Bên cạnh những thành công đạt được thì công tác huy động vốn và kế toán huy động vốn của chi nhánh còn có những hạn chế sau:
Thứ nhất, về lãi suất huy động: chi nhánh chưa sử dụng linh hoạt công cụ lãi
suất, chủ yếu sử dụng các mức lãi suất cố định cho mỗi thời hạn theo nguyên tắc: lãi suất huy động với thời hạn dài cao hơn so với lãi suất kỳ hạn ngắn. Việc áp dụng lãi suất trần - sàn thống nhất trong toàn quốc như hiện nay là chưa hợp lý lắm. Thực tế ở những địa bàn Đô thị lớn lãi suất này là cạnh tranh không nổi. Về cân đối giữa nguồn vốn và sử dụng vốn, ngân hàng đang trong tình trạng dư thừa nguồn vốn vì công tác tín dụng của ngân hàng năm 2006 thực sự gặp nhiều khó khăn, nhu cầu cho vay vốn lưu động không tăng trưởng được. Chênh lệch lãi suất đầu ra, đầu vào thấp không đạt theo mức quy định.
Thứ hai, Việc ứng dụng công nghệ mới đã có nhiều tiến bộ. Tuy nhiên so với
mặt bằng chung của các ngân hàng trên địa bàn và nhất là yêu cầu hội nhập thì chương trình giao dịch thống nhất của hệ thống triển khai quá chậm, việc nối mạng các máy ATM với các ngân hàng khác chưa được triển khai, sản phẩm thẻ ATM quá đơn điệu, chương trình tin học chưa hướng tới phục vụ khách hàng, nâng cao năng lực cạnh tranh và giới thiệu thương hiệu của ngân hàng. Việc khai thác các công nghệ mới, chuyên sâu còn chưa có điều kiện và khả năng hạn chế. Đặc biệt, trong kế toán huy động vốn còn chứa đựng rủi ro tiềm ẩn do khai thác công nghệ thông tin như: máy tính gặp sự cố, bị treo hoặc bị nghẽn mạng làm cho quá trình hạch toán chậm lại, gây khó khăn cho kế toán. Các phần mềm máy tính mặc dù đã
được lập trình sẵn nhưng do việc tự động hoá quá cao sẽ dẫn đến rủi ro hệ thống, khi đó sẽ rất khó phát hiện sai sót ở khâu nào để kịp thời sữa chữa.
Thứ ba, Tính chỉ đạo thống nhất, sức mạnh hệ thống chưa phát huy hết do
còn một số chi nhánh không thực hiện chủ trương miễn giảm phí chuyển tiền, chậm hạch toán, báo có cho khách hàng, không cung cấp sao kê đầy đủ… Bên cạnh đó còn một số lĩnh vực chưa thể hiện vai trò tập trung, thống nhất của trụ sở chính như: Việc thương thảo ký kết các hợp đồng cung cấp dịch vụ, thu hút nguồn vốn cho các doanh nghiệp có mạng lưới toàn quốc, Ngân hàng đầu mối các dự án lớn…
Thứ tư, việc phát triển mạng lưới còn thiếu tính quy hoạch nên chưa tận
dụng được tối đa thế mạnh của chi nhánh. Trình độ cán bộ còn nhiều bất cập, thiếu cán bộ phụ trách.
Thứ năm, tài khoản vận dụng trong kế toán huy động vốn chưa linh hoạt,
chưa áp dụng nghiệp vụ thấu chi đối với tiền gửi thanh toán. Thêm vào đó sản phẩm dịch vụ còn đơn điệu, chưa đa dạng. Chẳng hạn đối với loại hình tiết kiệm chưa triển khai đa dạng hoá các loại hình tiết kiệm bao gồm cả về thời hạn và chủng loại sản phẩm.
Thứ sáu, giờ giao dịch thực tế của các chi nhánh cấp II, các phòng giao dịch
thường bị cắt bớt do phải khoá sổ sớm để chuyển tiền về trụ sở chính. Thường cứ đến 3h30' là hết giờ giao dịch, các phòng giao dịch và các chi nhánh cấp II thực hiện kiểm quỹ để chuẩn bị chuyển về trụ sở chính để thực hiện khoá sổ ở trụ sở chính. Vì vậy, sẽ gây bất tiện cho những khách hàng khi mà họ không chủ động được về mặt thời gian, làm ảnh hưởng đến quy mô của khách hàng.
Trên đây là những tồn tại mà ngân hàng cần sớm khắc phục để tăng nguồn lực cạnh tranh trong tương lai. Tạo cho chi nhánh thế và lực mới để trong thời gian tới cùng góp sức vào việc khẳng định vị trí của NHĐT&PT Việt Nam trên thị trường trong nước cũng như trên thế giới.