Việc nắn dòng chảy đã được lập kế hoạch cho Đak Mi 4 có thể sẽ gây ra vấn đề
cho hạ lưu Sông Vu Gia. Ví dụ, trong mùa khô, dòng chảy giảm trên Sông Vu Gia sẽ làm cho dòng chảy trên Sông Ái Nghĩa và Sông Yên cũng giảm ở phần hạ lưu ảnh hưởng đến khả năng lấy nước của thành phốĐà Nẵng.
Hợp lưu dòng chảy bù hoàn từ Sông Thu Bồn sang Sông Vu Gia qua kênh nối Quảng Huế sẽ không thể duy trì được. Với diện tích 1.125 km2 của Đak Mi 4 bị tách khỏi lưu vực Sông Vu Gia, dự kiến lưu lượng dòng chảy sẽ giảm bình quân ít nhất là 10 m3/s trong tháng có lưu lượng dòng chảy thấp nhất trong năm. Lưu lượng dòng chảy thấp tại Ái Nghĩa sẽ giảm từ khoảng 45 m3/s xuống 35 m3/s trong năm có lưu lượng dòng chảy bình thường. Sự suy giảm tạo điều kiện nước mặn cùng với sự gia tăng xâm nhập mặn dòng Sông Yên. Trong những năm hạn cực đại, tác động của xâm nhập mặn sẽ đặc biệt nghiêm trọng.
Điểm lấy nước mới (tại đập chắn của trạm bơm An Trạch, xem Hình 9) cho Đà Nẵng sẽ vận hành với dòng chảy thường xuyên thấp hơn trong mùa khô. Có 6 máy bơm công suất mỗi máy 5.500 m3/h sẽ được lắp đặt từ 1 – 4 máy trong số này sẽ vận hành
đồng thời. Độ cao bơm ít nhất sẽ là 4 m và tiêu thụ điện sẽ là 100 kW mỗi máy. Trạm bơm này sẽ chuyển nước không nhiễm mặn từ phần sông trên đập chắn tới nhà máy nước hiện có (tại Cầu Đỏ) để khử bỏ nước bị nhiễm mặn trong lòng Sông Yên. Lượng điện cần có để chạy 4 bơm, mỗi máy có công suất 5.500 m3/h (tổng công suất 22.000 m3/h) tại
điểm lấy nước là 8,5 triệu Wh mỗi ngày, chi phí vận hành khoảng 12 triệu VNĐ/ngày với thời giá điện hiện. Nếu như có một lượng nước được dự trữ tại các hồ chứa của Sông Bung 4 và A Vương và được xảđể tăng cường lưu lượng dòng chảy mùa khô ở hạ lưu, thì sẽ có đủ lưu lượng dòng chảy mùa khô đểđảm bảo rằng nước mặn tại cửa sông sẽ bị ngăn không cho xâm nhập điểm lấy nước Cầu Đỏ.
Một vấn đề nữa có thể xẩy ra đó là lưu lượng nước tại ngọn Thu Bồn sẽ lớn hơn bình thường trong hầu hết thời gian của năm do được cấp thêm một lượng nước đã được chuyên từ Sông Cái qua tuốc bin của nhà máy thủy điện Đak Mi-4. Điều này sẽ gây ra tính mất ổn định dẫn đến xói lở bờ trên một sốđoạn sông ngọn Thu Bồn. Ngoài ra các bãi
ven sông trước kia là nơi canh tác hoặc chỗ ở của người dân cũng sẽ bị ngập, mực nước trung bình hàng năm sẽ thay đổi cao hơn so với trước đây làm ảnh hưởng nhất định đến
đời sống kinh tế xã hội của một sốđịa phương dọc ngọn Thu Bồn.
Như vậy vấn đề xác định các giải pháp chính trong việc xây dựng, quản lý vận hành đập thuỷ điện Đak Mi-4 đảm bảo phát triển bền vững được thể hiện ở các yêu cầu sau:
• Đảm bảo khai thác tối đa nguồn lợi thuỷđiện.
• Đảm bảo nguồn nước cho nhu cầu tưới tiêu và sinh hoạt vùng hạ lưu sông Vu Gia và Thành phốĐà Nẵng trong mùa khô.
• Đảm bảo ổn định, giảm thiểu ảnh hưởng của dòng chảy cao trên ngọn Thu Bồn.
• Điều hành cắt lũ góp phần phòng chống lũ lụt hạ lưu trong mùa mưa. • Đảm bảo dòng chảy sinh thái, tính toàn vẹn hệ sinh thái cho hệ thống.