nguồn nhân lực
Công việc phân tích tài chính được thực hiện trực tiếp của các nhân viên phòng kế toán do đó bị gặp những khó khăn trong khi phân tích ảnh hưởng đến chất lượng phân tích: Thứ nhất, nhân viên kế toán là những người được tuyển dụng từ chuyên ngành kế toán mà không phải là những người có kinh nghiệm trong phân tích tài chính, chỉ thực hiện theo chỉ đạo cấp trên. Thứ hai, công việc hàng ngày của nhân viên kế toán do phải phụ trách một mảng hoạt động của mình nên điều kiện về thời gian và nghiệp vụ cho công tác phân tích là hạn chế. Thứ ba, công tác phân tích tài chính chưa được chú trọng, quan tâm và được thực hiện bởi nguồn nhân lực hạn chế về số lượng nên dẫn đến chất lượng của những quyết định là chưa chính xác và hiệu quả.
* Hạn chế về nguồn thông tin
Nguồn thông tin sử dụng chưa đầy đủ và thật chính xác. Công ty chưa xây dựng báo cáo lưu chuyển tiền tệ nên việc phân tích các luồng tiền ra vào trong ngân quỹ gặp rất nhiều khó khăn, trong khi đó luồng tiền vào ra xuất hiện tương đối lớn rất cần được phân tích. Các nhà phân tích khó khăn trong đánh giá khả năng tạo tiền trong tương lai, khả năng tài trợ, khả năng đầu tư…
Các số liệu dùng để phân tích tài chính chưa được tập hợp sắp xếp theo quy định dẫn tới chưa thể dễ dàng xác định được một số chỉ tiêu trung gian cũng như các chi phí biến đổi, chi phí cố định... để phân tích điểm hoà vốn, đòn bẩy hoạt động của Công ty.
* Hạn chế về phương pháp phân tích
Có được thông tin nhưng việc sử dụng thông tin như thế nào là điều đáng nói, điều đó đòi hỏi cần phải có phương pháp phân tích khoa học, hợp lý. Công ty Mai Linh Thanh Hóa trong khi phân tích có sử dụng phương pháp so sánh và tỷ lệ nhưng chủ yếu là so sánh chưa tận dụng được những ưu thế của phương pháp tỷ lệ và chưa có sự kết hợp linh hoạt giữa hai phương pháp trên trong phương pháp phân tích, chưa sử dụng phương pháp như phân tích tài chính Dupont trong khi phương pháp này đang được sử dụng nhiều trên thế giới và việc áp dụng phương pháp này không phức tạp, mặt khác sẽ cho những kết quả nhận xét ngắn gọn nhưng cần thiết về nguồn gốc làm thay đổi lợi nhuận và ảnh hưởng của các hệ số lợi nhuận đến hoạt động tài chính của Công ty.
* Hạn chế về nội dung phân tích
Nội dung phân tích là yếu tố quan trọng ảnh hưởng đến chất lượng phân tích. Nội dung càng cụ thể, đầy đủ, chi tiết bao nhiêu thì chất lượng phân tích càng cao hơn. Công ty cổ phần Mai Linh Thanh Hóa đã có hạn chế về nội dung phân tích nên những kết quả phân tích mới chỉ đạt ở mức độ nhất định, thể hiện trên các mặt sau: